Todos los autores reconocen el apoyo a la infraestructura de la CTC NHMRC, Universidad de Sydney, la Fundación de Investigación de Diabetes Juvenil (JDRF), Australia y la Fundación Rebecca Cooper, Australia. Esta investigación fue financiada por subvenciones del Consejo Australiano de Investigación (FT110100254) y la JDRF, Australia (CRN201314) a AAH WW, RJF y MVJ lleva a cabo toda la experimentación laboratorio húmedo, ASJ llevó a cabo el análisis de datos. WW escribió el primer borrador. AAH previsto el estudio y analizó los datos. Todos los autores leído y coincidieron en la versión final del manuscrito, figuras y hojas de trabajo presentados para su publicación.

<ol>
	<li>Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+functions+of+animal+microRNAs.">The functions of animal microRNAs.</a> Nature. 431, 350-355 (2004).</li><li>Alvarez-Garcia, I., Miska, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+functions+in+animal+development+and+human+disease.">MicroRNA functions in animal development and human disease.</a> Development. 132, 4653-4662 (2005).</li><li>Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs:+genomics,+biogenesis,+mechanism,+and+function.">MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function.</a> Cell. 116, 281-297 (2004).</li><li>Joglekar, M. V., Wei, C., Hardikar, A. 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V., Parekh, V. S., Mehta, S., Bhonde, R. R., Hardikar, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA+profiling+of+developing+and+regenerating+pancreas+reveal+post-transcriptional+regulation+of+neurogenin3.">MicroRNA profiling of developing and regenerating pancreas reveal post-transcriptional regulation of neurogenin3.</a> Dev Biol. 311, 603-612 (2007).</li><li>Hardikar, A. A., Farr, R. J., Joglekar, M. 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V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+miR-30+family+microRNAs+confer+epithelial+phenotype+to+human+pancreatic+cells.">The miR-30 family microRNAs confer epithelial phenotype to human pancreatic cells.</a> Islets. 1, 137-147 (2009).</li><li>Genda, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=microRNA+changes+in+the+dorsal+horn+of+the+spinal+cord+of+rats+with+chronic+constriction+injury:+A+TaqMan(R)+Low+Density+Array+study.">microRNA changes in the dorsal horn of the spinal cord of rats with chronic constriction injury: A TaqMan(R) Low Density Array study.</a> Int J Mol Med. 31, 129-137 (2013).</li><li>Wang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evaluation+of+three+microRNA+profiling+platforms:+microarray,+beads+array,+and+quantitative+real-time+PCR+array.">Systematic evaluation of three microRNA profiling platforms: microarray, beads array, and quantitative real-time PCR array.</a> PLoS One. 6, e17167 (2011).</li><li>Cuk, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+microRNAs+in+plasma+as+early+detection+markers+for+breast+cancer.">Circulating microRNAs in plasma as early detection markers for breast cancer.</a> Int J Cancer. 132, 1602-1612 (2013).</li><li>Morrison, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanoliter+high+throughput+quantitative+PCR.">Nanoliter high throughput quantitative PCR.</a> Nucleic Acids Res. 34, e123 (2006).</li><li>Git, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+comparison+of+microarray+profiling,+real-time+PCR,+and+next-generation+sequencing+technologies+for+measuring+differential+microRNA+expression.">Systematic comparison of microarray profiling, real-time PCR, and next-generation sequencing technologies for measuring differential microRNA expression.</a> RNA. 16, 991-1006 (2010).</li><li>Benes, V., Castoldi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+profiling+of+microRNA+using+real-time+quantitative+PCR,+how+to+use+it+and+what+is+available.">Expression profiling of microRNA using real-time quantitative PCR, how to use it and what is available.</a> Methods. 50, 244-249 (2010).</li><li>Chen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+quantification+of+microRNAs+by+stem-loop+RT-PCR.">Real-time quantification of microRNAs by stem-loop RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 33, e179 (2005).</li><li>Schmittgen, T. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+quantification+of+precursor+and+mature+microRNA.">Real-time PCR quantification of precursor and mature microRNA.</a> Methods. 44, 31-38 (2008).</li><li>Kodani, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+TaqMan+low-density+arrays+for+simultaneous+detection+of+multiple+respiratory+pathogens.">Application of TaqMan low-density arrays for simultaneous detection of multiple respiratory pathogens.</a> J Clin Microbiol. 49, 2175-2182 (2011).</li><li>Taylor, C. J., Satoor, S. N., Ranjan, A. K., Pereirae Cotta, ., V, M., Joglekar, M. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+protocol+for+measurement+of+noncoding+RNA+in+human+serum.">A protocol for measurement of noncoding RNA in human serum.</a> Exp Diabetes Res. 2012, 168368 (2012).</li><li>Turchinovich, A., Weiz, L., Langheinz, A., Burwinkel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+extracellular+circulating+microRNA.">Characterization of extracellular circulating microRNA.</a> Nucleic Acids Res. 39, 7223-7233 (2011).</li><li>Li, Y., Kowdley, K. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+for+microRNA+isolation+from+clinical+serum+samples.">Method for microRNA isolation from clinical serum samples.</a> Anal Biochem. 431, 69-75 (2012).</li></ol>

Los costos de procesamiento / publicación Artículo estaban cubiertos por Life Technologies, tras la aceptación de este manuscrito para su publicación.

