New Hampshire-INBREの支援を受け、NIHの全米医科学研究所の施設開発賞（IDeA）、P20GM103506によって支援されました。

注：各アッセイの時間の考慮事項は、個々の培地調製が異なる時間を必要とするために行う必要があります。例えば、固体寒天プレート培地は、十分に冷やして乾燥させるべきである（1~2日）。追加の時間の考慮（ すなわち、単一コロニーおよび一晩の培養増殖）は、各プロトコルの下で特定され、 表2に見られる。 1.メディアの準備<ol><li> 1×リン酸緩衝食塩水（PBS） <ol><li> 4.0gのNaCl、0.1gのKCl、0.72gのNa 2 HPO 4 、および0.12gのKH 2 PO 4を秤量する。成分を1Lエルレンマイヤーフラスコ中で混合し、脱イオン水で容量を500mLに調整し、pH計を用いてpHを7.2に調整し、HClを溶液に滴下し、0.22μmフィルターを用いてオートクレーブまたはフィルターで滅菌する。 1x PBSは室温で無期限に保存できます。 注意：HClは濃酸ですので、施設、地方、州、および連邦の規制に適用されます。適切な取り扱いガイドラインについては、製造元が提供する安全性データシートを参照してください。 </li></ol></li><li> Luria-Bertani（LB）ブロス <ol><li> 5.0gのトリプトン、2.5gの酵母エキス、および2.5gのNaClを計量する。構成成分を1Lボトルに混合し、脱イオン水、オートクレーブで容量を500mLに調整し、室温で最大6ヶ月間保存する。古典的なバイオタイプ毒性誘発条件については、オートクレーブする前にHClを用いてpHを6.5に調整する。 </li></ol></li><li> 0.03％（w / v）のNaHCO 3を含有するAKI培地 <ol><li>成分1（AKI培地）について：ペプトン7.5g、酵母エキス2.0g、NaCl 2.5gを計量する。構成成分を1Lボトルに混合し、脱イオン水およびオートクレーブで容量を450mLに調整する。 AKI培地は、室温で最大6ヶ月間保存することができます。 </li><li>成分2（NaHCO 3 ）の場合：1.5gのNaHCO 3を秤量し、滅菌ベシクル中の脱イオン水で50mLに希釈する。 0.22μmフィルターを使用してNaHCO 3を濾過滅菌する。 NaHCO 3は、使用直前に調製しなければならない。 </li><li>使用前にコンポーネント2をコンポーネント1にフィルタリングすることにより、1：10の比率を作成する2つのコンポーネントを無作為に組み合わせます。 </li></ol></li><li> Luria-Bertani（LB）寒天プレート <ol><li> 5.0gのトリプトン、2.5gの酵母エキス、2.5gのNaCl、および7.5gの寒天を秤量する。成分を1Lエルレンマイヤーフラスコ中で混合し、脱イオン水、オートクレーブで容量を500mLに調整し、標準サイズの100mm×15mm滅菌ペトリ皿で調製する。メッキされた培地は、最大6ヵ月間プラスチックで包まれ、4℃で蓋の上に保管されます。 </li></ol></li><li> ポリミキシンBを補充したLB寒天プレート <ol><li>成分1（LB寒天）の場合：5.0gのトリプトン、2.5gの酵母エキス、2.5gのNaCl、および7.5gの寒天を秤量する。成分を1Lエルレンマイヤーフラスコに混合し、容量を500mLに調整する脱イオン水およびオートクレーブに入れた。 </li><li>成分2（ポリミキシンB）の場合：ポリミキシンBを脱イオン水に滅菌2 mL微量遠心チューブで50,000 IU /μLの濃度で溶解し、0.22μmフィルターを使用してフィルター滅菌する。 </li><li>成分1が触ってもまだ凝固していないが、凝固していない場合は、無菌的に成分2に500μLを加えて最終濃度50IU /μLとし、完全に混合する。混合寒天培地をペトリ皿に注ぐことにより、標準サイズの100mm×15mmの滅菌ペトリ皿で調製する。メッキされた培地は、3ヵ月まではプラスチックで包まれ、4℃では蓋の上に保管されます。 </li></ol></li><li> 最小クエン酸培地寒天培地 <ol><li>成分1（ブロモチモールブルーを含む寒天）：7.5gの寒天と0.02gのブロモチモールブルーを計量する。成分を1Lエルレンマイヤーフラスコ中で混合し、脱イオン水で容量を450mLに調整し、混合物をオートクレーブする。 </li><li>コンポーネント2（10x VBMM）の場合：10.06gのMgSO 4・ 7H 2 O、10.0gのクエン酸H 2 O、50.0gの無水K 2 HPO 4 、および17.5gのNaNH 4 HPO 4・ 4H 2 Oを含む.1L三角フラスコ中の成分を合わせ、500mL 0.22μmのフィルターを用いて脱イオン水およびオートクレーブまたはフィルターで滅菌する。 10x VBMMは室温で6ヶ月まで保存できます。 </li><li>成分1に50mgの成分2を添加し、混合寒天培地をペトリ皿に注ぐことにより、標準サイズの100mm×15mm滅菌ペトリ皿で調製する。メッキされた培地は、最大6ヵ月間プラスチックで包まれ、4℃で蓋の上に保管されます。 </li></ol></li><li> ミルク寒天プレート <ol><li>構成成分1（ミルク）の場合：1リットル三角フラスコ中で脱脂粉乳8.0gを秤量し、脱イオン水およびオートクレーブで容量を200mLに調整する。 </li><li>成分2（脳心臓注入を伴う寒天）：脳心臓注入物3.68gおよび寒天6.0gを秤量する。コンバインド500 mLの三角フラスコに入れ、脱イオン水とオートクレーブで容量を200 mLに調整する。 </li><li>オートクレーブ後、成分2を成分1に注ぎ、2つの成分を混合し、完全に混合する。 150mm×15mmの無菌ペトリ皿で調製する。ミルクプレートは、プラスチックで包まれた1週間まで保存することができ、リッド側は4℃で保存することができます。混合寒天培地をペトリ皿に注ぐことにより、150mm×15mmの無菌ペトリ皿で調製する。 </li></ol></li><li> 運動性寒天プレート <ol><li>成分1（LB寒天）について：5.0gのトリプトン、2.5gの酵母抽出物、2.5gのNaCl、および2.0gの寒天を秤量する。成分を1Lエルレンマイヤーフラスコに入れ、脱イオン水とオートクレーブで容量を500mLに調整する。 </li><li>成分2（1％（w / v）塩化トリフェニルテトラゾリウム; TTC）：0.25gのTTCを秤量する。滅菌ベシクル内の脱イオン水で25 mLに調整し、0.22μmフィルターを使用してフィルターを滅菌します。室温で6ヶ月間保管してください光の暴露を最小限にするために箔で覆われています。 </li><li> 2.5mLの1％（w / v）滅菌TTCをオートクレーブした培地に加える。 </li><li>大150 mm×15 mmの滅菌ペトリ皿に培地をできるだけ厚く（≧50 mL /プレート）注ぎます。メッキされた培地は、1週間までプラスチックに包まれ、4℃で蓋が上になるように保管することができます。混合寒天培地をペトリ皿に注ぐことにより、150mm×15mmの無菌ペトリ皿で調製する。 </li></ol></li><li> ヴォーグ・プロスカウアー（VP） <ol><li>成分1（Methyl Red-Voges-Proskauer broth; MR-VP）：500mLの三角フラスコ中で1.7gのMR-VP培地を秤量し、脱イオン水およびオートクレーブで100mLに調整する。無菌MR-VPブイヨンは、室温で最大6ヶ月間保存することができます。 </li><li>成分2（5％（w / v）アルファ（α）ナフトール）：滅菌ベシクル中で1.0gのα-ナフトールを秤量し、95％エタノールで20mLに調整する。 α-ナフトールは、光を最小限に抑えるために、ホイルで包んだ最長1週間室温で保存することができますオスレ。 </li><li>成分3（40％（w / v）水酸化カリウム; KOH）：滅菌ベシクル中で20.0gのKOHを秤量し、滅菌脱イオン水で50mLに調整する。 KOHはプラスチック容器内で室温で6ヶ月まで保存することができます。 </li></ol></li></ol> 2. Vの維持と成長コレラ菌株<ol><li> 凍結ストック培養物の調製および使用 <ol><li>滅菌2 mL微量遠心管内で遠心分離（≧8,600 xg）により2分間、1.8 mLの液体一晩培養し、上清を除去し、新鮮なLBブロス900μLにピペットで再懸濁する。 </li><li>滅菌60％（v / v）グリセロール900μLを培養液に加え、ボルテックスで混合する。 </li><li>混合物を滅菌2 mL極低温チューブに移し、無期限に-80°Cで保存します。 </li><li>使用するには、滅菌接種ループを使用して少量の凍結ストックを除去し、LB agarプレート。培養物が完全に解凍するのを防ぐため、使用後は直ちに凍結保存液を-80℃に戻します。 37℃で12〜16時間、プレートの蓋を下にしてインキュベートする。 </li></ol></li><li> 液体培地中での一夜培養の増殖 <ol><li>凍結ストックからLB寒天プレート上への単一コロニー（セクション2.1.4による）についてのストリーク。 37℃で12〜16時間、プレートの蓋を下にしてインキュベートする。 </li><li>無菌のアプリケータースティックで単一のコロニーの表面に触れ、コロニーを液体ブロスに移すことによって、単一のコロニーを有する滅菌10mL培養チューブ中に液体LBブロス4mLを接種する。 </li><li> 37℃で12〜16時間、225rpmでのシェーカーインキュベーター中での通気によりインキュベートする。 </li></ol></li><li> 成長曲線 <ol><li>プロトコール2.2に記載されているように、液体LB培地で一晩培養します。 </li><li> 250μLの一晩培養液を2に移すことによって一晩培養物を1：100に希釈する滅菌250mL三角フラスコ中の5mLの新鮮なLBブロス。 </li><li>接種時（T 0 ）に開始する毎時600nm （OD 600 ）の液体培養物の光学密度を測定する。 </li><li> 37℃で30時間まで225rpmのシェーカーインキュベーター中で、または培養物が最大密度に達するまで、1：100希釈の一晩培養物をインキュベートする。 </li><li> OD 600対時間をグラフ化し、線形回帰を使用して各株のおよそ2倍の時間を決定する。 </li></ol></li><li> El Tor Biotype毒性誘導条件 <ol><li>凍結ストックからLB寒天プレート上への単一コロニーの連鎖。 37℃で12〜16時間、プレートの蓋を下にしてインキュベートする。 </li><li> 0.03％（w / v）のNaHCO 3を含む10mLのAKI培地に単一のコロニーを接種する。 </li><li>通気せずに37℃で3.5時間培養物をインキュベートする。 </li><li> 7 mLの培養液を除去し、残りの3 mLの培養液をインキュベートする。さらに4時間225rpmでシェーカーインキュベーター内で通気させる。 </li></ol></li><li> 古典的なバイオタイプの病原性誘導条件 <ol><li>凍結ストックからLB寒天プレート上への単一コロニーの連鎖。 37℃で12〜16時間、プレートの蓋を下にしてインキュベートする。 </li><li>単一のコロニーを有する4mL液体LBブロス（pH6.5）を接種する。 </li><li> 30℃で12〜16時間225rpmでシェーカーインキュベーター中で通気してインキュベートする。 </li></ol></li><li> 1×PBS中で細胞ペレットを洗浄する <ol><li>滅菌2 mL微量遠心管内で遠心分離（≧8,600 xg）により2分間、1.8 mLの一晩培養し、ピペットを用いて上清を除去する。ピペッティングにより1.8mLの1×PBS中で細胞ペレットを再懸濁する。 </li><li>洗浄手順を3回繰り返した後、1.8mLの1×PBSで最終的に再懸濁する。 </li></ol></li></ol> 3. Vのキャラクタリゼーション。 コレラバイオタイプ<ol><li> PctxBおよびtcpAを用いたCRベースの遺伝的スクリーニング<ol><li> ctxBおよびtcpAの翻訳開始および停止部位の上流および下流にそれぞれ約50〜70bpをアニールするプライマーセットを設計する。 </li><li>プロトコール2.2に記載されているように、液体LB培地で一晩培養します。 </li><li>グラム陰性細菌用に設計された市販のキットを用いて染色体DNAを単離する。精製された染色体DNAは、-20℃で無期限に保存することができます。市販のキットを用いた染色体DNA単離は、一般に約4時間かかる。 </li><li>微量分光光度計を使用して、染色体DNAサンプルが高品質であることを確認します（A 260/280 &gt; 1.8）。 </li><li>各染色体DNA単離物について、滅菌200μLPCRチューブ中で氷上でポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を行い、標準PCR成分を用いてctxBおよびtcpAの領域を増幅する： Taqポリメラーゼおよびbuffer（または等価物）、dNTP溶液、およびフォワード/リバースプライマーを含む。標準的なPCRパラメータを使用する（約3時間）。たとえば、次のプロトコルを使用します。 <ol><li> 95℃で120秒間の初期変性。 </li><li> 95℃で60秒間変性させる。 </li><li> 60℃で45秒間アニールプライマー。 </li><li> 72℃で90秒間伸長する。 </li><li>手順3.1.5.2〜3.1.5.4を34サイクル繰り返します。 </li><li>最終伸長は72℃で600秒。 </li><li> 4℃で無限に保持する。 </li></ol></li><li>標準的な6×DNAゲルローディング色素を用いて5μLのそれぞれのPCR産物を染色し、1×トリス - ボレート-EDTA（TBE）中の1％アガロースゲル上に約10μLの1kbラダーおよび10μLのPCR産物を負荷する。バッファ。 </li><li>染料フロントがゲルの末端に到達するまで（130分）、130Vでゲル電気泳動を行う（約90分）。一定の監視は電圧として推奨され、実行時間は機器によって異なります。 </li><li>確認時期待されるサイズでのPCR増幅が成功したら、市販のDNAクリーン＆コンセントレーターキットを使用して残りの45μLPCR産物を精製する。 </li><li> PCR増幅に使用したのと同じプライマーを用いてPCR産物を精製し、局所シーケンシング施設のガイドラインに従って調製する。 </li><li>各単離物からの遺伝子配列のFASTAフォーマットと、NCBIウェブサイト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/）で入手可能な公開配列とを、検索クエリーボックス内の以下の受託番号を検索することによって比較する。 </li><li> ctxB ：VC0395_A1059からVC0395_A1060（El Tor）までの（古典的な）領域VC_1456 </li><li> tcpA ：（古典的）VC0395_A0353（エル・トール）VC_0828 </li></ol></li><li> スポッティングによる生物型分類のための表現型アッセイ <ol><li>プロトコール2.2に記載されているように、液体LB培地で一晩培養します。 </li><li>プロトコル2.6で指定されているように細胞ペレットを洗浄する。 </li><li>ピペットを使用して洗浄した培養液1μLをそれぞれの培地にスポットする。培地の選択およびインキュベーションの仕様については、表2を参照してください。 </li></ol></li><li> 運動性アッセイ <ol><li>プロトコール2.2に記載されているように、液体LBブロス中で一晩培養液を調製する。 </li><li>プロトコル2.6で指定されているように細胞ペレットを洗浄する。 </li><li>接種したスタブを洗浄した液体培養物に挿入し、培地中に垂直に「刺す」ことにより、運動性寒天プレートに接種する。各接種の間に、ブンゼンバーナーを用いてワイヤースタブを滅菌し、寒天を刺したら接種したスタブが曲がらないようにしてください。 </li><li> 37℃で14〜24時間、プレートの蓋を上にしてインキュベートする。 14時間後、運動性プレートを密接にモニターして、培養物の過剰増殖を防ぐ。 </li></ol></li><li> Voges-Proskauer（VP）アッセイ <ol><li>プロトコール2.2に記載されているように、液体LBブロス中で一晩培養液を調製する。 </li><li>接種4前もって調製した一晩培養物10μLを滅菌培養チューブ中の4mLのMR-VPブロス中にピペッティングし、シェーカー・インキュベーター中で225rpmで12〜16日間曝気してインキュベートすることにより、メチルレッド・ボージュ・プロスカウアー、 hで37℃でインキュベートした。 </li><li>滅菌培養管中でMR-VP一晩培養の1mLアリコートに5％（w / v）α-ナフトール150μLおよび40％（w / v）KOH50μLをそれぞれ添加する。 </li><li>短時間ボルテックスして、色の変化が生じるまで室温で4時間まで放置する。 </li></ol></li></ol>

