יהלום הוא שיטת קוד פתוח ראשונה להערכה כמותית של תפקוד לב מגזרי ארבע מימדי בעוברים זברה-דג. לשיטה שלנו יש רזולוציית מיקרומטר שיכולה לכמת מכניקת לב מקומית בחלל תלת מימדי. אף גישה נוכחית אחרת לא מאפשרת זאת.
דיאמונד חושף דפוסי פציעה חדשניים ברעילות לב הנגרמת על ידי טוקסורוצין. לכן, אנו מאמינים השיטה שלנו יכול לשמש כפלטפורמה עבור תפוקה גבוהה בהקרנת vivo עבור רעילות לב הנגרמת על ידי כימותרפיה. כרגע אנחנו עובדים כדי להתאים את דיאמונד ללב היונקים.
עם זאת, יש צורך בעבודה נוספת כדי לקחת בחשבון את כיוון סיבי שריר הלב של היונקים ואת התנועה הסיבובית והמפתל. בעת ניסיון שיטה זו, חשוב מאוד כי למשתמש יש הדמיה ברורה של המבנה האנטומי של לב הזברה כדי לזהות כראוי את הצירים האופקיים והאנכיים ולקטע את החדר. כדי לשחזר את הלב הסיסטולי והדיאסולי תלת-מימדי, התחל בפתיחת התיקיה שנוצרה על-ידי האלגוריתם שלאחר הסינכרון ולאחר מכן פתח את תיקיית הפלט.
מצא את השלב השני והדיאסולי הראשון והתקליט את מספר המסגרת. לאחר מכן פתח את הפלט לפי תיקיית מצב ולמצוא את התיקיות עם מספרים זהים למספרי המסגרות שנרשמו. המירו את התמונות בתיקיה לקובצי TIF תלת-מימדי ותנו להן שם.
טיף ויסטולה.tif. כדי לבצע פילוח של החדר, פתח את תוכנת ניתוח התמונה על-ידי לחיצה על קובץ ופתיחת נתונים. ואז לטעון דיאסטולה.
טיף ויסטולה. tif והזן את גודל הווקסל בהתאם להגדרות התמונה. לחצו על החלונית 'פילוח' וקטעו ידנית את חלק החדר של הלב בעזרת כלי הסף המובנה.
לאחר מכן להסיר את התעלה atrioventricular ואת דרכי הזרימה בחדר מקופל כי זה ישפיע על ניתוח התזוזה. לאחר השלמת פילוח, לחץ על לוח הפרוייקט, לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על התוויות diastole.labels. תוויות tif ו- systole.labels.
כרטיסיות tif במסוף ולחץ על ייצוא נתונים כדי לשמור את הנתונים כקבצי TIF תלת-מימדיים. פתח prepimage_1. m בסביבת התיכנות, ודא שהתיקיה ב- InPath בשורה חמש מכילה את קבצי TIF המקוריים והמקטעים, ושנה את הפרוסה בשידור חי לארבע למספר הפרוסות של קבצי TIF תלת-מימדיים.
לאחר הפעלת הקוד, ייווצרו חמישה קבצי TIF תלת-מימדיים חדשים ושתי תיקיות חדשות. יבא את כל חמשת קבצי TIF תלת-מימדי לתוכנה לניתוח תמונות. עבור אל הלוח הרב-כוכבי ובחר diastole_200.
tif כנתונים הראשיים. ישר את ציר ה- x עם הציר הארוך האנכי של החדר וציר z עם הציר הארוך האופקי של החדר. לאחר מכן, בחרו שלוש נקודות אקראיות ממטוס YZ אלכסוני בצורה נגד כיוון השעון והקליטו את קואורדינטות המיקום תלת-מימדיות שלהם.
חזור על תהליך זה systole_200.tif. לחצו על החלונית 'פרוייקט' וצור עצם פרוסה diastole_200. tif על ידי לחיצה באמצעות לחצן העכבר הימני diastole_200.
tif וחיפוש עצם הפרוסה. לחצו לחיצה שמאלית על עצם הפרוסה שנוצר, בדקו את המישור שנקבע באפשרויות החלונית Properties, בחרו שלוש נקודות בהגדרת המישור והזינו את הקואורדינטות שנרשמו קודם לכן. לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני diastole_200.
tif, חפשו תמונה שהשתנתה מחדש וצורו את העצם. בחלונית המאפיינים, בחרו פרוסה כהפניה ולחצו על הלחצן 'החל' שאמור ליצור עצם בשם diastole_200'. לאחר מכן, לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני diastole_200.
טרנספורמציה, חיפוש אחר תן לייסוף מחדש וצור את האובייקט. בחרו גודל voxel כ-mode ושנו אותו ל- x שווה לאחד, y שווה אחד ו- z שווה לאחד בחלונית המאפיינים. לחץ על החל ולאחר מכן שמור את diastole_200.
