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요약

여기, 우리는 간단, 신속 하 고 효율적인 프리온 증폭 기술, 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 메서드를 설명 하는 프로토콜을 제시.

초록

RT QuIC 기술은 민감한 생체 외에서 셀 무료 프리온 증폭 분석 결과 기반으로 주로 시드 misfolding 및 변환에 대 한 템플릿으로 프리온 씨앗을 사용 하 여 재조합 프리온 단백질 (PrP) 기판의 집계입니다. RT QuIC는 실시간 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR)는 소설 높은 처리 기술입니다. 녹말 체 fibril 성장의 감지 염료 ᵦ 시트 풍부한 단백질의 특정 상호 작용에 따라 fluoresces Thioflavin T를 기반으로 합니다. 따라서, 녹말 체 형성을 실시간으로 검색할 수 있습니다. 우리는 지저분한 추출 만성 낭비 질병 (CWD) prions를 검출 하기 위하여 신뢰할 수 있는 비-침략 적 선별 검사를 개발 하려고 결정 했습니다. 여기, 우리가 구체적으로 PrPSc 시드 CWD의 배설물에는 활동 감염 cervids 공개 RT QuIC 기술을 적응 시켰다. 처음에, 우리가 준비 배설물 추출의 시드 활동 상대적으로 낮은 RT QuIC 배설물 소재에 잠재적인 분석 결과 억제제 때문에 가능 하 게 했다. 대변 추출의 시드 활동 향상과 잠재력 분석 결과 억제제를 제거, 우리는 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에 배설물 샘플 무 균. 우리는 또한 PrP 단백질 강 수 나트륨 phosphotungstic 산, 및 원심력을 사용 하 여 기준Sc 집중 다른 방법론에 샘플을 제출. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 탐지의 감도 향상 시키기 위해 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 테스트 되었습니다. 따라서, 우리는 시드 여 RT-QuIC, 비-침략 적 CWD 진단에 대 한 실용적인 도구가 될 수 있는 전 임상 및 임상 cervids의 배설물에서 활동 하는 CWD 프리온의 민감한 감지에 대 한 프로토콜을 설립.

서문

프리온 질병 또는 전송 가능 해 encephalopathies (TSE) 인간, 소 면 뇌 질환 (BSE) 가축, 양, 염소, 그리고 만성 낭비 scrapie에에서 크로이츠펠트-야콥 병 (CJD)를 포함 한 신경 퇴행 성 장애는 질병 (CWD) cervids 1,2. TSEs 독특한 면 모양 및 두뇌에서 뉴런의 손실에 의해 특징. "단백질만" 가설에 따르면 prions PrPSc ('Sc' scrapie에 대 한) 3, 호스트 인코딩 세포 프리온 단백질, PrPC의 misfolded isoform의 주로 구성 됩니다. PrPSc 구조 바인딩할 다른 PrPC 분자를 변환 하는 씨앗 역할을 할 수 있는 ᵦ 시트 4,,56 농축에 PrPC 의 변환에서 유래한 다. 새로 생성 된 PrPSc 분자는 성장 폴리머 7,8 작은 올리고, 전염 성 핵의 더 높은 숫자의 결과로 침입에 통합 됩니다. PrPSc 집계 하는 경향이 고은 부분적으로 프로 테아 제 9,10.

CWD 야생과 농장 엘크 (Cervus 카 나 덴 시스), 사슴 (Odocoileus hemionus), 흰 꼬리 사슴 (WTD; 영향을 Odocoileus virginianus), 사슴 (Alces alces), 그리고 순 록 (Rangifer tarandus tarandus) 11,,1213. Cervid 상호 작용 및 infectivity 14,15의 환경 지 속성에 의해 선호 하는 수평 전송 가장 전염 성 프리온 질병을 여겨진다. PrPSc 축적과 infectivity 뇌에 수감 된다 다른 프리온 질병과는 달리 CWD에 이들은 또한 발견 된다 주변 조직과 체액에서 예 타 액, 소변, 대변 16,17, 18.

