Name: an experimental and bioinformatics protocol for rna-seq analyses of photoperiodic diapause in the asian tiger mosquito, aedes albopictus
Uploaded: 2014-11-30T15:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 10 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Experimental and Bioinformatics Protocol for RNA-seq Analyses of Photoperiodic Diapause in the Asian Tiger Mosquito, Aedes albopictus at JoVE.com

This work was supported by the National Institutes of Health grant 5R21AI081041-02 and Georgetown University.

두 A. 1. 유생 양육 albopictus 그룹은 성인기 <ol><li> 두 최적의 휴면 식 (16)에 대해 21 ° C에서 프로그램 조명 광주 캐비닛과 약 80 %의 상대 습도를 설정합니다. <ol><li> 16L를위한 프로그램 하나 캐비닛 : 8D 등 : 어두운주기 (비 휴면는 LD의 광주를 유도). 8L의 두 번째 캐비닛을 설정합니다 16D 빛 : 어두운주기 (유도 휴면) 13. </li><li> 모두 캐비닛에 동시에 프로그램 &#39;에 조명&#39;photoperiods 사이의 일주기 시간을 동기화합니다. </li></ol></li><li> 실험을 수행하는 데 필요한 계란의 금액을 계산한다. 케이지 당 300 ~ 500 달걀을 목표로하고 있습니다. 세 적어도 휴면 케이지를 복제하고 세 비 휴면 케이지가 RNA 생성에 필요한 복제합니다. 이 실험 당 1,800-3,000 계란을시켜 대략 합계. <ol><li> 약에 탈 H 2 O의 500 ml에 계란 논문을 잠수하여 해치 계란 </li><li> 추가 &lt;EM&gt; 캘리포니아. 지상 개 음식과 소금물 새우로 구성된 1 ml의 음식 슬러리는 이전에 24 설명했다. 메쉬 컨테이너를 커버하고, 고무 밴드와 장소에 메쉬를 유지합니다. </li><li> 약 24 시간 동안 LD의 광주 캐비닛에 넣습니다. </li></ol></li><li> 전송 부화 유충에 10 × 10 × 2cm 페트리 약 90 ml로 채워진 요리 탈 H 2 O <ol><li> 접시 당 약 30 유충을 유지한다. 예를 들어, 매주 월요일, 수요일, 금요일 (MWF) (24) 요리마다 48 ~ 72 시간을 청소하는 유충을 전송합니다. </li><li> 이전으로 탈 이온수에 지상 개 음식과 소금물 새우의 모든 MWF를 구성 피드 약 1 ml의 음식 슬러리 (24)을 설명했다. </li></ol></li><li> 각 케이지는 생물 복제를 포함하는 각각의 광주 처리를 위해 3-4 성인 케이지를 설정합니다. <ol><li> 9.5 L 버킷의 반대편에서 한 10 별 14cm의 구멍을 잘라, 그리고 15cm 직경이 다른 구멍. 공동메쉬와 첫 VER. 정형 스타킹의 약 다리 길이를 절단하고, 다른 구멍의 주위에 내측 일단 접착제. </li><li> 스타킹 오프 매듭 차단의 발 끝을 잘라 - 케이지의 내부에 대한 액세스가 필요한 경우에만 열립니다. 케이지 덮개를 들어, 만 림을 떠나, 내부를 모두 잘라, 메쉬 (24) 내부 플라스틱을 대체합니다. </li><li> 케이지의 측면에 영구 마커 실험에 관련된 번호, 케이지 시작 날짜 및 기타 정보를 복제, 광주를합니다. </li></ol></li><li> 젖은 종이 필터와 성인 케이지의 하단 라인. 종이 필터 (24)에 산란을 자극 할 수있는, 새장 현지 습도를 증가하지만, 고인 물을 피하기 위해 충분히 탈 H 2 O와 여과지를 적 십니다. 필요한 경우, 건조 매일 다시 젖은 여과지를 확인합니다. </li><li> 적어도 100 명의 여성을 포함, RNA 라이브러리에 대한 충분한 계란을 생산 / 9.5 L의 캘리포니아GE, 케이지 당 500 개 이상의 모기와. </li><li> 더 이상 50 번데기 (25) 당 ML의 H 2 O의 밀도로 깨끗한 H 2 O의 작은 컵에 번데기의 MWF과 장소를 수집 성인 케이지에 번데기 컵을 전송합니다. 각각의 광주 캐비닛에 넣어 케이지 - A. albopictus의 번데기는 15 감광 있습니다. </li><li> 죽은 번데기의 축적 대량 사망을 일으킬 수 있기 때문에, 컵에서 H 2 O는 맑고 깨끗한 있는지 매일 확인하고 죽은 번데기를 제거합니다. 모든 번데기가 등장 O 컵 후 H 2를 제거합니다. </li><li> 등장 성인 설탕을 제공하는 케이지의 상단 메쉬 유기농 건포도를 놓습니다. 건포도를 모니터링하고, 금형 축적을 방지하기 위해 모든 3~5일을 변경합니다. </li></ol> 성인 2. 유지 보수 상대와 계란 생산을 허용하는 <ol><li> (섹션에 ì을 습윤 여과지로 케이지 바닥을 안감으로 높은 습도 (약. 80 %)에서 케이지를 유지하고, 전술 한 바와 같이, 비 곰팡이가 핀 건포도에 대한 액세스를 제공기능 1.5 및 1.9). </li></ol> 3. 혈액 공급 <ol><li> 산란은 거의 100 % 휴면 계란 14 시작하기 전에 여성은 적어도 8 모호 짧은 일에 노출되었는지 확인하기 위해 우화 후 2-6일 사이의 혈액 공급 여성을 준비합니다. </li><li> Hemotek 막 먹이 시스템을 준비합니다. 전원 공급 장치에 공급 장치를 연결합니다. 조정 나사를 사용하여 37 ° C에 각 부의 온도를 조절합니다. 교정시 급지 유닛의 온도를 측정하기 위해 전자 온도계 및 프로브를 사용한다. </li><li> 식사 저수지를 준비합니다. 식사 저수지의 구멍을 통해 콜라겐 공급 막의 광장 스트레칭과 O 링으로 고정합니다. 조심스럽게 주름을 제거하기 위해 모서리를 당겨; 가위로 초과 막 트림. 참고 : 콜라겐 멤브레인은 모든 모기 종에 대해 잘 작동하지 않을 수 있습니다, 그리고 작업하는 경우 최적의 멤브레인을 찾기 위해 여러 종류를 시도 할 필요가있다A. 종 이외 albopictus. 파라 필름은 쿨 렉스 pipiens 잘 작동합니다. <ol><li> 혈액을 사용하기 전에 최소한 1 시간 동안 실온에서 동결, 해동 저장되어있는 경우. </li><li> 멤브레인이 아래를 향하도록 용기를 잡고, 지원되지 않는 및 충전 포트는 최대 직면하고있다. 