This work was performed on behalf of the International Federation of Clinical Chemistry Working Group on CSF Proteins, which has the following composition: Kaj Blennow (Chair) and Henrik Zetterberg, Gothenburg University, Sweden; Les Shaw and Magdalena Korecka, University of Philadelphia, PA, USA; Ingrid Zegers, Institute for Reference Materials and Measurements, Geel, Belgium; Piotr Lewczuk, Universit&#228;tsklinikum Erlangen, Germany; and Rand Jenkins, PPD Bioanalytical Laboratory, Richmond, VA, USA; Randall Bateman, Washington University, MO, USA; and H Vanderstichele, Innogenetics NV, Ghent, Belgium. This work was also part of the Global Consortium for Biomarker Standardization CSF Reference Methods Working Group, which is led by Maria C. Carrillo, Ph.D., Senior Director, Medical &amp; Scientific Relations, Alzheimer's Association. The study was supported by The Swedish Research Council (grants #14002, #521-2011-4709, and #2013-2546); the Knut and Alice Wallenberg Foundation; Demensf&#246;rbundet; and Emil and Wera Cornell's, Aina Wallstr&#246;m and Mary-Ann Sj&#246;blom's, Gun and Bertil Stohne's, Magnus Bergvall's, and Gamla Tj&#228;narinnor's Foundations.

