이 작품은 유 니스 케네디 슈 라이버 국립 연구소의 아동 건강 및 인간 발달에서 교부 금에 의해 지원 되었다 번호 R01 HD081123-01A1 부여 합니다. Anuj Pareek 덴마크 오르후스 대학 병원 방사선과 부서에서에서 방문 박사 학생입니다. 저자는 새벽 홀리 및 PET/MRI 대사 서비스 센터를 통해 그들의 애완 동물/MRI 검사의 수집에서 가혹한 간디 기술자를 인정합니다. 우리 Daldrup 링크 실험실, 애완 동물/MRI 서비스 센터, 스탠포드, 방사선 과학 연구소, 소아 방사선과 섹션, 스탠포드 암 연구소 및 루 패 커드에서 소아 종양학 팀에서 분자 이미징 프로그램의 회원을 감사 합니다. 이 프로젝트의 지원과 도움이 토론에 대 한 어린이 병원.

여기에 제시 된 모든 방법 스탠포드 대학 기관 검토 위원회에 의해 승인 된 연구에서 설립 되었습니다. Ferumoxytol의 사용 "오프 라벨" 탐정 시작 조사 가능한 새로운 약 신청서 (산업 111,154)에서 수행 되었다.
1. 24 시간 이전에 애완 동물/MRI 검사: 환자 안전 심사
<ol>
	<li>환자는 MRI 안전 질문 지를 사용 하 여 잠재적인 자기장 위험에 대 한 화면. 정 맥 MRI 대비 에이전트의 관리 계획, 금기, 알레르기, 신장 기능, 다른 사람들의 역사 등을 확인 합니다.</li>
	<li>목적, 절차, 위험 및 이점을 스캔 전에 환자를 게 알립니다.</li>
	<li>무게 radiotracer 및 대비 에이전트 복용량의 계산에 대 한 환자.</li>
	<li>스캔 하기 전에 최소 4 시간 빨리 환자를 요구 하십시오.</li>
</ol>
2. 1-2 시간 전에 PET/MRI 검사: 환자 준비
<ol>
	<li>모든 금속 개체를 제거 하 고 가운으로 변경 하는 환자를 부탁 드립니다. 이식된 금속 개체 경우 그들은 MRI 검사에 대 한 안전 있는지 확인 합니다. 금속 탐지기를 사용 하 여 필요에 따라. 환자 안전에 대 한 우려가 있는 경우 PET/MRI를 수행 하지 마십시오.</li>
	<li>주변 표면 정 맥에 정 맥 라인을 배치 하거나 포트-카 테 터를 액세스 합니다.</li>
	<li>Ferumoxytol (5 mg Fe/kg 체중) 1:4 식 염 수, 희석 하 고 FDA 프로토콜10에 따라 적어도 15 분 동안 천천히 달. 참고: Ferumoxytol 사용할 수 있습니다 "오프 라벨" 탐정 시작 산업을 통해 대조 대리인으로 오래 지속 되는 혈관 및 전체 검사 동안 조직 향상을 제공 하기 때문에. 또는 순환 가돌리늄 킬레이트 PET/MRI 스캔의 시작 하기 전에 직접 관리할 수 있습니다. 환자 간 병 변, gadoxetate disodium 선택할 수 있습니다.</li>
	<li>glucometer와 함께 환자의 혈액 포도 당 수준을 확인 하십시오. 환자의 혈액 포도 당 수치가 200 mg/dL 이상 있다면, 다시 PET/MRI 검사를 예약 하는 것이 좋습니다.</li>
	<li>애완 동물/MRI 스캔 전에 45 분 관리 2-의하여-2-(18F) 불 화-D-포도 당 (18F FDG) 정 맥 주사 라인을 통해 염 분의 1 mL에 2 MBq/kg bodyweight의 복용량에.</li>
</ol>
3. 애완 동물/미스터 이미지 수집
참고:이 프로토콜 사용 했습니다 3.0 테슬라 GE 냐 통합된 PET/MRI 시스템 번들 MP24_R03 스캐너 소프트웨어와 함께.
<ol>
	<li>저장 전신 스캔 (표 1) 및 로컬 종양 스캔 (표 2)에 대 한 프로토콜 스캐너에이 시퀀스를 검색 또는 프로토콜을 조정 하는 많은 시간을 잃지 않고 쉽게 검색할 수 있습니다.</li>
	<li>림프 종 환자, 전신 스캔, 머리에서 발 끝까지 연장 또는 중반 허벅지 단계로 머리에서 연장 임상 종양학의 요청에 따라 처방. 다른 모든 환자에 대 한 별도 로컬 종양 스캔 뒤 발가락을 머리에서 전신 스캔을 처방.
	<ol>
		<li>종양은 이미 적절 하 게 중심 중 하나에 경우 전신 PET 석판 처방 및 시간; 전신 스캔 하는 동안 전용된 MRI 시퀀스 실행 예를 들어, 복 부 종양 전체 바디 코일으로 검색할 수 있습니다.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>쉽게 검색 및 방사선에 대 한 PET/MRI 데이터의 검토를 사용 하려면 "진단" 이미지 1 개 가입 번호 저장. 나중 PAC 시스템에 두 번째 가입 번호 아래 원본 이미지 저장 (4.3.5 단계 참조).</li>
	<li>스캔에 걸쳐 같은 지역화를 사용 하 고 환자는 검사 하는 동안 이동 하지 않습니다 있는지 확인 하십시오. 이 인수는 PET와 MRI 데이터 나중의 공동 등록을 수 있습니다.</li>
	<li>각 애완 동물 슬 래 브 내에서 필요한 MRI 시퀀스를 처방. 통합 된 PET/MRI 시스템 다음 애완 동물 데이터와 MRI 데이터의 동시 취득 허용합니다.</li>
	<li>스캐너의 방에 들어가기 전에 직접 void로 환자를 확인 합니다.</li>
	<li>전신 PET/MRI 스캔
	<ol>
		<li>부정사 위치에 애완 동물/MRI 테이블에 환자를 배치 합니다. 환자는 부정사 누워 수 없습니다, 부정사 머리와 경향이 위치에 전신 스캔. 아주 키가 큰 환자에 대 한 두 번째 단계에서 더 낮은 다리를 취득 합니다. 뼈 나 연 조직 육 종 환자, 관절에서 관절 (예, 엉덩이에서 무릎 관절에 전체 퇴) 모든 영향을 받는 뼈를 커버 있는지 확인 합니다.</li>
		<li>환자 주위 호흡 벨트를 닫습니다. 다음 머리 코일, 목, 가슴, 복 부, 골반 및 환자의 사지에 2-3 표면 코일을 배치 합니다.</li>
		<li>3 비행기; 지역화 담당자 전체 바디를 취득 축, 코로나와 화살 (표 1) 일반 지역화 프로토콜을 사용 하 여. 환자 높이 따라 방송국의 수를 선택 합니다. 또는 피트 머리에서 수 스캔 방향 쪽으로 발 머리.</li>
		<li>전체-바디 스캔을 시작 하기 전에 전체 프로토콜을 처방. 이 프로세스를 간소화 하 고 미리 저장 된 프로토콜을 사용 하 여 그렇게 아 이들이 인 내를 잃지 않습니다.</li>
		<li>처방 축 애완 동물 석판 먼저, 최대 축 시야 (FOV, 일반적으로 25 cm) 및 3 분 데이터 수집을 사용 하 여. 환자의 크기에 따라 4-5 석판 중반 허벅지에 머리를 다룰 것입니다 하 고 9-10 석판 몸 전체를 다룰 것입니다.</li>
		<li>스캐너 소프트웨어에서 사용 애완 동물 데이터에 대 한 두 개의 별도 개조: 한 비 감쇠 (NAC) 애완 동물을 수정 및 한 MRI 감쇠 수정 (MAC) 벧 전 192 x 192의 매트릭스 크기를 사용 합니다. 2 반복 28 하위 집합을 사용 합니다. 애완 동물/MRI 소프트웨어 환자, 환자 요람 및 3.7.7 아래에서 설명 하는 시퀀스를 사용 하 여 전용된 MRI 코일 감쇠 보정 회계에 대 한 수 있습니다.</li>
		<li>각 애완 동물 슬 래 브 볼륨 수집 (용암) 순서포틀릿 감쇠 보정 (MRAC)와 저해상도 간 인수 및 고해상도 해 부 공동 등록 18F FDG 애완 동물 데이터의 용암 시퀀스를 입력 합니다. 이미지 확산 중 (뒤) 간주 적절 한 (표 1)로 추가할 수 있습니다.</li>
		<li>작업 메뉴에서 애완 동물 작업, 추가 작업을 클릭, 추가 Postprocessing을 클릭, MRAC Autobind (사용자)를 선택 선택한 다음 추가 메뉴를 키울 것 이다 설치 를 클릭 합니다. 애완 동물 석판에 대 한 모든 연속 물 MRAC를 선택 하 고 적용을 클릭 합니다. 이 소프트웨어를 자동으로 병합 하 여 MRAC를 수 있게 된다.</li>
		<li>뒤를 병합 하기 위해 유사한 단계를 적용 합니다. 이 경우에 첫 번째 애완 동물 슬 래 브를 선택한 뒤 시퀀스를 클릭 합니다. 추가 작업 을 클릭 하 고 3.7.8 처럼 같은 추가 단계를 수행.</li>
		<li>폐 mediastinum (표 1)의 평가 위한 전용된 t 2-시퀀스를 추가 합니다.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>로컬 PET/MRI 검사
	<ol>
		<li>기본 종양 적절 한 코일을 놓습니다. 말단 종양에 대 한 플렉스 코일을 사용할 수 있습니다.</li></ol></li></ol>뼈 종양, 인접 한 관절을 커버 있는지 확인 (예를 들어, 원심 대 퇴 골 metaphysis의 다리에 대 한 원심 대 퇴 뼈와 무릎 관절 포함). 목, 가슴, 복 부 및 골반의 기본 종양, 지방 종양 및 전신 준비에 대 한 코일의 배치 할 수 있습니다 한 번에 (단계 3.7.2 참조). 별도 재료/장비 목록 스캐너에 사용할 수 있는 애완 동물 호환 MRI 코일의 개요를 제공합니다.
	
