The authors have nothing to disclose.

C.の調製エレガンス胚は、タイムラプス顕微鏡用のマイクロビーズを使用して<ol><li>歯のピック/ピペット先端に取り付けられた第1の勢いよく撹拌した後、アイラッシュを使用して、M9の隣のドロップにそれぞれワームを転送することによりM9バッファのドロップにワームピック（白金線）を使用して妊娠成虫を移し、細菌をきれいにまたは尖ったガラスキャピラリーを使用しています。 </li><li> M9緩衝液中に直径20μmのポリスチレンビーズの10倍を含有する分散液を希釈し（1 L M9バッファーが3gのKH 2 PO 4、6グラムHPO 4、5グラムのNaCl、及び、オートクレーブ後（20分、120℃2のNaが含まれC）、）、1MのMgSO 4溶液の追加の1ミリリットルを追加します。 </li><li>薄いガラスキャピラリー（例えば、注射針を引っ張るために使用されるポイントの毛細血管または毛細血管を溶融）、およそ0.5メートル長いゴムの作品、シリコーンまたは類似の材料のチューブ（理想的に透明）、200μlの任意のタイプから口のピペットを作りますピペットチップ、200μlのPCRチューブの蓋、小さな注射器（ 例えば 、0.2から0.45ミクロンの細孔径と15〜50ミリメートル直径ナイロン、PTFEまたは類似の材料のフィルター）、1000μlのピペットチップのための疎水性フィルター。口のピペットのこのタイプには、生物学的材料は、実験者と接触して得ることができないことを保証します。 </li><li>チューブに最初のヒントと200μlのピペットチップを挿入することにより、ピペットを組み立て、使用毛細血管の直径に一致する中央穿孔を持つPCRチューブの蓋を差し込みます。非常に尖っ錐または調製針が穿孔を生成するために使用することができます。 </li><li>細い毛細血管を描画し、穿孔に挿入します。チューブのもう一方の端にフィルタを挿入し、マウスピース（ 図1）として1000μlのピペットチップを挿入します。 </li><li>きれいなカミソリの刃またはメスで外陰部に横方向にワームを切断することによって妊娠成人を解剖。 注：通常、多くの胚はEになります切断後xpulsed。初期胚が必要な場合は、それらは時々目のラッシュまたは尖った針を用いてカーカスから放出されなければなりません。 </li><li>口のピペットを使用して、このドロップに24x60 mmのカバーガラスと移植胚の上に希釈したポリスチレンビーズの分散（〜4μL）のピペット一滴。 </li><li>ドロップの上にガラスをカバーして、ドロップが完全に広がっていることを確認して小さい（例えば、18×18または20×20 mm）を慎重に配置します。 注：ドロップも小さなカバーガラスの縁に触れないように十分に小さくなければなりません。 </li><li>液化ワセリンでマウントをシール。 24x60ミリメートルのカバースリップ側にイマージョンオイルの滴を追加し、「タイムラプス顕微鏡」セクションに進んでください。 </li></ol>アダルトC.の調製エレガンス動物ナノビーズを用いたタイムラプス顕微鏡用注：一般的に、成体動物を装着するためのプロトコルは、参考文献からプロトコルを適応したものです。 18。このプロトコルでは、成体動物の長期経時的共焦点顕微鏡検査を行うことができます。 <ol><li> 1.5％を準備M9緩衝液中のアガロース溶液（w / v）の、沸騰（1分、水浴または電子レンジで100℃）。これは腸および/または生殖腺の部分の押し出しにつながることができますので、アガロースのより高い濃度の使用が推奨されていません。 </li><li> 2顕微鏡スライド上に各テープの2-3層を下に貼り付けます。テープで2つのスライド間のテープなしでスライドを置きます。 </li><li>ピペットチップを使用して、中央のスライドの中央に熱いアガロース溶液の一滴を置きます。それはそれぞれの側にテープ層によってサポートされるように急速に低下に別のスライドを配置。これは、周りに直径10mmのラウンドとフラット寒天パッドを作成します。 </li><li>パッド上に（（V）/ wの2.6％である希釈せずに、）100 nmのビーズ溶液の液滴を入れてください。ワームピックとドロップに1-10清掃成虫を転送します。 Protので説明したように18×18ミリメートルのカバーガラスとワセリンとシールocol 1。 </li></ol> 3.タイムラプス顕微鏡<ol><li>顕微鏡スライドまたはカバーガラスサンドイッチ上にイマージョンオイルの滴を入れてください。サンプルを見つけるために低倍率（5倍または10倍レンズ）で明視野を使用してください。 注：（特にC.胚エレガンスのための）可能な限り多くの青色光への露出を制限し、 例えば、試料を集中ではなく、明視野を使用する/見つけるためにエピ蛍光顕微鏡を使用しないでください。 </li><li> （収集ソフトウェアに応じて、中心面またはサンプルのトップ/ボトム面のいずれか）の焦点に試料をもたらす、より高い倍率（40倍または60倍目標）に変更します。 </li><li> 1ミクロン間隔で30面にサンプリング間隔を設定するには、すべての1分を記録しました。自動化されたXY-またはXYZステージが利用可能である場合には、複数のスポットは、1回のセッションで記録することができます。蛍光イメージングに切り替え、再びフォーカスをチェックしてください。 注：むしろわずかに長い露光時間を使用し、高いレーザー出力を使用しないようにしてください非常に低い強度で。測定は、飽和を避けるために、画像取得プログラムまたはImageJのいずれかで、すぐに画像を取得し、ダイナミックレンジをトリミングし、また過度の放射線被ばくを意味しています。 </li><li>タイムラプスシリーズの記録を開始します。 注：アーティファクトを分析除外サンプルスキャン間の長い（3-10分）の時間間隔で開始し、徐々に任意の間隔に時間的なサンプリングを増やします。統計的分析を実行するときにどちらの場合も発生のタイミングだけでなく、エンドポイントは類似していなければなりません。また、毒性および生存率を評価することがしばしば必要です。したがって、長期的タイムラプス顕微鏡検査の後、マウントからの試料を回収し、彼らはライブ/開発を続けているかどうかを確認。 </li></ol> 4. IMODで3Dセルの形状モデルの再構築注：http://bio3d.colorado.edu/imod/：IMODソフトウェアは、IMODのWebページから入手可能です。ソフトウェアのインストールは説明していますそこ日間。 WindowsのOSを使用する場合は、Unixのツールキットには、IMODのWebページ上のパッケージとして見つけることができる、インストールする必要があります。また、IMODのウェブページ（http://bio3d.colorado.edu/imod/doc/3dmodguide.html）で利用可能な良好コンパイル3dmod導入があります。 <ol><li> Unixシェルを開き、「IMOD」を入力します。 IMODウィンドウが開きます。 3Dモデルを生成するために、そこから生データ（理想的に積み重ねられたTIFまたは類似）を使用してファイルを選択します。 </li><li>情報ウィンドウ（アップ＆ツールをスクロールダウン）を使用して、ZAPウィンドウ内のオブジェクトの底部と上部の位置を確認します。 </li><li>セルのアウトラインをトレースを開始します。重要なのは、各セルは一つのオブジェクトであることを確認してください。各セルの上部面で始まり、情報ウィンドウを使用して、そこに第1の輪郭を作成します。 