항응고제로서 시트르산 나트륨을 갖는 닭에서 전혈 약 3 ml로 저장조를 채우기 위해 전송 피펫 또는 주사기를 사용한다. 플라스틱 플러그와 충전 포트를 밀봉합니다. </li></ol></li><li> 공급 장치 하단의 열 전달 접시에 스터드에 나사를 조이기에 의해 공급에 준비 저수지를 연결합니다. 모기는 케이지의 메쉬를 통해 공급할 수 있도록 공급 전환과 케이지의 위, 아래로 막면에 놓습니다. 공급을 최대화하기 위해 약 45 분 동안 케이지의 공급을 유지합니다. </li></ol> 4. 산란을 자극 <ol><li> 4 ~ 5 일 컬러 어두운 각 케이지를 장착, 혈액 식사를 게시 50 ㎖의 C표백 종자 발아 용지 (계란 용지) 또는 질감 비 표백 된 종이 타월로 줄 지어 탈 이온수 9 반쯤 채우까지. 250 개 이상의 모기가 케이지에있는 경우, 두 컵을 사용합니다. 참고 : 작은 케이지 또는 단일 여성 병의 경우, 산란 컨테이너에서 &quot;건초 주입은&quot;인해 미생물 식물 (25)의 냄새에 산란을 증가시킬 수있다. </li></ol> 5. 수집 및 저장 계란 <ol><li> 계란 생산은 일반적으로 다음 주에 걸쳐 진정 후 오일 혈액 공급 후 약 봉우리, 그리고 있기 때문에 혈액 공급 4 ~ 5 일 이내에 달걀 수집을 개시합니다. </li><li> 실험의 필요성에 달걀 수집 주파수를 다양합니다. 일반 목적을 위해, MWF 일정에 계란 서류를 수집합니다. 각 케이지에서 계란 서류를 제거하고 새 용지로 교체합니다. 계란 저장의 혼란 효과를 방지하기 위해 SD의 광주 캐비닛의 배양 접시와 저장소에 최근에 제거 서류를 놓습니다. </li><li> 계란 논문을 다시 허용<html> 계란 건조에 저항 (26)을 증가 장막 표피 형성을 허용하는 후 산란 2 일간 젖은 주. </li><li> 약 48 시간 게시물 수집, 야외에서 건조 계란. 이 논문은 H 2 O에서 어두운 또는 계란의 부화 자극하는 너무 젖은 다리를 저는 터치에 물기가 약간 있지만되도록 용지를 건조. 참고 : 6.5 &quot;× 4&quot;종이 건조하는 데 약 3.5 시간이 걸릴 수 있습니다. 이 계란 건조로 (27)가 발생합니다으로, 끝나지 건조 계란 논문에주의해야합니다. </li><li> LD와 SD 두 photoperiods에서 예약 추가 계란 휴면 발생률을 평가하고 (휴면 측정 제 6 장 참조) photoperiodic 효과를 해석합니다. </li><li> 장기 저장을 위해 21 ° C에서 계란 논문을 유지하고 페트리 접시에 약 80 % 습도. 배아 발달는 21 ° C에서 4~5일 사용되기 때문에 지역의 습도를 유지하기 위해 물을 플라스크와 유리 섬유 복합 재질의 저장 용기에서 배양 접시를 유지합니다. </li></ol>ove_title &quot;&gt; 6. 휴면 부각 측정 <ol><li> 추가 예약 배아 휴면 응답을 정량화하기 7-20일 나이 (산란, 4 장을 자극 참조)를 사용합니다. </li><li> 각 계란 종이에있는 계란의 수를 기록한다. </li><li> 완전히 약 80 ml의 탈 H 2 O와 함께 90 ml의 배양 접시에서 개별 계란 논문을 잠수하여 부화 달걀을 자극 약 0.25 ml의 음식 슬러리를 추가합니다. </li><li> 24 시간 후에 부화 첫번째 령 유충의 수를 집계. 애벌레를 시각화하고 접시의 한면에 광원을 배치하는 검은 색 표면에 페트리 접시를 놓습니다. 유충은 각각의 애벌레의 명확한 집계를 허용, 광원으로부터 멀리 이동합니다. 개별 유충을 열거 방지하기 위해 계산하는 동안 피펫 개별 유충을 제거합니다. </li><li> 새로운 배양 접시 및 재 건조에 넣어 달걀 논문입니다. 다시 해치 계란은 다시 1 ~ 일주일 후 위의 방법을 사용하여 부화 달걀을 집계. </li><li> 나머지 U와 장소 달걀 논문<html> 약 80 ml의 표백 액 28 ml의 90 새로운 배양 접시에 달걀을 N-화. 계란 논문이 완전히 표백 용액에 침수되어 있는지 확인하고 표백제 냄새를 방지하기 위해 흄 후드하에 밤새 둡니다. 주 : 표백 용액을 39 ° C에서 1 주간 ~ 저장 될 수 있지만, 그렇지 않은 신선한 이루어져야한다. </li><li> 융모막을 취소하고 발육, 취소 부화 달걀의 시각화를 허용 할 표백 광학 현미경을 이용하여 계란을 검사합니다. 난자가 발육 경우, 계란 등의 측면에서 서로 반대 두 개의 작은 검은 점으로 나타나는 눈 오프 화이트 색상이있을 것이다. 해칭되지 않은, 유정란 13의 수를 집계. </li><li> 없음 = %의 휴면 다음 식에 휴면 발생률을 결정합니다. 인간 백신 않은 부화 달걀 / (NO. 부화 달걀 + NO. 인간 백신 않은 부화 계란) (100) (13) X. </li></ol> 계란 / pharate 애벌레 7. RNA 추출 &quot;ontent&gt; 참고 : 층류 후드에서 사용 트리 졸. <ol><li> 낙타 털 브러시를 사용하여 유리 분쇄기에 달걀 논문에서 별개의 개발 시점에서 개발 배아 또는 pharate 유충을 포함하는 브러시 모기 계란. 완전히 분쇄 될 때까지 트리 졸에서 계란 (조직의 50 ~ 100 mg의 당 1 ml)에 갈기. 충분한 RNA를 생성하는 라이브러리 당 적어도 400 알을 사용합니다. <ol><li> 또한, 액체 질소에 동결 계란을 스냅 트리 졸 분쇄하기 전에 한 달까지를위한 마이크로 원심 튜브에서 -80 ° C에 저장됩니다. </li></ol></li><li> 트리 졸에 RNA 추출을 수행은 제조업체의 지시에 따라 이소프로판올 침전 하였다. </li><li> RNA 저하를 방지하기 위해 잔류 클레아 제를 제거하는 RNase 오염 제거 용액 또는 다른 에이전트와 벤치를 처리합니다. <ol><li> DNase의와 추출 된 RNA를 취급합니다. 제조업체의 지시에 따라, 37 ° C에서 30 분 동안의 DNase와 RNA 샘플을 배양한다. 1 #을 사용하여181; 50 μL 반응에서 RNA의 최대 10 μg의에 대한 리터의 DNase. 하나의 반응으로 RNA의 10 μg의가있는 경우의 DNase의 양을 늘립니다. </li><li> 5 μL 현탁 DNase의 불활 화 시약을 첨가하여 DNase의 불활. 잠복기 (부드러운 와동) 중 세 번을 혼합, 실온에서 5 분 품어. </li><li> 1.5 분 동안 10,000 XG에 원심 분리기. 후속 단계에 대한 신선한 튜브로 처리 된 RNA 샘플을 포함하는 상층 액을 전송합니다. </li></ol></li><li> 형광 측정에 의해 총 RNA 샘플의 품질을 평가. 이 작업에 대한 적절한 장비와 전문 시설로 샘플을 보낼 수 있습니다. 