עבודה זו נתמכה על ידי מכוני בריאות הלאומיים של ארה&quot;ב מעניק HL082798 וHL111580.

1. סעיפים רקמת כליה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סעיפי כליות מוטבעים פרפין קבוע פורמלין (10%) נחתכים על גבי שקופיות מיקרוסקופ ב5 מ&quot;מ עובי באמצעות ס microM HM 355 השקופיות יכולות להיות מאוחסנות במשך מספר חודשים לפני הניתוח. </li></ol> 2. פתרון הכנה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן 1 ליטר של 1x PBS בDDH 2 O בבקבוק בראש בורג autoclavable. מלא עוד בקבוק עם 1 ליטר של DDH 2 O. הוסף 1 מיליליטר של DEPC לכל בקבוק, מכסים ולנער במרץ. תן הפתרונות לשבת לילה בטמפרטורת חדר כדי להרוס RNases ולאחר מכן חיטוי. להוסיף 400 מיליליטר 20-Tween עד 1 ליטר של 1x PBS לעשות PBS-T. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן proteinase חיץ K (50 mMTris-HCl, pH 8.0 ו1 מ&quot;מ CaCl 2 בDEPC מים מטופלים). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן פתרון של גליצין 0.2% ב-PBS-T. </li></ol> 3. הכנת רקמה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן כמות גדולה של חיץ הכלאה (50-100 מיליליטר) המורכב מFormamide 50%, 5x SSC, Tween 0.1%, 9.2חומצת לימון מ&quot;מ להתאמה ל-pH 6, 50 מיקרוגרם / מיליליטר הפרין, ו500 מיקרוגרם / מיליליטר RNA שמרים בDEPC טופלה DDH 2 O. מחלקים ל 1 מיליליטר aliquots ולאחסן ב -80 º C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את פרפין מהרקמה על ידי שטיפת 3x בקסילן הטרי במשך 5 דקות כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רעננותם סעיפי רקמות על ידי 5 incubations דקות בהפחתת ריכוזים של אתנול (100%, 75%, 50%, ו25%) בDDH 2 O. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פנק את השקופיות עם מספיק DEPC כדי לכסות לחלוטין את סעיפי רקמות (כ 0.4-0.5 מיליליטר) דקות 1. רקמות בטוחים הפוך לא יתייבשו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יש לשטוף את השקופיות בDEPC טופלו PBS-T פעמיים במשך 5 דקות, איסוף פסולת DEPC מכילים לסילוק נאות. צריכים DEPC יטופלו כל ריאגנטים לחסל RNases מנקודה זו והלאה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Prewarm proteinase K חיץ ולהוסיף K proteinase לריכוז סופי של 10 מיקרוגרם / מיליליטר. כסה סעיפי רקמות עם פתרון K proteinase ולדגור על 37 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להסיר במהירות את proteinasפתרון e K ולהוסיף גליצין 0.2% ב-PBS-T ל30 שניות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מגלשות יש לשטוף בDEPC טופלו PBS-T פעמיים ל30 שניות כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לתקן סעיפים בparaformaldehyde 4% טריים ל10 דקות. </li></ol> 4. הכלאה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 50 μl של חיץ הכלאה (Formamide 50%, 5x SSC, Tween 0.1%, חומצת לימון 9.2 מ&quot;מ להתאמה ל-pH 6, 50 מיקרוגרם / מיליליטר הפרין, 500 מיקרוגרם / שמרים RNA מיליליטר) לכל קטע רקמה ומכסים בHybriSlips RNase ללא לחתוך פשוט גדול מסעיפי הרקמות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סעיפי Prehybridize בתנור הכלאת לחות מבוקרת במשך שעה 2 בטמפרטורת הכלאה שנקבעה לבדיקת 3 &#39;שכותרתו digoxigenin (בדרך כלל DNA Tm של החללית -21 ° C, (כלומר 54 מעלות צלזיוס במשך miR-382, הבדיקה DNA Tm = 75 ° C ), תוך שימוש במעבדת רקמת מגבונים ספוגים ב50% formamide/50% SSC 5x כדי לשמור על התא humidified. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל את הבדיקה מירנה, בקרה חיובית (U6, RNA הגרעיני קטן) ובקרה שלילית (מקושקשתרצף) ל40 ננומטר במאגר הכלאה (75 μl של חיץ נחוץ לכל סעיף). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחממים את הבדיקה במאגר הכלאה ב65 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את השקופיות מתנור הכלאה ולהסיר coverslips וחיץ הכלאה עודף מprehybridization. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 75 μl של חללית המכילה חיץ לכל קטע רקמה, ישירות לרקמות. כסה רקמות עם HybriSlips פשוט גדול מספיק כדי לכסות את חלקי רקמות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמירה על רמת מחזיק שקופיות, לחזור לתנור הכלאה לדגירת הלילה בטמפרטורה מהשלב 4.2 (כ 16 hr). </li></ol> 5. החמרת שטפי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 200 μl 2x SSC, מחומם לטמפרטורת ההכלאה, רק תחת קצה אחד של coverslips כדי לעזור לשחרר את coverslip מהרקמות. הסר את coverslip על ידי הטיית השקופיות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שטוף את השקופיות ב200 μl של פוראמיד 50%, SSC 2x 50% ב3x טמפרטורת ההכלאה ל30 דקות כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשטוףשקופיות 5x ב-PBS-T בטמפרטורת חדר במשך 5 דקות כל אחד בייקר מסלולית במהירות נמוכה. </li></ol> 6. איתור <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה שקופיות בחסימת המאגר (עז 2% או בסרום סוס, 2 מ&quot;ג / מיליליטר BSA ב PBS-T) במשך שעה 1 בטמפרטורת חדר בייקר מסלולית במהירות נמוכה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל ברים אנטי DIG-AP Fab בחסימת מאגר ב1:100. להוסיף לקטע רקמה 100 μl ומכסים בHybriSlips לחתוך פשוט גדול מספיק כדי לכסות את הסעיף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה נוגדן בתא humidified על 4 מעלות צלזיוס (כ 16 שעה) למשך הלילה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שטוף את שקופיות PBS-T 7x, במשך 5 דקות כל אחד בייקר מסלולית במהירות נמוכה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שטוף את השקופיות במאגר AP (100 מ&quot;מ TrisHCl pH 9.5, 50 מ&quot;מ MgCl 2, 100mm NaCl, 0.1% Tween 20) 3x, במשך 5 דקות כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוספת פתרון NBT / BCIP לחיץ AP (200 חיץ מיליליטר μl/10) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף 400-500 מיליליטר של תמיסת NBT / BCIP מדולל לכל שקופית כדי לכסות את כל חלקי הרקמות לחלוטין. לפתח בחושך, ברמה, humidifתא מטען ל4-5 שעות. </li></ol> 7. שקופיות הרכבה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מייבש את החלקים בהגדלת ריכוזים של אתנול (25%, 50%, 75%, 100%) במשך 5 דקות כל אחד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה ב5x קסילן כדי לנקות את החלקים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הר שקופיות בהרכבה הבינוני Permount ולילה יבש. </li></ol>

