CUT&RUN 염기서열분석 데이터의 입문 분석 및 검증

우리의 연구는 암의 시작과 진행에서 반복적인 DNA 요소의 역할을 탐구합니다. 우리는 이러한 요소들이 암 발병 메커니즘에 직접 관련되어 있는지, 그렇다면 이 정보를 사용하여 환자의 결과를 개선할 수 있는지 묻습니다. 많은 차세대 염기서열분석 기술 및 분석 파이프라인이 개발되어 전사 또는 번역 후 염색질 변화와 같은 후성유전학적 인자의 특징과 변화, 염색질의 특정 국소화 시 결합, DNA 또는 RNA의 염기서열 및 방어 단백질에 의해 벌크 및 단일 세포 분해능 모두에서 캡처됩니다.

우리 분야의 연구를 발전시키는 데 사용되는 기술은 변형된 히스톤 또는 크로마틴의 전사 인자의 게놈 위치를 매핑할 수 있는 기술입니다. 우리의 목적을 위해 이 기술 우산 내에서 가장 관련성이 높은 기술은 CUT&RUN이라는 기술입니다. 공개적으로 사용 가능한 많은 CUT&RUN 분석 파이프라인은 분석 흐름을 이해하고 프로젝트를 위한 자체 분석 파이프라인을 개발하려는 생물정보학 초보자에게는 상대적으로 복잡합니다.

그러나 당사의 CUT&RUN 분석 파이프라인은 단일 프로그램 언어로 단계별로 개발되어 흐름을 훨씬 쉽게 이해하고 수정하여 출판물 품질의 데이터를 얻고 생물정보학에 대한 경험을 쌓을 수 있습니다. 우리는 만성 이중 가닥 RNA 발현이 암 발병에서 생체 모방 회피 및 면역 요법 속도에 어떤 영향을 미치는지, 그리고 TP53 단백질이 만성 이중 가닥 RNA 발현 및 생체 모방 회피를 어떻게 조절할 수 있는지에 대한 답을 찾는 데 중점을 두고 있습니다. 마지막으로, 우리는 만성 이중 가닥 RNA 발현과 생체 모방 회피 과정을 이해하고 표적으로 삼음으로써 면역 요법 내성 암을 치료할 수 있는 방법을 이해하고자 합니다.