Zを下にスクロールし、各z平面のための新しい輪郭を作成します。 </li><li> 3Dでモデル化するのに必要な数のセルに対して同じ操作を行います。新しいセルを開始するとき、新しいオブジェクトを作成することを忘れないでください。 NOTE：輪郭追跡と、いくつかの便利なプラグインのための多くの異なる方法があります。詳細については、IMODのウェブページやオンラインチュートリアルをご覧ください。ここに示す例では、デフォルトの設定が使用されています。 </li><li>オブジェクトとその輪郭を検査する「モデルビュー」ウィンドウを開きます。 </li><li> 「オブジェクト」 - 「モデルビュー」ツールバーの「編集」を選択します。それぞれの編集ウィンドウが開きます。 </li><li> 「データ型を描く」と「描画スタイル」と「塗りつぶし」と「メッシュ」を選択し、充填され、閉じたオブジェクトなどの細胞をモデル化します。ウィンドウの左下のスクロール可能な選択で「メッシュ」をクリックします。右下の選択にオプション「キャップ」を確認してください。必要な数のオブジェクトを確認し、「すべてをメッシュ」をクリックします。プログラムは輪郭のスタックからの固体のオブジェクトを生成します。 Zサンプリング係数は、「表示」ウィンドウの「Zスケール」を変えることによって調整することができます。 </li><li>移動/ 3D OBJECを回転させますトン（「編集」 - 「表示」）およびスナップショットや動画を保存（「ファイル」 - 「スナップティフとして...」または「ムービー/モンタージュ」）。 </li></ol> Endrov 5.トラッキング蛍光標識構造注：細胞分裂の残党を追跡するために、セル識別（例えば、H2B、PH-PLC-D1）および細胞分裂残骸マーカーのために、核または原形質膜マーカーで株を用いる（例えば、Nmyの-2、ZEN-4 ）。核やプラズマ膜マーカーは、細胞分裂の残骸を継承するセルを決定することが重要です。 <ol><li>高速ロードと使用を容易にするために、生データは、（ImageJの中など）、TIFFファイルに変換する必要があります。次に、オープンEndrov、ファイルメニューから「読み込みファイル」オプションを選択することによって分析するファイルをロードします。ツールバーの「2Dビューア」アイコンをクリックします。 </li><li> 「フィット範囲」アイコン（右下隅にある青いアイコンをクリックして、ヒストグラムを調整しますEndrov画面の）。 &quot;ファイル名&quot; - - &quot;Imageset&quot; - &quot;チャンネル&quot; - &quot;XYZ解像度の設定」「データ」に行くことによって、XYZ解像度を設定します。 XとYの解像度が0.2μmである場合、X、Y、Zの、 例えば、5,5、1の値を入力し、Zにすべての1ミクロンをサンプリング</li><li>核に注釈を付けるために、関心の面に移動し、「2Dビューア」をクリックしてください。ドロップダウンメニューから「リネージュ」を選択し、「新しい系譜 &quot;を選択します。 </li><li>クリックして核にドラッグすることで、マークを付けることができます。核に名前を付けるには、右クリックし、ドロップダウンメニューから「粒子の名前を変更」を選択します。円の直径を増減するには、マークされた円の左側に表示される矢印のアイコンをドラッグします。核の中心面をマークするには、右のアイコンをクリックしてください。原形質膜のマーカーを使用する場合、大きな球体は、細胞の大部分をカバーすること描くことができます。 </li><li>時間や平面に進むには、「フレーム」と「Z」を選択してください下部のツールバーにあるオプション。次の時点に行くの後、それに応じて核をマーク円の位置やサイズを調整します。追跡された細胞が分裂するまで、これを繰り返します。 </li><li>細胞分裂があると、娘核をマークし、「リネージュビューア」に切り替えます。これは、上部のツールバーの「Windows」アイコンをクリックして選択することができます。同時に3つのすべての核マークは、トップツールバーの「リネージュ」オプションに移動し、「准親」を選択します。 </li><li>細胞追跡が終了すると、トラッキングのために細胞分裂の残りマーキングチャネルに切り替えます。チャンネルを切り替えるには、ツールバーの左下隅にファイル名をクリックしてください。核のために上記のように細胞分裂の残り（または任意の他の構造体）を追跡することができます。 </li><li> 「リネージュ」 - - 「編集」および編集される系統番号をクリックして閉じた後、ソフトウェアに戻ったとき、それは「2Dビューア」に行くことが必要です。 </LI&gt; </ol> 6. PIVlabと皮質アクトミオシンフローの分析注：PIVlabがより自由に利用可能なソフトウェアです。http://pivlab.blogspot.de/。それはPIVlab_GUIを入力して、MATLABコマンドライン環境内から呼び出すことができます。 PIVlabで作業する場合、それは別のフォルダに画像シリーズを保存することをお勧めします。 <ol><li> 「ファイルメニュー」から新しいセッションを開始します。 「ロードイメージ」ボタンをクリックして画像ファイルをロードします。 </li><li>シーケンシングスタイル1-2、2-3、選択...と希望する画像のシーケンスが含まれているディレクトリに移動します。画像を選択し、「追加」ボタンおよびインポートをクリックしてください。 </li><li> 「解析の設定」に移動し、「除外（ROI、マスク）」を選択します。また、押して &quot;Ctrlキー+ E」。画像/秒（胚外すなわち、面積）の不要部分を不活性化するために、「現在のフレームのマスク（複数可）を描画」ボタンを使用します。 </li><li> 「PIVの設定」を選択し、FR「分析設定」メニューをオム。また、押して &quot;Ctrlキー+ S」。希望PIVアルゴリズムとして「FFTウィンドウ変形」を選択してください。 注：高速フーリエ変換（FFT）が、計算コストを削減するだけで、信号がよく、ノイズの上、研究粒子の変位を分析半分パス領域を（6.5を参照）を超えていない場合であることをお勧めします。 </li><li> 16のステップと32ピクセルの尋問面積：32パス2のステップと64ピクセルの尋問エリア：1を渡します。その後の画像間の強度の相互相関のために尋問の面積である3つのパスに次の値を入力してください。ドロップダウンメニューウィンドウの変形から「線形」を選択します。サブピクセル変位推定のためのガウス2 * 3点法を選択してください。 </li><li>選択して「分析！ &quot; Analysisメニューから、ボタンを使用して分析を開始するには、「すべてのフレームを分析します」。 </li><li>後処理のために &quot;&quot;ベクトルの検証」を選択;ポスト処理」メニューおよび7に標準偏差（STDEV）フィルタ閾値を設定し、すべてのフレームに適用されます。 </li><li> 「プロット」メニューから「データを変更/パラメータを導出」を選択します。ドロップダウンメニューから「ベクトル[PX /フレーム]」を選択します。ベクトルとハイパスフィルタの滑らかさを調整し、すべてのフレームに適用されます。 </li><li> 、すべてのフレームの平均ベクトルを計算する1に「使用済みフレーム」に設定するには、次の終了をし、「平均ベクトルを計算する」ボタンをクリックします。 </li></ol>