<ol>
	<li>Nagalakshmi, V. K., Ren, Q., Pugh, M. M., Valerius, M. T., McMahon, A. P., Yu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dicer+regulates+thedevelopment+of+nephrogenic+and+ureteric+compartments+in+the+mammalian+kidney.">Dicer regulates thedevelopment of nephrogenic and ureteric compartments in the mammalian kidney.</a> Kidney Int. 79 (3), 317-330 (2011).</li><li>Ho, J., Pandey, P., Schatton, T., Sims-Lucas, S., Khalid, M., Frank, M. H., Hartwig, S., Kreidberg, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+pro-apoptotic+protein+Bim+is+a+MicroRNA+target+in+kidney+progenitors.">The pro-apoptotic protein Bim is a MicroRNA target in kidney progenitors.</a> J. Am. Soc. Neph. 22 (6), 1053-1063 (2011).</li><li>Tian, Z., Greene, A. S., Pietrusz, J. L., Matus, I. R., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-target+pairs+in+the+rat+kidney+identified+by+microRNA+microarray,+proteomic,+and+bioinformaticanalysis.">MicroRNA-target pairs in the rat kidney identified by microRNA microarray, proteomic, and bioinformaticanalysis.</a> Genome Res. 18 (3), 404-411 (2008).</li><li>Mladinov, D., Liu, Y., Mattson, D. L., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+contribute+to+the+maintenance+of+cell-type-specific+physiological+characteristics:+miR-192+targets+Na+/K+-ATPase+&#946;1.">MicroRNAs contribute to the maintenance of cell-type-specific physiological characteristics: miR-192 targets Na+/K+-ATPase &#946;1.</a> Nucleic Acids Res. 41 (2), 1273-1283 (2013).</li><li>Liu, Y., Taylor, N. E., Lu, L., Usa, K., Cowley, A. W., Ferreri, N. R., Yeo, N. C., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Renal+medullary+microRNAs+in+Dahl+salt-sensitive+rats:+miR-29b+regulates+several+collagens+and+related+genes.">Renal medullary microRNAs in Dahl salt-sensitive rats: miR-29b regulates several collagens and related genes.</a> Hypertension. 55 (4), 974-982 (2010).</li><li>Kato, M., Zhang, J., Wang, M., Lanting, L., Yuan, H., Rossi, J. J., Natarajan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNA-192+in+diabetic+kidney+glomeruliand+its+function+in+TGF-b-induced+collagen+expression+via+inhibition+of+E-box+repressors.">MicroRNA-192 in diabetic kidney glomeruliand its function in TGF-b-induced collagen expression via inhibition of E-box repressors.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104 (4), 3432-3437 (2007).</li><li>Krupa, A., Jenkins, R., Luo, D. D., Lewis, A., Phillips, A., Fraser, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+microRNA-192+promotes+fibrogenesis+in+diabetic+nephropathy.">Loss of microRNA-192 promotes fibrogenesis in diabetic nephropathy.</a> J. Am. Soc. Neph. 21 (3), 438-447 (2010).</li><li>Wang, B., Herman-Edelstein, M., Koh, P., Burns, W., Jandeleit-Dahm, K., Watson, A., Saleem, M., Goodall, G. J., Twigg, S. M., Cooper, M. E., Kantharidis, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E-cadherin+expression+is+regulated+by+miR-192/215+by+a+mechanism+that+is+independent+of+the+profibrotic+effects+of+transforming+growth+factor-&#946;.">E-cadherin expression is regulated by miR-192/215 by a mechanism that is independent of the profibrotic effects of transforming growth factor-&#946;.</a> Diabetes. 59 (7), 1794-1802 (2010).</li><li>Kato, M., Arce, L., Wang, M., Putta, S., Lanting, L., Natarajan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microRNA+circuit+mediates+transforming+growth+factor-&#946;1+autoregulation+in+renal+glomerular+mesangial+cells.">A microRNA circuit mediates transforming growth factor-&#946;1 autoregulation in renal glomerular mesangial cells.</a> Kidney Int. 80 (4), 358-368 (2011).</li><li>Gottardo, F., Liu, C. G., Ferracin, M., Calin, G. A., Fassan, M., Bassi, P., Sevignani, C., Byrne, D., Negrini, M., Pagano, F., Gomella, L. G., Croce, C. M., Baffa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Micro-RNA+profiling+in+kidney+and+bladder+cancers.">Micro-RNA profiling in kidney and bladder cancers.</a> Urol. Oncol. 25 (5), 387-392 (2007).</li><li>Juan, D., Alexe, G., Antes, T., Liu, H., Madabhushi, A., Delisi, C., Ganesan, S., Bhanot, G., Liou, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+microRNA+panel+for+clear-cell+kidney+cancer.">Identification of a microRNA panel for clear-cell kidney cancer.</a> Urol. 75 (4), 835-841 (2010).</li><li>Xu, X., Kriegel, A. J., Liu, Y., Usa, K., Mladinov, D., Liu, H., Fang, Y., Ding, X., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Delayed+ischemic+preconditioning+contributes+to+renal+protection+by+upregulation+of+miR-21.">Delayed ischemic preconditioning contributes to renal protection by upregulation of miR-21.</a> Kidney Int. 82 (11), 1167-1175 (2012).</li><li>Kriegel, A. J., Mladinov, D., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translational+study+of+microRNAs+and+its+application+in+kidney+disease+and+hypertension.">Translational study of microRNAs and its application in kidney disease and hypertension.</a> 122 (10), 439-447 (2012).</li><li>Kloosterman, W. P., Wienholds, E., de Bruijn, E., Kauppinen, S., Plasterk, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+detection+of+miRNAs+in+animal+embryos+using+LNA-moidified+oligonucleotide+probes.">In situ detection of miRNAs in animal embryos using LNA-moidified oligonucleotide probes.</a> Nat. Methods. 3 (1), 27-29 (2006).</li><li>Nelson, P. T., Baldwin, D. A., Kloosterman, W. P., Kauppinen, S., Plasterk, R. H., Mourelatos, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RAKE+and+LNA-ISH+reveal+microRNA+expression+and+localization+in+archival+human+brain+tissue.">RAKE and LNA-ISH reveal microRNA expression and localization in archival human brain tissue.</a> RNA. 12 (2), 187-191 (2006).</li><li>Obernosterer, G., Martinez, J., Alenius, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locked+nucleic+acid-based+in+situ+detection+of+microRNAs+in+mouse+tissue+sections.">Locked nucleic acid-based in situ detection of microRNAs in mouse tissue sections.</a> Nat. Protocols. 2 (6), 1508-1514 (2007).</li><li>Kriegel, A. J., Liu, Y., Cohen, B., Usa, K., Liu, Y., Liang, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MiR-382+targeting+of+kallikrein+5+contributes+to+renal+inner+medullary+interstitial+fibrosis.">MiR-382 targeting of kallikrein 5 contributes to renal inner medullary interstitial fibrosis.</a> Physiol. Genomics. 44 (4), 259-267 (2012).</li></ol>