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J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+cascade+controls+virulence+in+Vibrio+cholerae.">Regulatory cascade controls virulence in Vibrio cholerae.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88 (12), 5403-5407 (1991).</li><li>Kovacikova, G., Lin, W., Skorupski, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Duel+regulation+of+genes+involved+in+acetoin+biosynthesis+and+motility/biofilm+formation+by+the+virulence+activator+AphA+and+the+acetate-responsive+Lys-R+type+regulator+AlsR+in+Vibrio+cholerae.">Duel regulation of genes involved in acetoin biosynthesis and motility/biofilm formation by the virulence activator AphA and the acetate-responsive Lys-R type regulator AlsR in Vibrio cholerae.</a> Mol. Microbiol. 57 (2), 420-433 (2005).</li><li>Vogel, H. J., Bonner, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acetylornithinase+of+Escherechia+coli:+partial+purification+and+some+properties.">Acetylornithinase of Escherechia coli: partial purification and some properties.</a> J. Biol. Chem. 218 (1), 97-106 (1956).</li><li>Son, M. S., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+screens+and+biochemical+assays+to+characterize+Vibrio+cholerae+O1+biotypes:+classical+and+El+Tor.">Genetic screens and biochemical assays to characterize Vibrio cholerae O1 biotypes: classical and El Tor.</a> Curr. Protoc. Microbiol. , 6A.2.1-6A.2.17 (2011).</li><li>Kovacikova, G., Skorupski, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+virulence+gene+expression+in+Vibrio+cholerae+by+quorum+sensing:+HapR+functions+at+the+aphA+promoter.">Regulation of virulence gene expression in Vibrio cholerae by quorum sensing: HapR functions at the aphA promoter.</a> Mol. Microbiol. 46 (4), 1135-1147 (2002).</li><li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+prevalence+of+functional+quorum-sensing+systems+in+recently+emerged+Vibrio+cholerae+toxigenic+strains.">The prevalence of functional quorum-sensing systems in recently emerged Vibrio cholerae toxigenic strains.</a> Environ. Microbiol. Rep. 3 (2), 218-222 (2011).</li><li>Sanders, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aseptic+laboratory+techniques.">Aseptic laboratory techniques.</a> J. Vis. Exp. (63), e3064 (2012).</li><li>Martinez, R. M., Megli, C. J., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+laboratory+maintenance+of+Vibrio+cholerae.">Growth and laboratory maintenance of Vibrio cholerae.</a> Curr. Protoc. , 6A.1.1-6A.1.6 (2010).</li></ol>

著者は何も開示することはない。

200以上の識別されたVのうち、 コレラ血清型、O1およびO139のみが流行の可能性がある。 O1血清群は、古典的およびエル・トールという2つのバイオタイプに分類することができる。しかしながら、El Tor変異体13,17と呼ばれるハイブリッド株は、El Torバイオタイプの背景を有し、古典的な特徴8,9,10,11,12,13,14,15,16,17を有する。この原稿に記載されているプロトコルは?...

