이 작품은 NIH / NIGMS / MBR에 (그랜트 58268), NIH / NCRR / RCMI (부여 G12-RR03034), 조지아 리서치 얼라이언스 자금을 부여 GRA.VAC08.W, NIH / NIAID / NRSA 부여 F31AI091484, 모리 CFAR 교부금 P30에 의해 지원되었다 A1050409. 이 연구는 NIH / NCRR에서 연구 시설 개선 보조금 # C06 RR18386의 지원으로 건설 시설에서 실시되었다. 된 Jurkat 세포 20의 집합 HIV-1 Nef의 펩티드뿐만 아니라, 토끼 반대로 HIV-1 Nef의 항혈청은 NIH AIDS 연구 및 참조 시약 프로그램 (락빌, MD)에서 하였다.

I.는 생물학적 분석에 짧은 펩티드의 사용 I.1. 펩티드를 사용하여 매핑 생물학적 기능 모티프 <ol><li> 네프 스캔 펩티드와 세포 치료 <ol><li> 관심 영역을 스캔 펩티드의 집합을 조달. 우리의 실험, 20mer 펩티드, 10 아미노산 중복와 함께, 전체 HIV-1 Nef의 단백질 (205 AA) 스패닝의 경우, 에이즈 시약 프로그램에서 하였다. 다음과 같은 펩티드는 개별적으로 assayed 있습니다 : </li><li> 10 NG / 세포 배양 매체 펩타이드의 ML을 추가합니다. </li><li> 세포 배양을 인 Jurkat가 접시 당 문화 매체의 10 ML을 추가합니다. </li><li> 37 24 시간 동안 문화를 품어 ° C. </li></ol></li><li> 세포 사멸의 터미널 deoxynucleotidyltransferase - 중재 dUTP 비오틴 닉 엔드 라벨 ​​(TUNEL) 분석 <ol><li> 1X PBS로 세포를 씻어 1X PBS, pH를 7.4에서 4 % 파라 포름 알데히드로 실온에서 30 분간 고정한다. </li><li> 10 1X PBS로 세척하고, 0.1 %로 permeabilize 트리톤 X-100실온에서 분. </li><li> 1X PBS로 두 번 세포를 씻어. </li><li> 컴퓨터 제어 현미경 시스템에 epifluorescence에 의해 스테인드 세포를 계산합니다. </li></ol></li></ol> I.2. 펩티드를 사용하여 경쟁 억제 분석 <ol><li> 전차 단백질 배달 시약 키트를 사용하여 펩티드의 공동 형질 전환 <ol><li> 형질 반응 혼합물 당 ​​100 μL의 최종 볼륨, wtNef-GFP 플라스미드 DNA 1 μg과 야생형 SMR 도메인에서 파생 된 펩티드, 또는 SMR 모티프의 개별 아미노산 알라닌 - 교환을 포함하는 펩티드도 100 NG를 희석 1X PBS. </li><li> 멸균 물 100 μL의 최종 볼륨에 전차 시약의 1 / 10 희석 6 μl를 희석하고 희석 DNA-펩타이드 혼합 결합합니다. </li><li> 전차 / DNA-펩타이드 복합체의 형성을 할 수 있도록 30 분 동안 실온에서 알을 품다. </li><li> 5 분 600 XG에서 원심 분리하여 펠렛 3 × 10 5 된 Jurkat 세포. </li><li> 1X PBS로 두 번 세포를 씻으, 그리고 전차 / DNA-펩타이드 복합체에 resuspend을. </li><li> 서스펜션에 혈청 RPMI 1640 배지 400 μl를 추가하고 2 시간 동안 37 ° C에서 배양 접시에 세포를 품어. </li><li> 각 플레이트에 10 % FBS를 포함하는 신선한 RPMI 1640 배지 1 ㎖를 추가하고, 37에서 48 시간 동안 세포를 품어 ° C. </li><li> 수확 세포와 형광 현미경으로 형질 전환 효율을 결정합니다. </li></ol></li><li> 펩티드 억제 NEF-GFP 분비 형광 플레이트 리더 분석 <ol><li> 수확 된 세포에서 세포 무료 에어컨 미디어를 수집하고, 96 - 웰 블랙의 microtiter 플레이트의 각 웰에 100 μl를 전송합니다. </li><li> 여기 파장 485 nm의 발광 파장 상대 형광 단위 515 m로 TECAN GENEios의 fluorimeter의 미디어 측정 GFP 형광. </li><li> 컨트롤의 GFP 형광의 레벨 (세포 미디어 네프-GFP와 공동 형질과 펩타이드를 스크램블 설정) 100 %. </li><li> 세포 미디어 네프-GFP 분비의 변화를 결정하기 위해 다양한 SMR 펩타이드와 공동 형질에서 GFP 형광의 수준이 비교할 수 있습니다. </li></ol></li></ol> I.3. 미끼로 펩티드를 사용하여 주제 바인딩 파트너를 분리 <ol><li> SMR 펩타이드와 공동 immunoprecipitation의 <ol><li> 37 10 % FBS가 포함 된 RPMI 1640 배지로 된 Jurkat 세포를 성장 T-75 조직 배양 플라스크에 ° C, 4시 20 분 1,000 XG에서 원심 분리하여 펠렛 세포 ° C. 형질 전환 효율을 결정, 형광 현미경으로 접시를 배치하여 이미지를 캡처하고, 이후 전체 및 라벨 세포를 세어 백분율 표시 셀을 결정합니다. </li><li> 1 ML 1X PBS로 세포 펠렛을 resuspend을, 그리고 1.5 ML 에펜 도르프 튜브로 전송할 수 있습니다. 1 분 1,000 XG에서의 microcentrifuge. 부드러운 피펫 1 ML α-FLAG 용해 버퍼에 펠렛을 resuspend을. 용해 버퍼 : 혼합 50 MM 트리스 • 염산 산도 7.4, 150 MM의 나트륨 CHLoride [염화나트륨] 1 밀리미터 phenylmethylsulfonyl 불화 포유 동물 세포와 조직 추출물 사용 [PMSF], 10 ML / μL 프로테아제 억제제 칵테일 1 ㎜ EDTA (에틸렌 다이아 민 테트라 초산), 1 % 트리톤 X-100 [PIC, 시그마]. 사용하기 전에 즉시 확인합니다. </li><li> 차동 5 분 2,000 XG에서의 microcentrifuge 현탁액을 펠렛 ~ 10 분 세포 파편과 DNA, 각각 13,000 XG에서. 상층 액 (이하 &quot;해물&quot;라한다)를 수집. </li><li> 해물 단백질의 1 밀리그램 SMRwt 또는 SMRmut 펩타이드 안티-FLAG M2 선호도 젤 (; 시그마 이하 &quot;수지&quot;라고도 함)의 20 μL에 하나의 1 μg을 추가합니다. 여기에 사용 SMRwt 및 SMRmut 모두 펩티드에 포함 된 FLAG 태그 서열을 갖고 있음에주의해야한다. 공동 IP 버퍼 1 ML (α-FLAG 용해 버퍼를 뺀 PMSF 및 PIC)의 최종 볼륨 혼합물을 가져옵니다. 엔드 오버 엔드 회전 ° C 하룻밤에 혼합물을 품어. 음성 대조군으로, 두 펩티드의 부재 수지 해물을 배양한다. </li><li> 펠레T 5,000 microcentrifugation에 의해 수지 - 30 초 8,000 XG. 수지 샘플을 처리하기 전에 2 분 동안 정착 한 후 상층 액을 대기음 할 수 있습니다. 어떤 수지를 전송하지 않도록주의하면서, 좁은 엔드 피펫 팁 또는 해밀턴 주사기 상층 액을 제거합니다. 좁은 엔드 피펫 팁이 부분적으로 닫힐 때까지 플라스틱 피펫 팁의 오프닝을 공략하기 위해 집게를 사용하여 만들 수 있습니다. 500 세척 버퍼의 μL (50 MM 트리스 • 염산 산도 7.4, 150 MM의 염화나트륨).와 수지를 네 번 씻으십시오 세척 버퍼 50 μL의 배 FLAG 펩타이드의 15 μg (시그마)에 바인딩 된 세포 단백질을 용출하고 실온에서 30 분 동안 로커 / 셰이커에 품어. </li><li> Laemmli에 샘플 버퍼 (바이오 래드)에서 비등 다음에 아세톤 침전에 의해 용출액을 집중한다. 4-20% 트리스 - 염산 기준 프리 캐스트 젤 (바이오 래드)을 SDS-PAGE로 단백질을 분리합니다. 쿠마시 브릴리언트 블루 R-250 (바이오 래드)와 젤 얼룩. 