시설은 칩에 주입 형광 색소로 가시화 샘플 RNA 종의 크기를 결정하기 위해 온 - 칩 전기 영동을 수행한다. 결과는 electropherogram로 반환됩니다. <ol><li> 프리젠 O를 보면 알 수있는 바와 같이, 존재 또는 분해 생성물의 유무에 의해 총 RNA 샘플들의 무결성을 결정결과 electropherogram (그림 1B)의 18S와 5S 리보솜 RNA의 피크 사이의 F 봉우리. </li></ol></li></ol> 8. RNA 시퀀싱 <ol><li> 표준 프로토콜 다음 농축 쌍 엔드 mRNA의 라이브러리와 mRNA의 염기 서열의 건설을위한 상업 시퀀싱 센터에 충분히 높은 품질 (그림 1A)과 양 (라이브러리 당 보통&gt; 3 μg의)와 함께 총 RNA 샘플을 보낼 수 있습니다. </li><li> 둘 이상의 레인 하나를 시퀀싱 실험에 사용되는 경우, 시퀀스 동안 레인 기술 중 변동을 고려하여 시퀀싱 개의 레인으로 개인 라이브러리를 분할. </li></ol> 9. lllumina 읽기 청소 참고 : 그림 2는이 프로토콜의 생물 정보학 부분을 요약 한 것입니다. 이 프로토콜의 생물 정보학 섹션에 사용 된 모든 프로그램과 자료의 전체 목록은 표 1을 참조하십시오.에또한, 보조 파일 (1)는 다음과 같은 생물 정보학 프로토콜의 각 단계의 명령 줄 예제가 들어 있습니다. <ol><li> NCBI UniVec 코어 데이터베이스에 95 % 이상의 신원을 식별하기 위해 일치 ssaha2 29 (표 1)을 사용하여 (표 1), A. albopictus rRNA 유전자 서열 (GenBank 등록 번호의 L22060.1), 시퀀싱 어댑터 (보충 파일 1에서 제공하는 상세한 명령 줄 예제). 제공되는 Perl 스크립트 (보충 파일 2)를 적용하여, 예를 들어 펄을 사용하여 일치 또는 유사한 스크립트 도구와 읽기 쌍을 제거합니다. </li><li> 나머지 청소 SolexaQA 패키지 (30)와 읽기 (표 1, 보충 파일 1) : DynamicTrim.pl의 기본 설정을 사용하여 20 미만의 phred 점수 동등한 영역을 트림. <ol><li> 제거는 앞으로 모두 LengthSort.pl와보다 짧은 25 BP를 읽고 역을 동시에 읽습니다. FastQC (표 1 fastq 세정 파일의 품질을 평가 </st룽&gt;) - 특히, 당 염기 서열의 품질과 당 서열 품질 평가 점수가 20 위에 있는지 확인합니다. </li></ol></li></ol> 10. 디지털 정규화 <ol><li> K-메르 크기 20, 20의 범위 차단하고, X를 사용 (특히 normalize-by-median.py, (보충 파일 1 표 1) 크메르 도구 (31)를 사용하여 읽어 청소에 디지털 정상화 한 라운드를 수행 = 1E10). </li><li> 높은 RAM을 가진 기계를 사용할 수 (GB를 수백) 인 경우 또는, 삼위 일체의 normalize_by_kmer_coverage.pl 스크립트 (표 1)를 사용합니다. </li></ol> 11. 드 노보 사체 조립 <ol><li> 어셈블리의 크기에 따라, RAM의 최대 256 기가 24 CPU가있는 컴퓨터 또는 컴퓨터 클러스터에 대한 액세스 권한을 획득 할 수 있습니다. </li><li> 콘티로 설정 디지털 표준화 된 읽기를 조립; 삼위 일체 (32) (보충 파일 1 표 1)를 사용합니다. 줄이기 위해메모리 사용, --min_kmer_cov 2를 사용합니다. </li></ol> 12. 조립 평가 <ol><li> 삼위 일체 인접 출력에 Assemblathon2 프로젝트 (33)로부터 assemblathon_stats.pl를 실행합니다. (; 기업 파일 1 표 1)이 스크립트는 비계의 개수, N50, 어셈블리 조성물 등과 같은 조립 품질 평가에 관련된 기본적인 계산을 수행한다. </li></ol> 조립 사체 13. 주석 <ol><li> 기준 집합에 대해 단백질의 조립체 BLASTX (표 1)을 수행; 모기, 초파리,과 아노 펠 레스 gambiae, (Culex pipiens), 큘 및 Aedes aegypti 적합한 참조이다. 특히, BLASTX (보충 파일 1) 다음에 폭발에 대한 기준 단백질 FASTA 파일을 포맷합니다. </li></ol> (14)지도 RSEM (34)를 사용하여 총회에 읽습니다 (표 1) <ol><li> &#39;성적 증명서 - 투 - 유전자지도&#39;파일을 생성하는에첫 번째 열은 참조 유전자 ID 및 두 번째 열에 인접 ID를 포함합니다. 스프레드 편집기에서 BLASTX 출력으로부터 제 1 및 제 2 열을 교환하고,이 .txt 파일에 이러한 열 물품. 유닉스 형식으로 결과 .txt 파일에 줄 바꿈을 변환 할 LINEBREAK 프로그램을 사용하십시오. </li><li> RSEM 패키지 (보조 파일 1)에서 제공하는 rsem-준비 참조 스크립트를 사용하여 사체의 FASTA 파일에서 참조 데이터 집합을 만듭니다. </li><li> RSEM 패키지 (보조 파일 1)에 구비 rsem 계산할 표현식 명령을 이용하여 각각의 라이브러리에 대해 개별적 식 값을 계산한다. 읽을 때, 읽기 세척 단계 (단계 9.2)으로 인한 fastq 쌍 파일을 사용합니다. <ol><li> 생체로부터 RNA 복제가 시퀀싱 개의 레인으로 분리 된 경우, 하나의 파일을 생성하는 연산 식 모두 fastq 파일을 포함한다. </li></ol></li><li> 쉽게 다른 페이지에서 처리 행렬에 각 도서관에서 발현 결과를 변환RSEM 패키지 (보조 파일 1)에 설치된 설치 스크립트 rsem - 생성 - 매트릭스 데이터를 사용 rograms. </li></ol> 15. 차등 발현 분석 <ol><li> R 및 에저 (표 1)를 설치합니다. </li><li> 단계 14.3 (보충 파일 1)에서 RSEM 결과를로드 할 수 read.delim를 사용합니다. 필요한 경우, 가장 가까운 정수로 반올림 카운트. 참고 : EDGER 가이드는 중요성을 감지 충분히 높은 발현과 유전자 데이터 집합을 제한하는 것이 좋습니다. </li><li> EDGER에 대한 데이터 서식을 지정하려면로드 된 데이터 파일 (보충 파일 1)에서 DGEList 객체를 생성합니다. 이어서, TMM 정규화 (보조 파일 1)를 사용하여 데이터를 정상화. 데이터 (보충 파일 1)의 공통 및 tagwise 분산을 추정합니다. </li><li> Benjamini - 호흐 베르크로 발현 된 유전자를 확인하고 p- 값 &lt;0.05 (보충 파일 1) 수정. 풍부한 대 로그 배 변화 (보충 파일 1)의 분포를 그린다. </li></ol>

