Análise Semi-Automatizada de Amplitude de Pico e Latência para Formas de Onda de Resposta Auditiva de Tronco Encefálico Usando R

As respostas auditivas do tronco encefálico são rotineiramente coletadas para determinar os limiares auditivos. A forma de onda ABR contém informações adicionais sobre a atividade do tronco cerebral, mas anteriormente, muitos pesquisadores tiveram que analisá-los manualmente. Os scripts R trabalham com o software R na estrutura RStudio para semi-automatizar a análise de formas de onda ABR.

Eles são gratuitos e fáceis de usar. Nossa esperança é que a análise rotineira da forma de onda do PEATE possibilite estudos posteriores para avaliar a relevância desse processamento auditivo pré-cognitivo no diagnóstico. Para começar, exporte a resposta auditiva do tronco encefálico ou a gravação ABR como um arquivo ASCII.

Para IHS, abra o programa de computador, carregue o arquivo de interesse e exiba as formas de onda desejadas em uma página. Na guia Dados, selecione Salvar página como ASCII para obter um arquivo txt. Depois de nomear o arquivo de dados apropriadamente com uma ID, registre a ID e as informações de assunto em um arquivo de metadados chamado info.

csv, garantindo não incluir nenhuma informação, como genótipo, sexo, idade ou tratamento no ID.Repita as etapas com todos os arquivos a serem analisados como arquivos de ID separados e obtenha os metadados. Baixe e instale os programas R e RStudio de seus respectivos sites. Em seguida, instale as bibliotecas necessárias, tidyverse, Shiny, Plotly e Zoo, com os comandos necessários na janela de comando do RStudio.

Em seguida, baixe os scripts findpeaks. r e see_trace_click. r do GitHub do White Lab, bem como a hora do arquivo associado.csv.

Crie uma nova pasta chamada Test Folder para colocar todos os arquivos ASCII, informações. csv, e tempo.csv. Dentro da pasta de teste, crie uma subpasta chamada pasta ASCII e coloque os arquivos ASCII.

Abra os findpeaks. r script no RStudio clicando com o botão direito do mouse na guia do script na barra de ferramentas para selecionar o diretório de trabalho definido e defini-lo como Pasta de teste. Na janela de script, clique em Origem no canto superior direito da barra de ferramentas para carregar o programa.

Em seguida, na janela de comando, use os comandos para analisar as formas de onda nos modos de processamento individual e em lote. Carregue os dados de forma de onda para o indivíduo específico usando o comando. Em seguida, na janela aberta do see_trace_click.

r script no RStudio, clique no botão Executar aplicativo no cabeçalho e aguarde que uma nova janela interativa apareça. Na caixa no canto superior esquerdo, insira o nível de som para a forma de onda que requer revisão e procure a forma de onda exibida na janela. Mova o cursor ao redor da forma de onda para revelar a latência e a amplitude em qualquer ponto.

Para registrar os dados de latência e amplitude, clique no pico correto e, em seguida, copie/cole os dados no arquivo csv. Repita o processo para registrar os dados para o cavado após um pico imediato e calcule a medição da amplitude subtraindo a amplitude do vale da amplitude do pico na célula da planilha. Transfira o verificado.

csv para uma nova subpasta chamada Peak Data na pasta Test para acrescentar os dados. Em seguida, combine os metadados executando o comando. Para realizar a análise estatística sobre os dados compilados, use um teste de normalidade, como o teste de Shapiro-Wilk, para avaliar a distribuição dos dados executando a função.

Se o teste de Shapiro-Wilk não for significativo, isso significa que o conjunto de dados tem uma distribuição normal. Assim, avalie os dados com um teste paramétrico, como a ANOVA, executando a função. Se o teste de Shapiro-Wilk for menor que P igual a 0,05, use o teste de soma de postos de Kruskal-Wallis ou outra medida não paramétrica apropriada.

Finalmente, exiba as formas de onda médias executando o comando. Na resposta da forma de onda de 75 decibéis de estímulo de clique para um rato F1 jovem, os picos e vales foram automaticamente identificados com findpeaks.r. As formas de onda entre 5 e 75 decibéis obtidas a partir dos picos e achados identificados manualmente.

r foram comparados. As médias são plotadas como linhas pesadas com a região sombreada representando um desvio padrão e os resultados obtidos pelos findpeaks. r correlaciona-se fortemente com os resultados manuais.

Ao tentar esse procedimento, lembre-se de definir o diretório de trabalho, pois é altamente crucial. O script R designa picos e vales com base nas janelas de latência para o ABR do mouse implementado com o tempo. csv.

Isso pode ser modificado pelos usuários para quantificar outras formas de onda de EEG.