דגימה מחדש של עצם כקובץ TIF תלת-ממדי. חזור על תהליך זה עבור דיאליבל. טיף, תבדוק.
טיף, systole_200. טיף, סיסלאבל. טיף, ותבדוק.
tif על פי הוראות כתב היד. יבא את כל ששת הקבצים שדגמו מחדש ל- ImageJ ובחר בפרוסת systole_200. דגימה מחדש שבה התעלה atrioventricular הוא דמיינו בבירור הקפדה על תיעוד מספר הפרוסה.
השתמש בפונקציית סיבוב שינוי הצורה של התמונה כדי למקם אנכית את תעלת atrioventricular. החל את אותו סיבוב על כל הקבצים ולאחר מכן סגור את כל החלונות ושמור את השינויים. לאחר מכן, systole_200.
דגימה מחדש, סיסבל. דגימה מחדש, ומבחן2. דגימה מחדש לתיקיית resample_sys החדשה.
זוז diastole_200. דגימה מחדש, דיאבל. דגימה מחדש, ובדיקה.
דגימה מחדש לתיקיית resample_dia שלך. פתח divider_2_8_pieces. m ושנה את InPath בשורה 5 לספריה תמונה.
שנה את המשתנה האמצעי בשורה 22 למספר הפרוסה שבו התעלה atrioventricular הוא חזותי בבירור. חזור על תהליך זה diastole_200. דגימה מחדש על קווים 394 ו 411.
תריץ את הקוד. כשתתבקש, לחץ פעם אחת על מרכז החדר ועל מרכז התעלה atrioventricular. כדי לרשום מטריסות תמונה סיסטוליות ודיאסטאליות, פתח register_3.
m ושנה את InPath בשורה 4 לנתיב תיקיית התמונות. אז תפתח displacement_4. m ושנה את InPath לנתיב תיקיית התמונות.
הפעל את התוכנית כדי ליצור וקטור8. קובץ txt עם מטריצה של שמונה על ארבע. כל שורה של המטריצה מכילה את סדרי הגודל של רכיב x, רכיב y, רכיב z ואת גודל הסכום של וקטור ההנעה של מקטע מסוים בחדר.
לאחר מכן ניתן להעביר ערכים אלה לגיליון אלקטרוני. פרוטוקול זה שימש לחשיפת הטרוגניות מגזרית של תפקוד הלב ורגישות לפגיעה בשריר הלב הנגרמת על ידי טוקסורובין בזברה. לאחר טיפול טוקסורוביצין 24 שעות ביממה משלוש עד ארבע לאחר ההפריה, הושוותה עקירה של מקטעי חדרים בין קבוצות בקרה וטופלו.
בתנאי בקרה, מקטעי בסיס אחד ושש עוברים את התזוזות הגדולות ביותר והם אלה הרגישים ביותר לפגיעה לבבית הנגרמת על ידי טוקסורובין. בשש dpf, הנורמה הממוצעת L2 של וקטורים תזוזה פלח בדג הבקרה נע בין 3.9 ל 8% לאחר נורמליזציה. מקטעי בסיס אחד ושש התאושש היהלום תזוזה כדי לשלוט ברמות מציע התחדשות מגזרית.
בינתיים, החמרה בזן הבסיסי הדו-מימדי מ-53% שליליים ל-38% שליליים נצפתה מיד לאחר הטיפול בטוקסורוביצין ואחריו חזרה לרמות שליטה 48 שעות לאחר מכן, מה שמאמת את תוצאות עקירת היהלומים. ירידה מקבילה והתאוששות של שבר פליטה גלובלי או EF בתגובה לטיפול נצפתה גם. יהלום יושם אז במהלך טיפול טוקסורוביץ'ין אפנון מסלול חריץ באמצעות מעכבי ריץ DAPT ומחוללי במורד הזרם NICD ו NRG1 mRNA.
microinjection mRNA הציל את הירידה עקירת יהלומים ו- EF לאחר פגיעה חריפה הנגרמת על ידי כימותרפיה. יתר על כן, עיכוב של מסלול מהשורה הראשונה לאחר כימותרפיה עיכב את ההתאוששות של עקירת יהלום של מקטעי בסיס ו EF 48 שעות לאחר הטיפול, אבל העיכוב חולץ על ידי המחוללים במורד הזרם. שבר פליטה מסורתי ידוע להיות אינדיקטור חסר רגישות מושהה של פגיעה בשריר הלב.
דיאמונד מאפשר לחוקרים לכמת את תפקוד הלב המוקדי ולסייע להטרוגניות בפגיעה בשריר הלב בעוברים של דגי זברה.
