Automatización del cribado por criomicroscopía electrónica en múltiples redes con Smart Leginon

En el Centro de Microscopía Electrónica Simons, nuestro objetivo es proporcionar excelentes servicios, experiencia y capacitación en microscopía electrónica a investigadores locales y nacionales, y desarrollar métodos innovadores para optimizar los flujos de trabajo. Nuestro alcance abarca el servicio, el desarrollo, el aprendizaje automático y la investigación biomédica. Estamos tratando de responder, ¿cómo podemos optimizar mejor nuestros servicios?

El aprendizaje automático está cambiando el campo de la microscopía electrónica. La recopilación de datos se está automatizando. Las herramientas de análisis de datos son cada vez más eficientes.

Esto incluye la eliminación de ruido de las imágenes, la selección de partículas, el análisis de flexibilidad 3G y la creación de modelos. Actualizamos regularmente el software para tener en cuenta diferentes situaciones, como diferentes agujeros en la red, recolección inclinada o errores identificados a través del software de prueba beta en nuestro entorno de producción. También integramos los comentarios de nuestros usuarios, por lo que proporcionamos continuamente funciones que son útiles para ellos.

Smart Leginon aborda las tareas laboriosas y que requieren mucho tiempo y de cribado de una o más rejillas en un crioTEM. Permite a los operadores e investigadores examinar y analizar las cuadrículas más rápidamente, al tiempo que libera tiempo para optimizar las condiciones de la cuadrícula y la muestra en paralelo. Esto también reduce el tiempo y el costo del microscopio.

La pantalla automática Smart Leginon ofrece una detección de múltiples cuadrículas totalmente desatendida, que tarda unos 10 minutos en configurar la detección para 12 cuadrículas. En comparación con el cribado manual, nuestro protocolo ahorra varias horas al día. Desde la introducción de Smart Leginon, se han desarrollado otros programas gratuitos y comerciales para una automatización similar.