Los pasos críticos dentro de los protocolos de qPCR basados ​​en sondas para obtener resultados exactos y reproducibles son para asegurarse de que 1) el mismo volumen y concentración de RT-producto se carga en cada reacción qPCR, 2) las proporciones correctas y los volúmenes de los componentes necesarios para qPCR reacción se preparó y se mezcló bien, 3) los volúmenes correctos y consistentes se añaden a cada reacción qPCR, y 4) la preparación y la carga de cada muestra y se mezcla de reacción se completa en el menor tiempo posible, mientras que todavía consciente de los pasos críticos antes mencionados antes. Las tarjetas de matriz microfluídica necesitan centrífuga adecuada y cubos específicos. Cada cubo puede contener hasta 3 tarjetas (cargado / vacío). Asegúrese siempre de que los 3 slots de un cubo son ocupados y el cubo se equilibra mediante la colocación de cubo similar (este cubo debe contener también 3 cartas, vacíos o llenos) en la ranura opuesto de la centrífuga. Al colocar la tarjeta en la bucket titular, asegúrese de que los 8 embalses proyectan hacia arriba y pocillos de reacción frente a la pared exterior de la centrífuga. Haga girar las tarjetas en 331 xg durante 1 minuto a temperatura ambiente. Después de la primera vuelta, abrir la centrífuga y asegurar visualmente la mezcla de reacción se ha dispensado a través de los 384 pozos. Repita el lanzamiento en la misma configuración para 1 hora más. Retire la tarjeta de la cubeta y asegúrese de que el nivel de mezcla de reacción en cada uno de los 8 embalses es uniforme. Cualquier inconsistencia en los volúmenes de líquido que quedan en los embalses hacen la tarjeta inapropiado utilizar más. Para tener la misma concentración del producto RT, se añadió misma concentración de entrada de ARN en cada reacción de RT. La concentración de ARN total se mide utilizando un micro-volumespectrophotometer. La relación observada 260/280 puede ser tan baja como 1,3 para el ARN aislado a partir de plasma / suero; esto no parece tener un efecto en proceso relacionado qPCR-aguas abajo o datos generados 30. Del mismo modo, la relación 260/280 delas muestras de RNA ensayadas en el presente documento fueron entre 1.3 a 1.7 sin efectos anormales en el qPCR observados. Cuando se utilizan muestras de contenido de ARN bajos, tales como los de biofluidos, puede ser difícil de cuantificar ARN antes del procesamiento. Recomendamos el uso de sintéticos pico-in en el aislamiento de ARN, así como las etapas de transcripción inversa. En nuestra experiencia, los candidatos Arabidopsis thaliana miARN (ath-miR-159a y ath-miR-172a) son preferibles a Caenorhabditis elegans miRNAs (como cel-miR-39 o cel-miR-54), que en nuestra experiencia puede tener mayor homología que los de A. thaliana. El uso de tal etapa específica de espiga-en puede dar cuenta de la normalización de los datos a través de múltiples genes miARN muestras ensayadas en diferentes momentos. El uso de un volumen de entrada fija de ARN para la reacción de síntesis de ADNc también se recomienda 32,33. Los tres protocolos basados ​​en sondas para miARN cuantificación describen aquí requieren cantidades variablesde entrada de ARN total, los diferentes flujos de trabajo y los costos. Cada uno de los flujos de trabajo están diseñados para atender a los diferentes caudales en función del número de genes miARN objetivos y el número de muestras a analizar. Con el aumento de rendimiento (96 rxn 384 rxn 3072 rxn), el coste por reacción disminuye con un aumento en la cantidad de datos obtenidos durante una unidad de tiempo. Dado que todas estas plataformas utilizan la química TaqMan, la calidad de los datos obtenidos se puede esperar a ser similares. TaqMan qPCR es un método bien establecido para la identificación de la abundancia de miRNAs en muestras de suero / plasma 9,11,27. Aunque las tres plataformas discutidos aquí comparten la misma química, una disminución en el volumen de reacción conduce a una disminución en el rango dinámico de detección de la transcripción (Farr RJ et al., Datos no publicados). La plataforma qPCR 96 pocillos es un rendimiento más bajo, pero la plataforma de alta sensibilidad y en nuestra opinión, el &quot;estándar de oro&quot; para todos (o tinte a base) basada en sondeos plataformas de PCR. Sin embargo, esto puedeno ser la plataforma más económica o eficiente si varios cientos o miles de muestras están siendo analizadas y para múltiples microRNAs. Microfluídica (TLDA) y nanofluidos (OA) plataformas son plataformas de alto rendimiento / contenidos diseñados para permitir la adquisición de datos más grandes en un tiempo más corto. Aunque las diferencias de proceso por lotes se han observado en las tarjetas de TLDA, esto puede ser minimizado mediante la solicitud de TLDA tarjetas del mismo lote. Observamos que la plataforma TLDA (Figura 3) mostró una variación significativa en el 17% de las medianas - miRNAs baja abundancia cuando se prueba utilizando la misma muestra en diferentes lotes de TLDA tarjetas. Por lo tanto, recomendamos el uso de los mismos números de lote para el análisis utilizando TLDA tarjetas. Esta variación también podría ser debido a la variabilidad técnica incluyendo cualquier potenciales errores de carga y de pipeteo. Sin embargo, se recomienda ordenar / solicitar el mismo lote de TLDA tarjetas. Ninguna variación lote significativa se observó en la plataforma de OA. A pesar de esto, TaqMan experimentalmente basadotal qPCR se acerca ofrecen facilidad para medir la abundancia de miRNAs en muestras de plasma / suero. Los bajo, medio y alto rendimiento enfoques discutidos aquí ofrecen la flexibilidad para analizar una serie de muestras y miRNAs utilizando una (bajo nivel de ruido de fondo) química altamente eficiente, reproducible y limpio.