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	<li>Sulston, J. E., Schierenberg, E., White, J. G., Thomson, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+embryonic+cell+lineage+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Dev. Biol. 100 (1), 64-119 (1983).</li><li>Kimmel, C. B., Warga, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-specific+cell+lineages+originate+in+the+gastrula+of+the+zebrafish.">Tissue-specific cell lineages originate in the gastrula of the zebrafish.</a> Science. 231 (4736), 365-368 (1986).</li><li>Nishida, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+lineage+analysis+in+ascidian+embryos+by+intracellular+injection+of+a+tracer+enzyme.+III.+Up+to+the+tissue+restricted+stage.">Cell lineage analysis in ascidian embryos by intracellular injection of a tracer enzyme. III. Up to the tissue restricted stage.</a> Dev. Biol. 121 (2), 526-541 (1987).</li><li>Lee, T., Luo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mosaic+analysis+with+a+repressible+cell+marker+for+studies+of+gene+function+in+neuronal+morphogenesis.">Mosaic analysis with a repressible cell marker for studies of gene function in neuronal morphogenesis.</a> Neuron. 22 (3), 451-461 (1999).</li><li>Livet, J., Weissman, T. A., Kang, H., Draft, R. W., Lu, J., Bennis, R. A., Sanes, J. R., Lichtman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+strategies+for+combinatorial+expression+of+fluorescent+proteins+in+the+nervous+system.">Transgenic strategies for combinatorial expression of fluorescent proteins in the nervous system.</a> Nature. 450 (7166), 56-62 (2007).</li><li>Fernandez, R., Das, P., Mirabet, V., Moscardi, E., Traas, J., Verdeil, J. L., Malandain, G., Godin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+plant+growth+in+4D:+robust+tissue+reconstruction+and+lineaging+at+cell+resolution.">Imaging plant growth in 4D: robust tissue reconstruction and lineaging at cell resolution.</a> Nat. Methods. 7 (7), 547-553 (2010).</li><li>Olivier, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+lineage+reconstruction+of+early+zebrafish+embryos+using+label-free+nonlinear+microscopy.">Cell lineage reconstruction of early zebrafish embryos using label-free nonlinear microscopy.</a> Science. 329 (5994), 967-971 (2010).</li><li>Kitajima, T. S., Ohsugi, M., Ellenberg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+kinetochore+tracking+reveals+error-prone+homologous+chromosome+biorientation+in+mammalian+oocytes.">Complete kinetochore tracking reveals error-prone homologous chromosome biorientation in mammalian oocytes.</a> Cell. 146 (4), 568-581 (2011).</li><li>Schr&#246;del, T., Prevedel, R., Aumayr, K., Zimmer, M., Vaziri, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain-wide+3D+imaging+of+neuronal+activity+in+Caenorhabditis+elegans+with+sculpted+light.">Brain-wide 3D imaging of neuronal activity in Caenorhabditis elegans with sculpted light.</a> Nat. Methods. 10 (10), 1013-1020 (2013).</li><li>Du, Z., Santella, A., He, F., Tiongson, M., Bao, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=De+novo+inference+of+systems-level+mechanistic+models+of+development+from+live-imaging-based+phenotype+analysis.">De novo inference of systems-level mechanistic models of development from live-imaging-based phenotype analysis.</a> Cell. 156 (1-2), 359-372 (2014).</li><li>Amat, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast,+accurate+reconstruction+of+cell+lineages+from+large-scale+fluorescence+microscopy+data.">Fast, accurate reconstruction of cell lineages from large-scale fluorescence microscopy data.</a> Nat. Methods. 11 (9), 951-958 (2014).</li><li>He, B., Doubrovinski, K., Polyakov, O., Wieschaus, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Apical+constriction+drives+tissue-scale+hydrodynamic+flow+to+mediate+cell+elongation.">Apical constriction drives tissue-scale hydrodynamic flow to mediate cell elongation.</a> Nature. 508 (7496), 392-396 (2014).</li><li>Singh, D., Pohl, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coupling+of+rotational+cortical+flow,+asymmetric+midbody+positioning,+and+spindle+rotation+mediates+dorsoventral+axis+formation+in+C.+elegans.">Coupling of rotational cortical flow, asymmetric midbody positioning, and spindle rotation mediates dorsoventral axis formation in C. elegans.</a> Dev. Cell. 28 (3), 253-267 (2014).</li><li>Singh, D., Pohl, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+function+for+the+midbody+remnant+in+embryonic+patterning.">A function for the midbody remnant in embryonic patterning.</a> Commun. Integr. Biol. 7, e28533 (2014).</li><li>Kremer, J. R., Mastronarde, D. N., McIntosh, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer+visualization+of+three-dimensional+image+data+using+IMOD.">Computer visualization of three-dimensional image data using IMOD.</a> J. Struct. Biol. 116 (1), 71-76 (1996).</li><li>Henriksson, J., Hench, J., Tong, Y. G., Johansson, A., Johansson, D., B&#252;rglin, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endrov:+an+integrated+platform+for+image+analysis.">Endrov: an integrated platform for image analysis.</a> Nat. Methods. 10 (6), 454-456 (2013).</li><li>Thielicke, W., Stamhuis, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PIVlab+-+Towards+User-friendly,+Affordable+and+Accurate+Digital+Particle+Image+Velocimetry+in+MATLAB.">PIVlab - Towards User-friendly, Affordable and Accurate Digital Particle Image Velocimetry in MATLAB.</a> Journal of Open Research Software. 2 (1), e30 (2014).</li><li>Kim, E., Sun, L., Gabel, C. V., Fang-Yen, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+imaging+of+Caenorhabditis+elegans+using+nanoparticle-mediated+immobilization.">Long-term imaging of Caenorhabditis elegans using nanoparticle-mediated immobilization.</a> PLoS One. 8 (1), e53419 (2013).</li><li>Dickinson, D. J., Ward, J. D., Reiner, D. J., Goldstein, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+the+Caenorhabditis+elegans+genome+using+Cas9-triggered+homologous+recombination.">Engineering the Caenorhabditis elegans genome using Cas9-triggered homologous recombination.</a> Nat. Methods. 10 (10), 1028-1034 (2013).</li><li>Schonegg, S., Constantinescu, A. T., Hoege, C., Hyman, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Rho+GTPase-activating+proteins+RGA-3+and+RGA-4+are+required+to+set+the+initial+size+of+PAR+domains+in+Caenorhabditis+elegans+one-cell+embryos.">The Rho GTPase-activating proteins RGA-3 and RGA-4 are required to set the initial size of PAR domains in Caenorhabditis elegans one-cell embryos.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104 (38), 14976-14981 (2007).</li><li>Schmutz, C., Stevens, J., Spang, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functions+of+the+novel+RhoGAP+proteins+RGA-3+and+RGA-4+in+the+germ+line+and+in+the+early+embryo+of+C.+elegans.">Functions of the novel RhoGAP proteins RGA-3 and RGA-4 in the germ line and in the early embryo of C. elegans.</a> Development. 134 (19), 3495-3505 (2007).</li><li>Naganathan, S. R., F&#252;rthauer, S., Nishikawa, M., J&#252;licher, F., Grill, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Active+torque+generation+by+the+actomyosin+cell+cortex+drives+left-right+symmetry+breaking.">Active torque generation by the actomyosin cell cortex drives left-right symmetry breaking.</a> Elife. 3, e04165 (2014).</li><li>Kaletta, T., Schnabel, H., Schnabel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Binary+specification+of+the+embryonic+lineage+in+Caenorhabditis+elegans.">Binary specification of the embryonic lineage in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 390 (6657), 294-298 (1997).</li><li>Schnabel, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+cell+sorting+in+the+C.+elegans+embryo+defines+a+new+mechanism+for+pattern+formation.">Global cell sorting in the C. elegans embryo defines a new mechanism for pattern formation.</a> Dev. Biol. 294 (2), 418-431 (2006).</li><li>Murray, J. I., Bao, Z., Boyle, T. J., Waterston, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+lineaging+of+fluorescently-labeled+Caenorhabditis+elegans+embryos+with+StarryNite+and+AceTree.">The lineaging of fluorescently-labeled Caenorhabditis elegans embryos with StarryNite and AceTree.</a> Nat. Protoc. 1 (3), 1468-1476 (2006).</li><li>Giurumescu, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+semi-automated+analysis+of+morphogenesis+with+single-cell+resolution+in+complex+embryos.">Quantitative semi-automated analysis of morphogenesis with single-cell resolution in complex embryos.</a> Development. 139 (22), 4271-4279 (2012).</li><li>Dejima, K., Kang, S., Mitani, S., Cosman, P. C., Chisholm, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Syndecan+defines+precise+spindle+orientation+by+modulating+Wnt+signaling+in+C.+elegans.">Syndecan defines precise spindle orientation by modulating Wnt signaling in C. elegans.</a> Development. 141 (22), 4354-4365 (2014).</li><li>Schnabel, R., Hutter, H., Moerman, D., Schnabel, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+normal+embryogenesis+in+Caenorhabditis+elegans+using+a+4D+microscope:+variability+of+development+and+regional+specification.">Assessing normal embryogenesis in Caenorhabditis elegans using a 4D microscope: variability of development and regional specification.</a> Dev Biol. 184 (2), 234-265 (1997).</li></ol>

