JCM ממומנת על ידי הפרסים BBSRC-IPA עם יוניליוור Plc (BB / L023040 / 1). מרשעת מכוערת ממומנת על ידי משרד סעודי תעודת סטודנט לדוקטורט השכלה גבוהה.

השיטה הבאה מותאמת 7,8 לבחון זנים מתחרים עם זנים מייצרי מעכב. הערה: פרוטוקול זה כרוך דור אירוסול עם תרבויות חיידקים. זה יכול להתבצע רק בתוך שטח כבוש עם יישום שיקולי בטיחות מקומית שאושרו. ריסוס של התרבות לצלחות אגרו בתוך ארון בטיחות ברמה 2 יהיה למזער זיהום של הצלחות אגרו ואת הסביבה המקיפה אותו. זה יהיה גם להגן על חוקר משאיפת אירוסול של החיידקים המרוססים, זהו חשש עיקרי אם החוקר משתמש ברמת בלימת 2 אורגניזמים. חייב להיות משוחק ציוד אישי הגנה מתאים. האזור שסביב בצלחת פטרי מכוסה הטוב ביותר עם רקמת הפנויה סופג. טיהור פוסט ספריי באמצעות אור UV מומלצת. 1. הכנת צלחות אגר <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן עירוי לב המוח (BHI) אגר ובהתאם manuההוראות של facturer. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיטוי אגר BHI ב 121 ° C, 15 psi במשך 20 דקות, או על פי המלצות יצרן חיטוי, לעקר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים 15 מ&quot;ל aliquots של אגר BHI מעוקרים לתוך בצלחות פטרי סטרילית ולאפשר לו להגדיר. הערה: ודא כל צלחת אגרה לשמש בתוך assay המקור מאותו המניות של אגר וכי יש את אותה כמות של אגר בכל צלחת. זה מגביל את ההשתנות בחומרים מזינים זמינים ודיפוזיה מעכב בין צלחות המאפשרות השוואה. </li></ol> 2. הכנת סטרילי מרק <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן מרק BHI בהתאם להוראות היצרן. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 10 מ&quot;ל aliquots של BHI ל -28 מ&quot;ל בקבוקים אוניברסלי זכוכית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חיטוי מרק BHI ב 121 ° C, 15 psi במשך 20 דקות, או על פי המלצות יצרן חיטוי, לעקר. הערה: ודא כי כל המרק בשימוש assay המקור מאותה אצווה של המרק AUToclaved בעת ובעונה אחת להגביל וריאציה בחומרים מזינים אשר יכול לגרום וריאציה בתוצאות. </li></ol> 3. בקבוק מאדה סטרילי הכנה (ים) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לפרק את בקבוק vapourizer. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספריי חומר ניקוי פעיל משטח 5% דרך vapourizer לחסל מזהמים פנימיים, יש להשרות את הבקבוק vapourizer, המכסה vapourizer ב הסוכן ניקוי פעיל משטח 5% בין לילה. הערה: כפפות וציוד מגן אישי מתאים יש להשתמש במהלך הטיפול בו משטח חומר ניקוי פעיל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יבש את מאדה, המכסה ובקבוקים מתחת למכסה המנוע לזרום אוויר סטרילי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מלאו את הבקבוק עם אתנול 70%, לצרף vapourizer ולרסס כמה אתנול דרך vapourizer. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שים את המכסה על מאדה ולאחסן עם אתנול בתוך עד השימוש. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מיד לפני השימוש, בסביבה נקייה מחיידקים לשטוף את הבקבוק עם מרק BHI סטרילי ולרסס את מרק דרך vapourizer. הערה: פעולה זו מונעת AFF אתנולecting הבידוד מתווסף בקבוק בסעיף 6.3. </li></ol> 4. הכנת תרבות לילה החיידקים (הים) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Streak המתחרה ו מעכב זנים לצלחת אגר BHI סטרילית לדגור על 37 מעלות צלזיוס אירובית במשך כ 18 שעות (לילה). הערה: צלחת זו מייצרת מלאי של חיידקים שיכולים לשמש משכפל מרובה באותו השבוע, כאשר הם מאוחסנים על 4 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחסן 10 מ&quot;ל של BHI מרק סטרילית עם מושבה אחת של זן חיידקי נדרש המתחרה בתוך בקבוק אוניברסלי 28 מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירת הבקבוק האוניברסלי על 37 מעלות צלזיוס אירובית לילה על ידי רועד ב 250 סל&quot;ד ב שייקר מסלולית. </li></ol> 5. תרבות ספוט של מונעי-ייצור בודד <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את תרבות הלילה (ים) כמפורט בסעיף 4. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ודא צלחות אגרו יבשים לחלוטין, ללא עיבוי על המכסה, לפני החיסון (למשל על ידי דוגרי PLAte עבור 60 דקות ב 37 מעלות צלזיוס); זה מונע את הבידוד מלהתפשט פני הצלחת מאתר החיסון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה 25 μl של התרבות לילה על גבי במרכז הצלחות אגרו. הימנע מדכא את הבוכנה פיפטה לחלוטין כדי למנוע בועות אוויר מפזרות תרבות ברחבי אגר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אפשר התרבות להתייבש בטמפרטורת החדר כדי להגביל את התפשטות התרבות. דגירת הצלחות אגרו על 37 מעלות צלזיוס אירובית הלילה. </li></ol> 6. הכנת ריסוס הבידוד של הזנים מתחרים מבחן (ים) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את תרבות הלילה כמפורט בסעיף 4. מדולל הקיפול 10 תרבות לילה במרק BHI להניב כ 4 x 10 6 CFU מ&quot;ל -1, ו השעיה של OD 600 0.3 ± 0.05. הערה: 10 דילול לקפל לא ייתן 4 x 10 6 CFU מ&quot;ל -1 עבור כל מיני חיידקים, לחשב את גורם לדילול הצורך על ידי התפשטות ציפוי דילולים סדרתי בין 1 x 10 <sעד&gt; -1 -1 x 10 -6. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצק את התרבות בדילול לתוך בקבוק מאדה בושם פלסטיק סטרילית. הערה: הנפח הכולל חייב להיות יותר מאשר הוא הכרחי עבור מספר צלחות אגר לרסס. כ 250 μl לכל צלחת מתאים בצלחת פטרי בקוטר 9 ס&quot;מ. </li></ol> 7. צמיחה נדחית Assay העיכוב <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רסס את התרבות דרך כל הבקבוקים המאדים כדי להבטיח שההתרבות טעונה מנגנון ספריי לפני הריסוס על אגר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ממרחק של כ -15 ס&quot;מ מעל אגר, לרסס כ 250 μl של התרבות מדולל (3 תרסיסים של מאדה טיפוסי 50 מ&quot;ל) על פני השטח אגר כולו. דגירת הצלחות אגרו על 37 מעלות צלזיוס אירובית הלילה. חזור על צלחות אחרות עם אותו מספר התרסיסים. </li></ol> 8. פירוש תוצאות Assay עיכוב הצמיחה נדחות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדוד את אזור עיכוב הצמיחה של competi מרוססטור זן (איור 1 א - ג, &quot;X&quot; כדי &quot;X&quot;) במילימטרים, הפחתה בקוטר של המקום המרכזי של המפיק המעכב (איור 1 א - ג, &quot;Y&quot; כדי &quot;Y&quot;). הערה: איור 1E מראה כיצד נתונים אלה אפשר היה להציג </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רשום את ציון הבהירות עבור אזורים של עיכוב. הערה: זה מצביע על מידת העיכוב ציינה. דוגמאות מוצגות באיור 1 א - ד, זנים שיכולים לשמש סטנדרטיזציה מוצעים בסעיף נציג התוצאות. הסולם הבא יכול לשמש ניקוד בהיר: ציון בהירות של 0 לתאר אזור של עיכוב המלא של הצמיחה של מתחרת הזן. ציון של 1 לתאר אזור של עיכוב כמעט מוחלט של צמיחה, עם מושבות בודדות בלבד נוכחיות באזור סליקה. ציון של 2 לתאר אזור גלוי של צמיחה מופחתת, צמיחה בתוך אזור זה הוא conשוטף או ליד ומחוברות אבל מופחת בצפיפות על ידי&gt; 50%. ציון של 3 לתאר הפחתת צמיחה מינימאלית בלבד, צמיחה היא ומחוברות מופחתות על ידי פחות מ -50%, אזור עדיין גלוי וניתן למדידה. ציון של 4 לתאר שום עכבות גלויות של צמיחה. ציון 5 לתאר כי הצמיחה של זן המתחרה הוגדלה ב הקרבה של מתח המבחן מייצר מעכב. ראה איור 1 עבור דוגמאות. ציונים אלה הם סובייקטיביים לנסיין. </li></ol> 9. משכפל <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מבחנים חוזרים לפחות בשלושה עותקים ביולוגיים כדי לקבוע את השחזור של התוצאות שהושגו. הערה: אם משכפל מבוצעים בימים שונים, לקחת מידות וציון צלחות מייד לאחר הוצאתו דגירה, אז גם צלחות חנות ב 4 מעלות צלזיוס או לצלם באיכות גבוהה של צלחות לפני השלכת אותם. חפצים או צילומי צלחות מאפשר השוואה נוחה של תוצאות בין ימים שונים, tשלו חשוב במיוחד עבור מאשר ניקוד לשחזור פני ימים / ניסויים. עליך להיות מודע לכך אחסון של צלחות יש פוטנציאל לשנות את התוצאות. הערה: לקבלת צלחות מקום צילומים ברורות זקופה בלי המכסה שלהם על רקע שחור מט בשטח של אור מפוזר, להשתמש במצלמה ברזולוציה גבוהה (≥8 MP) מסוגל להתמקד בעצמים קרובים אל העדשה (מצב מאקרו). לחילופין, ישנם הדמיה ג&#39;ל עם טרנס-נורת ה- מוגדר אור לבן יכול לייצר באיכות גבוהה, תמונות לשחזור מאוד. </li></ol>

