Per iniziare, avvia il software di elaborazione delle immagini, seleziona file, quindi apri i dati e scegli le immagini scansionate micro CT generate in precedenza in formato dot BMP. Quando si apre la finestra dei parametri di lettura dell'immagine, confermare i parametri e accettare se corretti. Nel pannello principale, fare clic sulla vista progetto per individuare un nuovo oggetto creato con il nome del file BMP del punto.
Fare clic con il pulsante destro del mouse sull'oggetto creato e selezionare l'opzione ortofetta, quindi fare clic su Crea. In Proprietà, selezionare il piano di orientamento e il numero di sezione da visualizzare. Per ottenere i volumi 3D della testa completa nel pannello principale, passare alla vista progetto, fare clic con il pulsante destro del mouse sull'oggetto immagine, selezionare l'opzione di soglia interattiva e fare clic su Crea.
In Proprietà, modificare i valori per la soglia minima RGB e la soglia massima RGB fino a selezionare la parte dell'immagine corrispondente alla testa dell'animale. Quindi seleziona Applica. Fare clic con il pulsante destro del mouse sull'oggetto soglia creato nella vista del progetto.
In Proprietà selezionare isosuperficie, scegliere una soglia per visualizzare la superficie, quindi fare clic su Applica. Per digitalizzare i punti di riferimento, fare clic con il pulsante destro del mouse sulla vista del progetto, selezionare crea oggetto, quindi selezionare punti e linee seguiti da punti di riferimento, quindi fare clic su crea. Quindi fare clic con il pulsante destro del mouse sui nuovi punti di riferimento dell'oggetto.
Selezionare la vista punto di riferimento e fare clic su Crea. In dimensione, modificare la dimensione in punti. Per aggiungere punti di riferimento nelle proprietà, in modalità di modifica selezionare Aggiungi.
Digitalizza cinque punti equamente distribuiti intorno alle curve fino al prossimo punto di riferimento all'intersezione della corteccia mesencefalica, quindi digitalizza otto semi punti di riferimento intorno alla corteccia. Per salvare i punti digitalizzati, fare clic con il pulsante destro del mouse sui punti di riferimento dell'oggetto e scegliere Salva dati. Per segmentare il cervello, fare clic con il pulsante destro del mouse sulla vista progetto, quindi creare oggetto, selezionare immagini e campi, quindi etichettare il campo.
Fare clic su Crea. Selezionare l'oggetto campo etichetta e premere l'opzione dell'editor di segmentazione nelle proprietà. In Materiali, aggiungi un nuovo materiale e rinominalo come cervello.
In Selezione, scegliere la sezione corrente per segmentare il tessuto corrispondente al cervello in ciascuna sezione. Negli strumenti, usa la bacchetta magica e il pennello per selezionare il tessuto cerebrale in ogni fetta. Quindi, in Selezione, premere Aggiungi.
Ora torna alla vista del progetto, fai clic con il pulsante destro del mouse sul campo dell'etichetta e seleziona genera superficie, quindi fai clic su Applica. Una volta ottenuta la superficie, applicare la superficie di estrazione per esportarla. Con la scansione micro TC, nonostante le piccole dimensioni del cervello dei topi neonatali, è possibile distinguere le strutture anatomiche come i bulbi olfattivi, la corteccia, il mesencefalo, il cervelletto e il cervello posteriore.
La segmentazione manuale dell'intero cervello ha portato alla ricostruzione del modello 3D del cervello dei neonati.