Los microARN (miRNA) son ~ 22 nucleótidos no codificante (nc) RNAs, funcionando como reguladores de la expresión génica 3.1. La mayoría de los miRNAs en animales funcionan a través de la secuencia específica de emparejamiento de bases con un ARNm, apuntando a la 3 &#39;UTR, que conduce a la regulación negativa de la expresión del gen 2-4. Esto ocurre generalmente a través de la inhibición de la traducción de ARNm o ribosomal de entrega. miRNAs en circulación han sido demostrado ser nuevos biomarcadores en la investigación y campos clínicos para una variedad de enfermedades, como la diabetes 5-7, 8 de ovario, de próstata y cáncer de mama 9 10,11, hepatitis B 12 y otras enfermedades autoinmunes 13. Se han realizado investigaciones para identificar abundantes miRNAs en diferentes células o tejidos, así como en la circulación del plasma humano y las muestras de suero, que es más accesible y menos invasivo 9,11-15. Diferentes métodos de cuantificación miRNA han sido eEstablecido el uso de múltiples plataformas, como la plataforma estándar de placas de 96 pocillos 4,12,16-18, la plataforma de tarjetas de microfluidos 12,18-23 y la plataforma nanofluidos matriz 17,24. Cuantitativo en tiempo real PCR (qPCR) ofrece la posibilidad de medir los números relativos o absolutos de las transcripciones utilizando químicas múltiples (basados ​​en sondas de tinte o). En tiempo real la química basada en PCR-Probe ofrece el beneficio de baja fluorescencia de fondo y alta sensibilidad para detectar una sola copia transcripción. Es relativamente es rentable, fácil de usar y altamente reproducible, por lo que es un método preferido para la cuantificación y determinación de la expresión de miRNA 25. Método qPCR basada en sondeos generalmente implica dos pasos: la transcripción (RT) y qPCR 4,26,27 revertir. RT es donde el cebador de tallo-bucle RT se hibrida a una molécula de miARN maduro o primaria y se convierte en (c) ADN complementario. Cuantificación del producto de ADNc se lleva a cabo entonces usando cebadores de PCR específicos de los genes miARN-26-28. El principio de qPCR basado sonda se basa en la detección de extensión complementaria hebra en tiempo real, lo que implica la hidrólisis de la sonda-marcado con fluorescencia. Estas sondas están diseñadas para contener un reportero fluorescente y un inhibidor de la fluorescencia que son sólo de separación para permitir FRET (Transferencia de Energía de Resonancia Fluorescente). La detección de la emisión de la fluorescencia reportero (emisor) está enmascarado por la estrecha proximidad de la molécula de extintor. Cuando Taq polimerasa (pol) se extiende desde el cebador aguas arriba y llega a un tenedor (el extremo 5 &#39;de la sonda), la actividad exonucleasa pol Taq hidroliza la sonda, que conduce a una disociación física / separación del emisor fluorescente del extintor. Esta versión de una sola molécula de emisor de fluorescencia es registrado por el detector y se presenta como un aumento incremental en la señal de fluorescencia de ese pozo / reacción. El aumento de la fluorescencia es proporcional a la cantidad de producto de PCR generado, lo que permite una precisa quantification de la 26,28 diana amplificado. Con el aumento de la demanda en miARN cuantificación, a medio y tecnologías de alto rendimiento se han desarrollado para permitir que un mayor número de muestras a procesar en un corto período de tiempo. TaqMan Low Density Arrays (TLDA) es un medio de rendimiento de diseño microfluídico innovador basado en la química qPCR basada en sonda que ofrece un aumento en el número de miRNAs analizados en un plato. TLDA implica el uso de una piscina predefinido de RT-cebadores que se utilizan para sintetizar el ADNc. Estos ADNc se centrifugaron en una tarjeta bien personalizado 384 micro-fluidos para determinar la expresión de múltiples miRNAs utilizando qPCR 22,26,29. Cada pocillo de la tarjeta contiene cebadores y sondas se seca para amplificar miRNA específico (s), por lo tanto, hasta 384 reacciones pueden ser procesados ​​en una sola tarjeta TLDA 26. La matriz nanofluidos es una plataforma de alto rendimiento que se utiliza para la detección de transcritos de genes <sup&gt; 24 usando la misma química basada en sondeos. Se utiliza una matriz patentada que ofrece interacciones hidrofóbicas hidrófilo para facilitar la carga fácil de la mezcla de reacción 33 nanolitros en una matriz de 3.072 orificios pasantes en una diapositiva de acero inoxidable 24. Este artículo se centra en la demostración de cómo se llevan a cabo estos métodos para cuantificar miRNAs en suero / plasma y los factores críticos que deben ser considerados al realizar e interpretar estos datos. Llevado a cuenta, sus beneficios individuales y limitaciones serán discutidos en este artículo.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well-platform</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For Reverse transcription</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan MicroRNA Assays INV SM&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4427975</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/au/en/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-assays/mirna-ncrna-taqman-assays/single-tube-mirna-taqman-assays.html?ICID=search-4427975 
			The assays comes as a pack of RT primers and PCR primer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4366597 or 4366596</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4366597?ICID=search-4366597 or http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4366596?ICID=search-4366596 
			The TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit is the same kit used for reverse transcription in all the threeTaqMan platform- 96-well platform, TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For qPCR run on a 96-well platform</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2X TaqMan Fast Universal PCR Master Mix, no AmpErase UNG&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4367846</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4367846?ICID=search-4367846 
			The 2X TaqMan Fast Universal PCR Master Mix is used for qPCR on&#160; the two TaqMan platforms-96-well platform and TLDA.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Optical Adhesive Film</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4311971</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4311971?ICID=search-product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 mL&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4346907</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4346907?ICID=search-product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfluidics platform (TLDA)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For Reverse transcription</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refer to 96-well platform TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit kit (4366597 or 4366596) (as shown above).</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Megaplex RT Primers, Human Pool A v2.1</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4399966</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4399966?ICID=search-4399966 
			The Megaplex RT Primers, Human Pool A v2.1 is used for RT on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Megaplex RT Primers, Human Pool B v3.0</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4444281</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444281?ICID=search-4444281 
			The Megaplex RT Primers, Human Pool B v3.0 is used for RT on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OR</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>OR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Megaplex Primer Pools, Human Pools Set v3.0</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4444750</td>
			<td>http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444750?ICID=search-4444750 
			The Megaplex Primer Pools, Human Pools Set v3.0 is used for RT on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For Pre-amplification</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan PreAmp Master Mix</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4391128 or 4488593</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4391128?ICID=search-4391128 or http://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4488593 
			The TaqMan PreAmp Master Mix is used for pre-amplification of qPCR on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Megaplex PreAmp Primers, Human Pool B v3.0&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4444303</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444303?ICID=search-4444303 
			The Megaplex PreAmp Primers, Human Pool B v3.0 is used for pre-amplification of qPCR on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Megaplex PreAmp Primers, Human Pool A v2.1</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4399233</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4399233?ICID=search-4399233 
			The Megaplex PreAmp Primers, Human Pool A v2.1 is used for pre-amplification of qPCR on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1X TE Buffer (100 mL)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12090-015</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/12090015?ICID=search-product 
			The 1X TE Buffer is used for pre-amplification of qPCR on&#160; the two TaqMan platforms- TLDA and OpenArray.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>To load and run the 384 well microfluidics (TLDA) card</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Array Human MicroRNA A+B Cards Set v3.0&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>4444913</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4444913</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanofluidics platform (OpenArray)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For Reverse transcription</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refer to 96-well platform TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit kit (4366597 or 4366596) (as shown above).</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>For Pre-amplification</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refer to TLDA pre-amplification reagents (as shown above)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>To load and run the slides</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan OpenArray Human MicroRNA Panel, QuantStudio 12K Flex (1 panel)</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4470187</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4470187?ICID=search-4470187</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QuantStudio 12K Flex OpenArray Accessories Kit&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4469576</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4469576?ICID=search-4469576</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OpenArray 384-well Sample Plates&#160;&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4406947</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4406947?ICID=search-4406947</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan OpenArray Real-Time PCR Master Mix</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4462159</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4462159?ICID=search-4462159</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OpenArray AccuFill System Tips&#160;</td>
			<td>Applied Biosystems 
			&#160;</td>
			<td>4457246</td>
			<td>https://www.lifetechnologies.com/order/catalog/product/4457246?ICID=search-4457246</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Others</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free Water</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>129117</td>
			<td>http://www.qiagen.com/products/catalog/lab-essentials-and-accessories/nuclease-free-water</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