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Am. 96, 512-518 (2003).</li><li>Mori, A., Oda, T., Wada, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Studies on the egg diapause and overwintering of Aedes albopictus in Nagasaki. Trop. Med. 23, 79-90 (1981).</li><li>Pumpuni, C. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Factors influencing photoperiodic control of egg diapause in Aedes albopictus [dissertation]. , (1989).</li><li>Wang, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+on+the+influence+of+photoperiod+on+egg+diapause+in+Aedes+albopictus+Skuse.">Observations on the influence of photoperiod on egg diapause in Aedes albopictus Skuse.</a> Acta Entomol. 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Entomol. 47, 93-122 (2002).</li><li>Rev Entomol, A. n. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> 59, 93-122 (2014).</li><li>Armbruster, P. A., Conn, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Geographic+variation+of+larval+growth+in+North+American+Aedes+albopictus+(Diptera).">Geographic variation of larval growth in North American Aedes albopictus (Diptera).</a> Culicidae). Ann. Entomol. Soc. Am. 99, 1234-1243 (2006).</li><li>Reiter, P., Amador, M. 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R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assemblathon+2:+evaluating+de+novo+methods+of+genome+assembly+in+three+vertebrate+species.">Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species.</a> GigaScience. 2, 10 (2013).</li><li>Li, B., Dewey, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RSEM:+accurate+transcript+quantification+from+RNA-Seq+data+with+or+without+a+reference+genome.">RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome.</a> BMC Bioinformatics. 12, 323 (2011).</li><li>White, B. N., De Lucca, F. L., Turner, R. 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C., Quince, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UCHIME+improves+sensitivity+and+speed+of+chimera+detection.">UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection.</a> Bioinformatics. 27 (16), 2194-2220 (2011).</li><li>Goecks, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Galaxy:+a+comprehensive+approach+for+supporting+accessible,+reproducible,+and+transparent+computational+research+in+the+life+sciences.">Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences.</a> Genome Biol. 11 (8), 86 (2010).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