Immunohistochemistry는 PrPSc 분포 및 발생 병 변 19,20감지 하 CWD 진단에 대 한 황금 표준으로 간주 됩니다. ELISA 더 드문 경우에, 서쪽 오 점 CWD 진단을 위해 사용 됩니다. 따라서, 현재 프리온 질병 진단 주로 기반으로 사후 조직에 prions를 감지 합니다. 편도 또는 recto 항문 점 막 관련 림프 조직 (RAMALT) 생 검; 여 CWD에 대 한 축전 진단이 이다 그러나,이 절차는 침략 하며 동물의 캡처. 따라서, 소변, 대변, 등 쉽게 접근할 수 있는 견본의 사용 CWD 프리온 검출을 위한 실용적인 방법 것입니다. 그러나, 그 배설물 하버는 상대적으로 현재 진단 방법의 검출 한계 아래 prions의 농도가 낮은. 따라서, 더 과민 하 고 높은 처리량 진단 도구는 필요 합니다. 생체 외에서 변환 시스템, 순환 증폭 misfolding 단백질 분석 결과 (PMCA) 21, 아 밀 로이드 시드 분석 결과, 그리고 실시간 떨게 유발 변환 (RT-QuIC) 분석 결과 22,23, 24 는 매우 강력한 도구를 프리온 변환 프로세스 생체 외에서 모방을 PrPSc 의 자체 전파 기능을 악용 하 고 그로 인하여 감지 레벨 25에 PrPSc 의 총계의 존재를 증폭 ,26. 그러나 RT QuIC 방법, 활용 사실 β 시트 보조 구조에서 농축 변환 제품 특히 thioflavin T (Th-T)를 바인딩할 수 있습니다. 따라서, 시드 변환 시 재조합 형 PrP (rPrP)는 Th-T를 바인딩할 및 따라서 Th-T 시간이 지남에 상대적 형광 단위 (RFU)로 표현의 형광을 측정 하 여 실시간으로 검출 될 수 있는 녹말 체 소에 자 랍니다. 모니터링, 일단 상대 시드 활동, 그리고 지연 위상 등 양적 매개 변수를 평가 하는 RFU는 사용할 수 있습니다. 래그 단계는 rPrP 동안 반응의 초기 단계에서 변환 Th-T 형광의 탐지 한계 아래는 임계값에 도달 하는 데 필요한 시간을 (h)를 나타냅니다. 충분 한 녹말 체 핵 (nucleation/신장)의 형성을 수 반하는 명백한 지연 위상의 끝에는 Th-T 형광 임계값 수준을 초과 긍정적인 됩니다 때 발생 합니다. 소는 실시간으로 초기 PrPSc 또는 샘플에 포함 된 시드 활동에서 검출 될 수 있다 아 밀 로이드의 성장은 더 많은 씨를 생성 하는 시장 세분화에 의해 증폭 된다. 이 씨는 차례 차례로 녹말 체 섬유 성장의 급속 한 지 수 단계를 유도.

이 분석 결과 1 최저 감지할 수 있기 때문에 PrP사우스 캐롤라이나 24의 fg, 높은 감도 자격이 기술을 다양 한 주변 조직, 배설물 등에서 PrPSc 를 감지 하 여 안 테 부검 또는 비-침략 적 진단을 달성 하 표본 infectivity의 저급을 은닉의 종류입니다. RT QuIC 확실히 이점을 제공 한다 다른 분석 실험의 재현성, 실용성, 신속성 (50 시간 미만) 및 생물 검정에 비해 낮은 비용에 대 한. 그것은 쥡니다 PMCA;에 사용 등 기술적인 복잡성 방지 또한, 그것은 각의 어로 졸 오염 위험을 최소화 하는 테이프 봉인 microplate에 수행 됩니다. 다 잘 형식 같은 실험에서 최대 96 샘플의 분석을 수 있습니다. 잘못 된 반응의 재발 문제 및 생체 외에서 변환 분석에서 rPrP의 자발적인 변환에 대응 하기 위해 임계값 (컷오프)에서 RT-QuIC의 구현을 매우 유용 합니다. 실제로, 부정적인 컨트롤 (평균 RFU의 부정적인 샘플 + 5 SD 27)의 결과에 따라, 초기 계획 설정 됩니다는 긍정적이 고 부정적인 샘플 사이 차별을 할 수 있습니다. 각 샘플에 대 한 4 개의 복제를 사용 하 여 수 있습니다 따라서는 복제의 50% 이상에서 긍정적인 신호를 표시 하는 때 긍정적으로 샘플을 정의 하는 데 도움이 됩니다, 즉, 교차 하는 절단 28. 예: 이전 연구에서 햄스터 rPrP는 발견으로 인간의 PrPvCJD 에 동종 기판에 비해 더 민감한 기판 하 시드 및 양 scrapie 시드 반응 씨와 기판 사이의 homology RT QuIC에서 필요 하지 않습니다. 29. 햄스터 양 공상 rPrP 또한 인간의 변종 CJD prions 30감지 하 인간 rPrP 보다 더 적합된 기판 수를 제안 했다. 따라서, 다른 종에서 rPrP 기판의 사용이 분석이 결과에서 아주 일반적 이다. 이 분석 결과 산발적 CJD 31,,3233, 겐 등 여러 프리온 질환에 성공적으로 적용 되었습니다.etic 프리온 질병 34, 광우병 35,,3637, scrapie 23,36및 CWD 38,,3940,41, 42. RT QuIC 씨앗 PrPSc 38,,3940,41, 감지 하 모두 성공 했다 연구를 사용 하 여 중추 신 경계, 전체 혈액, 타 액, 소변 처리 42. 녹말 체 형성 억제제를 포함 될 수 있습니다 혈액 플라스마 등 샘플의 탐지 능력을 육성 하기 위해 Orrú 외. (2011) PrPSc immunoprecipitation (IP) 단계 및 RT-QuIC 빗질 하 여 녹말 체 형성의 잠재적인 억제제를 제거 하는 전략을 개발, "향상 된 QuIC" 분석 결과 (eQuIC) 라는. 또한, 기판 교체 단계 반응 시간 ~ 24 시간 후 감도 개량 하기 위하여 고용 되었다. 궁극적으로,로 1 PrPSc 의 ag eQuIC 30에 의해 감지 되었다.

