Name: semi-quantitative detection of rna-dependent rna polymerase activity of human telomerase reverse transcriptase protein
Uploaded: 2018-06-12T14:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 26 s
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この作品によって支えられた一部プロジェクトがん治療 (P ダイレクト) (15cm0106102h0002 キロ) とプロジェクトに関する革新的な研究開発の癌研究と治療の進化 (P-作成) (16 cm 01061150001、キロ) の日本代理店から医学研究・開発、アメッド;武田科学振興財団 (山口);プリンセス高松がん研究基金 (13-24520 やって来た); の付与・日本学術振興会科研費助成番号 JP16K07133 (y. m.)。

1. 試薬のセットアップ
<ol><li>
セルの同期に使用される試薬
	<ol>
<li>ダルベッコ変法イーグル培地 (DMEM) 2.5 mM チミジンを含む、生成するには、125 mM チミジンを準備する組織培養グレードの水の 1 mL あたりチミジンの 30.28 mg を溶解します。0.22 μ m シリンジ フィルター ユニットを備えたソリューションをろ液します。作りたての 125 mM チミジン (巻/巻) 10% 牛胎児血清 (FBS) を DMEM の 50 mL あたりの 1 つの mL を追加します。</li>
		<li>ノコダゾールを 0.1 μ g/mL を含む DMEM を生成するには、ノコダゾール ジメチルスルホキシド (DMSO) 5 μ g/μ L ノコダゾールを準備するを溶解します。10% (巻/巻) FBS 添加 DMEM の 50 mL あたり μ L ノコダゾール/5 μ g の 1 μ L を追加します。</li>
		<li>DMSO の 0.002% (巻/巻) を含む DMEM を生成、DMSO 50 mL の 10% (巻/巻) FBS DMEM のあたり 1 μ L を追加します。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
IP 酵素アッセイ用試薬
	<ol>
<li>換散バッファー a: 150 mM の NaCl、20 mM トリス-HCl (pH 7.4) の準備と 0.5% (巻/巻) ノニデット P-40 (NP-40)。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>酢酸緩衝液 × 5 を準備: 50 ミリメートル 2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic 酸 (HEPES)-島 (pH 7.8)、酢酸カリウム 500 mM と 20 mM の MgCl2。室温で試薬を格納します。</li>
		<li>洗浄バッファー 1:1 x 酢酸緩衝液、10% (巻/巻) グリセロール、0.1% (巻/巻) トリトン X-100 と 0.06 倍プロテアーゼ抑制剤のカクテル、ethylenediamenetetraacetic 酸 (EDTA) の準備-無料。使用日または使用する前に日に洗浄バッファー 1 を準備します。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>AGC ソリューションを準備: 酢酸緩衝液、10% (巻/巻) グリセロール、0.02% (重量/巻) 3 [(3-Cholamidopropyl) dimethylammonio x 1]-1-propanesulfonat (チャップス)。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>AGC 溶液 2 mM CaCl2を生成するには、AGC ソリューション 50 mL 当たり 1 M CaCl2の 100 μ L を追加します。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>3 mM エチレングリコールビス (b aminoethylether) を含む AGC ソリューションを生成する-N, N, N', N'-四酢酸 (グリコールエーテルジアミン四酢酸)、AGC 溶液 50 mL あたり 0.4 m グリコールエーテルジアミン四酢酸 (pH 7.5) 375 μ L を追加。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>洗浄バッファー 2:1 x 酢酸と 0.02% (重量/巻) チャップスを準備します。4 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>HMD のソリューションの準備: 0.2 MgCl2 40 mM と 2 mM ジチオトレイトール (DTT) M HEPES 島 (pH 7.8)。-20 ° C で試薬を格納します。 注: HMD のソリューションは、3 カ月で少なくとも書き換える必要があります。</li>
		<li>プロティナーゼ K バッファー x 2 の準備: 20 mM トリス-HCl (pH 7.6)、20 ミリメートルの EDTA および 1% (重量/巻) ナトリウム dodecyl 硫酸塩 (SDS)。-20 ° C で試薬を格納します。</li>
		<li>バッファー x 2 の準備: 95% (巻/巻) ホルムアミド、20 ミリメートルの EDTA および 1% (重量/巻) オレンジ g. 保存-20 ° C で試薬</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. HeLa 細胞の調製
注: 準備 HeLa 細胞分裂期 (操作) または非同期的に分割することで同期 (たがる)。37 ° C で 5% CO2の存在下での細胞を培養します。
<ol><li>
有糸分裂の HeLa 細胞の同期
	<ol>
<li>10% (巻/巻) 10 cm の培養皿で FBS DMEM の 10 mL で 1 × 106の HeLa 細胞をプレートします。</li>
		<li>メッキ後、2 日間は、10 ml の 2.5 mM チミジンおよび 10% (巻/巻) FBS を含む DMEM の媒体を交換します。24 h の細胞を培養します。</li>
		<li>リン酸緩衝生理食塩水 (PBS) (-)、10 mL で 3 回細胞を洗浄し、10 ml の 10% (巻/巻) FBS 6 h を含む DMEM の細胞の培養します。</li>
		<li>10 mL を 0.1 μ g/mL ノコダゾールと 10% (巻/巻)、政府短期証券を含む DMEM 培地に置き換えるし、14 時間の細胞の培養します。</li>
		<li>培養皿を振盪し、上清戸の分裂期の細胞を含むを取得します。IP 酵素試金のためのセル数をカウントします。</li>
		<li>490 x g 4 ° C で 5 分間のサンプルを遠心し、上澄みを廃棄します。 注意: 細胞ペレットは-80 ° C で保存することができます。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
非操作 HeLa 細胞の調製
	<ol>
<li>10% (巻/巻) 10 cm の培養皿で FBS DMEM の 10 mL で 1 × 106の HeLa 細胞をプレートします。</li>
		<li>メッキ後、2 日間は 10% (巻/巻) FBS を含む DMEM の 10 mL で媒体を交換します。30 h の細胞を培養します。</li>
		<li>0.002% (巻/巻) DMSO および 10% (集集)、FBS を含む DMEM の 10 mL で媒体を交換し、14 時間の細胞の培養します。</li>
		<li>トリプシン (2.5 g/L) 1 mM EDTA を含む 0.7 ml trypsinization によって細胞を収集します。IP 酵素試金のためのセル数をカウントします。</li>
		<li>490 x g 4 ° C で 5 分間のサンプルを遠心し、上澄みを廃棄します。 注意: 細胞ペレットは-80 ° C で保存することができます。</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. IP 酵素アッセイ
<ol><li>タンパク質 A アガロース ビーズ準備
	<ol>
<li>親和性の樹脂の 1.5 mL 遠心チューブに 1 mL (ベッド ボリューム 500 μ L) を転送します。4 ° C で 5 分間 800 × gで遠心分離し、上澄みを廃棄します。</li>
