バイオインフォマティクスは、データセットから情報を抽出する便利な方法です。検証の場合も、実験も同様に重要です。我々は、卵巣癌におけるノッチシグナル伝達の役割を調査するために、両方のアプローチを組み合わせた。
この技術の主な利点は、研究者が実験を行う前に、バイオインフォマティクスデータベースからの情報を利用して研究の方向性を計画できることです。人間の病気の蓄積されたバイオインフォマティクスデータでは、科学者はもはや目隠しされていません。特定の所見を検証するために実験を行い、改善された治療法や疾患の診断につながる可能性があります。
特定のタイプのがんと関心のある遺伝子と関連付けのメタA分析を行う場合は、PRECOGデータベースにアクセスするためのアカデミック関連メールアドレスを持つアカウントを作成し、アカウントに関連付けられたメールアドレスとパスワードをログイン端末に入力します。[詳細を表示] をクリックし、目的のジーンを検索バーに入力します。次に、スクロールバーを使用して、対象の特定の癌タイプの生存Zスコアを取得します。
遺伝子発現レベルと卵巣癌ステージとの関連を調べるには、CSIOVDBウェブページに移動し、対象遺伝子の名前を検索バーに入力します。次に、[サバイバル]タブをクリックします。多様な、正常な、および腫瘍組織の遺伝子発現データを評価するには、GENT ポータルに移動し、[検索] タブをクリックします。
キーワードセクションで、ドロップダウンメニューから用語の遺伝子シンボルを選択し、対象遺伝子のシンボルを入力し、タイプオプションに「組織」を選択します。[検索] ボタンをクリックします。U133AおよびU122 Plus2プラットフォームに基づく異なる癌タイプの正常および腫瘍組織における遺伝子発現の要約グラフが表示される。
次に、[結果データのダウンロード]リンクをクリックして、遺伝子発現値、組織タイプ、データソースに関する詳細情報にアクセスします。遺伝的変化およびシグナリングネットワークを検索するには、CBIOポータルのWebページを開き、ランディングページのクエリを使用して、[研究の選択]セクションで目的の臓器または組織をクリックし、対象の特定の研究を選択して、[遺伝子によるクエリ]をクリックします。[ゲノムプロファイルの選択]セクションで、変異、GISTICからの推定コピー数の変更、またはmRNA発現オプションを選択します。
[患者/ケースセットの選択]メニューから対応するデータを選択し、遺伝子入力のクエリボックスにターゲット遺伝子シンボルを入力します。[クエリの送信] ボタンをクリックし、[ネットワーク] タブを開いて、目的のジーン ネットワークを取得します。次に、[ファイル] タブをクリックし、ネットワーク イメージをダウンロードする場合は[PNG 形式で保存]を選択します。
NICDまたはNICDとマム過剰発現でハエを作成するには、適切なフライストックを準備し、標準的なプロトコルに従って、時間的および局所的な遺伝子発現ターゲティング技術を適用して、時空間的な遺伝子発現を制御します。ハエを成人まで摂氏18度で上げ、酵母で29度に切り替える前に48時間上げます。摂氏29度のインキュベーションの終わりに、胚採取皿にPBSの3ミリリットルを加え、二酸化炭素パッドでフライ培養物を麻酔します。
解剖顕微鏡を使用して麻酔を受けた雌のハエを識別し、解剖鉗子のペアを使用して、ハエの下部胸郭を慎重につかみます。胚採取皿内のPBSにハエを沈め、2番目の鉗子を使用して下腹部をつまみ、優しく引っ張って内臓を放出する。一対の卵巣を見つけてハエの体から切り離し、卵巣の後端に位置する筋肉鞘を壊して卵巣を分離する。
その後、1.5ミリリットルの遠心分離チューブに分離された卵巣を入れ、氷の上に500マイクロリットルのPBSを含む。すべての卵巣が採取されたら、PBSを4%ホルムアルデヒドの500マイクロリットルに置き換え、チューブを10分間ヌテネーターに置きます。インキュベーションの終わりに、固定剤を捨て、洗浄ごとに1ミリリットルのPBTで3、15分のすすいで卵巣を洗います。
最後の洗浄後、卵巣に1ミリリットル当たり10マイクログラムの10マイクログラムのラベルを、ヌテパで10〜15分間ラベル付けします。インキュベーションの終わりに、卵巣を1ミリリットルのPBTで10分間洗い、続いてPBSで10分間洗浄します。2回目の洗浄後、PBSの最後の300マイクロリットルを除いてすべてを取り除き、200マイクロリットルのピペットチップを使用して卵巣を数回トリテラシーして卵室を解放します。
次に、マイクロ遠心分離機で素早いスピンを通して卵巣組織を穏やかに沈下し、卵巣ペレットを邪魔することなくできるだけ多くのPBSを除去する。1,000マイクロリットルのピペットチップを使用して、約3滴の取り付け溶液をチューブに移し、エンドから約0.33ミリメートルトリミングした200マイクロリットルピペットチップを使用して、120マイクロリットルの卵巣含有取り付け溶液全体をガラス顕微鏡スライドに移します。取り付け溶液の上にカバースリップガラスをそっと置き、透明なマニキュアで縁を密封します。
その後、0.8開口の10倍の倍率で共焦点顕微鏡を使用して、染色された卵巣と取り付けられた卵巣の画像を取得します。実証されたようにPRECOGポータルを使用して、卵巣癌におけるNOTCH2、NOTCH3、およびMAML1のZスコアを得ることができる。負のZスコア値は、3つの遺伝子の発現レベルが高い患者の全体的な生存率が低いことを示している。
CSIOVDデータベースを用いてこれらの知見を確認し、さらにNOTCH2、NOTCH3、およびMAML1の高い発現が、全体的および無病生存率の悪さと相関することを示す。さらに順列検査は、NOTCH2、NOTCH3、およびMAML1が腫瘍組織において高発現していることを示唆している。これら3つのコア遺伝子に基づいて、シグナル伝達ネットワークを作成して、突然変異率が最も高い同じ経路にある50の最も頻繁に変化する隣接遺伝子を提供することができます。
興味深いのは、ショウジョウバエと同等のNOTCH遺伝子の過剰発現は、NICDは、単独で、ショウジョウバエにおける腫瘍を誘発しない。NICDとマムの過剰発現は、複数の上皮層および蓄積細胞の存在によって証明されるように、フルーツハエの腫瘍を誘発する。さらなる実験検証は、潜在的な新薬療法ターゲット、疾患バイオマーカー、およびパーソナライズされた治療法の同定への道を開くことができます。
