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Method Article
Nous décrivons les procédures pour l'étiquetage et le génotypage des souris nouveau-nés et de générer des cultures de neurones primaires d'eux. Le génotypage est rapide, efficace et fiable, et permet pour l'extraction de l'acide nucléique automatisé. Ceci est particulièrement utile pour les souris néonatale létales et leurs cultures qui nécessitent l'achèvement préalable de génotypage.
Analyse à haute résolution de la morphologie et la fonction des neurones de mammifères nécessite souvent le génotypage des animaux individuels, suivie par l'analyse des cultures primaires de neurones. Nous décrivons un ensemble de procédures pour: l'étiquetage souriceaux nouveau-nés pour être génotypés, le génotypage rapide, et l'établissement de cultures à faible densité de neurones du cerveau de ces souris. Souris individuels sont repérés par le tatouage, ce qui permet une identification à long terme durable à l'âge adulte. Génotypage par le protocole décrit est rapide et efficace, et permet l'extraction automatisée des acides nucléiques avec une bonne fiabilité. Ce est utile dans des circonstances où le temps suffisant pour le génotypage conventionnelle ne est pas disponible, par exemple, chez les souris qui souffrent de létalité néonatale. Cultures de neurones primaires sont générés à faible densité, qui permet des expériences d'imagerie à haute résolution spatiale. Cette méthode de culture nécessite la préparation de couches nourricières gliales avant le placage neuronale. Le pPROTOCOLE est appliquée dans sa totalité à un modèle de souris de la dystonie trouble du mouvement DYT1 (souris knock-in-torsinA AE), et les cultures neuronales sont préparées à partir de l'hippocampe, le cortex cérébral et le striatum de ces souris. Ce protocole peut être appliqué à des souris avec d'autres mutations génétiques, ainsi que pour d'autres espèces d'animaux. En outre, les composants individuels du protocole peut être utilisé pour les sous-projets isolés. Ainsi ce protocole aura de larges applications, non seulement en neurosciences, mais aussi dans d'autres domaines des sciences biologiques et médicales.
des modèles de rongeurs de maladies génétiques se sont révélés utiles dans l'établissement des fonctions physiologiques normales de protéines et d'acides nucléiques, ainsi que les conséquences pathophysiologiques de défauts de ceux-ci. Des exemples comprennent les souris déficientes pour des protéines impliquées dans des fonctions cellulaires clés, ainsi que des modèles murins de maladies telles que la maladie d'Alzheimer. Cependant, certaines manipulations génétiques peuvent conduire à létalité néonatale peu ou quelques jours après la naissance. Dans ces cas, des cultures de cellules primaires sont un outil important parce que les cellules vivantes peuvent être obtenus auprès des chiots embryonnaires ou néonatales avant la mort, ils peuvent être conservés pendant au moins quelques semaines in vitro, et pendant ce temps le développement neuronal début peuvent être suivies par expériences biochimiques, morphologiques et fonctionnelles. Pour les cultures primaires, il peut être bénéfique à l'assiette les neurones à faible densité; ce qui permet de visualiser le soma individuel, dendrites, arbres axonales et le nerf termisignaux à haute résolution spatiale. Toutefois, la survie et la différenciation des neurones à faible densité nécessite généralement qu'ils sont étalées sur une couche nourricière gliale, co-cultivées avec des cellules gliales en l'absence de contact physique avec eux, ou cultivées dans du milieu conditionné par des cellules gliales 1.
L'établissement de faible densité des cultures de neurones sur des couches nourricières gliales peut dépendre rapide et fiable génotypage préalable - dans un peu d'heures à la différence de quelques jours. La vitesse est particulièrement importante lorsque le génotype neuronal doit être adaptée à celle d'une couche d'alimentation gliale préparé à l'avance. A titre d'exemple plus pratique, il peut être nécessaire de décider lequel des chiots qui génotype à utiliser dans des cultures de production, afin d'optimiser l'efficacité d'une expérience.
