Analyse de l’hérédité épigénétique transgénérationnelle chez C. elegans à l’aide d’un rapporteur fluorescent et de l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)

L’héritage épigénétique transgénérationnel (TEI) permet la transmission d’informations à travers la lignée germinale sans modifier la séquence du génome, par le biais de facteurs tels que les ARN non codants et les modifications de la chromatine. Le phénomène d’hérédité par interférence ARN (ARNi) chez le nématode Caenorhabditis elegans est un modèle efficace pour étudier la TEI qui tire parti du court cycle de vie, de l’auto-propagation et de la transparence de cet organisme modèle. Dans l’hérédité de l’ARNi, l’exposition des animaux à l’ARNi entraîne un silençage génique et une altération des signatures de la chromatine au locus cible qui persistent pendant plusieurs générations en l’absence du déclencheur initial. Ce protocole décrit l’analyse de l’hérédité de l’ARNi chez C. elegans à l’aide d’un rapporteur de protéine fluorescente verte nucléaire (GFP) exprimée par la lignée germinale. Le silençage des rapporteurs est initié par l’alimentation des animaux avec des bactéries exprimant de l’ARN double brin ciblant la GFP. À chaque génération, les animaux sont passés pour maintenir un développement synchronisé, et le silençage des gènes rapporteurs est déterminé par microscopie. À certaines générations, les populations sont prélevées et traitées pour l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) et la réaction en chaîne par polymérase quantitative (qPCR) afin de mesurer l’enrichissement en modification des histones au locus rapporteur de la GFP. Ce protocole d’étude de l’hérédité de l’ARNi peut être facilement modifié et combiné avec d’autres analyses pour étudier plus en détail les facteurs TEI dans les petites voies de l’ARN et de la chromatine.