Yazarlar bu işi mümkün yapılan tüm meslektaşlarını, özellikle Maya Balamane, Elizabeth Johnston Beyaz, Sharon Sjoblom, Greg Ording Zakhona Gumede, Xolile Kineri, Phindile Mabaso, Lungisa Ndwandwe, James Garvey, Gavin Cobb, Senzo Maphanga, Terusha Chetty kabul etmek istiyorum , Kevi Naidoo, Andrew Skingsley, Katharine Stott ve Lungani Ndwandwe. Yazarlar ayrıca, Sağlık Bakanlığı ve Hlabisa HIV Tedavi ve Bakım Programı çalışmak Afrika Merkezi personelin tüm personele teşekkür etmek istiyorum.

<ol>
	<li>Shao, Y., Williamson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HIV-1+epidemic:+low-+to+middle-income+countries.">The HIV-1 epidemic: low- to middle-income countries.</a> Cold Spring Harbor Persp. Med. 2, (2012).</li><li>Mutevedzi, P. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scale-up+of+a+decentralized+HIV+treatment+programme+in+rural+KwaZulu-Natal,+South+Africa:+does+rapid+expansion+affect+patient+outcomes.">Scale-up of a decentralized HIV treatment programme in rural KwaZulu-Natal, South Africa: does rapid expansion affect patient outcomes.</a> Bull. World Health Organ. 88, 593-600 (2010).</li><li>Houlihan, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cohort+profile:+Hlabisa+HIV+treatment+and+care+programme.">Cohort profile: Hlabisa HIV treatment and care programme.</a> Int. J. Epidemiol. 40, 318-326 (2011).</li><li>Tanser, F., Barnighausen, T., Grapsa, E., Zaidi, J., Newell, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+coverage+of+ART+associated+with+decline+in+risk+of+HIV+acquisition+in+rural+KwaZulu-Natal.">High coverage of ART associated with decline in risk of HIV acquisition in rural KwaZulu-Natal.</a> South Africa. Science. 339, 966-971 (2013).</li><li>Bor, J., Herbst, A. J., Newell, M. L., Barnighausen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increases+in+adult+life+expectancy+in+rural+South+Africa:+valuing+the+scale-up+of+HIV+treatment.">Increases in adult life expectancy in rural South Africa: valuing the scale-up of HIV treatment.</a> Science. 339, 961-965 (2013).</li><li>Montaner, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+case+for+expanding+access+to+highly+active+antiretroviral+therapy+to+curb+the+growth+of+the+HIV+epidemic.">The case for expanding access to highly active antiretroviral therapy to curb the growth of the HIV epidemic.</a> Lancet. 368, 531-536 (2006).</li><li>Granich, R. M., Gilks, C. F., Dye, C., De Cock, K. M., Williams, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+voluntary+HIV+testing+with+immediate+antiretroviral+therapy+as+a+strategy+for+elimination+of+HIV+transmission:+a+mathematical+model.">Universal voluntary HIV testing with immediate antiretroviral therapy as a strategy for elimination of HIV transmission: a mathematical model.</a> Lancet. 373, 48-57 (2009).</li><li>Johnson, L. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+expectancies+of+South+african+adults+starting+antiretroviral+treatment:+collaborative+analysis+of+cohort+studies.">Life expectancies of South african adults starting antiretroviral treatment: collaborative analysis of cohort studies.</a> PLoS Med. 10, (2013).</li><li>Blower, S., Ma, L., Farmer, P., Koenig, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+the+impact+of+antiretrovirals+in+resource-poor+settings:+preventing+HIV+infections+whilst+controlling+drug+resistance.">Predicting the impact of antiretrovirals in resource-poor settings: preventing HIV infections whilst controlling drug resistance.</a> Curr. Drug Targets. 3, 345-353 (2003).</li><li>Geretti, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epidemiology+of+antiretroviral+drug+resistance+in+drug-naive+persons.">Epidemiology of antiretroviral drug resistance in drug-naive persons.</a> Curr. Opin. Infect. Dis. 20, 22-32 (2007).</li><li>Larder, B. A., Darby, G., Richman, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+with+reduced+sensitivity+to+zidovudine+(AZT)+isolated+during+prolonged+therapy.">HIV with reduced sensitivity to zidovudine (AZT) isolated during prolonged therapy.</a> Science. 243, 1731-1734 (1989).</li><li>Erice, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brief+report:+primary+infection+with+zidovudine-resistant+human+immunodeficiency+virus+type+1.">Brief report: primary infection with zidovudine-resistant human immunodeficiency virus type 1.</a> N. Engl. J. Med. 328, 1163-1165 (1993).</li><li>Williams, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=British+HIV+Association+guidelines+for+the+treatment+of+HIV-1-positive+adults+with+antiretroviral+therapy.">British HIV Association guidelines for the treatment of HIV-1-positive adults with antiretroviral therapy.</a> HIV Med. 13 Suppl 2, 1-85 (2012).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Guidelines for Adults and Adolescents. Guidelines for the use of antiretroviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. , (2012).</li><li>Vandamme, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+recommendations+for+the+clinical+use+of+HIV+drug+resistance+testing:+2011+update.">European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update.</a> AIDS Rev. 13, 77-108 (2011).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Therapy and Medical Management of HIV-Infected Children. Guidelines for the Use of Antiretroviral Agents in Pediatric HIV Infection. , (2012).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Department+of+Health.">Department of Health.</a> Clinical guidelines for the management of HIV &amp; AIDS in adults and adolescents. , (2010).</li><li>Conradie, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+2012+southern+African+ARV+drug+resistance+testing+guidelines.">The 2012 southern African ARV drug resistance testing guidelines.</a> S. Afr. J.HIV Med. 13, 162-167 (2012).</li><li>Manasa, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primary+Drug+Resistance+in+South+Africa:+Data+from+10+Years+of+Surveys.">Primary Drug Resistance in South Africa: Data from 10 Years of Surveys.</a> AIDS Res. Hum. Retroviruses. 28, 558-565 (2012).</li><li>Tshabalala, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+transmitted+antiretroviral+drug+resistance+among+HIV-1+infected+women+attending+antenatal+clinics+in+Chitungwiza,+Zimbabwe.">Surveillance of transmitted antiretroviral drug resistance among HIV-1 infected women attending antenatal clinics in Chitungwiza, Zimbabwe.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiretroviral+drug+resistance+surveillance+among+treatment-naive+human+immunodeficiency+virus+type+1-infected+individuals+in+Angola:+evidence+for+low+level+of+transmitted+drug+resistance.">Antiretroviral drug resistance surveillance among treatment-naive human immunodeficiency virus type 1-infected individuals in Angola: evidence for low level of transmitted drug resistance.</a> Antimicrob. Agents Chemother. 53, 3156-3158 (2009).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+genetic+diversity+and+transmitted+drug+resistance+in+health+care+settings+in+Maputo,+Mozambique.">HIV-1 genetic diversity and transmitted drug resistance in health care settings in Maputo, Mozambique.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 51, 323-331 (2009).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+drug+resistance+in+antiretroviral-naive+individuals+in+sub-Saharan+Africa+after+rollout+of+antiretroviral+therapy:+a+multicentre+observational+study.">HIV-1 drug resistance in antiretroviral-naive individuals in sub-Saharan Africa after rollout of antiretroviral therapy: a multicentre observational study.</a> Lancet Infect. Dis. 11, 750-759 (2011).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+Drug+Resistance+Mutations+Are+Present+in+Six+Percent+of+Persons+Initiating+Antiretroviral+Therapy+in+Lusaka,+Zambia.">HIV-1 Drug Resistance Mutations Are Present in Six Percent of Persons Initiating Antiretroviral Therapy in Lusaka, Zambia.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. , (2010).</li><li>Nwobegahay, J., Selabe, G., Ndjeka, N. O., Manhaeve, C., Bessong, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low+prevalence+of+transmitted+genetic+drug+resistance+in+a+cohort+of+HIV+infected+naive+patients+entering+antiretroviral+treatment+programs+at+two+sites+in+northern+South+Africa.">Low prevalence of transmitted genetic drug resistance in a cohort of HIV infected naive patients entering antiretroviral treatment programs at two sites in northern South Africa.</a> J. Med. Virol. 84, 1839-1843 (2012).</li><li>Iweriebor, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+epidemiology+of+HIV+in+two+highly+endemic+areas+of+northeastern+South+Africa.">Molecular epidemiology of HIV in two highly endemic areas of northeastern South Africa.</a> Arch. Virol. 157, 455-465 (2012).</li><li>Parboosing, R., Naidoo, A., Gordon, M., Taylor, M., Vella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resistance+to+antiretroviral+drugs+in+newly+diagnosed,+young+treatment-naive+HIV-positive+pregnant+women+in+the+province+of+KwaZulu-Natal+South+Africa.">Resistance to antiretroviral drugs in newly diagnosed, young treatment-naive HIV-positive pregnant women in the province of KwaZulu-Natal South Africa.</a> J. Med. Virol. 83, 1508-1513 (2011).</li><li>Nwobegahay, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+antiretroviral+drug+resistance+mutations+and+HIV-I+subtypes+among+newly-diagnosed+drug-naive+persons+visiting+a+voluntary+testing+and+counselling+centre+in+northeastern+South+Africa.">Prevalence of antiretroviral drug resistance mutations and HIV-I subtypes among newly-diagnosed drug-naive persons visiting a voluntary testing and counselling centre in northeastern South Africa.</a> J. Health Popul. Nutr. 29, 303-309 (2011).</li><li>Nwobegahay, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+drug-resistant+mutations+in+newly+diagnosed+drug-naive+HIV-1-infected+individuals+in+a+treatment+site+in+the+waterberg+district,+limpopo+province).">Prevalence of drug-resistant mutations in newly diagnosed drug-naive HIV-1-infected individuals in a treatment site in the waterberg district, limpopo province).</a> S. Afr. Med. J. 101 (2011), 335-337 (2011).</li><li>Rosen, S., Long, L., Sanne, I., Stevens, W. S., Fox, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+net+cost+of+incorporating+resistance+testing+into+HIV/AIDS+treatment+in+South+Africa:+a+Markov+model+with+primary+data.">The net cost of incorporating resistance testing into HIV/AIDS treatment in South Africa: a Markov model with primary data.</a> J. Int. AIDS Soc. 14, 24 (2011).</li><li>Dalai, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+and+molecular+epidemiology+of+subtype+C+HIV-1+in+Zimbabwe.">Evolution and molecular epidemiology of subtype C HIV-1 in Zimbabwe.</a> AIDS. 23, 2523-2532 (2009).</li><li>Chen, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-house+human+immunodeficiency+virus-1+genotype+resistance+testing+to+determine+highly+active+antiretroviral+therapy+resistance+mutations+in+Hong+Kong.">In-house human immunodeficiency virus-1 genotype resistance testing to determine highly active antiretroviral therapy resistance mutations in Hong Kong.</a> Hong Kong Med. 18, 20-24 (2012).</li><li>Lee, C. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+in-house+HIV+genotyping+assay+for+the+detection+of+drug+resistance+mutations+in+Southeast+Asian+patients+infected+with+HIV-1.">An in-house HIV genotyping assay for the detection of drug resistance mutations in Southeast Asian patients infected with HIV-1.</a> J. Med. Virol. 84, 394-401 (2012).</li><li>Aitken, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Pragmatic+Approach+to+HIV-1+Drug+Resistance+Determination+in+Resource-Limited+Settings+by+Use+of+a+Novel+Genotyping+Assay+Targeting+the+Reverse+Transcriptase-Encoding+Region+Only.">A Pragmatic Approach to HIV-1 Drug Resistance Determination in Resource-Limited Settings by Use of a Novel Genotyping Assay Targeting the Reverse Transcriptase-Encoding Region Only.</a> J. Clin. Microbiol. 51, 1757-1761 (2013).</li><li>Zhou, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+a+low+cost+and+broadly+sensitive+genotyping+assay+for+HIV-1+drug+resistance+surveillance+and+monitoring+in+resource-limited+settings.">Optimization of a low cost and broadly sensitive genotyping assay for HIV-1 drug resistance surveillance and monitoring in resource-limited settings.</a> PLoS One. 6, (2011).</li><li>, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+Technologies.">Life Technologies.</a> Life Technologies and SATuRN Collaborate to Increase Access to HIV Testing in Africa. , (2012).</li><li>Lihana, R. W., Ssemwanga, D., Abimiku, A., Ndembi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Update+on+HIV-1+diversity+in+Africa:+a+decade+in+review.">Update on HIV-1 diversity in Africa: a decade in review.</a> AIDS Rev. 14, 83-100 (2012).</li></ol>