Research in the lab of CP is funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft (EXC 115; FOR 1756) and the LOEWE Research Cluster Ubiquitin Networks. CP is further supported by the European Union Framework Program 7 (Marie Curie Actions Project 326632).

開発中のオブジェクトの追跡を介して、特定の核の追跡では、Cの中央のパターン形成機構を解明することが可能でした胚1,23,24 エレガンス 。より高いスループットにこの戦略を展開するには、追加のパターニングルールを明らかにし、パターニング規則に新たに 10を推定する方法の方法を提案する最近ことが可能でした。多くの変異体は、しかし、正確なパターニング欠陥はまだ不明です。ここで説明する方法は、それらの解明に尽力することができるツールです。重要なのは、それはあるが、他の多くのモデルシステムは、Cのような不変の開発に従わないことを近年明らかになってきましたエレガンス 、オブジェクト追跡及び定量的追跡データの分析は、発生メカニズムおよび疾患の機序を特定するための重要なツールです。 ここに示す方法は、それがすぎるかになるような状況では特によく適していますそれぞれ、市販のソフトウェアツールを実装するために、より複雑な、および/または自己生成ソフトウェアソリューション、またはあまりにもコスト高を実現するために挑戦。重要なのは、ここで説明するツールは、彼らが記録されている機器で独立して任意のデータをロードし、分析する研究者を可能にします。独自の画像取得ソフトウェアを使用している場合また、ImageJが独自フォーマットでデータをロードし、標準形式（JPEG、TIFF）で保存することができますバイオ形式のプラグインを提供します。 タイムラプス顕微鏡検査に依存しているすべてのプロトコルにおける重要なステップは、適切な条件を選択するために顕微鏡画像において十分なコントラストを得るために、そして、同時に、検体への放射線被曝を低減することです。これは、頻繁に使用される顕微鏡の種類に依存し、それは一般に、回転ディスクまたは単一平面照明顕微鏡などの高速スキャン技術を使用することをお勧めします。具体的には、皮質ダイナミクスのPIV、ポイントスキャンの古いバージョンのための顕微鏡は、有効な分析を実行するのに十分な解像度とスピードで皮質の信号をキャプチャ可能にするには遅すぎるかもしれません。したがって、常に慎重に放射線被ばくを評価し、試験片の生存能力をテストすることが重要です。ここで説明するプロトコルは、胚をマウントするmicobeadsを使用していますがまた、それだけで準備にもう少し時間がかかりますが、安価で、同じように再現性のあるいくつかの経験を持つアガロースパッドを使用することも可能です。しかし、それは任意の麻痺剤の使用を回避するため、アガロースパッド及びナノビーズの組み合わせは、例えば、レバミゾール、成虫の長期の固定化のための優れた方法であることが指摘されるべきです。 それは完全に自動化されたデータ分析を実行しないので、ここで説明したツールは、その限界があることが指摘されるべきです。しかし、細胞分裂の残骸のような構造のために、それは多くの場合だけだ分子マーカーを同定するために挑戦されています信頼性の追跡のために重要である。この構造は、TAINS。主要な今後の課題は、したがって、機械学習、我々はここで議論し、使いやすいとオープンアクセスソフトウェアの適応性の検出/セグメント化アルゴリズムなどの機能を含むことにあります。これらの機能のいくつかは、より長い時間間隔で繰り返し追跡を扱うことができ、特定のソフトウェアでは、他のソフトウェアモジュールで見つけることができ、またはそれはするように設計されているトラッキングデータの大きな集合（例えば、StarryNite / AceTree 25またはNucleitracker4D 26を 、比較することができますヒストン融合タンパク質またはスピンドル27を使用して、トラックの核、またはシミBioCell 28）。これらのツールは、核以外の構造の追跡を目的としたとき、実装が複雑になることがあります。大量の画像データを分析する際に追跡する必要がある特定の構造にもかかわらず、これらのプログラムは、一般的に非常に便利です。重要なことは、上記のソフトウェアMODUL間の互換性がありますエス。 他のモデル系（例えば、胚、哺乳類培養細胞を、飛ぶ）で作業する場合、ここで紹介する方法はまた、上記のようにオルソロガス構造を追跡するのに適しています。さらに重要なことは、独立等調査中のモデルシステム、異なる細胞内構造、 例えば、中心体、核小体、微粒子、小胞の容易のみ取得パラメータは、対象トラックの完全な捕捉を確実にするために調整する必要があり、追跡することができます。