אין מה לחשוף.

מטרתו של מאמר זה הייתה לתאר את הפרוטוקול למירנה הכלאה באתרו שפועל היטב ברקמות כליה קבועות פורמלין. תוך כדי העבודה בחוץ פרוטוקול זה כמה מקורות חשובים של חפץ מכתים זוהו. תשומת לב רבה לנקודות אלה יכולים לסייע במניעת חפץ מכתים ומעלה את הסבירות לריצה ISH מוצלחת. <p class...

MicroRNA הם קטנים (אורכו כ -22 נוקלאוטידים) noncoding RNAs שמיוצרים באופן אנדוגני. הם בדרך כלל לתפקד לדכא ביטוי חלבון באמצעות דיכוי translational או השפלה mRNA. לאגד miRNAs למטרות mRNA עם השלמה שלמה, מה שמאפשר למירנה אחת כדי לדכא את המטרות מרובות. הבנה שסוגי תאים ומבנים להביע miRNAs היא חלק חשוב בהבנת המנגנונים שבאמצעותם שינויים בתא השפעת ביטוי מירנה ופנוטיפים רקמות. בעוד שיטות כגון רצף של מירנה, qPCR וסופג צפון יכולות לשמש לזיהוי של miRNAs בכל רקמות, גישה זו אינה מאפשרת אחד כדי לקבוע איזה סוג תא מסוים שממנו באו בתוך רקמה מסוימת. Dissection של רכיבים סלולריים ומבניים לפני הניתוח באמצעות שיטות אלה יכול להיות מאוד קשה והתנאים הדרושים להשגת בידודים נאותים יכולים להוביל לאלterations בביטוי גנים או השפלה של RNAs. microRNA הכלאה באתר הוא שיטה המשמשת כדי להמחיש מיקום microRNA ורמות ביטוי ברקמות. טכניקה זו היא חשובה במיוחד ברקמות מורכבות של מבנים שונים, כמו למשל בכליות. מיקרו RNA הוכח לשחק תפקיד רגולציה ב2,3 פיתוח כליות ופיזיולוגיה 4. שינויי ביטוי microRNA יש גם הוכח להיות מעורבים בפתולוגיה של כליות כמו סיסטיק 5-10, נפרופתיה סוכרתית 7, קרצינומה של הכליה 11,12, וניזק כלייתי חריף 13. במחקר שלנו, מצאנו כי אופטימיזציה של microRNA הכלאה באתרו לרקמות כליה הייתה בעל ערך לקביעת המיקומים המבניים המדויקים של ביטוי מירנה בבריאות והן במחלה 14. קביעת הביטוי צינורי וסלולרי של מיקרו RNA השונים היא חשובה משום שהרגולציה שלהם targets עשוי להיות תלוי בתפקודים תאיים. במדינות חולות חשוב גם כדי לקבוע כיצד שינויים בביטוי מירנה עלולים להיות השפעה על תפקוד. המטרה של השיטה שתוארה כאן הייתה לבנות על מתודולוגיות ISH קיימות שפותחו על ידי קלוסטרמן et al. 15, חוקרים אחרים 16,17, ואלה שהוצעו על ידי 1 Exiqon ולייעל את השיטה לרקמות כליה קבועה פורמלין. אנחנו השתמשנו בהצלחה בשיטה זו כדי לזהות הבדלים אזוריים מובהקים בביטוי כליות microRNA miR-382 עם חסימה בשופכן חד צדדית 18. גישה זו יכולה לשמש גם עם רקמות אחרות, עם אופטימיזציה נוספת.

<table><tbody><tr><td>Paraformaldehyde</td><td>Sigma</td><td>P6148</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Gibco</td><td>70011044</td><td></td></tr><tr><td>Diethyl Pyrocarbonate</td><td>Sigma</td><td>D5758</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Sigma</td><td>P1379</td><td></td></tr><tr><td>Xylenes</td><td>Sigma</td><td>534056</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Ultra Pure</td><td>200CSPTP</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Life Technologies</td><td>15506-017</td><td></td></tr><tr><td>CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;</td><td>Sigma</td><td>C2536</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>J.T. Baker</td><td>4059-00</td><td></td></tr><tr><td>Citric Acid</td><td>Sigma</td><td>C2404</td><td></td></tr><tr><td>Formamide</td><td>Sigma</td><td>F9037</td><td></td></tr><tr><td>20x SSC Buffer</td><td>Life Technologies</td><td>15557-044</td><td></td></tr><tr><td>Heparin</td><td>SAGENT</td><td>25021-400-30</td><td></td></tr><tr><td>Yeast RNA</td><td>Life Technologies</td><td>AM7118</td><td></td></tr><tr><td>MgCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;</td><td>Sigma</td><td>M8266-1004</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>J.T. Baker</td><td>4058-01</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Fermentas</td><td>EO0491</td><td></td></tr><tr><td>3&amp;rsquo; DIG- miRNA probe</td><td>Exiqon</td><td>miR dependent-05</td><td></td></tr><tr><td>3&amp;rsquo; DIG- Scrambled miR probe</td><td>Exiqon</td><td>99004-05</td><td></td></tr><tr><td>3&amp;rsquo; DIG- U6 miR probe</td><td>Exiqon</td><td>99002-05</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Digoxigenin-Ab Fab</td><td>Roche</td><td>11093274910</td><td></td></tr><tr><td>NBT/BCIP</td><td>Roche</td><td>11681451001</td><td></td></tr><tr><td>Permount</td><td>Fisher</td><td>SP15-500</td><td></td></tr><tr><td>Coverslips</td><td>Fisher</td><td>Fit to tissue size</td><td></td></tr><tr><td>Microtom HM 355 S</td><td>Thermo Scientific</td><td>23-900-672</td><td></td></tr><tr><td>In-slide Out Hybridization Oven</td><td>Boekel</td><td>241000</td><td></td></tr><tr><td>Aluminum Tray Assembly</td><td>Boekel</td><td>C2403973</td><td></td></tr><tr><td>Stainless Steel Rack Insert</td><td>Boekel</td><td>C2403754</td><td></td></tr></tbody></table>