probe-based real-time pcr approaches for quantitative measurement of micrornas

Basado en la sonda de PCR cuantitativa (qPCR) es un método preferido para medir la abundancia de transcripción, ya que es uno de los métodos de detección más sensibles que proporciona un análisis preciso y reproducible. Química basada-Probe ofrece la fluorescencia de fondo por lo menos en comparación con otras químicas (base de colorante). Actualmente, hay varias plataformas disponibles que la química basada en sonda de uso para cuantificar la abundancia de transcripción. qPCR en un 96 y placa es el método más utilizado habitualmente, sin embargo, sólo un máximo de 96 muestras o miRNAs se puede probar en una sola carrera. Esto consume tiempo y tedioso si un gran número de muestras / miRNAs se van a analizar. Las plataformas basadas en la sonda de alto rendimiento como microfluídica (por ejemplo, tarjetas de TaqMan Array) y matrices nanofluidos (por ejemplo OpenArray) ofrecen la facilidad para detectar de manera reproducible y eficiente la abundancia de múltiples microRNAs en un gran número de muestras en poco tiempo. Aquí, nos demuestran la configuración experimental unnd protocolo para miARN cuantificación de muestras de suero o plasma EDTA, utilizando la química basada en la sonda y tres plataformas diferentes (placa de 96 pocillos, microfluídica y matrices nanofluidos) ofreciendo mayores niveles de rendimiento.