	

4. 이미지 데이터 처리
주: 병합 된 전신 PET/MRI 검사를 하려면 다음 네 단계로 수행 되어야 합니다: 1) 애완 동물 이미지 데이터를 재구성, 2) 병합 단일 이미지 볼륨을 개별 MRI 데이터 인수, 3) 공동 등록 MRI 데이터, 애완 동물 및 4) 애완 동물 전체-바디 생성 최대 강도 년 투 상 (MIP) 스캐너 소프트웨어는 크게 다음이 단계를 단순화합니다.
<ol>
	<li>개별 MRI 데이터의 병합
	<ol>
		<li>모든 개별 MRI 데이터 세트의 특정 시퀀스, 예를 들면,용암 1 9, 그리고 보도 Autobind 버튼을 선택 합니다. 소프트웨어는 다음 병합 된 MRI 데이터 집합을 생성합니다. 병합 된 MRI 데이터 집합을 저장 합니다. 소프트웨어는 자동으로 데이터 집합의 이름을 하 고 시리즈 목록에 추가 합니다.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>애완 동물 및 MRI 데이터의 공동 등록
	<ol>
		<li>공동 병합된 맥 애완 동물-데이터와 병합 된 용암-데이터 등록, 공동 등록 하 고 ImageQC 버튼을 눌러 필요가 있는 각 데이터 세트를 선택 합니다. 소프트웨어는 6 개의 별도 창에 두 개의 평면에 다음 개별 공동 등록 된 데이터 집합 및 공동 등록 된 데이터 집합을 보여줍니다.</li>
		<li>공동 등록된 스캔 종료 되 고 저장 되 면이 조정할 수 없습니다 때문에 적절 하 게, MRI 데이터 및 창 수준 선택 합니다.</li>
		<li>마찬가지로 공동 등록 된 PET/MRI 데이터 집합 및 창 수준 애완 동물 데이터를 선택 합니다. 그것은 또한 불투명도, 확대/축소 및 저장 하기 전에 공동 등록 된 데이터의 위치를 조정할 수입니다.</li>
		<li>즉, 축 또는 코로나 공동 등록 된 데이터 집합에 대 한 적절 한 슬라이스 방향을 선택 합니다.</li>
		<li>마지막으로, 조정된 공동 등록 된 PET/MRI 데이터 세트 저장:<ol>
			<li>영화/저장 메뉴에서 일괄 처리 를 선택 합니다. 루프 와 가장 두개골 조각에 모든 방법을 스크롤 하 고 시작 설정, 클릭 합니다 다음 가장 꼬리 조각 스크롤을 클릭 합니다 설정 끝.</li>
			<li>설명 필드에 적절 한 파일 이름을 선택 합니다. 모든 연구에 대 한 일관 되 고 쉽게 인식할 수 있는 파일 이름을 사용 하 여 방사선 및 임상 쉽게 특정 데이터 집합 (예를 들면, 애완 동물-용암 전신)를 찾을 수 있도록.</li>
			<li>미리 보기 를 클릭 하 고 스크롤을 머리에서 발 끝까지 최종 결과 퓨전 정확도 및 창 레벨에서 허용을 확인 하는 동안 검색을 하자. 미리 보기를 닫고 PET/MRI 스캔을 렌더링 하려면 확인 을 선택 합니다. 렌더링 프로세스는 이미지 인덱스 트랙 표시줄을 관찰 하 여 다음 수 있습니다.</li>
		</ol>
		</li>
		<li>공동 맥 애완 동물-데이터 및 폐의 평가 대 한 전용된 MRI T2 시퀀스를 등록 하려면 동일한 단계를 따릅니다. 때문에 애완 동물 데이터 FOV는 MRI 나 확장, 시작과 끝의 공동 등록 된 부분만 포함 하도록 검색을 설정 합니다. 참고: 로컬 PET/MRI 같은 단계에 따라 공동 등록 될 수 있습니다.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>애완 동물 전체 바디 성능 측정 개요를 생성
	<ol>
		<li>애완 동물 전신 최대 강도 투 상 (MIP)를 생성 하려면 맥 PET와 MRI 데이터 집합을 선택 하 고 ImageQC 버튼을 누릅니다.</li>
		<li>만, 애완 동물 데이터 창에서 두 번 클릭 합니다 및 보기 형식, 선택 하려면 왼쪽된 상단 모서리에 커서를 가져가 고 VR을 선택 합니다. 이것은 애완 동물 데이터의 3 차원 재구성을 만듭니다. 다시, 렌더링 모드를 선택한 다음 마지막으로 애완 동물 전체 바디 성능 측정 개요를 만들 HD 밉 을 선택 하려면 왼쪽된 위 모서리에 마우스를 감싸 라.</li>
		<li>성능 측정 하기 개요 영화/저장 메뉴에서 배치 선택 하 고 회전을 선택 합니다. 60 이미지의 수를 조정 합니다. 설명 필드에 적절 한 파일 이름을 선택 합니다. 미리 보기 를 클릭 하 고 최종 결과 허용. 미리 보기를 닫고 고 밉 개요를 렌더링 하려면 확인 을 선택 합니다. 렌더링이 완료 되 면 종료 하기 전에 다는 것을 확인 하십시오.</li>
		<li>적절 한 시리즈를 선택 하 여 사진 보관 및 통신 시스템 (PACS) 기관에 진단 이미지 데이터 세트를 보내 고 목적지 메뉴에서 원하는 네트워크를 클릭 하십시오.</li>
		<li>다른 가입 번호 아래 소스 이미지를 저장 하려면 편집 환자 를 클릭 하 고 승인 번호를 변경 합니다. 다음 보내기 절차를 반복 합니다.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
5. 이미지 분석 및 SUV 측정
<ol>
	<li>FDA 승인 의료 이미징 뷰어를 읽고 분석 하는 검사에 공동 등록 된 PET/MRI 데이터를 로드 합니다. 상업적인 애완 동물/MRI 시청자 측정의 최대 표준화 통풍 관 값 (SUV) 3d에서에 대 한 허용. 참고:이 특정 프로토콜을 사용 했습니다 MIM 버전 6.6.</li>
	<li>도구 모음에서 계산 SUV 통계 를 선택 합니다. 공동 등록 된 PET/MRI에 병 적인 18F FDG 통풍 관 전시 조직 주위 (ROI) 관심 영역을 배치 합니다. 투자 수익 직경 들고 오른쪽 마우스 버튼으로 드래그 하 여 확대할 수 있습니다. 소프트웨어는 평균 및 최대 SUV 값을 결정 합니다. 림프 종 환자에 대 한 참조의 표준으로 간 및 mediastinal 혈액 풀을 측정 합니다. SUV 측정의 보고에 대 한 기관 관련 지침을 따릅니다.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Pichler, B. J., Judenhofer, M. S., Wehrl, H. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PET/MRI+hybrid+imaging:+Devices+and+initial+results.">PET/MRI hybrid imaging: Devices and initial results.