뉴 햄프셔 - 인 브레 (New Hampshire-INBRE)가 NIH의 국립 종합 의학 연구소 (National Medical Sciences of NIH)의 기관 개발상 (IDeA), P20GM103506을 통해 지원

참고 : 개별 배지 준비가 다른 시간을 필요로하기 때문에 각 분석에 대한 시간 고려 사항을 만들어야합니다. 예를 들어, 고체 한천 평판 배지는 충분히 냉각되고 건조되어야합니다 (1-2 일). 추가적인 시간 고려 사항 ( 즉, 단일 식민지와 야간 배양기의 성장)은 각 프로토콜에 명시되어 있으며 표 2 에 나와 있습니다. 1. 미디어 준비 <ol><li> 1x Phosphate Buffered Saline (PBS) <ol><li> NaCl 4.0g, KCl 0.1g, Na2HPO4 0.72g 및 KH2PO4 0.12g을 칭량한다. 1 L 삼각 플라스크에 성분을 합하고, 탈 이온수로 부피를 500 mL로 조정하고, pH 미터를 사용하여 pH를 7.2로 조정하고, HCl을 용액에 적가 한 다음, 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 오토 클레이브 또는 필터 멸균한다. 1x PBS는 실온에서 무기한 보관할 수 있습니다. 주의 : HCl은 농축산이므로 취급시주의해야합니다.기관, 지방, 주 및 연방 규정에 따라 다릅니다. 적절한 취급 지침은 제조업체가 제공 한 안전 데이터 시트를 참조하십시오. </li></ol></li><li> Luria-Bertani (LB) 배지 <ol><li> 트립 톤 5.0g, 효모 추출물 2.5g, NaCl 2.5g. 구성 성분을 1L 병에 넣고 탈 이온수, 오토 클레이브로 500mL로 부피를 조절하고 최대 6 개월 동안 실온에서 보관하십시오. 고전적인 생물 형 독성 유발 조건의 경우, 오토 클레이브 전에 HCl을 사용하여 pH를 6.5로 조정하십시오. </li></ol></li><li> 0.03 % (w / v) NaHCO3를 함유하는 AKI 배지 <ol><li> 성분 1 (AKI 배지)의 경우 : 펩톤 7.5g, 효모 추출물 2.0g 및 NaCl 2.5g의 무게를 잰다. 1 L 병에 성분을 넣고 탈 이온수와 오토 클레이브로 용량을 450 mL로 맞 춥니 다. AKI 배지는 실온에서 최대 6 개월 동안 보관할 수 있습니다. </li><li> 성분 2 (NaHCO3)의 경우 : 1.5g NaHCO3의 무게를 재고, 부피를 조절한다멸균 된 소포에서 탈 이온수로 50 mL로. 0.22 μm 필터를 사용하여 NaHCO 3 을 멸균 여과하십시오. NaHCO 3 는 사용 직전에 준비해야합니다. </li><li> 사용하기 전에 구성 요소 2를 구성 요소 1로 필터링하여 1:10 비율을 만드는 두 구성 요소를 무작위로 결합합니다. </li></ol></li><li> Luria-Bertani (LB) 한천 플레이트 <ol><li> 트립 톤 5.0 g, 효모 추출물 2.5 g, NaCl 2.5 g 및 한천 7.5 g의 무게를 잰다. 1L 삼각 플라스크에 성분을 넣고 탈 이온수, 오토 클레이브로 500mL로 부피를 조절하고 표준 크기의 100mm x 15mm 무균 페트리 접시로 준비합니다. 도금 된 배지는 최대 6 개월 동안 플라스틱으로 싸서 보관할 수 있으며, 뚜껑면이 위로 4 ° C까지 보관할 수 있습니다. </li></ol></li><li> Polymyxin B가 보충 된 LB 한천 플레이트 <ol><li> 성분 1 (LB 한천)의 경우 : 트립 톤 5.0 g, 효모 추출물 2.5 g, NaCl 2.5 g 및 한천 7.5 g을 잰다. 성분을 1L 삼각 플라스크에 합치고 부피를 500 mL로 맞춘다.탈 이온수 및 오토 클레이브. </li><li> 성분 2 (polymyxin B)의 경우 : 멸균 된 2 mL microcentrifuge tube에서 탈 이온수에 polymyxin B를 50,000 IU / μL의 농도로 용해시키고 0.22 μm 필터를 사용하여 필터 살균합니다. </li><li> 일단 성분 1이 차갑지 만 아직 고화되지 않으면 무균 적으로 성분 2 500 μL를 성분 1에 첨가하여 50 IU / μL의 최종 농도를 만들고 철저하게 혼합합니다. 페트리 접시에 혼합 한천 미디어를 부어 표준 크기의 100mm x 15mm 멸균 배양 접시에서 준비합니다. 도금 된 용지는 최대 3 개월 동안 플라스틱으로 싸서 보관할 수 있으며, 뚜껑이있는 쪽은 4 ° C까지 보관할 수 있습니다. </li></ol></li><li> 최소 구연산염 중형 한천 플레이트 <ol><li> 성분 1 (브롬 티몰 블루가 포함 된 한천) : 7.5g 한천과 0.02g 브로 모티 몰 블루. 1L 엘렌 마이어 플라스크에 성분을 넣고 탈 이온수로 450mL로 부피를 조절하고 혼합물을 고압 멸균한다. </li><li> 구성 요소 2 (10x VBMM)의 경우 : 1MgSO4 7H2O 10g, 구연산 H2O 10.0g, K 2 HPO 4 무수물 50.0g 및 NaNH 4 HPO 4 4H 2 O 17.5g을 넣는다. 1L 삼각 플라스크에 성분을 합하여 용량을 500mL 탈 이온수 및 오토 클레이브로 여과하거나 0.22 ㎛ 필터를 사용하여 필터 살균합니다. 10x VBMM은 실온에서 6 개월까지 저장할 수 있습니다. </li><li> 구성 요소 1에 구성 요소 2 50 ML을 추가하고 페트리 접시에 혼합 한천 미디어를 부어 표준 크기의 100mm x 15mm 무균 페트리 접시에서 준비하십시오. 도금 된 배지는 최대 6 개월 동안 플라스틱으로 싸서 보관할 수 있으며, 뚜껑면이 위로 4 ° C까지 보관할 수 있습니다. </li></ol></li><li> 우유 한천 접시 <ol><li> 성분 1 (우유)의 경우 : 1L 삼각 플라스크에 인스턴트 무 지방 분유 8.0g을 달아 탈 이온수와 오토 클레이브로 부피를 200mL로 맞춘다. </li><li> 성분 2 (뇌 심장 주입 한천) : 뇌 심장 주입 3.68 g과 한천 6.0 g의 무게를 잰다. 사기를 맺어 라.수용액을 500 mL 삼각 플라스크에 넣고 탈 이온수와 오토 클레이브로 부피를 200 mL로 맞춘다. </li><li> 오토 클레이브 한 후 성분 2를 성분 1에 붓고 두 성분을 혼합하고 철저히 혼합합니다. 150mm x 15mm 무균 페트리 접시를 준비하십시오. 밀크 플레이트는 플라스틱으로 싸여 1 주일 동안 보관할 수 있으며, 뚜껑면이 아래로 4 ° C 아래에 보관할 수 있습니다. 페트리 접시에 혼합 한천 미디어를 부어 150mm x 15mm 무균 페트리 접시에서 준비합니다. </li></ol></li><li> 운동성 한천 플레이트 <ol><li> 성분 1 (LB 한천) : tryptone 5.0g, 효모 추출물 2.5g, NaCl 2.5g 및 한천 2.0g을 잰다. 1L 엘렌 마이어 플라스크에 성분을 넣고 탈 이온수와 오토 클레이브로 부피를 500mL로 맞춘다. </li><li> 성분 2 (1 % (w / v) 트리 페닐 테트라 졸륨 클로라이드; TTC) : 0.25 g TTC의 무게. 멸균 소포에서 탈 이온수로 25 mL로 부피를 조정하고 0.22 μm 필터를 사용하여 필터 살균합니다. 상온에서 6 개월 동안 보관하십시오.광 노출을 최소화하기 위해 호일에 넣습니다. </li><li> 1 % (w / v) 멸균 TTC 2.5 ML을 autoclaved 미디어에 추가합니다. </li><li> 대형 150mm x 15mm 무균 페트리 접시에 가능한 한 두꺼운 배지 (≥50mL / 플레이트)를 붓습니다. 도금 된 미디어는 최대 1 주일 동안 플라스틱으로 싸서 보관할 수 있으며, 뚜껑면이 위로 4 ° C까지 보관할 수 있습니다. 페트리 접시에 혼합 한천 미디어를 부어 150mm x 15mm 무균 페트리 접시에서 준비합니다. </li></ol></li><li> 보그 - 프로스카 우어 (VP) <ol><li> 성분 1 (Methyl Red-Voges-Proskauer broth, MR-VP) : 500 mL 삼각 플라스크에 1.7 g MR-VP 배지를 달고 탈 이온수와 오토 클레이브로 100 mL로 부피를 조절한다. 무균 MR-VP 배지는 실온에서 6 개월까지 보관할 수 있습니다. </li><li> 성분 2 (5 % (w / v) 알파 (나) 나프톨)의 경우 : 멸균 소포에서 1.0 g의 α- 나프톨을 달아 95 % 에탄올로 20 mL로 부피를 조절한다. α- 나프톨은 실온에서 최대 1 주간 호일에 싸여 가벼운 효과를 최소화 할 수 있습니다.오 슈레. </li><li> 성분 3 (40 % (w / v) 수산화 칼륨, KOH) : 멸균 소포에서 KOH 20.0g을 멸균 탈 이온수로 50mL로 부피를 조절한다. KOH는 상온에서 최대 6 개월 동안 플라스틱 용기에 보관할 수 있습니다. </li></ol></li></ol> 2. V의 유지와 성장. 콜레라 균 균주 <ol><li> 냉동 주식 배양 물의 준비와 사용 <ol><li> 멸균 2 ML microcentrifuge 튜브에서 centrifugation (≥8,600 xg)에 의해 2 분 동안 액체 밤새 문화의 펠렛 1.8 ML, 뜨는 제거하고 pipetting하여 신선한 LB 국물의 900 μL에서 세포 펠렛을 다시 일시 중지합니다. </li><li> 멸균 60 % (V / V) 글리세롤 900 μL를 배양 물에 넣고 볼 텍싱하여 혼합합니다. </li><li> 혼합물을 멸균 2 mL 극저온 튜브에 옮기고 -80 ° C에 무기한 보관하십시오. </li><li> 사용하려면 LB ag에 단일 식민지에 대한 멸균 접종 루프 및 줄무늬를 사용하여 소량의 얼어 붙은 주식을 제거하십시오ar 접시. 