DNA Hasar Bölgelerindeki Proteinleri Lokalize Etmek için Yakınlık Ligand Testi

DNA hasar tepkisi, genom stabilitesini ve bütünlüğünü koruyan hücresel bir sistemdir. Bu süreçteki işlev bozuklukları kanser, yaşa bağlı hastalık ve kronik inflamasyon gibi çeşitli hastalıklara neden olur. Amacımız, terapötik entegrasyon için alternatif hedeflerin belirlenmesine izin veren bu süreçte işbirliği yapan proteinleri belirlemektir.

Bir proteinin DNA hasar tepkisine katılımını karakterize etmek için, genellikle DNA hasarının bir belirteci olan H2AX histonunun fosforile formu ile immünofloresan çalışmaları uygulanır. Ayrıca, proteinin sinyallemedeki rolünü belirlemek için DNA hasarından sonra ko-immünopresipitasyon gibi protein toplama testleri gerçekleştirilebilir. Etkileşim çalışmaları genellikle immünopresipitasyon testlerine dayanır, ancak bunlar in vitro ve etkileşimin yeri hakkında bilgi sağlamaz.

İmmünofloresan, proteinlerin hücre lokalizasyonu hakkında bilgi verebilir, ancak etkileşimi kanıtlamak zor olabilir ve mikroskobun çözünürlüğüne bağlı olabilir. Burada, yakınlık ligand testini Gamma-H2AX boyama ile birleştiren basit bir protokolün, DNA hasarı bağlamında proteinlerin etkileşiminin uzamsal ve zamansal karakterizasyonlarına izin verdiğini gösteriyoruz. Ayrıca, veri analizi için kullanıcı dostu bir makro sağladık.