<div> Sağlık Sistemleri Güçlendirilmesi ve HIV Tedavi Başarısızlığı (HIV-: Bu çalışma Wellcome Trust (082384/Z/07/Z), Avrupa Birliği (SANTE 2007 147-790), Hastalıkları ABD Merkezi tarafından desteklenmiştir CAPRISA (proje başlığı aracılığıyla kontrol TFC)), ve İsviçre Güney Afrika Ortak Araştırma Programı (SSJRP) başlıklı araştırma bursu &quot;Swiss Prot / Güney Afrika: Protein Biyoinformatik Kaynak Geliştirme Önemlidir Sağlıkla ilgili Patojenler için&quot;. RL Wellcome Trust tarafından desteklenen (hibe sayısı 090.999 / Z / 09 / Z). Maliyeciler, çalışma tasarımı, veri toplama ve analizi, yayınlamak kararı, ya da yazının hazırlanmasında hiçbir rolü vardı. Yazarlar herhangi bir mali çıkarlarını beyan. </div>

Birçok düşük maliyetli içi yöntemler 33, 34, 36 HIV ilaç direnci genotiplendirme daha uygun hale getirmek için denemek için çabalarında tarif edilmiştir. Kaynak sınırlı ayarları antiretroviral tedavinin bireyler için bakım süreklilik haline ilaç direnci test entegre etmek gerek hiç şüphe yoktur. Ancak, bildirilen yöntemler çoğu toplum düzeyinde ilaç direncinin gözetiminde ilaç direnci genotiplemede uygulama odaklanmak. Satürn / Life Technologies genotiplendirme yöntemi gözetim ve ilaç direncinin izlenmesi için tam entegre bir protokoldür. Bu yöntem, klinik yönetimi için raporlar ilaç direnci ve neslin yorumlanması için çoğunlukla açık kaynak ve açık erişim biyoinformatik kaynaklarını uygulanması uygun bir protokol olarak tasarlanmıştır. Bu olmak için FDA onaylı Viroseq genotipleme yöntemi ile karşılaştırılarak gösterildibaşarılı bir şekilde çoğaltıldı laboratuvar Paneldeki çoğaltılan kütüphane numunelerinin% 100 ANRS test örneklerinin bir panel, ikinci ilaç direnci başkalaşımların teşhis doğru. Doğruluğu da alt C virüsleri, Güney Afrika&#39;nın en baskın alt tipinin klinik örneklerinde değerlendirildi. Yöntem CRF02_AG yaygın olduğu dünyanın diğer bölgelerinde kullanılacak ise yöntem Ancak alt tip A ve B ile ilgili olarak alt C numuneleri üzerinde kadar doğru olduğu, yöntemi bu yana primerlerin modifikasyonu için bir ihtiyaç vardır CRF02_AG sahip olduğu gösterilmiş olan panel örneklerinden biri yükseltmek için başarısız oldu. Alt dağıtım 38 daha heterojen olduğu Alternatif M 33 virüs tüm grup duyarlı primerler bir dejenere dizi, 36 bölgelerde kullanılabilir. Ters transkripsiyon ve PCR duyarlılığı, örneğin 500 ml olarak plazma daha yüksek miktarlar, RNA ekstre artırılabilir. Plazma Santrifüj edilebilirQIAamp viral RNA ekstraksiyonu, mini kiti ile tarif edildiği gibi protokol ile devam etmeden önce, viral parçacıklar konsantre 90 dakika boyunca 21,000 xg&#39;de uged. Gösterildiği gibi, yeni yöntem, bireysel hasta yönetimi için kapsamlı raporları üretir ek bir avantaja sahiptir. Bu raporlar RegaDB gelen genotip bir konsolidasyon, immünolojik ve virolojik izleme verilerinin yanı sıra, klinik ve tedavi öyküsü vardır. Bu aynı derecede ayrıntılı bir hastanın klinik geçmişi gözden yanı sıra tedavi önerileri takip direnç profilinin ayrıntılı laboratuar yorumuyla eşlik ediyor. Raporlarını incelemek ve hastalar için tedavi önerileri sağlamak için bir uzman hekimlerin kullanımı, hemşire gibi giderek değişen görev için DSÖ önerileri parçası olarak Güney Afrika&#39;da ART sağlayan deneyimsiz klinisyenler için çok ihtiyaç duyulan mentorluk sağlar. Bu klinikraporlar ilaç direnci yönetiminde az veya hiç deneyimi olan klinisyenler için etkili öğretim yardımcıları olduğu gösterilmiştir. Hasta açısından bakıldığında, bizim yöntemimiz uzman HIV hizmetlerine erişmek için merkezi sitelere seyahat ihtiyacını azaltır. Böylece, bir bütün olarak ele alındığında açıklanan protokol HIV ilaç direnci yönetimi HIV ile enfekte kişilerde başarısız ART için bakım süreklilik haline, uygun bir maliyetle entegre edilebildiği iyi bir platform sağlar. Üretilen veriler eden ilaç direnci gelişimi ve iletim değerlendirmek için epidemiyolojik amaçlar için kullanılabilir. Oluşturulan pol fragmanın büyüklüğü nüfus düzeyinde salgın daha iyi anlaşılmasını üretecek daha karmaşık filogenetik analiz için yeterince iyidir.

Güney Afrika&#39;da HIV salgını, özellikle Güney Afrika 2, 3, antiretroviral tedavi (ART) bireylere eşlik eden bir üstel artış ile hızla 1 gelişen olmuştur. Insidansını 4 azaltılması ve kaynak sınırlı ayarları yaşam beklentisini (HBS) 5. artan büyük ölçekli tedavi programlarının epidemiyolojik etkisi üzerine delil olarak toplanmaya devam eder, ART kapsamını artırmak için çalışmalar hızlandırılacaktır. Test ve tedavi programları altında bir önleme aracı 6, 7 gibi tedavi kullanımına yönelik kılavuzların evrimi tedavi bireylerin mutlak sayısı daha da artacak demektir. Çok sayıda insanın ART bireylerin ortalama yaşam beklentisi, HIV enfekte olmayan nüfusun 8 o yaklaştıkça daha uzun süre için ART olacak. HIV ilaç direnci gelişimi ve iletim alwa varYS ART 9-12 başarılarına bir tehdit olarak kabul edilmiştir. Bu nedenle, daha fazla birey SANAT üzerine başlatılmaktadır daha fazla sıkı gözetim ve ilaç direncinin görüntülenmesi için bir ihtiyaç vardır. Genotipik ilaç direnci (GRT) test gözetim için hem de ART alan bireylerde HIV-1 ilaç direncinin izlenmesi, hem gelişmiş ülkelerde başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Bu ayarları, GRT HIV-1 enfekte bireyler için bakım sürekliliği entegre edilmiştir. Çoğu uluslararası kurallar yetişkin ya da ART (birinci basamak ve ikinci basamak) 13-15 başarısız pediatrik hastalar için GRT tavsiye, pediatrik anneden çocuğa bulaşmasının (PMTCT) rejimleri önlenmesi maruz kalan hastalar ancak daha sonra 16 enfekte ile ayarları akut olarak enfekte olmuş bireylerin 13-15 arasında iletilen ilaç direnci yüksek seviyeleri. Ancak, maliyet, teknoloji ve altyapı gereksinimleri implemen sınırlıHBS ilaç direnci izleme benzer yaklaşımların tation. Güney Afrika HIV tedavisi ve izlenmesi kurallar halen birinci basamak 17 rejimleri başarısız bireyler için ART rehberlik seçiminde GRT kullanımını tavsiye etmiyoruz. Bireyler öncelikle virolojik (HIV-1 RNA viral yük) parametreleri esas açılır. Ancak 2012 yılında, Güney Afrika, HIV Klinisyenler Derneği ilk Güney Afrikalı ARV ilaç direnci test yönergeleri 18 yayınladı. Bu kurallar ilk satır ve ikinci satır ART başarısız tüm yetişkinler için ve PMTCT 18 maruz enfekte bebekler ve çocuklar için GRT testini öneririz. Güney Afrika 19-29 iletilen ilaç direnci yüksek düzeyde için hiçbir geçerli kanıt yoktur Ancak, GRT akut enfekte bireyler için 18 tavsiye edilmez. Bu önerilerin bazıları ulusal tre içine zamanla entegre olacağı bekleniyorBölgedeki çeşitli ülkelerin nuları ailenizle konuşmak ve izleme kuralları. Zaten, 2013 Güney Afrika tedavi kılavuzlarında yetişkinler için ikinci bir hat arızası sırasında ve çocuklar 30 için birinci veya ikinci basamak PI-temelli rejim başarısızlık zamanında GRT önerisi şimdi var. Güney Afrika&#39;da tedavi kılavuzlarının içine GRT birleştiren potansiyel olarak maliyet-nötr olacağı gösterilmiştir. Gerçekten ikinci basamak tedavisi için açık olması gereken hastaları belirlemek için GRT kullanarak, görece daha pahalı ilk