이 프로토콜은 A의 유도 휴면를 photoperiodically로 인해 발현 된 유전자를 발견하는 방법을 제시한다 albopictus. photoperiodic 휴면 응답에 초점을 사람들을 위해 특히 - 프로토콜은 고유 초보 사용자가 액세스 할 수있는 분자 생리학 프로그램의 모든 실험적인 측면을 만들기 위해 모기 양육과 생물 정보학 기술을 결합한다는 점에서 중요하다. 양육 실수를 파악하는 것이 필요 - - 기존의 방법...

Rapid advances in next-generation sequencing (NGS) technologies are providing exciting opportunities to probe the molecular underpinnings of a wide range of genetically complex ecological adaptations in a broad diversity of non-model organisms1&#8211;3. This approach is extremely powerful because it establishes a basis for population and functional genomics studies of organisms with an especially interesting and/or well-described ecology or evolutionary history, as well as organisms of practical concern, such as agricultural pests and disease vectors. Thus, NGS technologies are leading to rapid advances in the fields of ecology and have the potential to address problems such as understanding the mechanistic bases of biological responses to rapid contemporary climate change4, the spread of invasive species5, and host-pathogen interactions6,7.
The extraordinary potential of NGS technologies for addressing basic and applied questions in ecology and evolutionary biology is in part due to the fact that these approaches can be applied to any organism at a moderate cost that is feasible for most research laboratories. Furthermore, these approaches provide genome-wide information without the requirement of a priori genetic resources such as a microarray chip or complete genome sequence. Nevertheless, to maximize the productivity of NGS experiments requires careful consideration of experimental design including issues such as the developmental timing and tissue-specificity of RNA sampling. Furthermore, the technical skills required to analyze the massive amounts of data produced by these experiments, often up to several hundred million DNA sequence reads, has been a particular challenge and has limited the widespread implementation of NGS approaches.
Recent RNA-Seq studies on the transcriptional bases of diapause in the invasive and medically important mosquito Aedes albopictus provide a useful example of some of the experimental protocols that can be employed to successfully apply NGS technology to studying the molecular basis of a complex ecological adaptation in a non-model organism8&#8211;10. A. albopictus is a highly invasive species that is native to Asia but has recently invaded North America, South America, Europe, and Africa11,12. Like many temperate insects, temperate populations of A. albopictus survive through winter by entering a type of dormancy referred to as photoperiodic diapause. In A. albopictus, exposure of pupal and adult females to short (autumnal) day lengths leads to the production of diapause eggs in which embryological development is completed, but the pharate larva inside the chorion of the egg enters a developmental arrest that renders the egg refractory to hatching stimulus15&#8211;17. Diapause eggs are more desiccation resistant5,18 and contain more total lipids19 than non-diapause eggs. Photoperiodic diapause in A. albopictus is thus a maternally controlled, adaptive phenotypic plasticity that is essential for surviving the harsh conditions of winter in temperate environments. Despite the well-understood ecological significance of photoperiodic diapause in a wide range of insects20,21, the molecular basis of this crucial adaptation is not well characterized in any insect22. In organisms such as A. albopictus that undergo an embryonic diapause at the pharate larval stage, it remains a particularly compelling challenge to understand how the photoperiodic signal received by the mother is passed to the offspring and persists through the course of embryonic development to cause arrest at the pharate larval stage.
This protocol describes mosquito rearing, experimental design and bioinformatics analyses for NGS experiments (transcriptome sequencing) performed to elucidate transcriptional components of photoperiodic diapause in A. albopictus. This protocol can be used for additional studies of diapause in A. albopictus, can be adapted to investigate diapause in other closely related species such as other aedine mosquitoes that undergo egg diapause23, and is also more generally relevant to employing NGS approaches to study the transcriptional bases of any complex adaptation in any insect.

<table><tbody><tr><td>Incubator - Model 818</td><td>Thermo-Scientific</td><td>3751</td><td>120 V</td></tr><tr><td>Controlled environment room</td><td>Thermax Scientific</td><td>N/A</td><td>Walk-in controlled environment room built to custom specifications by Thermax Scientific Products. A larger alternative to an incubator. http://thermmax.com/</td></tr><tr><td>Cool Fluorescent bulb</td><td>Philips</td><td>392183</td><td>4 W</td></tr><tr><td>Petri Dish 100 mm x 20 mm</td><td>Fisher</td><td>08-772-E</td><td></td></tr><tr><td>Filter Paper 20.5 cm</td><td>Fisher</td><td>09-803-6J</td><td></td></tr><tr><td>9.5 L Bucket</td><td>Plastican</td><td>Bway Products</td><td>http://www.bwayproducts.com/sites/portal/plastic-products/plastic-open-head-pails/117</td></tr><tr><td>Utility Fabric-Mosquito Netting White</td><td>Joann</td><td>10173292</td><td>http://www.joann.com/utility-fabric-mosquito-netting-white/10173292.html</td></tr><tr><td>Orthopedic stockings</td><td>Albahealth</td><td>23650-040</td><td>product no. 081420</td></tr><tr><td>Organic Raisins</td><td>Newman&#039;s Own</td><td>UPC: 884284040255</td><td></td></tr><tr><td>Oviposition cups (brown)</td><td>Fisher Scientific</td><td>03-007-52</td><td>The product is actually an amber 125 ml bottle that we saw the top off of.</td></tr><tr><td>Recycled Paper Towels</td><td>Seventh Generation</td><td>30BPT120</td><td></td></tr><tr><td>Modular Mates Square Tupperware Set</td><td>Tupperware</td><td></td><td>http://order.tupperware.com/pls/htprod_www/coe$www.add_items</td></tr><tr><td>Glass Grinder</td><td>Corning Incorporated</td><td>7727-2</td><td>These Tenbroeck tissue grinders break the eggs and release RNA into the TRI Reagent.</td></tr><tr><td>TRI Reagent</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T9424</td><td>Apply 1 ml TRI Reagent per 50-100 mg of tissue. Caution &amp;#8212; this reagent is toxic.</td></tr><tr><td>TURBO DNA-free</td><td>Ambion/Life Technologies</td><td>AM1907</td><td>This kit generates greater yield than traditional DNase treatment followed by phenol/chloroform cleanup, and it is simpler to use.</td></tr><tr><td>RNaseZap</td><td>Ambion/Life Technologies</td><td>AM9782</td><td>Apply liberally on the bench surfaces and any equipment that might be in contact with the RNA samples. The solution is slightly alkaline/corrosive, can cause irritation and is harmful when swallowed.</td></tr><tr><td>2100 Bioanalyzer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939AA</td><td>Place up to 12 RNA samples on one chip.</td></tr><tr><td>Hemotek Membrane Feeder</td><td>Hemotek&amp;nbsp;</td><td>5W1</td><td>This system&amp;nbsp; provides 5 feeding stations that can be used simultaneously. Includes PS5 Power Unit and Power cord; 5 FUI Feeders + Meal Reservoirs and O-rings; Plastic Plugs, Hemotek collagen feeding membrane; Temperature setting tool; and Plug extracting tool. The company&#039;s mailing address is: Hemotek Ltd; Unit 5 Union Court; Alan Ramsbottom Way; Great Harwood; Lancashire, UK; BB6 7FD; tel: +44 1254 889 307.</td></tr><tr><td>Digital Thermometer and Probe</td><td>Hemotek&amp;nbsp;</td><td>MT3KFU</td><td>MicroT3 thermometer and KFU probe. This is used to set the temperature of each FUI feeding unit.</td></tr><tr><td>Chicken Whole Blood, non-sterile with Sodium Citrate</td><td>Pel-Freez Biologicals</td><td>33130-1</td><td>The 500 ml of blood were frozen and stored in 20 ml aliquots at -80 &amp;#176;C for up to 1 year. Thaw blood at room temperature for at least 1 hr before using.</td></tr></tbody></table>

an experimental and bioinformatics protocol for rna-seq analyses of photoperiodic diapause in the asian tiger mosquito, aedes albopictus