コレラ（Cholera）は、水生グラム陰性細菌であるコレラ菌（Vibrio cholerae）を含む汚染された食物または水の消費によって引き起こされる遠位小腸の病気である。 コレラの症状には、吐き気や制御不能な水様の下痢があり、重度の脱水症状につながり、適切に治療しなければ死に至る。 V。 コレラは、細胞表面リポ多糖O-抗原の構造に基づいて200を超える血清群に分けることができる。しかし、O1とO139の2つの血清群のみが、流行またはパンデミックの可能性1,2を示している。さらに、血清群O139は、主に東南アジア3、4に単離され、血清群O1は世界中に分布している。さらに、O1血清群は、2つの主なバイオタイプに分類することができる：クラシックおよびエル・トール。古典的なバイオタイプは、最初の6つのコレラパンデミック進行中の第七のパンデミックは、環境の古典的バイオタイプを世界的に置き換えたEl Torバイオタイプの結果である5,6,7 。最近、古典的およびエルトールバイオタイプ8,9,10,11,12,13,14,15,16,17の両方の顕著な特徴を含む株が生じており、以来、El Torバリアント13,17と呼ばれている。一部のEl Tor変異体は、以前に観察されたものよりも迅速かつ重度の疾患進行を伴って病原性能力の上昇を示しており、代理人の特定と疾病の予防と治療に対するより包括的なアプローチの必要性8,9,18。バイオタイプの同定は治療を即座に指示しないが、ワクチン開発および将来の治療剤のさらなる進歩は、バイオタイプの区別の恩恵を受ける可能性がある。 ここに記載された最初の一連のプロトコルは、研究者がVを適切に維持することを可能にする。実験室環境でのコレラ菌株。一貫性およびその後の分析には、バイオタイプに依存しない分離物のストック調製および増殖が必要である。しかし、病原性遺伝子発現を最適に誘導するためには、独立した生物型特異的培養技術が必要とされる19 。さらに、様々な遺伝的および生化学的アッセイのための準備がこの原稿に概説されている。 コレラトキシン（CT）と毒素が共存する（ V）の両方のバイオタイプにおいて、マスターレギュレーターToxTによって制御される2つの主要なビルレンス因子である。 コレラ O1血清群20 。 CTは、5つのCtxB 単一のCtxAサブユニットを取り囲むサブユニットであり、コレラに伴う急速な電解質損失を引き起こす。 TCPは、 tcpオペロン（ tcpABQCRDSTEF ）によってコードされるIV型線毛であり、遠位小腸の付着およびコロニー形成に関与する。 tcpAは、線毛8の構築に必須の個々のピリンサブユニットをコードするtcpオペロンの最初の遺伝子である。 ctxAの遺伝子配列は、古典型とEl Torのバイオタイプの間で完全に保存されていますが、 ctxBとtcpAは2つのバイオタイプで異なりますが、各バイオタイプ8内で保存されています。 ctxBは、2塩基posi以外のバイオタイプ間で完全に保存されている（115と203）。 El Torバイオタイプでは、チミンは塩基番号115および203に存在し、古典的なバイオタイプはこれらの塩基にシトシンを含む。 tcpAは、各バイオタイプ内で完全に保存されているが、バイオタイプ間の複数の塩基で異なる。これらの遺伝子の区別は、一次バイオタイプ同定マーカーとして役立ち、これらの部位を含むポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅産物の配列決定後、野生型（WT）古典的O395またはWT El Tor N16961と比較して、 CTおよびTCPの、それぞれ、 V. cholerae分離株における。 古典的およびEl Torバイオタイプ21,22,23の間の表現型の特徴を特徴付けるために、多数のプロトコルが開発されている。ポリミキシンBは、グラム陰性菌の外細胞膜の完全性を危うくするペプチド抗生物質であるテリアおよびポリミキシンB耐性は、ポリミキシンB耐性アッセイ21を介して視覚化することができる。クエン酸塩はクレブスサイクルの主要な基質であり、唯一の炭素源としてクエン酸塩を代謝する能力は、クエン酸代謝アッセイ22を用いて決定することができる。 hapR は、様々なプロモーター領域に結合し、遺伝子およびオペロンの発現を調節する、 V. cholerae、 HapRのグローバルレギュレーターおよびマスタークオラムセンシングレギュレーターをコードする24 。 V. choleraeのいくつかの病原性株は、 病原性遺伝子発現のこの密度依存的調節を失わせたhapR遺伝子に天然に存在するフレームシフト突然変異を有する24,25 。乳寒天培地を用いてHapR調節プロテアーゼ活性を測定することにより、研究者は、特定の単離物が機能的HapR 23を含むかどうかを同定することができる。ザ赤血球を溶解する溶血酵素を分泌する株の能力についての溶血アッセイ試験;血液寒天プレート23上に溶血の程度を視覚化することができる。運動性はしばしばコレラ菌の病原性に関連し、運動性寒天プレート23を用いて分析することができる。 Voges-Proskauerアッセイは、唯一の炭素源としてグルコースを発酵させ、副産物アセトイン21を産生する株の能力を試験する。 El Tor変異体の出現により、広範な遺伝子型スクリーニングなしに、およびVのバイオタイプバックグラウンドを推定する前に、任意の表現型アッセイの結果を予測することは困難である。 コレラ菌単離物の場合、アッセイ23のこのアセンブリを実施し、その結果を表2のような参照株と比較することが推奨される。 ここでは、一連のプロトコルを進めており、これらのプロトコルをまとめて使用していますVを特徴付けるためのより包括的なアプローチのための遺伝子型および表現型アッセイを提供する。 コレラバイオタイプ。さらに、我々は既知のVの遺伝子型と表現型の区別を述べた。 （WT古典的なO395、WT El Tor C6706、およびWT El Tor N16961; 表1 ）と比較して、コレラエルEl Tor変異体（MQ1795およびBAA-2163）を使用した。 El Tor変異体の出現は、以前に採用された単一アッセイバイオタイプの特徴付けプロトコルの信頼性に対する課題を提示した。しかしながら、この複数のアッセイ同定システムは、臨床的および環境的Vのより信頼性の高い特徴付けを可能にする。 コレラ分離株。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1403">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:367px;">1 kb DNA Ladder</td>
			<td style="width:183px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:171px;">N3232S</td>
			<td style="width:683px;">https://www.neb.com/products/n3232-1-kb-dna-ladder</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">60% Glycerol</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>356352</td>
			<td>http://www.emdmillipore.com/US/en/product/Glycerol%2C-Molecular-Biology-Grade---CAS-56-81-5---Calbiochem,EMD_BIO-356352</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Agar</td>
			<td>Becto, Dickinson and Co.</td>
			<td>214030</td>
			<td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=214030&#38;parentCategory=&#38;parentCategoryName=&#38;categoryId=&#38;categoryName=&#38;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D214030%26typeOfSearch%3DproductSearch</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Agar with brain-heart infusion</td>
			<td>Becto, Dickinson and Co.</td>
			<td>237500</td>
			<td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=237500&#38;parentCategory=&#38;parentCategoryName=&#38;categoryId=&#38;categoryName=&#38;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D237500%26typeOfSearch%3DproductSearch</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Agarose</td>
			<td>Peqlab</td>
			<td>732-2789</td>
			<td>https://de.vwr.com/store/catalog/product.jsp?catalog_number=732-2789&#38;_DARGS=/store/cms/de.vwr.com/de_DE/header_2016111711383215.jsp_AF&#38;_dynSessConf=1766917479792147141&#38;targetURL=/store/catalog/product.jsp%3Fcatalog_number%3D732-2789&#38;lastLanguage=en&#38;/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&#38;_D%3AcurrentLanguage=+&#38;currentLanguage=en&#38;_D%3AlastLanguage=+&#38;_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Anhydrous K2HPO4</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P288-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-dibasic-anhydrous-crystalline-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/p288500?searchHijack=true&#38;searchTerm=P288500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Blood Agar Plates</td>
			<td>Remel</td>
			<td>R01200</td>
			<td>Store at 4 &#176;C;&#160; http://www.remel.com/Catalog/Item.aspx?name=Blood+Agar</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Boric Acid</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A73-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/boric-acid-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/a73500?searchHijack=true&#38;searchTerm=A73500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Bromothymol Blue</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>B388-10</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/bromothymol-blue-certified-acs-fisher-chemical/b38810?searchHijack=true&#38;searchTerm=B38810&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cirtric acid &#183;H2O</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S72836-3</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/citric-acid-monohydrate-4/s728363#?keyword=s728363</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Deoxynucleotide (dNTP) Solution Kit</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>N0446S</td>
			<td>Store at -20 &#176;C;&#160; https://www.neb.com/products/n0446-deoxynucleotide-solutionset</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Disodium EDTA</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S311-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/ethylenediaminetetraacetic-acid-disodium-salt-dihydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-7/s311500?searchHijack=true&#38;searchTerm=S311500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DNA Clean &#38; Concentrator&#8482; -25 Kit</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>D4007</td>
			<td>http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-up/zymoclean-gel-dna-recovery-kit</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GelGreen Nucleic Acid Stain</td>
			<td>Biotium</td>
			<td>41005</td>
			<td>https://biotium.com/product/gelgreentm-nucleic-acid-gel-stain-10000x-in-water/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Genesys 10SUV-VIS Spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>840-208100</td>
			<td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/840-208100?ICID=search-840-208100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gentra Puregene Yeast/Bact. Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>158567</td>
			<td>https://www.qiagen.com/us/shop/sample-technologies/dna/dna-preparation/gentra-puregene-yeastbact-kit/#orderinginformation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A144-212</td>
			<td>Corrosive;&#160; https://www.fishersci.com/shop/products/hydrochloric-acid-certified-acs-plus-fisher-chemical-10/a144212?searchHijack=true&#38;searchTerm=A144212&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">KCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P217-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-4/p217500?searchHijack=true&#38;searchTerm=P217500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">KH2PO4</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P285-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-monobasic-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-5/p285500?searchHijack=true&#38;searchTerm=P285500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">KOH</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>P250-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-hydroxide-pellets-certified-acs-fisher-chemical-5/p250500?searchHijack=true&#38;searchTerm=P250500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Le Loop</td>
			<td>Decon Labs Inc.</td>
			<td>MP190-25</td>
			<td>http://deconlabs.com/products/leloop/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Le Stab</td>
			<td>Decon Labs Inc.</td>
			<td>MP186-5</td>
			<td>http://deconlabs.com/products/lestab/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MgSO4&#183;7H2O</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>M63-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/magnesium-sulfate-heptahydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-3/m63500?searchHijack=true&#38;searchTerm=M63500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mini-Sub Cell GT Horizontal Electrophoresis System</td>
			<td>Bio Rad Labs</td>
			<td>1704406</td>
			<td>http://www.bio-rad.com/en-us/product/mini-sub-cell-gt-cell?WT.srch=1&#38;WT.mc_id=aw-cbb-NA-sub_cell_systems_brand_gold&#38;WT.knsh_id=7eb1981f-a011-42a3-aece-1236ff453373</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MR-VP Broth</td>
			<td>Difco</td>
			<td>216300</td>
			<td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=216300&#38;parentCategory=&#38;parentCategoryName=&#38;categoryId=&#38;categoryName=&#38;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3Dmr-vp%2Bmedium%26typeOfSearch%3DproductSearch</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Na2HPO4</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S374-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-phosphate-dibasic-anhydrous-granular-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s374500?searchHijack=true&#38;searchTerm=S374500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NaCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S271-10</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/s27110?searchHijack=true&#38;searchTerm=S27110&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NaHCO3</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S233-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-bicarbonate-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s233500?searchHijack=true&#38;searchTerm=S233500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NaNH4HPO4&#183;4H2O</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S218-500</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-ammonium-phosphate-tetrahydrate-crystalline-certified-fisher-chemical/s218500?searchHijack=true&#38;searchTerm=S218500&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">NanoDrop Lite Spectrophtometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-LITE-PR</td>
			<td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-LITE-PR?ICID=search-ND-LITE-PR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nonfat dry milk</td>
			<td>Nestle Carnation</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Peptone</td>
			<td>Becto, Dickinson and Co.</td>
			<td>211677</td>
			<td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=211677&#38;parentCategory=&#38;parentCategoryName=&#38;categoryId=&#38;categoryName=&#38;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D211677%26typeOfSearch%3DproductSearch</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Petri Dishes (100 mm x 15 mm)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB0875712</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875712#?keyword=FB0875712</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Petri Dishes (150 mm x 15 mm)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB0875714</td>
			<td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875714?searchHijack=true&#38;searchTerm=FB0875714&#38;searchType=RAPID</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Polymyxin B sulfate salt</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P1004-10MU</td>
			<td>Store at 2-4 &#176;C; http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/p1004?lang=en&#38;region=US</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Taq DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0273S</td>
			<td>Store at -20 &#176;C; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Taq Reaction Buffer</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0273S</td>
			<td>Store at -20 &#176;C;&#160; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Thermal Cycler Bio-Rad C1000 Touch&#8482;&#160;</td>
			<td>Bio Rad Labs</td>
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		</tr>
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		</tr>
		<tr height="21">
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		</tr>
		<tr height="21">
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			<td>Becto, Dickinson and Co.</td>
			<td>212750</td>
			<td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=212750&#38;parentCategory=&#38;parentCategoryName=&#38;categoryId=&#38;categoryName=&#38;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D212750%26typeOfSearch%3DproductSearch</td>
		</tr>
		<tr height="21">
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		</tr>
	</tbody>
</table>