</a> Eur. Radiol. 18 (6), 1077-1086 (2008).</li><li>Torigian, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PET+/+MR+Imaging+:+Technical+Aspects+and+Potential+Clinical+Applications.">PET / MR Imaging : Technical Aspects and Potential Clinical Applications.</a> Radiology. 267 (1), 26-44 (2013).</li><li>Daldrup-Link, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+PET/MR+Can+Add+Value+For+Children+With+Cancer.">How PET/MR Can Add Value For Children With Cancer.</a> Curr. Radiol. Rep. 5 (3), (2017).</li><li>Muehe, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+Provide+Gadolinium-Free+PET/MR+Cancer+Staging+of+Children+and+Young+Adults+in+Less+than+1+h:+the+Stanford+Approach.">How to Provide Gadolinium-Free PET/MR Cancer Staging of Children and Young Adults in Less than 1 h: the Stanford Approach.</a> Mol Imaging Biol. , (2017).</li><li>Spick, C., Herrmann, K., Czernin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=18F-FDG+PET/CT+and+PET/MRI+perform+equally+well+in+cancer+patients:+Evidence+from+studies+in+more+than+2300+patients.">18F-FDG PET/CT and PET/MRI perform equally well in cancer patients: Evidence from studies in more than 2300 patients.</a> J. Nucl. Med. 57 (310), 1-38 (2016).</li><li>Sher, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+sequential+PET/MRI+in+comparison+with+PET/CT+of+pediatric+lymphoma:+A+prospective+study.">Assessment of sequential PET/MRI in comparison with PET/CT of pediatric lymphoma: A prospective study.</a> Am. J. Roentgenol. 206 (3), 623-631 (2016).</li><li>Jadvar, H., Colletti, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competitive+Advantage+of+PET/MRI.">Competitive Advantage of PET/MRI.</a> Eur. J. Radiol. 83 (1), 84-94 (2014).</li><li>Wan, J. C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+biopsies+come+of+age:+towards+implementation+of+circulating+tumour+DNA.">Liquid biopsies come of age: towards implementation of circulating tumour DNA.</a> Nat. Rev. Cancer. 17 (4), 223-238 (2017).</li><li>Grant, A. M., Deller, T. W., Khalighi, M. M., Maramraju, S. H., Delso, G., Levin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NEMA+NU+2-2012+performance+studies+for+the+SiPM-based+ToF-PET+component+of+the+GE+SIGNA+PET/MR+system.">NEMA NU 2-2012 performance studies for the SiPM-based ToF-PET component of the GE SIGNA PET/MR system.</a> Med. Phys. 43 (5), 2334-2343 (2016).</li><li>. FDA Drug Safety Communication: FDA strengthens warnings and changes prescribing instructions to decrease the risk of serious allergic reactions with anemia drug Feraheme (ferumoxytol) Available from: <a target="_blank" href="https://www.fda.gov/Drugs/DrugSafety/ucm440138.htm">https://www.fda.gov/Drugs/DrugSafety/ucm440138.htm</a> (2015)</li><li>Mattsson, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation+Dose+to+Patients+from+Radiopharmaceuticals:+a+Compendium+of+Current+Information+Related+to+Frequently+Used+Substances.">Radiation Dose to Patients from Radiopharmaceuticals: a Compendium of Current Information Related to Frequently Used Substances.</a> Ann. ICRP. 44 (2 Suppl), 7-321 (2015).</li></ol>