El volumen recomendado para una reacción qPCR ensayo basado sonda-miRNA es de 20 l. NOTA: Hemos confirmado que un volumen de reacción de 5 l es capaz de producir resultados similares a los obtenidos utilizando 20 l de volumen 4,7,30. La reducción del volumen de reacción a 5 l permite una disminución del 75% en los costes de reactivos sin pérdida apreciable en la sensibilidad. Tal como se presenta en la Figura 2, los volúmenes de reacción de 20 l y 5 l muestran una fuerte correlación hasta 39 ciclos (con r 2 de 0,92, p = 0,0002). Array microfluídica proporciona una herramienta para la obtención de datos sobre 754 miRNAs expresadas en una muestra en alrededor de 5 horas (para la tarjeta de A y B de tarjeta), que es una forma más eficiente de analizar múltiples muestras en comparación con convencionales 96 PCRs placa de pocillos. Comparamos miARN tarjetas de matriz de microfluidos para la misma muestra (muestra A y la muestra A repetición) Figura 3A -. B muestra un gráfico de Bland-Altman (&lt;strong&gt; 3A) y la trama de correlación (3B) para todos los 754 miRNAs ensayadas para estas muestras. Hay 3 miRNAs control diferentes (U6, RNU44 y RNU48) colocados al azar en ambos las tarjetas (Card A y B) en varias ubicaciones. Cuando los valores de umbral ciclo U6 (MA) son comparados entre los 2 carreras, no observamos diferencias significativas entre los valores (Tabla 4). También es importante señalar aquí que U6 se expresa en mayor abundancia (menor valor Ct) en la muestra evaluada. Por último, comparamos todos los miRNAs que tienen valores de Ct entre 0-19,99 tanto en las carreras (n = 150), que había expresión similar de miRNAs general con un coeficiente de determinación de 98% (Figura 3C-D). De todos los 277 miRNAs que tienen valores de Ct de 20 a 29.99 en tanto las carreras, 16 miRs difirieron significativamente entre los originales y ensayos repetidos (Figura 3E - F) El número de miRNAs con diferencia significativa betwee.n las carreras aumentaron (89 de 327) cuando se seleccionan los valores de Ct entre 30-40 para ambas carreras (Figura 3G - H). La plataforma nanofluidos matriz proporciona datos para 754 miRNAs de cada muestra de suero / plasma ensayadas, tal como se representa en la figura 4A Es importante examinar estas curvas de amplificación -. Como lo es con todo qPCR - para asegurar que el resultado es indicativo de la verdadera amplificación. Cada una de las 48 subarrays (Figura 1) contiene también un ensayo para las tres ncRNAs de &quot;mantenimiento&quot; más populares:. U6, RNU44 y RNU48 Figura 4B ilustra una agrupación típica de U6 replica de una sola muestra. Estas repeticiones muestran baja desviación estándar (SD &lt;0,5) y así son un indicador de fiabilidad. Alternativamente, la Figura 4C demuestra el aumento de la variabilidad de repeticiones U6 (SD&gt; 0,5) en una segunda muestra. Esto no niega la validez of los ensayos restantes, aunque sí requeriría una crítica más a fondo. U6, como con la mayoría de miRNAs &quot;limpieza&quot; en fluidos biológicos, puede tener una expresión variable. Cabe señalar que una de las muestras, se describen en la Figura 4C, muestra 4 veces menor contenido U6 que la presentada en la Figura 4B. Dado que el nivel de U6 en la muestra presentada en 4C es un 75% menos, para empezar que el presentado en el panel 4B, una mayor variabilidad técnica se espera debido a la distribución de Poisson de las transcripciones, que se ve agravada por el volumen de reacción pequeño 17. Otra herramienta útil es que las imágenes de control de calidad (CC), disponible para la exportación una vez que la carrera ha terminado. Una selección de estos utiliza la fluorescencia de ROX, el colorante pasiva que se encuentra en la mezcla de reactivos qPCR, para confirmar que cada orificio pasante se ha cargado correctamente (Figura 5). A-agujero a través, o incluso un cuarto<html> subarreglo neumático, no se puede cargar debido al volumen de muestra insuficiente, la evaporación, las burbujas presentes en los pocillos de la placa de muestra de 384 pocillos, la falta de eliminar completamente la junta de la placa de la muestra, o defectos en el sistema de Accufill o sus puntas. Cualquier descargado orificios pasantes deben ser identificados para evitar miRNAs etiquetado como &quot;no detectable&quot;, cuando en realidad el ensayo no estaba cargada. Si se produce este problema, asegúrese de que al menos 5 l de muestra / mezcla maestra se carga en cada pocillo de la placa de la muestra de 384 pozos, la placa muestra se centrifuga correctamente antes de la carga, el sello de aluminio se elimina por completo, y la OpenArray cargado diapositiva se sella y se ejecuta dentro del tiempo asignado para todas las carreras sucesivas. Si todavía persisten problemas de carga, estos pueden ser más probable que pertenecen a lote específico o lote de las matrices o consumibles relacionados y más ayuda debe buscarse a través del fabricante. &quot;Src =&quot; / files / ftp_upload / 52586 / 52586fig1.jpg &quot;/&gt; Figura 1: Distribución de las muestras para el flujo de trabajo de matriz nanofluidos: (A) Cada placa de muestras de 384 pozos puede contener muestras para un máximo de 8 matrices nanofluidos. (B) Diluido, ADNc pre-amplificado se coloca en 8 pozos (2 columnas por 4 filas), con el Grupo A y Grupo B en grupos de 8 pocillos adyacentes. Cada círculo representa un pozo. (C) Cada pocillo de la placa de la muestra podrá ser cargada en un subconjunto de la matriz nanofluidos. Cada pequeño cuadrado representa un subconjunto. <img alt="Figura 2" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig2.jpg" /> Figura 2: Análisis de Co-relación para convencionales de 96 pocillos plataformas de PCR: Co-relación entre 20 l y 5 volúmenes de reacción l en tiempo real TaqMan qPCR utilizando una plataforma estándar de placa de 96 pocillos en valores de CT (39 ciclos). Comparamos 4 microRNAs diferentes (miR-375, miR-30c, miR-30d y miR-7) en 4 muestras de suero y plasma humanos diferentes. Sólo 11 puntos de datos se representan ya que los demás fueron indetectables. R 2 = 0,92, p = 0,0002. <img alt="Figura 3" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig3.jpg" /> . Figura 3: Circulación miARN perfiles de uso de tarjetas de microfluidos matriz usando 2 tarjetas de microfluidos (tarjeta-A y tarjeta-B), se genera un perfil de 754 miRNAs (A - B). Como se muestra aquí, se utilizó una misma muestra de 2 matriz microfluídica corre para comprobar la reproducibilidad de los resultados de la tarjeta microfluídica. Se ha observado una expresión similar de miRNAs en general, con los valores de Ct entre 0-19,99 (C - D). Hay pocos miRNAs (16 de 277) con los valores de Ct entre 20 a 29,99 y significativas diferencias entre ensayos repetidos (E - F). Ochenta y nueve de 327microRNAs con los valores de Ct más altas (30-40) mostraron diferencias significativas entre ambas carreras (G - H). &#160; Los datos se analizaron mediante la prueba T pareada. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52586/52586fig3large.jpg" target="_blank">Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> <img alt="Figura 4" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig4.jpg" /> Figura 4: Representante del perfil de las curvas de amplificación por PCR del producto: Es una figura representativa de los combinados curvas (A) de amplificación de todos los genes miARN objetivos para una muestra de plasma humano. Un ensayo para U6 (un control común ncRNA) se coloca en cada subconjunto. La muestra en (B) demuestra una baja variabilidad (SD &lt;0,5), mientras que (C) muestra alta desviación estándar (SD&gt; 0,5) dentro de U6 se replica. Ambas muestras son total ARN aislado a partir de plasma humano. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52586/52586fig4large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> <img alt="Figura 5" src="/files/ftp_upload/52586/52586fig5.jpg" /> Figura 5: Análisis del control de calidad de nanofluidos Arrays: control de calidad (QC) imágenes de un array nanofluidos cargado correctamente (izquierda) y una serie nanofluidos cargado incorrectamente (a la derecha). El tinte pasiva, ROX (presente en la mezcla de reactivos qPCR), fluorescente para indicar un agujero pasante cargado correctamente. La matriz de la derecha tiene varios subconjuntos / orificios pasantes que no estén cargados con la mezcla de reactivos qPCR y estos deben ser identificadas como reacciones falsos negativos de PCR. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por 5 l de reacción (l) </td></tr&gt; <tr><td> Tampón de RT (10x) </td><td> 0.5 </td></tr><tr><td> dNTPs (100 mM) </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> RNasa inhibidor </td><td> 0.6 </td></tr><tr><td> Agua libre de nucleasa </td><td> 1.39 </td></tr><tr><td> Transcriptasa Inversa </td><td> 0.33 </td></tr><tr><td> Volumen total </td><td> 2.33 </td></tr></tbody></table> Tabla 1A: RT componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción de RT 5 l de TaqMan en tiempo real qPCR utilizando una plataforma de placa de 96 pocillos estándar. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por 5 l de reacción (l) </td><td> Volumen por 20 l de reacción (l) </td></tr><tr><td> Mastermix PCR rápida (2x) </td><td> 2.5 </td><td> 10 </td></tr><tr><td> Ensayo TaqMan qPCR (20x) * </td><td> 0.25 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> Libre de nucleasaagua </td><td> 1.45 </td><td> 5.8 </td></tr><tr><td> Volumen Total: </td><td> 4.2 </td><td> 16.8 </td></tr></tbody></table> * Componente de ensayo basado en el miARN seleccionado probado. Tabla 1B: qPCR componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción qPCR 5 o 20 l de TaqMan en tiempo real qPCR utilizando una plataforma de placa de 96 pocillos estándar. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por reacción (l) </td></tr><tr><td> Megaplex RT Primers (10x) </td><td> 0.8 </td></tr><tr><td> dNTPs con dTTP (100 mM) </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> Multiscribe transcriptasa inverso (50 U / l) </td><td> 1.5 </td></tr><tr><td> 10X RT Buffer </td><td> 0.8 </td></tr><tr><td> MgCl2 (25 mM) </td><td> 0.9 </td></tr><tr><td> RNasa Inhibidor &amp; #<html> 160; (20 U / l) </td><td> 0.1 </td></tr><tr><td> Agua libre de nucleasa </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> Total </td><td> 4.5 </td></tr></tbody></table> Tabla 2A: RT componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción RT 5 l para el panel TLDA miRNA. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por reacción (l) </td></tr><tr><td> TaqMan PreAmp Mastermix (2x) </td><td> 12.5 </td></tr><tr><td> Megaplex preamplificador Primers (10x) </td><td> 2.5 </td></tr><tr><td> Agua libre de nucleasa </td><td> 7.5 </td></tr><tr><td> Total </td><td> 22.5 </td></tr></tbody></table> Tabla 2B: preamplificador componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción de 25 l de pre-amplificación para el panel TLDA miRNA. &quot;Cellspacing =&quot; 0 &quot;&gt; <tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por reacción (l) </td></tr><tr><td> Megaplex RT Primers (10x) </td><td> 0.75 </td></tr><tr><td> dNTPs con dTTP (100 mM) </td><td> 0.15 </td></tr><tr><td> Multiscribe transcriptasa inverso (50 U / l) </td><td> 1.5 </td></tr><tr><td> 10X RT Buffer </td><td> 0.75 </td></tr><tr><td> MgCl2 (25 mM) </td><td> 0.9 </td></tr><tr><td> RNasa Inhibidor (20 U / l) </td><td> 0.09 </td></tr><tr><td> Agua libre de nucleasa </td><td> 0.35 </td></tr><tr><td> Total </td><td> 4.5 </td></tr></tbody></table> Tabla 3A: RT componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción RT 5 l para el panel nanofluidos miARN basada en sondeos. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Componentes </td><td> Volumen por reacción (l) </td></tr><tr><td> TaqMan PreAmp Mastermix (2x) </td><td> 12.5 </td></tr><tr><td> Megaplex preamplificador Primers (10x) </td><td> 2.5 </td></tr><tr><td> Agua libre de nucleasa </td><td> 7.5 </td></tr><tr><td> Total </td><td> 22.5 </td></tr></tbody></table> Tabla 3B:. Preamplificador componentes de la mezcla de reactivos en una preparación de reacción de 25 l de pre-amplificación para el panel nanofluidos miARN basado en la sonda NOTA: El complementario interactivo excel hojas de cálculo previstas para las tres plataformas, ya representa la adición de 5% para compensar el error de pipeteo. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Muestra A </td><td> Muestra A repetición </td></tr><tr><td> 15.535 </td><td> 16.156 </td></tr><tr><td> 15.471 </td><td> 15.652 </td></tr><tr><td> 15.623 </td><td> 16.063 </td></tr><tr><td> 15.963 </td><td> 15.889 </td></tr><tr><td> 14.006 </td><td> 13.993 </td></tr><tr><td> 14.502 </td><td> 14.623 </td></tr><tr><td> 14.907 </td><td> 14.384 </td></tr><tr><td> 13.732 </td><td> 14.946 </td></tr></tbody></table> Tabla 4: Circulación miARN perfiles U6 usando microfluidos tarjeta matriz. Uso de dos tarjetas de matriz de microfluidos (A y B). Valores Ct de miRNA de control U6 de la muestra A (total = 8). El control U6 Consistente miARN abundancia observada entre las carreras.