laboratory techniques used to maintain and differentiate biotypes of vibrio cholerae clinical and environmental isolates

水生グラム陰性菌であるビブリオ・コレラ（Vibrio cholerae）は、感染性胃腸疾患コレラの病原体である。この病気の世界的な有病率および重症度のために、 V 。 コレラは環境および実験室の環境の両方で広範に研究されており、適切な維持および培養技術が必要である。古典とエルトールは、 Vを構成する2つの主要なバイオタイプです。 コレラ菌 O1血清群であり、それぞれがバイオタイプの特徴付けのための信頼性のある機構を提供するユニークな遺伝子型および表現型特性を示し、培養条件を誘導する特異的ビルレンスを必要とする。所与の感染またはアウトブレイクの原因となる菌株のバイオタイプに関わらず、この疾患の標準的な治療には、抗生物質のレジメンを補充した再水和療法が含まれる。しかしながら、バイオタイプの分類は、実験室研究に必要であり、生物医学分野においてより広い影響を及ぼす可能性がある。2000年代初期には、古典的およびEl Torバイオタイプの両方からの遺伝子型および表現型形質を示す臨床分離株が同定された。 El Tor変異体と呼ばれる新しく同定されたハイブリッドは、従来の伝統的な単一アッセイ同定プロトコールよりも臨床的および環境的な分離生物型同定をより複雑にしている。 Vを記述することに加えて。 （ ctxBおよびtcpA ）PCRベースの遺伝子スクリーニングおよび表現型アッセイ（ポリミキシンB耐性、クエン酸代謝、タンパク質分解活性、溶血活性、運動性、およびグルコース代謝）を、Voges- Proskauerアッセイ）は、古典的なタイプとEl Torのバイオタイプを特徴付けるおよび/または区別するために集合的に使用された。一緒に、これらのアッセイは、代用品として、または加えて、特徴的な費用のかかる労働集約的実験に使用される効率的な体系的アプローチを提供するVの コレラ（臨床的および環境的）分離株。

任意の細菌株の適切な維持および使用のために、目的の株の倍加時間を知ることが推奨される。ここでは、一般に使用されるVの変化する成長速度が、 コレラ菌株は増殖曲線により示され、近似倍化時間は線形回帰を用いて計算された。 WT El Tor N16961およびEl Tor変異体MQ1795は、WT古典的O395（〜2時間）より短い倍加時間（それぞれ〜1時間および〜1時間）を...