배양 물이 완전히 해동되는 것을 방지하기 위해 냉동 재고를 사용 후 즉시 -80 ° C로 되돌립니다. 37 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 뚜껑을 아래로하여 배양 판을 배양하십시오. </li></ol></li><li> 액체 배지에서의 밤새 배양의 성장 <ol><li> 얼린 주식에서 LB 한천 플레이트로 단일 식민지에 대한 줄무늬 (섹션 2.1.4에 따라). 37 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 뚜껑을 아래로하여 배양 판을 배양하십시오. </li><li> 멸균 어플리케이터 스틱으로 단일 식민지의 표면을 만지고 액체 배지로 식민지를 전송하여 단일 식민지와 멸균 10 ML 배양 튜브에 액체 LB 배양액 4 ML을 예방 접종. </li><li> 37 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 225 rpm으로 쉐이커 배양기에서 통기와 함께 품어 낸다. </li></ol></li><li> 성장 곡선 <ol><li> 이전에 프로토콜 2.2에 명시된대로 액체 LB 배지에서 밤새 문화를 준비합니다. </li><li> 밤새 문화 250 μL를 2로 옮겨서 야간 배양 물을 1 : 100로 희석한다.멸균 된 250 mL 삼각 플라스크에 5 mL의 신선한 LB 브로스. </li><li> 접종 시간 (T 0 )에 시작하여 매시간 600 nm (OD 600 )에서 액체 배양 물의 광학 밀도를 측정합니다. </li><li> 37 ° C에서 30 시간 동안 225 rpm의 쉐이커 배양기에서 통기와 함께 밤새 배양 한 1 : 100 희석 배양 물을 배양하거나 배양액이 최대 밀도에 도달 할 때까지 배양하십시오. </li><li> OD 600 vs. Time을 그래프로 표시하고 선형 회귀를 사용하여 각 변형에 대한 대략적인 배가 시간을 결정합니다. </li></ol></li><li> 엘 토르 바이오 타입 병원성 유도 조건 <ol><li> 얼린 주식에서 LB 한천 접시에 단일 식민지에 대한 줄무늬. 37 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 플레이트 뚜껑면을 아래로 배양하십시오. </li><li> 단일 식민지와 0.03 % (w / v) NaHCO 3 함유 AKI 매체 10 ML을 예방 접종. </li><li> 37 ° C에서 3.5 시간 통기없이 배양하십시오. </li><li> 배양액 7 mL를 제거하고 나머지 3 mL 배양쉐이커 인큐베이터 (saker incubator)에서 225rpm으로 폭기하여 추가 4 시간. </li></ol></li><li> 고전적 Biotype 병적 상태 유도 조건 <ol><li> 얼린 주식에서 LB 한천 접시에 단일 식민지에 대한 줄무늬. 37 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 뚜껑을 아래로하여 배양 판을 배양하십시오. </li><li> 단일 콜로니와 함께 4 ML 액체 LB 브로스 (pH 6.5)를 예방 접종. </li><li> 30 ° C에서 12 ~ 16 시간 동안 225 rpm으로 쉐이커 인큐베이터에서 폭기로 품어 낸다. </li></ol></li><li> 1x PBS로 세척 셀 펠렛 <ol><li> 멸균 2 ML microcentrifuge 튜브에서 원심 분리 (≥8,600 XG)에 의해 2 분 동안 밤새 문화의 펠렛 1.8 ML 및 피펫을 사용하여 뜨는을 제거하십시오. pipetting하여 1.8 ML 1X PBS에서 세포 펠렛을 다시 중단하십시오. </li><li> 1.8 ML 1X PBS에서 최종 resuspension 다음에 세 번 세척 절차를 반복합니다. </li></ol></li></ol> 3. V 특성화. cholerae Biotypes <ol><li> 피ctxB 와 tcpA 를 이용한 CR 기반 유전자 스크린 <ol><li> ctxB 및 tcpA의 번역 시작 및 정지 부위의 상류 및 하류에 각각 약 50-70 bp 어닐링하는 프라이머 세트를 설계하십시오. </li><li> 이전에 프로토콜 2.2에 명시된대로 액체 LB 배지에서 밤새 문화를 준비합니다. </li><li> 염색체 DNA를 그람 음성 세균 용으로 설계된 시판용 키트를 사용하여 분리합니다. 정화 된 염색체 DNA는 -20 ° C에서 무기한 보관할 수 있습니다. 상업적으로 이용 가능한 키트를 사용하는 염색체 DNA 분리는 일반적으로 약 4 시간이 걸립니다. </li><li> 마이크로 볼륨 분광 광도계를 사용하여 염색체 DNA 샘플이 고품질 (A 260/280 &gt; 1.8)인지 확인하십시오. </li><li> 각 염색체 DNA 단리에 대해 멸균 200 μL PCR 튜브 (s)에서 얼음으로 중합 효소 연쇄 반응 (PCR)을 만들고 표준 PCR 성분을 사용하여 ctxB 및 tcpA의 영역을 증폭시킵니다 : Taq polymerase and buffer (또는 등가물), dNTP 용액 및 정방향 / 역방향 프라이머가 포함됩니다. 표준 PCR 매개 변수를 사용하십시오 (~ 3 시간). 예를 들어, 다음 프로토콜을 사용하십시오. <ol><li> 95 ° C에서 120 초 동안 초기 변성. </li><li> 95 ° C에서 60 초 동안 변성. </li><li> 60 ° C에서 45 초 동안 Anneal 프라이머. </li><li> 72 ° C에서 90 초간 연장하십시오. </li><li> 34 사이클 동안 3.1.5.2 ~ 3.1.5.4 단계를 반복하십시오. </li><li> 최종 연장 72 ° C에서 600 초. </li><li> 4 ° C에서 무한히 기다리십시오. </li></ol></li><li> 표준 6X DNA 겔로드 염료를 사용하여 각각의 PCR 산물 5 μL를 염색하고 1X Tris-Borate-EDTA (TBE)의 1 % 아가 로스 젤에 1 kb 사다리와 10 μL의 PCR 산물 약 10 μL를 넣습니다. 완충기. </li><li> 염료 전선이 젤의 끝 부분에 도달 할 때까지 130V에서 겔 전기 영동을 실행하십시오 (약 90 분). 전압에 따라 지속적인 모니터링이 권장되며 장비에 따라 작동 시간이 다를 수 있습니다. </li><li> 확인시예상 크기의 성공적인 PCR 증폭, 시중에서 판매하는 DNA 청정 및 농축기 키트를 사용하여 나머지 45 μL PCR 생성물을 정제하십시오. </li><li> PCR 증폭에 사용 된 것과 동일한 프라이머를 사용하여 PCR 제품을 세척하고 로컬 시퀀싱 설비 지침에 따라 준비하십시오. </li><li> 검색 결과 상자에서 다음 수식 번호를 검색하여 NCBI 웹 사이트 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)에서 사용할 수있는 출판 된 서열에 대한 각각의 분리 된 유전자 서열의 FASTA 형식을 비교하십시오. </li><li> ctxB : (클래식) VC0395_A1059 ~ VC0395_A1060 (엘 토르) VC_1456 </li><li> tcpA : (클래식) VC0395_A0353 (엘 토르) VC_0828 </li></ol></li><li> Spotting을 통한 Biotype 분류를위한 Phenotypic Assays <ol><li> 이전에 프로토콜 2.2에 명시된대로 액체 LB 배지에서 밤새 문화를 준비합니다. </li><li> 프로토콜 2.6에 명시된대로 세포 펠렛을 씻으십시오. </li><li> 피펫을 사용하여세척 한 배양액 1 μL를 각각의 배지에 넣는다. 중간 배양 및 항온 배양에 대해서는 표 2를 참조하십시오. </li></ol></li><li> 운동성 분석 <ol><li> 앞서 프로토콜 2.2에 명시된대로 액체 LB 배지에서 밤새 문화를 준비합니다. </li><li> 프로토콜 2.6에 명시된대로 세포 펠렛을 씻으십시오. </li><li> 씻은 액체 배양액에 주사 접종을 삽입하고 배지에 수직으로 &quot;삽입&quot;하여 운동성 한천 플레이트를 접종합니다. 각 접종 사이에 Bunsen 버너를 사용하여 와이어 찌꺼기를 멸균하고, 한천을 찔렀을 때 접종 된 찌름이 구부러지지 않도록하십시오. 결과가 바뀔 수 있습니다. </li><li> 37 ° C에서 14 ~ 24 시간 동안 뚜껑이 위를 향하도록 플레이트를 배양하십시오. 14 시간 후, 운동성 플레이트를 면밀히 모니터하여 배양 물의 과증식을 예방하십시오. </li></ol></li><li> Voges-Proskauer (VP) 분석법 <ol><li> 앞서 프로토콜 2.2에 명시된대로 액체 LB 배지에서 밤새 문화를 준비합니다. </li><li> 접종 4미리 준비한 하룻밤 배양액 10 μL를 멸균 배양 튜브에서 MR-VP broth 4 mL에 pipette하고, 쉐이커 배양기에서 225 rpm으로 12에서 16 사이의 통기와 함께 배양하여 메틸 레드 Voges-Proskauer 또는 MR-VP broth h에서 37 ° C. </li><li> 멸균 배양 튜브에서 MR - VP 하룻밤 배양의 1 ML의 aliquots 각각 5 % (W / V) α- 나프톨과 50 μL 40 % (W / V) KOH 150 μL를 추가합니다. </li><li> 간단히 와동하고 색상 변화가 발생할 때까지 최대 4 시간 동안 실온에서 방치합니다. </li></ol></li></ol>