<ol>
	<li>Bolnick, D. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+intraspecific+trait+variation+matters+in+community+ecology.">Why intraspecific trait variation matters in community ecology.</a> Trends Ecol Evol. 26 (4), 183-192 (2011).</li><li>Christensen, G. J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antagonism+between+Staphylococcus+epidermidis+and+Propionibacterium+acnes+and+its+genomic+basis.">Antagonism between Staphylococcus epidermidis and Propionibacterium acnes and its genomic basis.</a> BMC Genomics. 17 (152), (2016).</li><li>Faust, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+co-occurrence+relationships+in+the+human+microbiome.">Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome.</a> PloS Comput Biol. 8 (7), (2012).</li><li>Frank, D. N., Feazel, L. M., Bessesen, M. T., Price, C. S., Janoff, E. N., Pace, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+nasal+microbiota+and+Staphylococcus+aureus+carriage.">The Human nasal microbiota and Staphylococcus aureus carriage.</a> PLoS One. 5 (5), e10598 (2010).</li><li>Fredheim, E. G., Flaegstad, T., Askarian, F., Klingenberg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonisation+and+interaction+between+S.+epidermidis+and+S.+aureus+in+the+nose+and+throat+of+healthy+adolescents.">Colonisation and interaction between S. epidermidis and S. aureus in the nose and throat of healthy adolescents.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 34, 123-129 (2015).</li><li>Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+competition:+surviving+and+thriving+in+the+microbial+jungle.">Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle.</a> Nat Rev Microbiol. 8, 15-25 (2010).</li><li>Libberton, B., Coates, R. E., Brockhurst, M. A., Horsburgh, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+that+intraspecific+trait+variation+among+nasal+bacteria+shapes+the+distribution+of+Staphylococcus+aureus.">Evidence that intraspecific trait variation among nasal bacteria shapes the distribution of Staphylococcus aureus.</a> Infect Immun. 82 (9), 3811-3815 (2014).</li><li>Libberton, B., Horsburgh, M. J., Brockhurst, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+spatial+structure,+frequency+dependence+and+resistance+evolution+on+the+dynamics+of+toxin-mediated+microbial+invasions.">The effects of spatial structure, frequency dependence and resistance evolution on the dynamics of toxin-mediated microbial invasions.</a> Evol appl. 8, 738-750 (2015).</li><li>Liu, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Staphylococcus+aureus+and+the+ecology+of+the+nasal+microbiome.">Staphylococcus aureus and the ecology of the nasal microbiome.</a> Sci Adv. 1, e1400216 (2015).</li><li>Nascimento, J. S., Ceotto, H., Nascimento, S. B., Giambiagi-deMarval, M., Santos, K. R., Bastos, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriocins+are+alternative+agents+for+control+of+multiresistant+staphylococcal+strains.">Bacteriocins are alternative agents for control of multiresistant staphylococcal strains.</a> Lett Appl Microbiol. 42, 215-221 (2006).</li><li>Park, B., Iwase, T., Liu, G. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intranasal+application+of+S.+epidermidis+prevents+colonization+by+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+in+mice.">Intranasal application of S. epidermidis prevents colonization by methicillin-resistant Staphylococcus aureus in mice.</a> PLoS One. 6 (10), e25880 (2011).</li><li>Uehara, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+interference+among+nasal+inhabitants:+eradication+of+Staphylococcus+aureus+from+nasal+cavities+by+artificial+implantation+of+Corynebacterium+sp.">Bacterial interference among nasal inhabitants: eradication of Staphylococcus aureus from nasal cavities by artificial implantation of Corynebacterium sp.</a> J Hosp Infect. 44, 127-133 (2000).</li><li>Wos-Oxley, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+poke+into+the+diversity+and+associations+within+human+anterior+nare+microbial+communities.">A poke into the diversity and associations within human anterior nare microbial communities.</a> ISME J. 4, 839-851 (2010).</li></ol>

