Şartlı kullanarak Fare İnce Bağırsağında Yenileyici içinde Paneth Hücrelerinin Rolü analiz için protokoller<em&gt; Cre-lox</em&gt; Fare Modelleri

Özet

Bağırsak epitel kök hücreler (ISCs) Paneth hücreleri ile iç içe. Bu hücreler ISCs destekleyen ve antibakteriyel koruma sağlamak ISC, soyunu ayırt edilirler. İşte biz Paneth hücrelerinin bağırsak epithelia sürdürmek çok önemli bir rol oynadığını kurmak için transgenik fare koşullu modellerini nasıl kullandıklarını göstermektedir.

Özet

7 gün - memeli bağırsak epitel yüzeyi her 3 yenileyen dinamik bir dokudur. Hızla Lgr5 geninin kendi ifadesi ile karakterize bağırsak kök hücreleri (ISCs) bisiklet nüfusu bu yenilenme sürecini belirlenen anlama. Bunlar yaralanma durumunda bunların yerine yeteneğine Bmi-1 ifadesi ile işaretlenmiş bir sakin kök hücre popülasyonu, tarafından desteklenmektedir. Bu nüfus arasındaki etkileşimi araştıran hastalığı ve kanser rollerini anlamak için çok önemlidir. ISCs bağırsak yüzeyindeki crypts içinde var, bu nişler epitel Yenileyici de ISC destekliyoruz. Bir önceki Lgr5 ISC'nin 'stemness' yakından komşu Paneth hücreleri varlığına bağlı olduğunu göstermiştir edildiği gibi, aktif ve pasif ISCs arasındaki etkileşim olasılığı, kovan içinde diğer farklılaşmış hücreleri içerir. Koşullu CRE-lox Fareyi kullanarakmodeller Paneth hücreleri varlığında veya yokluğunda aktif ISCs çoğunluğu silme etkisi test edilmiştir. Burada bağırsak karakterize ve taahhüt teknikler ve analiz Paneth hücrelerinin önemli hakaret aşağıdaki kurtarma yardım ISC niş içinde çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir açıklar.

Giriş

Memeli bağırsak lümen yüzeyi projeksiyonları gibi kriptalarının ve parmak tekrar birimlerinden özellikleri, lümen içine çıkıntı villus olarak adlandırılan. 4 gün ¹ - Bu yüzey, yaklaşık her 3 tam kendini yenileme uğrar epitel sürekli bir tabakadır. Bu dinamik Doku hızla kök hücreleri bisiklet nüfusu tarafından desteklenmektedir (ISCs, aynı zamanda kript baz kolon hücreleri olarak da bilinir) ilk olarak Lgr5 geni ^2,3 kendi ifadesi ile tanımlandı. Bu hücreler Lieberkühn kript altındaki özel bir niş bulunmaktadır. Başlangıçta, ISCs hızla bisiklet vardı keşif kök hücre doğada sakin olduğunu hakim fikri ile uyumsuz oldu. O durgun etiket nüfus crypt tabanına göre 4 pozisyonunda hücreleri, istinat öne sürülmüştür Lgr5 ⁺ ISC tanımlanmasına Önceki, ISCs ¹ idi. Son zamanlarda yapılan araştırmalar hşimdi öncelikle kader komşuları ^4,5 düzenlenir her crypt ekipotent bisiklet ISCs bir havuz olduğunu göstererek bu gözlemleri barıştırdı. Halinde bunlar, bu normalde salgı soyu adadık ancak ISC nüfus ⁶ hasar görmüşse ISCs dönebilirsiniz durgun hücreleri tarafından değiştirilebilir kaybolur.

ISC komşuları ISCs veya kızları hücreler olabilir ya. ISCs çarpma ve hangi hatlar bağırsak lümen ¹ epitel tabaka oluşturan özelleşmiş hücre tiplerine ayırt naif kızı hücreleri üretirler. Goblet, enteroendokrin, enterositler, püskül ve M hücreleri çeşitli emici ve düzenleyici işlevleri sağlamak lümen yüzeyine yukarı göç, ancak, Paneth hücreleri ISCs ile iç içe bulunmamakta crypt dibinde kalır. Son yıllarda ortaya konmuştur, bu naif kız çocuğu bir kısmınınbir salgı soy için mukadder er hücreleri yaralanma ^6,7 üzerine bir ISC geri döndürme yeteneğine Lgr5 ^lo hücrelerini koruyarak hareketsiz etiket vardır.

Nedeniyle kript rejenerasyon önemi bir öncelik ISCs ve komşuları, özellikle Paneth hücreleri arasındaki etkileşimleri anlamaya yerleştirildi. Paneth hücrelerinin ISCs ⁸ destekleyen niş önemli bir rol oynamaktadır. Bakterisit ürünlerinin yanı sıra Paneth hücrelerinin ISC yenileme veya farklılaşmasını düzenleyen yolları aktive sinyal molekülleri üretirler. Önceki çalışmalar onların kızları Paneth hücreleri ⁸ tarafından sağlanan temel niş sinyalleri için rekabet edebilecek ne zaman Lgr5 ⁺ ISCs sadece var olduğunu gösterdi. Bu çalışmalar, normal Lgr5 ⁺ ISCs üzerinde değil, onlar zarar ve bir Lgr5 ^lo nüfus ikmal gerektiren bir durumda Paneth hücrelerinin rolü incelenmiştir.

Biz transgenik fare modelleri ^9,10 kullanılarak hücrelerin ve / veya genlerin işlevsel rolünü incelemek bağırsak biyoloji ve model hastalığını anlamak için. Sıkça bu modeller şartlı gen (ler) ^9,10 değiştirmek için CRE-lox teknolojisini kullanmaktadır. Cre rekombinaz bakteriyofaj P1 izole integraz ailesinin bir site özgü rekombinaz olduğunu (rekombinasyon Nedenleri). Cre tanımlanan 34 bp arasındaki alana özgü rekombinasyon katalize ' Lox P 'siteleri (geçit P1 odağı χ). Fareler genetik Cre rekombinazın ifadesi üzerine eksize ilgi alanları kuşatan LoxP siteleri içerecek şekilde tasarlanmıştır. Bir hücre ya da gelişimsel belirli bir promotere Cre geni ekspresyonunu bağlama işleminin tahrip edici bir mekansal biçimde ^9,10 yapılabilmesi için, bu oluşum safhasındaki ölümcül mutasyonlar aşılmasında özellikle yararlıdır sağlar. Ayrıca, bir alıcı yolu Cre ifade bağlayanBu yapay aktive edilebilir, zamansal değişiklikler izin verir.

Bu teknolojiyi kullanarak, biz bağırsak epitel CatnB genini ¹¹ inaktive. β-katenin, CatnB gen ürünü, ISC homeostazı tabi doğal Wnt sinyal yolunun bir anahtar düzenleyicisidir. Bu stratejiyi kullanarak iki önceki çalışmalarda çelişkili sonuçlar ^12,13 üretti. AEVR ve ark., ¹² tarafından yapılan çalışmada, kök hücre ve bağırsak homeostazisinin kaybı gösterdi. İrlanda ve ark. Oysa ¹⁴ çalışma hücre canlılığında bir azalma, aşağıdaki kript-villus ekseni CatnB eksprese vahşi tip hücrelerden yeniden doldurulur olduğunu bildirdi. Bu çalışmalarda önemli fark bağırsak epitel Cre ifade etmek için kullanılan promotör oldu. AEVR ve diğ., Çalışma t tatbik edilmesiyle aktive edilebilir östrojen reseptörüne bağlanmış villin gen promotörü kullanılıramoxifen (vil-Cre-ER ^{T2) 15,16.} Buna karşılık Ireland ve arkadaşlarının., Ksenobiyotik β-naphthoflavone (Ah-CRE) yanıt olarak Cre sentezlenmesini tahrik etmek için, sıçan sitokrom P450A1 (CYP1A1) geni promoter dizisi kullanılmıştır. Bu farklı sistemlere dair özellikler bu farklı gözlemler için hesap, iki hipotez oluşturulur. CatnB daha verimli ve böylece alt repopulation seviyelerine ISCs sayısını azaltarak, Ah-CRE kıyasla vil-Cre-ER ^T2 sistemi kullanılarak ISC silinir ilk. Alternatif olarak farklılaşmış bir hücre popülasyonunda CatnB silme diferansiyel kaynaklanıyordu. Vil-Cre-ER ^T2 sistemi hedefleri Ah-CRE sistemi ise crypt ve villuslarının tüm epitel hücreleri yalnızca ISC niş ve crypt olmayan Paneth hücreleri hedefliyor. Bu sistemler Behav incelenmesi için ideal araçlar teminISCs ve ior ve Paneth hücreleri ile etkileşimi. İşte biz Paneth hücrelerinin yaralanma ¹⁷ bağırsak cevabı aracılık önemli bir rol oynadığını belirlemek için bu sistemlerin nasıl kullandığını dayalı birçok detaylı protokoller sunuyoruz.

