Per iniziare, scarica il repository di allineamento CLOCCS inserendo il comando nel terminale. Creare un ambiente conda utilizzando conda.rec. yml inserendo il comando nel terminale nella cartella in cui è stato clonato il repository di allineamento CLOCCS.
Fare doppio clic sul cloccs_v2023. jar che si trova nella cartella CLOCCS nel repository di allineamento CLOCCS e attendi l'apertura di un'interfaccia utente grafica. La schermata consente le opzioni di input per l'esecuzione di CLOCCS e visualizza i risultati una volta eseguita.
Immettere le condizioni sperimentali specificando la temperatura in gradi Celsius utilizzando la casella di testo denominata Temperatura e specificare il metodo di sincronizzazione utilizzando il menu a discesa Synchro.method. Per inserire le impostazioni per i dati di gemmazione, scegli l'opzione Bud per lievito in erba dal menu a discesa del tipo di modello. Importate i dati caricando un file utilizzando il pulsante Seleziona file o digitandolo nelle caselle di immissione di testo del pannello Importazione dati.
La prima colonna specifica i punti temporali e le altre due colonne specificano i dati in erba. Per inserire le impostazioni per i dati citometrici a flusso, selezionare la sezione Flusso dal menu a discesa Tipo di modello. Importate i dati utilizzando il pannello Importazione dati e fate clic su Seleziona file.
Quindi selezionare i punti temporali nella casella Times for fitting per i quali deve essere tracciato un adattamento CLOCCS citometrico a flusso. Una volta selezionati tutti gli input per la citometria in gemmazione o a flusso, fare clic sul pulsante Applica e quindi sul pulsante Campione nella parte superiore dello schermo. Visualizzare la curva di gemmazione o i grafici di citometria a flusso nella scheda Fit previsti.
Ottenere i parametri CLOCCS dall'adattamento selezionando la scheda Parametri posteriori. La tabella risultante ha ogni riga costituita dal parametro, con la riga finale che è la posteriore. Le colonne sono costituite dal parametro previsto per la media, dall'intervallo di confidenza inferiore del 2,5%, dall'intervallo di confidenza superiore del 97,5% e dal tasso di accettazione.
Le curve di gemmazione CLOCCS erano correttamente adattate, come dimostrato dai punti dati che sovrappongono la corrispondente curva di adattamento con una piccola banda di confidenza del 95%. Con i dati di fase del ciclo cellulare della citometria a flusso, CLOCCS produce un CLOCCS adatto per ogni punto temporale selezionato.