החוקרים אין לי מה לחשוף.

שלב קריטי של פרוטוקול תחרות מין חיידקים זה שמבדיל אותו מאחרים, הוא הדגיר הלילה של המעכב לבודד לפני התוספת של לבודד המתחרה. המתח המעכב דורש תקופת הצמיחה הזו כדי לייצר תרכובות מעכבות. כמו המתח המתחרה הוא מעולף על גבי אותו המדיום, שיטה זו מאפשרת לחוקר לבחון את מלוא הפוטנציאל של המתח מעכב להפריע צמיחה של הזן המתחרה. כתוצאה מכך, assay זה משקף את מה שקורה עם הטבע; אחד לבודד מוקם במלואה בתוך גומחה, והשני חייב להיות מסוגל לנטרל כל משתני מעכבות תוכל לפלוש הנישה בהצלחה. ישנם שני חלקים לפרוטוקול זה כי הם ככל הנראה כדי לגרום תוצאות שגויות אם ביצע באופן שגוי. ראשית, עיקור שלם של בקבוקי מאדה יכול להציג זיהום חיידקים לתוך assay. Incubation של המרק נהג לשטוף את הבקבוק מאדה בשלב 3.6 בתוך כלי סטרילי ניתן להשתמש כדי לאשר בקבוקים עוקרו לחלוטין. שטיפות נוספות בפתרונות חיטוי, כגון Virkon, ניתן להשתמש לפני בכביסה ב חומר ניקוי פעיל שטח, כמתואר בשלב 3.2, אם נדרש עיקור נוסף. בשלב שני שעלולות לגרום לתוצאות שגויות הוא הדילול של זן המתחרה (שלב 6.1). אם הדילול אינו אופטימלי, מדידות ברורות של עיכוב לא ניתן לקבוע בקלות. Assay זו הוטבה באמצעות מבודד אף שונה כמו מעכבים-ייצור זנים על פני מגוון רחב של גראם חיובי ומינים גראם שליליים לעומת ס aureus SH1000 כמו 7,8 זן המתחרה. זה בהמשך נבדק באמצעות staphylococci coagulase השלילי השונה coagulase חיובי כמתחרת מעכבים-ייצור זנים. כאשר בודקים סוגים אחרים מאלה שתוארו לעיל כמתחרהזן, כמה אופטימיזציה של דילול עבור הבידוד עשוי להיות נחוץ. אם ציוני בהירות להשתנות משמעותי בין חזרות, זה עשוי להיות נחוץ כדי לתקנן את בידוד הזן מתחרה על ידי הגדרת אותו צפיפות אופטית ספציפית. עם זאת, זה יגדיל את הזמן assay לוקח להקים, והוא צפוי להפחית את מספר הזנים אפשר לעבד לכל ניסוי. ראייה והתאמת התרבות כדי OD המתאים באמצעות תקן מק &#39;פרלנד עשויה לספק אלטרנטיבה מהירה. מגבלה אחת של טכניקה זו היא שזה זה יכול להיות מיושם רק לחיידקים culturable. זו הסיבה מדוע מחקרים רבים משתמשים רצף 16S rRNA לחזות אינטראקציות הרחקה תחרותיות 3,4,13. עם זאת, טכניקות גנטיות metagenomic יכול להבחין רק לחברי הקהילה ברמת המין, ו / או לא מדברים על וריאציה תכונה intraspecific בפרט. אפשר למסך את שיוכה של particulגן ar המקודד תכונה עם נוכחות או היעדר של 5 מינים של חיידקים, אך זה דורש ידע מראש של גן עשוי להיות מזוהה עם הרחקה של מינים. שיקול בטיחות של טכניקה זו הוא כי, בשל הדור אירוסול של חיידקים, ניתן להשתמש בו רק במעבדות עם ארון בטיחות ברמה 2, או עם אמצעי בטיחות דומה. ישנן טכניקות חלופיות כדי לבדוק לתחרות בין בידודים המסבירים וריאצית תכונת intraspecific, ואינו מייצרים אירוסולים של חיידקים. שיטה אחת כזו היא assay אנטגוניזם סימולטני 2. בשיטה זו, בידוד של תבדיד אחד משתרע על צלחת אגרה, וכן בידוד לבודד שני הוא הבחין או נדקר על גבי ברגע הראשון התייבש. זה יפיק בסביבה שבה הזנים נמצאים בתחרות ישירה (אנטגוניזם סימולטני), הן מתחרות לייצר תרכובות מעכבות ו scavenge מזינים ראשון. advantagדואר של assay עיכוב צמיחה נדחה על פני assay אנטגוניזם סימולטני הוא כי לבודד המעכב צריך תמיד את היתרון התחרותי של מוקמות באופן מלא לפני הפלישה של לבודד המתחרה. זהו מהורהר יותר של מה קורה בסביבה, כמו ברוב הנישות, לבודד אחד שיוקם לפני זן אחר הוא הוסיף, במקום שני מבודדים להתווסף באותו הזמן 8. חלופה נוספת להימנע דור אירוסול של חיידקים יהיה להוסיף המתחרה לבודדת אגר עליון, אשר יכולה להיות שפך ולא מרוססת על לבודד המעכב. עם זאת, היקף אגר העליון הוסיף היה צריך להיות כ 3 מ&quot;ל כדי להבטיח אפילו כיסוי של הצלחת. בתוך הכרך הזה, לבודד המתחרה לא יהיה גדל באותו מדיה כמו לבודד המעכב, ולכן לא יכבד סובל מזינים מופחתים. המתחרה הייתה גם לא להיות בקשר ישיר עם כל תרכובות מעכבות until הם מתפזרים לתוך אגר העליון. כזה assay לא ניתן לתאר עיכוב נדחה או אנטגוניזם סימולטני. שיטה דומה כבר השתמשה בעבר כדי להעריך את רמות התנגדות Bacitracin בקרב קליני ס aureus מבודד 10. ההבדל העיקרי בין הפרוטוקול המתואר כאן וכי שתואר על ידי 10, הוא הזנים המתחרים המסווגים רק האחרון כרגיש (להשלים בהירות inhibition- להבקיע 0) או עמידים (חלקיים ללא בהירות inhibition- להבקיע 1-5). את assay עיכוב צמיחה הנדחה יכול אפוא לשמש גם למסך רמות התנגדות ליצרני antimicrobials מסוים, או אפילו לחפש antimicrobials רומן פעיל נגד פתוגנים עמידים רבים-סמים. הועלתה השערה כי microflora המארח יכול להיות מניפולציה כדי לחסל רצויה של לקהילת החיידקים 9. יישום של corynebacteria או Staphylococcus epidermidis כבר הוכח לחסל ס קולוניזציה aureus ב nares ב חלק ניכר של האוכלוסייה 11,12. מחקרים לתוך זנים ספציפיים שיכול להדיר אנשים רצויים תחרותית של הפלורה המארח, באמצעות טכניקות כגון זה המתואר כאן, ולכן עשויים להוביל רפוי בעתיד.

Bacteria living in communities compete at the interspecific and intraspecific level for space and nutrients 6. Competition between microbes can often lead to exclusion of particular species or strains within a community. Exclusion can be due to competition for a particular receptor or nutrient, or the production of an antimicrobial compound by a member of the community 6.
Studies investigating competitive exclusion frequently examine the presence and absence of species using 16S rRNA sequencing 3,4,13. However, intraspecific trait variation, for example the presence or absence of antimicrobial peptide production, can hugely impact the ability of one species to inhibit another 1. Since 16S rRNA sequencing cannot distinguish between strains of the same species, intraspecific trait variation cannot be assessed. The technique described here can be used to assess the potential of individual strains to exclude other bacteria. This method has previously been used to show a positive correlation between the presence of Staphylococcus aureus inhibitory bacteria and the absence of S. aureus in a nasal community 7.
The deferred growth inhibition (competition) assay can identify production of antimicrobial compounds or nutrient competition by the inhibitor strain. It can also detect positive interactions, whereby the presence of the inhibitor strain actually improves the growth of the competitor strain. This assay can be used to create quantitative data (zone of clearing size) and qualitative data (degree of inhibition), both of which can be overlaid onto data of the presence or absence of a species within a community to find correlations between phenotype (trait) and competitive exclusion 7.