蛍光タンパク質、ゲノム工学、光学顕微鏡、およびコンピュータ・ソフト及びハードウェアの着実な改善と、それは前例のない、時空間分解能で多くのモデル生物の開発を記録することが可能になりました。これは、研究者は、以前に対処することができなかった質問をするか、見落とさ側面を探索するために知られている発達過程を再検討することができます。この進歩は、徹底した測定と統計解析によって定量的モデルに定性的な、非公式のモデルを変換することを目的と量的発生生物学の分野を巻き起こしました。 追跡細胞と細胞内構造は、胚発生、神経系の活性、または細胞分裂1-12の定量的モデルを導出することを可能にしました。 Cの初期の開発中に細胞分裂の残党を追跡することによりエレガンス胚 、我々は、彼らがステレオに従っていることを明らかに最近できましたパスを入力し、構成する重要な偏光は13,14因子 。 ここでは、プロトコルは、非専門家のためのアクセス可能な定量的な発生生物学のアプローチを行うことが提示されています。焦点は、標準的な共焦点顕微鏡およびコンピュータへのアクセスを持つ任意のラボで実施可能である3つのストレートフォワード、自由に利用できるツールです。これらは、3Dセル形状を生成するためのプロトコル、細胞分裂の残りを追跡するためのプロトコル、および定量皮質アクトミオシンのダイナミクスを説明するためのプロトコルを含みます。線虫C.エレガンスは、典型的なケースとして使用されている、しかし、ここで説明する方法とツールがなど他の生物学的モデルでの質問、 例えば、培養細胞、組織外植片、オルガノイドまたはスフェロイド、他の胚、各種のに適しています一般的に、ここに示した分析のいくつかはまた、人気のあるオープンソースのツールはImageJ（http://imagej.nih.gov/ij/docs/indexを行うことができます。HTML;またはフィジー、別の定量分析のための多くのプラグインが利用可能なImageJの、http://fiji.sc/Fiji）のバージョンを「電池が含まれます」。しかし、ここで説明するプログラムは、特定の問題に取り組むために設計されています。 まず、IMOD、画像処理、モデリング、ディスプレイスイートは、電子又は光学顕微鏡15からの連続切片の3次元再構成のために使用することができます。 IMODはまた、任意の方向から3Dデータを表示するためのツールが含まれています。第二に、Endrov、ImageJのプラグイン互換性16と 、ネットワークまたは拡張プラグインアーキテクチャに基づいて（とりわけ）トラックの画像解析、データ処理、および注釈を実行するように設計されたJavaプログラム。これは、140以上の画像処理操作とモデルと生データを別々に表示されている拡張可能なユーザー・インターフェースが含まれています。そのソースコードはhttps://github.com/mahogny/Endrovで見つけることができます。第三に、PIVlab、Mユーザは、定量的および定性的粒子の流れ場17を分析することを可能にするデジタル粒子画像流速用ATLABツール。このプログラムの使用は、画像処理ツールボックス（http://mathworks.com）が含まれ、MATLABのライセンスが必要です。 PIVlabを定量的に流れを記述するために設計されたプログラムです。これは、画像対またはシリーズ内の速度分布、大きさ、渦度、発散、または剪断を算出します。このためには、画像対の画像（プロトコルセクションに「パス」と呼ばれる）の小領域は、最も可能性の高い粒子変位を導出するために相互相関します。この相互相関は、それぞれ、直接相互相関または高速フーリエ変換（FFT）を使用して空間または周波数領域で分析することができ、相関行列が得られます。 ここで使用される機器は、ニポー（ &#39;回転&#39;）ディスク、EMCCD、488および561 nmの標準固を備えた倒立顕微鏡でありますステートレーザ、および油性または水浸対物レンズアポクロマート20X空気または40倍または60倍プラン/。しかし、他の撮像モダリティでタイムラプス撮影を行うことも可能であり、 例えば、ポイント- 、ライン-またはデコンボリューションまたは構造と組み合わせたシート走査レーザベース顕微鏡、多光子顕微鏡法、ならびにエピ蛍光顕微鏡照明。ニポーディスクシステムを使用する利点は、ストリーミング・モード（連続移動及びz次元でのオブジェクトのスキャン）が利用可能である場合は特に、非常に高速な画像取得です。また、解像度を向上させるために、EMCCDの前に1.5倍拡大エクステンダーを使用することができます。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="573">
	<tbody>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:216px;">Stereo microscope</td>
			<td style="width:71px;">Motic/VWR</td>
			<td style="width:119px;">OT4005S</td>
			<td style="width:167px;">Stereo microscope for dissection and mounting</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Polybead Polystyrene Microspheres,&#160;</td>
			<td rowspan="2" style="width:71px;">Polysciences</td>
			<td rowspan="2" style="width:119px;">18329</td>
			<td rowspan="2" style="width:167px;">Embryo mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">20 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Polybead Polystyrene Microspheres,&#160;</td>
			<td rowspan="2" style="width:71px;">Polysciences</td>
			<td rowspan="2" style="width:119px;">876</td>
			<td rowspan="2" style="width:167px;">Adult animal mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">0.1 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Microscope slides</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">631-0902</td>
			<td style="width:167px;">Adult animal mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Cover glass 18x18 mm</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">631-1331</td>
			<td style="width:167px;">Embryo/adult mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Cover glass 24x60 mm</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">631-1339</td>
			<td style="width:167px;">Embryo mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Scalpel</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">233-5455</td>
			<td style="width:167px;">Embryo dissection</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Silicone tubing</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">228-1501</td>
			<td style="width:167px;">Tubing for mouth pipette</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">30 mm PTFE membrane filter</td>
			<td style="width:71px;">NeoLab</td>
			<td style="width:119px;">Jul-01</td>
			<td style="width:167px;">Filter for mouth pipette</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Capillary tubes</td>
			<td style="width:71px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">621-0003</td>
			<td style="width:167px;">Pipette tip for mouth pipette</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Vaseline</td>
			<td style="width:71px;">Roth</td>
			<td style="width:119px;">E746.1</td>
			<td style="width:167px;">Embryo/adult mounting</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Agar</td>
			<td style="width:71px;">Roth</td>
			<td style="width:119px;">5210.5</td>
			<td style="width:167px;">Adult animal mounting</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">Potassium-di-hydrogenphosphate</td>
			<td style="width:71px;">Roth</td>
			<td style="width:119px;">P018.2</td>
			<td style="width:167px;">M9 buffer</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Di-sodium- hydrogenphosphate</td>
			<td style="width:71px;">Roth</td>
			<td style="width:119px;">P030.2</td>
			<td style="width:167px;">M9 buffer</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:216px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:71px;">Roth</td>
			<td style="width:119px;">3957.1</td>
			<td style="width:167px;">M9 buffer</td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:216px;">VisiScope Spinning Disc Confocal System</td>
			<td style="width:71px;">Visitron Systems</td>
			<td style="width:119px;">n/a</td>
			<td style="width:167px;">Confocal microscopy</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tracking and quantifying developmental processes in c. elegans using open-source tools

定量的に発生過程を捉えることは、変異体の表現型を識別し、記述するためのメカニズムのモデルと鍵を導出することが重要です。ここではプロトコルは、胚および成体Cを調製するために提示されていますエレガンス短期および長期タイムラプス顕微鏡検査のために動物や発達過程の追跡と定量化のための方法。提示された方法は、すべてのCに基づいています線虫遺伝学センターから入手でき、簡単に独立して使用する顕微鏡システムのいずれかの実験室で実現することができるオープンソースソフトウェアの株エレガンス 。モデリングソフトウェアIMOD、汎用の画像解析プログラムEndrovを使用して蛍光標識された細胞内構造の手動追跡、及びPIVlab（時間分解デジタル粒子画像流速を使用して、皮質収縮フローの分析を用いて、3Dセル形状モデルの再構築MATLAB用ツール）が示されています。しかし、これらの方法はまた、Tを展開する方法を説明されていますO定量的に、細胞追跡と系譜トレース 、 例えば 、小胞の流れの追跡を異なるモデルの他の発生プロセスをキャプチャします。

