L'interferenza porta a un errore sistematico nelle misurazioni dell'assorbimento atomico (AA) aumentando o diminuendo il segnale analitico o lo sfondo. Queste interferenze possono essere raggruppate in tre categorie principali: l’interferenza spettrale, l’interferenza chimica e l’interferenza fisica.

L'interferenza spettrale si verifica quando i segnali provenienti da altri elementi o molecole si sovrappongono al segnale dell'analita, elevando o mascherando falsamente l'assorbanza dell'analita. Questa interferenza può essere corretta usando i metodi di correzione dello sfondo Zeeman, Smith-Hieftje o deuterio.

Il metodo di correzione Zeeman usa un campo magnetico per dividere la linea di assorbimento in tre componenti polarizzate: due σ (spostate) e un π (non spostato). Le assorbanze dell'analita e dello sfondo vengono misurate separatamente alternando il campo magnetico, e migliorando la precisione nelle matrici complesse. Il metodo di correzione Smith-Hieftje prevede l'impulso di una lampada a catodo cavo (HCL) ad alte correnti, causando l'allargamento della linea di emissione e l'auto-inversione, dove la linea analitica centrale diminuisce. Questo determina una forte emissione su entrambi i lati della linea, assorbita dallo sfondo. L'assorbanza viene misurata in condizioni normali e ad alta corrente, consentendo la differenziazione tra i segnali dell’analita e di sfondo. Sebbene richieda solo una singola sorgente luminosa, la sensibilità del metodo diminuisce, soprattutto quando l'auto-inversione è insufficiente o il recupero è troppo lento. Il metodo di correzione dello sfondo al deuterio (D_2) utilizza una lampada D_2 come una sorgente luminosa ad ampio spettro, per correggere l'assorbimento dello sfondo nella spettroscopia di assorbimento atomico (AAS). Uno specchio rotante si alterna tra la lampada a catodo cavo a banda stretta (HCL) e la lampada D_2 a banda larga. La lampada D_2 misura l'assorbanza dello sfondo su un'ampia gamma di lunghezze d'onda, mentre l'HCL misura l'assorbanza dell'analita e dello sfondo a una lunghezza d'onda specifica. La differenza tra i due segnali isola l'assorbanza dell'analita. Sebbene sia poco costosa, manca di precisione nelle misurazioni ad alta accuratezza.

Inoltre, gli spettrometri ad alta risoluzione possono ridurre al minimo l'interferenza spettrale da linee spettrali sovrapposte. A volte, l'analita può essere estratto ripetutamente con un solvente prima dell'analisi.

Le interferenze chimiche si verificano quando i componenti indesiderati della matrice interagiscono con l'analita, riducendo l'efficienza di atomizzazione. Un modificatore chimico, come un agente di rilascio o un agente complessante, può essere aggiunto al campione per migliorare l'atomizzazione, o prevenire la formazione dei composti interferenti. Le interferenze chimiche comuni includono delle interferenze dovute alla ionizzazione e alla formazione di composti refrattari.

Gli elementi o i composti che si ionizzano alla stessa temperatura dell'analita possono alterarne la ionizzazione. La ionizzazione può essere soppressa aggiungendo un eccesso di una soluzione contenente un elemento che si ionizza più facilmente, questo reprime la ionizzazione dell'analita.

Inoltre, le reazioni chimiche tra l'analita e le altre specie nella matrice del campione possono formare dei composti non volatili che non si atomizzano facilmente. Questo ostacola la formazione di atomi liberi per l'assorbimento. Tale interferenza viene evitata aggiungendo un competitor chimico, o utilizzando delle temperature molto elevate.

Gli standard di calibrazione possono essere preparati con una matrice campione simile ai campioni reali, il che aiuta a compensare le interferenze chimiche derivanti dalla matrice.

Le interferenze fisiche derivanti dai fattori non chimici, come le variazioni della portata del gas o i cambiamenti della temperatura della fiamma, influenzano il processo di nebulizzazione o atomizzazione. Queste interferenze possono essere risolte utilizzando gli standard interni o diluendo il campione. La modifica delle matrici campione e la preparazione di standard di calibrazione con una matrice simile possono ridurre ulteriormente le interferenze fisiche.