		<li>、ビーズに換散バッファー A の 800 μ L を追加し、チューブを数回反転でよく混ぜます。4 ° C で 3 分間 800 × gで遠心分離し、上澄みを廃棄します。2 回 (合計 3 つ洗浄) この手順を繰り返します。</li>
		<li>ビーズに換散バッファー A の 800 μ L を追加、数回チューブを反転でよく混ぜます。シェーカーに 4 ° c のチューブを回転させて一晩 (または、少なくとも 4 時間のため)。</li>
		<li>4 ° C で 3 分間 800 x gでチューブを遠心し、上澄みを廃棄します。</li>
		<li>、ビーズに換散バッファー A の 500 μ L を追加し、チューブを数回反転でよく混ぜます。4 ° C でビーズを格納します。</li>
	</ol></li>
	<li>細胞ライセートの調製
	<ol>
<li>(省略可能)手順 2 でセルが固定されている場合、セルがルーズになるまで氷の上凍結細胞を解凍を置き。</li>
		<li>10 mL の PBS (-) で一度セルを洗浄します。1,450 × g 4 ° C で 5 分間のサンプルを遠心分離し、上澄みを廃棄します。</li>
		<li>穏やかなピペッティングで冷たいの換散バッファー (1 mL あたり 1 x 10 の7セルの換散バッファー A の) 細胞を溶解させます。</li>
		<li>次の条件を 1.5 mL チューブにサンプルを超音波照射します。25% で、超音波発生装置の増幅を設定し、10 の超音波 s。</li>
		<li>4 ° C で 15 分間 20,400 x gでサンプルを遠心分離します。</li>
		<li>上清を収集します。1.5 mL 遠心チューブに上清 1 mL を移します。 注意: は、RNase フリーの条件下ですべての手順を実行します。</li>
	</ol></li>
	<li>免疫沈降
	<ol>
<li>事前に回避ステップ 3.2.6 から溶解液 40 μ L (ビーズ ボリューム 20 μ L) を追加することによって液の 1 mL あたりウォッシュ蛋白質 A アガロース ビーズの。数回チューブを反転でよく混ぜるし、4 ° C で 30 分間サンプルを回転させる</li>
		<li>4 ° C で 1 分 13,000 x gでサンプルを遠心し、上清を回復します。</li>
		<li>洗ってあるタンパク質 A アガロース ビーズと TERT の抗ひと抗体の 10 μ g の 40 μ L (ベッド ボリューム 20 μ L) を追加 (クローン: 10E9 2)8中古オフに溶解。数回チューブを反転でよく混ぜるし、一晩で 4 ° C サンプルを回転させます。</li>
		<li>3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。</li>
		<li>洗浄バッファー 1 でビーズを洗う: ビーズに 1 mL の洗浄バッファー 1 を追加、チューブを反転でよく混ぜるし、4 ° C で 5 分間サンプルを回転させる3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。追加 3 回この手順を繰り返します。</li>
		<li>AGC 溶液 2 mM CaCl2でビーズを 1 回洗浄: AGC 溶液 2 mM のビーズに CaCl2 1 mL を追加し、チューブを反転でよく混ぜるし、4 ° C で 5 分間サンプルを回転させる3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。</li>
		<li>ミクロコッカスヌクレアーゼ (MNase) とビーズを扱う:表 1に示す MNase 反応混合物を準備します。穏やかなピペッティングによる MNase 反応混合物の 60 μ L でビーズを再懸濁します。25 ° C で 15 分間ペルチェ型インキュベーターにシェーカーのターン テーブルに優しく (20 に 25 rpm) のサンプルを振る 注: それは非常に起伏のあるシェーカーを使用して、この手順では制限速度を厳密に従ってくださいすることが重要です。シェーカー、回転ミキサーなどの他のタイプはお勧めしません。</li>
		<li>3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。</li>
		<li>AGC 溶液 3 mM グリコールエーテルジアミン四酢酸二度とビーズを洗う: AGC 溶液ビーズに 3 mM グリコールエーテルジアミン四酢酸 1 mL を追加し、チューブを反転でよく混ぜるし、4 ° C で 5 分間サンプルを回転させる3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。この手順をもう一度繰り返します。</li>
		<li>洗浄バッファー 2 回ビード洗浄しなさい: 1 mL の洗浄バッファー 2 を追加ビーズ、チューブを反転でよく混ぜる 4 ° C で 5 分間サンプルを回転し、3,300 x gで 4 ° C、0.5 分でサンプルを遠心し、上清を除去します。酵素反応を設定しながら氷のビーズをしてください。 注意: は、RNase フリーの条件下ですべての手順を実行します。</li>
	</ol></li>
	<li>酵素反応
	<ol>
<li>表 2に説明されているように新しいチューブ内の酵素反応混合物を準備します。</li>
		<li>[Α-32P] を 6 μ l 添加 UTP (3,000 Ci/モル) 混合し、ピペッティングで混ぜる。 注: [α-32P] ATP、[α-32P] CTP、または [α-32P] GTP が [α-32P] 代わりに反応に使用することができます UTP。</li>
		<li>追加テンプレート RNA の 1 μ L (1 μ g/μ L)、混合し、ピペッティングで混ぜる。 注: 酵素試金を確立する次の RNA テンプレートは推奨: 5'-GGGAUCAUGUGGGUCCUAUUACAUUUUAAACCCA-3' 9。</li>
		<li>ピペッティングでステップ 3.4.3 から酵素反応混合物の 20 μ L でビーズを再懸濁します。</li>
		<li>32 ° C で 2 h のペルチェ型インキュベーターにシェーカーのターン テーブルに優しく (20 に 25 rpm) のサンプルを振る</li>
		<li>プロティナーゼ K (20 mg/mL) の 5.4 μ L と 2 x プロティナーゼ K バッファーの 45.4 μ L を反応混合物に追加します。ピペッティングで混ぜるし、37 ° C で 30 分間ペルチェ型インキュベーターでターン テーブルのサンプル (20 に 25 rpm) を振る</li>
		<li>RNase フリー水の 109.2 μ L をサンプルに追加します。</li>
		<li>酸フェノール-クロロホルムの 200 μ L をサンプルに追加します。渦でよく混ぜるし、室温で 5 分間 21,100 x gでサンプルを遠心分離します。水相を新しいチューブに転送します。この手順をもう一度繰り返します。</li>
		<li>追加 20 μ L の 3 M 酢酸ナトリウム (pH = 5.2)、4 μ L 沈キャリアと水相へのエタノール 250 μ L の。よく混合するため管を振るし、遠心分離機の 4 ° C で 20 分間 21,100 x gでサンプル上清を捨てます。</li>
		<li>-20 ° C で保存されている寒さの 70% (巻/巻) エタノールを 300 μ l 添加の餌を洗浄します。4 ° C で 15 分間 21,100 x gでサンプルを遠心分離します。</li>
		<li>上澄みを廃棄し、ペレットを風乾します。 注意: は、RNase フリーの条件下ですべての手順を実行します。 注: ステップ 3.4.11 からペレットは-20 ° C で、少なくとも 2 日間保存できます。</li>
	</ol></li>
	<li>RNase 処理
	<ol>
<li>RNase フリーのステップ 3.4.11 で 20 μ L からペレットを再懸濁します。</li>
		<li>表 3で説明した、新しいチューブに RNase の反応混合物を準備します。</li>
		<li>サンプルに RNase 反応混合物の 180 μ L を追加し、37 ° C で 2 h のチューブを孵化させなさい</li>
		<li>サンプルに 10% (巻/巻) SDS の 2.3 μ L を追加し、37 ° C で 15 分間インキュベート</li>
		<li>サンプルにプロティナーゼ K (20 mg/mL) の 2 μ L を追加し、37 ° C で 15 分間インキュベート</li>
		<li>酸フェノール-クロロホルムの 205 μ L をサンプルに追加します。渦によってよくミックスは、室温で 5 分間 21,100 x gでサンプルを遠心分離します。水相を新しいチューブに転送します。</li>