Protokol

Kullanılan tüm malzeme ile ilgili bilgiler Tablo 1'de verilmiştir. Tüm hayvan deneyleri İngiltere'de Home Office projesi lisansı yetkisi altında gerçekleştirildi.

1. CatnB Silme Ah-CRE ve vil-Cre-ER ^T2 Sistemleri kullanılarak

1. Ah-CRE ⁺ CatnB ^{+ / +,} Ah-CRE ⁺ CatnB ^{flox / flox,} vil-Cre-ER ^T2 CatnB ^{+ / + ve} vil-Cre-ER ^T2 CatnB ^flox 14 haftalık kohortlarını - 10 oluşturmak için fare suşları Çapraz ^{/ flox.} Bir β gal leke aracılığıyla rekombinasyon görsel analiz için, kohortlar Rosa26R-lacZ muhabiri ¹⁷ içermelidir. Modifiye genlerin ve indüksiyon maddelerin kullanımı varlığı için kontrol ediniz kohort gerekli kohort büyüklüğü güç analizi kullanılarak tahmin edilmelidir.
2. Β hazırlamak Ah-CRE transgenini teşvik etmek için;, Ya da 10 mg / ml 'lik bir çalışma çözeltisi elde mısır yağı içinde (TAM) tamoksifen vil-Cre-ER ^T2 transgen için -Naphthoflavone (BNF). NOT: acentalar, uygun kişisel korunma kullanarak davlumbaz dışarı tartılmalıdır.
3. Bir su banyosu içinde BNF 99.9 ° C veya TAM boyunca 80 ° C de bir amber şişe ısı çözeltiler (BNF ışığa duyarlı).
4. BNF, 100 ° C'ye ayarlanmış bir ısıtılmış bir karıştırıcı transfer veya TAM 80 ° C ve 10 dakika için karıştırın.
5. Çözülene kadar BNF 1,3-1,4 tekrarlayın için (> 1 saat sürebilir).
6. Küçük sarı şişelerine (~ 5 mL) içine kısım daha sonra -20 ° C'de dondurun. Şişeler 3 donma / çözülme döngüsünden sonra atılmalıdır. Önceki çözülme maddeler kullanmayın ve çözümün dışına düşmüş, uygun sıcaklığa hazırlayabilirsiniz. Enjeksiyondan önce <37 ° C'ye kadar soğumasına izin verin.
7. Bir 25 g fare approp 0.2 ml alır, örneğin 80 mg / kg bir dozda olan fareler karın içinden (İP) enjekteyaklaşımlarına yön indüksiyon ajanı. Ah-CRE için 4 gün boyunca günde bir enjeksiyon vermek vil-Cre-ER ^T2, 24 saat süre içinde üç enjeksiyon teslim.

Muhabir Görselleştirme ve İmmünohistokimya için Bağırsak 2. diseksiyonu (İHK)

1. Etik onayı doğrultusunda önceden anestezi olmadan servikal dislokasyon kullanarak fare Euthanize. Bir yatar pozisyonda fare yerleştirin ve% 70 EtOH kullanılarak kürk ıslak, bir makas kullanarak orta hat boyunca uzunlamasına içi periton boşluğuna açılır.
2. Bir forseps ile mide Güvenli ve yemek borusu bağlantı sever. Hafifçe karnına çekerek ekinde küçük bağırsağa kadar kaldırın. Hafifçe ekte çekerek anüs kalın bağırsak yukarı kaldırın.
3. Bağırsak izole edildikten sonra mide ve eki çıkarın. Künt uçlu pipet ile bir şırınga kullanarak 1x PBS ile yıkayın bağırsak. NOT: Her bağırsak i olmalıdırmmediately aşağıda anlatılan alt akış uygulamalardan biri için işlendi.

Bağırsak 3. Formol Fixation

1. Orta ve distal 3 eşit boyutlu bölümler ve etiket proksimal içine kızarmış bağırsak kesin. 1 cm'lik parçalar halinde her bölüm kesin. Cerrahi bant 2 cm x 2 cm küçük bir şerit atın. Bir piramit oluşumunda cerrahi bant ortasında üç beş 1 cm parçaları yerleştirin.
2. Kapatın ve bir "günlük kazık" etkisi vermek için, uzunlamasına parçalar etrafında bant mühür. En az 10x, doku hacmine sabitleyici hacmi nötral tamponlu formalin sabitleştirici büyük bir fazlalık ihtiva eden bir düz dipli bir kap içinde doku yerleştirin. , Sabitleme için bir tüp içinde dokusunun aşırı miktarda koymaktan kaçının birden kaplara bölün: NOT.
3. Önceden gömme ve kesit 24 saat - en az 18 boyunca 4 ° C 'de yer örnekleri. Nükleer β-katenin kaybını önlemek için, 24 saat ötesine düzeltmek yok.En az 10x doku hacmi,% 70 EtOH çok fazla miktarda ihtiva eden bir düz dipli bir kaba tespit transferi doku sonra.

Bağırsak 4. metakarn Fixation

1. 300 ml MeOH, 150 ml kloroform ve 75 mi buzlu asetik asit birleştirerek metakarn fiksatif hazırlanması diseksiyonlu önce (4: 2: 1). Proksimal, orta ve distal 3 eşit büyüklükte bölüme kızarmış bağırsak kesin.
2. Filtre kağıdı (15 cm x15 cm) ve springbow makas 'yüzüne tr' bu kadar açık kullanarak bir parça yan bağırsak tarafında her parça yerleştirin. Oda sıcaklığında 24 saat - 3 metakarn içeren bir cam tabak içine bağırsak ve filtre kağıdı yerleştirin. Tespit edildikten sonra bir forseps kullanarak bir bağırsak bölümünün sonunu pick up.
3. Bir "swiss roll" oluştururlar ve hafifçe forseps açılması ve içinden bir 25 G iğne koyarak rulo sabitlemek için forseps etrafında bağırsak sarın. A la içeren bir düz dipli bir kap içinde doku yerleştirinnötr tamponlu formalin fiksatif rge fazlalığı, işleme devam etmeden önce, en az 1 saat boyunca doku ve mağaza hacmine sabitleyici en az 10x hacmi.

5. Tüm Dağı LacZ Görselleştirme (El Marjou ark Modifiye. ¹⁸⁾

1. 10 mineral yağ ile erimiş ralwax birleştirerek balmumu tabak hazırlayın: 1. 15 cm petri içine dökün ve soğumaya bırakın. Tablo 1 gereğince X-gal Fiksatif hazırlayın ve buz üzerinde saklayın.
2. Bütün bağırsak çıkarın ve 25 ml buz gibi soğuk X-gal fiksatif ile yıkanarak bölüm 2. Fix bağırsak başı olarak, buz gibi soğuk 1x PBS ile ile yıkayın.
3. 5 eşit parçaya (plaka başına 5 maksimum) - makas kullanılarak 3 içine bağırsak kesti. Balmumu plakası üzerine her bölüm yerleştirin ve bölüm biraz mezenterik hattı en üstte ile gerilir böylece her ucu aşağı pin; herhangi bir aşırı mezenterin kırpın. Bir springbow makas kullanarak uzunlamasına bağırsak kesip yol boyunca dışarı pin.60;
4. Bölümler kapak ve 4 ° C'de en az 1 saat boyunca bırakmak için X-gal sabitleyici ile plaka boyayın. 25 ml'lik bir pipet kullanarak, X-gal Fiksatif çıkarın ve 1 x PBS'de 30 ml ile bir kez yıkanır. Ideal olarak sallanan bir platform üzerinde oda sıcaklığında 60 dakika, - 30 DTT demucifying çözeltisi 30 ml Kapak bölümleri.
5. 25 ml'lik bir pipet kullanılarak demucifiying çözüm çıkarın ve 1 x PBS'de 30 ml plaka sel. Bir pastör pipet kullanarak mukus kaldırmak için plaka 1x PBS ile bağırsak bölümleri yıkayın.
6. X-gal leke 30 ml ile 25 ml pipet ve sel ile 1x PBS çıkarın. Sallanan bir platform üzerinde hafif bir çalkalama ile karanlıkta, oda sıcaklığında gece boyunca inkübe edilir.
7. Arka plan rengi hala beyazsa bölümleri, mavi / yeşil leke geliştirdik gecede inkübasyon kontrolünden sonra, taze boyama çözeltisi ilave edildi ve boyama geliştirir kadar izlenebilir. NOT: Kesitler daha sonra lekeli sonra başka boyama teşebbüs edilebilir.
8. X-gal leke çıkarmak1x PBS, 30 ml ile 25 ml bir pipet ve sel plakası kullanılarak ve yavaşça sallanarak 3 dakika boyunca bırakın. Pimleri çıkarın ve forseps ile, bir bağırsak bölümünün sonunu pick up. Bir "Swiss roll" oluştururlar hafifçe forseps açılması ve içinden bir 25 G iğne koyarak rulo sabitlemek için forseps etrafında bağırsak sarın.
9. En az 10x doku hacmine sabitleyici hacmi nötral tamponlu formalin sabitleştirici büyük bir fazlalık ihtiva eden bir geniş ağızlı düz dipli bir kap içinde doku yerleştirin. Önceden gömme ve kesit için en az 24 saat süre ile 4 ° C 'de yer örnekleri.