저자는 공개 없다.

우리는 소아 암 환자의 PET/MRI 연구 단계별 프로토콜을 나타났습니다. 프로토콜의 가장 중요 한 부분 계획 및 애완 동물-석판 및 올바른 매개 변수와 함께 MRI 시퀀스 처방 시간 효율적 이며 전체 바디를 시작 하기 전에 연속 순서에 따라 검색. 전신의 연속 수집 수 있습니다. 효율적인 검색은 특히 소아 설정에서 중요 한 인 내와 하나 unsedated 환자 쉽게 잃을 수 있는 이동 하?...

양전자 방출 단층 촬영 (PET)를 통합/자기 공명 영상 (MRI) 수 암 스테이징 및 치료 모니터링 높은 감도, 높은 연 조직 콘트라스트와 대사 정보를 추가 했습니다1,2, 3 , 4. 성인 환자에서 PET/MRI 수행 동등 하 게 잘 설립된 암5,,67의 준비에 대 한 PET/CT로. 미래, 액체 생 검에서 암 개발 (예를 들어, transcriptomes 및 순환 DNA를 통해)의 이전 발견을 초래할 가능성이 되며 현재8 본문에 작은 종양을 찾을 수 있습니다 보다 더 중요 한 영상 검사를 필요로 . 이 몸 전체를 평가 하 고 고전적인 MRI 뇌, 목, 복 부/골반, 혼자 그리고 musculoskeletal 시스템 평가 해 부 지역에서 암 탐지에 우수한 위치에 애완 동물/MRI를 넣어 수도 있습니다.
소아 환자에 대 한 PET/MRI PET/CT에 몇몇 이점이 있다: 첫째, 애완 동물/MRI 최대 74% 환자의 현저 하 게 감소 된 방사선 노출 제공4. 이 애완 동물 데이터의 해 부 공동 등록에 대 한 CT 기술 대신 이온화 방사선 없는 MRI를 사용 하 여 얻을 수 있습니다. 또한, 현대 애완 동물 검출기 시스템9 및 MRI 검사 중 더 이상 애완 동물 데이터 수집의 감도 증가 현재 PET/CT 프로토콜4에 비해 30 ~ 50% 관리 radiotracer 복용량의 상당한 감소를 수 있습니다. 둘째, 기본 종양 및 전신 스캔을 준비 하는 결합의 가능성 시간을 절약 하 고 뼈와 연 조직 sarcomas 환자 등 일부 환자에 대 한 중복 sedations를 방지. 그러나, 스캔 준비 "1 개의 정지" 이며만 임상적으로 가능한 모든 PET/MRI 데이터 (로컬 종양 및 전신)는 효율적인 방식으로 취득 될 수 있다 하는 경우 결과 이미지 데이터의 풍부한 방사선을 쉽게 소화 되기 쉬운 형태로 제공 되는 경우. 여기에 제시 된 프로토콜 암, 소아 인구의 특정 요구에 특별 한 주의 함께 어린이의 임상 준비에 사용할 수 있는 PET/MRI 데이터의 수집에 대 한 단계별 지침을 제공 합니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="835">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">Integrated PET/MRI scanner</td>
			<td style="width:189px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td style="width:199px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">SIgna PET/MR</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>3.0 T integrated PET/MRI scanner</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">Software</td>
			<td style="width:189px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">MP24_R03</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>PET/MRI scanner software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">MIM software version 6.6.13</td>
			<td style="width:189px;">MIM Software Inc.</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>PET/MRI analysis software</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">Contrast Agents</td>
			<td style="width:189px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">Ferumoxytol</td>
			<td style="width:189px;">AMAG Pharmaceuticals</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>Iron Oxide nanoparticles</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">18F-FDG</td>
			<td style="width:189px;">-</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td>2-Deoxy-2-(18F)fluoro-D-glucose</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:304px;">MRI coils available on the scanner</td>
			<td style="width:189px;"></td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nova 32 Channel Head coil</td>
			<td style="width:189px;">Nova&#160;</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Neocoil 1H 16 channel GEM Flex Large Array</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M7000SK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Neocoil 1H 16 channel &#160;GEM Flex Medium Array</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M7000SL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Neocoil 1H 16 channel GEM Flex Small Array</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M7000SM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Everest Central Molecular Imaging Array (CMA)</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M8000RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Everest Head Neck Unit</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M8000CB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Everest Lower and Upper Anterior Array</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M8000CC &#38; M8000CA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Invivo 1H 8 channel High Res Brain Array</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M8000RA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">3.0T HD Breast Array Coil</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">M7000GG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">3.0T Split-Top Head TR Single Ch Coil</td>
			<td style="width:189px;">GE</td>
			<td style="width:143px;">G6000BH</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