microrna in situ hybridization for formalin fixed kidney tissues

במאמר זה אנו מתארים שיטה לגילוי colorimetric של מירנה בכליות באמצעות הכלאה באתר עם ​​digoxigenin מתויגים בדיקות microRNA. פרוטוקול זה, שפותח במקור על ידי קלוסטרמן ועמיתיו לשימוש רחב בבדיקות Exiqon מירנה 1, כבר שונה כדי להתגבר על אתגרים הכרוכים בניתוח מירנה ברקמות כליה. אלה כוללים נושאים כמו זיהוי מבנה וקשה להסיר בדיקה ונוגדן שיורית. שימוש בדק יחסית, 5 מ&quot;מ עובי, חלקי רקמות אפשרו להדמיה ברורה של מבנים בכליות, ואילו אות בדיקה חזקה נשמרה בתאים. בנוסף, תנאי ריכוז בדיקה ודגירה היו מותאמים כדי להקל על ויזואליזציה של ביטוי microRNA עם רקע נמוך ואות ספציפיות. הנה, בפרוטוקול מותאם מתואר, המכסה את אוסף רקמות הראשוני והכנה דרך ההרכבה של שקופיות בסוף ההליך. Compone הבסיסילילות של פרוטוקול זה יכול להיות שונה ליישום לרקמות אחרות ומודלי תרבית תאים.

האזורים של קטע רקמה שהופכים התייבש במהלך ההכלאות, incubations או לשטוף צעדים בדרך כלל בסופו של הכתמה כהה יותר במהלך פיתוח NBT / BCIP. איור 1 מציג חלק מסעיף בכליות שבי HybriSlip החליק מהקצה הרקמות, שמאפשרים לו להתייבש באופן חלקי. למרות החזרת נוזלים וכיסוי בשלבים הנותרים, האו...

Watch this Scientific Journal Video about MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues at JoVE.com

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

מאמר זה מתאר בפרוטוקול הכלאה באתר מותאם לגילוי colormetric ביטוי microRNA בסעיפי כליות קבועים פורמלין.

MicroRNA<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה לרקמות כליה פורמלין קבועה

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

microrna-in-situ-hybridization-for-formalin-fixed-kidney-tissues

Research

JoVE Journal

Biology

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

14.9K Views.  Medical College of Wisconsin.  מאמר זה מתאר בפרוטוקול הכלאה באתר מותאם לגילוי colormetric ביטוי microRNA בסעיפי כליות קבועים פורמלין. 

Video: MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

Retrospective MicroRNA Sequencing: Complementary DNA Library Preparation Protocol Using Formalin-fixed Paraffin-embedded RNA Specimens

&#8211;Archived, clinically classified formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues can provide nucleic acids for retrospective molecular studies of cancer development. By using non-invasive or pre-malignant lesions from patients who later develop invasive disease, gene expression analyses may help identify early molecular alterations that predispose to cancer risk. It has been well described that nucleic acids recovered from FFPE tissues have undergone severe physical damage and chemical modifications, which make their analysis difficult and generally requires adapted assays. MicroRNAs (miRNAs), however, which represent a small class of RNA molecules spanning only up to ~18&#8211;24 nucleotides, have been shown to withstand long-term storage and have been successfully analyzed in FFPE samples. Here we present a 3&#39; barcoded complementary DNA (cDNA) library preparation protocol specifically optimized for the analysis of small RNAs extracted from archived tissues, which was recently demonstrated to be robust and highly reproducible when using archived clinical specimens stored for up to 35 years. This library preparation is well adapted to the multiplex analysis of compromised/degraded material where RNA samples (up to 18) are ligated with individual 3&#39; barcoded adapters and then pooled together for subsequent enzymatic and biochemical preparations prior to analysis. All purifications are performed by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE), which allows size-specific selections and enrichments of barcoded small RNA species. This cDNA library preparation is well adapted to minute RNA inputs, as a pilot polymerase chain reaction (PCR) allows determination of a specific amplification cycle to produce optimal amounts of material for next-generation sequencing (NGS). This approach was optimized for the use of degraded FFPE RNA from specimens archived for up to 35 years and provides highly reproducible NGS data.

Formalin-fixed paraffin-embedded specimens represent a valuable source of molecular biomarkers of human diseases. Here we present a laboratory-based cDNA library preparation protocol, initially designed with fresh frozen RNA, and optimized for the analysis of archived microRNAs from tissues stored up to 35 years.

רצף MicroRNA רטרוספקטיבה: DNA משלימים ספריית הכנת פרוטוקול באמצעות פורמלין-קבוע RNA פרפין-מוטבע דגימות

&#8211;Archived, clinically classified formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues can provide nucleic acids for retrospective molecular studies of ...

