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Method Article
* Questi autori hanno contribuito in egual misura
Descriviamo le procedure per l'etichettatura e la genotipizzazione topi appena nati e di generare colture neuronali primarie da loro. La genotipizzazione è rapido, efficiente ed affidabile, e consente l'estrazione automatica acidonucleico. Ciò è particolarmente utile per i mouse neonatale letali e le loro culture, che richiedono la preventiva realizzazione di genotipizzazione.
Analisi ad alta risoluzione della morfologia e funzione dei neuroni di mammifero richiede spesso la genotipizzazione dei singoli animali seguita dall'analisi di colture primarie di neuroni. Descriviamo una serie di procedure per: etichettatura topi appena nati per essere sottoposti a genotipizzazione, rapida genotipizzazione, e stabilire le culture a bassa densità di neuroni del cervello di questi topi. Topi individuali sono etichettati da tatuaggio, che permette l'identificazione a lungo termine della durata in età adulta. La genotipizzazione del protocollo descritto è veloce ed efficiente, e consente l'estrazione automatica di acidi nucleici con buona affidabilità. Ciò è utile in circostanze in cui il tempo sufficiente per la genotipizzazione convenzionale non è disponibile, per esempio, in topi che soffrono di letalità neonatale. Colture neuronali primarie sono generati a bassa densità, che permette esperimenti di imaging ad alta risoluzione spaziale. Questo metodo di coltura richiede la preparazione di strati di alimentazione gliali prima placcatura neuronale. Il pROTOCOLLO è applicata nella sua interezza ad un modello murino della distonia disturbo del movimento DYT1 (AE-torsinA topi knock-in), e colture neuronali sono preparati dal ippocampo, corteccia cerebrale e striato di questi topi. Questo protocollo può essere applicato a topi con altre mutazioni genetiche, nonché di altre specie animali. Inoltre, i singoli componenti del protocollo possono essere utilizzati per isolati sotto-progetti. Così questo protocollo avrà applicazioni larghe, non solo nel campo delle neuroscienze, ma anche in altri settori delle scienze biologiche e mediche.
Modelli di roditori di malattie genetiche sono dimostrati utili per stabilire le funzioni fisiologiche di proteine normali e acidi nucleici, così come le conseguenze fisiopatologiche di difetti di questi. Gli esempi includono topi deficienti per proteine coinvolte in funzioni cellulari chiave, così come i modelli murini di malattie come il morbo di Alzheimer. Tuttavia, alcune manipolazioni genetiche possono portare a letalità neonatale poco o pochi giorni dopo la nascita. In questi casi, colture primarie sono uno strumento importante perché le cellule vive sono disponibili presso i cuccioli embrionali o neonatali prima della morte, possono essere mantenute per almeno un paio di settimane in vitro, e in questo periodo precoce dello sviluppo neuronale può essere seguito da esperimenti biochimici, funzionali e morfologiche. Per le colture primarie, può essere utile al piatto i neuroni a bassa densità; ciò rende possibile visualizzare il somata individuale, dendriti, alberi assonale e nervo Termisegnali ad alta risoluzione spaziale. Tuttavia, la sopravvivenza e la differenziazione dei neuroni a bassa densità richiede tipicamente che sono piastrate su uno strato alimentatore gliali, co-coltura con cellule gliali in assenza di contatto fisico con loro, o coltivati in terreno condizionato dalla glia 1.
La creazione di colture neuronali bassa densità su strati di alimentazione gliali può dipendere genotipizzazione veloce e affidabile anticipo - entro poche ore a differenza di alcuni giorni. La velocità è particolarmente importante quando il genotipo neuronale deve essere abbinato a quello di uno strato alimentatore gliali preparato. Come esempio più pratico, può essere necessario decidere quali cuccioli di genotipo che da utilizzare nelle culture generano, per ottimizzare l'efficienza di un esperimento.