<table><tbody><tr><td>Brain heart infusion broth</td><td>Lab M</td><td>lab049</td><td>rich general purpose media</td></tr><tr><td>agar-agar</td><td>Merck Milipore</td><td>101614</td><td></td></tr><tr><td>Petri dishes</td><td>Sarstedt</td><td>82.1473.001</td><td></td></tr><tr><td>Plastic perfume vaporizer</td><td>not known</td><td>-</td><td>10 cm high with 3.5 cm diameter clear plastic spray bottle with lid, purchased from the travel section of a supermarket</td></tr><tr><td>Universal bottles</td><td></td><td>no longer in production, alternative SLS BOT5006</td><td>28 ml glass cylindrical bottle (~280 mm diameter, 850 mm height), flat bottomed with plastic screw cap</td></tr><tr><td>Decon 90</td><td>Decon&amp;nbsp;</td><td></td><td>surface active cleaning agent&amp;nbsp;</td></tr></tbody></table>

deferred growth inhibition assay to quantify the effect of bacteria-derived antimicrobials on competition

Competitive exclusion can occur in microbial communities when, for example, an inhibitor-producing strain outcompetes its competitor for an essential nutrient or produces antimicrobial compounds that its competitor is not resistant to. Here we describe a deferred growth inhibition assay, a method for assessing the ability of one bacterium to inhibit the growth of another through the production of antimicrobial compounds or through competition for nutrients. This technique has been used to investigate the correlation of nasal isolates with the exclusion of particular species from a community. This technique can also be used to screen for lantibiotic producers or potentially novel antimicrobials. The assay is performed by first culturing the test inhibitor-producing strain overnight on an agar plate, then spraying over the test competitor strain and incubating again. After incubation, the extent of inhibition can be measured quantitatively, through the size of the zone of clearing around the inhibitor-producing strain, and qualitatively, by assessing the clarity of the inhibition zone. Here we present the protocol for the deferred inhibition assay, describe ways to minimize variation between experiments, and define a clarity scale that can be used to qualitatively assess the degree of inhibition.

תוצאות assay צריכות להיות נצפה כהבדל בזן עכברים המעולף המתחרה סמוך הבחין מרכזי המעכב לייצור זן (איור 1). ניתן לפרש הבדלים אלה מפני שהוא מעכב מלא (איור 1 א), עיכוב חלקי (איור 1B ו 1C), שום עכבות (1D איור) או קשר חיובי. המעבדה הנרחבת הזמינה זנים ס epidermidis Tü3298 וס epidermidis Rp62A, וס &#39; epidermidis Rp62A וס aureus ניומן שמש 1B דמויות 1D בהתאמה. אנו מציעים זנים אלה יכולים לשמש כדי לבדוק בפרוטוקול זה. בהתאם מינים הנבדקים, עיכוב מלא ועיכוב חלקית הם ככל הנראה התוצאה של פפטידים מיקרוביאלית, אנטיביוטיקה או inhibito צמיחת diffusible האחר<html> RS המיוצר על ידי זן מייצרי מעכב. עיכוב חלקי גם נקשר לזמינות מזין מופחת עבור זן מתחרה בשל ספיגת או sequestering של חומרי הזנה על ידי מעכב זן 6. השוואת הגודל של האזור של עיכוב בין בידודים מעכבים-ייצור השונים שנבדקו כנגד מתחרת הזן אותו מציינת הבדלים כל אחת מהפעולות הבאות: כמות מיקרוביאלית המיוצר על ידי הזן מייצרי המעכב; היכולת של המעכב כדי לנטרל באמצעות התקשורת; הסוג של מעכב הפיק את רמת ההתנגדות של זן מתחרה המעכבים שתופק. השוואת הגודל של האזור של עיכוב בין זנים מתחרים השונים שנבדקו נגד באותו הזן מייצרי המעכב מעידה על רמות ההתנגדות של הזנים המתחרה לבולמים שיופקו. ithin-page = &quot;1&quot;&gt; תוצאות ישתנו בהתאם לזן מעכבות משומשים זן מתחרה בשימוש. חזרות תוך שימוש באותו הזן מעכב ומתחרה רצויות אותו ציון הבהירות (בסעיף 8.2), זה מצביע על טכניקה טובה נעשית שימוש לאורך. אם יישום עקבי של חיידקים התרחש הצלחות לא אמורות לשמש. לדוגמא, אם תרבות בדיקה המתחרה מדי לדלל את האזור של עיכוב יופיע גדול עם קצה מוגדר פחות ברור מאשר הוא ציין בדרך כלל (איור 2 א); זה ישפיע מהימנות של כל מדידות אזור השוואתיות. אם כתם הזן מייצר מעכב לא היה מיובש לחלוטין לפני דגירת הלילה, הזן המעכב צפוי להתפשט ולא ליצור נקודה ברורה (התרשים 2B), אשר בדרך כלל משפיעה מדידות אזור אלא גם יכול להשפיע על הניקוד הבהיר. אם הזן המתחרה הואלא רסס שווה זה יכול להוביל לפער אחיד של חיידקים (איור 2 ג). אם זן המתחרה מרוכז מדי יתכן כי הזן המתחרה עשוי לגדול על גבי הזן המעכב (איור 2 ג), ובמקרים קיצוניים זה יכול להוביל היפוך כמה מתפקידי זן מתחרה / מעכב. <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/54437/54437fig1.jpg" /> איור 1:. הטווח של תוצאות איכותיות וכמותיים שניתן המתקבל assay עיכוב הצמיחה נדחה תוצאות עבור עיכוב הצמיחה יכול לנוע בין (א) עיכוב מלא (ציון של 0), (ב) עיכוב חלקי (ציון של 1) עיכוב חלקי, (ג) (ציון של 2) עד (ד) שום עכבות (ציון של 4). תוויות לציין את שולי הגידול של הזנים המעכבים (Y) והקצה החיצוני של העיכובאזורים (X). גודלו של האזור של מגוון עיכוב בין 0 מ&quot;מ ליותר מ -10 מ&quot;מ, כפי שמוצג (E), אשר מציגה את המידות של הצלחות שצולמו A, B, C ו- D תוצאות מוצגים עבור מבודד staphylococcal האחרון (א , C) או staphylococcal מעבדה הנפוץ מבודד ס epidermidis Tü3298 (מעכב) וס &#39; epidermidis Rp62A (המתחרה) (B), וס &#39; epidermidis Rp62A (מעכב) וס &#39; aureus ניומן (מתחרה) (D). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54437/54437fig1large.jpg" target="_blank">נא ללחוץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> <img alt="איור 2" src="/files/ftp_upload/54437/54437fig2.jpg" /> איור 2: דוגמאות של תוצאות לא עקביות עקב טכניקה גרועה תוצאות עלולות להיראות שונות מצפוי אם (א. </strong&gt;) זן מתחרה היה גם לדלל, (ב) הזן מעכב לא היה יבש לחלוטין לפני דגירה / צלחות לא היו יבש או (ג) אם זן המתחרה לא רוסס שווה התרכז מדי. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54437/54437fig2large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition at JoVE.com

Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition

The deferred growth inhibition assay can be used to assess the competition effect by one bacterial isolate on another. Inhibition is quantified by measuring the zone of clearing around the inhibitor-producing isolate, or qualitatively assessed by determining the visible extent of inhibition.

צמיחה נדחית Assay העיכוב לכמת את ההשפעה של antimicrobials הנגזר חיידקים על תחרות

Competitive exclusion can occur in microbial communities when, for example, an inhibitor-producing strain outcompetes its competitor for an essential ...

deferred-growth-inhibition-assay-to-quantify-effect-bacteria-derived

Research

JoVE Journal

Biology

14.5K Views.  University of Liverpool. The deferred growth inhibition assay can be used to assess the competition effect by one bacterial isolate on another. Inhibition is quantified by measuring the zone of clearing around the inhibitor-producing isolate, or qualitatively assessed by determining the visible extent of inhibition.

Video: Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition

A Visual Assay to Monitor T6SS-mediated Bacterial Competition

Type VI secretion systems (T6SSs) are molecular nanomachines allowing Gram-negative bacteria to transport and inject proteins into a wide variety of target cells1,2. The T6SS is composed of 13 core components and displays structural similarities with the tail-tube of bacteriophages3. The phage uses a tube and a puncturing device to penetrate the cell envelope of target bacteria and inject DNA. It is proposed that the T6SS is an inverted bacteriophage device creating a specific path in the bacterial cell envelope to drive effectors and toxins to the surface. The process could be taken further and the T6SS device could perforate other cells with which the bacterium is in contact, thus injecting the effectors into these targets. The tail tube and puncturing device parts of the T6SS are made with Hcp and VgrG proteins, respectively4,5.
The versatility of the T6SS has been demonstrated through studies using various bacterial pathogens. The Vibrio cholerae T6SS can remodel the cytoskeleton of eukaryotic host cells by injecting an "evolved" VgrG carrying a C-terminal actin cross-linking domain6,7. Another striking example was recently documented using Pseudomonas aeruginosa which is able to target and kill bacteria in a T6SS-dependent manner, therefore promoting the establishment of bacteria in specific microbial niches and competitive environment8,9,10.
In the latter case, three T6SS-secreted proteins, namely Tse1, Tse2 and Tse3 have been identified as the toxins injected in the target bacteria (Figure 1). The donor cell is protected from the deleterious effect of these effectors via an anti-toxin mechanism, mediated by the Tsi1, Tsi2 and Tsi3 immunity proteins8,9,10. This antimicrobial activity can be monitored when T6SS-proficient bacteria are co-cultivated on solid surfaces in competition with other bacterial species or with T6SS-inactive bacteria of the same species8,11,12,13.
The data available emphasized a numerical approach to the bacterial competition assay, including time-consuming CFU counting that depends greatly on antibiotic makers. In the case of antibiotic resistant strains like P. aeruginosa, these methods can be inappropriate. Moreover, with the identification of about 200 different T6SS loci in more than 100 bacterial genomes14, a convenient screening tool is highly desirable. We developed an assay that is easy to use and requires standard laboratory material and reagents. The method offers a rapid and qualitative technique to monitor the T6SS-dependent bactericidal/bacteriostasis activity by using a reporter strain as a prey (in this case Escherichia coli DH5&alpha;) allowing a-complementation of the lacZ gene. Overall, this method is graphic and allows rapid identification of T6SS-related phenotypes on agar plates. This experimental protocol may be adapted to other strains or bacterial species taking into account specific conditions such as growth media, temperature or time of contact.

We describe a qualitative assay to monitor bacterial competition mediated by the Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS). The assay relies on the survival/killing of Escherichia coli target cells carrying a lacZ-reporter. This technique is adjustable to assess the bactericidal/bacteriostasis activity of T6SS-proficient microorganisms.

Assay חזותי לפקח תחרות קטריאלי T6SS בתיווך

Type VI secretion systems (T6SSs) are molecular  nanomachines allowing Gram-negative bacteria to transport and inject proteins  into a wide variety of ...

Immunology and Infection

Biomimetic Materials to Characterize Bacteria-host Interactions

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The biochemical and functional characterization of adhesins mediating these initial bacteria-host interactions is often compromised by the presence of other bacterial factors, such as cell wall components or secreted molecules, which interfere with the analysis. This protocol describes the production and use of biomimetic materials, consisting of pure recombinant adhesins chemically coupled to commercially available, functionalized polystyrene beads, which have been used successfully to dissect the biochemical and functional interactions between individual bacterial adhesins and host cell receptors. Protocols for different coupling chemistries, allowing directional immobilization of recombinant adhesins on polymer scaffolds, and for assessment of the coupling efficiency of the resulting &#8220;bacteriomimetic&#8221; materials are also discussed. We further describe how these materials can be used as a tool to inhibit pathogen mediated cytotoxicity and discuss scope, limitations and further applications of this approach in studying bacterial - host interactions.