Genetics

Tissue-specific miRNA Expression Profiling in Mouse Heart Sections Using In Situ Hybridization

micro-RNAs (miRNAs) are single-stranded RNA transcripts that bind to messenger RNAs (mRNAs) and inhibit their translation or promote their degradation. To date, miRNAs have been implicated in a large number of biological and disease processes, which has signified the need for the reliable detection methods of miRNA transcripts. Here, we describe a detailed protocol for digoxigenin-labeled (DIG) Locked Nucleic Acid (LNA) probe-based miRNA detection, combined with protein immunostaining on mouse heart sections. First, we performed an in situ hybridization technique using the probe to identify miRNA-182 expression in heart sections from control and cardiac hypertrophy mice. Next, we performed immunostaining for cardiac Troponin T (cTnT) protein, on the same sections, to co-localize miRNA-182 with the cardiomyocyte cells. Using this protocol, we were able to detect miRNA-182 through an alkaline phosphatase based colorimetric assay, and cTnT through fluorescent staining. This protocol can be used to detect the expression of any miRNA of interest through DIG-labeled LNA probes, and relevant protein expression on mouse heart tissue sections.

Tissue-specific miRNA Expression Profiling in Mouse Heart Sections Using In Situ Hybridization

micro-RNAs (miRNAs) are short and highly homologous RNA sequences, serving as post-transcriptional regulators of messenger RNAs (mRNAs). Current miRNA detection methods vary in sensitivity and specificity. We describe a protocol that combines in situ hybridization and immunostaining for concurrent detection of miRNA and protein molecules on mouse heart tissue sections.

MiRNA רקמות ספציפיות ביטוי פרופיל בהלב העכבר באמצעות סעיפים באתרו של הכלאה

micro-RNAs (miRNAs) are single-stranded RNA transcripts that bind to messenger RNAs (mRNAs) and inhibit their translation or promote their degradation. To ...

Quantitative Real-Time PCR Evaluation of microRNA Expressions in Mouse Kidney with Unilateral Ureteral Obstruction

MicroRNAs (miRNAs) are single stranded, non-coding RNA molecules that typically regulate gene expression at the post-transcriptional level by binding to partially complementary target sites in the 3&#39; untranslated region (UTR) of messenger RNA (mRNA), which reduces the mRNA&#39;s translation and stability. The miRNA expression profiles in various organs and tissues of mice have been investigated, but standard methods for the purification and quantification of miRNA in mouse kidney have not been available. We have established an effective and reliable method for extracting and evaluating miRNA expression in mouse kidney with renal interstitial fibrosis by quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). The protocol required five steps: (1) creation of sham and unilateral ureteral obstruction (UUO) mice; (2) extraction of kidney samples from the UUO mice; (3) extraction of total RNA, which includes miRNA, from the kidney samples; (4) complementary DNA (cDNA) synthesis with reverse transcription from miRNA; and (5) qRT-PCR using the cDNA. Using this protocol, we successfully confirmed that compared to the controls, the expression of miRNA-3070-3p was significantly increased and those of miRNA-7218-5p and miRNA-7219-5p were significantly decreased in the kidneys of a mouse model of renal interstitial fibrosis. This protocol can be used to determine the miRNA expression in the kidneys of mice with UUO.

We describe a method for evaluating the microRNA expression in the kidneys of mice with unilateral ureteral obstruction (UUO) by quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction. This protocol is suitable for studying kidney microRNA expression profiles in mice with UUO and in the context of other pathological conditions.

הערכת PCR בזמן אמת כמותית של ביטויי microRNA בכליות עכבר עם חסימה חד צדדית שופך

MicroRNAs (miRNAs) are single stranded, non-coding RNA molecules that typically regulate gene expression at the post-transcriptional level by binding to ...

miRNA Expression Analyses in Prostate Cancer Clinical Tissues

A critical challenge in prostate cancer (PCa) clinical management is posed by the inadequacy of currently used biomarkers for disease screening, diagnosis, prognosis and treatment. In recent years, microRNAs (miRNAs) have emerged as promising alternate biomarkers for prostate cancer diagnosis and prognosis. However, the development of miRNAs as effective biomarkers for prostate cancer heavily relies on their accurate detection in clinical tissues. miRNA analyses in prostate cancer clinical specimens is often challenging owing to tumor heterogeneity, sampling errors, stromal contamination etc. The goal of this article is to describe a simplified workflow for miRNA analyses in archived FFPE or fresh frozen prostate cancer clinical specimens using a combination of quantitative real-time PCR (RT-PCR) and in situ hybridization (ISH). Within this workflow, we optimize the existing methodologies for miRNA extraction from FFPE and frozen prostate tissues and expression analyses by Taqman-probe based miRNA RT-PCR. In addition, we describe an optimized method for ISH analyses formiRNA detection in prostate tissues using locked nucleic acid (LNA)- based probes. Our optimized miRNA ISH protocol can be applied to prostate cancer tissue slides or prostate cancer tissue microarrays (TMA).

Here we describe a simplified protocol for microRNA (miRNA) expression analyses in archived Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded (FFPE) or fresh frozen prostate cancer (PCa) clinical tissues employing quantitative real-time PCR (RT-PCR) and in situ hybridization (ISH).