basamak ilaçlar daha vardır ikinci çizgi rejimi ilaçların maliyeti göz önüne alındığında programı herhangi bir ek maliyet neden olmayacaktır. Buna ek olarak, GRT da, başarısızlığın diğer nedenleri belirlemek tedavi seçenekleri korumak ve ortaya çıkan direnç desenleri 31 hakkında bilgi üretebilir. Bu nedenle, daha da bağlantısı, bakım An kalitesini artırmak için ilaç direnci izleme yöntemlerinin maliyetini azaltmak için gerekli oland sonuçları. Burada, ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve sıralama (Tablo 1), hem de ilaç direnci yorumlanması için çoğunlukla açık kaynak yazılımlar için genel (açık kaynak) primerler kullanmak üzere tasarlanmış bir GRT yöntem mevcut. Klinik yönetimi için, protokol, ulusal tedavi kılavuzlarının yakın bağlılık ile laboratuvar ilaç direnci raporun uzman yorumuyla kapsamlı bir inceleme ve raporlama yöntemiyle tarafından iltifat. Protokol, dört farklı bileşenler ayrılır: 1) HIV ribonükleik asit (RNA) ekstraksiyon, 2) Ters transkripsiyon ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) amplifikasyonu, viral hedefler, 3) Sıralama ve kromatogramlar, hizalama analizi için 4) Biyoinformatik yöntemleri, curation ve dizi verilerinin yorumlanması.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Superscript III 1st strand Synthesis kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">18080051</td>
			<td style="width:265px;">Reverse Transcription</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">SATURN/LiFE Technologies Custom Primers</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4473517</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Platinum Taq</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10966026</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PureLink QUICK PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">K310002</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Viroseq</td>
			<td style="width:372px;">ABBOTT</td>
			<td style="width:119px;">4J94-20</td>
			<td>Reverse Transcription and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Agarose Tablets (Dnase/Rnase free)</td>
			<td style="width:372px;">BIOLINE</td>
			<td style="width:119px;">BIO-41027</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">TBE Buffer</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">1.06177.2500</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">O&#39;Range Ruler 200bp DNA Ladder</td>
			<td style="width:372px;">Fermentas</td>
			<td style="width:119px;">FE SM0633</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Novel Juice</td>
			<td style="width:372px;">GeneDireX</td>
			<td style="width:119px;">LD001-1000&#160;</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">MiniBis Bioimaging System</td>
			<td style="width:372px;">DNR Bioimaging Systems Ltd</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Documentation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Power Pac 300&#160;</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Big Dye Terminator Kit ver 3.1</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4337456</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Arrays</td>
			<td style="width:372px;">Life Technolgies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4319899</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PoP</td>
			<td style="width:372px;">Life technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4363785</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">10 x EDTA Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">402824</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Formamide</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4311320</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">5 x Sequencing Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Tecgnologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4336697</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3130 xl Genetic Analyzer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">GeneAmp PCR System 9700</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT/PCR/Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5804</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sample Processing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415D</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>PCR Product Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5810</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Picofuge</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;">C1301-230V</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>reagent preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex mixer</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">NanoDrop 2000 UV/VIS spectrophotometer</td>
			<td style="width:372px;">ThermoScientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>DNA quantification&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3M Sodium Acetate</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td align="right" style="width:119px;">567422</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">SAAR2233540LP</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">1.5ml SARSTEDT Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.692.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml SARSTEDT&#160; Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.693.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml Collection tubes</td>
			<td style="width:372px;">SCIENTIFIC GROUP</td>
			<td style="width:119px;">MCT-200-NC/S</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Optical MicroAmp 96 Well reaction plates</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">N8010560</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul 8 Strip StarPCR Tubes with attached flat caps</td>
			<td style="width:372px;">STAR Lab - supplied by CELTIC</td>
			<td style="width:119px;">A1402-3700</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul PCR individual tubes</td>
			<td style="width:372px;">Scientific Group</td>
			<td style="width:119px;">CR/3745</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Geneious&#160;</td>
			<td style="width:372px;">Biomatters</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Internet Access</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Preferrably high speed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Web resources</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">hivdb.stanford.edu</td>
			<td style="width:372px;">Stanford University</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Drug reistance analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/regadb-ui/RegaDB</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>database</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za/tools/pppweb.html</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence quality tool</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an affordable hiv-1 drug resistance monitoring method for resource limited settings