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Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

この原稿は、一連の生化学的アッセイに加えて、適切なビブリオコレラ（Vibrio cholerae）の維持技術を説明し、臨床的および環境的V間の迅速かつ確実な区別のために集合的に利用される。 コレラバイオタイプは実験室環境で使用されます。

バイオタイプの維持と差別化に使用される実験技術<em&gt;コレラ（Vibrio cholerae）</em&gt;臨床分離株

The aquatic Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the etiological agent of the infectious gastrointestinal disease cholera. Due to the global ...

laboratory-techniques-used-to-maintain-differentiate-biotypes-vibrio

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

10.8K ビュー.  Plymouth State University. この原稿は、一連の生化学的アッセイに加えて、適切なビブリオコレラ（Vibrio cholerae）の維持技術を説明し、臨床的および環境的V間の迅速かつ確実な区別のために集合的に利用される。 コレラバイオタイプは実験室環境で使用されます。 

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Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence of novel viral pathogens, such as SARS coronavirus and 2009 pandemic H1N1 influenza virus, that are not detectable by traditional methods. To address these challenges, we have previously developed and validated a pan-viral microarray platform called the Virochip with the capacity to detect all known viruses as well as novel variants on the basis of conserved sequence homology1. Using the Virochip, we have identified the full spectrum of viruses associated with respiratory infections, including cases of unexplained critical illness in hospitalized patients, with a sensitivity equivalent to or superior to conventional clinical testing2-5. The Virochip has also been used to identify novel viruses, including the SARS coronavirus6,7, a novel rhinovirus clade5, XMRV (a retrovirus linked to prostate cancer)8, avian bornavirus (the cause of a wasting disease in parrots)9, and a novel cardiovirus in children with respiratory and diarrheal illness10. The current version of the Virochip has been ported to an Agilent microarray platform and consists of ~36,000 probes derived from over ~1,500 viruses in GenBank as of December of 2009. Here we demonstrate the steps involved in processing a Virochip assay from start to finish (~24 hour turnaround time), including sample nucleic acid extraction, PCR amplification using random primers, fluorescent dye incorporation, and microarray hybridization, scanning, and analysis.

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

The Virochip is a pan-viral microarray designed to simultaneously detect all known viruses as well as novel viruses on the basis of conserved sequence homology. Here we demonstrate how to run a Virochip assay to analyze clinical samples for the presence of both known and unknown viruses.

ウイルス性病原体のために臨床サンプルをスクリーニングするためにパンウイルスマイクロアレイアッセイ（Virochip）を使用して、

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

免疫・感染学

Multiplex Detection of Bacteria in Complex Clinical and Environmental Samples using Oligonucleotide-coupled Fluorescent Microspheres

Bacterial vaginosis (BV) is a recurring polymicrobial syndrome that is characterized by a change in the "normal" microbiota from Lactobacillus-dominated to a microbiota dominated by a number of bacterial species, including Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae, and others1-3. This condition is associated with a range of negative health outcomes, including HIV acquisition4, and it can be difficult to manage clinically5. Furthermore, diagnosis of BV has relied on the use of Gram stains of vaginal swab smears that are scored on various numerical criteria6,7. While this diagnostic is simple, inexpensive, and well suited to resource-limited settings, it can suffer from problems related to subjective interpretations and it does not give a detailed profile of the composition of the vaginal microbiota8. Recent deep sequencing efforts have revealed a rich, diverse vaginal microbiota with clear differences between samples taken from individuals that are diagnosed with BV compared to those individuals that are considered normal9,10, which has resulted in the identification of a number of potential targets for molecular diagnosis of BV11,12. These studies have provided a wealth of useful information, but deep sequencing is not yet practical as a diagnostic method in a clinical setting. We have recently described a method for rapidly profiling the vaginal microbiota in a multiplex format using oligonucleotide-coupled fluorescent beads with detection on a Luminex platform13. This method, like current Gram stain-based methods, is rapid and simple but adds the additional advantage of exploiting molecular knowledge arising from sequencing studies in probe design. This method therefore provides a way to profile the major microorganisms that are present in a vaginal swab that can be used to diagnose BV with high specificity and sensitivity compared to Gram stain while providing additional information on species presence and abundance in a semi-quantitative and rapid manner. This multiplex method is expandable well beyond the range of current quantitative PCR assays for particular organisms, which is currently limited to 5 or 6 different assays in a single sample14. Importantly, the method is not limited to the detection of bacteria in vaginal swabs and can be easily adapted to rapidly profile nearly any microbial community of interest. For example, we have recently begun to apply this methodology to the development of diagnostic tools for use in wastewater treatment plants.

We describe a multiplex method for the detection of microorganisms within a sample using oligonucleotide-coupled fluorescent beads. Amplicon from all organisms within a sample is hybridized to a panel of probe-coupled beads. A Luminex or Bio-Plex instrument is used to query each bead for bead type and hybridization signal.

オリゴヌクレオチド結合蛍光マイクロスフェアを使用して複雑な臨床及び環境試料中の細菌の多重検出

Bacterial vaginosis (BV) is a recurring polymicrobial syndrome that is characterized by a change in the "normal" microbiota from Lactobacillus-dominated ...

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no fitness consequence (commensal), or be beneficial (mutualistic). While much attention has been given to pathogenic interactions, little is known about the processes that dictate the reproducible acquisition of beneficial/commensal bacteria from the environment. The light-organ mutualism between the marine Gram-negative bacterium V. fischeri and the Hawaiian bobtail squid, E. scolopes, represents a highly specific interaction in which one host (E. scolopes) establishes a symbiotic relationship with only one bacterial species (V. fischeri) throughout the course of its lifetime6,7. Bioluminescence produced by V. fischeri during this interaction provides an anti-predatory benefit to E. scolopes during nocturnal activities8,9, while the nutrient-rich host tissue provides V. fischeri with a protected niche10. During each host generation, this relationship is recapitulated, thus representing a predictable process that can be assessed in detail at various stages of symbiotic development. In the laboratory, the juvenile squid hatch aposymbiotically (uncolonized), and, if collected within the first 30-60 minutes and transferred to symbiont-free water, cannot be colonized except by the experimental inoculum6. This interaction thus provides a useful model system in which to assess the individual steps that lead to specific acquisition of a symbiotic microbe from the environment11,12.
Here we describe a method to assess the degree of colonization that occurs when newly hatched aposymbiotic E. scolopes are exposed to (artificial) seawater containing V. fischeri. This simple assay describes inoculation, natural infection, and recovery of the bacterial symbiont from the nascent light organ of E. scolopes. Care is taken to provide a consistent environment for the animals during symbiotic development, especially with regard to water quality and light cues. Methods to characterize the symbiotic population described include (1) measurement of bacterially-derived bioluminescence, and (2) direct colony counting of recovered symbionts.

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

The method outlines the procedure by which the Hawaiian bobtail squid, Euprymna scolopes and its bacterial symbiont, Vibrio fischeri, are raised separately and then introduced to allow for specific colonization of the squid light organ by the bacteria. Colonization detection by bacterially-derived luminescence and by direct colony counting are described.

の植民地化 Euprymna scolopesイカでビブリオフィシャリ</em

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no ...

TransFLP &#x2014; A Method to Genetically Modify Vibrio cholerae Based on Natural Transformation and FLP-recombination

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids (e.g. harboring pir-dependent or temperature-sensitive replicons1,2). These plasmids are integrated into bacterial chromosomes based on homology-mediated recombination. Such insertional mutants are often directly used in experimental settings. Alternatively, selection for plasmid excision followed by its loss can be performed, which for Gram-negative bacteria often relies on the counter-selectable levan sucrase enzyme encoded by the sacB gene4. The excision can either restore the pre-insertion genotype or result in an exchange between the chromosome and the plasmid-encoded copy of the modified gene. A disadvantage of this technique is that it is time-consuming. The plasmid has to be cloned first; it requires horizontal transfer into V. cholerae (most notably by mating with an E. coli donor strain) or artificial transformation of the latter; and the excision of the plasmid is random and can either restore the initial genotype or create the desired modification if no positive selection is exerted. Here, we present a method for rapid manipulation of the V. cholerae chromosome(s)5 (Figure 1). This TransFLP method is based on the recently discovered chitin-mediated induction of natural competence in this organism6 and other representative of the genus Vibrio such as V. fischeri7. Natural competence allows the uptake of free DNA including PCR-generated DNA fragments. Once taken up, the DNA recombines with the chromosome given the presence of a minimum of 250-500 bp of flanking homologous region8. Including a selection marker in-between these flanking regions allows easy detection of frequently occurring transformants.
This method can be used for different genetic manipulations of V. cholerae and potentially also other naturally competent bacteria. We provide three novel examples on what can be accomplished by this method in addition to our previously published study on single gene deletions and the addition of affinity-tag sequences5. Several optimization steps concerning the initial protocol of chitin-induced natural transformation6 are incorporated in this TransFLP protocol. These include among others the replacement of crab shell fragments by commercially available chitin flakes8, the donation of PCR-derived DNA as transforming material9, and the addition of FLP-recombination target sites (FRT)5. FRT sites allow site-directed excision of the selection marker mediated by the Flp recombinase10.