注：このプロトコルは、出発物質として、各Aβペプチドのために50μg/ mLの濃度で、少なくとも50μLのアリコートを必要とします。 Aβペプチドは、脱イオン水中の20％アセトニトリル（ACN）、4％濃アンモニア溶液（V / V）に溶解し、80℃で保存されるべきです。 注意：安全情報については、 表1を参照してください。 ソリューションの調製<ol><li>脱イオン水中でACN、濃縮アンモニアの4mLの（〜25％）の20 mLで希釈し、脱イオン水中の20％ACN、4％濃アンモニア溶液（v / v）を100mLのを準備します。脱イオン水で100mLへの最終的な音量を調整します。新鮮な毎日を行います。 </li><li> 50 mLの最終容量まで脱イオン水にグアニジン塩酸塩の26.08グラムを溶解することにより、5 Mグアニジン塩酸50mLのを準備します。 20℃で保存し、新鮮な毎月を作ります。 </li><li>脱イオン水中の4％リン酸（V / 200mLのを準備v）で脱イオン水中に濃リン酸（〜85％）の9.4 mLで希釈し。脱イオン水で200ミリリットルの最終容量を調整します。冷蔵庫に保管し、新鮮毎週行います。 </li><li>脱イオン水中でACN 37.5 mL及び濃アンモニア5mLの（〜25％）を希釈して、脱イオン水中で75％ACNおよび10％濃アンモニア溶液50ml（V / V）を調製します。脱イオン水で50 mLで最終容量を調整します。新鮮な毎日を行います。 </li><li>日常の臨床分析から匿名化された残りの試料から得られたキャリブレータのためのヒトCSFの少なくとも2.5mLのを、解凍します。 </li><li> 150mMのナトリウム、3.0 mMのK、1.4 mMのカルシウム、0.8 mMのマグネシウム、1.0 mMのP、および脱イオン水で155 mMののClを含む人工CSFを準備し、4ミリグラム/ mLの最終濃度にウシ血清アルブミンを追加します。唯一の1 mLを分析ごとに必要ですが、将来の使用のために大容量、一定分量を、およびストアを準備されています。 </li></ol>キャリブレーターの調製<ol><li> 4 / mlの1の0.5ミリリットルを準備20％のACNおよび0.5 mLのマイクロ遠心チューブ中の4％の濃アンモニアを50μg/ mLの15NAβ142 0.46ミリリットルの40μLを添加することにより5NAβ1-42ペプチド 。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 20％ACNおよび2 mLのマイクロ遠心チューブ中で4％の濃アンモニアの1.95 mLに50μLの4μg/ mLの15のNAβ142を追加することにより、100ng / mlの15NAβ1-42ペプチドの2ミリリットルを準備します。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 表2に示した各溶液の体積を混合することにより、6キャリブレーター溶液（AF）を準備します。 0.5、1.5、および2 mLのマイクロ遠心チューブを使用してください。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 1分間ボルテックスミキサーに、表3ミックスに応じて対応するキャリブレーションソリューションと人間のCSFを追加することにより、0.5 mLのマイクロ遠心チューブ中の最終キャリブレータ（二重に）を準備します。 </li></ol>内部標準の調製<ol><li> 20％ACNおよび2 mLのマイクロ遠心チューブ中の4％の濃アンモニアの1.968 mLに32μLを50μg/ mLの13のCAβ142を追加することにより、0.8μgの/ mLの13CAβ1-42ペプチドの2ミリリットルを準備します。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 5 mLのマイクロ遠心チューブ中の20％ACNおよび4％濃アンモニアの4.9 mLに0.8μgの/ mLの0.1mLのを追加することにより、16 ngの/ mLの13CAβ1-42ペプチドの5ミリリットルを準備します。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li></ol>レスポンスファクタのサンプルの4準備注：応答因子（RF）決意を較正するために使用標識ペプチドの濃度（15NAβ1-42）を決定するために実行されます。これは、天然Aβ1-42ペプチドの濃度は、アミノ酸分析（AAA）を用いて決定されていることを必要とします。このように、ボリュームおよびネイティブAβ1-42ペプチドのアリコートの濃度AAAの要件を満たす必要があります。 <ol><li> 20％のACNおよび0.5 mLのマイクロ遠心チューブ中で4％の濃アンモニアの0.46 mLに50μg/ mlのネイティブAβ1-42の40μLを追加することで、4μgの/ mLのネイティブ（非標識）Aβ1-42 0.5mLのを準備します。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 20％の1.96 mLに4μgの/ mLの15NAβ1-42の4 / mlのネイティブAβ1-42および20μLの20μLを追加することで、ネイティブと15NAβ1-42の2-mLの40 ngの/ mLのミックスを調製ACNおよび4％が2 mLのマイクロ遠心チューブ中のアンモニアを濃縮しました。 1分間ボルテックスミキサーで混合します。 </li><li> 0.5mLのマイクロチューブに人工CSFの0.38 mLに40 ngの/ mLの混合物の20μLを追加します。重複を準備し、1分間ボルテックスミキサーで混ぜます。 </li></ol> 5.サンプル調製注：ローラー上、室温で測定されるサンプルを解凍します。 <ol><li>（使用している場合、品質管理を含む[QC]サンプル） 図1（完全版が使用されていると仮定）によると、96ディープウェルプレート1 mLのタンパク質に、各キャリブレータの0.18 mLを加え、応答率、および未知のサンプル。でサンプルを追加してください、またはウェルの底に近いです。 </li><li>各ウェル（ すなわち、キャリブレータ、応答因子のQC、及び未知数）に内部標準の20μLを追加します。ピペットチップを浸漬することなく、試料の表面に十分に近い側のドロップを解放することが重要です。 </li><li>各ウェルに0.2 mLと5 Mグアニジン塩酸塩を追加します。 </li><li>マイクロプレートシェーカー上のサンプルプレートを配置し、1100 rpmで45分間サンプルを混ぜます。最適な周波数は、計装に応じて異なる場合があります。ソリューションが完全に混合され、内部標準またはCSFのない滴をウェルの側に混合されていない残っていないように、ミキサーの周波数と振幅を設定します。 </li><li> 4％リン酸0.2 mLを加え各ウェルに。渦を簡単に混ぜます。 </li></ol> 6.固相抽出注：すべての洗浄、ロード、および溶出工程では、溶液を添加した後、可能な限り低い真空を適用し、ロードまたは溶液を溶出するために、必要に応じて徐々に増加します。各ローディングおよび溶出工程の間に真空を無効にします。 <ol><li>混合モード下での廃棄物のための貯蔵トレーを入れ、抽出プレートマニホールド室における陽イオン交換、96ウェル固相抽出（SPE）プレート。 </li><li>各ウェルにメタノール0.2mLのを追加することにより、SPE吸着剤を調整します。 </li><li>各ウェルに、4％のリン酸を0.2mLを添加することにより吸着剤を平衡化します。 </li><li> SPEプレートにディープウェルプレートから全てのサンプル（各ウェル中に約0.62ミリリットル）を転送します。 SPEプレートにディープウェルプレートからサンプルを転送するときに8チャンネルピペットを使用します。サンプルはインターンが含まれているため、すべてのサンプルの全体または同等のボリュームを転送することが重要ではありません変動を補償しますアル標準。 </li><li>サンプルを各ウェルに4％リン酸を0.2mLを添加することによって通過した後の吸着剤を洗浄します。 </li><li>洗浄溶媒は、吸着剤から溶出した後、捕集板や管をリザーバートレイを交換してください。 </li><li>二回75％ACN / 10％濃アンモニアの50μLを添加することにより、吸着剤から試料を溶出し、そしてこの溶液が吸着剤を通過することは非常に低真空を必要とすることに注意してください。各添加の間に真空を無効にすることを忘れないでください。 <ol><li>オプション：コレクションプレートまたはチューブを密封し、-80℃でそれらを凍結。 6.8.2に進む前に、コレクションプレートまたはチューブからシールを取り外します。 </li><li> （熱を加えることなく）真空遠心分離を使用して溶出液を乾燥させます。これは、真空遠心分離に応じて、数時間に1から取ることができます。 </li><li>容器を密封し、-80℃でそれらを凍結。 </li></ol></li></ol> 7.液体クロマトグラフィー<ol><li> 、およびニードル洗浄（50％ACN（ACN [V / V]で4％の脱イオン水および0.1％濃アンモニア）、B（脱イオン水[V / V]中の5％ACNおよび0.3％濃アンモニア）移動相Aを準備4％の脱イオン水にアンモニアを濃縮[v / v]）。 <ol><li>移動相Aの500ミリリットルのために、脱イオン水にACNの25mLの濃アンモニアの1.5 mLを加え。脱イオン水で500 mLで最終容量を調整します。 </li><li>移動相Bの500ミリリットルのために、濃アンモニアの500μLとACNへの脱イオン水25 mLを加え。 ACNと500ミリリットルへの最終的な音量を調整します。 </li><li> ACN 120mLの脱イオン水に濃アンモニアの10ミリリットルを追加することにより、ニードル洗浄の250ミリリットルを準備します。脱イオン水で250 mLで最終容量を調整します。 </li><li> LCシステムで使用する前に20分間の超音波処理浴中にオープン移動相AとBとニードル洗浄瓶を入れて</li></ol></li><li> 20％のACNの25μLと、4％concentraで各サンプルを溶解テッドアンモニア溶液と20分間シェーカー上に置きます。遠心分離機のサンプルダウンして、オートサンプラーに配置します（7℃に保ちます）。 </li><li> 50℃に維持し、1×250ミリメートル2ポリスチレン-ジビニルベンゼン（逆相）モノリシックカラム上のサンプルの20μLを注入します。 <ol><li> 0.3 mL /分の流速を用いて、表4に示すLC勾配を使用します。質量分析計の汚染を低減するために迂回バルブを使用して（ポストカラム）を無駄に2最初と最後の5分をそらします。 </li></ol></li></ol> 8.質量分析注：これらのパラメータはaheatedエレクトロスプレーイオン化源を備えた四重極オービトラップハイブリッド質量分析計のために使用しました。 <ol><li> 表5に記載のイオン源のパラメータを設定します。 </li><li> （ネイティブAβ1-42の4+充電状態を分離するために1,129.48質量をMS機器を設定します2.5メートル/ zのの分離幅と四重極型質量分析計における電荷比[ のm / z]）、1-42 15NAβ（1,143.00 のm / z）、および13CAβ1-42（1,179.50 のm / z）。 </li><li> 17.0の正規化衝突エネルギー（NCE）との衝突セル内の単離されたペプチドを断片化します。 （このようなトリプル四重極MSなどの器具の他のタイプを、使用している場合は特に）であっても、同じタイプのこれは、各楽器に合わせて調整する必要がある場合があります。 </li><li> 2×10 5の電荷の自動利得制御対象と250ミリ秒の最大噴射時間で、17.500の分解能でフラグメントスペクトルを記録します。 </li></ol> 9.データ処理<ol><li>各ペプチドのためのクロマトグラフィーの領域を計算するために、 表6に（±250ミリ質量単位[MMU]の質量公差）プロダクトイオンの合計を使用してください。イオンの種類と数は、ネイティブAβのために示されていることに注意してください<suB&gt; 1-42プロダクトイオン、彼らは15NAβ1-42と13CAβ1-42の両方で同じであるため。 </li><li>ネイティブAβ1-42の曲線下面積を持つ15NAβ1-42の曲線（クロマトグラフピーク）の下の領域を分割して2つの応答因子サンプルの平均応答係数を決定します。 </li><li>ステップ9.2で算出された応答因子でそれを掛けることによって、キャリブレーションのために使用される15NAβ1-42の濃度を調整します。 </li><li>濃度に対するキャリブレータの2セットから13CAβ1-42に15NAβ1-42の面積比をプロットして検量線を作成します。 </li><li>線形回帰を用いて検量線の傾きと切片を計算します。 </li><li>アンのための内部標準（13CAβ1-42）にネイティブAβ1-42の面積比を計算します既知のサンプル。 </li><li>ステップ9.5で得られた傾きと切片を用いて、検量線から未知のサンプルの濃度を外挿する。 </li></ol>

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JP and EP reports no disclosures. HZ has served on the advisory boards of Roche Diagnostics, Eli Lilly, and Pharmasum Therapeutics. KB has served as a consultant or on the advisory boards for Fujirebio Europe, IBL International, and Roche Diagnostics. HZ and KB are co-founders of Brain Biomarker Solutions in Gothenburg AB, a GU Venture-based platform company at the University of Gothenburg.