HIV-1 ilaç direnci ciddi antiretroviral tedavi (ART) etkinliğini ve etkisini uzlaşma potansiyeline sahiptir. Sahra-altı Afrika&#39;da ART programları genişletmeye devam ederken, ART bireyler yakından ilaç direncinin ortaya çıkması için izlenmelidir. ART zaten dirençli viral suşlar izlemek için iletilen ilaç direnç sürveyansı da önemlidir. Genotiplendirme pahalı ve sofistike laboratuvar ve veri yönetimi altyapı gerektirir çünkü ne yazık ki, ilaç direnci testi, hala kaynak sınırlı ayarları kolayca erişilebilir değil. Bireyleri yönetmek ve bulaşan ilaç direncini değerlendirmek için bir açık erişim genotipik ilaç direnci izleme yöntemi tarif edilmektedir. Yöntem ilaç direnci desen yorumlanması ve bireysel hasta raporlarının nesil için ücretsiz açık kaynak yazılımı kullanır. Genotipleme protokol av plazma örnekleri için% 95&#39;den daha büyük bir büyütme oranına sahiptiriral yük&gt; 1000 HIV-1 RNA kopya / ml. Duyarlılığı viral yükleri &lt;1.000 HIV-1 RNA kopya / ml için önemli ölçüde azaltır. Burada anlatılan yöntem olup, Birleşik Devletler Gıda ve İlaç İdaresi (FDA), Viroseq genotipleme yöntemi ile onaylı bir test HIV-1 ilaç direnci için bir yönteme göre doğrulanmıştır. Burada tarif edilen yöntemin sınırlamalar bu otomatik ve aynı panelinden alt tipleri A ve B, aynı zamanda ne kadar büyütülmüş, numune bir doğrulama panelinden dolaşan bir şekilde yeniden birleştirici CRF02_AG amplifiye etmek için başarısız olmadığı gerçeğini içerir.