A quick method to modify the genome of V. cholerae is described. These modifications include the deletion of single genes, gene clusters and genomic islands as well as the integration of short sequences (e.g. promoter elements or affinity-tag sequences). The method is based on the natural transformation and FLP-recombination.

TransFLP - 遺伝的に変更する方法<em&gt;コレラ菌</em&gt;自然形質転換およびFLP組換えに基づき

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids ...

A Modified EPA Method 1623 that Uses Tangential Flow Hollow-fiber Ultrafiltration and Heat Dissociation Steps to Detect Waterborne Cryptosporidium and Giardia spp.

Cryptosporidium and Giardia species are two of the most prevalent protozoa that cause waterborne diarrheal disease outbreaks worldwide. To better characterize the prevalence of these pathogens, EPA Method 1623 was developed and used to monitor levels of these organisms in US drinking water supplies 12. The method has three main parts; the first is the sample concentration in which at least 10 L of raw surface water is filtered. The organisms and trapped debris are then eluted from the filter and centrifuged to further concentrate the sample. The second part of the method uses an immunomagnetic separation procedure where the concentrated water sample is applied to immunomagnetic beads that specifically bind to the Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts allowing for specific removal of the parasites from the concentrated debris. These (oo)cysts are then detached from the magnetic beads by an acid dissociation procedure. The final part of the method is the immunofluorescence staining and enumeration where (oo)cysts are applied to a slide, stained, and enumerated by microscopy.
Method 1623 has four listed sample concentration systems to capture Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts in water: Envirochek filters (Pall Corporation, Ann Arbor, MI), Envirochek HV filters (Pall Corporation), Filta-Max filters (IDEXX, Westbrook, MA), or Continuous Flow Centrifugation (Haemonetics, Braintree, MA). However, Cryptosporidium and Giardia (oo)cyst recoveries have varied greatly depending on the source water matrix and filters used1,14. A new tangential flow hollow-fiber ultrafiltration (HFUF) system has recently been shown to be more efficient and more robust at recovering Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts from various water matrices; moreover, it is less expensive than other capsule filter options and can concentrate multiple pathogens simultaneously1-3,5-8,10,11. In addition, previous studies by Hill and colleagues demonstrated that the HFUF significantly improved Cryptosporidium oocysts recoveries when directly compared with the Envirochek HV filters4. Additional modifications to the current methods have also been reported to improve method performance. Replacing the acid dissociation procedure with heat dissociation was shown to be more effective at separating Cryptosporidium from the magnetic beads in some matrices9,13 .
This protocol describes a modified Method 1623 that uses the new HFUF filtration system with the heat dissociation step. The use of HFUF with this modified Method is a less expensive alternative to current EPA Method 1623 filtration options and provides more flexibility by allowing the concentration of multiple organisms.

A Modified EPA Method 1623 that Uses Tangential Flow Hollow-fiber Ultrafiltration and Heat Dissociation Steps to Detect Waterborne Cryptosporidium and Giardia spp.

This protocol describes the use of a tangential flow hollow-fiber ultrafiltration sample concentration system and a heat dissociation as alternative steps for the detection of waterborne Cryptosporidium and Giardia species using EPA Method 1623.

水性を検出するタンジェンシャルフロー中空糸限外ろ過と熱解離のステップを使用し変更されたEPAメソッド1623<em&gt;クリプトスポリジウム</em&gt;と<em&gt;ジアルジア属。</em

Cryptosporidium and Giardia species are two of the most prevalent protozoa that cause waterborne diarrheal disease outbreaks worldwide. To better ...

Safety Precautions and Operating Procedures in an (A)BSL-4 Laboratory: 1. Biosafety Level 4 Suit Laboratory Suite Entry and Exit Procedures

Biosafety level 4 (BSL-4) suit laboratories are specifically designed to study high-consequence pathogens for which neither infection prophylaxes nor treatment options exist. The hallmarks of these laboratories are: custom-designed airtight doors, dedicated supply and exhaust airflow systems, a negative-pressure environment, and mandatory use of positive-pressure (&#8220;space&#8221;) suits. The risk for laboratory specialists working with highly pathogenic agents is minimized through rigorous training and adherence to stringent safety protocols and standard operating procedures. Researchers perform the majority of their work in BSL-2 laboratories and switch to BSL-4 suit laboratories when work with a high-consequence pathogen is required. Collaborators and scientists considering BSL-4 projects should be aware of the challenges associated with BSL-4 research both in terms of experimental technical limitations in BSL-4 laboratory space and the increased duration of such experiments. Tasks such as entering and exiting the BSL-4 suit laboratories are considerably more complex and time-consuming compared to BSL-2 and BSL-3 laboratories. The focus of this particular article is to address basic biosafety concerns and describe the entrance and exit procedures for the BSL-4 laboratory at the NIH/NIAID Integrated Research Facility at Fort Detrick. Such procedures include checking external systems that support the BSL-4 laboratory, and inspecting and donning positive-pressure suits, entering the laboratory, moving through air pressure-resistant doors, and connecting to air-supply hoses. We will also discuss moving within and exiting the BSL-4 suit laboratories, including using the chemical shower and removing and storing positive-pressure suits.

Safety Precautions and Operating Procedures in an ABSL-4 Laboratory: 1. Biosafety Level 4 Suit Laboratory Suite Entry and Exit Procedures

Although researchers are generally knowledgeable about procedures and safety precautions required for biosafety level 1 or 2 (BSL-1/2) experiments, they may not be familiar with experimental procedures in BSL-4 suit laboratories. This article provides a detailed visual demonstration of BSL-4 suit laboratory systems check, laboratory entry, movement, and exit procedures.

1.バイオセーフティレベル4戦士研究所スイートの入り口と出口の手順：（A）BSL-4実験室での安全上のご注意と操作手順

Biosafety level 4 (BSL-4) suit laboratories are specifically designed to study high-consequence pathogens for which neither infection prophylaxes nor ...

