Analisi semi-automatica dell'ampiezza e della latenza di picco per le forme d'onda di risposta uditiva del tronco encefalico utilizzando R

Le risposte uditive del tronco encefalico vengono regolarmente raccolte per determinare le soglie uditive. La forma d'onda ABR contiene ulteriori informazioni sull'attività del tronco cerebrale, ma in precedenza molti ricercatori hanno dovuto analizzarle manualmente. Gli script R funzionano con il software R nel framework RStudio per semi-automatizzare l'analisi delle forme d'onda ABR.

Sono gratuiti e facili da usare. La nostra speranza è che l'analisi di routine della forma d'onda ABR consentirà studi successivi per valutare la rilevanza di questa elaborazione uditiva pre-cognitiva nella diagnosi. Per iniziare, esportare la risposta uditiva del tronco cerebrale o la registrazione ABR come file ASCII.

Per IHS, aprire il programma per computer, caricare il file di interesse e visualizzare le forme d'onda desiderate su una pagina. Nella scheda dati, selezionare Salva pagina come ASCII per ottenere un file txt. Dopo aver nominato il file di dati in modo appropriato con un ID, registrare l'ID e le informazioni sull'oggetto in un file di metadati denominato info.

csv, assicurandosi di non includere alcuna informazione come il genotipo, il sesso, l'età o il trattamento nell'ID.Ripetere i passaggi con tutti i file da analizzare come file ID separati e ottenere i metadati. Scarica e installa i programmi R e RStudio dai rispettivi siti web. Quindi installa le librerie richieste, tidyverse, Shiny, Plotly e Zoo, con i comandi richiesti nella finestra di comando di RStudio.

Quindi, scarica gli script findpeaks. r e see_trace_click. r dal GitHub White Lab, nonché l'ora del file associato.csv.

Creare una nuova cartella denominata Cartella di prova per inserire tutti i file ASCII, informazioni. CSV e tempo.csv. All'interno della cartella di test, creare una sottocartella denominata Cartella ASCII e inserire i file ASCII.

Apri il findpeaks. r in RStudio facendo clic con il pulsante destro del mouse sulla scheda dello script nella barra degli strumenti per selezionare la directory di lavoro impostata e impostarla su Cartella di prova. Nella finestra dello script, fare clic su Sorgente nella parte superiore destra della barra degli strumenti per caricare il programma.

Quindi, nella finestra di comando, utilizzare i comandi per analizzare le forme d'onda in modalità di elaborazione singola e batch. Caricare i dati della forma d'onda per l'individuo specifico utilizzando il comando. Successivamente, nella finestra aperta di see_trace_click.

r in RStudio, fai clic sul pulsante Esegui app nell'intestazione e attendi che appaia una nuova finestra interattiva. Nella casella in alto a sinistra, inserisci il livello sonoro per la forma d'onda che richiede la revisione e cerca la forma d'onda visualizzata nella finestra. Sposta il cursore attorno alla forma d'onda per rivelare la latenza e l'ampiezza in qualsiasi punto.

Per registrare i dati di latenza e ampiezza, fare clic sul picco corretto e quindi copiare / incollare i dati nel file csv. Ripetere il processo per registrare i dati per la depressione successiva a un picco immediato e calcolare la misurazione dell'ampiezza sottraendo l'ampiezza del minimo dall'ampiezza del picco nella cella del foglio di calcolo. Trasferisci il verificato.

CSV in una nuova sottocartella denominata Peak Data nella cartella Test per aggiungere i dati. Quindi, combinare i metadati eseguendo il comando. Per eseguire analisi statistiche sui dati compilati, utilizzare un test di normalità come il test di Shapiro-Wilk per valutare la distribuzione dei dati eseguendo la funzione.

Se il test di Shapiro-Wilk non è significativo, significa che il set di dati ha una distribuzione normale. Quindi, valutare i dati con un test parametrico come ANOVA eseguendo la funzione. Se il test di Shapiro-Wilk è minore di P uguale a 0,05, utilizzare il test della somma dei ranghi di Kruskal-Wallis o un'altra misura non parametrica appropriata.

Infine, visualizzare le forme d'onda medie eseguendo il comando. Nella risposta della forma d'onda di 75 decibel di stimolo clic per un giovane topo F1, i picchi e le depressioni sono stati automaticamente identificati con findpeaks.r. Le forme d'onda tra 5 e 75 decibel ottenute dai picchi identificati manualmente e findpeaks.

r sono stati confrontati. Le medie sono tracciate come linee pesanti con la regione ombreggiata che rappresenta una deviazione standard e i risultati ottenuti da findpeaks. r è fortemente correlato con i risultati manuali.

Quando si tenta questa procedura, ricordarsi di impostare la directory di lavoro in quanto è estremamente cruciale. Lo script R designa picchi e depressioni in base alle finestre di latenza per l'ABR del mouse implementate con il tempo. CSV.

Questo può essere modificato dagli utenti per quantificare altre forme d'onda EEG.