Photoperiodic diapause is an important adaptation that allows individuals to escape harsh seasonal environments via a series of physiological changes, most notably developmental arrest and reduced metabolism. Global gene expression profiling via RNA-Seq can provide important insights into the transcriptional mechanisms of photoperiodic diapause. The Asian tiger mosquito, Aedes albopictus, is an outstanding organism for studying the transcriptional bases of diapause due to its ease of rearing, easily induced diapause, and the genomic resources available. This manuscript presents a general experimental workflow for identifying diapause-induced transcriptional differences in A. albopictus. Rearing techniques, conditions necessary to induce diapause and non-diapause development, methods to estimate percent diapause in a population, and RNA extraction and integrity assessment for mosquitoes are documented. A workflow to process RNA-Seq data from Illumina sequencers culminates in a list of differentially expressed genes. The representative results demonstrate that this protocol can be used to effectively identify genes differentially regulated at the transcriptional level in A. albopictus due to photoperiodic differences. With modest adjustments, this workflow can be readily adapted to study the transcriptional bases of diapause or other important life history traits in other mosquitoes.

두 대표 RNA 샘플의 형광 측정 (그림 1A, B) NT 약 2,000 개의 밴드를 보여 주었다. 곤충, 28S 리보솜 RNA 쉽게 간단한 가열 또는 수소 결합을 방해 35 에이전트 파쇄되어 수소 결합에 의해 함께 유지 개의 폴리 뉴클레오티드 사슬로 구성된다. 생성 된 두 성분은 약 18S 리보솜 RNA와 같은 크기이다. 두 번째 RNA 샘플은 저하 높은 수준의 (그림 1B)를 보여 주었다. <p cl...

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An Experimental and Bioinformatics Protocol for RNA-seq Analyses of Photoperiodic Diapause in the Asian Tiger Mosquito, Aedes albopictus

RNA-Seq analyses are becoming increasingly important for identifying the molecular underpinnings of adaptive traits in non-model organisms. Here, a protocol to identify differentially expressed genes between diapause and non-diapause Aedes albopictus mosquitoes is described, from mosquito rearing, to RNA sequencing and bioinformatics analyses of RNA-Seq data.

아시아 타이거 모기에 Photoperiodic 휴면의 RNA-서열 분석을위한 실험 및 생물 정보학 프로토콜,<em&gt; Aedes albopictus</em

Photoperiodic diapause is an important adaptation that allows individuals to escape harsh seasonal environments via a series of physiological changes, ...

an-experimental-bioinformatics-protocol-for-rna-seq-analyses

Research

JoVE Journal

Biology

An Experimental and Bioinformatics Protocol for RNA-seq Analyses of Photoperiodic Diapause in the Asian Tiger Mosquito, Aedes albopictus

13.2K 조회수.  Georgetown University. RNA-Seq analyses are becoming increasingly important for identifying the molecular underpinnings of adaptive traits in non-model organisms. Here, a protocol to identify differentially expressed genes between diapause and non-diapause Aedes albopictus mosquitoes is described, from mosquito rearing, to RNA sequencing and bioinformatics analyses of RNA-Seq data. 

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Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes (A. gambiae)

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining  which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes.  This video protocol illustrates a method used by the Dimopoulos lab to inject dsRNA into Anopheles gambiae mosquitoes, which harbor the malaria parasite.  The technique manipulating the injection setup and injecting dsRNA into the thorax is illustrated.

Protocol for RNAi Assays in Adult Mosquitoes A. gambiae

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes. This video protocol illustrates a method used by the Dimopoulos lab to inject dsRNA into Anopheles gambiae mosquitoes, which harbor the malaria parasite. The technique manipulating the injection setup and injecting dsRNA into the thorax is illustrated.

성인 모기 (A. gambiae)에서 RNAi의 Assays을위한 프로토콜

Reverse genetic approaches have proven extremely useful for determining  which genes underly resistance to vector pathogens in mosquitoes.  This video ...

연구

생물학

Reproducible dsRNA Microinjection and Oviposition Bioassay in Mosquitoes and House Flies

Synthetic dsRNAs, used to induce RNA interference, may have dose dependent phenotypic effects. These effects are difficult to define if the dsRNAs are delivered using a non-quantitative method. Accurate delivery of known quantities of nucleic acids or other chemicals is critical to measure the efficacy of the compound being tested and to allow reliable comparison between compounds.
Here we provide a reproducible, quantitative microinjection protocol that ensures accurate delivery of specific doses of dsRNA, reducing the mortality typically induced by injection injury. These modifications include the addition of Rhodamine B, a graduated injection needle, and an improved recovery method borrowed from Isoe and Collins. This method allows calculation of dose responses and facilitates comparisons between compounds. Versions of this method have been successfully used on three genera of mosquitoes as well as house flies to assess the reduction in fecundity resulting from gene silencing of ribosomal RNA transcripts.
This protocol provides strategies to reduce several challenges of small insect microinjection. Together, mechanical delivery of dsRNAs accompanied by visual verification, identification of effective locations for delivery, and inclusion of a post-injection recovery period ensure accurate dosing and low injury mortality. This protocol also describes an oviposition bioassay for uniform determination of effects on fecundity.

This protocol describes a microinjection methodology that we have standardized and used for several years to deliver specific quantities of nucleic acids directly to the hemolymph of mosquitoes and house flies. This protocol results in minimal injection mortality and allows dose correlated measurements of fecundity.

재현할 수 dsRNA Microinjection 및 산란 검정 집 파리 모기에

Synthetic dsRNAs, used to induce RNA interference, may have dose dependent phenotypic effects. These effects are difficult to define if the dsRNAs are ...