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	<li>Shimada, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extended+serotyping+scheme+for+Vibrio+cholerae.">Extended serotyping scheme for Vibrio cholerae.</a> Curr. Microbiol. 28 (3), 175-178 (1994).</li><li>Yamai, S., Tadayuki, O., Toshio, S., Yasuji, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+of+serogroups+of+Vibrio+cholerae+non-O1+non-O139+with+specific+reference+to+their+ability+to+produce+cholera+toxin,+and+addition+of+novel+serogroups.">Distribution of serogroups of Vibrio cholerae non-O1 non-O139 with specific reference to their ability to produce cholera toxin, and addition of novel serogroups.</a> Jpn. J. Infect. Dis. 71 (10), 1037-1045 (1997).</li><li>Karaolis, D. K., Lan, R., Reeves, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+sixth+and+seventh+cholera+pandemics+are+due+to+independent+clones+separately+derived+from+environmental,+nontoxigenic,+non-O1+Vibrio+cholerae.">The sixth and seventh cholera pandemics are due to independent clones separately derived from environmental, nontoxigenic, non-O1 Vibrio cholerae.</a> J. Bacteriol. 177 (11), 3191-3198 (1995).</li><li>Albert, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large+epidemic+of+cholera-like+disease+in+Bangladesh+caused+by+Vibrio+cholerae+O139+synonym+Bengal.">Large epidemic of cholera-like disease in Bangladesh caused by Vibrio cholerae O139 synonym Bengal.</a> Lancet. 342 (8868), 387 (1993).</li><li>Barua, D., Barua, D., Greenough III, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=History+of+Cholera.">History of Cholera.</a> Cholera. , 1-36 (1992).</li><li>Morales, R., Delgado, G., Cravioto, A., Faruque, S. M., Nair, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Population+Genetics+of+Vibrio+cholerae.">Population Genetics of Vibrio cholerae.</a> Vibrio cholerae-Genomics and Molecular Biology. , 29-47 (2008).</li><li>Samadi, A. R., Chowdhury, M. K., Huq, M. K., Khan, M. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Seasonality+of+classical+and+El+Tor+cholera+in+Dhaka,+Bangladesh:+17-year+trends.">Seasonality of classical and El Tor cholera in Dhaka, Bangladesh: 17-year trends.</a> Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 77 (6), 853-856 (1983).</li><li>Son, M. S., Megli, C. J., Kovacikova, G., Qadri, F., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+Vibrio+cholerae+O1+El+Tor+biotype+variant+clinical+isolates+from+Bangladesh+and+Haiti,+including+a+molecular+genetic+analysis+of+virulence+genes.">Characterization of Vibrio cholerae O1 El Tor biotype variant clinical isolates from Bangladesh and Haiti, including a molecular genetic analysis of virulence genes.</a> J. Clin. Microbiol. 49 (11), 3739-3749 (2011).</li><li>Ghosh-Banerjee, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cholera+toxin+production+by+the+El+Tor+variant+of+Vibrio+cholerae+O1+compared+to+prototype+El+Tor+and+classical+biotypes.">Cholera toxin production by the El Tor variant of Vibrio cholerae O1 compared to prototype El Tor and classical biotypes.</a> J. Clin. Microbiol. 48 (11), 4283-4286 (2010).</li><li>Ansaruzzaman, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cholera+in+Mozambique,+variant+of+Vibrio+cholerae.">Cholera in Mozambique, variant of Vibrio cholerae.</a> Emerg. Infect. Dis. 10 (11), 2057-2059 (2004).</li><li>Ansaruzzaman, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+diversity+of+El+Tor+strains+of+Vibrio+cholerae+O1+with+hybrid+traits+isolated+from+Bangladesh+and+Mozambique.">Genetic diversity of El Tor strains of Vibrio cholerae O1 with hybrid traits isolated from Bangladesh and Mozambique.</a> Int. J. Med. Microbiol. 297 (6), 443-449 (2007).</li><li>Lan, R., Reeves, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pandemic+spread+of+cholera:+genetic+diversity+and+relationships+within+the+seventh+pandemic+clone+of+Vibrio+cholerae+determined+by+amplified+fragment+length+polymorphism.">Pandemic spread of cholera: genetic diversity and relationships within the seventh pandemic clone of Vibrio cholerae determined by amplified fragment length polymorphism.</a> J. Clin. Microbiol. 40 (1), 172-181 (2002).</li><li>Nair, G. B., Faruque, S. M., Bhuiyan, N. A., Kamruzzaman, M., Siddique, A. K., Sack, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+variants+of+Vibrio+cholerae+O1+biotype+El+Tor+with+attributes+of+the+classical+biotype+from+hospitalized+patients+with+acute+diarrhea+in+Bangladesh.">New variants of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor with attributes of the classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh.</a> J. Clin. Microbiol. 40 (9), 3296-3299 (2002).</li><li>Nair, G. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+Vibrio+cholerae+O1+strains+similar+to+pre-seventh+pandemic+El+Tor+strains+during+an+outbreak+of+gastrointestinal+disease+in+an+island+resort+in+Fiji.">Isolation of Vibrio cholerae O1 strains similar to pre-seventh pandemic El Tor strains during an outbreak of gastrointestinal disease in an island resort in Fiji.</a> J. Med. Microbiol. 55 (11), 1559-1562 (2006).</li><li>Nair, G. B., Mukhopadhyay, A. K., Safa, A., Takeda, Y., Faruque, S. M., Nair, G. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emerging+hybrid+variants+of+Vibrio+cholerae+O1.">Emerging hybrid variants of Vibrio cholerae O1.</a> Vibrio cholerae—Genomics and Molecular Biology. , 179-190 (2008).</li><li>Safa, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+characteristics+of+Matlab+variants+of+Vibrio+cholerae+O1+that+are+hybrids+between+classical+and+El+Tor+biotypes.">Genetic characteristics of Matlab variants of Vibrio cholerae O1 that are hybrids between classical and El Tor biotypes.</a> J. Med. Microbiol. 55 (11), 1563-1569 (2006).</li><li>Nusrin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diverse+CTX+phages+among+toxigenic+Vibrio+cholerae+O1+and+O139+strains+isolated+between+1994+and+2002+in+an+area+where+cholera+is+endemic.">Diverse CTX phages among toxigenic Vibrio cholerae O1 and O139 strains isolated between 1994 and 2002 in an area where cholera is endemic.</a> J. Clin. Microbiol. 42 (12), 5854-5856 (2004).</li><li>Carignan, B. M., Brumfield, K. D., Son, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+nucleotide+polymorphisms+in+regulator-encoding+genes+have+an+additive+effect+on+virulence+gene+expression+in+a+Vibrio+cholerae+clinical+isolate.">Single nucleotide polymorphisms in regulator-encoding genes have an additive effect on virulence gene expression in a Vibrio cholerae clinical isolate.</a> mSphere. 1 (5), e00253 (2016).</li><li>Iwanaga, M., Yamamoto, K., Higa, N., Ichinose, Y., Nakasone, N., Tanabe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture+conditions+for+stimulating+cholera+toxin+production+by+Vibrio+cholerae+O1+El+Tor.">Culture conditions for stimulating cholera toxin production by Vibrio cholerae O1 El Tor.</a> Microbiol. Immunol. 30 (11), 1075-1083 (1986).</li><li>DiRita, V. J., Claude, P., Georg, J., Mekalanos, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+cascade+controls+virulence+in+Vibrio+cholerae.">Regulatory cascade controls virulence in Vibrio cholerae.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88 (12), 5403-5407 (1991).</li><li>Kovacikova, G., Lin, W., Skorupski, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Duel+regulation+of+genes+involved+in+acetoin+biosynthesis+and+motility/biofilm+formation+by+the+virulence+activator+AphA+and+the+acetate-responsive+Lys-R+type+regulator+AlsR+in+Vibrio+cholerae.">Duel regulation of genes involved in acetoin biosynthesis and motility/biofilm formation by the virulence activator AphA and the acetate-responsive Lys-R type regulator AlsR in Vibrio cholerae.</a> Mol. Microbiol. 57 (2), 420-433 (2005).</li><li>Vogel, H. J., Bonner, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acetylornithinase+of+Escherechia+coli:+partial+purification+and+some+properties.">Acetylornithinase of Escherechia coli: partial purification and some properties.</a> J. Biol. Chem. 218 (1), 97-106 (1956).</li><li>Son, M. S., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+screens+and+biochemical+assays+to+characterize+Vibrio+cholerae+O1+biotypes:+classical+and+El+Tor.">Genetic screens and biochemical assays to characterize Vibrio cholerae O1 biotypes: classical and El Tor.</a> Curr. Protoc. Microbiol. , 6A.2.1-6A.2.17 (2011).</li><li>Kovacikova, G., Skorupski, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+virulence+gene+expression+in+Vibrio+cholerae+by+quorum+sensing:+HapR+functions+at+the+aphA+promoter.">Regulation of virulence gene expression in Vibrio cholerae by quorum sensing: HapR functions at the aphA promoter.</a> Mol. Microbiol. 46 (4), 1135-1147 (2002).</li><li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+prevalence+of+functional+quorum-sensing+systems+in+recently+emerged+Vibrio+cholerae+toxigenic+strains.">The prevalence of functional quorum-sensing systems in recently emerged Vibrio cholerae toxigenic strains.</a> Environ. Microbiol. Rep. 3 (2), 218-222 (2011).</li><li>Sanders, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aseptic+laboratory+techniques.">Aseptic laboratory techniques.</a> J. Vis. Exp. (63), e3064 (2012).</li><li>Martinez, R. M., Megli, C. J., Taylor, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+laboratory+maintenance+of+Vibrio+cholerae.">Growth and laboratory maintenance of Vibrio cholerae.</a> Curr. Protoc. , 6A.1.1-6A.1.6 (2010).</li></ol>