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Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

MicroRNAs circulantes han surgido recientemente como biomarcadores prometedores y novedosos para varios tipos de cáncer y otras enfermedades. El objetivo de este artículo es discutir tres plataformas basados ​​en sondas diferentes en tiempo real PCR y métodos que están disponibles para cuantificar y determinar la abundancia de microRNAs en circulación.

PCR en tiempo real basada en sondeos Enfoques para la medición cuantitativa de microRNAs

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

probe-based-real-time-pcr-approaches-for-quantitative-measurement

Research

JoVE Journal

Biology

33.0K vistas.  The University of Sydney.  MicroRNAs circulantes han surgido recientemente como biomarcadores prometedores y novedosos para varios tipos de cáncer y otras enfermedades. El objetivo de este artículo es discutir tres plataformas basados ​​en sondas diferentes en tiempo real PCR y métodos que están disponibles para cuantificar y determinar la abundancia de microRNAs en circulación. 

Video: Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

Experimental Approaches to Tissue Engineering

Métodos experimentales para la Ingeniería de Tejidos

Investigación

Biología

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and accuracy of the assay. These primer/probe sets are pre-designed to &gt;98% of the human and mouse genomes and feature significant improvements from previously available technologies. These improvements were made possible by virtue of a novel design algorithm, developed by Thermo Scientific bioinformatics experts.
Several convenient features have been incorporated into the Solaris qPCR Assay to streamline the process of performing quantitative real-time PCR. First, the protocol is similar to commonly employed alternatives, so the methods used during qPCR are likely to be familiar. Second, the master mix is blue, which makes setting the qPCR reactions easier to track. Third, the thermal cycling conditions are the same for all assays (genes), making it possible to run many samples at a time and reducing the potential for error. Finally, the probe and primer sequence information are provided, simplifying the publication process.
Here, we demonstrate how to obtain the appropriate Solaris reagents using the GENEius product search feature found on the ordering web site (www.thermo.com/solaris) and how to use the Solaris reagents for performing qPCR using the standard curve method.

The Solaris qPCR Gene Expression Assays are novel pre-designed qPCR primer/probe combinations designed to simplify the qPCR process without sacrificing the specificity and robustness of the assay.