환경과학

Indel Detection following CRISPR/Cas9 Mutagenesis using High-resolution Melt Analysis in the Mosquito Aedes aegypti

Mosquito gene editing has become routine in several laboratories with the establishment of systems such as transcription-activator-like effector nucleases (TALENs), zinc-finger nucleases (ZFNs), and homing endonucleases (HEs). More recently, clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated protein 9 (Cas9) technology has offered an easier and cheaper alternative for precision genome engineering. Following nuclease action, DNA repair pathways will fix the broken DNA ends, often introducing indels. These out-of-frame mutations are then used for understanding gene function in the target organisms. A drawback, however, is that mutant individuals carry no dominant marker, making identification and tracking of mutant alleles challenging, especially at scales needed for many experiments. 
High-resolution melt analysis (HRMA) is a simple method to identify variations in nucleic acid sequences and utilizes PCR melting curves to detect such variations. This post-PCR analysis method uses fluorescent double-stranded DNA-binding dyes with instrumentation that has temperature ramp control data capture capability and is easily scaled to 96-well plate formats. Described here is a simple workflow using HRMA for the rapid detection of CRISPR/Cas9-induced indels and the establishment of mutant lines in the mosquito Ae. aegypti. Critically, all steps can be performed with a small amount of leg tissue and do not require sacrificing the organism, allowing genetic crosses or phenotyping assays to be performed after genotyping.

Indel Detection following CRISPR/Cas9 Mutagenesis using High-resolution Melt Analysis in the Mosquito Aedes aegypti

This article details a protocol for rapid identification of indels induced by CRISPR/Cas9 and selection of mutant lines in the mosquito Aedes aegypti using high-resolution melt analysis.

모기 Aedes aegypti에서 고해상도 용융 분석을 사용하여 CRISPR/ Cas9 돌연변이 발생 에 따른 인델 검출

Mosquito gene editing has become routine in several laboratories with the establishment of systems such as transcription-activator-like effector nucleases ...

유전학

Electroporation-mediated RNA Interference Method in Odonata

Dragonflies and damselflies (order Odonata) represent one of the most ancestral insects with metamorphosis, in which they change their habitat, morphology, and behavior drastically from aquatic larvae to terrestrial/aerial adults without pupal stage. Odonata adults have a well-developed color vision and show a remarkable diversity in body colors and patterns across sexes, stages, and species. While many ecological and behavioral studies on Odonata have been conducted, molecular genetic studies have been scarce mainly due to the difficulty in applying gene functional analysis to Odonata. For instance, RNA interference (RNAi) is less effective in the Odonata, as reported in the Lepidoptera. To overcome this problem, we successfully established an RNAi method combined with in vivo electroporation. Here we provide a detailed protocol including a video of the electroporation-mediated RNAi method as follows: preparation of larvae, species identification, preparation of dsRNA/siRNA solution and injection needles, ice-cold anesthesia of larvae, dsRNA/siRNA injection, in vivo electroporation, and individual rearing until adult emergence. The electroporation-mediated RNAi method is applicable to both damselflies (suborder Zygoptera) and dragonflies (suborder Anisoptera). In this protocol, we present the methods for the blue-tailed damselfly Ischnura senegalensis (Coenagrionidae) as an example of damselfly species and the pied skimmer dragonfly Pseudothemis zonata (Libellulidae) as another example of dragonfly species. As representative examples, we show the results of RNAi targeting the melanin synthesis gene multicopper oxidase 2. This RNAi method will facilitate understanding of various gene functions involved in metamorphosis, morphogenesis, color pattern formation, and other biological features of Odonata. Moreover, this protocol may be generally applicable to non-model organisms in which RNAi is less effective in gene suppression due to the inefficiency and low penetrance.

We provide a detailed protocol for electroporation-mediated RNA interference in insects of the order Odonata (dragonflies and damselflies) using the blue-tailed damselfly (Ischnura senegalensis: Coenagironidae: Zygoptera) and the pied skimmer dragonfly (Pseudothemis zonata: Libellulidae: Anisoptera).

오도나타에서 전기 기화 매개 RNA 간섭 방법

Dragonflies and damselflies (order Odonata) represent one of the most ancestral insects with metamorphosis, in which they change their habitat, ...

발생학

RNAi-mediated Gene Knockdown and In Vivo Diuresis Assay in Adult Female Aedes aegypti Mosquitoes

This video protocol demonstrates an effective technique to knockdown a particular gene in an insect and conduct a novel bioassay to measure excretion rate. This method can be used to obtain a better understanding of the process of diuresis in insects and is especially useful in the study of diuresis in blood-feeding arthropods that are able to take up huge amounts of liquid in a single blood meal. 
This RNAi-mediated gene knockdown combined with an in vivo diuresis assay was developed by the Hansen lab to study the effects of RNAi-mediated knockdown of aquaporin genes on Aedes aegypti mosquito diuresis1. 
The protocol is setup in two parts: the first demonstration illustrates how to construct a simple mosquito injection device and how to prepare and inject dsRNA into the thorax of mosquitoes for RNAi-mediated gene knockdown. The second demonstration illustrates how to determine excretion rates in mosquitoes using an in vivo bioassay.

RNAi-mediated Gene Knockdown and In Vivo Diuresis Assay in Adult Female Aedes aegypti Mosquitoes

In this protocol we combine RNAi-mediated gene silencing with an in vivo diuresis assay to study the effects knockdown of genes of interest has on mosquito fluid excretion.

RNAi - 중재 유전자 최저 및<em&gt; VIVO에서</em성인 여자의&gt; 이뇨 분석<em&gt; Aedes aegypti</em&gt; 모기

This video protocol demonstrates an effective technique to knockdown a particular gene in an insect and conduct a novel bioassay to measure excretion ...

Physiological Recordings and RNA Sequencing of the Gustatory Appendages of the Yellow-fever Mosquito Aedes aegypti

Electrophysiological recording of action potentials from sensory neurons of mosquitoes provides investigators a glimpse into the chemical perception of these disease vectors. We have recently identified a bitter sensing neuron in the labellum of female Aedes aegypti that responds to DEET and other repellents, as well as bitter quinine, through direct electrophysiological investigation. These gustatory receptor neuron responses prompted our sequencing of total mRNA from both male and female labella and tarsi samples to elucidate the putative chemoreception genes expressed in these contact chemoreception tissues. Samples of tarsi were divided into pro-, meso- and metathoracic subtypes for both sexes. We then validated our dataset by conducting qRT-PCR on the same tissue samples and used statistical methods to compare results between the two methods. Studies addressing molecular function may now target specific genes to determine those involved in repellent perception by mosquitoes. These receptor pathways may be used to screen novel repellents towards disruption of host-seeking behavior to curb the spread of harmful viruses.

