Campionamento di acqua di mare e di raccolta

Riepilogo

Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante.

Abstract

Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante. Per i campioni manifestazione di oggi sono stati raccolti dal ponte della HMS operativo John Strickland a Inlet Saanich. Un A-frame Derrick, con un multi-purpose verricello e sistema di cavi, viene usato in combinazione con Niskin o Go-Flo bottiglie di campionamento delle acque. Conducibilità, temperatura e profondità (CTD) sensori sono utilizzati anche per esempio la massa d'acqua sottostante. Per ridurre al minimo degassamento, campioni di gas traccia sono raccolti per primo. Poi, i nutrienti, chimica dell'acqua, e conta delle cellule sono determinate. Infine, le acque sono raccolte per la filtrazione delle biomasse. Il set-up e tempi di raccolta per un singolo getto è ~ 1,5 ore ad una profondità massima di 215 metri. Pertanto, per un totale di 6 ore è generalmente necessario a completare la serie di raccolta qui descritto.

Protocollo

Parte 1: raccolta delle acque

1. Fondali sono assegnati ad ogni cast.
2. Profondità da campionare e il volume totale da raccogliere per il cast di corrente sono determinati.
3. E 'garantito che il Go-Flo e bottiglie Niskin sono aperti e che le valvole ei rubinetti sono chiusi.
4. Il CTD viene caricato sul fondo della linea e inferiore in acqua.
5. Una bottiglia per la profondità campionate nel primo cast viene caricato sulla linea dopo il CTD, ma è garantito che la linea sia inserito correttamente nel supporto e le viti sono serrate.
6. Un messaggero è allegato ad ogni bottiglia (se non il più profondo) prima di abbassare.
7. La linea si abbassa la distanza tra la profondità prima e la successiva; un'altra bottiglia viene poi caricata. Va notato che per profondità, dove sono raccolti 20L per la filtrazione, per un totale di 2 bottiglie 12L sono caricati consecutivamente circa 0,75 m di distanza.
8. Una volta che tutte le bottiglie sono in linea, la linea si abbassa fino alla profondità desiderata e 2 minuti sono autorizzati a passare.
9. Un messaggero viene inviato verso il basso e pochi minuti sono autorizzati a passare per assicurare che tutti i vicini bottiglie.
10. La linea è annaspato e le bottiglie vengono scaricati via via emergenti sul rack.
11. Per profondità che richiedono campioni 20L per DNA e RNA, due bottiglie Niskin vengono raccolti. Una bottiglia è usato per esempio i parametri chimici (vedi sotto), mentre l'altra è prosciugato in damigiana. RNA è raccolto immediatamente dal Niskin secondo. Il resto del primo è anche drenato in damigiana per dare ~ volume di 20L finale. Per bassa risoluzione campioni solo 1L di acqua viene messa da parte per la filtrazione sterile in bottiglie Nalgene.

Parte 2: raccolta dei campioni di gas

1. Se i campioni di ossigeno sono necessari, sono raccolti per primo.
2. Un pezzo di tubo sottile è collegato al Niskin / Go-Flo rubinetto e l'altra estremità del tubo è posizionato posto in bottiglie di siero del vetro.
3. La bottiglia siero è risciacquata con acqua 3 volte campione, e riempito fino a traboccare in modo che non siano presenti bolle d'aria.
4. 50μl di cloruro di mercurio (HgCl ₂₎ vengono aggiunti alla bottiglia siero in un modo che non introduce bolle d'aria nel campione.
5. La bottiglia è sigillata con un tappo di gomma e crimpati con una ghiera di alluminio, e viene quindi memorizzato sul ghiaccio in un dispositivo di raffreddamento.

Parte 3: la raccolta dei campioni di nutrienti

1. Una siringa da 60 cc è risciacquata con acqua campione, un (0,2 micron) è collegato in linea e l'acqua viene spinta attraverso il Acrodisc.
2. Una bottiglia in polietilene è risciacquata con ~ 10 ml di acqua filtrata 3 volte (agitare bottiglia quando il risciacquo).
3. Campione di acqua filtrata viene aggiunto alle bottiglie, circa ¾.
4. Il campione viene memorizzato sul ghiaccio nel radiatore.