Cuantitativas PCR en tiempo real utilizando el Thermo Scientific Solaris qPCR ensayo

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB continues to spread rapidly and attacks ash trees of different ages, from saplings to mature trees. However, to date very little or no molecular knowledge exists for EAB. We are interested in deciphering the molecular-based physiological processes at the tissue level that aid EAB in successful colonization of ash trees. In this report we show the effective use of quantitative real-time PCR (qRT-PCR) to ascertain mRNA levels in different larval tissues (including midgut, fat bodies and cuticle) and different developmental stages (including 1st-, 2nd-, 3rd-, 4th-instars, prepupae and adults) of EAB. As an example, a peritrophin gene (herein named, AP-PERI1) is exemplified as the gene of interest and a ribosomal protein (AP-RP1) as the internal control. Peritrophins are important components of the peritrophic membrane/matrix (PM), which is the lining of the insect gut. The PM has diverse functions including digestion and mechanical protection to the midgut epithelium.

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) is an effective tool to diagnose mRNA levels in different insect tissues and developmental stages. In this report we show the use of qRT-PCR to ascertain mRNA levels in different larval tissues and developmental stages of the invasive insect species, emerald ash borer.

Análisis de la expresión génica en el barrenador esmeralda del fresno ( Agrilus planipennis) Utilizando Real-PCR cuantitativa en tiempo

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower detection limit compared to other methods of gene expression profiling while using smaller amounts of input for each assay.  Automated qPCR setup has improved this field by allowing for greater reproducibility.  Its convenient and rapid setup allows for high-throughput experiments, enabling the profiling of many different genes simultaneously in each experiment.  This method along with internal plate controls also reduces experimental variables common to other techniques.  
We recently developed a qPCR assay for profiling of pre-microRNAs  (pre-miRNAs) using a set of 186 primer pairs.  MicroRNAs have emerged as a novel class of small, non-coding RNAs with the ability to regulate many mRNA targets at the post-transcriptional level.  These small RNAs are first transcribed by RNA polymerase II as a primary miRNA (pri-miRNA) transcript, which is then cleaved into the precursor miRNA (pre-miRNA).  Pre-miRNAs are exported to the cytoplasm where Dicer cleaves the hairpin loop to yield mature miRNAs.  Increases in miRNA levels can be observed at both the precursor and mature miRNA levels and profiling of both of these forms can be useful.  There are several commercially available assays for mature miRNAs; however, their high cost may deter researchers from this profiling technique.  Here, we discuss a cost-effective, reliable, SYBR-based qPCR method of profiling pre-miRNAs.  Changes in pre-miRNA levels often reflect mature miRNA changes and can be a useful indicator of mature miRNA expression.  However, simultaneous profiling of both pre-miRNAs and mature miRNAs may be optimal as they can contribute nonredundant information and provide insight into microRNA processing.  Furthermore, the technique described here can be expanded to encompass the profiling of other library sets for specific pathways or pathogens.

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

We will demonstrate the setup and analysis of pre-microRNA 96-well arrays for QPCR using a robot as well as by hand with a Thermo Scientific Matrix multichannel pipette.

Perfiles de Pre-micro ARN y microRNAs utilizando cuantitativa en tiempo real PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, messages are carried by neurotransmitters released from presynaptic terminals and received by receptors on postsynaptic cells. Our previous research in Caenorhabditis elegans has shown that VSM-1 negatively regulates exocytosis. Additionally, analysis of synapses in vsm-1 mutants showed that animals lacking a fully functional VSM-1 have increased synaptic connectivity. Based on these preliminary findings, we hypothesized that C. elegans VSM-1 may play a crucial role in synaptogenesis. To test this hypothesis, double-labeled microarray analysis was performed, and gene expression profiles were determined. First, total RNA was isolated, reversely transcribed to cDNA, and hybridized to the DNA microarrays. Then, in-silico analysis of fluorescent probe hybridization revealed significant induction of many genes coding for members of the major sperm protein family (MSP) in mutants with enhanced synaptogenesis. MSPs are the major component of sperm in C. elegans and appear to signal nematode oocyte maturation and ovulation . In fruit flies, Chai and colleagues 1 demonstrated that MSP-like molecules regulate presynaptic bouton number and size at the neuromuscular junction. Moreover, analysis performed by Tsuda and coworkers 2 suggested that MSPs may act as ligands for Eph receptors and trigger receptor tyrosine kinase signaling cascades. Lastly, real time PCR analysis corroborated that the gene coding for MSP-32 is induced in vsm-1(ok1468) mutants. Taken together, research performed by our laboratory has shown that vsm-1 mutants have a significant increase in synaptic density, which could be mediated by MSP-32 signaling.

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Microarray analysis was conducted to determine genetic expression profiles in C. elegans, and real-time PCR was used to validate and quantify microarray data.

La determinación de perfiles genéticos de expresión en C. elegans Utilización de microarrays y PCR en tiempo real

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

FRET Microscopy for Real-time Monitoring of Signaling Events in Live Cells Using Unimolecular Biosensors

F&ouml;rster resonance energy transfer (FRET) microscopy continues to gain increasing interest as a technique for real-time monitoring of biochemical and signaling events in live cells and tissues. Compared to classical biochemical methods, this novel technology is characterized by high temporal and spatial resolution. FRET experiments use various genetically-encoded biosensors which can be expressed and imaged over time in situ or in vivo1-2. Typical biosensors can either report protein-protein interactions by measuring FRET between a fluorophore-tagged pair of proteins or conformational changes in a single protein which harbors donor and acceptor fluorophores interconnected with a binding moiety for a molecule of interest3-4. Bimolecular biosensors for protein-protein interactions include, for example, constructs designed to monitor G-protein activation in cells5, while the unimolecular sensors measuring conformational changes are widely used to image second messengers such as calcium6, cAMP7-8, inositol phosphates9 and cGMP10-11. Here we describe how to build a customized epifluorescence FRET imaging system from single commercially available components and how to control the whole setup using the Micro-Manager freeware. This simple but powerful instrument is designed for routine or more sophisticated FRET measurements in live cells. Acquired images are processed using self-written plug-ins to visualize changes in FRET ratio in real-time during any experiments before being stored in a graphics format compatible with the build-in ImageJ freeware used for subsequent data analysis. This low-cost system is characterized by high flexibility and can be successfully used to monitor various biochemical events and signaling molecules by a plethora of available FRET biosensors in live cells and tissues. As an example, we demonstrate how to use this imaging system to perform real-time monitoring of cAMP in live 293A cells upon stimulation with a &beta;-adrenergic receptor agonist and blocker.