Doğrulanmış bir yöntem, daha önce bildirilen yöntem 20 bir modifikasyonu olmuştur. FDA tarafından onaylanmıştır Viroseq genotyping yöntemi, doğrulama referans yöntem olarak kullanılmıştır. AIDS Araştırma ve Viral Hepatit (ANRS) için Fransız Ulusal Ajanslar elde edilen yeterlilik test örneklerinin bir panel, iki yöntem arasındaki birincil karşılaştırma kullanılmıştır. Her iki yöntem başarılı bir şekilde genotipleme her iki yöntem ile amplifiye edilmiştir, numuneler için HIVDB program tarafından tüm klinik olarak önemli bir ilaç direnç-eşlikli mutasyonu tespit% 100 uyumlu idi. Tablo 6&#39;da gösterildiği gibi, üç çift nükleotid dizileri% 99.5 özdeştir. Tahmin edilen amino asit sekansları,% 100 özdeştir. Beşte biri numune başarıyla Viroseq ile amplifiye edilememiştir. Viroseq ile amplifiye olmayan örneğe ek olarak, in-house yöntem gördü ikinci bir örnek amplifiye etmek için başarısızViroseq ile dolaşımlı rekombinant virüsü (CRF02_AG) için. Hem metodoloji ile güçlendirilmiş üç numune alt tip B (iki örnek) ve alt tip A (bir örnek) idi. <img alt="Şekil 5," fo:content-width="4in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5.jpg" /> Şekil 5,. Dizisi kalite güvencesi parçası olarak yapılan bir HKY Komşu Katılma ağacın kullanımı. Çok kısa genetik mesafelerde dizisinin dört çift / kümeler vardır. RES655 ve RES655_1 arasındaki genetik mesafe (aynı numuneler farklı günlerde sıralı) 0.003 olduğunu. Genetik mesafe farklı epidemiyolojik bağlantısız bireylerden örnekler için (0.075) çok kısa olduğu gibi RES637_1/RES638 çifti ile potansiyel bir hatadır. RES638_1 kıyasla 0.075 bir mesafe ile ağacın başka RES637 vardır. CQ01/CQ02 küme önerdiği iki örnekpanelden aynı numunenin çoğaltır. Onlar REGA alt türlerinin aracı tarafından atanan alt türü teyit alt tip B referans dizisi ile birlikte küme. REGA subtiplemesi aracı sırasıyla A ve CRF02_AG olarak sınıflandırılmış ise CQ05 ve CQ04, sırasıyla alt tipler A ve G ile kümelenmiş. HIV alttiplendirmesinde ve rekombinasyon için başka bir araçtır http://www.datamonkey.org mevcuttur SCUEL vardır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın.</a> Beş numune bir panel içi yöntemin hassasiyetini değerlendirmek üzere kullanıldı. On adet aynı genotipi beş numunenin her biri için elde edilmiştir. 16 Kılcal 3130xl genetik analiz kullanılarak, 50 genotiplerinin 48, 24 çalışır üretilen ve aynı gün hazırlandı. Beş örnekleri için, tahmin edilen amino asit sekansları, tekrarlanmış arasında% 100 uyumlu idi. Nükleik asit sekansları, there&gt;% 99 ikili benzerlik oldu. Bu yöntemin kullanımının ilk iki yıl boyunca, altmış örnekleri dizilemesine RNA ekstre rasgele tekrarlandı. Dizisi kalite puanı ve tekrarlar arasındaki karışık üsleri sayısı arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı. Altmış çiftleri için nükleotid ve amino asit her ikisi de ikili karşılaştırmalar daha fazla% 99 aynıdır. Bu nedenle, tüm çiftleri için ilaç direnç mutasyonları% 100 uyumlu idi. Maliyet azaltma , Oda sıcaklığında, PCR ve dizileme için reaksiyon hacimleri üretilen dizilerin kalitesinden ödün vermeden, en az yarım, orijinal bir yöntem 20, 32 göre azaltılmıştır. Bu, RT ve PCR aşamaları için% 50 maliyetinde bir azalma sağladı. Yeni yöntem, ilk dizisine altı dizileme primeri ile birlikte çalışmak için tasarlanmıştır<html> proteaz geni ve ters transkriptaz geni 20, 32 ilk 300 kodonların 99 kodonları. Benzer yöntemler de altı ila sekiz primerler 33, 34 kullanır. Bazen seprately 35, 36, protaz ve RT genleri sequencing rağmen, son zamanlarda yayınlanan yöntemler, en az altı primerleri kullanılmıştır. Biz, 6-4 dizileme primerleri sayısını azaltmak için aranan, (Şekil 6) <img alt="Şekil 6," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6.jpg" /> Şekil 6,. 99 HIV-1 proteaz kodonları ve ters transkriptaz geninin ilk 300 kodonları kapsayan 1197 bp pol dizisinin oluşturulması için altı dört vs dizileme primerleri Bitişik dizilerin karşılaştırılması.242/51242fig6highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; büyük resmi görebilmek için buraya tıklayın. Altı primerlerinden meydana 17 numune, bir takım sekanslar, iki primer (MAW46 ve RTY) dışlanması sonra üretilen sekansları ile karşılaştırılmıştır. Alt tipler dizisi kalitesi skorlarında anlamlı farklılık saptanmadı 14 alt C, iki alt tip B, ve bir alt A. idi. Yine, nükleik asidin 17 çiftleri arasındaki ortalama ikili kimlik amino asit seviyesi üzerinde% 99 ve% 100 idi. Bu nedenle, 6-4 dizileme primerleri indirgeme neredeyse üçte bir oranında sıralama maliyetinde bir azalma ile sonuçlandı. Bu protokolde kullanılan tek tescilli yazılım aracı dizisi montaj için Geneious oldu. Ilaç direnci yorumlama araçları, yanı sıra rapor araçları üreten tüm özgür, açık erişim araçları vardır. Bu özel yazılım kullanımı ile ilgili masrafları ortadan kaldırarak, daha fazla maliyetini düşürür. Bundan başka, collectivE müzakere bu protokol için reaktifler Life Technologies kolay erişim için bir kit içine paketlenmiş ve Satürn / Life Technologies yöntemi 37 genotiplenmesi olarak kullanılabilir izin. Ayrıca, Satürn üyeleri indirimli fiyata reaktifler erişebilirsiniz. Klinik Ayarı Açıklanan protokol KwaZulu-Natal kırsal toplumda izlenmesi ve ilaç direnci gözetimi uygulamaya konmuştur. 604 genotiplerinin toplam&gt; 1000 RNA kopya / ml viral yükleri olan numuneler için,% 95 oranında bir amplifikasyon Aralık 2010 ve Mayıs 2013 arasında klinik örneklerden elde edildi. Bu klinik HIV ilaç direnci çalışma KwaZulu-Natal Üniversitesi (bkz. BF052/10) Biyomedikal Araştırma Etik Kurulu ve Sağlık KwaZulu-Natal Bölümü (bkz. HRKM 176/10) ve Sağlık Araştırma Komitesi tarafından onaylandı. Bireysel hasta raporları oluşturulmuş ve kliniklere geri gönderildihasta yönetimi için. Yetmiş iki (72) genotipleri de, iletilen ilaç direnci çalışmanın bir gözetim parçası olarak oluşturulan bir büyük prospektif popülasyon tabanlı HIV sürveyans çalışma içinde yuvalanmış. Birincil numuneler EDTA mikrotüplerde toplanan iğne prick tam kan vardı. Genotiplemesi de 79% 19 oranında bir büyütme oranı vardı. Sürveyans çalışma örneklerinin genotip için etik onay KwaZulu-Natal Biyomedikal Araştırma Etik Komitesi Üniversitesi (bkz. BE066107) elde edilmiştir. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Primer adı </td><td> Sekans </td><td> Uzunluk </td><td> Yön </td><td> HXB2 Pozisyon </td><td></td></tr><tr><td> MAW-26 </td><td> TTGGAAATGTGGAAA GGAAGGAC </td><td> 23 </td><td> Ileri </td><td> 2028-2050 </td><td> 1. tur PCR </td></tr><tr><td> RT-21 </td><td> CTGTATTTCAGCTATC AAGTCCTTTGATGGG </td><td> 31 </td><td> Ters </td><td> 3539-3509 </td><td> 1. tur PCR </td></tr><tr><td> Pro-1 </td><td> TAGAGCCAACAGCCC CACCA </td><td> 20 </td><td> Ileri </td><td> 2147-2166 </td><td> 2. tur PCR </td></tr><tr><td> RT-20 </td><td> CTGCCAATTCTAATTC TGCTTC </td><td> 22 </td><td> Ters </td><td> 3462-3441 </td><td> 2. tur PCR </td></tr><tr><td> RTC1F </td><td> ACCTACACCTGTCAA CATAATTG </td><td> 23 </td><td> Ileri </td><td> 2486-2508 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC2R </td><td> TGTCAATGGCCATTG TTTAACCTTTGG </td><td> 27 </td><td> Ters </td><td> 2630-2604 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC3F </td><td> CACCAGGGATTAGAT ATCAATATAATGTGC </td><td> 30 </td><td> Ileri </td><td> 2956-2994 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC4R </td><td> CTAAATCAGATCCTAC ATACAAGTCATCC </td><td> 29 </td><td> Ters </td><td> 3129-3101 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RT-y </td><td> GTGTCTCATTGTTTAT ACTAGG </td><td> 22 </td><td> Ters </td><td> 2967-2946 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> MAW-46 </td><td> TCCCTCAGATCACTC TTTGGCAACGAC </td><td> 27 </td><td> Ileri </td><td> 2251-2277 </td><td> Dizileme </td></tr></tbody></table> Tablo 1. Transkripsiyon, PCR ve tüm 99 HIV-1 Proteaz kodonları ve ters transkriptaz geninin ilk 300 kodonları kapsayan bir 1197 bp pol fragmanının üretiminde kullanılan özel sıralama primerleri ters. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> RT21 (5pmol/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> dNTP (10 mM) </td><td> 0.5 </td><td> 0.4 </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 1 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 2. dNTP / Primer ters transkripsiyon reaksiyonu için karıştırın. <table border= &quot;0&quot; cellpadding = &quot;0&quot; cellspacing = &quot;0&quot;&gt; <tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Konsantrasyon / reaksiyon </td></tr><tr><td> First Strand Tamponu (10x) </td><td> 1 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> MgCl2 (25 mM) </td><td> 2 </td><td> 4 </td></tr><tr><td> DTT (0.1 M) </td><td> 1 </td><td> 0.008 </td></tr><tr><td> RNaseOUT (40 U / ml) </td><td> 0.5 </td><td> 16 </td></tr><tr><td> Üst Simge III Ters Transcriptase (200U/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 8 </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 5 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 3. Enzim ters transkripsiyon reaksiyonu için karıştırın. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Final Konsantrasyon / Reaksiyon </td></tr><tr><td> DEPC su tedavi </td><td> 18.4 </td><td> - &lt;/ Td&gt; </tr><tr><td> PCR Tamponu (10x) </td><td> 2.5 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 2, ki burada (50 mM) </td><td> 1 </td><td> 2 </td></tr><tr><td> dNTP karışımı (10 mM) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> Ters primer (5 pmol / ml) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> Ters primer (5 pmol / ml) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> Platinum Taq Polimeraz (5 U / ml) </td><td> 0.1 </td><td> 0.02 </td></tr><tr><td> Ara toplam </td><td> 23 </td><td> - </td></tr></tbody></table> Tablo 4. Iç içe PCR Master mix. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Konsantrasyon / reaksiyon </td></tr><tr><td> DEPC su tedavi </td><td> 6.1 </td><td></td></tr><tr><td> Dizi Tamponu (5x) </td><td> 2 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> Primer (3.2 pmol / ml) </td><td> 0.5 </td><td> 0.16 </td></tr><tr><td> Big Dye Terminatör Sekanslama karışımı </td><td> 0.4 </td><td> - </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 9 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 5. Dizileme reaksiyonlarının Master karışımı. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td></td><td align="center" colspan="4"> Viroseq </td><td align="center" colspan="4"> Içi </td><td rowspan="2"> % NA Benzerlik </td></tr><tr><td> Örnek kimlik </td><td> Tipi </td><td> Kalite puanı </td><td> PR Mutasyonlar </td><td> RT mutasyonlar </td><td> Tipi </td><td> Kalite puanı </td><td> PR mutasyonlar </td><td> RT Mutasyonlar </td></tr><tr><td> CQ01 </td><td> B </td><td> 99.9 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> B </td><td> 99.2 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ02 </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ03 </td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td></td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ04 </td><td> CRF02_AG </td><td> 98.4 </td><td> I54V, V82F, I84V </td><td> M41L, L74I, L210W, T215Y, V108I, Y181C </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ05 </td><td> A </td><td> 99.7 </td><td></td><td> K103N </td><td> A </td><td> 93 </td><td></td><td> K103N </td><td> 100 </td></tr></tbody></table> Tablo 6. Karşılaştırmalı resulViroseq genotiplendirme yöntem ve ANRS tarafından sağlanan örneklerin bir panel kullanılarak in-house metodu arasında paralel analizi ts.