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200 개 이상의 식별 된 V 중 . cholerae serogroups, 오직 O1과 O139만이 전염병 가능성이있다. O1 혈청 그룹은 클래식과 엘 토르의 두 가지 바이오 타입으로 나눌 수 있습니다. 그러나 엘 토르 (El Tor) 변종 13,17이라고 불리는 하이브리드 계통이 엘 토르 (El Tor) 바이오 타입 배경을 가지고 있으며 고전적 특성 8 , 9 , 10 ,...

콜레라 (Cholera)는 오염 된 음식물이나 수생 그람 음성 박테리아 인 비브리오 콜레라 (Vibrio cholerae)를 함유 한 물의 섭취로 말초 소장의 질병입니다. 콜레라의 증상으로는 구토와 통제 할 수없는 수분 설사가 있으며 심한 탈수증을 유발합니다. 제대로 치료하지 않으면 사망에 이릅니다. V. 콜레라 는 세포 표면 리포 폴리 사카 라이드 O- 항원의 구조에 따라 200 개 이상의 혈청군으로 나눌 수 있습니다. 그러나 O1과 O139의 2 가지 혈청군 만이 전염병 또는 유행성 잠재력 1 , 2을 나타냈다. 또한, 혈청 그룹 O13은 주로 동남 아시아 3 , 4에 격리되어 있으며 혈청 그룹 O1은 전 세계적으로 분포되어있다. 또한, O1 혈청 그룹은 2 가지 주요 바이오 타입으로 분류 될 수있다 : 클래식 및 엘 토르. 고전적인 생물 종은 콜레라 전염병 유행병진행중인 일곱 번째 전염병은 엘 토르 (El Tor) 바이오 타입의 결과로 환경에서 5 , 6 , 7 의 고전적 바이오 타입을 전 세계적으로 대체하고있다. 최근에는 클래식 및 엘 토 바이오 타입 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16 , 17 의 특징을 지닌 균주가 생겨 났으며 , 이후 엘 토르 변종 13 , 17 이라고 명명되었습니다. 일부 엘 토르 (El Tor) 변종은 이전에 관찰 된 것보다 더 빠르고 심각한 질병 진행으로 상승 된 병독성 능력을 입증했으며,에이전트 식별 및 질병 예방 및 치료에 대한보다 포괄적 인 접근 방법의 필요성 8 , 9 , 18 . 생물 종 동정은 치료를 즉시 지시하지는 않지만 백신 개발 및 향후 치료제의 발전은 생물 형별의 이점을 얻을 수 있습니다. 여기에 열거 된 첫 번째 일련의 프로토콜은 조사자가 V 를 적절히 유지할 수있게합니다. cholerae 실험실 환경에서의 변종. 일관성 및 후속 분석을 위해서는 생물학적 특성에 의존하지 않는 균주의 재배 및 성장이 필요합니다. 그러나, 독성 유전자 발현을 최적으로 유도하기 위해서는 독립적 인 생물 종 특이 적 배양 기술이 필요합니다 19 . 또한, 다양한 유전 및 생화학 분석을위한 준비가이 원고에 설명되어 있습니다. 콜레라 독소 (CT)와 독소가 다시 반응합니다.gulated pilus (TCP)는 V 의 두 가지 생물 유형 모두에서 마스터 조절 자 ToxT에 의해 제어되는 두 가지 주요 독성 인자이다. cholerae O1 혈청 군 20 . CT는 5 개의 CtxB로 구성된 bipartite 독소입니다. 단일 CtxA 서브 유닛을 둘러싸고있는 서브 유닛이며 콜레라와 관련된 급속한 전해질 손실을 일으킨다. TCP는 tcp 오페론 ( tcpABQCRDSTEF )에 의해 암호화 된 유형 IV 파일로 말초 소장의 부착과 집락에 관여합니다. tcpA 는 필라 스 8 구축에 필수적인 개별 필린 서브 유닛을 암호화하는 tcp 오페론의 첫 번째 유전자입니다. ctxA 의 유전자 서열은 클래식과 El Tor 바이오 타입 사이에서 완전히 보존되는 반면, ctxB 와 tcpA 는 두 바이오 타입 간에 다르지만 각 바이오 타입 내에서 보존된다. ctxB 는 2 개의 염기 자리를 제외한 바이오 타입 사이에서 완전히 보존된다(115 및 203). 엘 토르 (El Tor) 바이오 타입에서, 티민은 115 번과 203 번 위치에 있고, 전형적인 바이오 타입은이 염기에 시토신을 포함하고있다. tcpA 는 각 바이오 타입 내에서 완전히 보존되지만, 바이오 타입 사이의 여러 기지에서 다르다. 이러한 유전 적 특성은 일차적 인 생물 종 식별 마커 역할을하며, 이들 부위를 포함하는 폴리 메라 이제 연쇄 반응 (PCR) 증폭 산물을 시퀀싱 한 후에 야생형 (WT) 고전 O395 또는 WT El Tor N16961과 비교하여 생물 형질의 배경을 결정할 수있다 주어진 V. cholerae 균주에서 CT와 TCP의 발현 양상을 비교 하였다. 클래식과 El Tor biotypes 21 , 22 , 23 사이의 표현형 차이를 특성화하기 위해 수많은 프로토콜이 개발되었습니다. Polymyxin B는 그람 음성 백신에서 외부 세포막의 완전성을 손상시키는 펩타이드 항생제입니다.teria 및 polymyxin B 저항성은 polymyxin B 저항성 분석을 통해 시각화 할 수 있습니다 21 . 구연산염은 크렙스 사이클의 주요 기질이며 구연산염을 유일한 탄소원으로 대사하는 능력은 구연산 대사 분석법 22 를 사용하여 결정할 수 있습니다. hapR 은 다양한 프로모터 지역에 결합하고 유전자와 오페론 발현을 조절하는 V. cholerae, HapR의 글로벌 조절기와 마스터 쿼럼 감지 조절기를 암호화합니다. V. cholerae 의 일부 병원성 균주는 hapR 유전자에서 자연적으로 발생하는 프레임 변이 돌연변이를 가지고 있으며, 이로 인해 독성 유전자 발현의 밀도 의존적 ​​조절이 24 , 25 개 손실되었다. 우유 한천 배지를 사용하여 HapR- 조절 프로테아제 활성을 측정하면 연구자는 특정 분리주가 기능적 HapR23을 함유하고 있는지 여부를 확인할 수 있습니다. 그만큼용혈 분석법은 적혈구를 용해시키는 용혈 효소를 분비하는 균주의 능력을 시험한다. 용혈 정도를 혈액 한천 플레이트 23 에서 시각화 할 수 있습니다. 운동성은 종종 V. cholerae의 병독성과 관련이 있으며 운동성 한천 플레이트 23을 사용하여 분석 할 수 있습니다. Voges-Proskauer assay는 포도당을 유일한 탄소원으로 발효시켜 부산물 인 acetoin 21 을 생산하는 균주의 능력을 시험합니다. 엘 토르 (El Tor) 변종이 출현함에 따라 광범위한 유전자형 스크리닝없이 V의 바이오 타입 배경을 추론하기 전에 주어진 표현형 분석의 결과를 예측하기가 어렵습니다. cholerae isolates의 경우, assays 23 의이 assembly를 수행하고 그 결과를 표 2 에서와 같이 참조 균주와 비교하는 것이 추천된다. 여기서 우리는 일련의 프로토콜을 발전 시켰으며,V 를 특성화하기위한보다 포괄적 인 접근을위한 genotypic 및 phenotypic 분석법의 사용. cholerae biotypes. 또한, 우리는 알려진 V 의 genotypic 및 phenotypic 구분을 설명했다. (WT 고전적 O395, WT El Tor C6706 및 WT El Tor N16961, 표 1 )와 비교하여, 콜레라 엘 토르 변이체 (MQ1795 및 BAA-2163)를 사용하는 것이 바람직하다. 엘 토르 (El Tor) 변종의 출현은 이전에 사용 된 단일 분석 생물 형질 규명 프로토콜의 신뢰성에 대한 문제점을 제기했다. 그러나,이 다중 분석법 식별 시스템은 임상 및 환경 V 의보다 신뢰성있는 특성 분석을 가능하게합니다. cholerae isolates.

