Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliği gereklidir. Oturum açın veya ücretsiz deneme sürümünü başlatın.
Method Article
* Bu yazarlar eşit katkıda bulunmuştur
Burada bir bütün montaj floresan tarif In situ hibridizasyon (FISH) protokolü, Drosophila melanogaster.
Bir gen, hem de kendi RNA transkripsiyonu hücre içi lokalizasyonu özellikleri, salgılama modelini değerlendirilmesi gelişme sırasında biyolojik işlevlerini anlamada için önemli özellikleri vardır. In situ hibridizasyon RNA (RNA-ISH) RNA dağılımı özelliklerine görselleştirmek için kullanılan güçlü bir yöntemdir, organizmalar, hücresel ya da hücre içi düzeylerinin 1 olması. RNA-ISH bir mRNA veya ilgi içinde bir 2 kodlayıcı olmayan RNA hedef sekansına tamamlayıcı bir etiketli nükleik asit sondası (örneğin, antisens RNA, oligonükleotidler) ve hibridizasyon dayanmaktadır. Işlem dizi spesifik prob oluşturmak için tek başına birincil sıralama bilgisinin gerektirdiği gibi, evrensel organizmalar ve doku örnekler, 3, geniş bir alanda uygulanabilir. Gerçekten de, büyük ölçekli ISH çalışmalar bir dizi gen ekspresyon belgelemek ve çeşitli model organizmaların yerelleştirme dinamikleri RNA uygulanan edilmiştir hangi yol açtıönemli topluluk kaynaklarını 4-11 kurulması. Prob etiketleme ve algılama çeşitli stratejiler yılda geliştirilmiş olmasına rağmen, floresan-etiketli algılama reaktifler ve enzimatik sinyal amplifikasyon adımlar kombine kullanımı prosedürü 12 hassasiyet ve çözünürlük önemli iyileştirmeler sunuyor. Burada sahnelenen Drosophila embriyolar RNA ekspresyonu ve lokalizasyonu dinamikleri görselleştirmek için tyramide sinyal amplifikasyon (TSA) kullanılarak in situ hibridizasyon metodu (FISH), optimize edilmiş floresan tarif. Işlem çok sayıda numune eş zamanlı olarak işlem kolaylaştırır 96-kuyulu plaka PCR formatında gerçekleştirilir.
1. RNA Prob Hazırlanması
Genel Bakış: Aşağıdaki bölümde FISH için uygundur digoxigenin (Dig) etiketli RNA problar yapmak için gereken adımları açıklar. İlk adım, bir klonlama ya da dizi spesifik prob oluşturmak için kullanılacak bir ilgi geninin transkripsiyonu bölgeye karşılık gelen bir dizi yükselterek PCR ile yapılır. Bu, çoklu klonlama sitesi sonra oluşturulmuş arttırıcı dizileri dahil komşu primerler kullanılarak PCR için bir şablon olarak hizmet edebilir bakteriyofaj promotör elemanları (T7, T3 ya da SP6) ile takviye edildiği bir plazmid içine ilk klonlama gen segmenti ile elde edilebilir böylece her bir uç (Şekil 1A) farklı promotor sekansları olan bir doğrusal PCR ürünü üreten. : Alternatif olarak, klonlama aşaması önlemek için, bir de genomik DNA ya da cDNA, T3, T7, ya da 5 'uçlarında SP6 dizileri (örneğin, T7 içeren oligonükleotidler kullanılarak PCR amplifikasyon gerçekleştirebilir5'-TAATACGACTCACTATAGGGAGA-3 '; T3: 5'-AATTAACCCTCACTAAAGGGAGA-3'; SP6: 5'-ATTTAGGTGACACTATAGAAGAG-3 '). Doğrusal PCR ürünleri daha sonra çalıştırmak mahsus uygun polimerazı (Şekil 1B) ile in vitro olarak transkripsiyonu ile DIG-labeled duyu veya antisense RNA probları sağlamak için şablon olarak kullanılır. Belirli genler için problar yaparken, biz FISH sinyal spesifitesi (yani faiz gen antisens yönde transkripsiyonu sürece değerlendirmek için yararlı olacak farklı polimerazlar kullanılarak duygusu ve antisens RNA problar hem hazırlanması tavsiye, sense RNA probu ortaya çıkaracaktır arka sinyal seviyesi). Aşağıdaki adımların tümünü, bir (örneğin su, ilk% 70 etanol veya ticari RNAse dekontaminasyon çözümleri ile tüm tezgah alanları ve ekipmanın temizlik ve RNAse-ücretsiz kaynakları kullanarak kirletici ribonükleazlar (RNaz) tarafından potansiyel düşüşü önlemek için büyük özen ipuçları, mikrosantrifüj tüpleri).
