Mentre la Legge della Segregazione di Mendel afferma che i due alleli per un gene sono separati in diversi gameti, rimane una questione diversa di come vengono ereditati geni diversi. Ad esempio, il gene per le piante alte è ereditato con il gene per i piselli verdi? Mendel fece questa domanda sperimentando un incrocio diibrido; un incrocio in cui entrambi i genitori sono omozigosi per due tratti distinti risultanti in una generazione di F₁ che sono eterozigo per entrambi i tratti.

Pensiamo a due piante omozigote, una con piselli gialli rotondi (genotipo YYRR) e una con piselli verdi rugosi (yyrr). Nella generazione F_1, scoprì che tutte le piante presentavano entrambi i tratti dominanti (giallo e rotondo; YyRr).  Tuttavia, nella generazione F_2, le piante avevano combinazioni di tratti che si verificavano in un rapporto prevedibile: per ogni 16 piante, 9 erano gialle e rotonde, 3 erano gialle e rugose, 3 erano verdi e rotonde, e 1 era verde e rugosa. Da questo risultato, Mendel propose che l'inclusione di un allele verde in un gamete non avesse alcun impatto sul fatto che quel gamete avrebbe ricevuto l'allele rotondo o rugoso: ogni combinazione era ugualmente probabile. La Legge dell'Assortimento Indipendente di Mendel afferma che i geni non si influenzano l'un l'altro per quanto riguarda lo smistamento in gameti.

Gli scienziati ora sanno che l'assortimento indipendente si verifica perché i cromosomi si accoppiano in modo casuale durante la meiosi I, lungo la piastra metafasica. Di conseguenza, i geni su diversi cromosomi verranno ordinati in modo indipendente. Ciò significa anche che due geni che risiedono sullo stesso cromosoma violano la legge dell'assortimento indipendente, specialmente quando sono molto vicini l'uno all'altro, in quanto saranno quasi sempre ereditati insieme. Questo fenomeno è descritto come "linkage" (collegamento) a livello del cromosoma. I geni collegati non dimostrano un rapporto 9:3:3:1 nella generazione F₂ di una croce diibrida.