<table><tbody><tr><td>1 kb DNA Ladder</td><td>New England Biolabs</td><td>N3232S</td><td>https://www.neb.com/products/n3232-1-kb-dna-ladder</td></tr><tr><td>60% Glycerol</td><td>Calbiochem</td><td>356352</td><td>http://www.emdmillipore.com/US/en/product/Glycerol%2C-Molecular-Biology-Grade---CAS-56-81-5---Calbiochem,EMD_BIO-356352</td></tr><tr><td>Agar</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>214030</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=214030&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D214030%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Agar with brain-heart infusion</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>237500</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=237500&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D237500%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Agarose</td><td>Peqlab</td><td>732-2789</td><td>https://de.vwr.com/store/catalog/product.jsp?catalog_number=732-2789&amp;amp;_DARGS=/store/cms/de.vwr.com/de_DE/header_2016111711383215.jsp_AF&amp;amp;_dynSessConf=1766917479792147141&amp;amp;targetURL=/store/catalog/product.jsp%3Fcatalog_number%3D732-2789&amp;amp;lastLanguage=en&amp;amp;/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=&amp;amp;_D%3AcurrentLanguage=+&amp;amp;currentLanguage=en&amp;amp;_D%3AlastLanguage=+&amp;amp;_D%3A/vwr/userprofiling/EditPersonalInfoFormHandler.updateLocale=+</td></tr><tr><td>Anhydrous K&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>Fisher Scientific</td><td>P288-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-dibasic-anhydrous-crystalline-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/p288500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=P288500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Blood Agar Plates</td><td>Remel</td><td>R01200</td><td>Store at 4 &amp;deg;C;&amp;nbsp; http://www.remel.com/Catalog/Item.aspx?name=Blood+Agar</td></tr><tr><td>Boric Acid</td><td>Fisher Scientific</td><td>A73-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/boric-acid-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/a73500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=A73500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Bromothymol Blue</td><td>Fisher Scientific</td><td>B388-10</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/bromothymol-blue-certified-acs-fisher-chemical/b38810?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=B38810&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Cirtric acid &amp;middot;H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Fisher Scientific</td><td>S72836-3</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/citric-acid-monohydrate-4/s728363#?keyword=s728363</td></tr><tr><td>Deoxynucleotide (dNTP) Solution Kit</td><td>New England Biolabs</td><td>N0446S</td><td>Store at -20 &amp;deg;C;&amp;nbsp; https://www.neb.com/products/n0446-deoxynucleotide-solutionset</td></tr><tr><td>Disodium EDTA</td><td>Fisher Scientific</td><td>S311-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/ethylenediaminetetraacetic-acid-disodium-salt-dihydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-7/s311500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=S311500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>DNA Clean &amp;amp; Concentrator&amp;trade; -25 Kit</td><td>Zymo Research</td><td>D4007</td><td>http://www.zymoresearch.com/dna/dna-clean-up/zymoclean-gel-dna-recovery-kit</td></tr><tr><td>GelGreen Nucleic Acid Stain</td><td>Biotium</td><td>41005</td><td>https://biotium.com/product/gelgreentm-nucleic-acid-gel-stain-10,000x-in-water/</td></tr><tr><td>Genesys 10SUV-VIS Spectrophotometer</td><td>Thermo Scientific</td><td>840-208100</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/840-208100?ICID=search-840-208100</td></tr><tr><td>Gentra Puregene Yeast/Bact. Kit</td><td>Qiagen</td><td>158567</td><td>https://www.qiagen.com/us/shop/sample-technologies/dna/dna-preparation/gentra-puregene-yeastbact-kit/#orderinginformation</td></tr><tr><td>HCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>A144-212</td><td>Corrosive;&amp;nbsp; https://www.fishersci.com/shop/products/hydrochloric-acid-certified-acs-plus-fisher-chemical-10/a144212?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=A144212&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>P217-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-4/p217500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=P217500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>Fisher Scientific</td><td>P285-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-phosphate-monobasic-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-5/p285500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=P285500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>KOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>P250-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/potassium-hydroxide-pellets-certified-acs-fisher-chemical-5/p250500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=P250500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Le Loop</td><td>Decon Labs Inc.</td><td>MP190-25</td><td>http://deconlabs.com/products/leloop/</td></tr><tr><td>Le Stab</td><td>Decon Labs Inc.</td><td>MP186-5</td><td>http://deconlabs.com/products/lestab/</td></tr><tr><td>MgSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;middot;7H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Fisher Scientific</td><td>M63-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/magnesium-sulfate-heptahydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-3/m63500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=M63500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Mini-Sub Cell GT Horizontal Electrophoresis System</td><td>Bio Rad Labs</td><td>1704406</td><td>http://www.bio-rad.com/en-us/product/mini-sub-cell-gt-cell?WT.srch=1&amp;amp;WT.mc_id=aw-cbb-NA-sub_cell_systems_brand_gold&amp;amp;WT.knsh_id=7eb1981f-a011-42a3-aece-1236ff453373</td></tr><tr><td>MR-VP Broth</td><td>Difco</td><td>216300</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=216300&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3Dmr-vp%2Bmedium%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;</td><td>Fisher Scientific</td><td>S374-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-phosphate-dibasic-anhydrous-granular-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s374500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=S374500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-chloride-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-6/s27110?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=S27110&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaHCO&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;</td><td>Fisher Scientific</td><td>S233-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-bicarbonate-powder-certified-acs-fisher-chemical-5/s233500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=S233500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NaNH&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;&amp;middot;4H&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O</td><td>Fisher Scientific</td><td>S218-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sodium-ammonium-phosphate-tetrahydrate-crystalline-certified-fisher-chemical/s218500?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=S218500&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>NanoDrop Lite Spectrophtometer</td><td>Thermo Scientific</td><td>ND-LITE-PR</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-LITE-PR?ICID=search-ND-LITE-PR</td></tr><tr><td>Nonfat dry milk</td><td>Nestle Carnation</td><td>N/A</td><td>N/A</td></tr><tr><td>Peptone</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>211677</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=211677&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D211677%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Petri Dishes (100 mm x 15 mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875712</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875712#?keyword=FB0875712</td></tr><tr><td>Petri Dishes (150 mm x 15 mm)</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875714</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-12/fb0875714?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=FB0875714&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Polymyxin B sulfate salt</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P1004-10MU</td><td>Store at 2-4 &amp;deg;C; http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/p1004?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Taq&lt;/em&gt; DNA Polymerase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0273S</td><td>Store at -20 &amp;deg;C; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Taq&lt;/em&gt; Reaction Buffer</td><td>New England Biolabs</td><td>M0273S</td><td>Store at -20 &amp;deg;C;&amp;nbsp; https://www.neb.com/products/m0273-taq-dna-polymerase-with-standard-taq-buffer</td></tr><tr><td>Thermal Cycler Bio-Rad C1000 Touch&amp;trade;&amp;nbsp;</td><td>Bio Rad Labs</td><td>1840148</td><td>http://www.bio-rad.com/evportal/evolutionPortal.portal?_nfpb=true&amp;amp;_pageLabel=search_page&amp;amp;sfMode=search&amp;amp;sfStartNumber=1&amp;amp;clearQR=true&amp;amp;js=1&amp;amp;searchString=1840148&amp;amp;database=productskus+productcategories+productdetails+abdProductDetails+msds+literatures+inserts+faqs+downloads+webpages+assays+genes+pathways+plates+promotions&amp;amp;tabName=DIVISIONNAME</td></tr><tr><td>Triphenyltetrazolium chloride</td><td>Alfa Aesar</td><td>A10870</td><td>https://www.alfa.com/en/catalog/A10870/</td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP152-1</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/tris-base-white-crystals-crystalline-powder-molecular-biology-fisher-bioreagents-7/bp1521?searchHijack=true&amp;amp;searchTerm=BP1521&amp;amp;searchType=RAPID</td></tr><tr><td>Tryptone</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>211705</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=211705&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D211705%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>Yeast Extract</td><td>Becto, Dickinson and Co.</td><td>212750</td><td>http://catalog.bd.com/nexus-ecat/getProductDetail?productId=212750&amp;amp;parentCategory=&amp;amp;parentCategoryName=&amp;amp;categoryId=&amp;amp;categoryName=&amp;amp;searchUrl=%2FsearchResults%3Fkeyword%3D212750%26typeOfSearch%3DproductSearch</td></tr><tr><td>&amp;alpha;-napthol</td><td>MP Biomedicals</td><td>204189</td><td>http://www.mpbio.com/product.php?pid=05204189</td></tr></tbody></table>