Bağırsak adlı Crypts 6. Ekstraksiyon

1. Bölüm 2. temiz bir diseksiyon yüzeyinde bağırsak başına bir forseps ve makas takılı yağ / mezenterin kaldırmak kullanma gibi, ince bağırsağın ilk 20 cm izole edin. Bir springbow makas uzunlamasına bağırsak açmak kullanma.
2. F, bir mikroskop kapak slayt kullanmairmly villus ve mukus kaldırmak için bağırsak lümen kazıyın. Bir makas kullanılarak penisilin (100 U / ml) ve streptomisin (100 U / ml) ile desteklenmiş ~ 5 mm parçalar halinde kesilir ve bağırsak 25 mi 1 x HBSS ile 50 ml'lik bir tüp içine aktarılır.
3. Oda sıcaklığında 10 dakika boyunca inkübe edin. 70 mikron hücre süzgecinden geçirerek örnekleri antibiyotik içeren ortamları çıkarın.
4. 10 ml 1x HBSS içeren taze bir 50 ml tüp içine bağırsak bölümleri yerleştirin ve kapağını kapatın.
5. Yavaşça iki kez ters ve 70 mikron hücre süzgecinden geçerek 1x HBSS çıkarın. Dahası 6.4 ve 6.5 üç defa tekrarlayarak bağırsak parçaları yıkayın ve son kısım nispeten açık olduğundan emin olun.
6. EDTA (8 mM) / 1x HBSS 10 ml ihtiva eden bir taze 50 ml tüp doku aktarın ve 5 dakika boyunca oda sıcaklığında bekletin. Kuvvetlice (20 - 30x) sallayın veya girdap, EDTA (8 mM) / 1x HBSS içeren taze 50 ml tüp 70 mikron hücre süzgeç ve transfer doku parçaları geçer. NOT:Atılması veya villus epitel analizi gerekiyorsa muhafaza edilebilir ya geçen akış.
7. , 30 dakika boyunca buz üzerinde doku parçaları inkübe kuvvetlice örnek sallamak (20 - 30x) ya da girdap. Bir 70μm hücre süzgecinden örnekleri geçirin ve bu crypts içerdiğinden akışını aracılığıyla saklayın.
8. 1x HBSS 10 ml içeren yeni bir 50 ml'lik tüpe doku parçaları aktarın. Kuvvetlice (20 - 30x) sallayın veya girdap, 70 mikron hücre süzgecinden geçerek akışını korumak. Bağırsak parçalardan kriptalarının maksimum iyileşme sağlamak için bir kez daha tekrarlayın. 5 dakika boyunca 300 x g'de santrifüj fraksiyonları akışını birleştirir. Süpernatantı dökün ve kript pelet saklayın. Not: peletler kültürlemek için hemen kullanıldı (varsa) veya önce, standart DNA / RNA / ekstraksiyon prosedürleri -80 ° C'de saklanabilir.

7. Standart immünohistokimyasal Görselleştirme

1. 5 u Cutpoli-L-lisin (PLL) slaytlar üzerine parafine gömülü doku kesitleri m. Not: B-katenin antikoru ile boyanma için standart bir protokol, aşağıda verilmiştir, diğer antikorlar için parametreleri Tablo 2'de verilmektedir.
2. Taze ksilen içeren slayt banyolarında 2x 3 dk yıkar De-mum. Taze içeren kayıcı banyoları içerisinde 3 dakika boyunca slaytlar geçirilmesiyle rehidrate: 1x PBS içine% 100 EtOH (2x),% 95 EtOH ve 70% EtOH ve son olarak.
3. 20 dakika antijenleri almak için sitrat tamponu (pH 6) ve ısı 99,9 ° C ihtiva eden bir slayt banyosuna yerleştirin kayar. Slaytlar soğumaya bırakıldı ve daha sonra 5 dakika boyunca 1xTBS / T ihtiva eden bir slayt banyosunda 3x 5 dakika yıkama izin verin. Hemen bir PAP kalemle doku etrafında çizin, son yıkama slaytları çıkarın ve (damıtılmış H _{2 O),} ticari bir peroksidaz blok veya% 1.5 _H 2 O 2 ile bölümü kapsamaktadır.
4. Oda sıcaklığında (RT) 20 dakika süreyle inkübe edilir, sonra 5 dakika için taze 1x TBS / T ihtiva eden kayıcı banyolarında 3 kez yıkayın. Yıkama işleminden sonra(NRS) oda sıcaklığında 30 dakika için birincil antikor spesifik olmayan hidrofobik bağlanmasını bloke için / 1xTBS / T,% 5 normal tavşan serumu içinde, bir pipet kullanılarak, kapak bölümleri ing.
   1. % 5 NRS 200: 1 oranında sulandırılmış B-katenin primer antikor bir Pasteur pipeti ve kapak bölümü ile NRS bloğunu çıkarın. Yıkama / T taze 1xTBS içeren slayt banyoları 3x 5 dakika boyunca kayar. Not - Diğer antikorlar seyreltme ve özgüllük için optimizasyon gerektirir. Bir antikorun özgünlüğünü sağlamak için, uygun olan herhangi bir antikoru ve izotip kontrol lekeleri yapılmalıdır. Bir izotip kontrolü konakçı türünün ve birincil antikor izotipine göre ayarlanmaktadır.
5. Ya da ticari bir HRP tespit kiti ile veya uygun bir floresan etiketli sekonder antikor (Tablo 2) ile görselleştirme. Not: - 15 sn genellikle yeterlidir gelişme uzunluğu 10 β-katenin için, her bir antikor için farklıdır. Bir antikor ilk est için gelişimini optimize etmek içindaha sonra, bir pozitif kontrol slayt kullanılarak pozitif hücrelerin görselleştirmek ve gereken zaman uzunluğu, sonraki tüm slaytlara bu geçerli ablish.
6. Yıkama taze TBS / T içeren slayt banyoları 3x 5 dakika boyunca kayar. ~ 45 saniye boyunca bir slayt banyosu içeren haematoxylin daldırarak slaytlar Counterstain (floresan ikincil antikorlar etiketli kullanarak eğer gerekli değildir). Temiz bir slayt banyosu içine slaytlar koyun ve tamamen yıkanmış değil haematoxylin sağlanması ~ 1 dakika süreyle akan musluk suyu ile durulayın.
7. Alkoller artan konsantrasyonları içeren slayt banyoları geçerek slaytlar dehydrate; 1x 70% EtOH 30 saniye,% 95 EtOH içinde 1x 30 sn,% 100 EtOH içinde 2x 30 sn yıkama, ksilen içinde 2 x 2 dk.
8. Dağı ticari bir montaj medya kullanarak bir lamel altında kayar. NOT: floresan etiketli antikor kullanılarak Eğer çekirdeğini etiketlemek için DAPI içeren bir medya ile monte edin.