배설물 추출 정화 하 고 배설물에 가능한 분석 결과 억제제를 제거, 실험 구강 감염 시 엘크에서 전 임상 및 임상 단계에서 수집 된 배설물 샘플 세제와 프로 테아 제 억제제를 포함 하는 버퍼에서 무 균 했다. 대변 추출 추가 나트륨 phosphotungstic 산 (NaPTA) 강 수를 통해 단백질 강 수를 활용 하는 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 다른 방법론에 제출 했다. NaPTA 강 수 방법, Safar 외. 에 의해 처음으로 설명 43, 테스트 샘플에 PrPSc 를 집중 하는 데 사용 됩니다. 샘플 NaPTA의 인큐베이션 PrPC보다는 PrPSc 의 우선 강 수 발생합니다. 그러나, 분자 메커니즘이 아직 명확 하지 않습니다. 이 단계는 또한 포함 하 고 어떤 경우에 관찰 되는 rPrP의 자발적인 변환 방지 도움. 마지막으로, 배설물 추출 최적화 된 RT-QuIC 프로토콜에 기판 교체를 포함 하 여 기판으로 마우스 rPrP (aa 23-231)를 사용 하 여 탐지의 감도 향상 하 여 테스트 되었습니다.

여기 결과이 개선된 방법 CWD prions의 매우 낮은 농도 검출할 수 있다 검출 및 배설물 샘플 NaPTA 강 수와 기판 교체 없이 프로토콜에 비해 특이성의 감도 증가 보여줍니다. 이 메서드는 잠재적으로 다른 조직 및 체액에 적용할 수 있다 하며 CWD 감시 야생과 포로 cervids에 대 한 훌륭한 사용 될 수 있습니다.