Qui mostriamo il protocollo di lavoro che è stato usato per un veloce, semplificato e affidabile genotipizzazione del mouse in precedenti pubblicazioni 2-6. Mouse e codeun kit disponibile in commercio vengono utilizzati. Questo protocollo comprende un'unica fase di estrazione degli acidi nucleici dal tessuto, e non richiede né una purificazione passo-acido nucleico, né l'uso di un tampone di terminazione ('fermata soluzione'). L'affidabilità di questo metodo genotipizzazione è illustrato presentando i risultati di una serie di prove in cui le differenze sono introdotte rispetto alla quantità iniziale di campioni, l'età degli animali e la lunghezza degli ampliconi PCR. Questo kit offre i vantaggi di estrazione e affidabilità automatizzato.
Per motivi di essere completa, l'uso di tatuaggi per l'identificazione a lungo termine dei topi genotipizzati è anche dimostrato. Il tatuaggio viene ottenuto applicando inchiostro tatuaggio al derma della pelle (sotto l'epidermide) 7. Una procedura è descritta per tatuaggi i cuscinetti delle zampe di topi neonati o di 1 giorno, anche se tatuaggi possono essere applicati ad altre parti del corpo, come code e dei piedi, e Animals di tutte le età. Inoltre, sarà dimostrato procedure per la placcatura e coltivando neuroni di topo a bassa densità, basato sulla preparazione ottimale di diversi tipi di strati di alimentazione gliali 2,8.
Usiamo un modello genetico del mouse della malattia neurologica ereditaria DYT1 distonia - una malattia autosomica dominante movimento causata da una mutazione nel gene TOR1A (c.904_906delGAG / c.907_909delGAG; p.Glu302del / p.Glu303del) 9. La proteina codificata, torsinA, appartiene alle "ATPases associati alle diverse attività cellulari" (AAA +) famiglia di proteine, i cui membri generalmente eseguire funzioni chaperone-like, che assiste in: proteine unfolding, proteina-complesso smontaggio, il traffico di membrana, e la fusione delle vescicole 10-13. I risultati mutazione in un in-frame delezione di un codone dell'acido glutammico, e possono portare alla manifestazione di 'insorgenza precoce generalizzata isolato distonia' 14,15. Tuttavia, il percorsomeccanismi ophysiological responsabili di questo disturbo rimangono poco conosciuti. In un modello di topo knock-in, l'allele mutante è TOR1A tm2Wtd, citato qui di seguito come TOR1A AE. Eterozigoti AE-torsinA knock-nei topi sono pazienti umani vitali e geneticamente mimici con DYT1 distonia, mentre omozigote knock-in topi muoiono dopo la nascita 16,17, con la latenza di morte post-natale colpiti da background genetico 18. La morte precoce di omozigoti topi knock-in richiede che sia la genotipizzazione degli animali e la creazione di colture neuronali sono concluse rapidamente. Come altro esempio di genotipizzazione, Tfap2a (fattore di trascrizione AP-2α, attivando legame con le proteine 2α enhancer) sarà utilizzato. La proteina codificata da questo gene è importante nella regolazione più processi cellulari, quali la proliferazione, la differenziazione, la sopravvivenza e apoptosi 19.
NOTA: Tutte le procedure sugli animali eseguiti in questo studio sono stati approvati dalla cura e l'uso degli animali Comitato Istituzionale della University of Iowa.
Identificazione 1. a lungo termine di topi mediante tatuaggio dei cuscinetti delle zampe
2. Mice genotipizzazione Newborn Utilizzando una veloce Kit PCR Genotipizzazione
3. Cultura primario di topo cervello Neurons su Glial Feeder livello
NOTA: Le procedure per la dissezione del cervello e la dissociazione delle cellule (3.1) sono comuni a tutte le procedure successive. Le procedure per le culture del mouse gliali (3.2), culture di ratto gliali (3.3), e colture neuronali di topo (3.4) sono descritti separatamente in seguito.
Come esempio di applicazione di questo protocollo, risultati rappresentativi sono mostrati per etichettare topi tatuaggi, genotipizzazione affidabile in varie condizioni sperimentali, e stabilendo colture neuronali primarie su strati di alimentazione gliali.
Tatuaggio
Cuccioli appena nati sono stati etichettati sui cuscinetti delle zampe utilizzando un sistema tatuaggi ('Newborn' in Figura 1). Le etichette sono rimasti ch...