Belirli Intestina 8. histolojik Kimlikl Epitel Hücreleri

1. Enterositler
   1. Tablo 2'de anlatılan villin antikor ve koşullara bölüm 7 kullanarak bölümleri hazırlayın.
2. Entero-endokrin hücreleri (Grimelius ^18,19 leke).
   1. Adımlar 7.1-7.2 izleyerek bölümleri hazırlayın. Yıkama 3 dakika boyunca ultra saf su içeren bir slayt banyosunda slaytlar. Isıtılmış gümüş çözeltisi (Tablo 1) ihtiva eden bir sürgü banyosuna slaytlar aktarın ve 3 saat süre ile 60 ° C'de inkübe edin.
   2. 3 dakika boyunca 45 ° C'de önceden ısıtılmış taze hazırlanmış düşürücü çözeltisi içeren bir slayt banyosuna (Tablo 2), gümüş solüsyonu ve bir yerden slaytlar çıkarın. Slaytları çıkarın ve 3 dakika taze ultra saf su içeren bir slayt banyosu içine yerleştirin. Takip bölümünden 7 7,6-7,8 adımları.
3. Goblet hücreleri (Alcian Mavi leke).
   1. Alcian Bl içeren bir slayt banyosuna .. aşağıdaki adımlarla 7,1-7,2 tarafından Transferi slaytlar bölümleri hazırlayınoda sıcaklığında 5 dakika boyunca vi pH 2.5. 5 dakika - 3 çalışan bir musluğun altında bir pipet ve yer slayt banyosu ile Alsiyan mavi leke çıkarın. Adımlar 7.6-7.8 izleyin. Not: Alsiyan mavisi çözeltisi daha sonraki kullanım için muhafaza edilebilir.
4. ISCs.
   1. ISCs bölüm 9 izleyin tespit etmek.
5. Paneth hücreleri.
   1. Tablo 2'de tarif edilen lizozim antikor ve koşullar kullanılarak bölüm 7 aşağıdaki bölümleri hazırlayın.

Murin Bağırsak ^19-21 ile in situ RNA Algılama 9.

1. PLL slaytlar üzerine formalin sabit bağırsak (Bölüm 3) 5 mikron bölümleri yerleştirin. Olfm4 ifadesini ²¹ algılamak için bir doğrusallaştırılmış digoksigenin etiketli RNA probu hazırlayın. Dewax ve bölüm 7 Not başına bölümler rehidrate: Bu protokol, RNA probu bozulmasını önlemek için bir RNAse ortamda yapılmalıdır.
2. T etrafında çizinBir PAP kalem ile sorunu reaktifleri en aza indirmek için. 30 dakika boyunca (damıtılmış H _{2 O)} 6% _{H2O 2} bir slayt banyosunda bölümleri inkübe edin. 3 dk ve ardından taze 1x PBS ile bir slayt banyosu içinde iki kez yıkayın. Buz üzerinde 20 dakika süreyle% 4 paraformaldehid ile Bir pipet kapak bölümünü kullanarak, 1x PBS atın ve.
3. 3 dk ve ardından taze 1x PBS ile bir slayt banyosu içinde iki kez yıkayın. 3 dk ve ardından taze 1x PBS ile bir slayt banyosu içinde 5 dakika Wash ile Proteinaz K çözeltisi ile pipet kapak bölümleri kullanılması. Oda sıcaklığında 5 dakika süreyle% 4 paraformaldehid kapsayan bir pipet sonrası düzeltme bölümleri kullanma.
4. DEPC bir slayt banyosunda yıkayın 2 dakika süreyle H _{2 0} tedavi. Çalkalama ile 10 dakika boyunca asetik anhidrit çözeltisi bir pipet kapak bölümleri kullanılması. 1x tuzlu / 3 dakika ardından taze 1x PBS / 3 dakika bir slayt banyosu, içinde yıkayın. Alkoller artan konsantrasyonları içeren banyoları ile slaytlar geçirin; 1x 30 sn 70% EtOH, 1 x 30 sn% 95 EtOH, taze,% 100 2x 30 sn yıkama EtOH2x 2 taze ksilen dk ve kurumaya bırakın.
5. Hibridizasyon tamponu içinde 100 ve 3 dakika için 80 ° ısıtılarak denatüre sonda: Olfm4 prob 1 seyreltin. Her bölüme sonda 100 ul uygulayın ve slayt dehidratasyonu önlemek için parafilm ile kaplayın. 65 ° C'de, karanlık ve nemli bir odada gece boyunca inkübe edin.
6. 15 dakika boyunca 65 ° C'de 5 x SSC ile bir slayt banyosu içinde yıkayın. 65 ° C'de 30 dakika boyunca taze /% 50 formamid ile iki kez bir slayt banyosu içinde 5 x SSC /% 1 SDS bölümleri yıkayın. 10 dakika, 65 ˚C ilk ve oda sıcaklığında ikinci taze PBT slayt banyosunda iki kez bölümleri yıkayın. PBT 37 ° C'de 45 dakika boyunca 25 ug RNAse ihtiva eden bir pipet kapak bölümleri kullanılması. Oda sıcaklığında 5 dakika boyunca PBT slayt banyosunda bölümleri yıkayın.
7. 65 ° C'de 30 dakika boyunca taze /% 50 formamid ile iki kez bir slayt banyosu içinde 5 x SSC bölümleri yıkayın. Engellemek için, karanlık, moi PBT ve mağaza% 10 koyun serumu ile bir pipet kullanarak kapak bölümleri3 saat - 2 için oda sıcaklığında st odası.
8. 5 mg / ml fare bağırsak tozu içeren PBT içinde% 10 koyun serumu ile 500: 1 anti-digoksigenin antikor, alkalik fosfataz konjuge seyreltilmesi ile antikor hazırlayın. Sallanan bir platform üzerinde karanlıkta 4 ° C'de 3 saat süreyle inkübe edilir. Aşırı bağırsak tozu kaldırmak ve süpernatana PBT% 1 koyun serumunun 3x hacimlerini eklemek için aşağı doğru döndürün.
9. Bir pipet slaytlar blok çıkarın ve her bir bölümdeki antikor çözeltisi 100 ul, parafilm ile kapatın ve gece boyunca 4 ° C de karanlık bir nem odasında inkübe edilir. 5 dakika boyunca taze PBT slayt banyosunda 3 × bölümleri yıkayın. Bölümleri 5 dakika boyunca taze NTMT tamponu ile bir slayt banyosunda 3 × yıkayın engellemek için.
10. Yeterince güçlü bir renk gelişene kadar 72 saat - bir pipet BM mor her bölümü kapsayacak ve 24 RT'de karanlıkta inkübe kullanarak, görselleştirmek için. PBT kez slayt banyosunda bölümleri yıkayın ve 1 dakika boyunca eosin daldırarak counterstain. Remo5 dakika - 3 için akar su altında bir slayt banyosunda yıkama bölümleri tarafından aşırı eozin ettik. Ksilen slaytlar daldırın ve kurumaya bırakın. Ticari medyayı kullanarak bir lamel altında monte edin.

Bağırsak Epiteli 10. histolojik Karakterizasyonu

1. PLL slaytlar üzerine sabit doku (bölüm 3 ve 4) 5 mikron bölümleri yerleştirin. ≥25 rastgele bütün (veya ≥50 yarısı), aşağıdaki parametrelerin her biri için, her kohort ≥4 farelerden kriptler analiz edin. NOT: tutarlılık (sadece proksimal ucunu kullanın) her bağırsağın aynı yerden crypts analiz korumak için.
2. Standart H & E boyanan kesitler hücresel parametreleri (aksi belirtilmedikçe): Crypt sayı, yükseklik, apoptoz ve mitoz.
   1. Crypt sayısı.
      1. El bazal tabakada ile temas kriptalarının sayısını saymak için düşük güç büyütme (örneğin 4X veya 10X) kullanın. Kont ≥10 enine proksimal bağırsak mezhepEn az 4 farelerin iyonları.
   2. Crypt yüksekliği.
      1. Elle crypt / villus eksen (Şekil 3b) için crypt altından hücrelerin sayısını saymak için bir yüksek güç büyütme (örneğin 20X veya 40X) kullanın.
   3. Apoptoz ^{22, 23.}
      1. Yöntem 1: el ile her crypt apoptotik hücre sayıları saymak için bir yüksek güç büyütme (. Örneğin 20X veya 40X) kullanın. Apoptotik hücreler, hücre büzüşmesi, kromatin yoğunlaşması, sitoplazmik kabarcıkların ve apoptotik cisimlerin (Şekil 3a) oluşumu ile tespit edilebilir.
      2. Yöntem 2: Bir IHC leke gerçekleştirin (bölüm 7) Kaspaz-3 manuel hücrelerin miktarının belirlenmesi için, her crypt pozitif hücrelerin sayısını yüksek büyütme ile (örneğin, 20X ya da 40X). Kullanarak, Tablo 2 tarif edilen koşullar kullanılarak. apoptoz yürütme aşaması.
   4. Mitoz.
      1. El ile her crypt mitotik hücrelerin sayısını saymak için bir yüksek güç büyütme (örneğin 20X veya 40X) kullanın. Mitotik hücre DNA örnekleri yoğunlaştırılır ve tipik olarak simetrik ve de (Şekil 3b) şekillendirilmişlerdir içerir.
   5. Çoğalma.
      1. Ki-67, Tablo 2'de tarif edilen koşullar kullanılarak bir IHC (bölüm 7) leke gerçekleştirin. El çoğalan kript hücrelerinin oranını ölçmek için pozitif hücrelerin sayısı.