		<li>20 μ L の 3 M 酢酸ナトリウム (pH が 5.2)、沈キャリアの 4 μ L と水相へのエタノール 250 μ L を追加します。よく混合するため管を振るし、遠心分離機の 4 ° C で 20 分間 21,100 x gでサンプル上清を捨てます。</li>
		<li>-20 ° C で保存されている寒さの 70% (巻/巻) エタノールを 300 μ l 添加の餌を洗浄します。4 ° C で 15 分間 21,100 x gでサンプルを遠心分離します。</li>
		<li>上澄みを廃棄し、ペレットを風乾します。 注: ステップ 3.5.9 からペレットは-20 ° C で、少なくとも 2 日間保存できます。</li>
	</ol></li>
	<li>ゲルの電気泳動およびオートラジオグラフィー
	<ol>
<li>RNase フリー水の 20 μ L のサンプルを再懸濁します。</li>
		<li>バッファー x 2 の 20 μ L を追加します。</li>
		<li>95 ° C で 10 分間のサンプルを沸騰します。氷のサンプルをつぶします。</li>
		<li>ゲルを実行します。に備えてテンプレートのサイズは、(また見なさいステップ 3.4.3) 34 国税庁は、7 M 尿素 10% ポリアクリルアミドゲル電気泳動を変化させる使用されます。</li>
		<li>ゲルのドライヤーのゲルを乾燥させます。</li>
		<li>-80 ° C で激化画面で x 線カセット内乾燥ゲルにフィルムを公開します。</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>Martinez, P., Blasco, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomeric+and+extra-telomeric+roles+for+telomerase+and+the+telomere-binding+proteins.">Telomeric and extra-telomeric roles for telomerase and the telomere-binding proteins.</a> Nat Rev Cancer. 11 (3), 161-176 (2011).</li><li>Nakamura, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Telomerase+catalytic+subunit+homologs+from+fission+yeast+and+human.">Telomerase catalytic subunit homologs from fission yeast and human.</a> Science. 277 (5328), 955-959 (1997).</li><li>Gillis, A. J., Schuller, A. P., Skordalakes, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+the+Tribolium+castaneum+telomerase+catalytic+subunit+TERT.">Structure of the Tribolium castaneum telomerase catalytic subunit TERT.</a> Nature. 455 (7213), 633-637 (2008).</li><li>Salgado, P. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+an+RNAi+polymerase+links+RNA+silencing+and+transcription.">The structure of an RNAi polymerase links RNA silencing and transcription.</a> PLoS Biol. 4 (12), e434 (2006).</li><li>Castel, S. E., Martienssen, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+interference+in+the+nucleus:+roles+for+small+RNAs+in+transcription,+epigenetics+and+beyond.">RNA interference in the nucleus: roles for small RNAs in transcription, epigenetics and beyond.</a> Nat Rev Genet. 14 (2), 100-112 (2013).</li><li>Sugiyama, T., Cam, H., Verdel, A., Moazed, D., Grewal, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-dependent+RNA+polymerase+is+an+essential+component+of+a+self-enforcing+loop+coupling+heterochromatin+assembly+to+siRNA+production.">RNA-dependent RNA polymerase is an essential component of a self-enforcing loop coupling heterochromatin assembly to siRNA production.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (1), 152-157 (2005).</li><li>Maida, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+RNA-dependent+RNA+polymerase+formed+by+TERT+and+the+RMRP+RNA.">An RNA-dependent RNA polymerase formed by TERT and the RMRP RNA.</a> Nature. 461 (7261), 230-235 (2009).</li><li>Maida, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Involvement+of+telomerase+reverse+transcriptase+in+heterochromatin+maintenance.">Involvement of telomerase reverse transcriptase in heterochromatin maintenance.</a> Mol Cell Biol. 34 (9), 1576-1593 (2014).</li><li>Maida, Y., Yasukawa, M., Masutomi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=De+Novo+RNA+Synthesis+by+RNA-Dependent+RNA+Polymerase+Activity+of+Telomerase+Reverse+Transcriptase.">De Novo RNA Synthesis by RNA-Dependent RNA Polymerase Activity of Telomerase Reverse Transcriptase.</a> Mol Cell Biol. 36 (8), 1248-1259 (2016).</li><li>Okamoto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+tumor+initiating+cells+of+defined+genetic+composition+by+nucleostemin.">Maintenance of tumor initiating cells of defined genetic composition by nucleostemin.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (51), 20388-20393 (2011).</li><li>van Dijk, A. A., Makeyev, E. V., Bamford, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initiation+of+viral+RNA-dependent+RNA+polymerization.">Initiation of viral RNA-dependent RNA polymerization.</a> J Gen Virol. 85 (Pt 5), 1077-1093 (2004).</li></ol>