A Rapid Strategy for the Isolation of New Faustoviruses from Environmental Samples Using Vermamoeba vermiformis

The isolation of giant viruses is of great interest in this new era of virology, especially since these giant viruses are related to protists. Giant viruses may be potentially pathogenic for many species of protists. They belong to the recently described order of Megavirales. The new lineage Faustovirus that has been isolated from sewage samples is distantly related to the mammalian pathogen African swine fever virus. This virus is also specific to its amoebal host, Vermamoeba vermiformis, a protist common in health care water systems. It is crucial to continue isolating new Faustovirus genotypes in order to enlarge its genotype collection and study its pan-genome. We developed new strategies for the isolation of additional strains by improving the use of antibiotic and antifungal combinations in order to avoid bacterial and fungal contaminations of the amoeba co-culture and favoring the virus multiplication. We also implemented a new starvation medium to maintain V. vermiformis in optimal conditions for viruses co-culture. Finally, we used flow cytometry rather than microscopic observation, which is time-consuming, to detect the cytopathogenic effect. We obtained two isolates from sewage samples, proving the efficiency of this method and thus widening the collection of Faustoviruses, to better understand their environment, host specificity and genetic content.

A Rapid Strategy for the Isolation of New Faustoviruses from Environmental Samples Using Vermamoeba vermiformis

We describe here the latest advances in viral isolation for the characterization of new genotypes of Faustovirus, a new asfarvirus-related lineage of giant viruses. This protocol can be applied to the high throughput isolation of viruses, especially giant viruses infecting amoeba.

用いた環境サンプルから新規Faustovirusesの単離のための迅速な戦略<em&gt; Vermamoeba vermiformis</em

The isolation of giant viruses is of great interest in this new era of virology, especially since these giant viruses are related to protists. Giant ...

Developing a Salivary Antibody Multiplex Immunoassay to Measure Human Exposure to Environmental Pathogens

The etiology and impacts of human exposure to environmental pathogens are of major concern worldwide and, thus, the ability to assess exposure and infections using cost effective, high-throughput approaches would be indispensable. This manuscript describes the development and analysis of a bead-based multiplex immunoassay capable of measuring the presence of antibodies in human saliva to multiple pathogens simultaneously. Saliva is particularly attractive in this application because it is noninvasive, cheaper and easier to collect than serum. Antigens from environmental pathogens were coupled to carboxylated microspheres (beads) and used to measure antibodies in very small volumes of human saliva samples using a bead-based, solution-phase assay. Beads were coupled with antigens from Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Toxoplasma gondii, noroviruses (G I.1 and G II.4) and hepatitis A virus. To ensure that the antigens were sufficiently coupled to the beads, coupling was confirmed using species-specific, animal-derived primary capture antibodies, followed by incubation with biotinylated anti-species secondary detection antibodies and streptavidin-R-phycoerythrin reporter (SAPE). As a control to measure non-specific binding, one bead set was treated identically to the others except it was not coupled to any antigen. The antigen-coupled and control beads were then incubated with prospectively-collected human saliva samples, measured on a high throughput analyzer based on the principles of flow cytometry, and the presence of antibodies to each antigen was measured in Median Fluorescence Intensity units (MFI). This multiplex immunoassay has a number of advantages, including more data with less sample; reduced costs and labor; and the ability to customize the assay to many targets of interest. Results indicate that the salivary multiplex immunoassay may be capable of identifying previous exposures and infections, which can be especially useful in surveillance studies involving large human populations.

In the current climate of scarce resources, new technologies are emerging that allow researchers to conduct studies cheaper, faster and with more precision. Here we describe the development of a bead-based salivary antibody multiplex immunoassay to measure human exposure to multiple environmental pathogens simultaneously.

環境病原体に対するヒトの暴露を測定するために唾液抗体マルチプレックスイムノアッセイの開発

The etiology and impacts of human exposure to environmental pathogens are of major concern worldwide and, thus, the ability to assess exposure and ...

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the majority of Vibrio-associated infections. Thus, accurate differentiation among Vibrio spp. and detection of V. parahaemolyticus is critically important to ensure the safety of our food supply. Although molecular techniques are increasingly common, culture-depending methods are still routinely done and they are considered standard methods in certain circumstances. Hence, a novel chromogenic agar medium was tested with the goal of providing a better method for isolation and differentiation of clinically relevant Vibrio spp. The protocol compared the sensitivity, specificity and detection limit for the detection of V. parahaemolyticus between the new chromogenic medium and a conventional medium. Various V. parahaemolyticus strains (n=22) representing diverse serotypes and source of origins were used. They were previously identified by Food and Drug Administration (FDA) and Centers for Disease Control and Prevention (CDC), and further verified in our laboratory by tlh-PCR. In at least four separate trials, these strains were inoculated on the chromogenic agar and thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose (TCBS) agar, which is the recommended medium for culturing this species, followed by incubation at 35-37 &#176;C for 24-96 hr. Three V. parahaemolyticus strains (13.6%) did not grow optimally on TCBS, nonetheless exhibited green colonies if there was growth. Two strains (9.1%) did not yield the expected cyan colonies on the chromogenic agar. Non-V. parahaemolyticus strains (n=32) were also tested to determine the specificity of the chromogenic agar. Among these strains, 31 did not grow or exhibited other colony morphologies. The mean recovery of V. parahaemolyticus on the chromogenic agar was ~96.4% relative to tryptic soy agar supplemented with 2% NaCl. In conclusion, the new chromogenic agar is an effective medium to detect V. parahaemolyticus and to differentiate it from other vibrios.

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Detection and isolation of clinically relevant Vibrio species require selective and differential culture media. This study evaluated the ability of a new chromogenic medium to detect and identify V. parahaemolyticus and other related species. The new medium was found to have better sensitivity and specificity than the conventional medium.

の検出のためのより高感度で特異的な発色性寒天培地の開発<em&gt;腸炎ビブリオ</em&gt;その他<em&gt;ビブリオ</em&gt;種

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the ...

Precision-cut Mouse Lung Slices to Visualize Live Pulmonary Dendritic Cells

Inhalation of allergens and pathogens elicits multiple changes in a variety of immune cell types in the lung. Flow cytometry is a powerful technique for quantitative analysis of cell surface proteins on immune cells, but it provides no information on the localization and migration patterns of these cells within the lung. Similarly,&#160;chemotaxis assays can be performed to study the potential of cells to respond to chemotactic factors in vitro, but these assays do not reproduce the complex environment of the intact lung. In contrast to these aforementioned techniques, the location of individual cell types within the lung can be readily visualized by generating Precision-cut Lung Slices (PCLS), staining them with commercially available, fluorescently tagged antibodies, and visualizing the sections by confocal microscopy. PCLS can be used for both live and fixed lung tissue, and the slices can encompass areas as large as a cross section of an entire lobe. We have used this protocol to successfully visualize the location of a wide variety of cell types in the lung, including distinct types of dendritic cells, macrophages, neutrophils, T cells and B cells, as well as structural cells such as lymphatic, endothelial, and epithelial cells. The ability to visualize cellular interactions, such as those between dendritic cells and T cells, in live, three-dimensional lung tissue, can reveal how cells move within the lung and interact with one another at steady state and during inflammation. Thus, when used in combination with other procedures, such as flow cytometry and quantitative PCR, PCLS can contribute to a comprehensive understanding of cellular events that underlie allergic and inflammatory diseases of the lung.

We describe a method for generating Precision-cut Lung Slices (PCLS) and immunostaining them to visualize the localization of various immune cell types in the lung. Our protocol can be extended to visualize the location and function of many different cell types under a variety of conditions.

精密カットライブ肺樹状細胞を可視化するために、マウスの肺スライスを

Inhalation of allergens and pathogens elicits multiple changes in a variety of immune cell types in the lung. Flow cytometry is a powerful technique for ...