프로토콜

1. RT QuIC 사용 하 여 배설물 소재

배설물의 10 mL를 분 변 물질의 1 g를 추가 하 여
    1. 확인 cervid 배설물의 준비 추출
    2. 지저분한 homogenate 추출 버퍼 (20 m m 인산 나트륨, pH 7.1, 130 m m NaCl, 0.05% 트윈 20, 1 밀리미터 PMSF 및 1 x 완료 protease 억제제, EDTA 무료) 10% (w/v)의 최종 농도 주고. 균질 버퍼의 이용 전에 준비 하 고-20에 저장 수 있다 ° c.
    3. Homogenize 찌 끼 펠 릿 (1 g) 그리고 실내 온도에서 1 분에 대 한 단백질에 대 한 제조 업체에서 미리 설정된 프로그램으로는 dissociator를 사용 하 여 (예를 들어, gentleMACS M 튜브) 튜브에 버퍼 (10 mL). 2 ~ 3 배 배설물 샘플은 버퍼에 완전히 무 균 때까지이 단계를 반복.
    4. Parafilm 튜브를 밀봉 하 고 상 온에서 1 h 보육에 대 한 플랫폼 또는 로타리 락 통에 넣어.
    5. 실 온에서 5 분에 대 한 18000 x g에서 튜브 원심.
    6. 수집 supernatants 단백질을 포함 하는 추출 하 고 aliquot 그들로 1.5 mL 튜브. Aliquots는 추가 응용 프로그램-80 ° C에 저장 될 수 있다.
  1. 배설물에 농도의 PrP Sc 추출
    참고: CWD prions 배설물 추출 샘플, RT QuIC 의해 검출 감도 향상에 집중 하기 위하여 단백질 강 수 단계 추가 하는 프로토콜.
    1. NaPTA 강 수 방법
    2. 추가 250 µ L 지저분한 단백질의 1 ml N 라우릴 sarcosinate (sarkosyl)의 10% (w/v)의 2% (v/v)의 sarkosyl의 최종 농도 주고 추출.
    3. Parafilm으로 샘플을 포함 하 고 상수는 thermomixer 1400 rpm에 떨고 아래 30 분 동안 37 ° C에서 품 어 튜브 인감.
    4. 나트륨 phosphotungstic 산 및 염화 마그네슘, pH 7.4 샘플에서 0.3% (w/v) 나트륨 phosphotungstic 산의 최종 농도를 170 mM의 10% (w/v)를 포함 하는 재고 솔루션 지저분한 단백질 추출 및 sarkosyl의 혼합 조정.
    5. 400 rpm에서 일정 한 동요와 2 h 37 ° C에서 샘플을 품 어.
    6. 15,800 x g. 30 분 제거는 supernatants 신중 하 게 대 한 샘플 14 ° C에서 원심.
    7. 워시 버퍼에 그들을 resuspending 하 여 펠 릿을 세척 (10 mM Tris-Cl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 0.5% 트리톤 X 100, 10 mM EDTA, 0.5% 나트륨 deoxycholate (w/v), 그리고 0.1 %sarkosyl (w/v)).
    8. 15,800 x g.에서 15 분 제거는 supernatants 신중 하 게 대 한 샘플 14 ° C에서 원심.
    9. 100 µ L에서 알 약 resuspend (1/10의 원래 양의 배설물 단백질 추출) RT QuIC 희석 버퍼의.
      참고: RT QuIC 희석 버퍼 (20 m m 인산 나트륨, pH 6.9, 130 mM NaCl, 0.1 %SDS (w/v) 및 1 X N2 보충) 이용 전에 준비 된다. 10 ml 전체 볼륨 0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 필터링 및 사용까지-20 ° C에 저장.
    10. RT QuIC 분석 결과에서 활용까지-20 ° C에서 취급 하는 NaPTA 샘플 저장.
  2. RT QuIC 분석 결과
    1. 신선한 10mm Th-T 재고 솔루션 두 배 증류수 H 2 O 10 mL에 Th-T (0.032 g)를 준비.
    2. 더블 재고 솔루션 H 2 O Th-T 1 m m의 최종 농도 0.2 µ m acrodisc 주사기를 통해 주사기를 사용 하 여 필터링 하는 필터를 만들기 위해 소 주 Th-T의 1:10 희석 확인.
    3. 마우스 재조합 형 PrP (rPrP, aa 23-231) 기판 (RT QuIC 반응 당 10 µ g/mL) 얼음에-80 ° C에 저장을 해 동
    4. 100 kDa 크기 제외 필터 microtubes로 한 번에 rPrP 기판 및 실 온 (1 관/필터 사용할 수 있습니다 최대 두 번까지)에서 5 분 14000 x g에서 원심 분리기의 부하 500 µ L.