Watch this Scientific Journal Video about An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings at JoVE.com

An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings

Antiretroviral tedavisi (ART) başarısız HIV-1 enfekte bireyler için ilaç direnci test gelecekteki tedaviler rehberlik ve tedavi sonuçlarını artırabilir. HIV yaygınlığının yüksek ama kaynak sınırlı ayarları optimize bireysel ve nüfus sağlık çıktıları sonuçta uygun fiyatlı ve erişilebilir ilaç direnci genotiplendirmesi ve yorumlama yöntemlerini gerektirir.

Kaynak Sınırlı Ayarlar için uygun bir HIV-1 İlaç Direnci İzleme Yöntemi

HIV-1 drug resistance has the potential to seriously compromise the effectiveness and impact of antiretroviral therapy (ART). As ART programs in ...

an-affordable-hiv-1-drug-resistance-monitoring-method-for-resource

Research

JoVE Journal

Medicine

18.4K Görüntüleme.  University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.  Antiretroviral tedavisi (ART) başarısız HIV-1 enfekte bireyler için ilaç direnci test gelecekteki tedaviler rehberlik ve tedavi sonuçlarını artırabilir. HIV yaygınlığının yüksek ama kaynak sınırlı ayarları optimize bireysel ve nüfus sağlık çıktıları sonuçta uygun fiyatlı ve erişilebilir ilaç direnci genotiplendirmesi ve yorumlama yöntemlerini gerektirir. 

Video: An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings

Method for Novel Anti-Cancer Drug Development using Tumor Explants of Surgical Specimens

The current therapies for malignant glioma have only palliative effect. For therapeutic development, one hurdle is the discrepancy of efficacy determined by current drug efficacy tests and the efficacy on patients. Thus, novel and reliable methods for evaluating drug efficacy are warranted in pre-clinical phase. In vitro culture of tumor tissues, including cell lines, has substantial phenotypic, genetic, and epigenetic alterations of cancer cells caused by artificial environment of cell culture, which may not reflect the biology of original tumors in situ. Xenograft models with the immunodeficient mice also have limitations, i.e., the lack of immune system and interspecies genetic and epigenetic discrepancies in microenvironment. Here, we demonstrate a novel method using the surgical specimens of malignant glioma as undissociated tumor blocks to evaluate treatment effects. To validate this method, data with the current first-line chemotherapeutic agent, temozolomide (TMZ), are described.


We used the freshly-removed surgical specimen of malignant glioma for our experiments. We performed intratumoral injection of TMZ or other drug candidates, followed by incubation and analysis on surgical specimens. Here, we sought to establish a tumor tissue explant method as a platform to determine the efficacy of novel anti-cancer therapies so that we may be able to overcome, at least, some of the current limitations and fill the existing gap between the current experimental data and the efficacy on an actual patient's tumor. This method may have the potential to accelerate identifying novel chemotherapeutic agents for solid cancer treatment.

Here, we established a method for drug efficacy testing with surgical specimens of brain tumors, termed &#x201C;tumor explant method&#x201D;. With this method, we can evaluate drug efficacy without breaking the microenvironment of solid tumors. To validate reliability of this method, we describe representative data with our glioma specimen treated with the current first-line chemotherapeutic agent, temozolomide.

Cerrahi Örneklerinin tümör eksplantlarındaki Roman Anti-Kanser İlaç Geliştirme Yöntemi


The current therapies for malignant glioma have only palliative effect. For therapeutic development, one hurdle is the discrepancy of efficacy determined ...

Tıp

An Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer Metastasis

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but rather the formation of distinct metastasis, the ability to effectively model this progression pre-clinically is of high value. In this model, cells are directly implanted into the ventral lobe of the prostate in Balb/c athymic mice, and allowed to progress for 4-6 weeks. At experiment termination, several distinct endpoints can be measured, such as size and molecular characterization of the primary tumor, the presence and quantification of circulating tumor cells in the blood and bone marrow, and formation of metastasis to the lung. In addition to a variety of endpoints, this model provides a picture of a cells ability to invade and escape the primary organ, enter and survive in the circulatory system, and implant and grow in a secondary site. This model has been used effectively to measure metastatic response to both changes in protein expression as well as to response to small molecule therapeutics, in a short turnaround time.