記載された方法のために、代わりに代理母材を使用して、我々は、ヒトCSF中にキャリブレーションを可能にする、代用分析物アプローチ13、14、15、16を用います。サロゲートの検体のアプローチは、二つの異なる同位体標識された規格を必要とします。別の（13CAβ142）を内部標準として使用され、一方の（15NAβ142）は 、ヒトCSF中の較正曲線を生成するために使用されます。未知の内因性Aβ142の濃度は、その後、較正曲線から推定されている計算されたAβ13分の142内在性CAβ142比で15NAβ13分の142CAβ142の比率を使用して構築。利用可能な分析物のないCSF、および低Aβ142回復が存在しないため、代理の検体のアプローチを使用しましたメソッド開発時にサロゲート行列でネイティブAβ142を使用するときに観察されました。 15NAβ142とネイティブAβ142が MSで異なる応答を与える可能性があるため、15NAβ142の濃度は、既知濃度で、RFサンプル-15NAβ142とネイティブAβ142の等しい濃度を含む人工CSF試料を測定することによって調整されますAAA.The応答因子によって決定することは、バッチ間の15 N標識ペプチドの同位体純度で可能な変化に異なる質量分析計との間で異なる場合があります。したがって、応答係数は、各測定日に決定されるべきです。 このプロトコルの中で最も重要なステップは、キャリブレータおよびRFサンプルの準備です。特にAβ1-42、Aβペプチドは、非常に疎水性であり、容易にピペットチップにこだわりますND管は8、17、18面 。ピペット中のAβペプチドの損失を最小限にするために、送達前にピペットチップを飽和させる非常に重要です。好ましくは、ペプチド溶液の三巻は、前溶液を含む新しいチューブへの配信のために廃棄されるべきです。ストック溶液の量および濃度に依存し、これは常に可能ではありません。次善のアプローチは、配信前までと3回上下ペプチド溶液をピペットすることはもちろんです。同じ理由で、大きな空隙容積を避ける、チューブの適切なサイズを使用することが重要です。 方法は、以前に公表されたデータは、回収率が100％（15％）15内にあったことを示しています。逆算キャリブレータのための相対誤差は、キャリブレータ曲線19で定義された範囲全体の15％未満でした。 One Oこの技術のbvious制限は、自動イムノアッセイと比較して低いスループットであることです。しかしながら、記載された方法の目的は、高精度ではなく、スループットです。この方法はまた、19短いAβ1-38およびAβ1〜40を含むように拡張することができます。この方法の別の制限は、オペレータが機器の分析を実行する前に、大規模な質量分析法の訓練を必要とするということです。 イムノアッセイを使用して定量化は、抗体と抗原との間の相互作用に依存しています。この相互作用は、妨害または相互作用と競合し得る試料成分の存在によって影響を受ける可能性があります。また、相互作用はまた、抗原の立体構造によって影響を受ける可能性があります。これらの効果は、制御するのが困難であり、免疫アッセイプラットフォーム間、研究所間の結果を調和させることは困難であった主な理由であると考えられています。ベックMSとause定量化は直接、安定同位体で標識された標準と比較した標的分子をカウントに基づいて、定量は絶対、そのようなマトリックス効果により、一般的に影響を受けません。加えて、免疫アッセイによって診断用タンパク質の測定は、このように比較可能性を改善する、有効なLC-MS / MSおよび安定な同位体標識内部標準からRMPSおよびCRMに、高次の測定手順及び材料の切れ目のない鎖によってサポートされるべきであると結果20、21の信頼性。 結論としては、CSF中のAβ142の測定のための説明RMPは、CSF中のAβ142のための一般的なカットオフ濃度を確立するのに役立つCRMを開発する上で重要なステップです。正確なカットオフを正確に早期のADを診断するために非常に重要であり、疾患修飾薬の新しいタイプは、診療所に到達したときに最も重要です。