    5. 살 균 1.5 mL 튜브에 eluted 기판 전송 및 사용까지 4 ° C에서 그것을 유지.
    6. 녹여 RT-QuIC 희석 버퍼 저장-20 ° c.
    7. RT QuIC에 씨앗 (지저분한 단백질 추출 물)의 게 희석 희석 버퍼:
      Undiluted 샘플: undiluted 지저분한 단백질 추출 사용
      2 x 10 -1 희석
      2 x 10 -2를 희석
      2 x 10 -3 희석
    8. RT QuIC 반응 혼합물에 대 한 재고 솔루션을 준비:
      염 (인산 염 버퍼 PBS): 5 X
      NaCl: 2 M NaCl 더블 증류수 H 2 o. 준비의 솔루션 재고
      EDTA: 100 mM EDTA 더블에서의 재고 솔루션 증류수 H 2 o.
    9. 모든 솔루션 (단계 1.3.8)의 활용, 사전 0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 각 솔루션을 별도로 필터링 하 고 실내 온도에서 살 균 유지.
    10. 가이 볼륨의 10% 플러스 모든 반응에 대 한 충분 한 혼합물을가지고 있는지 확인 하는 데 사용 될 샘플 (샘플 당 98 µ L 샘플 당 반응의 볼륨과 4 복제)의 수에 따라 실시간 QuIC 반응 혼합물의 총 볼륨을 준비 합니다. RT QuIC 반응 혼합물을 준비 하
      1. 사용 15 mL 튜브 (20 m m 인산 나트륨, pH 6.9, 300 m m NaCl, 1 mM EDTA, 10 µ M Th-T, 10 µ g/mL rPrP 기판, 및 두 배 증류수는 반응에서 rPrP 최종 농도 조정 하) 주식 솔을 사용 하 여 utions.
      2. 필터 팁 한 피 펫을 사용 하 여 위아래로 pipetting으로 잘 모든 솔루션을 혼합. 소용돌이의 사용을 가능한 한 많이 피해.
      3. 50 mL 일회용 pipetting 저수지에 혼합물을 부 어.
      4. 96 잘 광학 바닥판의 각 음에 RT QuIC 반응 혼합물의 98 µ L를 멀티 채널 피 펫을 사용 하 여.
    11. 각 undiluted의 RT QuIC 반응 2 µ L 또는 10 직렬 희석된 지저분한 단백질 추출에 추가. 4 복제에서 각 샘플 테스트.
      참고: 각 실험에서 CWD 부정 및 검증된 CWD 양성 동물 배설물 샘플 (타지에서 2 x 10 -3에 배열 되는)의 직렬 희석 사용 됩니다 부정과 긍정적인 컨트롤로 각각.
    12. 반복 사이클 1 분 더블 궤도 동요 (700 rpm)와 부 화에 걸쳐 휴식 1 분 25 h 42 ° C에서 플레이트 리더에서 잠복기 전에 씰링 테이프와 함께 접시를 봉인.
    13. 정의 형광 측정 설정:
      여기: 450 nm
      방출: 480 nm
      하단, 섬광의 수: 20
      수동 이득: 1000 (기계에 따라 달라 집니다)
      통합 시간: 20 µs
    14. 25 헤의 끝에 플레이트 리더에서 플레이트를 제거
    15. 우물 사이 잠재적인 오염을 방지 3 분 3000 x g에서 접시 아래로 회전.
    16. 접시에서 봉인 제거.
    17. 신선한 기판 및 신선한 형광을 포함 하는 RT QuIC 반응 혼합물의 90 µ L 염색 Th-T 1.3.1 1.3.6 섹션에 설명 된 대로 추가 하 여 새로운 96 잘 접시 준비.
    18. 새로 준비 96 첫 번째 접시의 각 우물에서 전송 10 µ L 잘 접시.
    19. 새 접시를 봉인 하 고 추가 50 h 단계 1.3.13에서에서 설명 하는 단계에 대 한 실시간 QuIC 분석 결과 계속 합니다. 50 h의 추가이 단계 75 헤의 총 반응 시간을 만들 것입니다
      참고: RT QuIC 분석 결과의 모든 절차에 biosafety 캐비닛 아래 행해진다.
    20. 데이터를 수집합니다.
      1. 읽기 및 문서 각 음 마다 15 분의 Th-T 형광 신호
      2. 총 사이클 quadruplicate 반응의 평균 데이터 분석 소프트웨어와 스프레드시트에 전송 사용 하 여 데이터를 수집.
      3. 플롯 데이터의 평균. RT-QuIC (h)의 반응 시간에 해당 하는 x 축 고 y 상대 형광 단위 (RFU)에 해당 합니다. 알려진된 샘플의 희석에 해당 하는 각 곡선.
      4. 각 실험에 부정적인 컨트롤의 가장 높은 평균 값을 계산 하 여 임계값을 구분 플러스 5 표준 편차 전류에 설명 된 대로 출판 문학 41.
        참고: 모든 복제는 정의 된 임계값을 넘어 긍정으로 간주 됩니다. 임계값을 교차 하는 4 개의 복제에서 적어도 두 샘플 다음 간주 됩니다 긍정적인.