Il protocollo presentato qui comprende procedure per tatuaggi per etichettare / individuare i topi, per la genotipizzazione topi da punte di coda, e per la coltura neuroni del cervello del mouse a bassa densità. In un giro di esperimenti usando 6-8 cuccioli, queste procedure richiedono tipicamente ~ 0,5 ore, ~ 4 ore e ~ 2 ore, rispettivamente, per un totale di 6-7 ore. Questo rende pratico per un singolo sperimentatore per completare tutte le procedure necessarie dal momento della nascita i cuccioli 'del fasciame d...
The author (Zhengmin Huang) is the president of EZ BioResearch LLC that produces reagents described in this article.
The authors thank researchers at the University of Iowa, Drs. Luis Tecedor, Ines Martins and Beverly Davidson for instructions and helpful comments regarding striatal cultures, and Drs. Kara Gordon, Nicole Bode and Pedro Gonzalez-Alegre for genotyping assistance and discussions. We also thank Dr. Eric Weyand (Animal Identification and Marking Systems) for helpful comments regarding tattooing, and Dr. Shutaro Katsurabayashi (Fukuoka University) for helpful comments regarding the mouse culture. This work was supported by grants from the American Heart Association, the Department of Defense (Peer Reviewed Medical Research Program award W81XWH-14-1-0301), the Dystonia Medical Research Foundation, the Edward Mallinckrodt, Jr. Foundation, the National Science Foundation, and the Whitehall Foundation (N.C.H.).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
REAGENTS - tattooing | |||
Machine Cleanser | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NMCR3 | This is used to clean the needles and the holder after tattooing. |
Machine Drying Agent | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NDAR4 | This is used to dry the needles and holder after cleaning. |
Neonate Tattoo Black Pigment | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NBP01 | |
Skin Prep Applicator | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NSPA1 | Q-tip. |
Skin Prep solution | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NSP01 | This reagent delivers a thin layer of oil that enhances the efficiency of tattooing and prevents tattoo fading, by (information from vendor): 1) preventing non-tattooed skin from being stained temporarily, thereby allowing the quality of a paw pad tattoo to be easily evaluated before the pup is returned to its home cage – the stained skin surface can be confused with the tattooed skin, 2) reducing skin damage during tattooing – softening the skin and lubricating the needle will help the needle penetrate the skin without causing skin damage, and 3) preventing molecular oxygen from entering the skin, thereby reducing inflammatory responses to reactive oxygen species that can be generated. |
REAGENTS - genotyping | |||
EZ Fast Tissue/Tail PCR Genotyping Kit (Strip Tube Format) | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | |
2X PCR Ready Mix II | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | A red, loading dye for electrophoresis is included in the 2X PCR Ready Mix solution. |
Tissue Lysis Solution A | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | Prepare DNA Extraction Solution by mixing 20 µl of Tissue Lysis Solution A and 180 µl of Tissue Lysis Solution B per specimen. |
Tissue Lysis Solution B | EZ BioResearch LLC | G2001-100 | Prepare DNA Extraction Solution by mixing 20 µl of Tissue Lysis Solution A and 180 µl of Tissue Lysis Solution B per specimen. |
Acetic acid, glacial | VWR | BDH 3092 | |