laboratory techniques used to maintain and differentiate biotypes of vibrio cholerae clinical and environmental isolates

수중 그람 음성 박테리아 Vibrio cholerae 는 감염성 위장병 콜레라의 원인균입니다. 이 질병의 세계적 유병률과 중증도 때문에 V. cholerae 는 환경 및 실험실 환경에서 광범위하게 연구되어 왔으며 적절한 유지 관리 및 배양 기술이 필요합니다. Classical과 El Tor는 V 를 구성하는 두 가지 주요 biotypes입니다. cholerae O1 serogroup은 각각 고유 한 genotypic과 phenotypic 특성을 나타내어 생물 종 특성 결정을위한 신뢰할 수있는 메커니즘을 제공하고 배양 조건을 유도하는 독성을 필요로한다. 주어진 감염 또는 발병에 대한 원인 균주의 생물 유형에 관계없이, 질병의 표준 치료에는 항생제 처방으로 보충 된 수분 요법이 포함됩니다. 그러나 생물학적 분류는 실험실 연구에 필요할 수 있으며 생물 의학 분야에서 더 광범위한 영향을 미칠 수 있습니다.2000 년대 초반에는 임상 적으로 분리 된 균주가 확인되었는데, 이는 고전 및 엘 토 바이오 타입의 유전형 및 표현형 특성을 나타냅니다. 엘 토르 (El Tor) 변종으로 불리는 새롭게 확인 된 잡종 (hybrid)은 임상 적 및 환경 적으로 격리 된 생물 종 식별을 이전의 전통적인 단일 분석 식별 프로토콜보다 더 복잡하게 만들었다. V 를 기술하는 것 외에. (copyyyin B 저항성, 구연산 대사, 단백 분해 활성, 용혈 활성, 운동성 및 포도당 대사)에 대한 일련의 유전자 특이 적 ( ctxB 및 tcpA ) PCR 기반 유전자 스크린과 표현형 분석을 기술하고있다. Proskauer assay)은 고전적 및 엘 토르 생물 유형을 특성화 및 / 또는 구별하기 위해 집합 적으로 사용되었습니다. 함께,이 assays는 대안으로, 또는 추가로, characteriza에 비용이 많이 드는, 노동 집약적 인 실험에 사용되는 효율적인 체계적인 접근 방식을 제공합니다V의 변화 . cholerae 임상 (및 환경) 균주.

박테리아 균주의 적절한 유지 관리 및 사용을 위해서는 관심있는 균주의 배가 시간을 알아 두는 것이 좋습니다. 여기서, 일반적으로 사용되는 V 의 변화하는 성장 속도. 콜레라 균주는 성장 곡선을 통해 입증되었고 근사 배가 시간은 선형 회귀를 사용하여 계산되었다. WT El Tor N16961 및 El Tor 변종 MQ1795는 WT 고전 O395 (~ 2 시간)보다 짧은 배증 시간 (각각 1 시간 및...

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Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

이 원고는 일련의 생화학 분석법 외에도 적절한 Vibrio cholerae 유지 기술을 설명하며, 임상 적 및 환경 적 V 사이의 신속하고 안정적인 차별화를 위해 집합 적으로 활용됩니다. 실험실 환경에서 cholerae biotypes.

생물학적 유형을 유지하고 차별화하기 위해 사용되는 실험실 기술<em&gt; 콜레라 비브리오</em&gt; 임상 적 및 환경 적 분리 물

The aquatic Gram-negative bacterium Vibrio cholerae is the etiological agent of the infectious gastrointestinal disease cholera. Due to the global ...

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Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental Isolates

10.8K 조회수.  Plymouth State University.  이 원고는 일련의 생화학 분석법 외에도 적절한 Vibrio cholerae 유지 기술을 설명하며, 임상 적 및 환경 적 V 사이의 신속하고 안정적인 차별화를 위해 집합 적으로 활용됩니다. 실험실 환경에서 cholerae biotypes. 

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Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence of novel viral pathogens, such as SARS coronavirus and 2009 pandemic H1N1 influenza virus, that are not detectable by traditional methods. To address these challenges, we have previously developed and validated a pan-viral microarray platform called the Virochip with the capacity to detect all known viruses as well as novel variants on the basis of conserved sequence homology1. Using the Virochip, we have identified the full spectrum of viruses associated with respiratory infections, including cases of unexplained critical illness in hospitalized patients, with a sensitivity equivalent to or superior to conventional clinical testing2-5. The Virochip has also been used to identify novel viruses, including the SARS coronavirus6,7, a novel rhinovirus clade5, XMRV (a retrovirus linked to prostate cancer)8, avian bornavirus (the cause of a wasting disease in parrots)9, and a novel cardiovirus in children with respiratory and diarrheal illness10. The current version of the Virochip has been ported to an Agilent microarray platform and consists of ~36,000 probes derived from over ~1,500 viruses in GenBank as of December of 2009. Here we demonstrate the steps involved in processing a Virochip assay from start to finish (~24 hour turnaround time), including sample nucleic acid extraction, PCR amplification using random primers, fluorescent dye incorporation, and microarray hybridization, scanning, and analysis.

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

The Virochip is a pan-viral microarray designed to simultaneously detect all known viruses as well as novel viruses on the basis of conserved sequence homology. Here we demonstrate how to run a Virochip assay to analyze clinical samples for the presence of both known and unknown viruses.