Sonuçlar

Ah-CRE ISC Rekombinasyon Verimliliği karşılaştırılması ve Vil-Cre-ER ^T2 Sistemleri

Hasar Aşağıdaki bağırsak, ISCs içinde rekombinasyon verimliliği gerekli karakterizasyonu repopulating olarak, Paneth hücrelerinin rolünü değerlendirmek için bu CRE-lox sistemlerinin kullanılması. Rosa26R-lacZ koşullu muhabiri kullanarak biz ince bağırsak (Şekil 1a) 'de% 100 rekombinasyon ~ orada iki sistemde de 3 gün indüksiyon (dpi) sonrası ortaya koymuştur. QPCR rekombine alel mevcudiyeti ölçülmesi sistemleri arasında Cre ifade kalıpları farklılıklardan eleştirilmiştir edildi. Vil-Cre-ER ^T2 sistemi nedeniyle epitheli daha büyük bir oranda ekspresyonuna Ah-CRE sistemi ile karşılaştırıldığında rekombine alelin mevcudiyetinde bir 3.53 kat artış göstermiştir^16. Bunun üstesinden gelmek için bize doğrudan sistemlerini karşılaştırmak için izin farklı bir strateji benimsemiştir. Biz farklı indüksiyon rejimlerine ile fareler neden olduğu ve bu noktada LacZ pozitif kriptler ve villus ISC rekombinasyon olayı temsil 30 dpi çözünürlükte analiz. Bu yaklaşımı kullanarak aldığı gösterilmiştir vil-Cre-ER ^T2 kadar büyüktür başlangıç ​​rekombinasyon seviyelerine rağmen ISCs eşdeğer sayıda rekombine her iki sistemde de, (24 saat içerisinde 80 mg / kg IP teslim) verici ajan 3 enjeksiyon bölgesi Sistem ¹⁶ (Şekil 1b-d). Bundan başka, yeniden birleştirilen kript ekstrakte edilmiş DNA kullanılarak, rekombine alelleri için qPCR potansiyel nedeniyle Ah-CRE sistemi kullanılarak gözlenmemiştir Paneth hücreleri rekombinasyon için vil-Kretase ER ^T2 sistemi kullanılarak rekombinasyon anlamlı olmayan bir artış olduğunu gösterdi, (Şekil 1d). Dahası, epitel hücre tipleri için boyama indi vermediCate farklılaşma desen herhangi bir değişiklik incelenmiştir her hücre tipi için temsili görüntüleri Şekil 2e-2H'de gösterilmektedir.

Bağırsak Epiteli Karakterizasyonu CatnB Silme aşağıdaki

Crypt Kaybı Kantitasyonu

Bu Cre sistemlerinde rekombinasyon kinetik Karakterizasyonu ISCs eşdeğer sayıda recombined zaman fare bağırsak analiz etmemizi sağladı. LacZ muhabiri kullanarak her iki sistem 3 dpi (Şekil 2a) de recombined (mavi) hücreleri tam kaybı gösterdi. Daha önce üç gün CatnB silindikten sonra bildirildiği gibi vil-Cre-ER ^T2 fareler crypt / villus eksen ^13,16,24 (Şekil 2b-d) tamamen imha gösterdi oysa Ah-CRE fareler, kısmi kript kaybı gösterdi.

Epitel repopulation Dinamikleri

Birden parametre teknikleri, biz özelliği, yukarıda kullanarak bu gözlemi anlamak için bize sağlamaktır. Parametreleri ve hücre tipleri temsili görüntüleri 7 protokolleri kullanılarak analiz - 10 'da verilmektedir (Şekil 3a ve 3b). Kısaca, kript kaybı her iki sistemde (Şekil 3e) görüntülenen apoptoz yüksek seviyeleri ile tutarlıdır. Ancak mitoz, nükleer silahların yayılması, crypt hücresel yüksekliği, crypt ve anlatım (gösterilmemiştir) veri Ah-CRE sistemi un-recombined ISCs (Şekil 3c) tarafından muhtemelen nedeniyle kaybolmuş türlerin yeniden için geri verebilir belirtti. Yalın karşılaştırıldığında, vil-Cre-ER ^T2 epitel hücreleri crypt (Şekil 3d) istinat rağmen kurtarmak için başarısız oldu.

Crypt içindeki hücre fenotipleri Karakterizasyonu

Ah-CRE farelerin kriptler vil-Cre-ER ^T2 değil biz CatnB silinmesi sonra epitel hücreleri üç gün karakterize oysa yeniden doldurmak nedenini anlamak için. In situ hibridizasyon (bölüm 9) ve IHC analizi (bölüm 7, 8 ve 10) 'de kullanımıyla çok vil-Cre-ER ^T2 CatnB ^{flox / flox} farelerde kript hücreleri proliferatif olmayan olduğunu göstermiştir ISC işaretleyici Olfm4 ekspresyonunu yoksun Ah-CRE farelerde kriptalarının (Şekil 4c & f) benzemez. İlk karakterizasyon crypts rekombinasyon eşdeğer olduğunu göstermiştir gibi biz Paneth hücrelerinin rolünü incelemek için ilerledi. Bu β-katenin kaybetmiş hangi hücrelerin tespit etmek CatnB ve Lyz1 karşı çift floresan IHC yapıldı ve Paneth hücreleri (Şekil 5a-5c) olup olmadığı. Daha önce biz d açıklandığı gibitüm kript hücreleri vil-Cre-ER ^T2 sistemi kullanılarak hedef aldığını emonstrated. Buna karşılık Ah-CRE sistemi Paneth hücreleri ve villus epitel bağışladı. Daha fazla Paneth hücreleri sadece vil-Cre-ER ^T2 sistemi (Şekil 5d & 5e) kullanarak CatnB silindikten sonra apoptozise gözlendi idi.

Şekil 1: Ah-CRE ve Vil-Cre-ER ^T2 Sistemleri kullanılarak Bağırsak Epiteli içinde Özgünlük ve Cre / Füme Rekombinasyon Etkinliğinin Karşılaştırılması (a):. Wholemount küçük (SI Ah-CRE LacZ haberci ifadesinin Görselleştirme; * uzak ucu) ve büyük (LI, bir vahşi tip fare * uzak ucu). (b): 1 dpi recombined CatnB ^flox alel için QPCR gösteren kat değişikliğinin sonuçları Ah-CRE CatnB ^{flox / flox} (BNF kaynaklı) farklı indüksiyon rejimleri karşılaştırmak ve vil-Cre-ER ^T2 CatnB ^{flox / flox} (TAM kaynaklı ); * P <0.05 (Mann-Whitney [2-kuyruk] kontrol ile karşılaştırıldığında). (c) - (e).:. Wholemount ince bağırsak gösteren LacZ pozitif crypt 30 dpi Paneli (b) - (e) Parry ve arkadaşları ¹⁶ değiştirilmiş bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Şekil 2: Ah-CRE ve Vil-Cre-ER ^T2 Karşılaştırılması İnce barsak Epiteli de Şartlı silme CatnB (a) sistemler:. 3 gün boyunca Ah-CRE CatnB ^{flox / flox} LacZ ⁺ farelerde recombined hücrelerin Wholemount ince bağırsak gösteren kayıp. (b): 3 gün CatnB silindikten sonra kript kaybı miktarının belirlenmesi; * P <0.05 (Mann-Whitney [2-kuyruk] kontrol ile karşılaştırıldığında). (c & d): CatnB silindikten sonra crypts kaybını gösteren formalin sabit bağırsak Enine H & E bölümleri. (e) - (h) kontrol farelerinden elde edilen hücre tiplerine örnek: (e) ve entero-endocriine hücreleri, (f), goblet hücreleri, çekirdek B-katenin ve (h) sahip bir ISC (→) gösteren (g) CatnB IHC Paneth Hücreler. Panel (b) Parry ve ark. ¹⁶ güncellenmiştir. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