This orthotopic model of human prostate cancer allows for quantification of tumor size, circulating tumor cells, and formation of distinct metastasis to the lung. As cells must escape the primary organ, enter the blood stream, and implant into a secondary site, this model effectively recapitulates the scenario in humans.

İnsan Prostat Kanser metastaz Ortotopik fare modeli

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of  human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but  ...

Techniques for Processing Eyes Implanted with a Retinal Prosthesis for Localized Histopathological Analysis: Part 2 Epiretinal Implants with Retinal Tacks

Retinal prostheses for the treatment of certain forms of blindness are gaining traction in clinical trials around the world with commercial devices currently entering the market. In order to evaluate the safety of these devices, in preclinical studies, reliable techniques are needed. However, the hard metal components utilised in some retinal implants are not compatible with traditional histological processes, particularly in consideration for the delicate nature of the surrounding tissue. Here we describe techniques for assessing the health of the eye directly adjacent to a retinal implant secured epiretinally with a metal tack.
Retinal prostheses feature electrode arrays in contact with eye tissue. The most commonly used location for implantation is the epiretinal location (posterior chamber of the eye), where the implant is secured to the retina with a metal tack that penetrates all the layers of the eye. Previous methods have not been able to assess the proximal ocular tissue with the tack in situ, due to the inability of traditional histological techniques to cut metal objects. Consequently, it has been difficult to assess localized damage, if present, caused by tack insertion.
Therefore, we developed a technique for visualizing the tissue around a retinal tack and implant. We have modified an established technique, used for processing and visualizing hard bony tissue around a cochlear implant, for the soft delicate tissues of the eye. We orientated and embedded the fixed eye tissue, including the implant and retinal tack, in epoxy resin, to stabilise and protect the structure of the sample. Embedded samples were then ground, polished, stained, and imaged under various magnifications at incremental depths through the sample. This technique allowed the reliable assessment of eye tissue integrity and cytoarchitecture adjacent to the metal tack.

Here we describe histological techniques for visualising ocular tissue directly adjacent to a metal epiretinal tack and retinal prosthesis.

Lokalize Histopatolojik Analiz için bir Retina Protez ile implant İşleme Teknikleri Gözler için: Bölüm Retina Tacks ile 2 Epiretinal İmplantlar

Retinal prostheses for the treatment of certain forms of blindness are gaining traction in clinical trials around the world with commercial devices ...

Encapsulation Thermogenic Preadipocytes for Transplantation into Adipose Tissue Depots

Cell encapsulation was developed to entrap viable cells within semi-permeable membranes. The engrafted encapsulated cells can exchange low molecular weight metabolites in tissues of the treated host to achieve long-term survival. The semipermeable membrane allows engrafted encapsulated cells to avoid rejection by the immune system. The encapsulation procedure was designed to enable a controlled release of bioactive compounds, such as insulin, other hormones, and cytokines. Here we describe a method for encapsulation of catabolic cells, which consume lipids for heat production and energy dissipation (thermogenesis) in the intra-abdominal adipose tissue of obese mice. Encapsulation of thermogenic catabolic cells may be potentially applicable to the prevention and treatment of obesity and type 2 diabetes. Another potential application of catabolic cells may include detoxification from alcohols or other toxic metabolites and environmental pollutants.

Here, we present a protocol for encapsulation of catabolic cells, which consume lipids for heat production in intra-abdominal adipose tissue and increase energy dissipation in obese mice.

Yağ Dokusu Depolarında içine Nakli Enkapsülasyon termojenik Preadipositler

Cell encapsulation was developed to entrap viable cells within semi-permeable membranes. The engrafted encapsulated cells can exchange low molecular ...

Implementation of In Vitro Drug Resistance Assays: Maximizing the Potential for Uncovering Clinically Relevant Resistance Mechanisms

Although targeted therapies are initially effective, resistance inevitably emerges. Several methods, such as genetic analysis of resistant clinical specimens, have been applied to uncover these resistance mechanisms to facilitate follow-up care. Although these approaches have led to clinically relevant discoveries, difficulties in attaining the relevant patient material or in deconvoluting the genomic data collected from these specimens have severely hampered the path towards a cure. To this end, we here describe a tool for expeditious discovery that may guide improvement in first-line therapies and alternative clinical management strategies. By coupling preclinical in vitro or in vivo drug selection with next-generation sequencing, it is possible to identify genomic structural variations and/or gene expression alterations that may serve as functional drivers of resistance. This approach facilitates the spontaneous emergence of alterations, enhancing the probability that these mechanisms may be observed in the patients. In this protocol we provide guidelines to maximize the potential for uncovering single nucleotide variants that drive resistance using adherent lines.

Implementation of In Vitro Drug Resistance Assays: Maximizing the Potential for Uncovering Clinically Relevant Resistance Mechanisms

Drug resistance to targeted therapeutics is widespread and the need to identify mechanisms of resistance--prior to or following clinical onset--is critical for guiding alternative clinical management strategies. Here, we present a protocol to couple derivation of drug-resistant lines in vitro with sequencing to expedite discovery of these mechanisms.

Uygulanması<em&gt; İn Vitro</em&gt; İlaç Direnci Tahliller: Klinik İlgili Direnç Mekanizmaları ortaya çıkararak yönelik Potansiyeli maksimize

Although targeted therapies are initially effective, resistance inevitably emerges. Several methods, such as genetic analysis of resistant clinical ...

Bioluminescence-Based Tumor Quantification Method for Monitoring Tumor Progression and Treatment Effects in Mouse Lymphoma Models

Although bioluminescence imaging (BLI) shows promise for monitoring tumor burden in animal models of cancer, these analyses remain mostly qualitative. Here we describe a method for bioluminescence imaging to obtain a semi-quantitative analysis of tumor burden and treatment response. This method is based on the calculation of a luminoscore, a value that allows comparisons of two animals from the same or different experiments. Current BLI instruments enable the calculation of this luminoscore, which relies mainly on the acquisition conditions (back and front acquisitions) and the drawing of the region of interest (manual markup around the mouse). Using two previously described mouse lymphoma models based on cell engraftment, we show that the luminoscore method can serve as a noninvasive way to verify successful tumor cell inoculation, monitor tumor burden, and evaluate the effects of in situ cancer treatment (CpG-DNA). Finally, we show that this method suits different experimental designs. We suggest that this method be used for early estimates of treatment response in preclinical small-animal studies.

Bioluminescence imaging is a well-known tool for localizing tumors and metastases, but quantification of these images often requires complex calculations and particular instruments. We describe the easy-to-use luminoscore method, based on precise acquisition conditions, requiring no calculations, and enabling tumor burden and treatment response to be monitored in mouse models.

Fare Lenfoma Modellerinde İzleme Tümör ilerleme ve Tedavi Etkileri Biyoparlaklık Tabanlı Tümör Niceleme Yöntemi

Although bioluminescence imaging (BLI) shows promise for monitoring tumor burden in animal models of cancer, these analyses remain mostly qualitative. ...