바이러스성 병원균에 대한 임상 샘플을 화면에 판 - 바이러스성 Microarray 분석 (Virochip)를 사용

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

연구

면역학 및 감염병학

TransFLP &#x2014; A Method to Genetically Modify Vibrio cholerae Based on Natural Transformation and FLP-recombination

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids (e.g. harboring pir-dependent or temperature-sensitive replicons1,2). These plasmids are integrated into bacterial chromosomes based on homology-mediated recombination. Such insertional mutants are often directly used in experimental settings. Alternatively, selection for plasmid excision followed by its loss can be performed, which for Gram-negative bacteria often relies on the counter-selectable levan sucrase enzyme encoded by the sacB gene4. The excision can either restore the pre-insertion genotype or result in an exchange between the chromosome and the plasmid-encoded copy of the modified gene. A disadvantage of this technique is that it is time-consuming. The plasmid has to be cloned first; it requires horizontal transfer into V. cholerae (most notably by mating with an E. coli donor strain) or artificial transformation of the latter; and the excision of the plasmid is random and can either restore the initial genotype or create the desired modification if no positive selection is exerted. Here, we present a method for rapid manipulation of the V. cholerae chromosome(s)5 (Figure 1). This TransFLP method is based on the recently discovered chitin-mediated induction of natural competence in this organism6 and other representative of the genus Vibrio such as V. fischeri7. Natural competence allows the uptake of free DNA including PCR-generated DNA fragments. Once taken up, the DNA recombines with the chromosome given the presence of a minimum of 250-500 bp of flanking homologous region8. Including a selection marker in-between these flanking regions allows easy detection of frequently occurring transformants.
This method can be used for different genetic manipulations of V. cholerae and potentially also other naturally competent bacteria. We provide three novel examples on what can be accomplished by this method in addition to our previously published study on single gene deletions and the addition of affinity-tag sequences5. Several optimization steps concerning the initial protocol of chitin-induced natural transformation6 are incorporated in this TransFLP protocol. These include among others the replacement of crab shell fragments by commercially available chitin flakes8, the donation of PCR-derived DNA as transforming material9, and the addition of FLP-recombination target sites (FRT)5. FRT sites allow site-directed excision of the selection marker mediated by the Flp recombinase10.

A quick method to modify the genome of V. cholerae is described. These modifications include the deletion of single genes, gene clusters and genomic islands as well as the integration of short sequences (e.g. promoter elements or affinity-tag sequences). The method is based on the natural transformation and FLP-recombination.

TransFLP - 유 전적으로 수정하는 방법<em&gt; 장염 cholerae</em&gt; 자연 변화와 FLP-재조합에 근거

Several methods are available to manipulate bacterial chromosomes1-3. Most of these protocols rely on the insertion of conditionally replicative plasmids ...

Culturing and Maintaining Clostridium difficile in an Anaerobic Environment

Clostridium difficile is a Gram-positive, anaerobic, sporogenic bacterium that is primarily responsible for antibiotic associated diarrhea (AAD) and is a significant nosocomial pathogen. C. difficile is notoriously difficult to isolate and cultivate and is extremely sensitive to even low levels of oxygen in the environment. Here, methods for isolating C. difficile from fecal samples and subsequently culturing C. difficile for preparation of glycerol stocks for long-term storage are presented. Techniques for preparing and enumerating spore stocks in the laboratory for a variety of downstream applications including microscopy and animal studies are also described. These techniques necessitate an anaerobic chamber, which maintains a consistent anaerobic environment to ensure proper conditions for optimal C. difficile growth. We provide protocols for transferring materials in and out of the chamber without causing significant oxygen contamination along with suggestions for regular maintenance required to sustain the appropriate anaerobic environment for efficient and consistent C. difficile cultivation.

Culturing and Maintaining Clostridium difficile in an Anaerobic Environment

Clostridium difficile is a pathogenic bacterium that is a strict anaerobe and causes antibiotic associated diarrhea (AAD). Here, methods for isolating, culturing and maintaining C. difficile vegetative cells and spores are described. These techniques necessitate an anaerobic chamber, which requires regular maintenance to ensure proper conditions for optimal C. difficile cultivation.

배양 및 유지<em&gt; 클로 스트 리듐 디피</em&gt; 혐기성 환경에서

Clostridium  difficile is a Gram-positive, anaerobic, sporogenic bacterium  that is primarily responsible for antibiotic associated diarrhea (AAD) and is ...

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the majority of Vibrio-associated infections. Thus, accurate differentiation among Vibrio spp. and detection of V. parahaemolyticus is critically important to ensure the safety of our food supply. Although molecular techniques are increasingly common, culture-depending methods are still routinely done and they are considered standard methods in certain circumstances. Hence, a novel chromogenic agar medium was tested with the goal of providing a better method for isolation and differentiation of clinically relevant Vibrio spp. The protocol compared the sensitivity, specificity and detection limit for the detection of V. parahaemolyticus between the new chromogenic medium and a conventional medium. Various V. parahaemolyticus strains (n=22) representing diverse serotypes and source of origins were used. They were previously identified by Food and Drug Administration (FDA) and Centers for Disease Control and Prevention (CDC), and further verified in our laboratory by tlh-PCR. In at least four separate trials, these strains were inoculated on the chromogenic agar and thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose (TCBS) agar, which is the recommended medium for culturing this species, followed by incubation at 35-37 &#176;C for 24-96 hr. Three V. parahaemolyticus strains (13.6%) did not grow optimally on TCBS, nonetheless exhibited green colonies if there was growth. Two strains (9.1%) did not yield the expected cyan colonies on the chromogenic agar. Non-V. parahaemolyticus strains (n=32) were also tested to determine the specificity of the chromogenic agar. Among these strains, 31 did not grow or exhibited other colony morphologies. The mean recovery of V. parahaemolyticus on the chromogenic agar was ~96.4% relative to tryptic soy agar supplemented with 2% NaCl. In conclusion, the new chromogenic agar is an effective medium to detect V. parahaemolyticus and to differentiate it from other vibrios.

Development of a More Sensitive and Specific Chromogenic Agar Medium for the Detection of Vibrio parahaemolyticus and Other Vibrio Species

Detection and isolation of clinically relevant Vibrio species require selective and differential culture media. This study evaluated the ability of a new chromogenic medium to detect and identify V. parahaemolyticus and other related species. The new medium was found to have better sensitivity and specificity than the conventional medium.

의 검출을위한 더 민감하고 특정 원체 한천 배지의 개발<em&gt; 장염 비브리오 균</em&gt; 및 기타<em&gt; 비브리오</em&gt; 종

Foodborne infections in the US caused by Vibrio species have shown an upward trend. In the genus Vibrio, V. parahaemolyticus is responsible for the ...

A Protocol to Characterize the Morphological Changes of Clostridium difficile in Response to Antibiotic Treatment

Assessment of antibiotic action with new drug development directed towards anaerobic bacteria is difficult and technically demanding. To gain insight into possible MOA, morphologic changes associated with antibiotic exposure can be visualized using scanning electron microscopy (SEM). Integrating SEM imaging with traditional kill curves may improve our insight into drug action and advance the drug development process. To test this premise, kill curves and SEM studies were conducted using drugs with known but different MOA (vancomycin and metronidazole). C. difficile cells (R20291) were grown with or without the presence of antibiotic for up to 48 h. Throughout the 48 h interval, cells were collected at multiple time points to determine antibiotic efficacy and for imaging on the SEM. Consistent with previous reports, vancomycin and metronidazole had significant bactericidal activity following 24 h of treatment as measured by colony-forming unit (CFU) counting. Using SEM imaging we determined that metronidazole had significant effects on cell length (&#62; 50% reduction in cell length for each antibiotic; P&#60; 0.05) compared to controls and vancomycin. While the phenotypic response to drug treatment has not been documented previously in this manner, they are consistent with the drug&#39;s MOA demonstrating the versatility and reliability of the imaging and measurements and the application of this technique for other experimental compounds.

A Protocol to Characterize the Morphological Changes of Clostridium difficile in Response to Antibiotic Treatment

Antibiotic efficacy is most commonly determined by conducting killing kinetic studies and measuring colony forming units (CFUs). By integrating scanning electron microscopy (SEM) with these standard methods, we can distinguish the pharmacological effects of treatment between different antibiotics.

형태 변화를 규명하기위한 프로토콜<em&gt; 클로스 트리 디움 디피 실</em&gt; 항생제 치료에 대한 반응

Assessment of antibiotic action with new drug development directed towards anaerobic bacteria is difficult and technically demanding. To gain insight into ...