Ici, nous démontrons le protocole de travail qui a été utilisé pour le génotypage de la souris rapide, simplifiée et fiable dans les publications précédentes 2-6. Queues de souris etun kit disponible dans le commerce sont utilisés. Ce protocole comprend une seule étape d'extraction d'acides nucléiques à partir du tissu, et ne nécessite ni une étape de purification des acides nucléiques, ni l'utilisation d'un tampon de terminaison («stop solution"). La fiabilité de cette méthode de génotypage est illustré en présentant les résultats d'une série d'essais lorsque des différences sont introduites par rapport à la quantité de départ des échantillons, l'âge de l'animal et la longueur des amplicons PCR. Ce kit offre les avantages de l'extraction et la fiabilité automatisé.
Par souci d'être complet, l'utilisation du tatouage d'identification à long terme des souris génotypés est également démontrée. Le tatouage est réalisé par application d'une encre de tatouage dans le derme de la peau (sous l'épiderme) 7. Un procédé est décrit pour le tatouage les coussinets des pattes de souris nouveau-nés ou de vieux un jour, bien que les tatouages peuvent être appliqués à d'autres parties du corps, telles que les queues et les orteils, et animals de tous âges. En outre, les procédures seront montrées pour le placage et la culture de neurones de souris à une faible densité, sur la base de la préparation optimisée des différents types de couches nourricières gliales 2,8.
On utilise un modèle de souris génétique du trouble neurologique héréditaire DYT1 dystonie - un trouble du mouvement autosomique dominante causée par une mutation dans le gène de TOR1A (c.904_906delGAG / c.907_909delGAG; p.Glu302del / p.Glu303del) 9. La protéine codée, torsinA, fait partie des "ATPases associées à diverses activités cellulaires" (AAA +) de la famille des protéines, dont les membres accomplissent généralement des fonctions de chaperon, en aidant à: dépliement des protéines, la protéine complexe de démontage, le trafic membranaire, et la fusion des vésicules 10-13. Les résultats de mutation dans une délétion en cadre d'un codon pour l'acide glutamique, et peuvent conduire à la manifestation de «l'apparition précoce de la dystonie généralisée isolé» 14,15. Cependant, la voieophysiological mécanismes responsables de cette maladie sont encore mal compris. Dans un modèle de souris knock-in, l'allèle mutant est Tor1a tm2Wtd, mentionné ci-après comme Tor1a AE. Hétérozygote AE-torsinA souris knock-in sont des patients humains viables et génétiquement imitent avec DYT1 dystonie, alors homozygote souris knock-in meurent après la naissance 16,17, avec la latence à mort postnatale touchés par bagage génétique 18. La mort précoce de souris knock-in homozygote nécessite que tant l'analyse génotypique des animaux et l'établissement de cultures de neurones sont achevées rapidement. Comme autre exemple de génotypage, TFAP2A (facteur de transcription AP-2α, la protéine de liaison d'activation activateur 2α) sera utilisée. La protéine codée par ce gène est important dans la régulation de nombreux processus cellulaires tels que la prolifération, la différenciation, la survie et l'apoptose 19.
NOTE: Toutes les procédures animales effectuées dans cette étude ont été approuvées par le soin et l'utilisation des animaux Commission institutionnelle de l'Université de l'Iowa.
1. identification à long terme des souris en utilisant tatouage les coussinets
2. Les souris nouveau-nés génotypage utilisant un kit de génotypage PCR rapide
3. Culture primaire de cerveau de souris Neurons sur gliales Feeder couche
REMARQUE: Les procédures de dissection du cerveau et de la dissociation de la cellule (3,1) sont communs à toutes les procédures ultérieures. Les procédures de cultures gliales de la souris (3,2), cultures de cellules gliales de rat (3,3), et des cultures de neurones de souris (3,4) sont décrits séparément par la suite.
Comme exemple de l'application de ce protocole, des résultats représentatifs sont présentés pour l'étiquetage des souris par le tatouage, le génotypage fiable dans diverses conditions expérimentales, et l'établissement de cultures de neurones primaires sur des couches nourricières gliales.