プロトコール2、3、および4を使用して、野生型における生殖腺の、タイムラプスイメージングC.エレガンス大人が実行される（株OD58（UNC-119（ED3）III; ltIs38 [PAA1;パイ-1 :: GFP :: PH（PLC1delta1）+ UNC-119（+）]）、生殖細胞系のプロモーターからの膜マーカーを発現します）。生殖腺の順番に着目し、生殖細胞の3Dモデルは、顕微鏡データ（ 図2）から生成されます。 //www.wormatlasを：このモデルは、細胞の通過は、近位アームに先端を形成しながら、細胞の大きさの変化を分析することができ、また、HTTPを参照してください（花軸に花軸の組織や個々のセルのコンタクトの大きさを明らかにしています。 ORG /ふたなり/胚芽％20line / Germframeset.html）。 次に、プロトコル1,3、および5 は 、Cの長期タイムラプス顕微鏡検査を実行するために使用されitIs37 [パイ-1P :: mCherryを:: H2B ::パイ-1 3&#39;UTR + UNC-119（+）]; stIs10226（UNC-119（ED3）III株RW10226のクロスでエレガンス胚（株CHP52 [彼の-72プロモーターHIS-24 :: mCherryを翻訳融合させ-858の3 &#39;UTR + UNC-119（+）]）とひずみLP162（Nmyの-2（CP13 [Nmyの-2 :: GFP +のLoxP]）Iを）。この株では、GFPはCRISPR / Cas9技術19を介してフレームに統合されたゲノム改変された非筋肉ミオシンII軌跡を通して（mCherryをヒストン融合タンパク質を介して）核および細胞分裂の残党（両方に従うことが可能です）二色タイムラプス顕微鏡（ 図3を使用した場合 、同時に、左パネル）。 Endrovで両構造のlineagingによって得られたモデルは、細胞分裂レムナント継承13,14の前に説明したステレオタイプのパターンを示しています。また、lineagingデータ、各細胞と細胞分裂レムナント（ 図3、右パネル）および細胞分裂レムナント持続時間の間、トラックからだけでなく、細胞との相関（Nmyの-2 GFP -signalに基づきます）分割タイミングが（得られます&lt;ABA系統のみ）のために示した強い&gt;図4、。加えて、原形質膜のマーカーを使用する場合、それは細胞分裂残留内在化の時点を観察することも可能です。 最後に、高時間分解能皮質非筋肉ミオシンII（Nmyの-2 GFP）の（zスタックを記録する間に5 ​​秒間隔）でプロトコール1、3、6、短期タイムラプス顕微鏡を用いて行われます。ここでの焦点は、野生型胚のRho GTPアーゼ活性化タンパク質のRGA-3 20,21のためのRNAi枯渇の間にこのフローを比較することにより、皮質の偏光の流れのダイナミクスの違いにあります。 RGA-3のRNAi胚内の流れは、この軸に直交する一方で、最近の観測22と同様に、野生型の胚に流れることは、主に胚の長軸（ 図5、左パネル）に沿っています。これは、連続した時間点をオーバーレイまたはPIV analysから容易に明らかです（ 図5、下のパネル）です。 皮質流れ粒子はデータの正確な解釈を明確に解決することができるように、これらの違いを観察するためには、サンプリング間隔を選択することが重要です。短い時間間隔（≤5秒）は、大きな変位や不足しているベクトルを避けることをお勧めします。質問ウィンドウは、分析される粒子（顆粒皮質）のサイズを収容するのに十分な大きさであるべきです。隣接質問ウィンドウ間の重なりは、ベクトル空間を減らすことができ、したがって、格子内のベクトルの数を増加させます。 <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/53469/53469fig1.jpg" /> 図1口のピペットを組み立て左 ：フィルタで口のピペットを組み立てるために必要なパーツ。右：組み立てピペット<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/53469fig1large.jpg" target="_blank">ください</a>この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。 <img alt="図2" src="/files/ftp_upload/53469/53469fig2.jpg" /> 生殖腺のターン領域の図2. 3Dモデル左上：タイムラプス顕微鏡データから単一時点の3D投影。トップミドル、右：顕微鏡データの3Dモデル。ボトム：細胞花軸の連絡先の詳細は、 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/53469fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図3" src="/files/ftp_upload/53469/53469fig3.jpg" /> 核と細胞分裂の残党の図3.追跡左 ：タイムラプス顕微鏡データから3次元の投影。ミドル：両方の核（着色球）および細胞分裂の残骸（灰色の球を）追跡から得られたモデルのスナップショット。右：スナップショット細胞分裂の残留追跡から。残党のパスも示されている。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/53469fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図4" src="/files/ftp_upload/53469/53469fig4.jpg" /> 代表胚からABA亜。系譜図4.細胞と細胞分裂レムナント系統が示されています。細胞分裂は四角でマークされています。各目盛りは1分に相当します。細胞分裂の残党がレムナントが生成される間の分裂から生じ娘にちなんで命名された。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/53469fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図5" src="/files/ftp_upload/53469/53469fig5.jpg" /><br。PIVトップと皮質収縮の流れ /&gt; 図5.分析：3D投影静止画PIVlabとベクトル場を計算するために使用される時間ウィンドウの開始（最初の行）と終了（2行目）を描くタイムラプス顕微鏡から。パネルの第3行は、時間窓の全ての時点のオーバーレイを示しています。下：。PIVlabしたベクトルフィールド<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/53469fig5large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="ムービー1" src="/files/ftp_upload/53469/53469movie1.jpg" /> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/movie_3dmod_annotated.mp4">ビデオ1</a> -生殖腺のターン領域の2. 3Dモデルを図に関連する動画はセグメントに細胞を使用したプレーンのスタック全体をスクロールすることから始まります。スタックのその後の3D最大投影<html> 3Dのsegementationモデルが（セグメント化された生殖腺の穂軸とし、なし）は、x軸とy軸の周りを回転することにより、続いて示されています。 <img alt="ムービー2" src="/files/ftp_upload/53469/53469movie2.jpg" /> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53469/Max_projection_Endrov_data_annotated_for_movie.mp4">ビデオ2</a> -核と細胞分裂の残党の3追跡左図に関連：タイムラプス顕微鏡データから3D投影を。ミドル：両方の核（着色球）および細胞分裂の残骸（灰色の球を）追跡から得られたモデル。右：細胞分裂の残党とその軌跡。 =10μmのスケールバー。 <img alt="ムービー3" src="/files/ftp_upload/53469/53469movie3.jpg" />_for_movie_with_PIV_data.mp4 &quot;&gt;ビデオ3 - PIVと皮質収縮の流れ5.分析図に関連PIVlabスケールバーとベクトル場を計算するために使用される代表的な野生型およびRGA-3のRNAi胚の3D最大投影タイムラプス録画を。 =10μmです。

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Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

の発達過程を追跡し、定量化<em&gt; C。エレガンス</em&gt;オープンソースのツールを使用しました

Here it is shown how to track and quantify developmental processes in C. elegans. The methods presented are based on open-source tools that can be easily implemented. It is demonstrated how to reconstruct 3D cell-shape models, how to manually track subcellular structures, and how to analyze cortical contractile flow.

