Tutorial de análisis computacional para ARN quimérico pequeño no codificante: bibliotecas de secuenciación de ARN diana

Este protocolo cubre la instalación y los pasos prácticos para el uso de una canalización computacional diseñada para analizar datos de secuenciación de alto rendimiento de interacciones quiméricas de ARN no codificante-ARN diana. La estrategia molecular para formar ARN quiméricos es un desarrollo relativamente reciente que tiene ventajas en comparación con las herramientas de predicción biocromática anteriores en la comprensión inequívoca del panorama de interacción ARN-ARN diana no codificante de todo el genoma. Los datos de secuenciación generados a partir de la secuenciación de alto rendimiento de los ARN quiméricos pueden presentar un desafío de análisis para los nuevos adoptantes de esta estrategia.

Hemos establecido una canalización computacional multiplataforma de código abierto que está altamente anotada para permitir a los usuarios de nivel básico analizar los datos de sus experimentos quiméricos de secuenciación de ARN diana de ARN no codificante. En experimentos futuros, el laboratorio de Mefford planea utilizar el análisis computacional por chatarra en el conjunto de datos generado a partir de nuestras investigaciones en curso sobre la regulación postranscripcional en el sistema nervioso de los mamíferos, así como mantener una chatarra de actualización en nuestro GitHub.