Allineamento di dati di serie temporali sincronizzati utilizzando il modello caratterizzante della perdita di sincronia del ciclo cellulare per confronti cross-experiment

Una delle principali sfide dell'analisi degli esperimenti di serie temporali è che spesso differiscono nella durata del recupero dalla sincronia e nel periodo del ciclo cellulare. Quindi le misurazioni di diversi esperimenti non possono essere facilmente confrontate o analizzate in aggregato senza allineamento. L'allineamento della linea di vita degli orologi è un metodo per confronti specifici di fase e biologicamente rilevanti tra esperimenti e per aggregare esperimenti a replica multipla, entrambi precedentemente difficili o impossibili.

In precedenza sono stati effettuati confronti specifici per fase e biologicamente rilevanti monitorando eventi di riferimento. Tuttavia, utilizzando questi metodi ad hoc, sottili ma importanti differenze rimangono inosservate. Il confronto tra esperimenti di serie temporali è particolarmente difficile tra esperimenti con differenze significative nei tempi, come nelle popolazioni mutanti o nelle condizioni di crescita che influenzano il tempo di recupero della sincronia o il periodo del ciclo cellulare.

L'allineamento della linea vita degli orologi consente un confronto specifico della fase in questi casi. Abbiamo utilizzato orologi per allineare i dati trascrittomici e proteomici delle serie temporali, che hanno permesso il confronto diretto tra la dinamica dell'mRNA e la proteina corrispondente. Inoltre, allineiamo gli esperimenti di serie temporali tra diverse specie, fornendo approfondimenti critici sui cambiamenti evolutivi del ciclo cellulare.