Physiological Recordings and RNA Sequencing of the Gustatory Appendages of the Yellow-fever Mosquito Aedes aegypti

Using two methods to estimate gene expression in the major gustatory appendages of Aedes aegypti, we have identified the set of genes putatively underlying the neuronal responses to bitter and repulsive compounds, as determined by electrophysiological examination.

생리 녹음 및 황열병 모기의 미각 부속 기관의 RNA 시퀀싱<em&gt; Aedes aegypti</em

Electrophysiological recording of action potentials from sensory neurons of mosquitoes provides investigators a glimpse into the chemical perception of ...

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNA interference (RNAi), a naturally occurring phenomenon in eukaryotic organisms, is an extremely valuable tool that can be utilized in the laboratory for functional genomic studies. The ability to knockdown individual genes selectively via this reverse genetic technique has allowed many researchers to rapidly uncover the biological roles of numerous genes within many organisms, by evaluation of loss-of-function phenotypes. In the major human malaria vector Anopheles gambiae, the predominant method used to reduce the function of targeted genes involves injection of double-stranded (dsRNA) into the hemocoel of the adult mosquito. While this method has been successful, gene knockdown in adults excludes the functional assessment of genes that are expressed and potentially play roles during pre-adult stages, as well as genes that are expressed in limited numbers of cells in adult mosquitoes. We describe a method for the injection of Serine Protease Inhibitor 2 (SRPN2) dsRNA during the early pupal stage and validate SRPN2 protein knockdown by observing decreased target protein levels and the formation of melanotic pseudo-tumors in SRPN2 knockdown adult mosquitoes. This evident phenotype has been described previously for adult stage knockdown of SRPN2 function, and we have recapitulated this adult phenotype by SRPN2 knockdown initiated during pupal development. When used in conjunction with a dye-labeled dsRNA solution, this technique enables easy visualization by simple light microscopy of injection quality and distribution of dsRNA in the hemocoel.

RNAi Trigger Delivery into Anopheles gambiae Pupae

RNA interference (RNAi) is an extremely valuable tool for uncovering gene function. However, the ability to target genes using RNAi during pre-adult stages is limited in the major human malaria vector Anopheles gambiae. We describe an RNAi protocol to reduce gene function via direct injection during pupal development.

에 RNAi의 트리거 배달<em&gt; 아노 펠 레스 gambiae</em&gt; 번데기

RNA interference (RNAi), a naturally occurring phenomenon in eukaryotic organisms, is an extremely valuable tool that can be utilized in the laboratory ...

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts whose expression is associated with insecticide resistance phenotypes in Anopheles gambiae mosquitoes. The application can be used online or downloaded and used locally by anyone. The local application can be modified to add new insecticide resistance datasets generated from multiple -omics platforms. This guide demonstrates how to add new datasets and handle missing data. Furthermore, IR-TEx can be completely and easily recoded to use-omics datasets from any experimental data, making it a valuable resource to many researchers. The protocol illustrates the utility of IR-TEx in identifying new insecticide resistance candidates using the the microsomal glutathione transferase, GSTMS1, as an example. This transcript is upregulated in multiple pyrethroid resistant populations from C&#244;te D&#39;Ivoire and Burkina Faso. The identification of co-correlated transcripts provides further insight into the putative roles of this gene.

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx explores insecticide resistance-related transcriptional profiles in the species Anopheles gambiae. Provided here are full instructions for using the application, modifications for exploring multiple transcriptomic datasets, and using the framework to build an interactive database for collections of transcriptomic data from any organism, generated in any platform.

IR-TEx: 말라리아 벡터 아노펠레스 감비아를 위해 설계된 빅 데이터 전사학을 위한 오픈 소스 데이터 통합 도구

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts ...

A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

Distilling and reporting large datasets, such as whole genome or transcriptome data, is often a daunting task. One way to break down results is to focus on one or more gene families that are significant to the organism and study. In this protocol, we outline bioinformatic steps to generate a phylogeny and to quantify the expression of genes of interest. Phylogenetic trees can give insight into how genes are evolving within and between species as well as reveal orthology. These results can be enhanced using RNA-seq data to compare the expression of these genes in different individuals or tissues. Studies of molecular evolution and expression can reveal modes of evolution and conservation of gene function between species. The characterization of a gene family can serve as a springboard for future studies and can highlight an important gene family in a new genome or transcriptome paper.

The purpose of this protocol is to investigate the evolution and expression of candidate genes using RNA sequencing data.

RNA-seq를 사용하여 분자 진화 및 유전자 발현을 조사하기 위한 생물정보학 파이프라인

Distilling and reporting large datasets, such as whole genome or transcriptome data, is often a daunting task. One way to break down results is to focus ...

A Magnetic-Bead-Based Mosquito DNA Extraction Protocol for Next-Generation Sequencing

A recently published DNA extraction protocol using magnetic beads and an automated DNA extraction instrument suggested that it is possible to extract high quality and quantity DNA from a well-preserved individual mosquito sufficient for downstream whole genome sequencing. However, reliance on an expensive automated DNA extraction instrument can be prohibitive for many laboratories. Here, the study provides a budget-friendly magnetic-bead-based DNA extraction protocol, which is suitable for low to medium throughput. The protocol described here was successfully tested using individual Aedes aegypti mosquito samples. The reduced costs associated with high quality DNA extraction will increase the application of high throughput sequencing to resource limited labs and studies.

Described here is a DNA extraction protocol using magnetic beads to produce high quality DNA extractions from mosquitoes. These extractions are suitable for a downstream next-generation sequencing approach.

차세대 시퀀싱을 위한 자기 비드 기반 모기 DNA 추출 프로토콜

A recently published DNA extraction protocol using magnetic beads and an automated DNA extraction instrument suggested that it is possible to extract high ...

아시아 타이거 모기에 Photoperiodic 휴면의 RNA-서열 분석을위한 실험 및 생물 정보학 프로토콜,

요약

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