Tatouage
Les nouveau-nés ont été marqués sur les coussinets en utilisant un système de tatouage ('nouveau-né' de la ...
Le protocole présenté ici inclut des procédures pour le tatouage d'étiqueter / identifier les souris, pour le génotypage des souris de conseils de la queue, et pour la culture de neurones du cerveau de la souris à faible densité. Dans une série d'expériences utilisant 6-8 chiots, ces procédures exigent généralement ~ 0,5 h, ~ 4 h et ~ 2 heures, respectivement, à un total de 6-7 heures. Cela rend pratique pour une seule expérimentateur pour terminer toutes les procédures nécessaires à partir du m...
The author (Zhengmin Huang) is the president of EZ BioResearch LLC that produces reagents described in this article.
The authors thank researchers at the University of Iowa, Drs. Luis Tecedor, Ines Martins and Beverly Davidson for instructions and helpful comments regarding striatal cultures, and Drs. Kara Gordon, Nicole Bode and Pedro Gonzalez-Alegre for genotyping assistance and discussions. We also thank Dr. Eric Weyand (Animal Identification and Marking Systems) for helpful comments regarding tattooing, and Dr. Shutaro Katsurabayashi (Fukuoka University) for helpful comments regarding the mouse culture. This work was supported by grants from the American Heart Association, the Department of Defense (Peer Reviewed Medical Research Program award W81XWH-14-1-0301), the Dystonia Medical Research Foundation, the Edward Mallinckrodt, Jr. Foundation, the National Science Foundation, and the Whitehall Foundation (N.C.H.).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
REAGENTS - tattooing | |||
Machine Cleanser | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NMCR3 | This is used to clean the needles and the holder after tattooing. |
Machine Drying Agent | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NDAR4 | This is used to dry the needles and holder after cleaning. |
Neonate Tattoo Black Pigment | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NBP01 | |
Skin Prep Applicator | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NSPA1 | Q-tip. |
Skin Prep solution | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NSP01 | This reagent delivers a thin layer of oil that enhances the efficiency of tattooing and prevents tattoo fading, by (information from vendor): 1) preventing non-tattooed skin from being stained temporarily, thereby allowing the quality of a paw pad tattoo to be easily evaluated before the pup is returned to its home cage – the stained skin surface can be confused with the tattooed skin, 2) reducing skin damage during tattooing – softening the skin and lubricating the needle will help the needle penetrate the skin without causing skin damage, and 3) preventing molecular oxygen from entering the skin, thereby reducing inflammatory responses to reactive oxygen species that can be generated. |
REAGENTS - genotyping | |||
EZ Fast Tissue/Tail PCR Genotyping Kit (Strip Tube Format) | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | |
2X PCR Ready Mix II | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | A red, loading dye for electrophoresis is included in the 2X PCR Ready Mix solution. |
Tissue Lysis Solution A | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | Prepare DNA Extraction Solution by mixing 20 µl of Tissue Lysis Solution A and 180 µl of Tissue Lysis Solution B per specimen. |
Tissue Lysis Solution B | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | Prepare DNA Extraction Solution by mixing 20 µl of Tissue Lysis Solution A and 180 µl of Tissue Lysis Solution B per specimen. |