Anneterials
Ekipman
2. Drosophila embriyolar toplanması ve Fiksasyon
Genel Bakış: Bu bölümde sahnelenen Drosophila embriyo toplama ve işleme için gereken adımları açıklar. Ihtiyaç duyulan embriyo sayısına bağlı olarak, farklı büyüklükte sinekler nüfus kafesler içinde muhafaza edilebilir. Koleksiyonları 100mm elma suyu toplama plakaları kullanılarak 900 cm 3 silindirik kafesler kullanılarak yapılır için aşağıdaki adımlar vardır. Uygun fiksasyon embriyo çevreleyen iki koruyucu katmanlarının çıkarılması gerekir: Dış koryon ve iç Vitelline zar 13. Bir kez hasat edilir, embriyolar birinci koryon çıkarmak için% 50 ağartıcı çözelti ile yıkanmış, daha sonra da heptan (vitellin zar permeabilizes) ve PBS% 3.7 formaldehit ihtiva eden ihtiva eden bir iki fazlı çözelti içinde karıştırılır. Vitellin zar sonra kırık ve heptan ile metanol ve bifazik bir karışım içine embriyo transfer ile ortadan kaldırılmaktadır. Uygun embriyo fiksasyon ve vitellin membran çıkarılması mansap FISH prosedürünün başarısı için kritik öneme sahiptir.
Malzemeler
Ekipman
3. Post-fiksasyon İşleme, Hibritleşme ve Post-hibridizasyon Yıkama
Genel Bakış: BALIK Bu bölüm detayları embriyo permeabilization için işlem adımları önceden, öncesi melezleme,RNA problar ve post-hibridizasyon yıkar ile hibridizasyon. İlk permeabilization adımlar için embriyolar tek bir tüp (aşağıdaki adımları 1-9, yerleşmiş embriyo / numune 10-15 ul amaçlayan) bir havuz olarak işlenir, ancak bir 96-PCR plate bireysel kuyulara aliquoted edilir Ön hibridizasyon adım (Adım 10) ile devam etmeden önce. Bu deney ilk aşamalarında bile her embriyo tedavi edilmesine yardım eder. Bir BALIK deney kurarken, bireysel deneylerde arka sinyal seviyesini belirlemek için negatif kontroller dahil etmek önemlidir. Bunun için bölüm 1, tipik bir 'no-prob' koşulu ile karşılaştırılabilir bir sinyal verecektir 'anlamda' RNA probu ile melez bir örnek belirtildiği gibi, 'no-prob' numune dahil tavsiye ve.
Malzemeler:
Ekipman
4. Prob Algılama
Genel Bakış: Bu bölümde RNA prob sinyali aşağıdaki hibridizasyon dağılımını tespit etmek ve görselleştirmek için kullanılan antikorlar ve algılama reaktifler açıklar. Bu adımlar, Şekil 2, şematik olarak açıklanmaktadır. İşte biz güçlü sinyal amplifikasyon için kullandığınız standart saptama reaktifleri yalnızca mevcut, ancak protein-RNA çift için aynı anda farklı RNA'lar co-algılamak için çift BALIK deneyler özellikle çeşitli alternatifler olarak kullanılabilirler ticari reaktifler, orada var boyama. Bu protokol ile elde edilen sonuçlar örnekleri Şekil 3 mRNA / lokalizasyon desen mozaik görüntülenir.