Parte 4: esempio di raccolta ammoniaca

1. Provette vengono sciacquati con acqua campione.
2. Provette sono riempiti completamente con acqua campione.
3. 5 ml di acqua campione sono portati con l'ausilio di una pipetta da 10 ml, il resto dell'acqua nel tubo viene scartata e il 5 ml a la punta della pipetta sono sostituiti nella provetta del campione.
4. 7.5ml di reagente di ammonio di lavoro è aggiunto ad ogni provetta una volta campioni provenienti da tutte le profondità sono stati raccolti.

Parte 5: Raccolta dei campioni per il conteggio delle cellule

1. Un pre-etichettati tubo Falcon da 50 ml contenente 5,4 ml di formaldeide al 37% è riempito in cima per una concentrazione finale del 4%. Si fa attenzione a non rovesciare.

Parte 6: Raccolta dei campioni per le misurazioni di idrogeno solforato

1. Un pre-etichettati tubo Falcon da 50 ml contiene acetato di zinco 20% (Zn (O ₂ CCH _{3) 2)} si riempie verso l'alto. Si fa attenzione a non rovesciare.

Parte 7: raccolta di piccolo volume per la concentrazione della biomassa

1. Bottiglie da 1 litro sono riempiti fino alla cima.

Parte 8: raccolta di grande volume per la concentrazione della biomassa

1. Damigiane da 20 litri sono pieni.

Parte 9: Risultati Rappresentante

Il risultato finale di campionamento di acqua di mare si traduce in circa 12 campioni di ossigeno disciolto, 32-48 campioni di gas, 16 campioni di nutrienti, 32 campioni di ammonio, acido solfidrico 16 campioni, 16 campioni per la conta delle cellule, 6 damigiane da 20 litri, 16 bottiglie da 1 litro e 4 Sterivex 0.22μm filtri contenenti biomassa microbica conservato con RNA più tardi.

Discussione

In generale, c'è una grande quantità di preparazione e di pianificazione necessari per questo tipo di campionamento, in modo bilancio 2 giorni prima del viaggio per ottenere le cose in ordine e un giorno dopo, per la pulizia di tutto. In generale, non lasciare che l'acqua salata entrare in contatto con la pompa peristaltica o nel box in alluminio Zarges usato per trasportare l'attrezzatura campo. Trattare l'apparecchio con rispetto e che si esibirà anche per lungo tempo a venire.

Materiali

Material Name	Type	Company	Catalogue Number	Comment
Name	Company	Catalog Number	Comments
20L Carboys		Fisher	02-960-15
3/8" Tygon		Cole Parmer	06429-36
Sterivex filters		Fisher	SVG010RS
Prefilter Housing Unit		AMD	501200
Luer Fitting		Cole Parmer	31507-27
1/4" Tygon tubing		Cole Parmer	06429-24
1/4" Tygon tubing		Cole Parmer	06429-24
1/4" Tygon tubing		Cole Parmer	06429-24
50ml Plastic tubes
Glass Serum Bottles				Glass Sample Collection
Septa and aluminum caps for glass serum bottles
Hand Crimper
20-200ul Pipette and Tips
Glass Tubes				Ammonium Sample Collection
30ml Plastic Bottles				Nutrient Collection
Acrodisc Filters		Millipore
5 ml Tubes				Nitrite Sample Collection
37% Formaldehyde	Reagent			For cell count samples
20% Zinc Acetate	Reagent			For sulfide samples
Mercuric Chloride	Reagent			For gas samples
milliQ water	Reagent
Ammonium Working Reagent	Reagent			Borate buffer, sodium sulfite, orthophaladialdehyde
Sulfanilamide	Reagent			5g into 450ml water and 50ml HCl
N-(1-naphthy)-ethylenediamine dihydrochloride solution	Reagent			0.5g into 500ml water