Klor izotopları, ^35Cl ve ^37Cl olarak 3:1 oranında bulunurken, brom izotopları ^79Br ve ^81Br olarak 1:1 oranında bulunur. Alkil halojenürlerin kütle spektrumları tipik olarak iki farklı moleküler iyon piki üretir. Bunlar, moleküler iyon piki [M] ve moleküler iyon artı iki piki [M + 2]’dir. Bu iki pik arasındaki bağıl yükseklikler, halojenin izotop bolluk oranlarına orantılıdır. Örneğin, 2-kloropropan ve 1-bromopropan, sırasıyla 3:1 ve 1:1 oranında bağıl pik yüksekliklerine sahip iki pik sergiler.

Alkil halojenürler genellikle moleküler iyonları oluşturmak için halojenden bağlanmamış bir elektron kaybeder. Temel pik, karbon–halojen bağının heterolitik kırılmasından kaynaklanır; burada bağlanmış elektronlar en elektronegatif atoma gider ve bu da bir katyon ve halojen atomu oluşturur. İlginç bir şekilde, ⍺-bozunma yalnızca alkil klorürlerde görülürken, alkil bromürlerde gözlemlenmez. Alkil klorürlerinde, C–Cl ve C–C bağları benzer kuvvetlere sahipken, alkil bromürlerinde C–Br bağının kuvveti, C–C bağından daha zayıftır. Sonuç olarak, alkil klorürleri, pozitif yükün iki atom arasında paylaşıldığı stabil bir katyon oluşturur.

Daha az yaygın olarak tartışılan floroalkanlar ve iodoalkanlar, kendilerine özgü fragmentasyon davranışı sergiler. Floroalkanlar, C–F bağının gücü ve yalnızca bir izotopun (^19F) bulunması nedeniyle sınırlı bir fragmentasyon gösterir ve izotop piklerinden yoksundur. Iyodoalkanlar ise zayıf C–I bağları ve tek bir izotop (^127I) ile, çoğunlukla iyot kaybederek fragmentasyona uğrarlar ve bu da daha basit spektrumlar ve daha az izotopik bölünme ile sonuçlanır.