Malzemeler
Ekipman
Başarıyla yapıldığında, bu işlem erken Drosophila embriyogenez sırasında gen ekspresyonu ve mRNA lokalizasyonu dinamiklerinin uzay-zamansal analiz içerisinde detaylı bir çarpıcı gelişmiş seviyede sunuyor. Klasik çift-kural gen bücür (run) için Şekil 3A'da gösterildiği gibi, aslında tek çekirdekler ifade gruplarında henüz olgunlaşmamış transkript odaklarının tespiti yoluyla gen ekspresyonu olayları gözlemlemek için bu protokolü kullanabilirsiniz. ...
Prob sentez adımlar için, biz genellikle Drosophila Gen Koleksiyonu (DGC), aşağıdaki web sitesinden ayrıntılı bir kaynak bulunan plazmidler amplifiye tam uzunlukta Drosophila DNA'larının in vitro transkripsiyon tarafından işletilen-off antisens RNA problar oluşturmak: http://www .fruitfly.org / DGC / index.html 14,15. Bu yaklaşım sinek embriyolar 9,16 haritalama gen ekspresyonu ve mRNA...
Çıkar çatışması ilan etti.
Lecuyer laboratuarda yürütülen çalışmalar Ulusal Bilimler ve Kanada'nın Mühendislik Konseyi (NSERC), Sağlık Araştırması (CIHR) ve Fonds de Recherche en Santé du Québec (FRSQ) ve Kanada Enstitüsü fon tarafından desteklenmektedir. Carole Iampietro Angelo PIZZAGALLI doktora sonrası dostluk tarafından destekleniyor ise Fabio Alexis Lefebvre ve Gaël Moquin-Beaudry'den, NSERC lisans araştırma studentships tarafından desteklenmektedir.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Reaktif Adı | Şirket | Katalog Numarası | Yorumlar (isteğe bağlı) |
T7, T3 veya SP6 RNA Polimeraz | Fermentas Yaşam Bilimleri | EP0101, EP0111, EP0131 | Kitler reaksiyon tamponu içerir. |
DIG RNA Etiketleme Mix | Roche Uygulamalı Bilimler | 11 277 073 910 | |
RNAguard | Amersham Biosciences | 27-0816-01 | |
3M sodyum asetat | |||
Soğuk% 100 etanol. | |||
Soğuk% 70 etanol. | |||
Klor ağartıcı çözelti su ile 1:1 seyreltilmiştir. | |||
Heptan | |||
Metanol | |||
proteinaz K | Sigma Aldrich Oakville, ON, Kanada | Katalog No P2308 | |
% 40 formaldehit solüsyonu, taze hazırlanmış | |||
PBS-Tween solüsyonu (PBT) | 1xPBS,% 0.1 Tween-20 | ||
Glisin çözümü | PBT içinde 2 mg / ml glisin | ||
Monoklonal HRP-konjüge fare anti-DIG | Jackson Immunoresearch Laboratories Inc | 200-032 - 156 | (PBTB içinde bir 1 mg / ml stok çözeltisi 1/400 seyreltme |
HRP-eşlenikli koyun anti-DIG monoklonal | Roche Uygulamalı Science, Laval, QC | 1 207 733 | PBTB stok solüsyonu 1/500 dilüsyon |
Biotin-konjüge fare monoklonal anti-DIG | Jackson Immunoresearch Laboratories Inc, West Grove, PA, USA | 200-062-156 | (PBTB içinde bir 1 mg / ml stok çözeltisi 1/400 seyreltme |
Streptavidin-HRP konjugat | Moleküler Probları, Eugene OR, ABD | S991 | (Bir 1 ug / ml stok, 1/100 seyreltme |
Bu JoVE makalesinin metnini veya resimlerini yeniden kullanma izni talebi
Izin talebiThis article has been published
Video Coming Soon
JoVE Hakkında
Telif Hakkı © 2020 MyJove Corporation. Tüm hakları saklıdır