whole-body pet/mri of pediatric patients: the details that matter

통합 된 PET/MRI 이미징 기술을 임상 종양 평가 및 치료 모두 높은 부드러운 조직 대비 모니터링 및 대사 정보 추가 대 한 진단 이미지를 사용 하는 하이브리드입니다. 통합 된 PET/MRI 임상 설정에 도움이 될에 게 표시는 하 고 많은 유망한 미래 응용 프로그램 있다. 여기에 제시 된 프로토콜 전신 2의 수집에 대 한 단계별 지침을 제공 합니다-의하여-2-(18F) 불 화-D-포도 당 (18F FDG) PET/MRI 데이터 암 가진 아이 들에서. 또한 기본 종양의 평가 대 한 로컬 종양 스캔 스캔 전신 준비를 결합 하는 방법에 대 한 지침을 제공 합니다. 이 프로토콜의 초점 임상 응용 프로그램에 대 한 두 유비 쿼터 스 요구는 포괄적이 고 시간 효율, 될 것입니다. 이 프로토콜 또는 나이가 6 년 이상의 어린이 호흡 홀드 지침을 준수 하 원래 개발 되었다 하지만 전신 마 취하에 환자에도 적용 될 수 있습니다. 마찬가지로,이 프로토콜은 전신 스캔 및 로컬 종양 평가 대 한 MRI 펄스 시퀀스의 선택 측면에서 제도적 환경에 맞게 수정할 수 있습니다.

우리는 통합 된 전체-몸 (머리부터 발 끝까지) 데이터 집합의 설명 MRI, 애완 동물 및 융합된 애완 동물/미스터 이미지, 각각, 각각, 상태와 10 년 오래 된 소년의 게시물 12 늑 골, 폐와 제시의 미 분화 육의 절제와 심장 전이 (그림 1)입니다. 여기에 표시 된 데이터 집합은 40 분 이내 인수 되었다. 이 시험 동안 환자의 효과적인 복용량 3.3 mSv11했다.</p...

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Whole-body PET/MRI of Pediatric Patients: The Details That Matter

이 문서에서는 전체-바디 2의 수집에 대 한 포괄적인 단계별로-의하여-2-(18F) 불 화-D-포도 당 (18F FDG) PET/MRI 소아 환자의 암 준비에 대 한 검사. 프로토콜 또는 나이가 6 년 이상의 어린이 호흡 홀드 지침을 준수 하 개발 되었다 하지만 전신 마 취 환자도 사용할 수 있습니다.

전신 PET/MRI 소아 환자의: 중요 세부 사항

Integrated PET/MRI is a hybrid imaging technique enabling clinicians to acquire diagnostic images for tumor assessment and treatment monitoring with both ...

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Research

JoVE Journal

Cancer Research

14.3K 조회수.  Stanford University. 이 문서에서는 전체-바디 2의 수집에 대 한 포괄적인 단계별로-의하여-2-(18F) 불 화-D-포도 당 (18F FDG) PET/MRI 소아 환자의 암 준비에 대 한 검사. 프로토콜 또는 나이가 6 년 이상의 어린이 호흡 홀드 지침을 준수 하 개발 되었다 하지만 전신 마 취 환자도 사용할 수 있습니다.

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Synthesis and Characterization of an Aspirin-fumarate Prodrug that Inhibits NF&#954;B Activity and Breast Cancer Stem Cells

Inflammation is a cancer hallmark that underlies cancer incidence and promotion, and eventually progression to metastasis. Therefore, adding an anti-inflammatory drug to standard cancer regiments may improve patient outcome. One such drug, aspirin (acetylsalicylic acid, ASA), has been explored for cancer chemoprevention and anti-tumor activity. Besides inhibiting the cyclooxygenase 2-prostaglandin axis, ASA&#39;s anti-cancer activities have also been attributed to nuclear factor &#312;B (NF&#312;B) inhibition. Because prolonged ASA use may cause gastrointestinal toxicity, a prodrug strategy has been implemented successfully. In this prodrug design the carboxylic acid of ASA is masked and additional pharmacophores are incorporated.
This protocol describes how we synthesized an aspirin-fumarate prodrug, GTCpFE, and characterized its inhibition of the NF&#312;B pathway in breast cancer cells and attenuation of the cancer stem-like properties, an important NF&#312;B-dependent phenotype. GTCpFE effectively inhibits the NF&#312;B pathway in breast cancer cell lines whereas ASA lacks any inhibitory activity, indicating that adding fumarate to ASA structure significantly contributes to its activity. In addition, GTCpFE shows significant anti-cancer stem cell activity by blocking mammosphere formation and attenuating the cancer stem cell associated CD44+CD24- immunophenotype. These results establish a viable strategy to develop improved anti-inflammatory drugs for chemoprevention and cancer therapy.