참고 : 질량 분광법 식별 실험 ( <stronG&gt; 그림 4A), 각 조건 (SMRwt, SMRmut하거나, 펩티드와 공동-IP)는 사통에서 수행하고, 네 가지의 용출액은 복제 / 총 단백질 입력 4 밀리그램 총 이전 아세톤 침전 풀링 된되었다 조건). </li></ol></li><li> 네프-GFP 단백질과 공동 immunoprecipitation의 <ol><li> 0.02 % 트윈 20 (PBS-T)와 1X PBS 1 ML에 방지 GFP 생쥐 단일 클론 2 μg에 Dynabeads 단백질 G 자석 구슬 (Invitrogen 사)의 50 μl를 섞는다. 4시에 1 시간 동안 1.5 ML Eppendorf의 튜브 엔드 오버 엔드 회전 혼합물을 품어 ° C. </li><li> 자기 풀다운 메뉴가 뜨는을 제거 한 다음 허용하는 1.5 ML MagnaSphere 기술 마그네틱 분리 스탠드 (Promega 사 공사, 매디슨, WI)에 튜브를 삽입하여 버퍼에서 구슬을 분리합니다. 부드러운 피펫을 사용하여 PBS-T의 1 ml의 안티 GFP 코팅 구슬을 씻으십시오. </li><li> M은 15 1X의 RIPA 1 ㎖ + 버퍼 부드러운 피펫 및 배양하여 함께 네프-GFP 형질 전환 된 Jurkat 세포를 용해얼음에있다. RIPA + 버퍼 : 10X RIPA 용해 버퍼, 산도 7.4 [밀리 포아, 베드포드, 매사추세츠】 멸균 물에 희석 1:10 0.02 % 나트륨 아 지드 [시그마] 0.1 % 나트륨 도데 실 황산 [SDS] 1 ㎜ PMSF 10 μL와 / ㎖ PIC는 사용 직전에 추가됩니다. </li><li> 펠렛 10 분 2,000 XG에서 microcentrifugation하여 세포 파편. 상층 액 (이하 &quot;해물&quot;라한다)를 수집. </li><li> 안티 GFP 코팅 비즈 해물 단백질 1 mg의 추가 1X RIPA + 버퍼 1 ML에 최종 볼륨을 가지고, 4 ℃에서 1 시간 동안 엔드 오버 엔드 회전 혼합물을 품어 참고 : 펩타이드 경쟁 연구를 위해, 해물 단백질 1 ㎎을 사전에 방지 GFP 코팅 구슬에 추가되는 1X에서의 RIPA + 버퍼 1 ML에 SMRwt 또는 SMRmut 펩타이드의 2 μg으로 미리 배양 할 수 있습니다. </li><li> 세척 버퍼 1 ㎖에 부유 통해 구슬을 씻으십시오 (50 MM 트리스 • 염산 산도 7.4, 150 MM의 염화나트륨, 0.1 % 트윈 20). 4에서 5 분 ° C.에 대한 엔드 오버 엔드 회전을 품다 비즈 F를 분리ROM 자기 분리 스탠드를 사용하여 세척. 각각 250 mm와 300 mM의 NaCl을을 포함 세척 버퍼로 구슬 두 번째 및 세 번째 시간을 씻으십시오. </li><li> PBS 200 μL에 구슬을 resuspend을, 깨끗한 튜브에 혼합물을 전송하고, 자기 스탠드에 세척에서 구슬을 분리합니다. 95 ° C에서 Laemmli에 샘플 버퍼 5 분 50 μL에 구슬을 삶아, 혼합물을 실온에서 10 분 동안 냉각 할 수 있도록하고 분리 마그네틱 스탠드에 혼합물을 배치하고 상층 액 (이하 &quot;용출액&quot;)를 수집 . </li><li> 8~16% 트리스 - 염산 기준 프리 캐스트 젤에 SDS-PAGE에 의해 용출액의 단백질을 분리합니다. </li></ol></li><li> 질량 분석 <ol><li> 소비세 매시 묻은 젤의 관심의 단백질 밴드. </li><li> 37 45 분 동안 10 mM의 1,4 - 디티 올 트레이 톨 (DTT)에서 샘플을 줄일 ° C. </li><li> 25 45 분 ° C. 55 MM의 요오도 아세트 아미드에 샘플을 Alkylate </li><li> 등급 시도 시퀀싱 하룻밤 샘플을 소화37 psin (Promega 사) ° C. </li><li> C-18 ZipTip (밀리 포아)를 이용하여 시료의 펩티드를 탈염. 알파 CHC 매트릭스 (애질런트 테크놀로지스, 산타 클라라, CA)를 이용하여 시료의 펩타이드를 혼합 MTP 대상 프레임 III (브루 커 달 토닉 주식 회사, 빌리, MA)에 그들을 발견. </li><li> 브루 커 달 토닉 ULTRAFLEX III TOF / TOF를 사용하여 (MALDI-TOF/TOF) 질량 분광법 분석의 비행 직렬 매트릭스 보조 레이저 탈착 / 이온화 시간을 수행 할 수 있습니다. </li><li> MS / MS 데이터 마스코트 알고리즘 (사용 NCBI 비 중복 및 스위스 보호 해주는 데이터베이스에 비교 <a href="http://www.matrixscience.com" target="_blank">www.matrixscience.com을</a> ). </li></ol></li><li> 면역 블롯 분석 <ol><li> 4~20% 또는 8-16% 트리스 - 염산 기준 프리 캐스트 젤 (바이오 래드)을 SDS-PAGE로 단백질 샘플을 분리합니다. 니트로 셀룰로오스 막에 전기 영동 밴드를 전송합니다. </li><li> 5 분, 트리스 막 씻어 (바이오 래드 TBS) 염분 버퍼. 0.1 % 트윈 2 (TTBS에 5 % 탈지 우유 TBS를 차단1) 실온에서 흔들어 1 시간. </li><li> 4 ° C에서 하룻밤 진탕 5 % 탈지 우유에 특정 기본 항체를 사용하여 immunoblotting을위한 멤브레인을 처리합니다. 실온에서 1 시간 동안 5 % 탈지 우유 차 HRP 결합 된 IgG의 (H + L) 항체 다음 20 분 동안 TTBS로 세척 할 것. 30-60 분 동안 TTBS로 세척 할 것. </li><li> 서양 더럽히는 루미놀 시약 (산타 크루즈 바이오 테크놀러지 주식, 산타 크루즈, 캘리포니아)에 의해 단백질 밴드를 감지합니다. 사진 필름에 필터를 노출합니다. 참고 : 일부 실험에서는, 스트립 시약이 다른 기본 및 보조 항체 후속 하이브리드와 멤브레인 (피어스, 록 퍼드, IL) 제거하는 데 사용되었다. </li><li> 어도비 포토샵 5.0.2에 X-선 필름을 스캔합니다. ImageJ에 소프트웨어 (건강의 국립 연구소, 베데스다, MD)를 사용하여 농도계 분석을 수행합니다. </li></ol></li></ol> II. 기능 분석에 항체 억제의 사용 II.1. Antibod의 공동 형질 전환이거는 전차 단백질 배달 시약 키트를 사용 <ol><li> 형질 반응 혼합물 당, 1X PBS 100 μL의 최종 볼륨, wtNef-GFP 플라스미드 DNA 1 μg 및 안티 mortalin 항체 또는 항-α-tubulin에 항체 하나의 1 μg을 희석. 참고 : 이전에 항-α-tubulin에 항체의 공동 형질이 exNef 분비에 아무런 감지 효과가없고, 따라서이 실험에서 효과가 대조군 역할을 한 것으로 나타났습니다. </li><li> 멸균 물 100 μL의 최종 볼륨에 희석 전차 시약의 6 μl를 희석하고 희석 DNA 항체 혼합 결합합니다. </li><li> 전차 / DNA 항체 복합체의 형성을 할 수 있도록 30 분 동안 실온에서 알을 품다. </li><li> 5 분 600 XG에서 원심 분리하여 펠렛 3 × 10 5 된 Jurkat 세포. </li><li> 1X PBS로 두 번 세포를 씻으, 그리고 전차 / DNA 항체 복합체에 resuspend을. </li><li> 서스펜션에 혈청 RPMI 1640 배지 400 μl를 추가하고 C를 품어37 문화 접시에 ELL 학생 ℃에서 2 시간 동안 C. </li><li> 각 플레이트에 10 % FBS를 포함하는 신선한 RPMI 1640 배지 1 ㎖를 추가하고, 37에서 48 시간 동안 세포를 품어 ° C. </li></ol> II.2. 항체 억제의 NEF-GFP 분비 형광 플레이트 리더 분석 <ol><li> 수확 된 세포에서 세포 무료 에어컨 미디어를 수집하고, 96 - 웰 블랙의 microtiter 플레이트의 각 웰에 100 μl를 전송합니다. </li><li> 여기 파장 485 nm의 발광 파장 상대 형광 단위 515 m로 TECAN GENEios의 fluorimeter의 미디어 측정 GFP 형광. </li><li> 컨트롤의 GFP 형광의 수준 (세포 미디어 네프-GFP 및 안티-α-tubulin에 항체와 공동 형질) 100 %로 설정합니다. </li><li> 세포 미디어 네프-GFP 분비의 변화를 확인하기 위해 안티 - mortalin 항체와 공동 형질에서 GFP 형광의 수준이 비교할 수 있습니다. </li></ol>

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Virol. 78 (20), 11084-11096 (2004).</li><li>Heveker, N., Montes, M., Germeroth, L., Amara, A., Trautmann, A., Alizon, M., Schneider-Mergener, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissociation+of+the+signalling+and+antiviral+properties+of+SDF-1-derived+small+peptides.">Dissociation of the signalling and antiviral properties of SDF-1-derived small peptides.</a> Curr. Biol. 8 (7), 369-376 (1998).</li><li>Shelton, M. N., Huang, M. B., Ali, S. A., Powell, M. D., Bond, V. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SMR-derived+peptide+disrupts+HIV-1+Nef's+interaction+with+mortalin+and+blocks+virus+and+Nef+exosome+release.">SMR-derived peptide disrupts HIV-1 Nef's interaction with mortalin and blocks virus and Nef exosome release.</a> J. Virol. 86 (1), 406-419 (2012).</li><li>Ptak, R. G., Fu, W., Sanders-Beer, B. E., Dickerson, J. E., Pinney, J. W., Robertson, D. L., Rozanov, M. N., Katz, K. S., Maglott, D. R., Pruitt, K. D., Dieffenbach, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cataloguing+the+HIV+type+1+human+protein+interaction+network.">Cataloguing the HIV type 1 human protein interaction network.</a> AIDS Res. Hum. Retroviruses. 24 (12), 1497-1502 (2008).</li><li>Shugars, D. C., Smith, M. S., Glueck, D. H., Nantermet, P. V., Seillier-Moiseiwitsch, F., Swanstrom, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+human+immunodeficiency+virus+type+1+nef+gene+sequences+present+in+vivo.">Analysis of human immunodeficiency virus type 1 nef gene sequences present in vivo.</a> J. Virol. 67 (8), 4639-4650 (1993).</li></ol>