gether.within sayfa "her zaman" =>
Şekil 3: Fenotip başlangıçlı Karakterizasyonu İnce barsak Epiteli içinde ISCs Benzer Sayılarla Şartlı Silme CatnB için Ah-CRE ve Vil-Cre-ER ^T2 Sistemleri (a & b) H & E lekeli formalin sabit bölümler crypt yerini gösteren kullanırken. yükseklik ([), bir apoptotik (←) ve mitotik hücre (↓). Üç zaman noktasındaki (dpi) (c) kript yüksekliği, (d) mitoz ve (e) apoptoz yabani tip (mavi) ve CatnB ^flox (turuncu) fareleri arasındaki kript başına hücre ortalama sayısının nicelleştirilmesi (Hata çubukları standart sapmayı belirtir ). Panel (c) - Parry ve arkadaşları ¹⁶ değiştirilmiş (e).3429fig3large.jpg "target =" _ blank "> bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Şekil 4:. Ah-CRE ve 3 gün CatnB Ah-CRE kullanarak (AC) ya da silinmesi ardından İnce barsak Epithelia Epitel kript hücrelerinde Şartlı Silme CatnB için Vil-Cre-ER ^T2 Sistemleri kullanılarak ISC Özelliklerinin Karşılaştırılması mevzusundan CRE-ER ^T2 (df) sistemi. (a & d) crypt kaybı alanlarını gösteren H & E bölümü; (b & d) vil-Cre-ER ^T2 kullanılarak proliferatif hücrelerin Ki-67 İHK tasviridir kaybı; (c & f) Olfm4 yerinde Ah-CRE kullanılarak fonksiyonel ISCs varlığını gösteren. Panel (a) -. (f) Parry ve arkadaşları ¹⁶ değiştirilmiş bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Şekil 5: CatnB Silme Vil-Cre-ER ^T2 ve Ah-CRE Sistemleri kullandıktan sonra Paneth Hücrelerinin Karakterizasyonu (AC):. Paneth hücresi (kırmızı), B-katenin (yeşil) ve çekirdeği gösteren kriptalarının İmmünofloresan görüntüleri (mavi ), zarla bağlanmış β-katenin gösterir ok; Apoptotik hücreler Paneth gösteren Kaspaz-3 için (de) IHC vil-Cre-ER ^T2 sistemi için (e) 'de Ah-CRE (d)' de mevcut değildir fakat bulunmaktadır. Panel (a) - (e) 'den modifiye edilmişParry ve arkadaşları ^16. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Asetat tamponu	*	*	100 ml yapmak için: 4,8 mi 0,2 M asetik asit, 45.2 ml 0.2 M sodyum asetat, 50 ml damıtılmış su
Asetik asit	Fisher Scientific	C / 0400 / PB17
Asetik anhidrid	Sigma	A6404
Asetik anhidrid çözeltisi	*	*	0,1 M trietanolamin hidroklorür içinde 2 M asetik anhidrit
Alcian Mavi	Sigma	A5268
Alsiyan Blue PH 2.5	*	*	500 ml yapmak için: 15 ml asetik asit, 5 g Alcian Mavi ve 485 ml damıtılmış su
anti-digoksigenin antikor, alkalik fosfataz konjuge	Abcam	ab119345
B (P) -Naphthoflavone	Sigma	N3633	BNF bileşik çözeltiden düşecek şekilde bir çözüm çok soğumasına izin vermeden enjekte edilir. Çözelti yeniden kullanılabilir - deposu kullanımlar arasında, -20 ° C 'de iki kez, daha fazla yeniden ısıtma gerekmez.
Bloxall	Vektör Labs	SP-6000
Mor BM	Roche	11442074001
BSA	Sigma	A4503	Sığır serum albumini
Kloroform	Fisher Scientific	C / 4920/17
Sitrat Tampon / Antijen Maskesi Kaldırma Çözeltisi	Vektör Labs	'H-3300
Mısır yağı	Sigma	C8627
Demucifiying Çözelti	*	*	50 ml gliserol, 50 ml Tris 0.1 M pH8.8, 100 ml EtOH, (su içinde% 0.9 NaCI) 300 ml tuzlu su, DTT 1.7 g: 500 ml için. Demucifying çözelti, önceden yapılan depolanmıştır ancak DTT inkübasyon (340 mg / 100 mi) ilave edilmeden önce kaçınılmalı edilebilir.
DEPC ile işlenmiş su	Life Technologies	750.023
DTT	Sigma	101509944
EDTA	Sigma	O3690	0.5 M
Etanol	Fisher Scientific	E / 0650DF / 17
Filtre kağıdı	Whatman	3000917
Formaldehit	Sigma	F8775
Formalin	Sigma	SLBL11382V	Nötr tamponlu formalin
Formamid	Sigma	F5786
Glutaraldehid	Sigma	G6257
H2O 2	Sigma	216.763
Hematoksilen	Raymond A Kuzu	12698616
HBSS	Gibco	14175-053	HBSS (-MgCl2 +; -CaCl2)
Hibridizasyon tamponu	*	*	5 x SSC,% 50 formamid, 5% SDS, 1 mg / ml heparin, 1 mg / ml sığır karaciğeri tRNA
Hidrokinon	Sigma	H9003
ImmPACT DAB Peroksidaz	Vektör Labs	SK-4105
Immpress HRP anti-fare IgG Kiti	Vektör Labs	MP-7402
Immpress HRP Anti-Tavşan IgG Kiti	Vektör Labs	MP-7401
Bağırsak doku tozu	*	*	5, yetişkin farelerin ince bağırsak birleştirildi ve buz gibi soğuk PBS minimum hacimde homojenleştirildi. Buz içinde soğutulmuş aseton 4 hacim, iyice karıştırıldı ve 30 dakika süreyle buz üzerinde inkübe edildi homojenize bağırsak, ilave edildi. Bu santrifüj edildi ve pellet buz soğuğu aseton kullanılarak yıkanır. Bu da santrifüj edildi ve elde edilen pelet, filtre kağıdı üzerine yayılır ve kurumaya bırakılır. Bir kez tamamen malzeme, bir havan ve tokmağı kullanarak ince bir toz halinde öğütülmüştür kurutun.
K-ferrisiyanür	Sigma	P-3667
K-ferrosiyanür	Sigma	P3289
Levamisole	Sigma	L0380000
Metakarn	*	*	% 60 metanol:% 30 kloroform:% 10 Asetik asit
Metanol	Fisher Scientific	M / 4000/17
MgCl2	Sigma	M8266
Normal keçi serumu	Vektör Labs	S-1012	NGS
Normal tavşan serumu	Dako	X0902	NRS
NTMT	*	*	100 mM NaCI, 100 mM Tris HCI, 50 mM MgCI2,% 0.1 Tween 20, 2 mM Levamisole
PAP kalem	Vektör	'H-400
Paraformaldehit	Sigma	P6148
PBT	*	*	0,5 M NaCl, 10 mM TrisHCL pH 7.5,% 0.1 Tween 20
Penisilin / Streptomisin	Gibco	15140-122	100x solutiuon.
Fosfat tamponlu tuz (10x)	Fisher Scientific	BP3994	1x yapmak için damıtılmış su ile seyreltilmiş, 1:10
PLL slaytlar	Sigma	P0425-72EA	Poli-L-lisin mikroskop dilimleri
Proteinaz K	Sigma	P2308
Proteinaz K solüsyonu	*	*	50 mM Tris, 5 mM EDTA, 200 ug / ml'de Proteinaz K ile seyreltilir.
Ralwax	BDH	36154 7N
Redüktör Çözümü	*	*	1 g hidrokinon, 5 g sodyum sülfit ve 100 ml damıtılmış su: 100 ml yapmak için
RnazA	Sigma	R6148
Tuzlu	*	*	Damıtılmış su içinde% 0.9 NaCl
SDS	Sigma	I3771
Koyun serumu	Sigma	S3772
Gümüş nitrat	Sigma	S / 1240-1246
Gümüş çözeltisinin	*	*	10 ml asetat tamponu, 87 ml distile su, 3 ml% 1 gümüş nitrat: 100 ml yapmak için
Sodyum asetat	Fisher Scientific	S / 2120/53
Sodyum klorit	Sigma	S6753	NaCl
Sodyum sülfit	Sigma	239.321
SSC	Sigma	93.017	20x tuzlu sodyum sitrat
Cerrahi bant	Fisher Scientific	12960495
Tamoksifen	Sigma	T5648	TAM, bileşik çözeltiden düşecek şekilde çözüm çok soğumaya izin vermeden enjekte. Çözelti yeniden kullanılabilir - deposu kullanımlar arasında, -20 ° C 'de iki kez, daha fazla yeniden ısıtma gerekmez.
TBS / T	Hücre Sinyal	# 9997
Triethanolamin hidroklorür	Sigma	T1502
Tris-HCl	Invitrogen	15567-027
Tween20	Sigma	TP9416
VectaMount	Vektör Labs	'H-5000
Vectashield Hardset DAPI ile Orta montaj	Vektör Labs	'H-1500
ABC Kit Vectastain	Vectya Labs	PK-4001
X-gal	Promega	V3941
X-gal sabitleştirici	*	*	% 2 formaldehit, 1xPBS içinde% 0.1 glutaraldehit
X-gal leke	*	*	X-gal leke; 50 ml B çözeltisi (0.214 g MgCI2, 0,48 g K-ferrisiyanür 500 ml PBS içerisinde 0.734 g K-ferrosiyanür) 'de 200 ul X-gal (A). Çözelti B, 4 ° C'de önceden Oin hazırlanır ve saklanabilir
Ksilen	Fisher Scientific	X / 0200/21