Induction of Cellular Differentiation and Single Cell Imaging of Vibrio parahaemolyticus Swimmer and Swarmer Cells

The ability to study the intracellular localization of proteins is essential for the understanding of many cellular processes. In turn, this requires the ability to obtain single cells for fluorescence microscopy, which can be particularly challenging when imaging cells that exist within bacterial communities. For example, the human pathogen Vibrio parahaemolyticus exists as short rod-shaped swimmer cells in liquid conditions that upon surface contact differentiate into a subpopulation of highly elongated swarmer cells specialized for growth on solid surfaces. This paper presents a method to perform single cell fluorescence microscopy analysis of V. parahaemolyticus in its two differential states. This protocol very reproducibly induces differentiation of V. parahaemolyticus into a swarmer cell life-cycle and facilitates their proliferation over solid surfaces. The method produces flares of differentiated swarmer cells extending from the edge of the swarm-colony. Notably, at the very tip of the swarm-flares, swarmer cells exist in a single layer of cells, which allows for their easy transfer to a microscope slide and subsequent fluorescence microscopy imaging of single cells. Additionally, the workflow of image analysis for demographic representation of bacterial societies is presented. As a proof of principle, the analysis of the intracellular localization of chemotaxis signaling arrays in swimmer and swarmer cells of V. parahaemolyticus is described.

Induction of Cellular Differentiation and Single Cell Imaging of Vibrio parahaemolyticus Swimmer and Swarmer Cells

This protocol enables single cell microscopy of the differentially distinct Vibrio parahaemolyticus swimmer and swarmer cells. The method produces a population of swarmer cells easily available for single cell analysis and covers preparation of cell cultures, induction of swarmer differentiation, sample preparation, and image analysis.

세포 분화 및 단일 세포 이미징의 유도<em&gt; 비브리오 균 (Vibrio parahaemolyticus)</em&gt; Swimmer and Swarmer Cells

The ability to study the intracellular localization of proteins is essential for the understanding of many cellular processes. In turn, this requires the ...

Bile Salt-induced Biofilm Formation in Enteric Pathogens: Techniques for Identification and Quantification

Biofilm formation is a dynamic, multistage process that occurs in bacteria under harsh environmental conditions or times of stress. For enteric pathogens, a significant stress response is induced during gastrointestinal transit and upon bile exposure, a normal component of human digestion. To overcome the bactericidal effects of bile, many enteric pathogens form a biofilm hypothesized to permit survival when transiting through the small intestine. Here we present methodologies to define biofilm formation through solid-phase adherence assays as well as extracellular polymeric substance (EPS) matrix detection and visualization. Furthermore, biofilm dispersion assessment is presented to mimic the analysis of events triggering release of bacteria during the infection process. Crystal violet staining is used to detect adherent bacteria in a high-throughput 96-well plate adherence assay. EPS production assessment is determined by two assays, namely microscopy staining of the EPS matrix and semi-quantitative analysis with a fluorescently-conjugated polysaccharide binding lectin. Finally, biofilm dispersion is measured through colony counts and plating. Positive data from multiple assays support the characterization of biofilms and can be utilized to identify bile salt-induced biofilm formation in other bacterial strains.

This protocol enables the reader to analyze bile salt-induced biofilm formation in enteric pathogens using a multifaceted approach to capture the dynamic nature of bacterial biofilms by assessing adherence, extracellular polymeric substance matrix formation, and dispersion.

담 즙 소금 유도 Biofilm 형성 장 병원 체에서: 식별 및 정량화 기술

Biofilm formation is a dynamic, multistage process that occurs in bacteria under harsh environmental conditions or times of stress. For enteric pathogens, ...

Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model

Vibrio cholerae is best known as the infectious agent that causes the human disease cholera. Outside the human host, V. cholerae primarily exists in the aquatic environment, where it interacts with a variety of higher aquatic species. Vertebrate fish are known to be an environmental host and are a potential V. cholerae reservoir in nature. Both V. cholerae and the teleost fish species Danio rerio, commonly known as zebrafish, originate from the Indian subcontinent, suggesting a long-standing interaction in aquatic environments. Zebrafish are an ideal model organism for studying many aspects of biology, including infectious diseases. Zebrafish can be easily and rapidly colonized by V. cholerae after exposure in water. Intestinal colonization by V. cholerae leads to the production of diarrhea and the excretion of replicated V. cholerae. These excreted bacteria can then go on to colonize new fish hosts. Here, we demonstrate how to assess V. cholerae-intestinal colonization in zebrafish and how to quantify V. cholerae-induced zebrafish diarrhea. The colonization model should be useful to researchers who are studying whether genes of interest may be important for host colonization and/or for environmental survival. The quantification of zebrafish diarrhea should be useful to researchers studying any intestinal pathogen who are interested in exploring zebrafish as a model system.

Quantifying Vibrio cholerae Colonization and Diarrhea in the Adult Zebrafish Model

Zebrafish are a natural Vibrio cholerae host and can be used to recapitulate and study the entire infectious cycle from colonization to transmission. Here, we demonstrate how to assess V. cholerae colonization levels and quantify diarrhea in zebrafish.

비 브리 오 cholerae 식민과 설사 성인 Zebrafish 모델에서 측정

Vibrio cholerae is best known as the infectious agent that causes the human disease cholera. Outside the human host, V. cholerae primarily exists in the ...

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. This method employs stable plasmids that allow each population to be differentially tagged with distinct antibiotic resistance capabilities and fluorescent proteins for selection and visual discrimination of each population, respectively. Here, we describe the preparation and coincubation of competing Vibrio fischeri strains, fluorescence microscopy imaging, and quantitative data analysis. This approach is simple, yields quick results, and can be used to determine whether one population kills or inhibits the growth of another population, and whether competition is mediated through a diffusible molecule or requires direct cell-cell contact. Because each bacterial population expresses a different fluorescent protein, the assay permits the spatial discrimination of competing populations within a mixed colony. Although the described methods are performed with the symbiotic bacterium V. fischeri using conditions optimized for this species, the protocol can be adapted for most culturable bacterial isolates.

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

Bacteria encode diverse mechanisms for engaging in interbacterial competition. Here, we present a culture-based protocol for characterizing competitive interactions between bacterial isolates and how they impact the spatial structure of a mixed population.

비브리오 피셔리 분리 사이의 경쟁 적 상호 작용을 정량화하기위한 동전 분석

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. ...

Rapid Protocol for Preparation of Electrocompetent Escherichia coli and Vibrio cholerae

Electroporation has become a widely used method for rapidly and efficiently introducing foreign DNA into a wide range of cells. Electrotransformation has become the method of choice for introducing DNA into prokaryotes that are not naturally competent. Electroporation is a rapid, efficient, and streamlined transformation method that, in addition to purified DNA and competent bacteria, requires commercially available gene pulse controller and cuvettes. In contrast to the pulsing step, preparation of electrocompetent cells is time consuming and labor intensive involving repeated rounds of centrifugation and washes in decreasing volumes of sterile, cold water, or non-ionic buffers of large volumes of cultures grown to mid-logarithmic phase of growth. Time and effort can be saved by purchasing electrocompetent cells from commercial sources, but the selection is limited to commonly employed E. coli laboratory strains. We are hereby disseminating a rapid and efficient method for preparing electrocompetent E. coli, which has been in use by bacteriology laboratories for some time, can be adapted to V. cholerae and other prokaryotes. While we cannot ascertain whom to credit for developing the original technique, we are hereby making it available to the scientific community.

Rapid Protocol for Preparation of Electrocompetent Escherichia coli and Vibrio cholerae

Electroporation is a commonly employed method for introducing DNA into bacteria in a process known as transformation. Traditional protocols for the preparation of electrocompetent cells are time consuming and labor intensive. This article describes an alternate, rapid, and efficient method for the preparation of electrocompetent cells presently employed by some laboratories.

Electrocompetent의 준비를위한 신속한 프로토콜<em&gt; 대장균</em&gt;와<em&gt; 콜레라 균</em

Electroporation has become a widely used method for rapidly and efficiently introducing foreign DNA into a wide range of cells. Electrotransformation has ...

생물학적 유형을 유지하고 차별화하기 위해 사용되는 실험실 기술

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바이러스성 병원균에 대한 임상 샘플을 화면에 판 - 바이러스성 Microarray 분석 (Virochip)를 사용

TransFLP - 유 전적으로 수정하는 방법

배양 및 유지

의 검출을위한 더 민감하고 특정 원체 한천 배지의 개발

형태 변화를 규명하기위한 프로토콜

세포 분화 및 단일 세포 이미징의 유도

담 즙 소금 유도 Biofilm 형성 장 병원 체에서: 식별 및 정량화 기술

비 브리 오 cholerae 식민과 설사 성인 Zebrafish 모델에서 측정

비브리오 피셔리 분리 사이의 경쟁 적 상호 작용을 정량화하기위한 동전 분석

Electrocompetent의 준비를위한 신속한 프로토콜