2. 재조합 프리온 단백질 (rPrP)의 정화

  1. 세균성 주식 및 rPrP의 식의 성장
    참고: 대장균 (대장균) 변형 벡터 애완 동물-24 인코딩으로 변환 되는 로제타 (DE3)는 마우스 PrP (잔류물 23-231)는 rPrP 준비 하 사용 되었다.
  2. 글리세롤 재고 로제타 (DE3)의 얼음에 애완 동물-24 mPrP(23-231)로 변형 해 동
    1. 행진 파운드 (Luria Bertani) 최종 대 50 µ g/mL의 농도로 접시 하 고 37 ° C 배양 기에서 밤새 품 어. 번호판을 박테리아를 포함 하는 고체 미디어에 습도 응축을 피하기 위해 거꾸로 다는 것을 확인 하십시오. 두 접시 두 접시 중 하나 이상에 있는 성장 되도록 준비.
    2. 준비 L 1 파운드 및 오토 클레이 브 살 균 수 있도록 그것.
    3. 1 mL 대 (50 mg/mL)와 페니 (34 mg/mL)의 1 mL와 멸 균 파운드 미디어의 보충 1 L.
    4. 대 및 페니 파운드 매체의 3 mL를 접종 하는 일회용 접종 루프를 사용 하 여 각 판의 한 식민지를 선택.
    5. 장소 5-6 헤 대 한 225 rpm에서 일정 한 동요와 37 ° C에서 인큐베이터에서 미니 문화
    6. 단백질 식의 유도 위한 Autoinduction 시스템 1 익스프레스 함께 파운드 미디어의 원래 1 l의 나머지 부분을 추가 하는 미니-문화.
    7. 장소 2 L 플라스 크, 또는 20-24 h. 위해 200 rpm에서 지속적인 동요를 37 ° C에서 인큐베이터에 더 큰 문화
    8. 1 L 문화 4 x 250 mL 원심 분리기 튜브로 분할.
    9. 3750 x g 실 온에서 20 분에 문화를 포함 하는 튜브 아래로 회전.
    10. 삭제는 상쾌한 50 mL 원심 분리기 튜브에 세균성 펠 릿 수집 그리고 추가 처리까지-80 ° C에서 그들을 멈추게. 결과 펠 릿 좋은 단백질 생산량에 대 한 3 ~ 4 g 무게 있다.
  3. 포함 신체의 준비
    1. 몇 분 동안 37 ° C에서 냉동된 펠 릿 (3 ~ 4 g)를 녹여.
    2. 동결 펠 릿-80 ° C에서 10 분 동안 한 번 더 하 고 다시 해 동. 중지 및 재개 두 번 더의이 단계를 반복 합니다.
    3. 1 X 세균 펠 릿 resuspend 세포 시 약 (예: BugBuster 마스터 믹스) 철저 하 게 pipetting으로. 시 약의 5 mL를 사용 하 여 세균성 펠 릿의 1 g에 대 한. 완전히 혼합 균질 것을 확인 하십시오.
    4. 품 어 실 온에서 20 분 동안 로커에 homogenate.
    5. 실 온에서 20 분 16000 x g에서 homogenate 원심.
    6. 신중 하 게 따르고 그것을 끊 여 supernatants 삭제
    7. 균질 세포 시 약 이전 단계에서 사용 되는 X 1의 같은 볼륨에 있는 펠 릿.
    8. 품 어 실 온에서 로커에 15 분 동안 homogenate.
    9. 1시 10분의 충분 한 볼륨을 추가 (0.1 x) 세포 시 약 40 mL의 총 homogenate 볼륨을. 믹스 전도 의해 균질 잘 있는지 확인.
    10. 7,900 x g 15 분에 homogenate 4 원심 ° c.
    11. 신중 하 게 그것을 붓는 하 여 상쾌한 삭제
    12. 세포 시 약 x 0.1의 40 mL에 펠 릿 resuspend.
    13. 4에서 16000 x g 15 분에 homogenate 원심 ° c.
    14. 신중 하 게 그것을 붓는 여는 상쾌한을 삭제 하 고 추가 처리까지 포함 하는-20 ° C에서 포함 시체 펠 릿 저장.
  4. 단백질 정화
    1. 포함 시체 실 온에서 해 동.
    2. 8 M guanidine-HCl의 14 mL에 해 동된 포함 시체를 분해 (38 g Guanidine 염 산 0.1 M NaPO 4 pH 8.0 및 채우기 H 2 O 50 mL; 정지 최종 솔루션에 pH를 조정 하지 않습니다) 단백질을 solubilize 하.
    3. 잘 아래로 pipetting으로 균질에 있는지 확인 하십시오.
    4. 50 분에 대 한 실 온에서 로커에 lysate 품
    5. Ni NTA 수 지의 준비 18 g (18 g 3 ~ 4 g 세균 펠 릿에 대 한) 비즈; 물 진공 및 100 mL 0.22 μ m 병 최고의 필터를 사용 하 여 100 mL로 씻.