ניתוח ביטוי מירנה ברקמות קליניות בסרטן הערמונית

A critical challenge in prostate cancer (PCa) clinical management is posed by the inadequacy of currently used biomarkers for disease screening, ...

Medicine

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA (Locked Nucleic Acid) probe. The probe was recognized by anti-DIG alkaline phosphatase antibodies and later developed using alkaline phosphatase substrate producing fluorescence signals. Here we utilized miRNA in situ hybridization (MISH) technique to analyze expression of miR-489 in tissues from breast cancer patients. This technique can detect the localization of miRNA of interest in individual tissue samples. This technique can be used to compare the expression of desired miRNA in tumor tissue with that in adjacent normal tissue and to identify the specific structures responsible for expressing this miRNA. This technique can be very useful in answering certain clinical questions, such as role of specific miRNA in the development of cancer. Our results indicate that mammary epithelial cells express significantly higher levels of miR-489 than adjacent tumor cells.

Clinicopathological Analysis of miRNA Expression in Breast Cancer Tissues by Using miRNA In Situ Hybridization

Here we present a protocol to detect miRNA expression in breast cancer patient samples using miRNA in situ hybridization.

ניתוח Clinicopathological ביטוי מירנה שד רקמות סרטן על ידי שימוש מירנה<em&gt; באתרו</em&gt; כלאה

In this article, we describe a detailed protocol for miRNA detection in breast cancer tissue using in situ hybridization with a digoxigenin-labelled LNA ...

Detection of MicroRNA Expression in the Kidneys of Immunoglobulin A Nephropathic Mice

Immunoglobulin A (IgA) nephropathy is a type of primary glomerulonephritis characterized by the abnormal deposition of IgA, leading to the end-stage renal failure. In recent years, the involvement of microRNAs (miRNAs) has been reported in the pathogenesis of IgA nephropathy. However, there is no established method for profiling miRNAs in IgA nephropathy using small animal models. Therefore, we developed a reliable method for analyzing miRNA in the kidney of an IgA mouse model (HIGA mouse). The goal of this protocol is to detect the altered expression levels of miRNAs in the kidneys of HIGA mice when compared with the levels in kidneys of control mice. In brief, this method consists of four steps: 1) obtaining kidney samples from HIGA mice; 2) purifying total RNA from kidney samples; 3) synthesizing complementary DNA from total RNA; and 4) quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) of miRNAs. Using this method, we successfully detected the expression levels of several miRNAs (miR-155-5p, miR-146a-5p, and miR-21-5p) in the kidneys of HIGA mice. This new method can be applied to other studies profiling miRNAs in IgA nephropathy.

microRNAs are involved in the pathogenesis of IgA nephropathy. We have developed a reliable method for detecting microRNA expression levels in the kidneys of an IgA nephropathy mouse model (HIGA mice). This new method will facilitate to check for miRNAs involvement in IgA nephropathy.

זיהוי ביטוי מיקרו-רנ"א בכליות של אימונוגלובולין עכברים נפרופתיים

Immunoglobulin A (IgA) nephropathy is a type of primary glomerulonephritis characterized by the abnormal deposition of IgA, leading to the end-stage renal ...

Immunology and Infection

A Quantitative Detection Method for MicroRNAs in the Kidney of an Ischemic Kidney Injury Mouse Model

MicroRNAs (miRNAs) are involved in various disease states and are effective biomarkers for the early diagnosis of diseases and treatment in mice. However, standard protocols for the purification of miRNAs and detection of their expression in the kidneys of acute kidney injury (AKI) mice have not been well established. This study developed an effective and simple protocol to purify and quantify miRNAs in the kidneys of an AKI mouse model induced by renal ischemia-reperfusion using quantitative real-time reverse-transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). This protocol comprises five steps: 1) induction of AKI by renal ischemia-reperfusion, 2) harvesting of kidneys, 3) purification of total RNA, including miRNAs, from kidneys, 4) cDNA synthesis by reverse transcription of miRNA, and 5) qRT-PCR to detect miRNA expression. Using this protocol, the renal ischemia-reperfusion injury model can be generated with mild to severe forms of AKI. Additionally, if the procedure is followed properly, a consistent AKI model with minimal individual differences can be obtained. This qRT-PCR assay shows a very wide dynamic range and enables the discrimination of mature miRNAs, which can be accurately quantified with high specificity. This protocol can be used to study the miRNA expression profile in AKI kidneys.

This article presents a protocol for detecting microRNA expression in the kidneys of an acute kidney injury mouse model using quantitative real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. This protocol emphasizes an ischemic kidney injury mouse model and the careful extraction of microRNA samples.

MicroRNAs (miRNAs) are involved in various disease states and are effective biomarkers for the early diagnosis of diseases and treatment in mice. However, ...