Acetic acid, glacial | VWR | BDH 3092 | |
Agarose optimized grade, molecular biology grade | rpi | A20090-500 | We use 2% agarose gels in TAE buffer containing the SYBR Safe DNA gel stain (diluted 10,000-fold) or ethidium bromide (0.5 µg/ml gel volume). |
Ethidium bromide | Sigma-Aldrich | E7637-1G | |
Ethylenediamine tetraacetic acid, disodium salt dihydrate (EDTA) | Fisher | BP120-500 | |
Filtered Pipet Tips, Aerosol-Free, 0.1-10 µl | Dot Scientific Inc | UG104-96RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Filtered Pipet Tips, Premium Fit Filter Tips, 0.5-20 µl | Dot Scientific Inc | UG2020-RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Filtered Pipet Tips, Premium Fit Filter Tips, 1-200 µl | Dot Scientific Inc | UG2812-RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Molecular weight marker, EZ DNA Even Ladders 100 bp | EZ BioResearch LLC | L1001 | We use either of these three molecular weight markers. |
Molecular weight marker, EZ DNA Even Ladders 1000 bp | EZ BioResearch LLC | L1010 | |
Molecular weight marker, TrackIt, 100 bp DNA Ladder | GIBCO-Invitrogen | 10488-058 | |
PCR tubes, 8-tube strips with individually attached dome top caps, natural, 0.2 ml | USA Scientific | 1402-2900 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. An 8-tube strip is easy to handle and to group the specimens than individual tubes. |
PCR tubes, Ultraflux Individual | rpi | 145660 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. |
Seal-Rite 0.5 ml microcentrifuge tube, natural | USA Scientific | 1605-0000 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. |
SYBR Safe DNA gel stain * 10,000x concentration in DMSO | GIBCO-Invitrogen | S33102 | |
Tris base | rpi | T60040-1000 | |
Primers for amplifying Tor1a gene in ΔE-torsinA knock-in mice | 5'-AGT CTG TGG CTG GCT CTC CC-3' (forward) and 5'-CCT CAG GCT GCT CAC AAC CAC-3' (reverse) (reference 18). These primers were used at a final concentration of 1.0 ng/µl (~0.16 µM) (reference 2). | ||
Primers for amplifying Tfap2a gene in wild-type mice | 5'-GAA AGG TGT AGG CAG AAG TTT GTC AGG GC-3' (forward), 5'-CGT GTG GCT GTT GGG GTT GTT GCT GAG GTA-3' (reverse) for the 498-bp amplicon, 5'-CAC CCT ATC AGG GGA GGA CAA CTT TCG-3' (forward), 5'-AGA CAC TCG GGC TTT GGA GAT CAT TC-3' (reverse) for the 983-bp amplicon, and 5'-CAC CCT ATC AGG GGA GGA CAA CTT TCG-3' (forward), 5'-ACA GTG TAG TAA GGC AAA GCA AGG AG-3' (reverse) for the 1990-bp amplicon. These primers are used at 0.5 µM. | ||
REAGENTS - cell culture | |||
5-Fluoro-2′-deoxyuridine | Sigma-Aldrich | F0503-100MG | See comments section of uridine for more information. |
B-27 supplement | GIBCO-Invitrogen | 17504-044 | |
Cell Culture Dishes 35 x 10 mm Dishes, Tissue Culture-treated | BD falcon | 353001 | |
Cell Culture Flasks, T25, Tissue Culture-treated, Canted-neck, plug-seal cap, 25 cm2 Growth Area, 70 ml | BD falcon | 353082 | |
Cell Culture Flasks, T75, Tissue Culture-treated, Canted-neck, vented cap, 75 cm2 Growth Area, 250 ml | BD falcon | 353136 | |
Conical Tube, polypropylene, 15 ml | BD falcon | 352095 | |
Countess (cell number counter) chamber slides | GIBCO-Invitrogen | C10312 | |
Cytosine β-D-Arabinofuranoside hydrochloride (Ara-C hydrochloride) | Sigma-Aldrich | C6645-100mg | |
D-(+)-Glucose (Dextrose) anhydrous, SigmaUltra, 99.5% (GC) | Sigma-Aldrich | G7528-250G | |
Dish, Petri glass 100 x 15 mm | Pyrex | 3160-101 | |
Distilled water | GIBCO-Invitrogen | 15230-147 | |