Agarose optimized grade, molecular biology grade | rpi | A20090-500 | We use 2% agarose gels in TAE buffer containing the SYBR Safe DNA gel stain (diluted 10,000-fold) or ethidium bromide (0.5 µg/ml gel volume). |
Ethidium bromide | Sigma-Aldrich | E7637-1G | |
Ethylenediamine tetraacetic acid, disodium salt dihydrate (EDTA) | Fisher | BP120-500 | |
Filtered Pipet Tips, Aerosol-Free, 0.1-10 µl | Dot Scientific Inc | UG104-96RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Filtered Pipet Tips, Premium Fit Filter Tips, 0.5-20 µl | Dot Scientific Inc | UG2020-RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Filtered Pipet Tips, Premium Fit Filter Tips, 1-200 µl | Dot Scientific Inc | UG2812-RS | Use pipette tips that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. For all steps involving DNA, use filtered pipette tips to avoid cross-contamination. |
Molecular weight marker, EZ DNA Even Ladders 100 bp | EZ BioResearch LLC | L1001 | We use either of these three molecular weight markers. |
Molecular weight marker, EZ DNA Even Ladders 1000 bp | EZ BioResearch LLC | L1010 | |
Molecular weight marker, TrackIt, 100 bp DNA Ladder | GIBCO-Invitrogen | 10488-058 | |
PCR tubes, 8-tube strips with individually attached dome top caps, natural, 0.2 ml | USA Scientific | 1402-2900 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. An 8-tube strip is easy to handle and to group the specimens than individual tubes. |
PCR tubes, Ultraflux Individual | rpi | 145660 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. |
Seal-Rite 0.5 ml microcentrifuge tube, natural | USA Scientific | 1605-0000 | Use tubes that are sterile and free of DNA, RNase and DNase. |
SYBR Safe DNA gel stain * 10,000x concentration in DMSO | GIBCO-Invitrogen | S33102 | |
Tris base | rpi | T60040-1000 | |
Primers for amplifying Tor1a gene in ΔE-torsinA knock-in mice | 5'-AGT CTG TGG CTG GCT CTC CC-3' (forward) and 5'-CCT CAG GCT GCT CAC AAC CAC-3' (reverse) (reference 18). These primers were used at a final concentration of 1.0 ng/µl (~0.16 µM) (reference 2). | ||
Primers for amplifying Tfap2a gene in wild-type mice | 5'-GAA AGG TGT AGG CAG AAG TTT GTC AGG GC-3' (forward), 5'-CGT GTG GCT GTT GGG GTT GTT GCT GAG GTA-3' (reverse) for the 498-bp amplicon, 5'-CAC CCT ATC AGG GGA GGA CAA CTT TCG-3' (forward), 5'-AGA CAC TCG GGC TTT GGA GAT CAT TC-3' (reverse) for the 983-bp amplicon, and 5'-CAC CCT ATC AGG GGA GGA CAA CTT TCG-3' (forward), 5'-ACA GTG TAG TAA GGC AAA GCA AGG AG-3' (reverse) for the 1990-bp amplicon. These primers are used at 0.5 µM. | ||
REAGENTS - cell culture | |||
5-Fluoro-2′-deoxyuridine | Sigma-Aldrich | F0503-100MG | See comments section of uridine for more information. |
B-27 supplement | GIBCO-Invitrogen | 17504-044 | |
Cell Culture Dishes 35 x 10 mm Dishes, Tissue Culture-treated | BD falcon | 353001 | |
Cell Culture Flasks, T25, Tissue Culture-treated, Canted-neck, plug-seal cap, 25 cm2 Growth Area, 70 ml | BD falcon | 353082 | |
Cell Culture Flasks, T75, Tissue Culture-treated, Canted-neck, vented cap, 75 cm2 Growth Area, 250 ml | BD falcon | 353136 | |
Conical Tube, polypropylene, 15 ml | BD falcon | 352095 | |
Countess (cell number counter) chamber slides | GIBCO-Invitrogen | C10312 | |
Cytosine β-D-Arabinofuranoside hydrochloride (Ara-C hydrochloride) | Sigma-Aldrich | C6645-100mg | |
D-(+)-Glucose (Dextrose) anhydrous, SigmaUltra, 99.5% (GC) | Sigma-Aldrich | G7528-250G | |
Dish, Petri glass 100 x 15 mm | Pyrex | 3160-101 | |
Distilled water | GIBCO-Invitrogen | 15230-147 | |