      1. 50 mL 튜브에 Ni NTA 수 지 구슬의 18 g를 배치 하 고 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, pH 8.0, 6 M guanidine 염 산 염, pH 8) 최종 볼륨을 변성 시키기에 충분 한 양의 추가 최대 50 mL.
      2. 실 온에서 로커에 50 분 변성 버퍼에 구슬 equilibrate.
    6. 포함 바디 lysate 불용 성 파편을 제거 하 5 분 16000 x g에서 원심.
    7. Equilibrated 구슬에는 상쾌한을 추가 하 고 알 약 삭제.
    8. Ni NTA 수 지를 단백질 바인딩 수 있도록 실 온에서 40 분 동안 로커 믹스 입었다.
      참고: 니켈 킬레이트 구슬 PrP를 정화 하는 니켈 선호도 사용 됩니다. PrP의 히스티딘 풍부한 N 맨끝 영역 렌더링 단백질 어떤 그의 태그 없이 이온 니켈에 바인딩할 수 있는 nickel(II) 선호도.
    9. 두 선 (A 및 B) 깨끗 하 게 물으로 씻어 FPLC.
    10. 두 줄 (A 및 B) (열 아직 첨부 되어있습니다.) 시스템을 통해 변성 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, pH 8.0, 6 M guanidine 염 산 염, pH 8) 실행
    11. 열에 수 지를 로드합니다. 공기 거품을 최소화 하기 위해 있는지 확인 하십시오.
    12. 는 FPLC를 열을 연결 하 고 버퍼를 변성 시키기 0% 및 100%까지 버퍼 refolding 버퍼 A 변성 시키기 100%와 0 %refolding 버퍼 B의 (인산 나트륨 100 mM, 10 mM Tris, pH 8.0) 처음에에서 선형 그라디언트를 실행 합니다. 이 점차적인 변화 240 분 0.75 mL/min의 유량에서 실행 하 고 PrP의 적절 한 접는 필요.
      참고: 크로마 정화 과정에서 변성된 PrP는 먼저 천천히 refolded 수 지에 변성 버퍼 교체 refolding 버퍼의 선형 그라디언트를 적용 하 여. 이 단계는 또한 chaotropic guanidine-HCl을 제거 합니다.
    13. 100 %refolding 버퍼에서 0.75 mL/분 추가 30 분에 대 한 열을 통과 하 고 있는지 확인
    14. 린스 차입 버퍼 (100 m m 인산 나트륨, 10 mM Tris, 이미 500 m m, pH 5.8) 뒤 물으로 A 라인 열 무시. 이 변성 버퍼는 지금에 의해 대체 되었습니다 차입 버퍼 AKTA 시스템에서 밖으로 청소 합니다.
    15. Refolding 버퍼 B와 0% 차입 버퍼 A 버퍼와 100% 차입 버퍼 refolding 0%로 처음에는 100%에서 40 분에 대 한 선형 그라디언트를 실행 하 여 2 mL/min에서 단백질을 Elute.
      참고: 차입 버퍼에 이미의 높은 농도 PrP를 경쟁할 것 이다 '는 nickel(II)에 s 바인딩. 기본 단백질 피크 elute 그라데이션을 통해 방법의 대략 1/3을 시작 한다.
      1. OD 280 nm 증가 대 한 크로마 시계.
    16. 큰 피크의 중심에서 단백질을 포함 하는 튜브만 수집.
      참고: 각 2 mL의 eluted 분수 15 mL 튜브에 수집 됩니다.
    17. 투 버퍼 (인산 나트륨 10 m m, pH 5.8)의 약 1/3 볼륨 (1 mL)으로 즉시 튜브에 포함 된 단백질을 희석.
    18. 얼음에 튜브를 즉시 배치
    19. Eluted 단백질 튜브에 포함 된 수영장.
    20. 가난한 투 카세트 (분자량 컷오프 10 kDa)에 단백질.
    21. 다음 미리 차게 투 버퍼 (3.6 L) 4 ° C에서 2 h에에서 카세트를 넣어 하룻밤을 위해 신선한 투 석 버퍼 (3.6 L)에 카세트를 전송. 확인 투 석 버퍼는 지속적인 동요에서.
    22. 0.2 µ m acrodisc 주사기는 주사기를 사용 하 여 필터를 통해 단백질을 투 석 후 필터.
    23. BCA 단백질 분석 실험 키트를 사용 하 여 단백질 농도 측정.
    24. 집중 0.3 mg/ml 단백질 농도 조정 하는 데 필요한 경우 희석 또는.
      참고: SDS 페이지와 Coomassie 파란 얼룩이 순도 확인.
    25. 단백질의 1 mL aliquots microcentrifuge 튜브 하 고 RT QuIC 프로토콜에 설명 된 대로 즉시 추가 사용까지-80 ° C에 저장.