DNase Type II | Sigma-Aldrich | D4527-200KU | Stock solution is prepared at 1,500 units/20 μl = 75,000 units/ml in distilled water. |
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), high glucose, GlutaMAX, pyruvate | GIBCO-Invitrogen | 10569-010, 500 ml | |
Fast PES Filter Unit, 250 ml, 50 mm diameter membrane, 0.2 µm Pore Size | Nalgene | 568-0020 | |
Fast PES Filter Unit, 500 ml, 90 mm diameter membrane, 0.2 µm Pore Size | Nalgene | 569-0020 | |
Fetal bovine serum (FBS) | GIBCO-Invitrogen | 26140-079 | |
Glass coverslip, 12 mm Round, thickness 0.09–0.12 mm, No. 0 | Carolina | 633017 | |
GlutaMAX-I | GIBCO-Invitrogen | 35050-061 | |
Hanks' Balanced Salts | Sigma-Aldrich | H2387-10X | |
HEPES, ≥99.5% (titration) | Sigma-Aldrich | H3375-250G | |
Hydrochloric acid, 37%, A.C.S reagent | Sigma-Aldrich | 258148-100 ML | |
Insulin | Sigma-Aldrich | I5500-250 mg | |
Magnesium sulfate heptahydrate, MgSO4•(7H2O), BioUltra, ≥99.5% (Fluka) | Sigma-Aldrich | 63138-250G | |
Matrigel Basement Membrane Matrix solution, Phenol Red-Free | BD Biosciences | 356237 | This is the coating material for coverslips and flasks. 1) To prepare it, thaw the Matrigel Basement Membrane Matrix solution on ice, which usually takes ~1 day. Using a pre-cooled pipette, aliquot the thawed solution into pre-cooled T25 flasks on ice, and store the flasks at -20 °C. To prepare the working Matrigel solution, thaw the aliquotted Matrigel in a flask on ice, dilute 50-fold by adding pre-cooled MEM solution and keep the diluted solution at 4 °C. It is important to pre-cool all cultureware and media that come into contact with Matrigel, except during and after the coating of coverslips, to prevent it from prematurely forming a gel. 2) To coat the glass coverslips or culture flasks with Matrigel, apply the Matrigel solution to the surface. Before plating cells, it is important to completely dry up the surface. For this purpose, it might be helpful to aspirate Matrigel during the cellular centrifugation immediately before plating the cells and to allow enough time for drying. |
Minimum Essential Medium (MEM) | GIBCO-Invitrogen | 51200-038 | |
MITO+ Serum Extender, 5 ml | BD Biosciences | 355006 | |
Multiwell Plates, Tissue Culture-treated 24-well plate | BD falcon | 353047 | |
Multiwell Plates, Tissue Culture-treated 6-well plate | BD falcon | 353046 | |
Neurobasal-A Medium (1X), liquid | GIBCO-Invitrogen | 10888-022 | |
Nitric Acid | VWR | bdh 3044 | |
NS (Neuronal Supplement) 21 | prepared in the lab | Source: reference 69 | |
Pasteur pipets, 5 ¾” | Fisher | 13-678-6A | Use this cotton-plugged 5 ¾” Pasteur pipette for cellular trituration. Fire-polish the tip beforehand to smooth the cut surface and to reduce the internal diameter to 50-80% of the original. Too small a tip will disrupt the cells and reduce cell viability, but too large a tip will decrease the efficiency of trituration. |
Pasteur pipets, 9” | Fisher | 13-678-6B | |
Potassium chloride (KCl), SigmaUltra, ≥99.0% | Sigma-Aldrich | P9333-500G | |
Serological pipet, 2 ml | BD falcon | 357507 | |
Serological pipet, 5 ml | BD falcon | 357543 | |
Serological pipet, 10 ml | BD falcon | 357551 | |
Serological pipet, 25 ml | BD falcon | 357525 | |
Serological pipet, 50 ml | BD falcon | 357550 | |
Sodium bicarbonate (NaHCO3, Sodium hydrogen carbonate), SigmaUltra, ≥99.5% | Sigma-Aldrich | S6297-250G | |
Sodium chloride (NaCl), SigmaUltra, ≥99.5% | Sigma-Aldrich | S7653-250G | |
Sodium hydroxide (NaOH), pellets, 99.998% trace metals basis | Sigma-Aldrich | 480878-250G | |
Sodium phosphate dibasic heptahydrate (Na2HPO4•(7H2O)), ≥99.99%, Aldrich | Sigma-Aldrich | 431478-250G | |