DNase Type II | Sigma-Aldrich | D4527-200KU | Stock solution is prepared at 1,500 units/20 μl = 75,000 units/ml in distilled water. |
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), high glucose, GlutaMAX, pyruvate | GIBCO-Invitrogen | 10569-010, 500 ml | |
Fast PES Filter Unit, 250 ml, 50 mm diameter membrane, 0.2 µm Pore Size | Nalgene | 568-0020 | |
Fast PES Filter Unit, 500 ml, 90 mm diameter membrane, 0.2 µm Pore Size | Nalgene | 569-0020 | |
Fetal bovine serum (FBS) | GIBCO-Invitrogen | 26140-079 | |
Glass coverslip, 12 mm Round, thickness 0.09–0.12 mm, No. 0 | Carolina | 633017 | |
GlutaMAX-I | GIBCO-Invitrogen | 35050-061 | |
Hanks' Balanced Salts | Sigma-Aldrich | H2387-10X | |
HEPES, ≥99.5% (titration) | Sigma-Aldrich | H3375-250G | |
Hydrochloric acid, 37%, A.C.S reagent | Sigma-Aldrich | 258148-100 ML | |
Insulin | Sigma-Aldrich | I5500-250 mg | |
Magnesium sulfate heptahydrate, MgSO4•(7H2O), BioUltra, ≥99.5% (Fluka) | Sigma-Aldrich | 63138-250G | |
Matrigel Basement Membrane Matrix solution, Phenol Red-Free | BD Biosciences | 356237 | This is the coating material for coverslips and flasks. 1) To prepare it, thaw the Matrigel Basement Membrane Matrix solution on ice, which usually takes ~1 day. Using a pre-cooled pipette, aliquot the thawed solution into pre-cooled T25 flasks on ice, and store the flasks at -20 °C. To prepare the working Matrigel solution, thaw the aliquotted Matrigel in a flask on ice, dilute 50-fold by adding pre-cooled MEM solution and keep the diluted solution at 4 °C. It is important to pre-cool all cultureware and media that come into contact with Matrigel, except during and after the coating of coverslips, to prevent it from prematurely forming a gel. 2) To coat the glass coverslips or culture flasks with Matrigel, apply the Matrigel solution to the surface. Before plating cells, it is important to completely dry up the surface. For this purpose, it might be helpful to aspirate Matrigel during the cellular centrifugation immediately before plating the cells and to allow enough time for drying. |
Minimum Essential Medium (MEM) | GIBCO-Invitrogen | 51200-038 | |
MITO+ Serum Extender, 5 ml | BD Biosciences | 355006 | |
Multiwell Plates, Tissue Culture-treated 24-well plate | BD falcon | 353047 | |
Multiwell Plates, Tissue Culture-treated 6-well plate | BD falcon | 353046 | |
Neurobasal-A Medium (1X), liquid | GIBCO-Invitrogen | 10888-022 | |
Nitric Acid | VWR | bdh 3044 | |
NS (Neuronal Supplement) 21 | prepared in the lab | Source: reference 69 | |
Pasteur pipets, 5 ¾” | Fisher | 13-678-6A | Use this cotton-plugged 5 ¾” Pasteur pipette for cellular trituration. Fire-polish the tip beforehand to smooth the cut surface and to reduce the internal diameter to 50-80% of the original. Too small a tip will disrupt the cells and reduce cell viability, but too large a tip will decrease the efficiency of trituration. |
Pasteur pipets, 9” | Fisher | 13-678-6B | |
Potassium chloride (KCl), SigmaUltra, ≥99.0% | Sigma-Aldrich | P9333-500G | |
Serological pipet, 2 ml | BD falcon | 357507 | |
Serological pipet, 5 ml | BD falcon | 357543 | |
Serological pipet, 10 ml | BD falcon | 357551 | |
Serological pipet, 25 ml | BD falcon | 357525 | |
Serological pipet, 50 ml | BD falcon | 357550 | |
Sodium bicarbonate (NaHCO3, Sodium hydrogen carbonate), SigmaUltra, ≥99.5% | Sigma-Aldrich | S6297-250G | |
Sodium chloride (NaCl), SigmaUltra, ≥99.5% | Sigma-Aldrich | S7653-250G | |
Sodium hydroxide (NaOH), pellets, 99.998% trace metals basis | Sigma-Aldrich | 480878-250G | |
Sodium phosphate dibasic heptahydrate (Na2HPO4•(7H2O)), ≥99.99%, Aldrich | Sigma-Aldrich | 431478-250G | |