アルツハイマー病（AD）は、認知症の最も一般的な形態であり、全世界で約35万人1に影響を与えます 。広くADの病因の中心に位置するように考えられて疾患の神経病理学的特徴は、過リン酸化タウ蛋白質2の細胞内神経原線維変化および凝集したアミロイドβ（Aβ）ペプチド3からなる細胞外斑です。これに伴い、バイオマーカーによって、in vivoでのプラーク病変の評価は最近、AD 4のための研究診断基準に含まれています。 Aβ1-42のCSF測定のために、いくつかのイムノアッセイが利用可能であり、多くの臨床検査室5で使用されています。 CSF中のAβ1-42の濃度は、BRでのプラーク中のペプチドの沈着を反映し、認知正常な高齢者に比べてAD患者では約50％低くなっていますAIN 6、7。 これらのバイオマーカーは、主に免疫アッセイ（ すなわち、抗体ベースの技術）を用いて分析されているが、これらのアッセイは、マトリックス効果8によって影響され得ます。異なるテクノロジプラットフォームイムノアッセイおよびアッセイの標準化9の欠如の使用は、10は 11、12困難なグローバルなカットオフ濃度の導入を行います。分析的に検証さRMPは、理想的には、分析プラットフォーム間でより良い比較では、全体的な測定のばらつきの要因のより良好な制御が得られ、異なるアッセイプラットフォームの均一なキャリブレーションを可能にするであろう。 開発されたLC-MS / MS法を用いてAβ1-42の絶対的な定量化は、抗体ベースのTECHNに関連する問題の多くを克服しますiques。検査医学（JCTLMデータベース識別番号C11RMP9）におけるトレーサビリティのための合同委員会がRMPとしてリストされている方法は、CSFAβ1を調和させる認証標準物質（CRM）におけるAβ1-42の絶対濃度を決定するために使用されます技術および分析プラットフォーム間-42測定。説明ワークフローは、医学の他の領域内のペプチドおよびタンパク質のための候補参照方法の開発のための関連性のものでなければなりません。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Eppendorf Protein LoBind microcentrifuge tubes, 0.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022431081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Protein LoBind microcentrifuge tubes, 1.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022431081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Protein LoBind microcentrifuge tubes, 2 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>022431102</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Protein LoBind microcentrifuge tubes, 5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>0030 108.310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Protein LoBind Deepwell Plates 96</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>951032905</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micronic 0.75 mL polypropylene tubes, V-bottom</td>
			<td>Micronic</td>
			<td>MPW32071BC3</td>
			<td>Tubes used for collecting SPE eluate, but other collection devices can be used such as 96-well plates.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micronic Split TPE Capcluster for 96 ind. tubes</td>
			<td>Micronic</td>
			<td>MP53026</td>
			<td>Caps for Micronic tubes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micronic Loborack-96 white w high cover bar coded</td>
			<td>Micronic</td>
			<td>MPW51015BC3</td>
			<td>Holder for Micronic tubes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biohit Optifit tips 1.2 mL</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>791210</td>
			<td>Used to reach all the way to the bottom of the LoBind deepwell plates (96-well). Other narrow tips might work as well.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Oasis MCX 96-well &#181;Elution Plate</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186001830BA&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Plate manifold reservoir tray</td>
			<td>Waters</td>
			<td>WAT058942</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Extraction Plate Manifold for Oasis 96-Well Plates</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186001831</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide solution, puriss. p.a., reag. ISO, reag. Ph. Eur., ~25% NH3 basis</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>30501-1L-D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile, Far UV HPLC Gradient grade, 2.5 L</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A/0627/17X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ortho-Phosphoric acid 85%, ACS,ISO,Reag. Ph Eur</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>1005731000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guanidine Hydrochloride, 500 g</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>24110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Q-exactive Hybrid Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFALGMAZR</td>
			<td>With bundled Dionex Ultimate 3000 LC &#38; autosampler.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dionex ProSwift RP-4H Monolith Column (1.0 x 250mm)</td>
			<td>Dionex</td>
			<td>066640</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin, lyophilized powder, suitable for (for molecular biology), Non-acetylated</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B6917</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beta-Amyloid (1-42), Ultra Pure, TFA</td>
			<td>rPeptide</td>
			<td>A-1002-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15N Beta-Amyloid (1-42), Uniformly labeled</td>
			<td>rPeptide</td>
			<td>A-1102-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>13C Beta-Amyloid (1-42), Uniformly labeled</td>
			<td>rPeptide</td>
			<td>A-1106-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microplate shakers, TiMix 2</td>
			<td>Edmund B&#252;hler</td>
			<td>6110 000</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

absolute quantification of a&#946;1-42 in csf using a mass spectrometric reference measurement procedure

Alzheimer's disease (AD) is the most common neurodegenerative disease among the elderly and accounts for 60-80% of all cases of dementia. Currently, the diagnosis of AD is based on cognitive tests and mental state exams, but the peptide amyloid-beta (A&#946;) in cerebrospinal fluid (CSF) is increasingly used in clinical trials and settings. As for most protein and peptide biomarkers, quantification is performed using antibody-based techniques, such as enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). However, intra- and inter-laboratory variability in these assays hamper its use as a diagnostic marker in clinical routine.
An antibody-independent Reference Measurement Procedure (RMP) was developed based on solid-phase extraction (SPE) and liquid chromatography (LC)-tandem mass spectrometry (MS/MS), where stable, isotope-labeled A&#946; peptides were used as internal standards, enabling absolute quantification. A high-resolution quadrupole-orbitrap hybrid instrument was used for the measurements. The method allows for the quantification of CSF A&#946;1-42 between 150-4,000 pg/mL.

