Um fluxo de trabalho integrado para estudar a arquitetura do genoma espaço-temporal centrada no promotor em populações celulares escassas

Com o liCHi-C, a principal questão que estamos tentando responder é como a cromatina interage no núcleo e, portanto, entender uma nova camada de regulação gênica. Nós provamos com o liCHi-C que podemos explorar a organização do genoma de uma determinada amostra, vincular a mutação não-codificante associada à doença com potenciais genes afetados e detectar rearranjos cromossômicos, como translocação, por exemplo, em amostras tumorais. Agora podemos explorar a organização da cromatina 3D de tipos de células cicatriciais, como células-tronco primárias ou amostras clínicas relevantes.

Nosso protocolo reduz os materiais de entrada e o tempo e o custo necessários para obter dados de qualidade para explorar a organização do genoma na resolução do fragmento de restrição. O liCHi-C está expandindo o alcance do campo de organização da cromatina 3D, permitindo-nos explorar novos tipos de células antes impossíveis de analisar. Graças ao liCHi-C, a comunidade científica pode explorar a regulação especial da expressão gênica.

Por exemplo, na transformação maligna apenas em uma subpopulação clonal específica dentro de um tumor.