저자는 그들이 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.

exosomal 인신 매매 통로 exNef 분비 엔지니어링 소설 억제제에 도움이 될 것입니다 조작은 NEF의 능력을 기본 메커니즘을 이해. exNef 분비의 억제는 CD4 T 세포 고갈과 CIA 해당 드라이브 HIV / AIDS 발병을 감소해야한다. 이 목표를 향해, ​​우리는 우리가 exNef 분비의 유전학을 분석하고, 관련된 세포 단백질을 결정하기 시작 허락 소설 시약 및 방법론의 숫자를 개발했습니다. 이 방법은 직접 exNef 분비, SMR...

항 레트로 바이러스 치료의 도래와 함께, 서구 세계에서 에이즈 전염병이 둔화하지만, 축소하지 않으며, HIV의 확산은 전 세계에 걸쳐 중요한 건강 부담을 계속하고있다. 변두리에 효과적인 RV144 태국 재판을 제외하고, HIV 백신은 지금까지 감염으로부터 보호하기 위해 실패를 보여 주었다. 따라서, 추가, 잠재적 인 치료 표적에 대한 연구는 여전히 보증합니다. CD4 T 세포 고갈과 함께, 지속적인 일반화 된 면역 활성화는 HIV 감염의 특징이다. 이 만성 면역 활성화 (CIA)은 세포의 매출 활성화와 차별화 된 림프 모집단, 휴대 피로와 노화, 및 활성화 유도 세포 죽음 (AICD) 1,2,3을 통해 T 세포와 B 세포의 살해의 증가로 연결하고, 그것은 잘 질병의 진행 4,5,6,7,8,9,10,11,12의 가장 강력한 예측 인자 중 하나로 설정됩니다. 그러나 메커니즘은 CIA와 CD4의 기초HIV 감염의 고갈 T-세포가 완전히 밝혀 할 수 남아 있습니다. 우리 실험실과 다른 사람의 증거는 HIV 단백질 네프는 (네거티브 규제 요인) HIV-1에 감염된 세포 13,14에서 exosomes에있는 그것의 분비를 유도 상기 질병의 진행을위한 모델 (그림 1)로 우리를 이끌었다. 이러한 네프 함유 exosomes (exNef)는 감염되지 않은 CD4 T 세포 15,16 등의 세포 계통의 여러 세포 사멸을 유도. 또한, 단핵구에서 / 대 식세포 exNef 바꾼다 유전자 발현 패턴, 예를 들면 사이토 카인의 발현, 그리고 예약되지 않은 면역 활성화의 상태를 유도하기 위해 나타납니다. 증거의이 몸은 CIA와 CD4 T 세포 고갈 exNef에 중요한 역할을 제안합니다. exosomal 인신 매매 통로 exNef 분비 엔지니어링 소설 억제제에 도움이 될 것입니다 조작은 NEF의 능력을 기본 메커니즘을 이해. exNef 분비의 억제는 CD4 T 세포 고갈을 감소한다그리고 CIA 드라이브 HIV / AIDS 발병합니다. HIV / AIDS 질병의 진행이 모델에 내장 된 다음 데이터에 대한 우리의 모델을 주도 증거를 수집하기 위해, 우리는 우리가 exNef 분비의 유전자를 분석 할 수 소설 시약 및 방법론의 숫자를 개발하고,을 결정하기 시작 세포 단백질이있었습니다. 초기 연구에서, 우리는 네프 단백질 방관자 세포의 apoptosis를 유도하고 네프 형질 전환 및 HIV에 감염된 세포에서 extracellularly 15 릴리스되고있는 것으로 나타났습니다. SDF-1α (대안 접합 알파 계수-1 유래 기질 세포)에서 유래 펩타이드는 이전에 많은 전장 분자 (17)의 결합 및 신호 활동을 유지하기 위해 표시했다. 우리는 네프의 펩티드는 전체 단백질의 세포 사멸 활동의 일부, 이러한 펩티드 반드시 네프 세포 사멸 도메인 (들)을 포함하는 것을 유지할 수 있다는 추측. 이러한 펩티드를 확인하고 그 결과 네프하려면세포 사멸 도메인 (들), 우리는 NIH AIDS 연구 및 참조 시약 프로그램에서 20 HIV-1 Nef의 스캔 펩티드의 집합을 얻었다. 이 20-AA 펩티드는 이웃의 10 아미노산 중복 각각은, 그들의 마지막 아미노산 즉, N20 걸쳐 네프 아미노산 1-20 N30 걸쳐 네프 아미노산 11-30, 등 16의 숫자로 지정됩니다. 우리는이 세포의 전체 길이 네프 단백질 유도 세포 사멸의 두 가지 10-AA 도메인을 중복 특정 펩티드 extracellularly T-세포를 노출 것을 발견했다. 이러한 네프 파생 된 세포 사멸 펩티드의 후속 분석은 실제로 이러한 펩티드 경쟁력 CXCR4와 자연의 리간드 SDF-1α 사이의 바인딩을 억제 할 수 바인딩 속도론과 T 세포의 표면에 케모카인 수용체 CXCR4와 상호 작용하는 능력을 공개했다. 마지막으로, CXCR4와 네프에서 파생 된 세포 사멸 펩티드 &#39;상호 작용은 세포 사멸에 이르는이 T-세포의 스트레스 반응을 유발하는 것으로되었다. 이 증거는 우리에게 QUIC 허용광년지도 네프의 기능 영역, 예 알라닌 스캔 돌연변이와 같은 표준 DNA 돌연변이 기술을 사용하여 더 이상 걸렸을 것입니다 프로세스입니다. 또한 이러한 짧은 네프 파생 펩티드는 전체 길이 단백질 세포 사멸 도메인의 생물학적 기능을 유지 것을 보여 주었다. 세포 네프의 역할을 확인하는 데, T-세포 즉, 세포 사멸, 우리는 네프는 세포에서 분비 된 방법의 더 나은 이해를 모색하고 있습니다. 변이 네프 구문의 시리즈를 사용하여, 우리는 HIV 네프 모두의 N-말단 지역에서 매우 보존 네프 단백질 모티프를 매핑하고, exNef 분비 13 중요한 그 붉은 털 원숭이 해당 SIV 맥 (유인원 면역 결핍 바이러스) 네프. 이러한 주제 중 하나 분비 수정 지역 (SMR, 66VGFPV70)는 자사의 다섯 가지 아미노산의 하나 크게 exNef 분비를 감소 또는 폐지의 알라닌 교체로, 특히 중요했습니다. 활동 주제의 C를 통해 세포에 전달 될 때hariot 단백질 배달 시약, FLAG 펩타이드 시퀀스 (SMRwt)에 부착 된 SMR을 포함하는 펩타이드는 18 세포 네프 - 형질 전환 및 HIV에 감염된 모두에서 exNef 분비를 억제하는 것으로되었다. 펩티드와 우리의 이전 경험을 바탕으로, 우리는 분자와 exNef 분비 네프 SMR의 역할을 기본 메커니즘을 해명이 펩티드를 사용하기로 결정했다. 