Bacterial attachment to host cells is a key step during host colonization and infection. This protocol describes the generation of polymer-coupled recombinant adhesins as biomimetic materials which allow analysis of the contribution of individual adhesins to these processes, independent of other bacterial factors.

חומרי Biomimetic לאפיין אינטראקציות חיידקים-מארח

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. Regulatory systems that utilize intracellular cyclic di-GMP (c-di-GMP) as a second messenger are one such class of target. c-di-GMP is a signaling molecule found in almost all bacteria that acts to regulate an extensive range of processes including antibiotic resistance, biofilm formation and virulence. The understanding of how c-di-GMP signaling controls aspects of antibiotic resistant biofilm development has suggested approaches whereby alteration of the cellular concentrations of the nucleotide or disruption of these signaling pathways may lead to reduced biofilm formation or increased susceptibility of the biofilms to antibiotics. We describe a simple high-throughput bioreporter protocol, based on green fluorescent protein (GFP), whose expression is under the control of the c-di-GMP responsive promoter cdrA, to rapidly screen for small molecules with the potential to modulate c-di-GMP cellular levels in Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa). This simple protocol can screen upwards of 3,500 compounds within 48 hours and has the ability to be adapted to multiple microorganisms.

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

This article describes the high-throughput assay that has been successfully established to screen large libraries of small molecules for their potential ability to manipulate cellular levels of cyclic di-GMP in Pseudomonas aeruginosa, providing a new powerful tool for antibacterial drug discovery and compound testing.

הקמת הגדרת תפוקה גבוהה להקרנה מולקולות קטנות לווסת ג-di-GMP איתות<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

High Throughput, Real-time, Dual-readout Testing of Intracellular Antimicrobial Activity and Eukaryotic Cell Cytotoxicity

Traditional measures of intracellular antimicrobial activity and eukaryotic cell cytotoxicity rely on endpoint assays. Such endpoint assays require several additional experimental steps prior to readout, such as cell lysis, colony forming unit determination, or reagent addition. When performing thousands of assays, for example, during high-throughput screening, the downstream effort required for these types of assays is considerable. Therefore, to facilitate high-throughput antimicrobial discovery, we developed a real-time assay to simultaneously identify inhibitors of intracellular bacterial growth and assess eukaryotic cell cytotoxicity. Specifically, real-time intracellular bacterial growth detection was enabled by marking bacterial screening strains with either a bacterial lux operon (1st generation assay) or fluorescent protein reporters (2nd generation, orthogonal assay). A non-toxic, cell membrane-impermeant, nucleic acid-binding dye was also added during initial infection of macrophages. These dyes are excluded from viable cells. However, non-viable host cells lose membrane integrity permitting entry and fluorescent labeling of nuclear DNA (deoxyribonucleic acid). Notably, DNA binding is associated with a large increase in fluorescent quantum yield that provides a solution-based readout of host cell death. We have used this combined assay to perform a high-throughput screen in microplate format, and to assess intracellular growth and cytotoxicity by microscopy. Notably, antimicrobials may demonstrate synergy in which the combined effect of two or more antimicrobials when applied together is greater than when applied separately. Testing for in vitro synergy against intracellular pathogens is normally a prodigious task as combinatorial permutations of antibiotics at different concentrations must be assessed. However, we found that our real-time assay combined with automated, digital dispensing technology permitted facile synergy testing. Using these approaches, we were able to systematically survey action of a large number of antimicrobials alone and in combination against the intracellular pathogen, Legionella pneumophila.

A high throughput, real-time assay was developed to simultaneously identify (1) eukaryotic cell-penetrant antimicrobials targeting an intracellular bacterial pathogen, and (2) assess eukaryotic cell cytotoxicity. A variation on the same technology was thereafter combined with digital dispensing technology to enable facile, high-resolution, dose-response, and two- and three-dimensional synergy studies.

תפוקה גבוהה, בזמן אמת, בדיקת Dual-readout של פעילות מיקרוביאלית תאיים Cytotoxicity Cell איקריוטיים

Traditional measures of intracellular antimicrobial activity and eukaryotic cell cytotoxicity rely on endpoint assays. Such endpoint assays require ...

Use of the Soft-agar Overlay Technique to Screen for Bacterially Produced Inhibitory Compounds

The soft-agar overlay technique was originally developed over 70 years ago and has been widely used in several areas of microbiological research, including work with bacteriophages and bacteriocins, proteinaceous antibacterial agents. This approach is relatively inexpensive, with minimal resource requirements. This technique consists of spotting supernatant from a donor strain (potentially harboring a toxic compound(s)) onto a solidified soft agar overlay that is seeded with a bacterial test strain (potentially sensitive to the toxic compound(s)). We utilized this technique to screen a library of Pseudomonas syringae strains for intraspecific killing. By combining this approach with a precipitation step and targeted gene deletions, multiple toxic compounds produced by the same strain can be differentiated. The two antagonistic agents commonly recovered using this technique are bacteriophages and bacteriocins. These two agents can be differentiated using two simple additional tests. Performing a serial dilution on a supernatant containing bacteriophage will result in individual plaques becoming less in number with greater dilution, whereas serial dilution of a supernatant containing bacteriocin will result a clearing zone that becomes uniformly more turbid with greater dilution. Additionally, a bacteriophage will produce a clearing zone when spotted onto a fresh soft agar overlay seeded with the same strain, whereas a bacteriocin will not produce a clearing zone when transferred to a fresh soft agar lawn, owing to the dilution of the bacteriocin.