This procedure will demonstrate how we synthesized and characterized the anti-NF&#954;B and anti-cancer stem cell activity of an aspirin-fumarate prodrug.

NFκB 활동과 유방암 줄기 세포를 금지합니다 합성 및 아스피린 - 푸마 레이트의 전구 약물의 특성

Inflammation is a cancer hallmark that underlies cancer incidence and promotion, and eventually progression to metastasis. Therefore, adding an ...

연구

암 연구학

Transplantation of Zebrafish Pediatric Brain Tumors into Immune-competent Hosts for Long-term Study of Tumor Cell Behavior and Drug Response

Tumor cell transplantation is an important technique to define the mechanisms controlling cancer cell growth, migration, and host response, as well as to assess potential patient response to therapy. Current methods largely depend on using syngeneic or immune-compromised animals to avoid rejection of the tumor graft. Such methods require the use of specific genetic strains that often prevent the analysis of immune-tumor cell interactions and/or are limited to specific genetic backgrounds. An alternative method in zebrafish takes advantage of an incompletely developed immune system in the embryonic brain before 3 days, where tumor cells are transplanted for use in short-term assays (i.e., 3 to 10 days). However, these methods cause host lethality, which prevents the long-term study of tumor cell behavior and drug response. This protocol describes a simple and efficient method for the long-term orthotopic transplantation of zebrafish brain tumor tissue into the fourth ventricle of a 2-day-old immune-competent zebrafish. This method allows: 1) long-term study of tumor cell behaviors, such as invasion and dissemination; 2) durable tumor response to drugs; and 3) re-transplantation of tumors for the study of tumor evolution and/or the impact of different host genetic backgrounds. In summary, this technique allows cancer researchers to assess engraftment, invasion, and growth at distant sites, as well as to perform chemical screens and cell competition assays over many months. This protocol can be extended to studies of other tumor types and can be used to elucidate mechanisms of chemoresistance and metastasis.

The transplantation of cancer cells is an important tool for the identification of cancer mechanisms and therapeutic responses. Current techniques depend on immune-incompetent animals. Here, we describe a method to transplant zebrafish tumor cells into immune-competent embryos for the long-term analysis of tumor cell behavior and in vivo drug responses.

종양 세포의 행동과 약물 반응에 대한 장기 연구를 위해 면역 능력이있는 숙주 내로 Zebrafish Pediatric Brain 종양을 이식

Tumor cell transplantation is an important technique to define the mechanisms controlling cancer cell growth, migration, and host response, as well as to ...

Flow Cytometry-based Drug Screening System for the Identification of Small Molecules That Promote Cellular Differentiation of Glioblastoma Stem Cells

Glioblastoma (GBM) is the most common and most lethal primary brain tumor in adults, causing roughly 14,000 deaths each year in the U.S. alone. Median survival following diagnosis is less than 15 months with maximal surgical resection, radiation, and temozolomide chemotherapy. The challenges inherent in developing more effective GBM treatments have become increasingly clear, and include its unyielding invasiveness, its resistance to standard treatments, its genetic complexity and molecular adaptability, and subpopulations of GBM cells with phenotypic similarities to normal stem cells, herein referred to as glioblastoma stem cells (GSCs). Because GSCs are required for tumor growth and progression, differentiation-based therapy represents a viable treatment modality for these incurable neoplasms. 
The following protocol describes a collection of procedures to establish a high throughput screening platform aimed at the identification of small molecules that promote GSC astroglial differentiation. At the core of the system is a glial fibrillary acidic protein (GFAP) differentiation reporter-construct. The protocol contains the following general procedures: (1) establishing GSC differentiation reporter lines; (2) testing/validating the relevance of the reporter to GSC self-renewal/clonogenic capacity; and (3) high-capacity flow-cytometry based drug screening. 
The screening platform provides a straightforward and inexpensive approach to identify small molecules that promote GSCs differentiation. Furthermore, utilization of libraries of FDA-approved drugs holds the potential for the identification of agents that can be repurposed more rapidly. Also, therapies that promote cancer stem cell differentiation are expected to work synergistically with current "standard of care" therapies that have been shown to target and eliminate primarily more differentiated cancer cells.

An efficient screening protocol is presented for the identification of small molecules that promote astroglial differentiation in glioblastoma stem cells (GSCs). The assay is based on a stem cell differentiation reporter whereby the expression of the enhanced GFP (eGFP) is driven by the human GFAP promoter.

교류 Cytometry 기반 약물 세포종 줄기 세포의 세포 분화를 촉진 하는 작은 분자의 식별에 대 한 시스템 검사

Glioblastoma (GBM) is the most common and most lethal primary brain tumor in adults, causing roughly 14,000 deaths each year in the U.S. alone. Median ...

Practical Considerations in Studying Metastatic Lung Colonization in Osteosarcoma Using the Pulmonary Metastasis Assay

The pulmonary metastasis assay (PuMA) is an ex vivo lung explant and closed cell culture system that permits researchers to study the biology of lung colonization in osteosarcoma (OS) by fluorescence microscopy. This article provides a detailed description of the protocol, and discusses examples of obtaining image data on metastatic growth using widefield or confocal fluorescence microscopy platforms. The flexibility of the PuMA model permits researchers to study not only the growth of OS cells in the lung microenvironment, but also to assess the effects of anti-metastatic therapeutics over time. Confocal microscopy allows for unprecedented, high-resolution imaging of OS cell interactions with the lung parenchyma. Moreover, when the PuMA model is combined with fluorescent dyes or fluorescent protein genetic reporters, researchers can study the lung microenvironment, cellular and subcellular structures, gene function, and promoter activity in metastatic OS cells. The PuMA model provides a new tool for osteosarcoma researchers to discover new metastasis biology and assess the activity of novel anti-metastatic, targeted therapies.

