Ecossistema modelo baseado em agarose para cultivo de metanotróficos em um gradiente de contador de metano-oxigênio

Queríamos projetar uma maneira simples e barata de cultivar bactérias oxidantes de metano em laboratório que se assemelhasse mais ao ambiente natural. Queríamos fazer isso para descobrir fenótipos bacterianos que estão faltando nas condições padrão de cultura de laboratório e, finalmente, vincular esses fenótipos aos seus determinantes genéticos. A seringa de gradiente é a versão simplificada dos métodos descritos anteriormente para cultivar metanotróficos em um contra-gradiente de metano-oxigênio.

Este método não requer fluxos contínuos de substratos de gás, o que permite que várias réplicas sejam executadas em paralelo. Também podemos realizar ensaios bioquímicos diretamente nas bactérias cultivadas na agarose. Os pesquisadores têm acesso virtualmente ilimitado às sequências do genoma bacteriano, mas ainda é difícil colocar todas essas informações em contexto.

Nossas descobertas mostram que é fundamental considerar o ambiente em que uma bactéria evoluiu, para entender melhor o papel de genes individuais. Planejamos usar técnicas como metabolômica comparativa e proteômica para aprender mais sobre como os metanotróficos respondem à sua posição dentro do contra-gradiente metano-oxigênio. Também temos planos de cultivar várias cepas na mesma seringa de gradiente para ver como elas interagem em um contexto espacialmente resolvido.