図1のプレート設定は、サンプルの完全版のために使用されます。少数の未知の試料を分析する場合は、第二校正器、RF、およびQCセットは未知サンプルの前半の後に配置する必要があります。 図2に見られるように、校正器は、低い標準偏差を用いて、回帰直線に近いです。この方法は、150 pg / mlで4,000 pg / mlでの定量化の上位レベルの定量化のより低いレベルを有します。キャリブレーションの残余の標準偏差は、もちろん、可能な限り低くあるべきです。キャリブレーションが非線形である場合、ランは、（重症度に応じて）破棄されるべきであり、偏差が不正確なピペット操作技術および/またはキャリブレーターの希釈でのエラーによる可能性が最も高いです。複製の変動係数（CV）は20％以下、好ましくは10％未満であるべきです。 ページ-ogether.within = &quot;1&quot;&gt;を同時にLCカラムからネイティブの15 N-及び13CAβ1-42溶出（彼らは唯一の同位体レベルで異なるため）、（ 図3左右対称のピークに近く、かなりのテーリングなしで）。少なくとも10回の測定を各クロマトグラフピークのために行われるべきであり、器具方法における最大注入時間で調整することができます。すべての3つのペプチドは、MS分析の間にすべての測定（較正、RF、および未知）に対して同時に測定することができます。しかし、この方法の感度は次善のであれば、興味のあるペプチドのみ、 すなわち （各注入のために測定する必要があります。、のみ、RFサンプルのネイティブと15NAβ1-42、キャリブレータ15 N-及び13CAβ1-42を測定ネイティブおよび未知の試料について13CAβ1-42）。 図1「SRC = &quot;/ファイル/ ftp_upload / 55386 / 55386fig1.jpg&quot; /&gt; 図1：SPE とディープウェルプレートのレイアウト。キャリブレータの典型的なレイアウト（AF）、応答係数サンプル（RF）、品質管理サンプル（QC）、および未知数。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55386/55386fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図2" src="/files/ftp_upload/55386/55386fig2.jpg" /> 図2： 検量線。検量線は172で15NAβ1-42、572、1144、2287、3431、および4574 pg / mlで（応答係数を使用して調整）およびヒトCSF中の内部標準として13CAβ1-42を用いて構築した（n = 2） 。 15NAβ1-42 / 13CAβ1-42の面積比をプロットする（Y軸）濃度（X軸）に対して。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55386/55386fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図3" src="/files/ftp_upload/55386/55386fig3.jpg" /> 図3： クロマトグラム。 0.500 ngの/ mLのネイティブ（内因性）Aβ1-42（上部パネル）およびヒトCSF中の1.6 ngの/ mLの13CAβ1-42（下のパネル）のクロマトグラム。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55386/55386fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図4" src="/files/ftp_upload/55386/55386fig4.jpg" /> 図4： 未知の試料中の未知のAβ1-42の定量&lt;。/ strong&gt;のピーク面積比は、内部標準（13CAβ1-42）クロマトグラフのピーク面積を用いて、天然Aβ1-42クロマトグラフィーピーク面積を割ることによって計算されます。サンプル中の天然のAβ1-42の濃度は、検量線から推定されます。 <a href="http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/55386/55386fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版をご覧になるにはこちらをクリックしてください。</a> <img alt="図4" src="/files/ftp_upload/55386/55386table1.jpg" /> 表1：安全に関する情報。このプロトコルのために使用される化学物質の安全性情報。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> キャリブレーター溶液 </td><td> 100ng / mlの15NAβ1-42溶液（ML）の体積 </tD&gt; <td> 20％ACNおよび4％アンモニアの体積（mL）を </td><td> 最終容量（ミリリットル） </td><td> 最終15NAβ1-42濃度（ngの/ mL）を </td></tr><tr><td> A </td><td> 0.20 </td><td> 0.30 </td><td> 0.50 </td><td> 40.00 </td></tr><tr><td> B </td><td> 0.15 </td><td> 0.35 </td><td> 0.50 </td><td> 30.00 </td></tr><tr><td> C言語</td><td> 0.20 </td><td> 0.80 </td><td> 1.00 </td><td> 20.00 </td></tr><tr><td> D </td><td> 0.10 </td><td> 0.90 </td><td> 1.00 </td><td> 10.00 </td></tr><tr><td> E </td><td> 0.05 </td><td> 0.95 </td><td> 1.00 </td><td> 5.00 </td></tr><tr><td> F </td><td> 0.03 </td><td> 1.97 </td><td> 2.00 </td><td> 1.50 </td></tr></tbody></table> 表2：キャリブレータソリューションを提供しています。キャリブレーター溶液を20％ACN中で調製し、4％アンモニアを濃縮しますCSFのキャリブレータをスパイクするために使用されます。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 校正器 </td><td> キャリブレーター溶液を、対応するの容量（ml） </td><td> 人間のCSFの容量（ml） </td><td> 最終容量（ミリリットル） </td><td> ファイナル15N-Aβ1-42濃度（ngの/ mL）を </td></tr><tr><td> A </td><td> 0.02（A） </td><td> 0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 4.00 </td></tr><tr><td> B </td><td> 0.02（B） </td><td> 0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 3.00 </td></tr><tr><td> C言語</td><td> 0.02（C） </td><td> 0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 2.00 </td></tr><tr><td> D </td><td> 0.02（D） </td><td> 0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 1.00 </td></tr><tr><td> E </td><td> 0.02（E） </td><td> 0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 0.50 </td></tr><tr><td> F </td><td> 0.02（F） </td><td>0.18 </td><td> 0.20 </td><td> 0.15 </td></tr></tbody></table> 表3：キャリブレータ。人間のCSF中で調製キャリブレータ。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 時間（分） </td><td> ％移動相B </td></tr><tr><td> 0 </td><td> 5 </td></tr><tr><td> 1 </td><td> 5 </td></tr><tr><td> 6 </td><td> 20 </td></tr><tr><td> 7 </td><td> 90 </td></tr><tr><td> 9 </td><td> 90 </td></tr><tr><td> 10 </td><td> 5 </td></tr><tr><td> 15 </td><td> 5 </td></tr></tbody></table> 表4：LC勾配。 300μL/分の一定流量で使用するLC勾配。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> パラメーター </td><td> 値 </td></tr><tr><td>シースガス</td><td> 50 </td></tr><tr><td>補助ガス</td><td> 6 </td></tr><tr><td>スプレー電圧</td><td> 4.4 kVの</td></tr><tr><td> S-レンズRF </td><td> 61 </td></tr><tr><td>ヒーター温度</td><td> 190°C </td></tr><tr><td>キャピラリー温度</td><td> 350°C </td></tr></tbody></table> 表5：イオン源の設定。イオン源のパラメータは、機器の調整ソフトウェアに設定します。 <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 前駆イオン </td><td> プロダクトイオン </td></tr><tr><td>ネイティブAβ1-42（のm / z 1129.58、4+） </td><td> 915.19（b334 +）、943.21（b344の+）、975.98（b354の+）、1000.74（b364の+）、1029.51（b384の+）、1054.03（b394の+）、1078.79（B404 +）の、1107.06（B414 +）の、1163.23（B313 +）の、1200.25（B323 +）の、1257.29（b343の+）、1300.96（b353の+）、1333.66（B363 +）の、1372.00（b383の+）、1405.02（b393の+） </td></tr><tr><td> 15N-Aβ1-42（のm / z 1143.00、4+） </td><td> 926.41、954.68、987.95、1012.71、1041.22、1066.99、1091.75、1120.28、1177.18、1215.55、1272.58、1316.92、1349.94、1388.63、1422.31 </td></tr><tr><td> 13C-Aβ1-42（のm / z 1179.50、4+） </td><td> 955.33、985.11、1019.37、1045.14、1074.65、1100.67、1126.69、1156.40、1253.43、1313.14、1358.50、1393.19、1432.21、1466.90 </td></tr></tbody></table> 表6：定量化のために使用されるイオン。前駆イオンの4+の電荷状態を2.5 のm / zの分離幅と、四重極質量分析器で分離されています。 （±250、MMUの質量公差）の生成物イオンは、各ペプチドについてのクロマトグラフィーの領域を計算するために使用されます。イオンの種類と数はONLですyは、彼らが15NAβ1-42と13CAβ1-42の両方で同じであるため、ネイティブAβ1-42プロダクトイオンのために示します。

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Absolute Quantification of A&#946;1-42 in CSF Using a Mass Spectrometric Reference Measurement Procedure

A reference measurement procedure for the absolute quantification of A&#946;1-42 in human CSF based on solid-phase extraction and liquid chromatography tandem mass spectrometry is described.

Aβの絶対定量<sub&gt; 1-42</sub&gt; CSFに質量分析リファレンス測定手順を使用して

Alzheimer's disease (AD) is the most common neurodegenerative disease among the elderly and accounts for 60-80% of all cases of dementia. Currently, the ...

absolute-quantification-a1-42-csf-using-mass-spectrometric-reference

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Medicine

7.5K ビュー.  The Sahlgrenska Academy at University of Gothenburg, Sahlgrenska University Hospital. A reference measurement procedure for the absolute quantification of Aβ1-42 in human CSF based on solid-phase extraction and liquid chromatography tandem mass spectrometry is described.

