Les réponses auditives du tronc cérébral sont systématiquement recueillies pour déterminer les seuils auditifs. La forme d’onde ABR contient des informations supplémentaires sur l’activité du tronc cérébral, mais auparavant, de nombreux chercheurs devaient les analyser manuellement. Les scripts R fonctionnent avec le logiciel R dans le framework RStudio pour semi-automatiser l’analyse de la forme d’onde ABR.
Ils sont gratuits et faciles à utiliser. Nous espérons que l’analyse de routine de la forme d’onde ABR permettra à des études ultérieures d’évaluer la pertinence de ce traitement auditif précognitif dans le diagnostic. Pour commencer, exportez la réponse auditive du tronc cérébral ou l’enregistrement ABR sous forme de fichier ASCII.
Pour IHS, ouvrez le programme informatique, chargez le fichier d’intérêt et affichez les formes d’onde souhaitées sur une page. Sous l’onglet Données, sélectionnez Enregistrer la page au format ASCII pour obtenir un fichier txt. Après avoir nommé le fichier de données de manière appropriée avec un ID, enregistrez l’ID et les informations sur l’objet dans un fichier de métadonnées nommé info.
csv, en veillant à ne pas inclure d’informations telles que le génotype, le sexe, l’âge ou le traitement dans l’ID.Répétez les étapes avec tous les fichiers à analyser en tant que fichiers d’identification distincts et obtenez les métadonnées. Téléchargez et installez les programmes R et RStudio à partir de leurs sites Web respectifs. Ensuite, installez les bibliothèques requises, tidyverse, Shiny, Plotly et Zoo, avec les commandes requises dans la fenêtre de commande de RStudio.
Ensuite, téléchargez les scripts findpeaks. r et see_trace_click. r à partir du GitHub White Lab, ainsi que l’heure du fichier associé.csv.
Créez un nouveau dossier nommé Test Folder pour placer tous les fichiers ASCII, info. csv, et le temps.csv. Dans le dossier de test, créez un sous-dossier nommé Dossier ASCII et placez les fichiers ASCII.
Ouvrez les findpeaks. r dans RStudio en cliquant avec le bouton droit de la souris sur l’onglet du script dans la barre d’outils pour sélectionner le répertoire de travail défini et le définir sur Dossier de test. Dans la fenêtre de script, cliquez sur Source dans le coin supérieur droit de la barre d’outils pour charger le programme.
Ensuite, dans la fenêtre de commande, utilisez les commandes pour analyser les formes d’onde en modes de traitement individuel et par lots. Chargez les données de forme d’onde pour l’individu spécifique à l’aide de la commande. Ensuite, dans la fenêtre ouverte de see_trace_click.
r script dans RStudio, cliquez sur le bouton Exécuter l’application dans l’en-tête et attendez qu’une nouvelle fenêtre interactive apparaisse. Dans la zone en haut à gauche, entrez le niveau sonore de la forme d’onde qui nécessite une révision et recherchez la forme d’onde affichée dans la fenêtre. Déplacez le curseur autour de la forme d’onde pour révéler la latence et l’amplitude en tout point.
Pour enregistrer les données de latence et d’amplitude, cliquez sur le pic correct, puis copiez/collez les données dans le fichier csv. Répétez le processus pour enregistrer les données du creux suivant un pic immédiat et calculez la mesure de l’amplitude en soustrayant l’amplitude du creux de l’amplitude du pic dans la cellule de feuille de calcul. Transférez le vérifié.
csv dans un nouveau sous-dossier nommé Peak Data dans le dossier de test pour ajouter les données. Ensuite, combinez les métadonnées en exécutant la commande. Pour effectuer une analyse statistique sur les données compilées, utilisez un test de normalité tel que le test de Shapiro-Wilk pour évaluer la distribution des données en exécutant la fonction.
Si le test de Shapiro-Wilk n’est pas significatif, cela signifie que l’ensemble de données a une distribution normale. Par conséquent, évaluez les données avec un test paramétrique tel que ANOVA en exécutant la fonction. Si le test de Shapiro-Wilk est inférieur à P égal à 0,05, utilisez le test de somme de rang de Kruskal-Wallis ou une autre mesure non paramétrique appropriée.
Enfin, affichez les formes d’onde moyennes en exécutant la commande. Dans la réponse de forme d’onde de 75 décibels de stimulus de clic pour une jeune souris F1, les pics et les creux ont été automatiquement identifiés avec findpeaks.r. Les formes d’onde comprises entre 5 et 75 décibels obtenues à partir des pics et des pics identifiés manuellement.
r ont été comparés. Les moyennes sont tracées sous forme de lignes lourdes, la région ombrée représentant un écart-type et les résultats obtenus par les pics de découverte. r est fortement corrélé avec les résultats manuels.
Lorsque vous tentez cette procédure, n’oubliez pas de définir le répertoire de travail car il est très crucial. Le script R désigne les pics et les creux en fonction des fenêtres de latence pour la souris ABR implémentée avec l’heure. CSV.
Cela peut être modifié par les utilisateurs pour quantifier d’autres formes d’onde EEG.