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

tracking-quantifying-developmental-processes-c-elegans-using-open

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Biology

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

8.8K ビュー.  Goethe University. Here it is shown how to track and quantify developmental processes in C. elegans. The methods presented are based on open-source tools that can be easily implemented. It is demonstrated how to reconstruct 3D cell-shape models, how to manually track subcellular structures, and how to analyze cortical contractile flow.

ビデオ: Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Using Micro-Electro-Mechanical Systems (MEMS) to Develop Diagnostic Tools

Using Micro-Electro-Mechanical Systems MEMS to Develop Diagnostic Tools

診断ツールを開発するマイクロエレクト​​ロメカニカルシステム（MEMS）の使用

生物学

Generation of Stable Transgenic C. elegans Using Microinjection

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1. The plasmid DNA rearranges to form extrachromosomal concatamers that are stably inherited, though not with the same efficiency as actual chromosomes 2. A gene of interest is co-injected with an obvious phenotypic marker, such as rol-6 or GFP, to allow selection of transgenic animals under a dissecting microscope. The exogenous gene may be expressed from its native promoter for cellular localization studies. Alternatively, the transgene can be driven by a different tissue-specific promoter to assess the role of the gene product in that particular cell or tissue. This technique efficiently drives gene expression in all tissues of C. elegans except for the germline or early embryo 3. Creation of transgenic animals is widely utilized for a range of experimental paradigms. This video demonstrates the microinjection procedure to generate transgenic worms. Furthermore, selection and maintenance of stable transgenic C. elegans lines is described.

This video demonstrates the technique of microinjection into the gonad of C. elegans to create transgenic animals.

マイクロインジェクションを使用して安定したトランスジェニック線虫の世代

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1.  The plasmid DNA rearranges to ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated tools and resources for studies in this system are facilitating continued discovery of genes with more subtle phenotypes or roles. 
Here we present a generalized protocol we adapted for identifying C. elegans genes with postembryonic phenotypes of interest using RNAi2. This procedure is easily modified to assay the phenotype of choice, whether by light or fluorescence optics on a dissecting or compound microscope. This screening protocol capitalizes on the physical assets of the organism and molecular tools the C. elegans research community has produced. As an example, we demonstrate the use of an integrated transgene that expresses a fluorescent product in an RNAi screen to identify genes required for the normal localization of this product in late stage larvae and adults. First, we used a commercially available genomic RNAi library with full-length cDNA inserts. This library facilitates the rapid identification of multiple candidates by RNAi reduction of the candidate gene product. Second, we generated an integrated transgene that expresses our fluorecently tagged protein of interest in an RNAi-sensitive background. Third, by exposing hatched animals to RNAi, this screen permits identification of gene products that have a vital embryonic role that would otherwise mask a post-embryonic role in regulating the protein of interest. Lastly, this screen uses a compound microscope equipped for single cell resolution.

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

We describe a sensitized method to identify postembryonic regulators of protein expression and localization in C. elegans using an RNAi-based genomic screen and an integrated transgene that expresses a functional, fluorescently tagged protein.

の後胚表現型を識別するためのRNAiスクリーニング C.エレガンス</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

To stain C. elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be bypassed by chemical or mechanical methods. "Freeze-cracking" is one method used to physically pull the cuticle from nematodes by compressing nematodes between two adherent slides, freezing them, and pulling the slides apart. Freeze-cracking provides a simple and rapid way to gain access to the tissues without chemical treatment and can be used with a variety of fixatives. However, it leads to the loss of many of the specimens and the required compression mechanically distorts the sample. Practice is required to maximize recovery of samples with good morphology. Freeze-cracking can be optimized for specific fixation conditions, recovery of samples, or low non-specific staining, but not for all parameters at once. For antibodies that require very hard fixation conditions and tolerate the chemical treatments needed to chemically permeabilize the cuticle, treatment of intact nematodes in solution may be preferred. If the antibody requires a lighter fix or if the optimum fixation conditions are unknown, freeze-cracking provides a very useful way to rapidly assay the antibody and can yield specific subcellular and cellular localization information for the antigen of interest.

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

"Freeze-cracking," a method for exposing the inner tissues of the nematode C. elegans to antibodies for protein localization, is demonstrated.

抗体染色中<em&gt; C.虫</em&gt;「フリーズクラッキング」使用

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound responses and repair in this model have illuminated our understanding of the cytoskeletal and genomic responses to tissue damage. The two most commonly used methods to wound the C. elegans adult skin are pricks with microinjection needles, and local laser irradiation. Needle wounding locally disrupts the cuticle, epidermis, and associated extracellular matrix, and may also damage internal tissues. Laser irradiation results in more localized damage. Wounding triggers a succession of readily assayed responses including elevated epidermal Ca2+ (seconds-minutes), formation and closure of an actin-containing ring at the wound site (1-2 hr), elevated transcription of antimicrobial peptide genes (2-24 hr), and scar formation. Essentially all wild type adult animals survive wounding, whereas mutants defective in wound repair or other responses show decreased survival. Detailed protocols for needle and laser wounding, and assays for quantitation and visualization of wound responses and repair processes (Ca dynamics, actin dynamics, antimicrobial peptide induction, and survival) are presented.

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The adult C. elegans skin is a tractable model for studies of epithelial wound responses, including wound closure, scar formation, and innate immunity.

創傷応答のためのスキン傷つけ処理のための方法およびアッセイ<em&gt; C。エレガンス</em

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound ...

Open Source High Content Analysis Utilizing Automated Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy

We present an open source high content analysis instrument utilizing automated fluorescence lifetime imaging (FLIM) for assaying protein interactions using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) based readouts of fixed or live cells in multiwell plates. This provides a means to screen for cell signaling processes read out using intramolecular FRET biosensors or intermolecular FRET of protein interactions such as oligomerization or heterodimerization, which can be used to identify binding partners. We describe here the functionality of this automated multiwell plate FLIM instrumentation and present exemplar data from our studies of HIV Gag protein oligomerization and a time course of a FRET biosensor in live cells. A detailed description of the practical implementation is then provided with reference to a list of hardware components and a description of the open source data acquisition software written in &#181;Manager. The application of FLIMfit, an open source MATLAB-based client for the OMERO platform, to analyze arrays of multiwell plate FLIM data is also presented. The protocols for imaging fixed and live cells are outlined and a demonstration of an automated multiwell plate FLIM experiment using cells expressing fluorescent protein-based FRET constructs is presented. This is complemented by a walk-through of the data analysis for this specific FLIM FRET data set.

We present an open source high content analysis (HCA) instrument utilizing automated fluorescence lifetime imaging (FLIM) for assaying protein interactions using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) based readouts. Data acquisition for this openFLIM-HCA instrument is controlled by software written in &#181;Manager and data analysis is undertaken in FLIMfit.