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Magnetic Resonance Imaging Quantification of Pulmonary Perfusion using Calibrated Arterial Spin Labeling

This demonstrates a MR imaging method to measure the spatial distribution of pulmonary blood flow in healthy subjects 
during normoxia (inspired O2, fraction (FIO2) = 0.21) hypoxia (FIO2 = 0.125), and hyperoxia 
(FIO2 = 1.00). In addition, the physiological responses of the subject are monitored in the MR scan environment. MR images 
were obtained on a 1.5 T GE MRI scanner during a breath hold from a sagittal slice in the right lung at functional residual capacity. An arterial 
spin labeling sequence (ASL-FAIRER) was used to measure the spatial distribution of pulmonary blood flow 1,2 and a multi-echo fast 
gradient echo (mGRE) sequence 3 was used to quantify the regional proton (i.e. H2O) density, allowing the quantification 
of density-normalized perfusion for each voxel (milliliters blood per minute per gram lung tissue). 
With a pneumatic switching valve and facemask equipped with a 2-way non-rebreathing valve, different oxygen concentrations 
were introduced to the subject in the MR scanner through the inspired gas tubing. A metabolic cart collected expiratory gas via expiratory tubing. Mixed expiratory O2 and CO2 concentrations, oxygen consumption, carbon dioxide production, respiratory exchange ratio, 
respiratory frequency and tidal volume were measured. Heart rate and oxygen saturation were monitored using pulse-oximetry. 
Data obtained from a normal subject showed that, as expected, heart rate was higher in hypoxia (60 bpm) than during normoxia (51) or hyperoxia (50) and the arterial oxygen saturation (SpO2) was reduced during hypoxia to 86%. Mean ventilation was 8.31 L/min BTPS during hypoxia, 7.04 L/min during normoxia, and 6.64 L/min during hyperoxia. Tidal volume was 0.76 L during hypoxia, 0.69 L during normoxia, and 0.67 L during hyperoxia. 
Representative quantified ASL data showed that the mean density normalized perfusion was 8.86 ml/min/g during hypoxia, 8.26 ml/min/g during normoxia and 8.46 ml/min/g during hyperoxia, respectively. In this subject, the relative dispersion4, an index of global heterogeneity, was increased in hypoxia (1.07 during hypoxia, 0.85 during normoxia, and 0.87 during hyperoxia) while the fractal dimension (Ds), another index of heterogeneity reflecting vascular branching structure, was unchanged (1.24 during hypoxia, 1.26 during normoxia, and 1.26 during hyperoxia). 
Overview. This protocol will demonstrate the acquisition of data to measure the distribution of pulmonary perfusion noninvasively under conditions of normoxia, hypoxia, and hyperoxia using a magnetic resonance imaging technique known as arterial spin labeling (ASL). 
Rationale: Measurement of pulmonary blood flow and lung proton density using MR technique offers high spatial resolution images which can be quantified and the ability to perform repeated measurements under several different physiological conditions. In human studies, PET, SPECT, and CT are commonly used as the alternative techniques. However, these techniques involve exposure to ionizing radiation, and thus are not suitable for repeated measurements in human subjects.

A MR imaging method to study the distribution of pulmonary blood flow under a variety of physiological conditions, in this case exposure to three different inspired oxygen concentrations: hypoxia, normoxia, and hyperoxia, is described. This technique utilizes human pulmonary physiology research techniques in an MR scanning environment.

キャリブレーション動脈スピンラベリングを用いた肺血流の磁気共鳴イメージングの定量化

This demonstrates a MR imaging method to measure the spatial distribution of pulmonary blood flow in healthy subjects 
during normoxia (inspired O2, ...

医学

Segmentation and Measurement of Fat Volumes in Murine Obesity Models Using X-ray Computed Tomography

Obesity is associated with increased morbidity and mortality as well as reduced metrics in quality of life.1 Both environmental and genetic factors are associated with obesity, though the precise underlying mechanisms that contribute to the disease are currently being delineated.2,3 Several small animal models of obesity have been developed and are employed in a variety of studies.4 A critical component to these experiments involves the collection of regional and/or total animal fat content data under varied conditions.
Traditional experimental methods available for measuring fat content in small animal models of obesity include invasive (e.g. ex vivo measurement of fat deposits) and non-invasive (e.g. Dual Energy X-ray Absorptiometry (DEXA), or Magnetic Resonance (MR)) protocols, each of which presents relative trade-offs. Current invasive methods for measuring fat content may provide details for organ and region specific fat distribution, but sacrificing the subjects will preclude longitudinal assessments. Conversely, current non-invasive strategies provide limited details for organ and region specific fat distribution, but enable valuable longitudinal assessment. With the advent of dedicated small animal X-ray computed tomography (CT) systems and customized analytical procedures, both organ and region specific analysis of fat distribution and longitudinal profiling may be possible. Recent reports have validated the use of CT for in vivo longitudinal imaging of adiposity in living mice.5,6 Here we provide a modified method that allows for fat/total volume measurement, analysis and visualization utilizing the Carestream Molecular Imaging Albira CT system in conjunction with PMOD and Volview software packages.

Fat content analysis is routinely conducted in studies utilizing murine obesity models. Emerging methods in small animal CT imaging and analysis are providing for longitudinal detail rich fat content analysis. Here we detail step by step procedures for performing small animal CT imaging, analysis, and visualization.

X線CTを用いたマウス肥満モデルにおけるセグメンテーションおよびFATボリュームの測定

Obesity is associated with increased morbidity and mortality as well as reduced metrics in quality of life.1 Both environmental and genetic factors are ...

Epidural Intracranial Pressure Measurement in Rats Using a Fiber-optic Pressure Transducer

Elevated intracranial pressure (ICP) is a significant problem in several forms of ischemic brain injury including stroke, traumatic brain injury and cardiac arrest. This elevation may result in further neurological injury, in the form of transtentorial herniation1,2,3,4, midbrain compression, neurological deficit or increased cerebral infarct2,4. Current therapies are often inadequate to control elevated ICP in the clinical setting5,6,7 . Thus there is a need for accurate methods of ICP measurement in animal models to further our understanding of the basic mechanisms and to develop new treatments for elevated ICP.
In both the clinical and experimental setting ICP cannot be estimated without direct measurement. Several methods of ICP catheter insertion currently exist. Of these the intraventricular catheter has become the clinical 'gold standard' of ICP measurement in humans8. This method involves the partial removal of skull and the instrumentation of the catheter through brain tissue. Consequently, intraventricular catheters have an infection rate of 6-11%9. For this reason, subdural and epidural cannulations have become the preferred methods in animal models of ischemic injury. 
Various ICP measurement techniques have been adapted for animal models, and of these, fluid-filled telemetry catheters10 and solid state catheters are the most frequently used11,12,13,14,15. The fluid-filled systems are prone to developing air bubbles in the line, resulting in false ICP readings. Solid state probes avoid this problem (Figure 1). An additional problem is fitting catheters under the skull or into the ventricles without causing any brain injury that might alter the experimental outcomes. Therefore, we have developed a method that places an ICP catheter contiguous with the epidural space, but avoids the need to insert it between skull and brain. 
An optic fibre pressure catheter (420LP, SAMBA Sensors, Sweden) was used to measure ICP at the epidural location because the location of the pressure sensor (at the very tip of the catheter) was found to produce a high fidelity ICP signal in this model. There are other manufacturers of similar optic fibre technologies13 that may be used with our methodology. Alternative solid state catheters, which have the pressure sensor located at the side of the catheter tip, would not be appropriate for this model as the signal would be dampened by the presence of the monitoring screw. 
Here, we present a relatively simple and accurate method to measure ICP. This method can be used across a wide range of ICP related animal models.