著者が明らかに何もありません。

IP 酵素試金は、人間の第三の酵素活性を検出する機密性の高い方法です。TERT タンパク質高、TERT が RdRP 複雑な8,9,10を形作る分裂の HeLa 細胞で表されます。これは分裂の HeLa 細胞が酵素活性を検出するための最適な材料であることを示唆します。上記で説明したプロトコル、HeLa 細胞の細胞分裂と非同期含まれている肯定的な否定的な例としてそれぞれ。図 1 aのように、分裂の HeLa 細胞における推奨される RNA テンプレートから酵素アッセイ製品表示 20 に 30 間で広範な放射性信号 nt。HeLa 細胞に加えて我々 は細胞株の種類と分析を実行し、別のセルのタイプ9で、信号パターンを変更できることを発見: いくつか表示する強力な信号のみ約 30 nt では、いくつかは HeLa 細胞で同様のパターンを表示。我々 は短い RNA テンプレート 34 nt テンプレート8、以外と分析を実行しているし、長い (~ 300 nt)、いろいろな順序で Rna といくつかの設定がありますが、これらのテンプレートから RdRP 製品を正常に取得します。ただし、最初の試験では、HeLa 細胞分裂期 34 nt RNA テンプレートの使い方をお勧めします。プライマー依存性、プライマーに依存しない方法11両方 RdRPs は二本鎖 RNA を生成できます。我々 は第三人間 RdRP7,9; としてこのプロパティを維持することを報告しています。TERT はから戻るプライミング機構73'-フォールド構造を持つ RNA テンプレートから dsRNA を合成します。34 nt RNA テンプレートの TERT はプライマー9を使用せず相補鎖を合成します。具体的にはプライマーに依存しない方法、すなわちデノボ合成 RNA 製品、[α-32P] 合成酵素製品を検出する NTP は [γ-32P] と置き換えることができます酵素反応9で NTP。
ビーズの TERT 免疫複合体の MNase 治療は望ましい結果を達成するために重要なステップです。長すぎるか、集中的な振動で MNase 処理を実行すると、RdRP 製品を著しく削減されるでしょう。このようなトラブルを避けるため、慎重にプロトコルに従う厳密に強く推奨します。HMD のソリューションは、成功のためのもう一つの重要な要因です。信号は非常に弱いことを発見した場合は、新規に準備したものに HMD ソリューションを取り付けます。
プロトコル、全体で 1 つは RNase の混入を避けるために細心の注意を取る必要があります。リボヌクレアーゼ処理は、専用の機器で行わなければなりません。リボヌクレアーゼを操作した後のヒントを破棄する必要があります 1 つと RNase を持つチューブは、すぐに専門ソリューション (例えばRNase 静かな)、RNase を排除し、木立を変更します。
TERT は帰すだけでなく内因性 Rna のまた多くの種類を操作し、我々 はそれらの部分に7を報告しています。MNase 治療せず IP 酵素アッセイなどの IP 酵素アッセイの変更がそのシーケンス機能に TERT 関連酵素活性とバイオ情報ガイドの内因性 RNA テンプレートの完全なリストを提供します。このプロトコルでは、組織ライセートを我々 に成功しました。TERT は表されるので正常細胞と腫瘍細胞の様々 なこの試金は人間の TERT の非正規の酵素の機能を調査する役に立つかもしれない。

テロメラーゼ逆転写酵素 (TERT) は、テロメラーゼの触媒サブユニットとしてよく知られている、それはテロメラーゼ RNA コンポーネント (陸)、特定の RNA テンプレート1を使用してテロメアを伸長します。TERT はテロメラーゼの部品としてテロメア DNA を重合が構造および系統学的解析ことを示し TERT はウイルスの逆転写酵素と同様に、ウイルスの RNA 依存した RNA ポリメラーゼ (RdRPs) と密接に関連を持つドメインを共有これらのポリメラーゼ2,3,4。RdRP は、テンプレート RNA に相補的な RNA 鎖を生成する酵素であります。ウイルスだけでなく、植物、酵母、ワーム、等のモデル生物でも、酵素はエンコードされ、二本鎖 RNA 合成酵素の転写と転写後の遺伝子サイレンシングこれら生物5,6 に貢献.人間の酵素は長い間行方不明になっていた、我々 RdRP 活動 2009 年7で人間 TERT に発見します。
組換え蛋白質の7TERT の RdRP アクティビティを確認まず、内因性の TERT8の酵素活性を検出する高感度の in vitroアッセイを確立に。ここでは、体外酵素アッセイ (IP 酵素試金) 内因性 TERT の紹介します。このメソッドは、内因性 TERT の免疫沈降 (IP) を開始し、初期の RNA 鎖に組み込まれている放射性リボヌクレオチドの酵素反応体外が続きます。

