Les schémas de fragmentation observés pour les composés tels que les acides carboxyliques, les esters et les amides dans les spectres de masse incluent le clivage α et le réarrangement de McLafferty. La fragmentation par clivage α se produit préférentiellement au niveau de la liaison carbone-carbone en position α à côté du groupe carboxylique pour générer un radical neutre et un cation. Les composés à longue chaîne avec de l'hydrogène sur leur carbone γ subissent un réarrangement de McLafferty pour donner un cation radicalaire et un alcène neutre.

Par exemple, la fragmentation du butyramide est illustrée dans la Figure 1. Le pic de l'ion moléculaire du butyramide, qui contient un atome d'azote, présente un rapport masse/charge impair de 87. La fragmentation de l'ion moléculaire butyramide par clivage α produit un cation avec un rapport masse/charge de 44. En plus du clivage α, l'ion moléculaire butyramide subit également une fragmentation via le réarrangement de McLafferty. Le pic de base avec un rapport masse/charge de 59 est dû au réarrangement de McLafferty.