Sucrose, SigmaUltra, ≥99.5% (GC) | Sigma-Aldrich | S7903-250G | |
Syringe filter, sterile, 0.2 µm | Corning | 431219 | |
Syringe, 3 ml | BD falcon | 309585 | |
Transferrin, Holo, bovine plasma | Calbiochem | 616420 | |
Trypan Blue stain, 0.4% | GIBCO-Invitrogen | T10282 | This is used for counting live/dead cells. Renew an old trypan blue solution if it is re-used many times (e.g. several times a week for several weeks), because it will form precipitates and result in erroneous readouts of cellular density. |
Trypsin, type XI | Sigma-Aldrich | T1005-5G | |
Trypsin-EDTA solution, 0.25% | GIBCO-Invitrogen | 25200-056 | |
Uridine | Sigma-Aldrich | U3003-5G | Stock solution is prepared at 50-mg 5-fluoro-2'-deoxyuridine and 125 mg uridine in 25 ml DMEM (8.12 and 20.48 mM, respectively). |
REAGENTS - immunocytochemistry | |||
Antibody, rabbit polyclonal anti-MAP2 | Merck Millipore | AB5622 | |
Antibody, mouse monoclonal anti-GFAP cocktail | Merck Millipore | NE1015 | |
EQUIPMENT - tattooing | |||
AIMS | Animal Identification and Marking Systems, Inc. | NEO–9 | This Neonate Rodent Tattooing System is an electric system that works by rapidly moving 1- or 3-point tattoo needles vertically into the skin. Activate the tattoo machine once for approximately 0.5 sec, while the tattoo needle tips are kept perpendicular to the skin surface. We prefer three-needle tattooing to maximize the tattooed area, but one-needle tattooing is effective on narrower areas, e.g. the toes, or if fine mechanical control is necessary, e.g. when numbers are tattooed. Two rounds of tattooing at the slowest speed (setting "1" out of 3 steps) are typically sufficient to produce a visible and long-lasting tattoo of the paw pads. |
EQUIPMENT - genotyping | |||
Electrophoresis system, horizontal, Wide Mini–Sub Cell GT | BIO–RAD | 170–4405 | Typical electrophoresis parameters are electrical field strength at 6 V/cm and 25 min duration for a 10 cm gel. |
FluorChem 8800 | ProteinSimple | FluorChem 8800 | |
PCR, MJ Mini Thermal Cycler | BIO-RAD | PTC-1148EDU | Our PCR reactions for the Tor1a gene in ΔE-torsinA knock-in mice are as follows: 1 cycle of denaturation at 94 °C for 3 min, 35 cycles of denaturation at 94 °C for 30 sec, annealing at 58 °C for 30 sec, extension at 72 °C for 2 min. This is followed by final extension at 72 °C for 10 min, and holding at 4 °C. |
Power supply, PowerPac Basic | BIO-RAD | 164-5050 | |
EQUIPMENT - cell culture | |||
Automated cell counter, Countess | GIBCO-Invitrogen | C10310 | This automated cell counter separately measures the densities of live and dead cells (non stained and stained by trypan blue, respectively). It is important to know the optimal range of density measurements: the counter that we use has the highest accuracy in the range from 1 x 105 to 4 x 106 cells/ml. If the measured cell density values fall outside the recommended range, adjust the resuspension volume appropriately. |
Biological Safety Cabinet, Class II, Type A2 | NUAIRE | NU-425-400 | This hood is used for all cell culture procedures, except for brain dissection. |
CO2 Incubator, AutoFlow, Humidity Control Water Jacket | NUAIRE | NU-4850 | |
Horizontal Clean Bench | NUAIRE | NU-201-330 | This clean bench is used for brain dissection (steps 3.1.1 and 3.1.2 of "Brain Dissection and Cellular Dissociation)". |
Orbit LS Low Speed Shaker | Labnet | S2030-LS-B | |
SORVALL RC-6 Plus Superspeed Centrifuge | Fisher | 46910 (centrifuge)/46922 (rotor) |
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