우리의 &quot;미끼 단백질&quot;로 SMRwt 펩티드를 사용하여, 우리는 감염되지 않은 T 세포 용 해물 (18)로부터 SMR의 휴대 전화 바인딩 파트너를 공동 immunoprecipitated. FLAG 펩타이드 시퀀스는 안티-FLAG 친 화성 수지를 사용하여 SMRwt 펩타이드를 캡처하는 편리한 손잡이를 제공했다. SMRwt 펩타이드의 돌연변이 알라닌하는 단일 발린이 exNef 분비의 억제를 폐지하기에 충분했다 우리의 이전 연구 결과는 우리가 SMR에 대한 특정하지 공동 immunoprecipitated 단백질을 배제하는 데 편리하고, 매우 구체적인 제어 펩타이드 (SMRmut)를 확인했다. s의 펩티드를 사용하여오히려 전체 길이 단백질보다 관심 pecific 도메인은 우리가 네프 19 다른 도메인에 바인딩 세포의 여러 요소의 검사를 우회 할 수있었습니다. 일단 우리는 논리적 인 다음 단계는 확인 된 휴대 전화 바인딩 파트너 생물학적 기능 18 중요하다는 것을 보여주고 있었고, SMR 결합 파트너를 확인했다. 이 작업을 수행하는 표준 절차는 생물학적 기능을 표적 단백질의 특정 miRNA의 또는 siRNA를하고, 이후 분석 결과를 사용하여 최저 단백질 수준이다. 우리는이 경우 SMR-결합 단백질에 대상의 생산을 감소 목표의 mRNA의 번역을 억제 miRNA의 넉다운을 수행. 대상 단백질이 감소 간접 효과, 그리고 아마도 타겟 단백질이 결과적 인치 역할을하는 생물학적 기능에 대한 지연 효과를 가지고, 우리는 직접의 활동을 방해하는지 확인하기 위해 덜 일반적인 항체 억제 기술을 채택대상 단백질은 생물학적 기능을 줄이거 나 제거합니다. 이 절차에서는 항체 표적 단백질에 대해 제기는 전차 시약을 사용하여 세포로 형질 전환하고, 목적 단백질도 기능을 자사의 사이트에서 봉쇄를, 또는 관련 바인딩 도메인을 차단과 직접 상호 작용합니다. 이 절차를 통해 대상 단백질의 억제가 직접 그 기능을 방해하고, 또한 생물학적 기능에 목적 단백질의 중요성을 확인하여 RNA의 최저 절차를 보완 할 수 있습니다. 전차 시약은 세포로 펩티드와 단백질을 제공하는데 효과적이지만,이 과정은 시간이 많이 소요하고, 실험의 종류를 제한하는 등 장기간 또는 반복 노출과 생체 내 동물 연구에서 수행 할 수 있습니다. 따라서, 우리는 수동적으로 세포에 의해 수행 될 수있는 펩타이드를 생성하는 SMRwt 펩타이드 (SMRwt-CPP) 18 세포 관통 펩티드 (CPP) 시퀀스를 추가문화 미디어. 이 버전은 억제 exNef 분비에 이전만큼 효과적이었다. 이러한 게시 된 실험 증거는 경쟁 억제를 통해 전체 길이 단백질의 기능을 적대하고, 이러한 주제를 바인딩 단백질을 분리하기 위해 특정 기능을 모티프 포함하는 작은 펩티드의 능력을 보여줍니다. 하나는 이러한 기술은 많은 실험 프로토콜에 도움이 될 것을 기대합니다. 그들은 또한 많은 세포 과정의 엔지니어링 소설 펩티드 억제에 효과가한다 CPP 시퀀스 결합하여 성능을 더욱 향상시킬 수 있습니다 기능.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent </td>
 <td>Company </td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td>Comments (optional)</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>20mer peptide set with 10 amino acid overlap</td>
 <td>NIH AIDS Research and Reference Reagent Program</td>
 <td>4641</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>TUNEL Assay</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11 684 809 910</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chariot Protein Delivery Reagent</td>
 <td>Active Motif</td>
 <td>30100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tecan GENEios fluorimeter</td>
 <td> (Tecan Group, Switzerland)</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>96-well black microtiter plate</td>
 <td>Corning</td>
 <td>3792</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>anti-FLAG M2 Affinity Gel</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>A2220</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Dynabeads Protein G magnetic beads </td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>100.03D</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MagnaSphere Technology Magnetic Separation Stand (two position)</td>
 <td>Promega Corp., Madison, WI</td>
 <td>Z5332</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>C-18 ZipTip </td>
 <td>Millipore</td>
 <td>ZTC18S096</td>
 <td>C18 Resin (0.6 &mu;l or 0.2 &mu;l bed volumes). Oligonucleotides or small (&lt;50 kDa) proteins/ peptides in aqueous solution</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MALDI TOF/TOF</td>
 <td>Bruker Daltonics ultraflex III TOF/TOF</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