Tablo 1: Materyaller ve Metotlar

RT'de d> 1/200, 30 dakika

Hedef	beta-katenin	Lizozim	Ki67	Kaspaz-3	Villin
Birincil Ab Ticaret kaynağı	Transduction Labs	Neomarkers	Vektör Labs	R & D Systems	Santa Cruz
Katalog Numarası	610.154	RB-372	VP-K452	AF835	SC-7672
İlköğretim Ab kaldırdı	Fare (mAb)	Rabbit (pAb)	Fare (mAb)	Rabbit (pAb)	Keçi (pAb)
Antijen alma	Kaynar su banyosu / Sitrat Tampon	Kaynar su banyosu / Sitrat tamponu	Kaynar su banyosu / Sitrat tamponu	Kaynar su banyosu / Sitrat tamponu	Kaynar su banyosu / Sitrat tamponu
Peroksidaz bloğu	Bloxall ya da% 2 H2O 2, 45 saniye	Bloxall veya% 1.5 H2O 2, 30 dakika	Bloxall veya% 0.5 H2O 2, 20 dak	Bloxall ya da% 2H2O 2, 45 saniye	Bloxall ya da% 3 H2O 2, 20 dak
Serum bloğu	% 1 BSA, 30 dakika	% 10 NGS, 30dk	% 20 NRs, 20 dakika	% 10 NGS, 45 dakika	10% NRs, 30 dakika
Yıkama tamponu	PBS	TBS / T	TBS / T	PBS	TBS / T
Birincil Ab Koşulları	1/300, oda sıcaklığında 2 saat	1/100, 1 saat oda sıcaklığında	1/50, 1 saat oda sıcaklığında	1/750, o / n 4 ° C 'de	1/500, 1 saat oda sıcaklığında
İkincil antikor	Immpress HRP anti-fare IgG Kiti	Immpress HRP Anti-Tavşan IgG Kiti	Biyotinile edilmiş tavşan anti-fare	Biyotinile edilmiş Keçi anti-Tavşan	Biyotinile edilmiş tavşan anti keçi
İkincil Ab Koşulları	Oda sıcaklığında 1 saat	Oda sıcaklığında 30 dakika	RT'de 1/200, 30 dakika	RT'de 1/200, 30 dakika
Sinyal büyütme	N / A	N / A	ABC kiti	ABC kiti	ABC kiti
Sinyal algılama	ImmPACT DAB Peroksidaz	ImmPACT DAB Peroksidaz	ImmPACT DAB Peroksidaz	ImmPACT DAB Peroksidaz	ImmPACT DAB Peroksidaz
Floresan antikor	Alexafluor 488	Alexafluor 594	N / A	N / A	N / A
İmmünofloresan Özellikleri	Uyarma Max 488 / Emisyon Max 525	Uyarma Max 595 / Emisyon Max 617
Ortak Filtre Seti	FITC	Texas Red

İçerik "> Tablo 2: İHK Antikorlar ve Koşullar

Tartışmalar

Genler ve hücrelerin fonksiyonunu incelemek için koşullu CRE-LOX transgenik fareler kullanılarak yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Bu modeller belirlemek ve tanımlamak kök hücreleri ^2,4-6 ve hastalık ²⁵ rollerini anlamak için bağırsaklarda büyük bir başarı ile kullanılmaktadır. Tam bu modeller yararlanmak için doğru yorumlanmalıdır verileri sağlamak için sistemin kapsamlı bir karakterizasyonu gerektirir. Bu sistemlerin tam anlaşılması nedeniyle genleri nadiren yalnız hücre tipi veya konumu, biyolojik bilgi ve Cre ifadesini uyarmak için kullanılan sistemlerin verimsizlik eksikliği özgü olmasının elde etmek zordur. Burada açıklanan yöntemler deneysel tasarım ve mevcut bilginin uygulanması yoluyla bu sorunları aşmak nasıl gösterilmektedir. Burada sunulan genel ve muri araştıran herhangi araştırma için istismar edilebilir teknikler belirli bir araştırma soruyu cevaplamak için bu yöntemleri kullanmasına rağmenne bağırsak.

Bağırsak Doku Hazırlanması

Sağlam sonuçlar sağlamaya yönelik önemli bir adım kesinlikle uyulması zamanında bir şekilde ve tespit protokollerinde işlenmesi gereken doku hasat ve işleme. Hemen hemen tüm önemli konular aşağı doku kuruma ve / veya eksik fiksasyonu ile ilişkili eserler isnat edilebilir. Zamanlama doku mimarisi ve / veya nükleik asitlerin ve proteinlerin bozulmasını önlemek için çok önemlidir. Eksik veya overzealous tespit histokimyasal çözünürlük kaybına neden olabilir. Yeterli zaman veya fiksatif penetrasyon İHK analizi üzerine bir "gelgit işareti" olarak görülebilir bağırsak kriptlerin içinde çözünürlük kaybına neden olabilir izin vermek için çok kalın bölümlere bağlı Eksik tespit. Bundan başka, nükleer β-katenin hemen yanlısı sürece çekirdeğin dışına dağılacaktır gibi tespit, çok uzun süre uzatmak etmediğini önemlidirulaşıldığı ve formalin fiksasyonu aşağıdaki gömülü balmumu.

ISC Niche Paneth Hücrelerinin Rolü

Burada sunulan veriler etkili bir ISC kaybını takiben yetişkin bağırsakta kript rejenerasyonu Paneth hücrelerinin önemini göstermektedir. Ancak orada Ah-CRE o vil-Cre-ER ^T2 hedefleri ISCs nüfusu yedek ihtimalini kalmıştır. Tian ve diğ. ²⁶ zarif Lgr5 ^hi ISCs Lgr5 ^lo karşılık ISCs nüfusu ile ikame edildiğini göstermiştir. Şimdi bu ISCs nedeniyle rezerv nüfus salgı hücre öncüleri ^6,7 olarak tespit edilerek için Ah-CRE sisteminde bağışladı olduğu muhtemel görünüyor. ISC duruma dönmek için gerektiğinde bu salgı hücre öncüleri destekleyen olgun Paneth hücrenin önemi cevaplanması gereken kalır. Paneth hücrelerinin I teşkil gibiSC niş ^{8 ve} onların hemşirelik işlevleri kendi öncüleri uzatmak olasıdır kalır kalori alımı ^{27 ve} inflamasyon ²⁸ ISC yanıtlarını düzenlenmesinde rol oynamaktadır.

