A filogenia está relacionada com a diversificação evolutiva de organismos ou grupos de organismos. Um grupo de organismos com nome é chamado de taxon. Taxa podem abranger diferentes níveis da hierarquia evolutiva. Por exemplo, o grupo que contém todas as aves é um taxon (composto pela classe Aves), e o grupo de todas as espécies de margaridas (o género Bellis) é um taxon. Filogenias também podem incluir apenas um género (ou seja, retratar relações de espécies) ou abranger um reino inteiro.

Normalmente, a filogenia é representada por uma árvore. Cada taxon de interesse é retratado na extremidade do ramo, e os ramos representam a relação entre esses taxa. Taxa intimamente relacionadas compartilham uma porção maior do seu genoma, resultando em semelhanças morfológicas. Taxa irmãs compartilham um ancestral comum imediato, representado por um nó compartilhado.

Os nós na árvore retratam uma característica morfológica ou mudança molecular que diferencia as taxa. Todas as taxa que se conectam diretamente a um nó específico compartilham um ancestral comum recente. Assim, a raiz da árvore é o ancestral compartilhado por todas as taxa na árvore. Uma árvore sem raiz representa a relação de taxa, mas não fornece informações sobre o ancestral comum compartilhado.

O comprimento dos galhos de uma árvore pode ou não ter um significado. Em uma árvore escalonada, o comprimento do ramo pode representar o tempo ou o número de mudanças que ocorreram desde que as taxa evoluiram a partir de um ancestral comum.