<table><tbody><tr><td>Dulbecco&amp;rsquo;s modified Eagle&amp;rsquo;s medium (DMEM)</td><td>Wako</td><td>044-29765</td><td></td></tr><tr><td>Fetal bovine serum (FBS)</td><td>CORNING</td><td>35-010-CV</td><td></td></tr><tr><td>Penicillin-Streptomycin mixed solution</td><td>nacalai tesque</td><td>26253-84</td><td></td></tr><tr><td>Trypsin-Ethylenediamenetetraacetic acid (EDTA) solution</td><td>nacalai tesque</td><td>32777-44</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate buffered saline (PBS(-))</td><td>Wako</td><td>166-23555</td><td></td></tr><tr><td>Thymidine</td><td>nacalai tesque</td><td>07147-61</td><td></td></tr><tr><td>Nocodazole</td><td>Sigma</td><td>M1404</td><td></td></tr><tr><td>Dimethyl sulfoxide (DMSO)</td><td>nacalai tesque</td><td>08904-85</td><td></td></tr><tr><td>Sodium chloride</td><td>nacalai tesque</td><td>31333-45</td><td></td></tr><tr><td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td><td>nacalai tesque</td><td>35434-21</td><td></td></tr><tr><td>Hydrochloric acid</td><td>nacalai tesque</td><td>18321-05</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P-40 (NP-40)</td><td>nacalai tesque</td><td>25223-04</td><td></td></tr><tr><td>Pierce Protein A Plus Agarose</td><td>Thermo scientific</td><td>22812</td><td></td></tr><tr><td>2-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulfonic acid (HEPES)</td><td>nacalai tesque</td><td>17514-15</td><td></td></tr><tr><td>Potassium hydroxide</td><td>Wako</td><td>168-21815</td><td></td></tr><tr><td>Potassium acetate</td><td>nacalai tesque</td><td>28405-05</td><td></td></tr><tr><td>Magnesium chloride hexahydrate (MgCl2&amp;bull;6H2O)</td><td>Wako</td><td>135-00165</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>nacalai tesque</td><td>17045-65</td><td></td></tr><tr><td>Polyoxyethylene(10) octylphenyl ether (Triton X-100)</td><td>Wako</td><td>169-21105</td><td></td></tr><tr><td>cOmplete, EDTA-free</td><td>Roche Applied Science</td><td>11 873 580 001</td><td></td></tr><tr><td>Calcium chloride dihydrate (CaCl2&amp;bull;2H2O)</td><td>nacalai tesque</td><td>06731-05</td><td></td></tr><tr><td>Micrococcal nuclease (MNase)</td><td>Takara Bio</td><td>2910A</td><td></td></tr><tr><td>Ethylene glycol bis (b-aminoethylether)-N,N,N&#039;,N&#039;-tetraacetic acid (EGTA)</td><td>nacalai tesque</td><td>15214-92</td><td></td></tr><tr><td>3-[(3-Cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonat (CHAPS)</td><td>nacalai tesque</td><td>07957-64</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>nacalai tesque</td><td>14128-91</td><td></td></tr><tr><td>rCTP, rATP, rUTP, rGTP, 100mM each</td><td>Promega</td><td>E6000</td><td></td></tr><tr><td>[a-&lt;sup&gt;32&lt;/sup&gt;P]UTP (3,000 Ci/mmol)</td><td>PerkinElmer</td><td>NEG507H</td><td>Use fresh RI for the assay</td></tr><tr><td>RNase inhibitor</td><td>TOYOBO</td><td>SIN-201</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Takara</td><td>9033</td><td></td></tr><tr><td>Acid-Phenol:Chloroform, pH 4.5 (with IAA, 125:24:1)</td><td>Life Technologies</td><td>AM9720</td><td></td></tr><tr><td>3 M Sodium acetate</td><td>NIPPON GENE</td><td>316-90081</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol (99.5)</td><td>nacalai tesque</td><td>14713-95</td><td></td></tr><tr><td>Dr. GenTLE Precipitation Carrier</td><td>Takara Bio</td><td>9094</td><td></td></tr><tr><td>RNase One Ribonuclease</td><td>Promega</td><td>M4265</td><td></td></tr><tr><td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td><td>nacalai tesque</td><td>02873-75</td><td></td></tr><tr><td>Formamide, deionized</td><td>nacalai tesque</td><td>16345-65</td><td></td></tr><tr><td>Ethylenediaminetetraacetic Acid Disodium Salt Dihydrate (EDTA)</td><td>nacalai tesque</td><td>15130-95</td><td></td></tr><tr><td>Orange G</td><td>nacalai tesque</td><td>25401-22</td><td></td></tr><tr><td>CO2 incubator</td><td>e.g., ASTEC</td><td>SCA-325DRS</td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>e.g., TOMY</td><td>EX-135</td><td>For step B)</td></tr><tr><td>Micro refrigerated centrifuge</td><td>e.g., KUBOTA</td><td>3740</td><td>For step 6.2</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Qsonica</td><td>Q125</td><td>Set a microtip (#4422) on the sonicator, for step 6.4</td></tr><tr><td>Micro refrigerated centrifuge</td><td>e.g., TOMY</td><td>MX-305</td><td>For step 6.5</td></tr><tr><td>Cooled incubator</td><td>e.g., Panasonic</td><td>MIR-154-PJ</td><td>Set a rotary shaker inside</td></tr><tr><td>Rotary shaker</td><td>e.g., TAITEC</td><td>RT-5</td><td></td></tr><tr><td>Cooled incubator&amp;nbsp;</td><td>e.g., TAITEC</td><td>BR-43FL</td><td>Set a shaker &amp;ldquo;MINI WAVE&amp;rdquo; inside, for step 7.7</td></tr><tr><td>MINI WAVE</td><td>AS ONE</td><td>WEV-03</td><td>A shaker for steps 7.7, 8.5 and 8.6</td></tr><tr><td>Incubator</td><td>e.g., TAITEC</td><td>HB-80</td><td>Set a shaker &amp;ldquo;MINI WAVE&amp;rdquo; inside, for step 8.5 and 8.6</td></tr><tr><td>Block incubator</td><td>e.g., ASTEC</td><td>BI-516S</td><td></td></tr></tbody></table>

semi-quantitative detection of rna-dependent rna polymerase activity of human telomerase reverse transcriptase protein

テロメラーゼ逆転写酵素 (TERT) は、テロメラーゼの触媒サブユニットとそれは RNA 依存性 DNA ポリメラーゼ活性を介してテロメアを伸長します。TERT は逆転写酵素として示されて、TERT の構造と系統解析 TERT は右利きのポリメラーゼのメンバーであり、ウイルス逆転写酵素だけでなく、ウイルスの RNA 依存した RNA ポリメラーゼ (RdRPs) に関連していることを示しています。まず相補的な RNA を生成する人間の TERT の活動、非コード RNA テンプレートに立ち上がってがん細胞における RNA サイレンシングに寄与する酵素を同定しました。この非正規の酵素活性を分析するには、は、2009 年の組換え TERT と酵素アッセイを開発、その後内因性 TERT の体外酵素アッセイを設立しました。本稿では、後者の方法をについて説明します。簡単に言えば、TERT 免疫複合体は、細胞から隔離され、テンプレート RNA と酵素反応の放射性 rNTP を含む rNTPs 培養します。一本鎖 RNA をなくすため、反応生成物は、および最終製品はポリアクリルアミドゲル電気泳動で分析した RNase と扱われます。一晩放置後オートラジオグラフィによる標識酵素製品を検出できます。