peptide-based identification of functional motifs and their binding partners

우리의 경우 HIV-1 Nef의에, 전체 길이 단백질에서 발견 모티브에서 파생 된 특정 짧은 펩티드는 생물학적 기능을 유지뿐만 아니라, 경쟁의 전체 길이 단백질의 기능을 억제 할 수 있습니다뿐만 아니라. 20 네프 스캔 펩티드, 각 이웃의 10 아미노산 겹치는 길이 20 아미노산의 세트는 세포 사멸의 유도에 대한 책임 네프에서 모티브를 식별하는 데 사용되었다. 이러한 세포 사멸 주제를 포함하는 펩티드는 전체 길이 네프 단백질에 비해 수준에서 세포 사멸을 유도. 네프의 분비 수정 지역 (SMR)에서 파생 된 두 번째 펩티드, exosomes에있는 네프의 분비 (exNef)에 관련된 세포 단백질과 상호 작용하는 능력을 유지했다. 이 SMRwt 펩타이드는 네프의 SMR 주제에 구체적으로 바인딩 세포 단백질을 분리하기 위해 공동 immunoprecipitation의 실험에서 &quot;미끼&quot;단백질로 사용되었다. 단백질 형질 항체 억제는 물리적 상호 작용 내기를 중단하는 데 사용되었다싸우는 네프 및 mortalin, 고립 된 SMR-결합 단백질의 하나이며, 효과는 형광 기반의 exNef 분비 분석으로 측정 하였다. SMR 모티브를 결합 세포 단백질에 대한 전체 길이 네프을 outcompete하는 SMRwt 펩타이드의 능력은, 그것 exNef 분비의 첫 억제합니다. 따라서, 전체 길이 단백질에서 발견 모티브에서 파생 된 특정 짧은 펩티드의 고유 한 특성을 활용하여 여기에 설명 된 기술을 채용하여, 하나는 단백질의 기능 모티프의 식별 및 병원성 기능의 펩타이드 기반 억제제의 개발을 가속화 할 수 있습니다.

펩티드를 사용하여 생물학적 기능 모티프를 매핑. 두 개의 영역이 세포 사멸을 유도 네프 단백질에서 발견되었다. 펩타이드 기반의 세포 사멸은 N60 (aa40-60)과 N70 (AA50-70)에서 정점 및 펩타이드 N100 (aa80-100)에서 배경 수준으로 감소, 펩타이드 N50 (aa30-50)과 (그림 2) 처음 관찰되었다. AA50-60을 중심으로 주요 주제 1 (M1) 피크, 전체 길이 네프 단백질의 세포 사멸 수준의&gt; 80 %를 ...

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Peptide-based Identification of Functional Motifs and their Binding Partners | Immunology and Infection | Video

Peptide-based Identification of Functional Motifs and their Binding Partners

exosomes에있는 HIV-1 Nef의의 분비를 기본 메커니즘을 해부하는 방법이 설명되어 있습니다. 네프 단백질 형질 전환에서 파생 된 특정 짧은 펩티드의 구조, 기능 및 네프의 분비 수정 지역의 바인딩 파트너를 결정하는 데 악용되었다. 이러한 절차는 많은 역학적 연구에서 일반적으로 관련이 있습니다.

기능 모티브과 바인딩 파트너 펩타이드 기반의 식별

Specific short  peptides derived from motifs found in full-length proteins, in our case HIV-1  Nef, not only retain their biological function, but can ...

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12.3K 조회수.  Morehouse School of Medicine. exosomes에있는 HIV-1 Nef의의 분비를 기본 메커니즘을 해부하는 방법이 설명되어 있습니다. 네프 단백질 형질 전환에서 파생 된 특정 짧은 펩티드의 구조, 기능 및 네프의 분비 수정 지역의 바인딩 파트너를 결정하는 데 악용되었다. 이러한 절차는 많은 역학적 연구에서 일반적으로 관련이 있습니다.

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Particle Agglutination Method for Poliovirus Identification

In the Global Polio Eradication Initiative, laboratory diagnosis plays a critical role by isolating and identifying PV from the stool samples of acute flaccid paralysis (AFP) cases. In the World Health Organization (WHO) Global Polio Laboratory Network, PV isolation and identification are currently being performed by using cell culture system and real-time RT-PCR, respectively. In the post-eradication era of PV, simple and rapid identification procedures would be helpful for rapid confirmation of polio cases at the national laboratories. In the present study, we will show the procedure of novel PA assay developed for PV identification. This PA assay utilizes interaction of PV receptor (PVR) molecule and virion that is specific and uniform affinity to all the serotypes of PV. The procedure is simple (one step procedure in reaction plates) and rapid (results can be obtained within 2 h of reaction), and the result is visually observed (observation of agglutination of gelatin particles).

A recently developed novel particle agglutination (PA) assay utilizing virus receptor molecule allowed a rapid and easy identification of poliovirus (PV). In this article, we will show the procedure for the PA assay for PV identification.

Poliovirus 식별을위한 입자 응집 방법

In the Global Polio Eradication Initiative, laboratory diagnosis plays a critical role by isolating and identifying PV from the stool samples of acute ...

연구

면역학 및 감염병학

Isolation of Functional Cardiac Immune Cells

Cardiac immune cells are gaining interest for the roles they play in the pathological remodeling in many cardiac diseases.1-5 These immune cells, which include mast cells, T-cells and macrophages; store and release a variety of biologically active mediators including cytokines and proteases such as tryptase.6-8 These mediators have been shown to be key players in extracellular matrix metabolism by activating matrix metalloproteinases or causing collagen accumulation by modulating the cardiac fibroblasts' function.9-11 However, available techniques for isolating cardiac immune cells have been problematic because they use bacterial collagenase to digest the myocardial tissue. This technique causes activation of the immune cells and thus a loss of function. For example, cardiac mast cells become significantly less responsive to compounds that cause degranulation.12 Therefore, we developed a technique that allows for the isolation of functional cardiac immune cells which would lead to a better understanding of the role of these cells in cardiac disease.13, 14
This method requires a familiarity with the anatomical location of the rat's xiphoid process, axilla and falciform ligament, and pericardium of the heart. These landmarks are important to increase success of the procedure and to ensure a higher yield of cardiac immune cells. These isolated cardiac immune cells can then be used for characterization of functionality, phenotype, maturity, and co-culture experiments with other cardiac cells to gain a better understanding of their interactions.

This method for isolating functional immune cells from the heart provides an alternative to the conventional methods of collagenase digestion, which causes unwanted immune cell activation, resulting in a decreased responsiveness of these cells. Our method of isolation yields functional cardiac immune cells by avoiding problems associated with enzymatic digestion.

심장 기능 면역 세포의 분리

Cardiac immune cells are gaining interest for the roles they play in the pathological remodeling in many cardiac diseases.1-5  These immune cells, which ...