A novel technique to record the pressures within the skull is described. The minimally invasive method uses a fibre-optic pressure sensing system to accurately measure intracranial pressure (ICP) in anaesthetized rats without causing significant brain trauma. The technique may be used in a wide range of experimental models.

光ファイバ圧力トランスデューサを使用したラットの硬膜外頭蓋内圧測定

Elevated intracranial pressure (ICP) is a significant problem in several forms of ischemic brain injury including stroke, traumatic brain injury and ...

Quantification of Breast Cancer Cell Invasiveness Using a Three-dimensional (3D) Model

It is now well known that the cellular and tissue microenvironment are critical regulators influencing tumor initiation and progression. Moreover, the extracellular matrix (ECM) has been demonstrated to be a critical regulator of cell behavior in culture and homeostasis in vivo. The current approach of culturing cells on two-dimensional (2D), plastic surfaces results in the disturbance and loss of complex interactions between cells and their microenvironment. Through the use of three-dimensional (3D) culture assays, the conditions for cell-microenvironment interaction are established resembling the in vivo microenvironment. This article provides a detailed methodology to grow breast cancer cells in a 3D basement membrane protein matrix, exemplifying the potential of 3D culture in the assessment of cell invasion into the surrounding environment. In addition, we discuss how these 3D assays have the potential to examine the loss of signaling molecules that regulate epithelial morphology by immunostaining procedures. These studies aid to identify important mechanistic details into the processes regulating invasion, required for the spread of breast cancer.

Quantification of Breast Cancer Cell Invasiveness Using a Three-dimensional 3D Model

This article provides detailed methodologies for the use of three-dimensional (3D) assays to quantify breast cancer cell invasion. Specifically, we discuss the procedures required to set up such assays, quantification, and data analysis, as well as methods to examine the loss of membrane integrity that occurs when cells invade.

3次元（3D）モデルを用いた乳癌細胞浸潤の定量化

It is now well known that the cellular and tissue microenvironment are critical regulators influencing tumor initiation and progression. Moreover, the ...

Quantification of the Immunosuppressant Tacrolimus on Dried Blood Spots Using LC-MS/MS

The calcineurin inhibitor tacrolimus is the cornerstone of most immunosuppressive treatment protocols after solid organ transplantation in the United States. Tacrolimus is a narrow therapeutic index drug and as such requires therapeutic drug monitoring and dose adjustment based on its whole blood trough concentrations. To facilitate home therapeutic drug and adherence monitoring, the collection of dried blood spots is an attractive concept. After a finger stick, the patient collects a blood drop on filter paper at home. After the blood is dried, it is mailed to the analytical laboratory where tacrolimus is quantified using high-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (HPLC-MS/MS) in combination with a simple manual protein precipitation step and online column extraction.
For tacrolimus analysis, a 6-mm disc is punched from the saturated center of the blood spot. The blood spot is homogenized using a bullet blender and then proteins are precipitated with methanol/0.2 M ZnSO4 containing the internal standard D2,13C-tacrolimus. After vortexing and centrifugation, 100 &#181;l of supernatant is injected into an online extraction column and washed with 5 ml/min of 0.1 formic acid/acetonitrile (7:3, v:v) for 1 min. Hereafter, the switching valve is activated and the analytes are back-flushed onto the analytical column (and separated using a 0.1% formic acid/acetonitrile gradient). Tacrolimus is quantified in the positive multi reaction mode (MRM) using a tandem mass spectrometer.
The assay is linear from 1 to 50 ng/ml. Inter-assay variability (3.6%-6.1%) and accuracy (91.7%-101.6%) as assessed over 20 days meet acceptance criteria. Average extraction recovery is 95.5%. There are no relevant carry-over, matrix interferences and matrix effects. Tacrolimus is stable in dried blood spots at RT and at +4 &#176;C for 1 week. Extracted samples in the autosampler are stable at +4 &#176;C for at least 72 hr.

Here we describe a high-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry (HPLC-MS/MS) assay to quantify the immunosuppressant tacrolimus in dried blood spots using a simple manual protein precipitation step and online column extraction.

LC-MS / MSを用いて乾燥血液スポット上で免疫抑制タクロリムスの定量化

The calcineurin inhibitor tacrolimus is the cornerstone of most immunosuppressive treatment protocols after solid organ transplantation in the United ...

Quantitative Mass Spectrometric Profiling of Cancer-cell Proteomes Derived From Liquid and Solid Tumors

In-depth analyses of cancer cell proteomes are needed to elucidate oncogenic pathomechanisms, as well as to identify potential drug targets and diagnostic biomarkers. However, methods for quantitative proteomic characterization of patient-derived tumors and in particular their cellular subpopulations are largely lacking. Here we describe an experimental set-up that allows quantitative analysis of proteomes of cancer cell subpopulations derived from either liquid or solid tumors. This is achieved by combining cellular enrichment strategies with quantitative Super-SILAC-based mass spectrometry followed by bioinformatic data analysis. To enrich specific cellular subsets, liquid tumors are first immunophenotyped by flow cytometry followed by FACS-sorting; for solid tumors, laser-capture microdissection is used to purify specific cellular subpopulations. In a second step, proteins are extracted from the purified cells and subsequently combined with a tumor-specific, SILAC-labeled spike-in standard that enables protein quantification. The resulting protein mixture is subjected to either gel electrophoresis or Filter Aided Sample Preparation (FASP) followed by tryptic digestion. Finally, tryptic peptides are analyzed using a hybrid quadrupole-orbitrap mass spectrometer, and the data obtained are processed with bioinformatic software suites including MaxQuant. By means of the workflow presented here, up to 8,000 proteins can be identified and quantified in patient-derived samples, and the resulting protein expression profiles can be compared among patients to identify diagnostic proteomic signatures or potential drug targets.

In-depth analyses of cancer cell proteomes facilitate identification of novel drug targets and diagnostic biomarkers. We describe an experimental workflow for quantitative analysis of (phospho-)proteomes in cancer cell subpopulations derived from liquid and solid tumors. This is achieved by combining cellular enrichment strategies with quantitative Super-SILAC-based mass spectrometry.