F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) microscopy is a powerful technique for real-time monitoring of signaling events in live cells using various biosensors as reporters. Here we describe how to build a customized epifluorescence FRET imaging system from commercially available components and how to use it for FRET experiments.

FRET Microscopía de Monitoreo en tiempo real de eventos de señalización en las células vivas Uso de biosensores unimoleculares

F&ouml;rster resonance energy transfer (FRET) microscopy  continues to gain increasing interest as a technique for real-time monitoring  of biochemical ...

Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base excision repair (BER) molecular beacons. The substrate (beacon) is comprised of a deoxyoligonucleotide containing a single base lesion with a 6-Carboxyfluorescein (6-FAM) moiety conjugated to the 5'end and a Dabcyl moiety conjugated to the 3' end of the oligonucleotide. The BER molecular beacon is 43 bases in length and the sequence is designed to promote the formation of a stem-loop structure with 13 nucleotides in the loop and 15 base pairs in the stem1,2. When folded in this configuration the 6-FAM moiety is quenched by Dabcyl in a non-fluorescent manner via F&ouml;rster Resonance Energy Transfer (FRET)3,4. The lesion is positioned such that following base lesion removal and strand scission the remaining 5 base oligonucleotide containing the 6-FAM moiety is released from the stem. Release and detachment from the quencher (Dabcyl) results in an increase of fluorescence that is proportionate to the level of DNA repair. By collecting multiple reads of the fluorescence values, real-time assessment of BER activity is possible. The use of standard quantitative real-time PCR instruments allows the simultaneous analysis of numerous samples. The design of these BER molecular beacons, with a single base lesion, is amenable to kinetic analyses, BER quantification and inhibitor validation and is adaptable for quantification of DNA Repair activity in tissue and tumor cell lysates or with purified proteins. The analysis of BER activity in tumor lysates or tissue aspirates using these molecular beacons may be applicable to functional biomarker measurements. Further, the analysis of BER activity with purified proteins using this quantitative assay provides a rapid, high-throughput method for the discovery and validation of BER inhibitors.

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates. The assay yields rates of DNA Repair activity amenable to kinetic analysis and is adaptable for quantification of DNA Repair activity in tissue and tumor lysates or with purified proteins.

Cuantitativo, análisis en tiempo real de la actividad de reparación por escisión de base en lisados ​​celulares que utilizan la lesión específicos Molecular beacons

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base ...

Autonomously Bioluminescent Mammalian Cells for Continuous and Real-time Monitoring of Cytotoxicity

Mammalian cell-based in vitro assays have been widely employed as alternatives to animal testing for toxicological studies but have been limited due to the high monetary and time costs of parallel sample preparation that are necessitated due to the destructive nature of firefly luciferase-based screening methods. This video describes the utilization of autonomously bioluminescent mammalian cells, which do not require the destructive addition of a luciferin substrate, as an inexpensive and facile method for monitoring the cytotoxic effects of a compound of interest. Mammalian cells stably expressing the full bacterial bioluminescence (luxCDABEfrp) gene cassette autonomously produce an optical signal that peaks at 490 nm without the addition of an expensive and possibly interfering luciferin substrate, excitation by an external energy source, or destruction of the sample that is traditionally performed during optical imaging procedures. This independence from external stimulation places the burden for maintaining the bioluminescent reaction solely on the cell, meaning that the resultant signal is only detected during active metabolism. This characteristic makes the lux-expressing cell line an excellent candidate for use as a biosentinel against cytotoxic effects because changes in bioluminescent production are indicative of adverse effects on cellular growth and metabolism. Similarly, the autonomous nature and lack of required sample destruction permits repeated imaging of the same sample in real-time throughout the period of toxicant exposure and can be performed across multiple samples using existing imaging equipment in an automated fashion.

Mammalian cells expressing the bacterial bioluminescence gene cassette (lux) produce light autonomously. The resulting bioluminescent dynamics upon chemical exposure have been demonstrated to reflect the treatment effects on cellular growth and metabolism, making these cells an inexpensive, continuous, real-time toxicity screening tool that can easily be adapted for high-throughput automation.

Las células de mamíferos bioluminiscentes manera autónoma para la monitorización continua y en tiempo real de citotoxicidad

Mammalian  cell-based in vitro assays have been  widely employed as alternatives to animal testing for toxicological studies but  have been limited due to ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different lineages. A single cell transcriptome assay can be a new approach for dissecting individual variation. We have developed the single cell qRT-PCR method, and confirmed that this method works well in several gene expression profiles. In single cell level, each human embryonic stem cell, sorted by OCT4::EGFP positive cells, has high expression in OCT4, but a different level of NANOG expression. Our single cell gene expression assay should be useful to interrogate population heterogeneities.

Single cell gene expression assay is needed for understanding stem cell heterogeneities.

Perfiles de Células Madre Embrionarias Humanas individual por RT-PCR cuantitativa

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic chromosome, synIII1, and one synthetic chromosome arm, synIXR2, have been constructed and their in vivo function validated in the absence of the corresponding wild type chromosomes. An important design feature of Sc2.0 chromosomes is the introduction of PCRTags, which are short, re-coded sequences within open reading frames (ORFs) that enable differentiation of synthetic chromosomes from their wild type counterparts. PCRTag primers anneal selectively to either synthetic or wild type chromosomes and the presence/absence of each type of DNA can be tested using a simple PCR assay. The standard readout of the PCRTag assay is to assess presence/absence of amplicons by agarose gel electrophoresis. However, with an average PCRTag amplicon density of one per 1.5 kb and a genome size of ~12 Mb, the completed Sc2.0 genome will encode roughly 8,000 PCRTags. To improve throughput, we have developed a real time PCR-based detection assay for PCRTag genotyping that we call qPCRTag analysis. The workflow specifies 500 nl reactions in a 1,536 multiwell plate, allowing us to test up to 768 PCRTags with both synthetic and wild type primer pairs in a single experiment.

Designer chromosomes of the Synthetic Yeast Genome project, Sc2.0, can be distinguished from their native counterparts using a PCR-based genotyping assay called PCRTagging, which has a presence/absence endpoint. Here we describe a high-throughput real time PCR detection method for PCRTag genotyping.

Análisis qPCRTag - Un alto rendimiento, Tiempo real ensayo PCR para Sc2.0 Genotipado

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...