自動化された蛍光寿命イメージング顕微鏡を利用してオープンソースのハイコンテンツな解析

We present an open source high content analysis instrument utilizing automated fluorescence lifetime imaging (FLIM) for assaying protein interactions ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm allows for the routine imaging of nanoscale biological complexes and processes. This increase in resolution also means that methods popular in electron microscopy, such as single-particle analysis, can readily be applied to super-resolution fluorescence microscopy. By combining this analytical approach with super-resolution optical imaging, it becomes possible to take advantage of the molecule-specific labeling capacity of fluorescence microscopy to generate structural maps of molecular elements within a metastable structure. To this end, we have developed a novel algorithm &#8212; VirusMapper &#8212; packaged as an easy-to-use, high-performance, and high-throughput ImageJ plugin. This article presents an in-depth guide to this software, showcasing its ability to uncover novel structural features in biological molecular complexes. Here, we present how to assemble compatible data and provide a step-by-step protocol on how to use this algorithm to apply single-particle analysis to super-resolution images.

This manuscript uses the Fiji-based open-source software package VirusMapper to apply single-particle analysis to super-resolution microscopy images in order to generate precise models of nanoscale structure.

VirusMapperと超解像顕微鏡のためのオープンソースの単一粒子分析

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

Visualizing and Tracking Endogenous mRNAs in Live Drosophila melanogaster Egg Chambers

Fluorescence-based imaging techniques, in combination with developments in light microscopy, have revolutionized how cell biologists conduct live cell imaging studies. Methods for detecting RNAs have expanded greatly since seminal studies linked site-specific mRNA localization to gene expression regulation. Dynamic mRNA processes can now be visualized via approaches that detect mRNAs, coupled with microscopy set-ups that are fast enough to capture the dynamic range of molecular behavior. The molecular beacon technology is a hybridization-based approach capable of direct detection of endogenous transcripts in living cells. Molecular beacons are hairpin-shaped, internally quenched, single-nucleotide discriminating nucleic acid probes, which fluoresce only upon hybridization to a unique target sequence. When coupled with advanced fluorescence microscopy and high-resolution imaging, they enable one to perform spatial and temporal tracking of intracellular movement of mRNAs. Although this technology is the only method capable of detecting endogenous transcripts, cell biologists have not yet fully embraced this technology due to difficulties in designing such probes for live cell imaging. A new software application, PinMol, allows for enhanced and rapid design of probes best suited to efficiently hybridize to mRNA target regions within a living cell. In addition, high-resolution, real-time image acquisition and current, open source image analysis software allow for a refined data output, leading to a finer evaluation of the complexity underlying the dynamic processes involved in the mRNA&#39;s life cycle.
Here we present a comprehensive protocol for designing and delivering molecular beacons into Drosophila melanogaster egg chambers. Direct and highly specific detection and visualization of endogenous maternal mRNAs is performed via spinning disc confocal microscopy. Imaging data is processed and analyzed using object detection and tracking in Icy software to obtain details about the dynamic movement of mRNAs, which are transported and localized to specialized regions within the oocyte.

Visualizing and Tracking Endogenous mRNAs in Live Drosophila melanogaster Egg Chambers

Here, we present a protocol for the visualization, detection, analysis and tracking of endogenous mRNA trafficking in live Drosophila melanogaster egg chamber using molecular beacons, spinning disc confocal microscopy, and open-source analysis software.

ライブショウジョウバエメラノガスター卵室における内因性mRNAの可視化と追跡

Fluorescence-based imaging techniques, in combination with developments in light microscopy, have revolutionized how cell biologists conduct live cell ...

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

C. elegans is commonly used to model age-related neurodegenerative diseases caused by repeat expansion mutations, such as Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) and Huntington&#8217;s disease. Recently, repeat expansion-containing RNA was shown to be the substrate for a novel type of protein translation called repeat-associated non-AUG-dependent (RAN) translation. Unlike canonical translation, RAN translation does not require a start codon and only occurs when repeats exceed a threshold length. Because there is no start codon to determine the reading frame, RAN translation occurs in all reading frames from both sense and antisense RNA templates that contain a repeat expansion sequence. Therefore, RAN translation expands the number of possible disease-associated toxic peptides from one to six. Thus far, RAN translation has been documented in eight different repeat expansion-based neurodegenerative and neuromuscular diseases. In each case, deciphering which RAN products are toxic, as well as their mechanisms of toxicity, is a critical step towards understanding how these peptides contribute to disease pathophysiology. In this paper, we present strategies to measure the toxicity of RAN peptides in the model system C. elegans. First, we describe procedures for measuring RAN peptide toxicity on the growth and motility of developing C. elegans. Second, we detail an assay for measuring postdevelopmental, age-dependent effects of RAN peptides on motility. Finally, we describe a neurotoxicity assay for evaluating the effects of RAN peptides on neuron morphology. These assays provide a broad assessment of RAN peptide toxicity and may be useful for performing large-scale genetic or small molecule screens to identify disease mechanisms or therapies.

Measuring RAN Peptide Toxicity in C. elegans

Repeat-associated non-ATG-dependent translational products are emerging pathogenic features of several repeat expansion-based diseases. The goal of the protocol described is to evaluate toxicity caused by these peptides using behavioral and cellular assays in the model system C. elegans.

C.エレガンスにおけるRANペプチド毒性の測定

C. elegans is commonly used to model age-related neurodegenerative diseases caused by repeat expansion mutations, such as Amyotrophic Lateral Sclerosis ...

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

An issue often encountered when acquiring image data from fixed or anesthetized C. elegans is that worms cross and cluster with their neighbors. This problem is aggravated with increasing density of worms and creates challenges for imaging and quantification. We developed a FIJI-based workflow, Worm-align, that can be used to generate single- or multi-channel montages of user-selected, straightened and aligned worms from raw image data of C. elegans. Worm-align is a simple and user-friendly workflow that does not require prior training of either the user or the analysis algorithm. Montages generated with Worm-align can aid the visual inspection of worms, their classification and representation. In addition, the output of Worm-align can be used for subsequent quantification of fluorescence intensity in single worms, either in FIJI directly, or in other image analysis software platforms. We demonstrate this by importing the Worm-align output into Worm_CP, a pipeline that uses the open-source CellProfiler software. CellProfiler&#8217;s flexibility enables the incorporation of additional modules for high-content screening.&#160;As a practical example, we have used the pipeline on two datasets: the first dataset are images of heat shock reporter worms that express green fluorescent protein (GFP) under the control of the promoter of a heat shock inducible gene hsp-70, and the second dataset are images obtained from fixed worms, stained for fat-stores with a fluorescent dye.

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Worm-align/Worm_CP is a simple FIJI/CellProfiler workflow that can be used to straighten and align Caenorhabditis elegans samples and to score whole-worm image-based assays without the need for prior training steps. We have applied Worm-align/Worm_CP to the quantification of&#160;heat-shock induced expression in live animals or lipid droplets&#160;in fixed samples.

ワームアライメントとWorm_CP、カエノハブディティス・エレガンスから得られた蛍光画像データの矯正と定量化のための2つのオープンソースパイプライン

An issue often encountered when acquiring image data from fixed or anesthetized C. elegans is that worms cross and cluster with their neighbors. This ...