液体および固形腫瘍由来の癌細胞のプロテオームの定量的質量分析プロファイリング

In-depth analyses of cancer cell proteomes are needed to elucidate oncogenic pathomechanisms, as well as to identify potential drug targets and diagnostic ...

Network Analysis of Foramen Ovale Electrode Recordings in Drug-resistant Temporal Lobe Epilepsy Patients

Approximately 30% of epilepsy patients are refractory to antiepileptic drugs. In these cases, surgery is the only alternative to eliminate/control seizures. However, a significant minority of patients continues to exhibit post-operative seizures, even in those cases in which the suspected source of seizures has been correctly localized and resected. The protocol presented here combines a clinical procedure routinely employed during the pre-operative evaluation of temporal lobe epilepsy (TLE) patients with a novel technique for network analysis. The method allows for the evaluation of the temporal evolution of mesial network parameters. The bilateral insertion of foramen ovale electrodes (FOE) into the ambient cistern simultaneously records electrocortical activity at several mesial areas in the temporal lobe. Furthermore, network methodology applied to the recorded time series tracks the temporal evolution of the mesial networks both interictally and during the seizures. In this way, the presented protocol offers a unique way to visualize and quantify measures that considers the relationships between several mesial areas instead of a single area.

This protocol describes a procedure to track the evolution of mesial network measures in temporal lobe epilepsy (TLE) patients. It is based on the combination of intracranial recordings with a novel numerical technique for data analysis. Specifically, we present a protocol for network analyses of foramen ovale recordings.

薬剤耐性側頭葉てんかん患者における孔開存電極レコーディングのネットワーク解析

Approximately 30% of epilepsy patients are refractory to antiepileptic drugs. In these cases, surgery is the only alternative to eliminate/control ...

Spatial Quantification of Drugs in Pulmonary Tuberculosis Lesions by Laser Capture Microdissection Liquid Chromatography Mass Spectrometry (LCM-LC/MS)

Tuberculosis is still a leading cause of morbidity and mortality worldwide. Improvements to existing drug regimens and the development of novel therapeutics are urgently required. The ability of dosed TB drugs to reach and sterilize bacteria within poorly-vascularized necrotic regions (caseum) of pulmonary granulomas is crucial for successful therapeutic intervention. Effective therapeutic regimens must therefore contain drugs with favorable caseum penetration properties. Current LC/MS methods for quantifying drug levels in biological tissues have limited spatial resolution capabilities, making it difficult to accurately determine absolute drug concentrations within small tissue compartments such as those found within necrotic granulomas. Here we present a protocol combining laser capture microdissection (LCM) of pathologically-distinct tissue regions with LC/MS quantification. This technique provides absolute quantification of drugs within granuloma caseum, surrounding cellular lesion and uninvolved lung tissue and, therefore, accurately determines whether bactericidal concentrations are being achieved. In addition to tuberculosis research, the technique has many potential applications for spatially-resolved quantification of drugs in diseased tissues.

Spatial Quantification of Drugs in Pulmonary Tuberculosis Lesions by Laser Capture Microdissection Liquid Chromatography Mass Spectrometry LCM-LC/MS

Here, we describe a protocol using laser capture microdissection coupled with LC/MS analysis to spatially-quantify drug distributions within pulmonary tuberculosis granulomas. The approach has broad applicability to quantifying drug concentrations within tissues at high spatial detail.

レーザーによる肺の結核病変における薬物の空間の定量化をキャプチャ レーザーマイクロダイ セクション液体クロマトグラフィー質量分析法 (LCM-LC/MS)

Tuberculosis is still a leading cause of morbidity and mortality worldwide. Improvements to existing drug regimens and the development of novel ...

Measurement of Carotenoids in Perifovea using the Macular Pigment Reflectometer

The macular pigment reflectometer (MPR) objectively measures the overall macular pigment optical density (MPOD) and further provides the lutein optical density (L-OD) and zeaxanthin optical density (Z-OD) in the central 1 degree of the fovea. A modification of the technique was developed to evaluate in vivo carotenoid density eccentric to the fovea. An adjustable track system with red LED lights was placed 6.1 m away from the participant to facilitate ocular fixation. Lights were spaced appropriately to create increments of 1 degree retinal disparity during the reflectometry measurements. All reflectometry measurements were obtained with pupillary dilation. The mean MPR-MPOD value for the central measurement was 0.593 (SD 0.161) with an L-OD to Z-OD ratio of 1:2.61. The MPR-MPOD value at 1 degree was 0.248 and the mean MPR-MPOD value at 2 degrees in the parafoveal region was 0.143. The L-OD to Z-OD ratio at 1 degree and 2 degrees off center was 1.38:1.0 and 2.08:1.0, respectively. The results demonstrate that MPOD measurements obtained using the MPR decrease as a function of retinal eccentricity and that there is a higher concentration of zeaxanthin centrally compared to lutein. The L-OD to Z-OD ratio changes with foveal eccentricity, with twice more lutein than zeaxanthin at 2 degrees off center. Our technique successfully provides a quick in vivo method for the measurement of macular pigment optical density at various foveal eccentricities. The results agree with prior published in vivo and in vitro xanthophyll carotenoid density distribution measurements.

We present a protocol to determine the levels of overall macular pigment, lutein, and zeaxanthin optical density in the central and parafoveal regions of the retina. The protocol includes a novel adjustable track system used to measure macular pigment optical density in the foveal eccentricity.

黄斑顔料反射計を用いたペリフェアにおけるカロテノイドの測定

The macular pigment reflectometer (MPR) objectively measures the overall macular pigment optical density (MPOD) and further provides the lutein optical ...

Using an Automated Hirschberg Test App to Evaluate Ocular Alignment

A smartphone app has been developed to perform the automated photographic Hirschberg test for objective measurement of ocular misalignment. By computing the difference in corneal reflection generated by the phone camera flash relative to the iris center based on high resolution images, the app can measure misalignment with a much higher precision than the naked eye performing the Hirschberg test. It has been validated in a previous clinical evaluation study by comparing to the clinical gold standard-prism and alternate cover test. The goal of this article is to describe the testing techniques regarding how to use the app to measure ocular alignment for different fixation distances, without or with cover to break fusion, as well as angle kappa, so that users can use the app to perform equivalent tests typically done in clinic using prisms.

We present a protocol of using a smartphone app to perform Hirschberg test for measuring manifest and intermittent ocular misalignment (strabismus) under near and far fixation conditions.

自動ヒルシュベルクテストアプリを使用した眼のアライメントの評価

A smartphone app has been developed to perform the automated photographic Hirschberg test for objective measurement of ocular misalignment. By computing ...