We describe a simple method for screening bacterial cultures for the production of compounds inhibitory towards other bacteria.

השימוש בטכניקת הכיסוי הרך-אגר למסך תרכובות מעכבות הופקו bacterially

The soft-agar overlay technique was originally developed over 70 years ago and has been widely used in several areas of microbiological research, ...

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. This method employs stable plasmids that allow each population to be differentially tagged with distinct antibiotic resistance capabilities and fluorescent proteins for selection and visual discrimination of each population, respectively. Here, we describe the preparation and coincubation of competing Vibrio fischeri strains, fluorescence microscopy imaging, and quantitative data analysis. This approach is simple, yields quick results, and can be used to determine whether one population kills or inhibits the growth of another population, and whether competition is mediated through a diffusible molecule or requires direct cell-cell contact. Because each bacterial population expresses a different fluorescent protein, the assay permits the spatial discrimination of competing populations within a mixed colony. Although the described methods are performed with the symbiotic bacterium V. fischeri using conditions optimized for this species, the protocol can be adapted for most culturable bacterial isolates.

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

Bacteria encode diverse mechanisms for engaging in interbacterial competition. Here, we present a culture-based protocol for characterizing competitive interactions between bacterial isolates and how they impact the spatial structure of a mixed population.

המשך הדגירה של האינטראקציה התחרותית בין vibrio פישרי מבודד

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many approaches used for the study of microbial interactions require specialized equipment and are expensive and time intensive. This paper presents a protocol for co-culture interaction assays that are inexpensive, scalable to large sample numbers, and easily adaptable to numerous experimental designs. Microorganisms are cultured together, with each well representing one pairwise combination of microorganisms. A test organism is cultured on one side of each well and first incubated in monoculture. Subsequently, target organisms are simultaneously inoculated onto the opposite side of each well using a 3D-printed inoculation stamp. After co-culture, the completed assays are scored for visual phenotypes, such as growth or inhibition. These assays can be used to confirm phenotypes or identify patterns among isolates of interest. Using this simple and effective method, users can analyze combinations of microorganisms rapidly and efficiently. This co-culture approach is applicable to antibiotic discovery as well as culture-based microbiome research and has already been successfully applied to both applications.

The co-culture interaction assays presented in this protocol are inexpensive, high throughput, and simple. These assays can be used to observe microbial interactions in co-culture, identify interaction patterns, and characterize the inhibitory potential of a microbial strain of interest against human and environmental pathogens.

התפוקה הגבוהה-שיתוף תרבות החברה לחקירת אינטראקציות מחיידקים

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a population always have accumulated mutations that are either detrimental or beneficial for the cell. If the fitness effect of a mutation provides the subpopulation with a strong selective growth advantage, the individuals of this subpopulation may rapidly outcompete and even completely eliminate their immediate fellows. Thus, small genetic changes and selection-driven accumulation of cells that have acquired beneficial mutations may lead to a complete shift of the genotype of a cell population. Here we present a procedure to monitor the rapid clonal expansion and elimination of beneficial and detrimental mutations, respectively, in a bacterial cell population over time by cocultivation of fluorescently labeled individuals of the Gram-positive model bacterium Bacillus subtilis. The method is easy to perform and very illustrative to display intraspecies competition among the individuals in a bacterial cell population.

Bacteria may accumulate either detrimental or beneficial mutations during their lifetime. In a population of cells individuals that have accumulated beneficial mutations may rapidly outcompete their fellows. Here we present a simple procedure to visualize intraspecies competition in a bacterial cell population over time using fluorescently labeled individuals.&#160;

ניטור תחרות תוך-מין באוכלוסיית תאים חיידקיים על ידי Cocultivation של זנים שכותרתו פלואורסצנטית

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging

Interbacterial competition can directly impact the structure and function of microbiomes. This work describes a fluorescence microscopy approach that can be used to visualize and quantify competitive interactions between different bacterial strains at the single-cell level. The protocol described here provides methods for advanced approaches in slide preparation on both upright and inverted epifluorescence microscopes, live-cell and time-lapse imaging techniques, and quantitative image analysis using the open-source software FIJI. The approach in this manuscript outlines the quantification of competitive interactions between symbiotic Vibrio fischeri populations by measuring the change in area over time for two coincubated strains that are expressing different fluorescent proteins from stable plasmids. Alternative methods are described for optimizing this protocol in bacterial model systems that require different growth conditions. Although the assay described here uses conditions optimized for V. fischeri, this approach is highly reproducible and can easily be adapted to study competition among culturable isolates from diverse microbiomes.

This manuscript describes a method for using single-cell fluorescence microscopy to visualize and quantify bacterial competition in coculture.

כימות של תחרות בין-בקטריאלית באמצעות הדמיית פלואורסצנטיות חד-תאית

Interbacterial competition can directly impact the structure and function of microbiomes. This work describes a fluorescence microscopy approach that can ...

Bacterial Co-Incubation Assay: A Fluorescence Microscopy-Based Technique to Visualize Intraspecific Bacterial Competition at the Single-Cell Level

Source: Smith, S., et al., <a href="https://app.jove.com/v/62851">Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging.</a> J. Vis. Exp. (2021).
This video demonstrates a fluorescence microscopy-based method to study bacterial competition at the single-cell level. This method provides insights into the structure and function of bacterial communities.

צמיחה נדחית Assay העיכוב לכמת את ההשפעה של antimicrobials הנגזר חיידקים על תחרות

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video