推奨される RNA テンプレートで、放射性 RdRP 製品が一晩暴露 (図 1 a) 後分裂期では HeLa 細胞で特に 20 に 30 ヌクレオチド (nt) の間観察されます。通常、酵素製品の信号強度が 25 前後に配置された 2 つのピークを示します次世代シーケンス9製品のサイズ分布と和音で nt を確認した nt と 30。分裂細胞と対照をなして同期せず HeLa 細胞は 20-30 nt 放射性製品のほとんどがない場合を示しています。楕円形の信号、20 以下に配置されているすべてのサンプルで nt が非特異的なドリフト。
場合に細胞分裂の HeLa 細胞で弱い信号で 〜 30 nt 製品のみが、酵素反応がうまく行っていないことを示します。たとえば、MNase 治療を約と不適切な実行する場合 hela 細胞分裂における信号強度の細胞減少が大幅 (図 1 b)。古い HMD ソリューションで実行される酵素反応は、製品 (図 1) をも低減します。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57021/57021fig1.jpg"> 図 1: 分裂の HeLa 細胞における内因性 TERT の代表 RdRP 製品。HeLa 細胞における IP 酵素試金の(A) 3 つの代表的な結果はノコダゾール (操作) または (たがる) DMSO で処理。化学的に合成された 34 nt RNA テンプレートとして使用されました。(B)不適切な MNase 処理で細胞分裂の HeLa 細胞における IP RdRP の試金。(C) 、新鮮なまたは古い HMD ソリューションで実行される分裂の HeLa 細胞における IP RdRP の試金。<a href="https://cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/57021/57021fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください</a>。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>試薬</td>
			<td>ボリューム</td>
		</tr>
<tr>
<td>20 U/μ L ミクロコッカスヌクレアーゼ</td>
			<td>1 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>ミクロコッカスヌクレアーゼ バッファー、10 x</td>
			<td>8 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>RNase フリー水</td>
			<td>51 Μ L</td>
		</tr>
</tbody></table>表 1: MNase 反応ミックス コンポーネント。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>試薬</td>
			<td>ボリューム</td>
		</tr>
<tr>
<td>チャップス、0.07% (重量/巻)</td>
			<td>6 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>HMD ソリューション</td>
			<td>2 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>rATP 社 80 mM</td>
			<td>0.5 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>長期、8 mM</td>
			<td>1 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>rUTP、0.4 mM</td>
			<td>1 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>rCTP、8 mM</td>
			<td>1 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>RNase 阻害剤, 40 U/μ L</td>
			<td>0.5 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>RNase フリー水</td>
			<td>1 Μ L</td>
		</tr>
</tbody></table>表 2: 酵素反応のミックス コンポーネント。
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>試薬</td>
			<td>ボリューム</td>
		</tr>
<tr>
<td>RNase 1 リボヌクレアーゼ、10 U/μ L</td>
			<td>0.2 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>反応バッファー、10 x</td>
			<td>20 Μ L</td>
		</tr>
<tr>
<td>RNase フリー水</td>
			<td>159.8 Μ L</td>
		</tr>
</tbody></table>表 3: リボヌクレアーゼ反応ミックス コンポーネント。

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Semi-quantitative Detection of RNA-dependent RNA Polymerase Activity of Human Telomerase Reverse Transcriptase Protein

テロメラーゼ逆転写酵素蛋白質の RNA 依存 RNA ポリメラーゼ活性の半定量的な検出

テロメラーゼ逆転写酵素 (TERT) は、テロメア DNA だけでなく、RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ活性を二本鎖 RNA を合成します。ここでは、内因性の TERT の RNA 依存 RNA ポリメラーゼ活性を検出する新しく設立されたアッセイについて述べる。

Human telomerase reverse transcriptase (TERT) is the catalytic subunit of telomerase, and it elongates telomere through RNA-dependent DNA polymerase ...

semi-quantitative-detection-rna-dependent-rna-polymerase-activity

Research

JoVE Journal

Genetics

9.8K ビュー.  National Cancer Center Research Institute. テロメラーゼ逆転写酵素 (TERT) は、テロメア DNA だけでなく、RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ活性を二本鎖 RNA を合成します。ここでは、内因性の TERT の RNA 依存 RNA ポリメラーゼ活性を検出する新しく設立されたアッセイについて述べる。

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MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR (qPCR)

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process including development1, apoptosis2, and cell cycle regulation3. MiRNAs are estimated to regulate the expression of 30% to 90% of human genes4 by binding to their target messenger RNAs (mRNAs)5. Widespread dysregulation of miRNAs has been reported in various diseases and cancer subtypes6. Due to their prevalence and unique structure, these small molecules are likely to be the next generation of biomarkers, therapeutic agents and/or targets.
Methods used to investigate miRNA expression include SYBR green I dye- based as well as Taqman-probe based qPCR. If miRNAs are to be effectively used in the clinical setting, it is imperative that their detection in fresh and/or archived clinical samples be accurate, reproducible, and specific. qPCR has been widely used for validating expression of miRNAs in whole genome analyses such as microarray studies7. The samples used in this protocol were from patients who underwent radical prostatectomy for clinically localized prostate cancer; however other tissues and cell lines can be substituted in. Prostate specimens were snap-frozen in liquid nitrogen after resection. Clinical variables and follow-up information for each patient were collected for subsequent analysis8.
Quantification of miRNA levels in prostate tumor samples. The main steps in qPCR analysis of tumors are: Total RNA extraction, cDNA synthesis, and detection of qPCR products using miRNA-specific primers. Total RNA, which includes mRNA, miRNA, and other small RNAs were extracted from specimens using TRIzol reagent. Qiagen's miScript System was used to synthesize cDNA and perform qPCR (Figure 1). Endogenous miRNAs are not polyadenylated, therefore during the reverse transcription process, a poly(A) polymerase polyadenylates the miRNA. The miRNA is used as a template to synthesize cDNA using oligo-dT and Reverse Transcriptase. A universal tag sequence on the 5' end of oligo-dT primers facilitates the amplification of cDNA in the PCR step. PCR product amplification is detected by the level of fluorescence emitted by SYBR Green, a dye which intercalates into double stranded DNA. Specific miRNA primers, along with a Universal Primer that binds to the universal tag sequence will amplify specific miRNA sequences. 
The miScript Primer Assays are available for over a thousand human-specific miRNAs, and hundreds of murine-specific miRNAs. Relative quantification method was used here to quantify the expression of miRNAs. To correct for variability amongst different samples, expression levels of a target miRNA is normalized to the expression levels of a reference gene. The choice of a gene on which to normalize the expression of targets is critical in relative quantification method of analysis. Examples of reference genes typically used in this capacity are the small RNAs RNU6B, RNU44, and RNU48 as they are considered to be stably expressed across most samples. In this protocol, RNU6B is used as the reference gene.

