R을 이용한 청각 뇌간 반응 파형에 대한 피크 진폭 및 대기 시간의 반자동 분석

청각 뇌간 반응은 청력 역치를 결정하기 위해 일상적으로 수집됩니다. ABR 파형에는 뇌간 활동에 대한 추가 정보가 포함되어 있지만 이전에는 많은 연구자가이를 수동으로 분석해야했습니다. R 스크립트는 RStudio 프레임워크의 R 소프트웨어와 함께 작동하여 ABR 파형 분석을 반자동화합니다.

무료이며 사용하기 쉽습니다. 우리의 희망은 ABR 파형의 일상적인 분석을 통해 이후 연구에서 진단에서 이러한 사전 인지 청각 처리의 관련성을 평가할 수 있기를 바랍니다. 시작하려면 청각 뇌간 반응 또는 ABR 기록을 ASCII 파일로 내보냅니다.

IHS의 경우 컴퓨터 프로그램을 열고 관심 있는 파일을 로드한 다음 원하는 파형을 한 페이지에 표시합니다. 데이터 탭에서 페이지를 ASCII로 저장을 선택하여 txt 파일을 가져옵니다. ID를 사용하여 데이터 파일의 이름을 적절하게 지정한 후 info라는 메타데이터 파일에 ID 및 주체 정보를 기록합니다.

csv, 유전자형, 성별, 연령 또는 치료와 같은 정보가 ID에 포함되지 않도록 합니다.분석할 모든 파일에 대해 별도의 ID 파일로 단계를 반복하고 메타데이터를 얻습니다. 다운로드 및 각각의 웹 사이트에서 R 및 RStudio 프로그램을 설치합니다. 그런 다음 RStudio의 명령 창에 필요한 명령을 사용하여 필요한 라이브러리, tidyverse, Shiny, Plotly 및 Zoo를 설치합니다.

다음으로 스크립트를 다운로드하십시오 findpeaks. R 및 see_trace_click. 화이트 랩 GitHub의 r 및 관련 파일 시간 .csv.

테스트 폴더라는 새 폴더를 만들어 모든 ASCII 파일, 정보를 배치합니다. CSV 및 시간 .csv. 테스트 폴더 내에 ASCII 폴더라는 하위 폴더를 만들고 ASCII 파일을 배치합니다.

핀드피크를 엽니다. r 스크립트 도구 모음에서 스크립트 탭을 마우스 오른쪽 단추로 클릭하여 작업 디렉터리 설정을 선택하고 테스트 폴더로 설정합니다. 스크립트 창에서 도구 모음의 오른쪽 위에 있는 소스를 클릭하여 프로그램을 로드합니다.

그런 다음 명령 창에서 명령을 사용하여 개별 및 배치 처리 모드에서 파형을 분석합니다. 명령을 사용하여 특정 개인에 대한 파형 데이터를 로드합니다. 다음으로 열린 see_trace_click 창에서.

RStudio에서 r 스크립트를 선택하고 헤더에서 앱 실행 단추를 클릭하고 새 대화형 창이 나타날 때까지 기다립니다. 왼쪽 상단의 상자에 수정이 필요한 파형의 사운드 레벨을 입력하고 창에 표시된 파형을 찾습니다. 파형 주위로 커서를 이동하여 언제든지 지연 시간과 진폭을 표시합니다.

대기 시간 및 진폭 데이터를 기록하려면 올바른 피크를 클릭한 다음 데이터를 csv 파일에 복사/붙여넣기합니다. 이 과정을 반복하여 즉각적인 피크 다음의 트로프에 대한 데이터를 기록하고 스프레드시트 셀의 피크 진폭에서 트로프 진폭을 빼서 진폭 측정값을 계산합니다. 확인 된 것을 전송하십시오.

csv 파일을 테스트 폴더의 피크 데이터라는 새 하위 폴더에 추가하여 데이터를 추가합니다. 그런 다음 명령을 실행하여 메타데이터를 결합합니다. 컴파일된 데이터에 대한 통계 분석을 수행하려면 함수를 실행하여 데이터의 분포를 평가하는 Shapiro-Wilk 검정과 같은 정규성 검정을 사용하십시오.

Shapiro-Wilk 검정이 유의하지 않으면 데이터 집합의 정규 분포를 의미합니다. 따라서 함수를 실행하여 ANOVA와 같은 파라메트릭 테스트로 데이터를 평가합니다. Shapiro-Wilk 검정이 P보다 작으면 0.05보다 작으면 Kruskal-Wallis 순위합 검정 또는 다른 적절한 비모수 측도를 사용하십시오.

마지막으로 명령을 실행하여 평균 파형을 표시합니다. 어린 F1 마우스에 대한 75데시벨 클릭 자극의 파형 응답에서 피크와 트로프는 findpeaks.r로 자동으로 식별되었습니다. 5에서 75 데시벨 사이의 파형은 수동으로 식별 된 피크와 파인드 피크에서 얻은 것입니다.

r을 비교하였다. 평균은 음영 처리된 영역이 하나의 표준 편차를 나타내고 findpeaks로 얻은 결과를 나타내는 굵은 선으로 표시됩니다. r은 수동 결과와 밀접한 관련이 있습니다.

이 절차를 시도할 때는 작업 디렉터리가 매우 중요하므로 설정해야 합니다. R 스크립트는 시간과 함께 구현된 마우스 ABR의 대기 시간 창에 따라 피크와 최저점을 지정합니다. csv 파일로 내보낼 수 있습니다.

이것은 다른 EEG 파형을 정량화하기 위해 사용자에 의해 수정 될 수 있습니다.