Um método de QM/MM aprimorado supera problemas simples na simulação de QM/MM normal. O Método Six QM/MM acelera o conjunto selecionado para a região QM, e pode capturar as vias de reação química resultando na definição da coordenada de reação. Com este protocolo, capturamos com sucesso uma reação química de transferência dupla de prótons e uma revelação de um efeito de substituição de deutério em um mecanismo de transferência de provency na água.
O protocolo pode ser usado para explorar halogênio ou nossa substituição deutério na identificação de calor na descoberta de drogas. A principal vantagem do Método Six QM/MM é que, não precisamos dele para definir a coordenada de reação de salmoura ou introduzir um dispositivo para a via de reação química ao explorar o mecanismo de reação. nos permitem identificar possíveis caminhos de reação que a partir da reação.
O método que pode ser usado e estendido a um método QM de alto nível e pode se tornar uma ferramenta importante para investigar o mecanismo de reação química na solução. Para iniciar este procedimento, inicie as predefinições definindo o tipo de execução como 100, temp0 como 300, templow como 260, temphigh como 1300, e passo como 120.000 no arquivo de entrada. Então, emita o comando apropriado como mostrado aqui.
Durante a fase predefinida, monitore a energia de cada termo para calcular os valores médios. Use os comandos grep Linux para extrair a energia. Para modificar as energias médias no arquivo de entrada md, calcule as energias médias com base na saída da linha de comando anterior e modifique a linha v-shift no arquivo de entrada com as médias recém-geradas.
Inicie deslocamentos no programa QM4D digitando o comando para iniciar a etapa de otimização. Em seguida, conecte a propagação de energia com o programa de graça, e certifique-se de que a flutuação de energia pode cobrir as extremidades mais baixas e mais altas da faixa de temperatura. Após a otimização, salve os valores finais do nk da etapa de deslocamento em um novo arquivo que se chama nk.
dat neste protocolo. Para preparar o arquivo de entrada md, defina o tipo de execução como um no novo arquivo de entrada para iniciar a etapa de simulações de produção. Especifique o nome do arquivo com o arquivo nk armazenado como nkfile nk.
dat no arquivo de entrada. O número de etapas de tempo foi definido como 6.400.000 nos sistemas atuais. O contador de simulação é dependente do sistema, então mude a estatística de simulação com base na sua demanda específica.
Selecione um número adequado de etapas de tempo para usar para transição marginal entre diferentes estados para o seu próprio sistema. Inicial a produção nesta simulação, emitindo o comando apropriado para iniciar simulações de MD. Para monitorar o processo de formação e quebra de vínculos durante a fase de produção, use o comando grep para verificar as mudanças de distância de H1N1 e H1N2 ao longo do tempo de simulação.
A mesma operação pode ser realizada para H2N3 e H2N4. Em seguida, conecte a propagação da distância usando o valor de distância acumulada durante as simulações da produção. Extrair as coordenadas de reação e os termos de energia do arquivo de saída de produção gerados por QM4D pelo comando grep.
Organize os dados em quatro colunas e escreva-os no arquivo de dados em cada período de tempo. Calcule a energia livre emitindo o comando apropriado. Finalmente, para projetar a energia livre na paisagem bidimensional, digite o comando apropriado.
O efeito de substituição de deutério único no processo de transferência de prótons duplos no porphycene foi examinado no protocolo atual. A energia potencial do subsistema QM e da água durante as etapas de pré-equilíbrio e otimização foram verificadas para garantir que a energia da região de QM tivesse sido ampliada para uma faixa de energia mais ampla, sem afetar a energia do ambiente. As mudanças representativas de distância e ângulo, e as alterações de energia livre projetadas foram utilizadas para caracterizar o efeito de substituição do deutério no processo de geometria e transferência de prótons de porphycene.
O Método Six QM/MM alcança um conjunto aprimorado no espaço energético. O alcance de fusão especificado deve alcançar uma distribuição de energia ampliada. Este método não só capturar o topo do canal de reação que você tem pode transferir, mas também tem um potencial de identificar produtos de reação de estados de reação de normas resultantes do mecanismo de reação.
Este protocolo atua como ponto de partida para investigar os mecanismos de reação química em um ambiente condensado. Métodos QM de nível mais alto podem ser facilmente combinados com o Método Six QM/MM para explorar sistemas mais complexos no futuro.