Delivery of Exogenous Artificially Synthesized miRNA Mimic to the Kidney Using Polyethylenimine Nanoparticles in Several Kidney Disease Mouse Models

microRNAs&#160;(miRNAs), small noncoding RNAs (21-25 bases) that are not translated into proteins, inhibit lots of target messenger RNAs (mRNAs) by destabilizing and inhibiting their translation in various kidney diseases. Therefore, alternation of miRNA expression by exogenous artificially synthesized miRNA mimics is a potentially useful treatment option for inhibiting the development of many kidney diseases. However, because serum RNAase immediately degrades systematically administered exogenous miRNA mimics in vivo, delivery of miRNA to the kidney remains a challenge. Therefore, vectors that can protect exogenous miRNA mimics from degradation by RNAase and significantly deliver them to the kidney are necessary. Many studies have used viral vectors to deliver exogenous miRNA mimics or inhibitors to the kidney. However, viral vectors may cause an interferon response and/or genetic instability. Therefore, the development of viral vectors is also a hurdle for the clinical use of exogenous miRNA mimics or inhibitors. To overcome these concerns regarding viral vectors, we developed a nonviral vector method to deliver miRNA mimics to the kidney using tail vein injection of polyethylenimine nanoparticles (PEI-NPs), which led to significant overexpression of target miRNAs in several mouse models of kidney disease.

Here, we deliver exogenous artificially synthesized miRNA mimics to the kidney via tail vein injection of a nonviral vector and polyethylenimine nanoparticles in several kidney disease mouse models. This led to significant overexpression of target miRNA in the kidney, resulting in inhibited progression of kidney disease in several mouse models.

העברה של miRNA אקסוגני מסונתז באופן מלאכותי לחקות לכליה באמצעות ננו-חלקיקי פוליאתילנימין במספר מודלים של עכברים למחלות כליות

microRNAs&#160;(miRNAs), small noncoding RNAs (21-25 bases) that are not translated into proteins, inhibit lots of target messenger RNAs (mRNAs) by ...

Application of Laser Microdissection to Uncover Regional Transcriptomics in Human Kidney Tissue

Gene expression analysis of human kidney tissue is an important tool to understand homeostasis and disease pathophysiology. Increasing the resolution and depth of this technology and extending it to the level of cells within the tissue is needed. Although the use of single nuclear and single cell RNA sequencing has become widespread, the expression signatures of cells obtained from tissue dissociation do not maintain spatial context. Laser microdissection (LMD) based on specific fluorescent markers would allow the isolation of specific structures and cell groups of interest with known localization, thereby enabling the acquisition of spatially-anchored transcriptomic signatures in kidney tissue. We have optimized an LMD methodology, guided by a rapid fluorescence-based stain, to isolate five distinct compartments within the human kidney and conduct subsequent RNA sequencing from valuable human kidney tissue specimens. We also present quality control parameters to enable the assessment of adequacy of the collected specimens. The workflow outlined in this manuscript shows the feasibility of this approach to isolate sub-segmental transcriptomic signatures with high confidence. The methodological approach presented here may also be applied to other tissue types with substitution of relevant antibody markers.

We describe a protocol for laser microdissection of sub-segments of the human kidney, including the glomerulus, proximal tubule, thick ascending limb, collecting duct and interstitium. The RNA is then isolated from the obtained compartments and RNA sequencing is carried out to determine changes in the transcriptomic signature within each sub-segment.

יישום של מיקרו-דיסקציה בלייזר לחשיפת תעתיקים אזוריים ברקמת הכליה האנושית

Gene expression analysis of human kidney tissue is an important tool to understand homeostasis and disease pathophysiology. Increasing the resolution and ...

Traditional Medicine and PI3K/AKT Pathway Activation in Membranous Nephropathy

Mechanism of Kemeng Fang's Inhibition of Podocyte Apoptosis in Rats with Membranous Nephropathy through the PI3K/AKT Signaling Pathway

Membranous nephropathy (MN) is a common pathological type of adult nephrotic syndrome. Up to 20% of patients with MN develop end-stage renal disease (ESRD). Podocytes have an important function in maintaining the glomerular filtration barrier and play a crucial role in the occurrence and development of proteinuria and MN. PI3K/AKT signaling pathway is involved in the entire process of podocyte growth, differentiation, and apoptosis. Kemeng Fang (KMF) is a traditional Chinese medicine formula that has been used to delay kidney injury. However, the therapeutic mechanism of KMF in MN is unclear. Here, the MN rat model was established by axillary, inguinal, and tail vein injections of cationized bovine serum albumin (C-BSA), and then KMF and PI3K inhibitor (LY294002) were administered. The data of liver function, kidney function, blood lipid, renal pathology, podocyte function, expression level of PI3K/AKT signaling pathway, and transcriptomics of rats demonstrated that KMF has a protective effect on the podocytes of MN rats by activating the PI3K/AKT signaling pathway, and it can effectively prevent the progression of MN.

The present protocol describes the establishment of a membranous nephropathy (MN) animal model, and how Kemeng Fang's inhibition reduces MN rat podocyte apoptosis by activating the PI3K/AKT signaling pathway.

Membranous nephropathy (MN) is a common pathological type of adult nephrotic syndrome. Up to 20% of patients with MN develop end-stage renal disease ...

MicroRNA

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video