결과

CWD 지저분한 추출 물 10% (w/v)에서 RT-QuIC 반응, 씨앗 수 있었다 아직 검출의 감도 낮은 27. RT QuIC 반응에 수 반하는 사용에 마우스 rPrP 기판의 높은 배경 형광을 피하기 위해 중요 한 단계는 지저분한 균질에 대 한 특정 버퍼를 사용 하는 보다 더 구체적인 수 사슴 rPrP 결과 27. NaPTA 강 수의 추가 반응 (그림 2)의 시드 활?...

토론

RT QuIC 이전 고용 되었다 소변 및 배설물 추출 물 구두로 감염 된 흰 꼬리 사슴, 뮬 사슴 38의 CWD prions를 검출 하기 위하여. 이 원고에 표시 된 시스템 RT QuIC 분석 결과의 적응된 방법입니다. 추가 단계는 검색 및 CWD prions 감염된 동물의 분 변 물질에 대 한 분석 결과의 감도 향상 시키기 위해 "클래식" RT QuIC 분석 결과에 통합 했다.

배설물 추출 물에서 낮은 감도 R...

공개

저자는 공개 없다.

감사의 말

우리는 제공 하는 교육 및 cervid PrP 세균성 식 플라스 미드 박사 바이런 Caughey (NIH 록 키 마운틴 연구소)에 감사입니다. SG는 캐나다 연구의 자 프로그램에 의해 지원 됩니다. 우리는이 연구에 대 한 자금 게놈 캐나다, 앨버타 프리온 연구소와 앨버타 농업 게놈 알버타, 캘거리 대학이이 작품 지원 통해 임업에서 SG을 인정 합니다. 우리는 동물 연구에 대 한 마가렛 Gunn 재단에서 연구 보조금을 인정합니다.

자료

NameCompanyCatalog NumberComments
Materials
Acrodisc seringe filtersPALL4652
amicon Ultra-15 Centrifugal filter UnitMilliporeUCF901024
BD 10 ml seringeVWRCA75846-842
ChloramphenicolSigma-AldrichC0378
Corning bottle-top vacuum filtersSigma-Aldrich431118
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)Sigma-AldrichE4884
gentleMACS M TubeMiltenyi Biotec130-093-236
Guanidine hydrochlorideSigma-AldrichG4505
ImidazoleSigma-AldrichI5513
IsopropanolSigma-AldrichI9516
Kanamycin sulfateSigma-Aldrich60615
Luria-Bertani (LB) brothThermoFisher Scientific12780029
Magnesium chlorideSigma-AldrichM9272
N2 supplement (100X)ThermoFisher Scientific15502048
N-lauroylsarcosine sodium salt (sarkosyl)Sigma-AldrichML9150
Nanosep centrifugal devices with omega membrane 100KPALLOD100C34
Nunc sealing tapesThermoFisher Scientific232702
Parafilm MVWR52858-000
phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF)Sigma-AldrichP7626
Protease inhibitor tabletRoche4693159001
Sodium chlorideSigma-AldrichS3014
Sodium deoxycholateSigma-AldrichD6750
Sodium dodecyl sulfate (SDS)Calbiochem7910-OP
sodium phosphateSigma-Aldrich342483
Sodium phosphate dibasic anhydrousSigma-AldrichS9763
Sodium phosphate monobasic monohydrateSigma-AldrichS9638
Sodium phosphotungstate hydrate (NaPTA)Sigma-Aldrich496626
Thioflavin TSigma-AldrichT3516
Tris-Hydroxy-Methyl-Amino-Methan (Tris)Sigma-AldrichT6066
Triton-100Calbiochem9410-OP
Tween 20Sigma-AldrichP7949
NameCompanyCatalog NumberComments
Commercial buffers and solutions
BugBuster Master MixNogagen71456-4
Ni-NTA superflowQiagen1018401
Phosphate-buffered saline (PBS) pH 7.4 (1X)Life TechnoligiesP5493
UltraPure Distilled WaterInvitrogen10977015
NameCompanyCatalog NumberComments
Standards and commercial kits
Express Autoinduction System 1Novagen71300-4
Pierce BCA Protein Assay KitThermoFisher Scientific23227
NameCompanyCatalog NumberComments
Equipment setup
AKTA protein purification systems FPLCGE Healthcare Life Sciences
Beckman Avanti J-25 CentrifugeBeckman Coulter
Beckman rotor JA-25.50Beckman Coulter
Beckman rotor JA-10Beckman Coulter
FLUOstar Omega microplate readerBMG Labtech
gentleMACS DissociatorMiltenyi Biotec130-093-235
NameCompanyCatalog NumberComments
Sofware
MARS Data AnalysisBMG Labtech
GraphPad Prism6GraphPad software

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