An Improved Method for Rapid Intubation of the Trachea in Mice

Despite some anatomical and physiological differences, mouse models continue to be an essential tool for studying human lung disease. Bleomycin toxicity is a commonly used model to study both acute lung injury and fibrosis, and multiple methods have been developed for administering bleomycin (and other toxic agents) into the lungs. However, many of these approaches, such as transtracheal instillation, have inherent drawbacks, including the need for strong anesthetics and survival surgery. This paper reports a quick, reproducible method of intratracheal intubation that involves mild inhaled anesthesia, visualization of the trachea, and the use of a surrogate spirometer to confirm exposure. As a proof of concept, 8-12 week old C57BL/6 mice were administered either 2.0 U/kg of bleomycin or an equivalent volume of PBS, and both damage and fibrotic endpoints were measured post-exposure. This procedure allows researchers to treat a large cohort of mice in a relatively short period with little expense and minimal post-procedure care.

This article presents a rapid and simple method for administering bleomycin directly into the mouse trachea via intubation. Key advantages of this method are that it is highly reproducible, easy to master, and does not require specialized equipment or lengthy recovery times.

Farelerde Trakea hızlı intübasyon için geliştirilmiş bir yöntem

Despite some anatomical and physiological differences, mouse models continue to be an essential tool for studying human lung disease. Bleomycin toxicity ...

Pancreatic Duct Infusion: An Effective and Selective Method of Drug and Viral Delivery

The pancreas is a bifunctional organ with both endocrine and exocrine components. A number of pathologies can afflict the pancreas, including diabetes, pancreatitis, and pancreatic cancer. All three of these diseases mark active areas of study, not only to develop immediate therapy, but also to better understand their pathophysiology. There are few tools to further these areas of study. Pancreatic duct infusion is an important technique that can allow for lineage tracing, gene introduction, and cell line-specific targeting. The technique requires the intricate dissection of the second portion of the duodenum and ampulla, followed by the occlusion of the bile duct and the cannulation of the pancreatic duct. Although the technique is technically challenging at first, the applications are myriad. Ambiguity in the specifics of the procedure between groups highlighted the need for a standard protocol. This work describes the expression of a green fluorescent protein (GFP) within the pancreas after the pancreatic duct infusion of a viral vector expressing GFP versus a sham surgery. The infusion and therefore expression is specific to the pancreas, without expression present in any other tissue type.

Pancreatic duct infusion is an important technique that can allow for lineage tracing, gene introduction, and cell line-specific targeting. A pancreatic duct infusion technique for drug and viral delivery to pancreatic cells is presented here.

Pankreas Kanalı infüzyonu: İlaç ve Viral Doğumda Etkili ve Seçici Bir Yöntem

The pancreas is a bifunctional organ with both endocrine and exocrine components. A number of pathologies can afflict the pancreas, including diabetes, ...

Optimized LC-MS/MS Method for the High-throughput Analysis of Clinical Samples of Ivacaftor, Its Major Metabolites, and Lumacaftor in Biological Fluids of Cystic Fibrosis Patients

Defects in the cystic fibrosis trans-membrane conductance regulator (CFTR) are the cause of cystic fibrosis (CF), a disease with life-threatening pulmonary manifestations. Ivacaftor (IVA) and ivacaftor-lumacaftor (LUMA) combination are two new breakthrough CF drugs that directly modulate the activity and trafficking of the defective CFTR-protein. However, there is still a dearth of understanding on pharmacokinetic/pharmacodynamic parameters and the pharmacology of ivacaftor and lumacaftor. The HPLC-MS technique for the simultaneous analysis of the concentrations of ivacaftor, hydroxymethyl-ivacaftor, ivacaftor-carboxylate, and lumacaftor in biological fluids in patients receiving standard ivacaftor or ivacaftor-lumacaftor combination therapy has previously been developed by our group and partially validated to FDA standards. However, to allow the high-throughput analysis of a larger number of patient samples, our group has optimized the reported method through the use of a smaller pore size reverse-phase chromatography column (2.6 &#181;m, C8 100 &#197;; 50 x 2.1 mm) and a gradient solvent system (0-1 min: 40% B; 1-2 min: 40-70% B; 2-2.7 min: held at 70% B; 2.7-2.8 min: 70-90% B; 2.8-4.0 min: 90% B washing; 4.0-4.1 min: 90-40% B; 4.1-6.0 min: held at 40% B) instead of an isocratic elution. The goal of this study was to reduce the HPLC-MS analysis time per sample dramatically from ~15 min to only 6 min per sample, which is essential for the analysis of a large amount of patient samples. This expedient method will be of considerable utility for studies into the exposure-response relationships of these breakthrough CF drugs.

Ivacaftor and ivacaftor-lumacaftor combination are two new CF drugs. However, there is still a dearth of understanding on their PK/PD and pharmacology. We present an optimized HPLC-MS technique for the simultaneous analysis of ivacaftor and its major metabolites, and lumacaftor.

Ivacaftor, büyük metabolitleri ve Lumacaftor Kistik fibrozis hastalarının biyolojik sıvı içinde klinik örnekler yüksek üretilen iş analizi için en iyi duruma getirilmiş LC-MS/MS yöntemi

Defects in the cystic fibrosis trans-membrane conductance regulator (CFTR) are the cause of cystic fibrosis (CF), a disease with life-threatening ...

Improved Method for the Establishment of an In Vitro Blood-Brain Barrier Model Based on Porcine Brain Endothelial Cells

The aim of this protocol presents an optimized procedure for the purification and cultivation of pBECs and to establish in vitro blood-brain barrier (BBB) models based on pBECs in mono-culture (MC), MC with astrocyte-conditioned medium (ACM), and non-contact co-culture (NCC) with astrocytes of porcine or rat origin. pBECs were isolated and cultured from fragments of capillaries from the brain cortices of domestic pigs 5-6 months old. These fragments were purified by careful removal of meninges, isolation and homogenization of grey matter, filtration, enzymatic digestion, and centrifugation. To further eliminate contaminating cells, the capillary fragments were cultured with puromycin-containing medium. When 60-95% confluent, pBECs growing from the capillary fragments were passaged to permeable membrane filter inserts and established in the models. To increase barrier tightness and BBB characteristic phenotype of pBECs, the cells were treated with the following differentiation factors: membrane permeant 8-CPT-cAMP (here abbreviated cAMP), hydrocortisone, and a phosphodiesterase inhibitor, RO-20-1724 (RO). The procedure was carried out over a period of 9-11 days, and when establishing the NCC model, the astrocytes were cultured 2-8 weeks in advance. Adherence to the described procedures in the protocol has allowed the establishment of endothelial layers with highly restricted paracellular permeability, with the NCC model showing an average transendothelial electrical resistance (TEER) of 1249 &#177; 80 &#937; cm2, and paracellular permeability (Papp) for Lucifer Yellow of 0.90 10-6 &#177; 0.13 10-6 cm sec-1 (mean &#177; SEM, n=55). Further evaluation of this pBEC phenotype showed good expression of the tight junctional proteins claudin 5, ZO-1, occludin and adherens junction protein p120 catenin. The model presented can be used for a range of studies of the BBB in health and disease and, with the highly restrictive paracellular permeability, this model is suitable for studies of transport and intracellular trafficking.

Improved Method for the Establishment of an In Vitro Blood-Brain Barrier Model Based on Porcine Brain Endothelial Cells

The aim of the protocol is to present an optimized procedure for the establishment of an in vitro blood-brain barrier (BBB) model based on primary porcine brain endothelial cells (pBECs). The model shows high reproducibility, high tightness, and is suitable for studies of transport and intracellular trafficking in drug discovery.

Yöntem bir Vitro kan - beyin bariyerini modeli domuz beyin endotel hücreleri temel alan kurulması için geliştirilmiş

The aim of this protocol presents an optimized procedure for the purification and cultivation of pBECs and to establish in vitro blood-brain barrier (BBB) ...