Following in Real Time the Impact of Pneumococcal Virulence Factors in an Acute Mouse Pneumonia Model Using Bioluminescent Bacteria

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. Despite advances in knowledge of this illness, the availability of intensive care units (ICU), and the use of potent antimicrobial agents and effective vaccines, the mortality rates remain high1. Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen of community-acquired pneumonia (CAP) and one of the most common causes of bacteremia in humans. This pathogen is equipped with an armamentarium of surface-exposed adhesins and virulence factors contributing to pneumonia and invasive pneumococcal disease (IPD). The assessment of the in vivo role of bacterial fitness or virulence factors is of utmost importance to unravel S. pneumoniae pathogenicity mechanisms. Murine models of pneumonia, bacteremia, and meningitis are being used to determine the impact of pneumococcal factors at different stages of the infection. Here we describe a protocol to monitor in real-time pneumococcal dissemination in mice after intranasal or intraperitoneal infections with bioluminescent bacteria. The results show the multiplication and dissemination of pneumococci in the lower respiratory tract and blood, which can be visualized and evaluated using an imaging system and the accompanying analysis software.

Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen causing severe community-acquired pneumonia and responsible for over 2&#160;million deaths worldwide. The impact of bacterial factors implicated in fitness or virulence can be monitored in real-time in an acute mouse pneumonia or bacteremia model using bioluminescent bacteria.

생물 발광 박테리아를 사용하여 실시간으로 급성 폐렴 마우스 모델에서 폐렴 구균 독성 요인의 영향에 따라

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. ...

Real-time Imaging of Myeloid Cells Dynamics in ApcMin/+ Intestinal Tumors by Spinning Disk Confocal Microscopy

Myeloid cells are the most abundant immune cells within tumors and have been shown to promote tumor progression. Modern intravital imaging techniques enable the observation of live cellular behavior inside the organ but can be challenging in some types of cancer due to organ and tumor accessibility such as intestine. Direct observation of intestinal tumors has not been previously reported. A surgical procedure described here allows direct observation of myeloid cell dynamics within the intestinal tumors in live mice by using transgenic fluorescent reporter mice and injectable tracers or antibodies. For this purpose, a four-color, multi-region, micro-lensed spinning disk confocal microscope that allows long-term continuous imaging with rapid image acquisition has been used. ApcMin/+ mice that develop multiple adenomas in the small intestine are crossed with c-fms-EGFP mice to visualize myeloid cells and with ACTB-ECFP mice to visualize intestinal epithelial cells of the crypts. Procedures for labeling different tumor components, such as blood vessels and neutrophils, and the procedure for positioning the tumor for imaging through the serosal surface are also described. Time-lapse movies compiled from several hours of imaging allow the analysis of myeloid cell behavior in situ in the intestinal microenvironment.

Real-time Imaging of Myeloid Cells Dynamics in ApcMin/+ Intestinal Tumors by Spinning Disk Confocal Microscopy

By using transgenic reporter mice and injectable fluorescent labels, long-term intravital spinning disk confocal microscopy enables direct visualization of myeloid cell behavior into intestinal adenoma in the ApcMin/+ colorectal cancer model.

골수 세포 역학의 실시간 영상<em&gt; APC<sup&gt; 최소 / +</sup</em&gt; 소장 종양 디스크 공 초점 현미경을 회전시켜

Myeloid cells are the most abundant immune cells within tumors and have been shown to promote tumor progression. Modern intravital imaging techniques ...

Detecting Glycogen in Peripheral Blood Mononuclear Cells with Periodic Acid Schiff Staining

Periodic acid Schiff (PAS) staining is an immunohistochemical technique used on muscle biopsies and as a diagnostic tool for blood samples. Polysaccharides such as glycogen, glycoproteins, and glycolipids stain bright magenta making it easy to enumerate positive and negative cells within the tissue. In muscle cells PAS staining is used to determine the glycogen content in different types of muscle cells, while in blood cell samples PAS staining has been explored as a diagnostic tool for a variety of conditions. Blood contains a proportion of white blood cells that belong to the immune system. The notion that cells of the immune system possess glycogen and use it as an energy source has not been widely explored. Here, we describe an adapted version of the PAS staining protocol that can be applied on peripheral blood mononuclear immune cells from human venous blood. Small cells with PAS-positive granules and larger cells with diffuse PAS staining were observed. Treatment of samples with amylase abrogates these patterns confirming the specificity of the stain. An alternate technique based on enzymatic digestion confirmed the presence and amount of glycogen in the samples. This protocol is useful for hematologists or immunologists studying polysaccharide content in blood-derived lymphocytes.

Periodic acid Schiff staining is a technique that visualizes the polysaccharide content of tissues. This article demonstrates periodic acid Schiff staining protocol adapted for use on peripheral blood mononuclear cells purified from human venous blood. Such samples are enriched for lymphocytes and other white blood cells of the immune system.

요오드 산 쉬프 염색 말초 혈액 단핵 세포에서 글리코겐을 감지

Periodic acid Schiff (PAS) staining is an immunohistochemical technique used on muscle biopsies and as a diagnostic tool for blood samples. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an essential step for virus particle formation, since a defect in Gag membrane binding results in severe impairment of viral particle production. To gain mechanistic details of Gag-lipid membrane interactions, in vitro methods based on NMR, protein footprinting, surface plasmon resonance, liposome flotation centrifugation, or fluorescence lipid bead binding have been developed thus far. However, each of these in vitro methods has its limitations. To overcome some of these limitations and provide a complementary approach to the previously established methods, we developed an in vitro assay in which interactions between HIV-1 Gag and lipid membranes take place in a &#34;cell-like&#34; environment. In this assay, Gag binding to lipid membranes is visually analyzed using YFP-tagged Gag synthesized in a wheat germ-based in vitro translation system and GUVs prepared by an electroformation technique. Here we describe the background and the protocols to obtain myristoylated full-length Gag proteins and GUV membranes necessary for the assay and to detect Gag-GUV binding by microscopy.

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

We illustrate here an in vitro membrane binding assay in which interactions between HIV-1 Gag and lipid membranes are visually analyzed using YFP-tagged Gag synthesized in a wheat germ-based in vitro translation system and GUVs prepared by an electroformation technique.

거대한 단일 층 소포 (GUV) 막 바인딩 HIV-1 개그의 시각화

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...