Yeni Yaklaşımlar ve Teknoloji Etkili Model İnsan Kolorektal Kanser için

ISC keşfi şimdi Clarke ve diğerleri tarafından gözden ⁹ barsak biyoloji ve hastalık, gen ve hücre rollerini araştırmak için yeni fare modelleri oluşturmak için kullanılan genlerin belirlenmesine yol açmıştır. Bu teknik için tek sınırlama, Cre proteinini ifade etmek için genlerin tanımlanmasıdır. Şu ISCs rutin Lgr5 gen ekspresyon modeline göre koşullu transgenik fareler kullanılarak incelenmiştir. Lgr5 promoterinden Cre ifade Fareler aPC, en yaygın olarak kolorektal kanserde mutasyona uğramış gen (CRC silmek için kullanılmıştır), Orijin ²⁵ hücre olarak ISC gösteren. Seçerek silme bu hücrelerde diğer CRC genleri hastalığın ilerlemesi içgörü sağlanması ve yayılır örneğin. PTEN ^29. ISC işlevi ayrıntılı fikir özellikle ablasyon Lgr5 insan difteri toksini reseptörü kullanılarak farelerde hücrelerin -expressing tarafından alındığını (DTR) geninin Lgr5 içine lokusu ²⁶ çaldı. Diğer stratejiler mutant proteinlerin ³⁰ devam eden geri dönüşümlü ifadesini sağlayan Tet-O sistemi kullanın. Farklı hücreler ³¹ ve yerlerde ^32,33 yılında gen (ler) değiştirmek için bu araçları kullanarak kanser başlatmak nasıl anlamak, ilerleme ve ³⁴ metastaz için kullanılır. Alternatif uyuyan güzellik transpozon sistemi kullanılarak mutajenez ÇHS yeni sürücüleri tespitidir. Farelerde, teknikleri ve genetik değişim stratejileri sürekli gelişimi daha sabırlı, ilgili modeller geliştirmeye devam ediyor.

Yeni methods bağırsak epitel ve ISCs karakterizasyonu için geliştirilmiştir. Akış kullanılarak elde edilebilir epitel hücre tiplerinin oranı karakterizasyonu sitometri Lektin ve CD24 ³⁵ farklı ekspresyonu göre. Potansiyel büyük anlayış ISC biyolojide kaydedilen ilerleme ve hastalık rolleri ex vivo organoid kültür sistemi kullanılarak ³⁶ yapılacaktır. Bu sistem, bu çoğaltma ve fizyolojik olarak daha uygun bir şekilde ayırt 3B, kültür normal ve habis ISCs sağlar. Bu kişiselleştirilmiş tıp ³⁷ önünü, in vitro hasta örnekleri üzerinde ilaçların doğrudan test sağlayacak umulmaktadır.

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Acetate buffer	*	*	To make 100 ml: 4.8 ml 0.2 M Acetic acid, 45.2 ml 0.2 M Sodium acetate & 50 ml distilled water
Acetic acid	Fisher Scientific	C/0400/PB17
Acetic anhydride	Sigma	A6404
Acetic anhydride solution	*	*	2 M Acetic anhydride in 0.1 M triethanolamine hydrochloride
Alcian Blue	Sigma	A5268
Alcian Blue pH 2.5	*	*	To make 500 ml: 15 ml acetic acid, 5 g Alcian Blue & 485 ml distilled water
anti-digoxigenin alkaline phosphatase conjugated antibody	Abcam	ab119345
B(beta)-Naphthoflavone	Sigma	N3633	BNF, inject without allowing the solution to cool too much as compound will drop out of solution. Solution can be re-used – store at -20 °C between uses, do not reheat more than twice.
Bloxall	Vector Labs	SP-6000
BM purple	Roche	11442074001
BSA	Sigma	A4503	Bovine serum albumin
Chloroform	Fisher Scientific	C/4920/17
Citrate Buffer/Antigen Unmasking Solution	Vector Labs	H-3300
Corn oil	Sigma	C8627
Demucifiying solution	*	*	For 500 ml: 50 ml glycerol, 50 ml Tris 0.1M pH8.8, 100 ml EtOH, 300 ml saline (0.9% NaCl in water), DTT 1.7 g.  Demucifying solution can be made in advance and stored, but DTT sholud be added just before incubation (340 mg/100 ml).
DEPC treated water	Life Technologies	750023
DTT	Sigma	101509944
EDTA	Sigma	O3690	0.5M
Ethanol	Fisher Scientific	E/0650DF/17
Filter paper	Whatman	3000917
Formaldehyde	Sigma	F8775
Formalin	Sigma	SLBL11382V	Neutral buffered formalin
Formamide	Sigma	F5786
Glutaraldehye	Sigma	G6257
H2O2	Sigma	216763
Haematoxylin	Raymond A Lamb	12698616
HBSS	Gibco	14175-053	HBSS (-MgCl2+; -CaCl2)
Hybridisation buffer	*	*	5× SSC, 50% formamide, 5% SDS, 1 mg/ml heparin, 1 mg/ml calf liver tRNA
Hydroquinone	Sigma	H9003
ImmPACT DAB Peroxidase	Vector Labs	SK-4105
Immpress HRP Anti-Mouse IgG Kit	Vector Labs	MP-7402
Immpress HRP Anti-Rabbit IgG Kit	Vector Labs	MP-7401
Intestinal tissue powder	*	*	The small intestines of 5 adult mice were combined and homogenised in the minimum volume of ice cold PBS. 4 volumes of ice cold acetone were added to the homogenised intestine, which was mixed thoroughly and incubated on ice for 30 min. This was centrifuged and the pellet was washed using ice cold acetone. This was further centrifuged and the resulting pellet spread onto filter paper and allowed to dry. Once thoroughly dry the material was ground to a fine powder using a pestle and mortar.
K-ferricyanide	Sigma	P-3667
K-ferrocyanide	Sigma	P3289
Levamisole	Sigma	L0380000
Methacarn	*	*	60% Methanol:30% Chloroform:10% Acetic acid
Methanol	Fisher Scientific	M/4000/17
MgCl2	Sigma	M8266
Normal goat serum	Vector Labs	S-1012	NGS
Normal rabbit serum	Dako	X0902	NRS
NTMT	*	*	100 mM NaCl, 100 mM Tris HCl, 50 mM MgCl2, 0.1% Tween20, 2 mM Levamisole
PAP pen	Vector	H-400
Paraformaldehyde	Sigma	P6148
PBT	*	*	0.5 M NaCl, 10 mM TrisHCL pH7.5, 0.1% Tween 20
Penicillin/Streptomycin	Gibco	15140-122	100x solutiuon.
Phosphate buffered saline (10x)	Fisher Scientific	BP3994	Dilluted 1:10 with distilled water to make 1x
PLL slides	Sigma	P0425-72EA	Poly-L-lysine microscope slides
Proteinase K	Sigma	P2308
Proteinase k solution	*	*	Dilute Proteinase K at 200 µg/ml in 50 mM Tris, 5 mM EDTA.
Ralwax	BDH	36154 7N
Reducer Solution	*	*	To make 100 ml: 1 g Hydroquinone, 5 g sodium sulphite & 100 ml distilled water
RnaseA	Sigma	R6148
Saline	*	*	0.9% NaCl in distilled water
SDS	Sigma	I3771
Sheep serum	Sigma	S3772
Silver nitrate	Sigma	S/1240/46
Silver solution	*	*	To make 100 ml: 10 ml Acetate buffer, 87 ml distilled water, 3 ml 1% silver nitrate
Sodium acetate	Fisher Scientific	S/2120/53
Sodium Chloride	Sigma	S6753	NaCl
Sodium sulfite	Sigma	239321
SSC	Sigma	93017	20x saline sodium citrate
Surgical tape	Fisher Scientific	12960495
Tamoxifen	Sigma	T5648	TAM, inject without allowing the solution to cool too much as compound will drop out of solution. Solution can be re-used – store at -20 °C between uses, do not reheat more than twice.
TBS/T	Cell Signalling	#9997
Triethanolamine hydrochloride	Sigma	T1502
Tris-HCL	Invitrogen	15567-027
Tween20	Sigma	TP9416
VectaMount	Vector Labs	H-5000
VectaShield Hardset mounting Medium with DAPI	Vector Labs	H-1500
Vectastain ABC Kit	Vector Labs	PK-4001
X-gal	Promega	V3941
X-gal fixative	*	*	2% formaldehyde, 0.1% glutaraldehyde in 1x PBS
X-gal stain	*	*	X-gal stain; 200 μl X-gal (A) in 50 ml solution B (0.214 g MgCl2, 0.48 g K-ferricyanide, 0.734 g K-ferrocyanide in 500 ml PBS).  Solution B can be made up oin advance and stored at 4 °C
Xylene	Fisher Scientific	X/0200/21