MicroRNA Detection in Prostate Tumors by Quantitative Real-time PCR qPCR

Quantitative Real Time polymerase chain reaction (qPCR) is a rapid and sensitive method to investigate the expression levels of various microRNA (miRNA) molecules in tumor samples. Using this method expression of hundreds of different miRNA molecules can be amplified, quantified, and analyzed from the same cDNA template.

定量的リアルタイムPCR（定量PCR）による前立腺腫瘍におけるマイクロRNAの検出

MicroRNAs (miRNAs) are single-stranded, 18&#x2013;24 nucleotide long, non-coding RNA molecules. They are involved in virtually every cellular process ...

医学

An In Vitro Assay to Detect tRNA-Isopentenyl Transferase Activity

N6-isopentenyladenosine RNA modifications are functionally diverse and highly conserved among prokaryotes and eukaryotes. One of the most highly conserved N6-isopentenyladenosine modifications occurs at the A37 position in a subset of tRNAs. This modification improves translation efficiency and fidelity by increasing the affinity of the tRNA for the ribosome. Mutation of enzymes responsible for this modification in eukaryotes are associated with several disease states, including mitochondrial dysfunction and cancer. Therefore, understanding the substrate specificity and biochemical activities of these enzymes is important for understanding of normal and pathologic eukaryotic biology. A diverse array of methods has been employed to characterize i6A modifications. Herein is described a direct approach for the detection of isopentenylation by Mod5. This method utilizes incubation of RNAs with a recombinant isopentenyl transferase, followed by RNase T1 digestion, and 1-dimensional gel electrophoresis analysis to detect i6A modifications. In addition, the potential adaptability of this protocol to characterize other RNA-modifying enzymes is discussed.

An In Vitro Assay to Detect tRNA-Isopentenyl Transferase Activity

Here, we describe a protocol for the biochemical characterization of the yeast RNA-modifying enzyme, Mod5, and discuss how this protocol could be applied to other RNA-modifying enzymes.

TRNA イソペンテニル トランスフェラーゼ活性を検出する体外の試金

N6-isopentenyladenosine RNA modifications are functionally diverse and highly conserved among prokaryotes and eukaryotes. One of the most highly conserved ...

生化学

Droplet Digital TRAP (ddTRAP): Adaptation of the Telomere Repeat Amplification Protocol to Droplet Digital Polymerase Chain Reaction

The telomere repeat amplification protocol (TRAP) is the most widely used assay to detect telomerase activity within a given a sample. The polymerase chain reaction (PCR)-based method allows for robust measurements of enzyme activity from most cell lysates. The gel-based TRAP with fluorescently labeled primers limits sample throughput, and the ability to detect differences in samples is restricted to two fold or greater changes in enzyme activity. The droplet digital TRAP, ddTRAP, is a highly sensitive approach that has been modified from the traditional TRAP assay, enabling the user to perform a robust analysis on 96 samples per run and obtain absolute quantification of the DNA (telomerase extension products) input within each PCR. Therefore, the newly developed ddTRAP assay overcomes the limitations of the traditional gel-based TRAP assay and provides a more efficient, accurate, and quantitative approach to measuring telomerase activity within laboratory and clinical settings.

Droplet Digital TRAP ddTRAP: Adaptation of the Telomere Repeat Amplification Protocol to Droplet Digital Polymerase Chain Reaction

We successfully converted the standard telomere repeat amplification protocol (TRAP) assay to be employed in droplet digital polymerase chain reactions. This new assay, called ddTRAP, is more sensitive and quantitative, allowing for better detection and statistical analysis of telomerase activity within various human cells.

液滴デジタルトラップ (ddTRAP): 液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応へのテロメア反復増幅プロトコルの適応

The telomere repeat amplification protocol (TRAP) is the most widely used assay to detect telomerase activity within a given a sample. The polymerase ...

がん研究

Detection of Tilapia Lake Virus Using Conventional RT-PCR and SYBR Green RT-qPCR

The aim of this method is to facilitate the fast, sensitive and specific detection of Tilapia Lake Virus (TiLV) in tilapia tissues. This protocol can be used as part of surveillance programs, biosecurity measures and in TiLV basic research laboratories. The gold standard of virus diagnostics typically involves virus isolation followed by complementary techniques such as reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) for further verification. This can be cumbersome, time-consuming and typically requires tissue samples heavily infected with virus. The use of RT-quantitative (q)PCR in the detection of viruses is advantageous because of its quantitative nature, high sensitivity, specificity, scalability and its rapid time to result. Here, the entire method of PCR based approaches for TiLV detection is described, from tilapia organ sectioning, total ribonucleic acid (RNA) extraction using a guanidium thiocyanate-phenol-chloroform solution, RNA quantification, followed by a two-step PCR protocol entailing, complementary deoxyribonucleic acid (cDNA) synthesis and detection of TiLV by either conventional PCR or quantitative identification via qPCR using SYBR green I dye. Conventional PCR requires post-PCR steps and will simply inform about the presence of the virus. The latter approach will allow for absolute quantification of TiLV down to as little as 2 copies and thus is exceptionally useful for TiLV diagnosis in sub-clinical cases. A detailed description of the two PCR approaches, representative results from two laboratories and a thorough discussion of the critical parameters of both have been included to ensure that researchers and diagnosticians find their most suitable and applicable method of TiLV detection.

This protocol diagnoses Tilapia Lake Virus (TiLV) in tilapia tissues using RT-PCR methodologies. The entire method is described from tissue dissection to total RNA extraction, followed by cDNA synthesis and detection of TiLV by either conventional PCR or quantitative PCR using dsDNA binding a fluorescent binding dye.

ティラピア湖ウイルスを使用して従来 RT-PCR および SYBR の検出グリーン Rt-qpcr

The aim of this method is to facilitate the fast, sensitive and specific detection of Tilapia Lake Virus (TiLV) in tilapia tissues. This protocol can be ...

環境学

Antibody-Free Assay for RNA Methyltransferase Activity Analysis

There are more than 100 chemically distinct modifications of RNA, two thirds of which consist of methylations. Interest in RNA modifications, and especially methylations, has re-emerged due to the important roles played by the enzymes that write and erase them in biological processes relevant to disease and cancer. Here, a sensitive in vitro assay for accurate analysis of RNA methylation writer activity on synthetic or in vitro transcribed RNAs is provided. This assay uses a tritiated form of S-adenosyl-methionine, resulting in direct labeling of methylated RNA with tritium. The low energy of tritium radiation makes the method safe, and pre-existing methods of tritium signal amplification, make it possible to quantify and to visualize the methylated RNA without the use of antibodies, which are commonly prone to artifacts. While this method is written for RNA methylation, few tweaks make it applicable to the study of other RNA modifications that can be radioactively labeled, such as RNA acetylation with 14C acetyl coenzyme A. Overall, this assay allows to quickly assess RNA methylation conditions, inhibition with small molecule inhibitors, or the effect of RNA or enzyme mutants, and provides a powerful tool to validate and expand results obtained in cells.

Here, an antibody-free in vitro assay for direct analysis of methyltransferase activity on synthetic or in vitro transcribed RNA is described.

RNAメチルトランスフェラーゼ活性分析のための抗体フリーアッセイ

There are more than 100 chemically distinct modifications of RNA, two thirds of which consist of methylations. Interest in RNA modifications, and ...

遺伝学

<meta charset="utf8"></head><body>ヒト集団研究における正確なテロメア長評価

Monochrome Multiplex Quantitative PCR Telomere Length Measurement

Telomeres are ribonucleoprotein structures at the end of all eukaryotic chromosomes that protect DNA from damage and preserve chromosome stability. Telomere length (TL) has been associated with various exposures, biological processes, and health outcomes. This article describes the monochrome multiplex quantitative polymerase chain reaction (MMqPCR) assay protocol routinely conducted in our laboratory for measuring relative mean TL from human DNA. There are several different PCR-based TL measurement methods, but the specific protocol for the MMqPCR method presented in this publication is repeatable, efficient, cost-effective, and suitable&#160;for population-based studies. This detailed protocol outlines all information necessary for investigators to establish this assay in their laboratory. In addition, this protocol provides specific steps to increase the reproducibility of TL measurement by this assay, defined by the intraclass correlation coefficient (ICC) across repeated measurements of the same sample. The ICC is a critical factor in evaluating expected power for a specific study population; as such, reporting cohort-specific ICCs for any TL assay is a necessary step to enhance the overall rigor of population-based studies of TL. Example results utilizing DNA samples extracted from peripheral blood mononuclear cells demonstrate the feasibility of generating highly repeatable TL data using this MMqPCR protocol.

<meta charset="utf8"></head><body>著者スポットライト:細胞老化に対するトラウマの影響を探る

Here we present a protocol for the measurement of relative telomere length (TL) using the monochrome multiplex quantitative polymerase chain reaction (MMqPCR) assay. The MMqPCR assay is a repeatable, efficient, and cost-effective method for measuring TL from human DNA in population-based studies.

モノクロマルチプレックス定量的PCRテロメア長さ測定 

Telomeres are ribonucleoprotein structures at the end of all eukaryotic chromosomes that protect DNA from damage and preserve chromosome stability. ...

非放射性化学発光検出によるテロメア長の定量化

Optimization of Performance Parameters of the TAGGG Telomere Length Assay

Telomeres are repetitive sequences which are present at chromosomal ends; their shortening is a characteristic feature of human somatic cells. Shortening occurs due to a problem with end replication and the absence of the telomerase enzyme, which is responsible for maintaining telomere length. Interestingly, telomeres also shorten in response to various internal physiological processes, like oxidative stress and inflammation, which may be impacted due to extracellular agents like pollutants, infectious agents, nutrients, or radiation. Thus, telomere length serves as an excellent biomarker of aging and various physiological health parameters. The TAGGG telomere length assay kit is used to quantify average telomere lengths using the telomere restriction fragment (TRF) assay and is highly reproducible. However, it is an expensive method, and because of this, it is not employed routinely for large sample numbers. Here, we describe a detailed protocol for an optimized and cost-effective measurement of telomere length using Southern blots or TRF analysis and non-radioactive chemiluminescence-based detection.

著者スポットライト:TAGGG Telomere Length Assay の性能パラメータの最適化(英語)  

Here, we describe in detail the protocol for quantifying telomere length using non-radioactive chemiluminescent detection, with a focus on the optimization of various performance parameters of the TAGGG telomere length assay kit, such as buffer quantities and probe concentrations.

TAGGGテロメア長アッセイの性能パラメータの最適化

Telomeres are repetitive sequences which are present at chromosomal ends; their shortening is a characteristic feature of human somatic cells. Shortening ...

テロメラーゼ逆転写酵素蛋白質の RNA 依存 RNA ポリメラーゼ活性の半定量的な検出

要約

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定量的リアルタイムPCR（定量PCR）による前立腺腫瘍におけるマイクロRNAの検出

TRNA イソペンテニルトランスフェラーゼ活性を検出する体外の試金

液滴デジタルトラップ (ddTRAP): 液滴デジタルポリメラーゼ連鎖反応へのテロメア反復増幅プロトコルの適応

ティラピア湖ウイルスを使用して従来 RT-PCR および SYBR の検出グリーン Rt-qpcr

RNAメチルトランスフェラーゼ活性分析のための抗体フリーアッセイ

モノクロマルチプレックス定量的PCRテロメア長さ測定

モノクロマルチプレックス定量的PCRテロメア長さ測定

モノクロマルチプレックス定量的PCRテロメア長さ測定

TAGGGテロメア長アッセイの性能パラメータの最適化

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