Sucrose, SigmaUltra, ≥99.5% (GC) | Sigma-Aldrich | S7903-250G | |
Syringe filter, sterile, 0.2 µm | Corning | 431219 | |
Syringe, 3 ml | BD falcon | 309585 | |
Transferrin, Holo, bovine plasma | Calbiochem | 616420 | |
Trypan Blue stain, 0.4% | GIBCO-Invitrogen | T10282 | This is used for counting live/dead cells. Renew an old trypan blue solution if it is re-used many times (e.g. several times a week for several weeks), because it will form precipitates and result in erroneous readouts of cellular density. |
Trypsin, type XI | Sigma-Aldrich | T1005-5G | |
Trypsin-EDTA solution, 0.25% | GIBCO-Invitrogen | 25200-056 | |
Uridine | Sigma-Aldrich | U3003-5G | Stock solution is prepared at 50-mg 5-fluoro-2'-deoxyuridine and 125 mg uridine in 25 ml DMEM (8.12 and 20.48 mM, respectively). |
REAGENTS - immunocytochemistry | |||
Antibody, rabbit polyclonal anti-MAP2 | Merck Millipore | AB5622 | |
Antibody, mouse monoclonal anti-GFAP cocktail | Merck Millipore | NE1015 | |
EQUIPMENT - tattooing | |||
AIMS | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NEO–9 | This Neonate Rodent Tattooing System is an electric system that works by rapidly moving 1- or 3-point tattoo needles vertically into the skin. Activate the tattoo machine once for approximately 0.5 sec, while the tattoo needle tips are kept perpendicular to the skin surface. We prefer three-needle tattooing to maximize the tattooed area, but one-needle tattooing is effective on narrower areas, e.g. the toes, or if fine mechanical control is necessary, e.g. when numbers are tattooed. Two rounds of tattooing at the slowest speed (setting "1" out of 3 steps) are typically sufficient to produce a visible and long-lasting tattoo of the paw pads. |
EQUIPMENT - genotyping | |||
Electrophoresis system, horizontal, Wide Mini–Sub Cell GT | BIO–RAD | 170–4405 | Typical electrophoresis parameters are electrical field strength at 6 V/cm and 25 min duration for a 10 cm gel. |
FluorChem 8800 | ProteinSimple | FluorChem 8800 | |
PCR, MJ Mini Thermal Cycler | BIO-RAD | PTC-1148EDU | Our PCR reactions for the Tor1a gene in ΔE-torsinA knock-in mice are as follows: 1 cycle of denaturation at 94 °C for 3 min, 35 cycles of denaturation at 94 °C for 30 sec, annealing at 58 °C for 30 sec, extension at 72 °C for 2 min. This is followed by final extension at 72 °C for 10 min, and holding at 4 °C. |
Power supply, PowerPac Basic | BIO-RAD | 164-5050 | |
EQUIPMENT - cell culture | |||
Automated cell counter, Countess | GIBCO-Invitrogen | C10310 | This automated cell counter separately measures the densities of live and dead cells (non stained and stained by trypan blue, respectively). It is important to know the optimal range of density measurements: the counter that we use has the highest accuracy in the range from 1 x 105 to 4 x 106 cells/ml. If the measured cell density values fall outside the recommended range, adjust the resuspension volume appropriately. |
Biological Safety Cabinet, Class II, Type A2 | NUAIRE | NU-425-400 | This hood is used for all cell culture procedures, except for brain dissection. |
CO2 Incubator, AutoFlow, Humidity Control Water Jacket | NUAIRE | NU-4850 | |
Horizontal Clean Bench | NUAIRE | NU-201-330 | This clean bench is used for brain dissection (steps 3.1.1 and 3.1.2 of "Brain Dissection and Cellular Dissociation)". |
Orbit LS Low Speed Shaker | Labnet | S2030-LS-B | |
SORVALL RC-6 Plus Superspeed Centrifuge | Fisher | 46910 (centrifuge)/46922 (rotor) |
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