Unravelling the Function of a Bacterial Effector from a Non-cultivable Plant Pathogen Using a Yeast Two-hybrid Screen

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria have evolved different strategies to manipulate their host metabolism for their own benefit. This bacterial manipulation is often coupled with severe symptom development or the death of the affected plants. Determining the specific bacterial molecules responsible for the host manipulation has become an important field in microbiological research. After the identification of these bacterial molecules, called &#34;effectors,&#34; it is important to elucidate their function. A straightforward approach to determine the function of an effector is to identify its proteinaceous binding partner in its natural host via a yeast two-hybrid (Y2H) screen. Normally the host harbors numerous potential binding partners that cannot be predicted sufficiently by any in silico algorithm. It is thus the best choice to perform a screen with the hypothetical effector against a whole library of expressed host proteins. It is especially challenging if the causative agent is uncultivable like phytoplasma. This protocol provides step-by-step instructions for DNA purification from a phytoplasma-infected woody host plant, the amplification of the potential effector, and the subsequent identification of the plant&#39;s molecular interaction partner with a Y2H screen. Even though Y2H screens are commonly used, there is a trend to outsource this technique to biotech companies that offer the Y2H service at a cost. This protocol provides instructions on how to perform a Y2H in any decently equipped molecular biology laboratory using standard lab techniques.

Bacterial effector proteins are important for establishing successful infections. This protocol describes the experimental identification of proteinaceous binding partners of a bacterial effector protein in its natural plant host. Identifying these effector interactions via yeast two-hybrid screens has become an important tool in unravelling molecular pathogenicity strategies.

효모 두 하이브리드 화면을 사용하여 비 경작 식물 병원체로부터 세균 이펙터의 기능을 해결했습니다

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria ...

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. Whereas Pd transport of small molecules, such as ions and water, is presumed to occur passively, cell-to-cell transport of biological macromolecules, such proteins, most likely occurs via an active mechanism that involves specific targeting signals on the transported molecule. The scarcity of identified plasmodesmata (Pd) localization signals (PLSs) has severely restricted the understanding of protein-sorting pathways involved in plant cell-to-cell macromolecular transport and communication. From a wealth of plant endogenous and viral proteins known to traffic through Pd, only three PLSs have been reported to date, all of them from endogenous plant proteins. Thus, it is important to develop a reliable and systematic experimental strategy to identify a functional PLS sequence, that is both necessary and sufficient for Pd targeting, directly in the living plant cells. Here, we describe one such strategy using as a paradigm the cell-to-cell movement protein (MP) of the Tobacco mosaic virus (TMV). These experiments, that identified and characterized the first plant viral PLS, can be adapted for discovery of PLS sequences in most Pd-targeted proteins.

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Plant intercellular connections, the plasmodesmata (Pd), play central roles in plant physiology and plant-virus interactions. Critical to Pd transport are sorting signals that direct proteins to Pd. However, our knowledge about these sequences is still in its infancy. We describe a strategy to identify Pd localization signals in Pd-targeted proteins.

Plasmodesmal 지역화 시퀀스 Planta에 단백질의 식별

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. ...

Isolation of Peritoneum-derived Mast Cells and Their Functional Characterization with Ca2+-imaging and Degranulation Assays

Mast cells (MCs), as a part of the immune system, play a key role in defending the host against several pathogens and in the initiation of the allergic immune response. The activation of MCs via the cross-linking of surface IgE bound to high affinity IgE receptor (Fc&#949;RI), as well as through the stimulation of several other receptors, initiates the rise of the free intracellular Ca2+ level ([Ca2+]i) that promotes the release of inflammatory and allergic mediators. The identification of molecular constituents involved in these signaling pathways is crucial for understanding the regulation of MC function. In this article, we describe a protocol for the isolation of murine connective tissue type MCs by peritoneal lavage and cultivation of peritoneal MCs (PMCs). Cultures of MCs from various knockout mouse models by this methodology represent a useful approach to the identification of proteins involved in MC signaling pathways. In addition, we also describe a protocol for single cell Fura-2 imaging as an important technique for the quantification of Ca2+ signaling in MCs. Fluorescence-based monitoring of [Ca2+]i is a reliable and commonly used approach to study Ca2+ signaling events, including store-operated calcium entry, which is of utmost importance for MC activation. For the analysis of MC degranulation, we describe a &#946;-hexosaminidase release assay. The amount of &#946;-hexosaminidase released into the culture medium is considered as a degranulation marker for all three different secretory subsets described in MCs. &#946;-hexosaminidase can easily be quantified by its reaction with a colorigenic substrate in a microtiter plate colorimetric assay. This highly reproducible technique is cost-effective and requires no specialized equipment. Overall, the provided protocol demonstrates a high yield of MCs expressing typical MC surface markers, displaying typical morphological and phenotypic features of MCs, and demonstrating highly reproducible responses to secretagogues in Ca2+-imaging and degranulation assays.

Isolation of Peritoneum-derived Mast Cells and Their Functional Characterization with Ca2+-imaging and Degranulation Assays

Here, we present a protocol to isolate and cultivate murine peritoneal mast cells. We also describe two protocols for their functional characterization: a fluorescent imaging of intracellular free Ca2+ concentration and a degranulation assay based on colorimetric quantification of the released &#946;-hexosaminidase.

복 막 파생 돛대 세포 및 그들의 기능 특성화 캘리포니아2 +의 격리-이미징 및 Degranulation 분석 실험

Mast cells (MCs), as a part of the immune system, play a key role in defending the host against several pathogens and in the initiation of the allergic ...

Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus

Rotavirus is the main etiological factor for infantile diarrhea. It is a double-stranded (ds) RNA virus and forms a genetically diverse population, known as quasispecies, owing to their high mutation rate. Here, we describe how to measure the specific growth rate and the cell-binding ability of rotavirus as its phenotypes. Rotavirus is treated with trypsin to recognize the cell receptor and then inoculated into MA104 cell culture. The supernatant, including viral progenies, is collected intermittently. The plaque assay is used to confirm the virus titer (plaque-forming unit: pfu) of each collected supernatant. The specific growth rate is estimated by fitting time-course data of pfu/mL to the modified Gompertz model. In the assay of cell-binding, MA104 cells in a 24-well plate are infected with rotavirus and incubated for 90 min at 4 &#176;C for rotavirus adsorption to cell receptors. A low temperature restrains rotavirus from invading the host cell. After washing to remove unbound virions, RNA is extracted from virions attached to cell receptors followed by cDNA synthesis and reverse-transcription quantitative PCR (RT-qPCR). These protocols can be applied for investigating the phenotypic differences among viral strains.

Here we present two protocols, one for measuring the specific growth rate and the other for the cell-binding ability of rotavirus using the plaque assay and RT-qPCR. These protocols are available for confirming the differences in phenotypes between rotavirus strains.

특정 성장 속도로 타 바이러스의 세포 바인딩 기능에 대 한 분석

Rotavirus is the main etiological factor for infantile diarrhea. It is a double-stranded (ds) RNA virus and forms a genetically diverse population, known ...