The goal of this article is to provide a detailed description of the protocol for the pulmonary metastasis assay (PuMA). This model permits researchers to study metastatic osteosarcoma (OS) cell growth in lung tissue using a widefield fluorescence or confocal laser-scanning microscope.

폐 전이 분석 결과 사용 하 여 다리에 전이성 폐 식민지 공부에서 실용적인 고려 사항

The pulmonary metastasis assay (PuMA) is an ex vivo lung explant and closed cell culture system that permits researchers to study the biology of lung ...

Genome-wide RNAi Screening to Identify Host Factors That Modulate Oncolytic Virus Therapy

High-throughput genome-wide RNAi (RNA interference) screening technology has been widely used for discovering host factors that impact&#160;virus replication. Here we present the application of this technology to uncovering host targets that specifically modulate the replication of Maraba virus, an oncolytic rhabdovirus, and vaccinia virus with the goal of enhancing therapy. While the protocol has been tested for use with oncolytic Maraba virus and oncolytic vaccinia virus, this approach is applicable to other oncolytic viruses and can also be utilized for identifying host targets that modulate virus replication in mammalian cells in general. This protocol describes the development and validation of an assay for high-throughput RNAi screening in mammalian cells, the key considerations and preparation steps important for conducting a primary high-throughput RNAi screen, and a step-by-step guide for conducting a primary high-throughput RNAi screen; in addition, it broadly outlines the methods for conducting secondary screen validation and tertiary validation studies. The benefit of high-throughput RNAi screening is that it allows one to catalogue, in an extensive and unbiased fashion, host factors that modulate any aspect of virus replication for which one can develop an in vitro assay such as infectivity, burst size, and cytotoxicity. It has the power to uncover biotherapeutic targets unforeseen based on current knowledge.

Here we describe a protocol for employing high-throughput RNAi screening to uncover host targets that can be manipulated to enhance oncolytic virus therapy, specifically rhabodvirus and vaccinia virus therapy, but it can be readily adapted to other oncolytic virus platforms or for discovering host genes that modulate virus replication generally.

RNAi 게놈 넓은 검사 Oncolytic 바이러스 치료 변조 호스트 요소를 식별 하

High-throughput genome-wide RNAi (RNA interference) screening technology has been widely used for discovering host factors that impact&#160;virus ...

Detection of a Circulating MicroRNA Custom Panel in Patients with Metastatic Colorectal Cancer

There is increasing interest in liquid biopsy for cancer diagnosis, prognosis and therapeutic monitoring, creating the need for reliable and useful biomarkers for clinical practice. Here, we present a protocol to extract, reverse transcribe and evaluate the expression levels of circulating miRNAs from plasma samples of patients with colorectal cancer (CRC). microRNAs (miRNAs) are a class of non-coding RNAs of 18-25 nucleotides in length that regulate the expression of target genes at the translational level and play an important role, including that of pro- and anti-angiogenic function, in the physiopathology of various organs. miRNAs are stable in biological fluids such as serum and plasma, which renders them ideal circulating biomarkers for cancer diagnosis, prognosis and treatment decision-making and monitoring. Circulating miRNA extraction was performed using a rapid and effective method that involves both organic and column-based methodologies. For miRNA retrotranscription, we used a multi-step procedure that considers polyadenylation at 3&#39; and the ligation of an adapter at 5&#39; of the mature miRNAs, followed by random miRNA pre-amplification. We selected a 24-miRNA custom panel to be tested by quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) and spotted the miRNA probes on array custom plates. We performed qRT-PCR plate runs on a real-time PCR System. Housekeeping miRNAs for normalization were selected using GeNorm software (v. 3.2). Data were analyzed using Expression suite software (v 1.1) and statistical analyses were performed. The method proved to be reliable and technically robust and could be useful to evaluate biomarker levels in liquid samples such as plasma and/or serum.

We present a protocol to evaluate the expression levels of circulating microRNA (miRNAs) in plasma samples from cancer patients. In particular, we used a commercially available kit for circulating miRNA extraction and reverse transcription. Finally, we analyzed a panel of 24 selected miRNAs using real-time pre-spotted probe custom plates.

전이성 대 장 암 환자에서 순환 예측에 관한 사용자 정의 패널의 검출

There is increasing interest in liquid biopsy for cancer diagnosis, prognosis and therapeutic monitoring, creating the need for reliable and useful ...

Longitudinal Intravital Imaging of Brain Tumor Cell Behavior in Response to an Invasive Surgical Biopsy

Biopsies are standard of care for cancer treatment and are clinically beneficial as they allow solid tumor diagnosis, prognosis, and personalized treatment determination. However, perturbation of the tumor architecture by biopsy and other invasive procedures has been associated with undesired effects on tumor progression, which need to be studied in depth to further improve the clinical benefit of these procedures. Conventional static approaches, which only provide a snapshot of the tumor, are limited in their ability to reveal the impact of biopsy on tumor cell behavior such as migration, a process closely related to tumor malignancy. In particular, tumor cell migration is the key in highly aggressive brain tumors, where local tumor dissemination makes total tumor resection virtually impossible. The development of multiphoton imaging and chronic imaging windows allows scientists to study this dynamic process in living animals over time. Here, we describe a method for the high-resolution longitudinal imaging of brain tumor cells before and after a biopsy in the same living animal. This approach makes it possible to study the impact of this procedure on tumor cell behavior (migration, invasion, and proliferation). Furthermore, we discuss the advantages and limitations of this technique, as well as the ability of this methodology to study changes in the cancer cell behavior for other surgical interventions, including tumor resection or the implantation of chemotherapy wafers.

Here we describe a method for high-resolution time-lapse multiphoton imaging of brain tumor cells before and after invasive surgical intervention (e.g., biopsy) within the same living animal. This method allows studying the impact of these invasive surgical procedures on tumor cells&#39; migratory, invasive, and proliferative behavior at a single cell level.

침략적인 외과 생검에 응하여 뇌종양 세포 행동의 경도 내 활력 화상 진찰

Biopsies are standard of care for cancer treatment and are clinically beneficial as they allow solid tumor diagnosis, prognosis, and personalized ...

Transradial Access Chemoembolization for Hepatocellular Carcinoma Patients

Transarterial chemoembolization (TACE) is the most common modality for treatment of hepatocellular carcinoma (HCC) at the intermediate stage. TACE is typically performed via transfemoral access (TFA). However, transradial access (TRA) is preferred in coronary artery interventions due to decreased complications and mortality. Whether the advantages of TRA can be applied to TACE required investigation.
Patients receiving TRA TACE at a single center were retrospectively enrolled for study. Procedural details, technical success, radial artery occlusion (RAO) rate, and access site-related bleeding complications were evaluated. From October 2017 to October 2018, 112 patients underwent 160 TRA TACE procedures. The overall technical success rate was 95.0% (152/160). The rate of crossover from TRA to TFA was 1.9%. No access site-related bleeding complications were found in any cases. Asymptomatic RA occlusion occurred in three patients (2.7%). Compared with TFA, TRA can increase safety and patient satisfaction while decreasing access site-related bleeding complications. Moreover, TRA interventions can benefit patients with advanced age, obesity, or a high risk of bleeding complications.

Transarterial chemoembolization (TACE) is the standard therapy for patients in the intermediate stage of hepatocellular carcinoma and is typically performed through femoral artery access. Compared with transfemoral access, transradial access (TRA) can decrease the rate of bleeding complications and improve patient tolerance. A method is presented here to perform transarterial chemoembolization via radial artery access.

간세포 암종 환자를 위한 경질 접근 화학색전성

Transarterial chemoembolization (TACE) is the most common modality for treatment of hepatocellular carcinoma (HCC) at the intermediate stage. TACE is ...

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Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients

Identifying mutations in tumors of cancer patients is a very important step in disease management. These mutations serve as biomarkers for tumor diagnosis as well as for the treatment selection and its response in cancer patients. The current gold standard method for detecting tumor mutations involves a genetic test of tumor DNA by means of tumor biopsies. However, this invasive method is difficult to be performed repeatedly as a follow-up test of the tumor mutational repertoire. Liquid biopsy is a new and emerging technique for detecting tumor mutations as an easy-to-use and non-invasive biopsy approach.
Cancer cells multiply rapidly. In parallel, numerous cancer cells undergo apoptosis. Debris from these cells are released into a patient&#8217;s circulatory system, together with finely fragmented DNA pieces, called cell-free DNA (cfDNA) fragments, which carry tumor DNA mutations. Therefore, for identifying cfDNA based biomarkers using liquid biopsy technique, blood samples are collected from the cancer patients, followed by the separation of plasma and buffy coat. Next, plasma is processed for the isolation of cfDNA, and the respective buffy coat is processed for the isolation of a patient&#39;s genomic DNA. Both nucleic acid samples are then checked for their quantity and quality; and analyzed for mutations using next-generation sequencing (NGS) techniques.
In this manuscript, we present a detailed protocol for liquid biopsy, including blood collection, plasma, and buffy coat separation, cfDNA and germline DNA extraction, quantification of cfDNA or germline DNA, and cfDNA fragment enrichment analysis.

In this paper we present a detailed protocol for non-invasive liquid biopsy technique, including blood collection, plasma and buffy coat separation, cfDNA and germline DNA extraction, quantification of cfDNA or germline DNA, and cfDNA fragment enrichment analysis.

암 환자의 혈장 샘플에서 세포없는 DNA 의 검출

Identifying mutations in tumors of cancer patients is a very important step in disease management. These mutations serve as biomarkers for tumor diagnosis ...

Mapping the Structure-Function Relationships of Disordered Oncogenic Transcription Factors Using Transcriptomic Analysis

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these proteins contain an intrinsically disordered domain (IDD) fused with the DNA-binding domain (DBD) of another protein and orchestrate widespread transcriptional changes to promote malignancy. These fusions are often the sole recurring genomic aberration in the cancers they cause, making them attractive therapeutic targets. However, targeting oncogenic transcription factors requires a better understanding of the mechanistic role that low-complexity, IDDs play in their function. The N-terminal domain of EWSR1 is an IDD involved in a variety of oncogenic fusion transcription factors, including EWS/FLI, EWS/ATF, and EWS/WT1. Here, we use RNA-sequencing to investigate the structural features of the EWS domain important for transcriptional function of EWS/FLI in Ewing sarcoma. First shRNA-mediated depletion of the endogenous fusion from Ewing sarcoma cells paired with ectopic expression of a variety of EWS-mutant constructs is performed. Then RNA-sequencing is used to analyze the transcriptomes of cells expressing these constructs to characterize the functional deficits associated with mutations in the EWS domain. By integrating the transcriptomic analyses with previously published information about EWS/FLI DNA binding motifs, and genomic localization, as well as functional assays for transforming ability, we were able to identify structural features of EWS/FLI important for oncogenesis and define a novel set of EWS/FLI target genes critical for Ewing sarcoma. This paper demonstrates the use of RNA-sequencing as a method to map the structure-function relationship of the intrinsically disordered domain of oncogenic transcription factors.

Intrinsically disordered domains are important for oncogenic fusion transcription factor function. To therapeutically target these proteins, a more detailed understanding of the regulatory mechanisms employed by these domains is required. Here, we use transcriptomics to map important structural features of the intrinsically disordered EWS domain in Ewing sarcoma.

전사 분석을 사용하여 무질서한 온코겐 전사 요인의 구조 기능 관계 매핑

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these ...