הדמיית מיקרואורגניזמים קרקע באמצעות מצג שקופיות מגע ומיקרוסקופיה

Overview

מקור: מעבדות של ד"ר איאן פפר וד"ר צ'ארלס גרבה - אוניברסיטת אריזונה
מחבר מפגין: בראדלי שמיץ

האדמה כוללת את השכבה הדקה על פני כדור הארץ, המכילה גורמים ביוטיים ואביוטיים התורמים לחיים. החלק האביוטי כולל חלקיקים אנאורגניים הנעים בגודלם ובצורתם הקובעים את מרקם הקרקע. החלק הביוטי משלב שאריות צמחים, שורשים, חומר אורגני ומיקרואורגניזמים. שפע חיידקי הקרקע ומגוון הוא נרחב, כמו גרם אחד של אדמה מכיל 107-8 חיידקים, 106-8 actinomycetes, 105-6 פטריות, 103 שמרים, 104-6 פרוטוזואה, 103-4 אצות, ו 53 נמטודות. יחד, הגורמים הביוטיים והאביוטיים יוצרים ארכיטקטורות סביב שורשי הצמח, המכונה הריזוספירה, המספקות תנאים נוחים למיקרואורגניזמים בקרקע.

גורמים ביוטיים ואביוטיים מקדמים את החיים בקרקעות. עם זאת, הם גם תורמים דינמיקה מלחיצה המגבילה חיידקים. מתח ביוטי כרוך בתחרות בין החיים כדי להסתגל ולשרוד בתנאים סביבתיים. לדוגמה, חיידקים יכולים להפריש חומרים מעכבים או רעילים כדי לפגוע במיקרואורגניזמים שכנים. פניציליום נוטטום הוא פטרייה ידועה לשמצה, כפי שהוא מפחית את התחרות על חומרים מזינים על ידי ייצור מיקרוביאלית, אשר בני אדם לקצור כדי ליצור פניצילין התרופות. לחצים אביוטיים נובעים ממאפיינים פיזיים או כימיים המגבילים את ההישרדות המיקרוביאלית, כגון אור, לחות, טמפרטורה, pH, חומרים מזינים ומרקם.

Procedure

1. הכנת מיקרוקוסמוס של שקופית הקרקע

  1. אוספים אדמת גן מפני השטח (עומק 0-6 אינץ'), ומשקלים 150 גרם אדמה לשתי כוסות נפרדות.
    1. אם לקרקע יש צפיפות גבוהה של חומר אורגני, שקול 100 גרם.
  2. תייג אחת טיפול והשני בקרה.
  3. חשב את כמות המים הדרושה לשינוי תכולת הלחות.
    1. תכולת הלחות קרובה לעתים קרובות לקיבולת השדה.
      Equation 1 1
  4. למדוד כמות של מים מזוקקים עם גליל מדורג.
  5. יוצקים כמות מים מזוקקים לשני בק

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Results

פטריות מציגות הייהה עבה, חוטית(איור 2). Actinomycetes להציג hyphae דק, filamentous. חיידקים מציגים צורות קטנות של קוצ'י או מוט. הם נמצאים לעתים קרובות בגושים, על חלקיקי אדמה, או רירית hyphae פטרייתי. חלקיקי קרקע מציגים צורות כהות ולא סדירות(איור 3).

Figure 2

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

Application and Summary

בדיקת שקופיות המגע, המכונה גם שקופית קבורה, היא טכניקה פשוטה המשמשת להתבוננות איכותית בביוטה הקרקע. בדיקת אסקור זו מראה באופן איכותי את האינטראקציות המרחביות בין hyphae פטרייתי, חוטי actinomycete, חיידקים, וחלקיקי קרקע. יחידים או תעשייה יכולים להשתמש בבחינה זו כדי לאסוף ידע על בריאות האדמה הספציפי...

Log in or to access full content. Learn more about your institution’s access to JoVE content here

References
  1. Pepper, I. L., & Gerba, C P. 'Contact Slide Assay.' Environmental Microbiology A Laboratory Manual. 2nd ed. Elsevier 19-25 (2004).
  2. Pepper, I. L., Gerba, C. P., & Gentry, T. J. 'Earth Environments.' Environmental Microbiology. 3rd ed. Elsevier 59-88 (2014).
  3. Rossi, G., Ricardo, S., Gesue, G., Stanganelli, M., and Want, T.K. Direct Microscopic and bacteriological investigations of the soil. Soil Science. 41, 52 – 66 (1936).
Tags
Soil MicroorganismsContact Slide AssayMicroscopyVisualizationSoil ChangesEnvironmental StressesRhizosphereAbiotic ComponentsInorganic ParticlesBiotic ComponentsPlant ResiduesRootsOrganic MatterMicroorganismsWater In Soil PoresBacteriaCocciBacilliFilamentous FormsFungal SpeciesYeastMolds

Skip to...

0:00

Overview

1:12

Principles of Soil Microorganisms

2:41

Soil Slide Microcosm Preparation

5:12

Slide Staining and Microscopy

6:47

Microscopy Results

7:32

Applications

9:40

Summary

Videos from this collection:

article

Now Playing

הדמיית מיקרואורגניזמים קרקע באמצעות מצג שקופיות מגע ומיקרוסקופיה

Environmental Microbiology

41.8K Views

article

קביעת תכולת הלחות בקרקע

Environmental Microbiology

357.3K Views

article

טכניקה אספטית במדעי הסביבה

Environmental Microbiology

125.3K Views

article

כתמי גרם של חיידקים ממקורות סביבתיים

Environmental Microbiology

98.2K Views

article

פטריות נלאמנטיות

Environmental Microbiology

55.5K Views

article

הפקת דנ"א קהילתי ממושבות חיידקים

Environmental Microbiology

28.6K Views

article

זיהוי מיקרואורגניזמים סביבתיים עם תגובת שרשרת פולימראז ואלקטרופורזה ג'ל

Environmental Microbiology

44.1K Views

article

ניתוח RNA של דגימות סביבתיות באמצעות RT-PCR

Environmental Microbiology

40.1K Views

article

כימות מיקרואורגניזמים סביבתיים ווירוסים באמצעות qPCR

Environmental Microbiology

47.6K Views

article

ניתוח איכות מים באמצעות אורגניזמים מחוון

Environmental Microbiology

29.2K Views

article

בידוד חיידקים צואתיים מדגימות מים על ידי סינון

Environmental Microbiology

39.0K Views

article

זיהוי בקטריופאג'ים בדגימות סביבתיות

Environmental Microbiology

40.4K Views

article

פולחן ופירום חיידקים מדגימות קרקע

Environmental Microbiology

182.6K Views

article

ניתוח עקומת גדילה חיידקית והיישומים הסביבתיים שלה

Environmental Microbiology

294.6K Views

article

1 200 אצות באמצעות מתודולוגיה של Culturable

Environmental Microbiology

13.6K Views

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Research

Education

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved