Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Здесь мы представляем протокол, демонстрирующий установку и использование биоинформатического конвейера для анализа данных секвенирования химерной РНК, используемых при изучении взаимодействий РНК:РНК in vivo .

Аннотация

Понимание регуляторных взаимодействий генов in vivo малых некодирующих РНК (sncRNAs), таких как микроРНК (miRNAs), с их РНК-мишенями было продвинуто в последние годы благодаря биохимическим подходам, которые используют кросс-линкинг с последующим лигированием для захвата взаимодействий sncRNA:целевая РНК путем образования химерных РНК и последующих библиотек секвенирования. В то время как наборы данных, полученные при секвенировании химерной РНК, предоставляют полногеномные и значительно менее неоднозначные входные данные, чем программное обеспечение для прогнозирования микроРНК, преобразование этих данных в значимую и полезную информацию требует дополнительного анализа и может отпугнуть исследователей, не имеющих вычислительной подготовки. Этот отчет представляет собой учебное пособие для специалистов по вычислительной биологии начального уровня в установке и применении новейшего программного инструмента с открытым исходным кодом: Small Chimeric RNA Analysis Pipeline (SCRAP). Приведены требования к платформе, обновления, а также объяснение этапов конвейера и манипуляций с ключевыми переменными, вводимыми пользователем. Снижение барьера для биологов в получении информации от химерных подходов к секвенированию РНК может дать толчок к исследованиям регуляторных взаимодействий sncRNA:РНК-мишени в различных биологических контекстах, основанных на открытиях.

Введение

Малые некодирующие РНК хорошо изучены на предмет их посттранскрипционной роли в координации экспрессии наборов генов в различных процессах, таких как дифференцировка и развитие, обработка сигналов и заболевания 1,2,3. Способность точно определять целевые транскрипты геннорегуляторных малых некодирующих РНК (sncRNAs), включая микроРНК (miRNAs), имеет важное значение для изучения биологии РНК как на базовом, так и на трансляционном уровнях. Биоинформатические алгоритмы, использующие ожидаемую комплементарность между семенной последовательностью микроРНК и ее потенциальными мише....

протокол

ПРИМЕЧАНИЕ: Протокол начнется с загрузки и установки программного обеспечения, необходимого для анализа библиотек секвенирования химерной РНК с помощью SCRAP.

1. Установка

  1. Перед установкой SCRAP установите зависимости Git и Miniconda на компьютере, который будет использоваться для анализа. Скорее всего, Git уже установлен. Например, на платформе Mac OSX проверьте это с помощью какой команды git, чтобы убедиться, что утилита " git " присутствует и установлена в этом каталоге. Проверьте, установлена ли Miniconda с помощью каких conda. Если ничего не возвращается, установите Minicond....

Результаты

Результаты для sncRNA:target RNA, обнаруженной модифицированной версией SCRAP (SCRAP release 2.0, в которой реализованы модификации для фильтрации рРНК) на ранее опубликованных наборах данных секвенирования, подготовленных с использованием CLEAR-CLIP9 , показаны на рисунке 2 и

Обсуждение

Этот протокол по использованию конвейера SCRAP для анализа взаимодействий sncRNA:РНК-мишени предназначен для помощи исследователям, которые приступают к вычислительному анализу. Ожидается, что по завершении учебного пособия исследователи с опытом вычислений начального уровня или выше пр?.......

Раскрытие информации

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

Мы благодарим сотрудников лаборатории Мефферта за полезные обсуждения, в том числе Б.Х. Пауэлла и У.Т. Миллса IV, за критические отзывы об описании установки и реализации трубопровода. Эта работа была поддержана премией Фонда Брауде, программой запуска Фонда исследований стволовых клеток штата Мэриленд, премией Фонда Блаустейна за исследования и образование в области боли, а также RO1MH129292 NINDS RO1NS103974 и NIMH для M.K.M.

....

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
GenomesUCSC Genome browserN/Ahttps://genome.ucsc.edu/ or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/
LinuxLinuxUbuntu 20.04 or 22.04 LTS recommended
MacAppleMac OSX (>11)
Platform setupGitHubN/Ahttps://github.com/Meffert-Lab/SCRAP/blob/main/PLATFORM-SETUP.md]
SCRAP pipelineGitHubN/Ahttps://github.com/Meffert-Lab/SCRAP
Unix shellUnix operating systembash >=5.0
Unix shellUnix operating systemzsh (5.9 recommended)
WindowsWindowsWSL Ubuntu 20.04 or 22.04 LTS

Ссылки

  1. Morris, K. V., Mattick, J. S. The rise of regulatory RNA. Nature Reviews Genetics. 15 (6), 423-437 (2014).
  2. Li, X., Jin, D. S., Eadara, S., Caterina, M. J., Meffert, M. K. Regulation by noncoding RNAs of local transl....

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

JoVE202

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Исследования

Образование

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены