Yazarlar Medicago truncatula örnekleri sağlamak için UW-Madison Tarla Bitkileri Bölümü&#39;nde Dr Jean-Michel Ane kabul etmek istiyorum. Bu çalışma, Ulusal Bilim Vakfı (NSF) fon tarafından kısmen desteklenen hibe CHE-0957784, Wisconsin Üniversitesi Enstitüsü ve Wisconsin Mezunlar Araştırma Vakfı (warf) ve Romnes Fakültesi Araştırma Bursu programı (LL). EG, bir NSF Lisansüstü Araştırma Bursu (DGE-1256259) kabul eder.

1.. Aletler <ol><li> MALDI-TOF/TOF MSI. Küçük moleküllerin analizi için bir MALDI kaynağı ile donatılmış bir kütle spektrometresi (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) kullanın. Ilgi Analitlerin bağlı olarak pozitif ya da negatif iyon modunda satın almalar gerçekleştirin. Ilgi konusu bir kitle aralığını belirleme ve iyon görüntüleri oluşturmak için numunenin yüzeyi boyunca x ve y boyutları hem de 50 um aralıklarla 500 lazer vuruşla / nokta toplar. Lazer çekim raster genişliği ve sayısı, sırasıyla daha yüksek uzamsal çözünürlük ve maksimum sinyal yoğunluğu elde etmek için ayarlanabilir. DHB matris tepe ya da kütle spektrumu kalibre etmek için slayt ya da doğrudan dokuya uygulanan iç standartları kullanarak. </li><li> Yüksek Çözünürlüklü LC-MS. (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) LC-MS HILIC bir sütun ilgi analitlerle bağlı olan bir C-18 kolonu, veya normal faz (NP) ile ters faz (RP) LC kullanarak Çalıştır örnek özler. Mobil fazları ve kullanınözel numune türüne uygun olarak geçişlerini. Numune türüne bağlı olarak pozitif ya da negatif iyon modlarında satın almalar gerçekleştirin. </li></ol> 2. Doku Hazırlanması <ol><li> Nodüle bağlı kök 3-4 mm bırakarak, bitki kök nodül kesin. </li><li> Hemen ayrıldıktan sonra, bir kriyostat fincan doku yerleştirin ve jelatin (deiyonize su içinde 100 mg / ml) ile karşılamak için forseps kullanır. Doku hava kabarcıkları ile fincanın alt tutulmak için bu gereklidir. </li><li> Flaş jelatin sertleşir ve opak hale gelinceye kadar bir kuru buz / etanol banyosu içerisinde fincan yerleştirerek doku dondurma. -80 ° C&#39;de kullanıma kadar saklayın örnekleri. </li><li> Numuneler kaldırmak -80 ° C derin dondurucuya, plastik karyostat fincan kesip ve aşırı jelatin uzak trim. Ekim doku dokunmak icar değil iken, optimum kesim sıcaklığında (Ekim) medya bir kuruş büyüklüğünde bir miktar ile karyostat aynasının için gömülü doku monte edin. Kriostat koyunuzEkim katılaşıncaya kadar kutu. </li><li> Ayna ve jelatin yaklaşık 15 dakika boyunca (-20 veya -25 ° C&#39;ye set) karyostat kutusuna gelmesini sağlayınız. </li><li> Arkasını (non-ITO ısıtarak ITO kaplı cam üzerine her dilim montaj sirostat (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) bölüm dokuya yaklaşık bir hücrenin kalınlığı (8-20 mikron doku tipine bağlı olarak) ve çözülme kullanın elinizin arkasında bir ITO kaplı cam slayt tarafı) kaplı. Dondurulmuş doku dilim yakın ısındı slayt ITO kaplı tarafı yerleştirin ve dilim slayt üzerine sopa sağlar. Slayt üzerinde birbirine yakın bölümlere yerleştirerek MSI sırasında daha iyi uyum sağlayacaktır. </li></ol> 3. Matrix Uygulama <ol><li> MALDI Matrix Airbrush Uygulama <ol><li> Tüm prosedürler pistole bir çeker ocak içinde yapılmalıdır. </li><li> Iyice airbrush çözüm kabı ve memeyi (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) metanol ile temizleyin veDHB matris çözelti ile çözelti kabı doldurmak (% 50 methanol/0.1% TFA v 150 mg / ml / h). </li><li> Yaklaşık 35 cm numuneden airbrush tutun ve 10 saniye püskürtme süresi ve her bir kat arasında 30 saniye kurutma süresi ile sürgünün yüzeyinde matris 10-15 kat uygulanır. </li><li> Matris çözeltisinden tıkanmasını önlemek için bittiğinde metanol ile iyice tekrar airbrush temizleyin. </li></ol></li><li> MALDI Matrix Otomatik Püskürtme Uygulama <ol><li> Otomatik püskürtücü sistem üreticileri tarafından sağlanan start-up talimatları izleyin. </li><li> 40 mg / ml &#39;si kullanılarak kök nodüllerde metabolitlerin MSI (% 50 methanol/0.1% TFA in v / v) DHB matris olarak, ~ 80 ° C, hızı 1250 mm / dk, 50 akış hızı için, sıcaklığı ayarlamak için ul / dakika, ve 24 geçiş sayısı. En iyi kapsama alanı için, bu ağızlık 90 ° ve / veya her bir geçiş arasında meme 1,5 mm ofset döndürmek için tavsiye edilir. Püskürtücü yöntemini başlatın. Bir si olarakde not, burada kullanılan özel püskürtme sistemi, çözücünün buharlaştırılması için daha hızlı bir memeyi ısıtır. Çözücü buharlaşır olarak, matrisin hızlı konsantrasyonu artar. Hava püskürtmeli ve otomatik püskürtme ile numuneye uygulanan matris konsantrasyonları karşılaştırılabilir. </li><li> Otomatik püskürtücü sistem üreticileri tarafından sağlanan kapatma talimatları izleyin. </li></ol></li><li> MALDI Matrix Sublime Uygulama <ol><li> (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) yüceltme odasının dibine 300 mg DHB dışarı tartılır. </li><li> Doku bölümleri çift taraflı iletken bant ile aşağı bakacak soğuk parmağı (yüceltme odasının üst kısmı) için cam slayt sopa. Hatta matriks birikimi üreten, hatta iletkenlik için çift taraflı bant ile slayt tüm geri örtün. </li><li> Birlikte C-kelepçe ile süblimasyon haznesinin üst ve alt yarıları sıkıştırma parçası. Vakum ve reklam bağlayınüst rezervuar d buz ve soğuk su. </li><li> Oda sıcaklığında, bir ısıtma gömleği içerisinde süblime odası yerleştirin. </li><li> Vakum pompası açın. 15 dakika bekleyin ve ısıtma manto açın. Isıtma ceketi, 10 dakika boyunca, 120 ° C&#39;ye ulaşması gerekir. </li><li> 10 dakika sonra, ısı, vakum yakın valfi (yani odasının iç vakum altında kalır) kapatmak ve vakum pompası kapatın. </li><li> Vakum basıncı serbest vanayı açmak ve numunenin çıkarılması, odacık oda sıcaklığına izin verir. Süblimasyon odasının büyüklüğü cam slayt süblimleştirilerek matris miktarını belirler. Küçük odalar (150 ml&#39;lik bir cam kaba büyüklüğü) DHB &#39;yaklaşık 100 mg kullanır ve cam slayt kesim gerektirir ise daha büyük bir süblimasyon odalar (bir 400 ml çanak büyüklüğü) DHB&#39; nin yaklaşık olarak 300 mg kullanır, böylece odacık uyar. </li></ol></li></ol> 4. Image Acquisition <ol> &lt;li&gt; Mark &quot;öğretmek noktaları&quot; olarak kullanılacak bir WiteOut düzeltme sıvısı kalem ile numunenin her köşesinde bir + desen. MALDI slayt adaptör plaka içine cam slayt yerleştirin ve bir tarayıcı kullanarak örnek bir optik görüntü almak. </li><li> 50 mikron bir raster adım büyüklüğü ve eşit veya raster adım boyutundan daha küçük bir lazer çaplı enstrüman şirket tarafından sağlanan yazılımı kullanarak bir görüntü elde etme dosyayı kurmak. Bu özel alet üzerinde, en az bir lazer ayarı 40-50 um bir çapa sahip yaklaşık olarak 10 um ve küçük lazer ayarı bir lazer çapı verir. </li><li> Yazılımın içine optik görüntü yüklemek ve optik görüntü ile plaka hizalayın. </li><li> Yaygın matris küme iyonları, iç standartları, veya bir kalibrasyon karışımını kullanarak satın başlamadan önce aleti kalibre. </li><li> , Bir &quot;boşluk&quot; olarak kullanılmak üzere slayt üzerinde saf matris bir nokta da dahil olmak üzere MSI ile analiz edilecek doku alanı, belirtin. </li><li> Ac başlayınedinirken karşılaşılan. </li></ol> 5. Görüntü Üretimi <ol><li> Satıcı tarafından sağlanan ticari yazılım olarak görüntüleme dosyayı açın ve iyon görüntüleri ayıklayın. Diğer açık kaynak yazılım MSI veri işleme 19 için kullanılabilir. </li></ol> 6. Metabolit Tanımlama <ol><li> Satıcıya özel yazılımını kullanarak kütle spektrumu ilgi belirli bir m / z (Malzeme / Ekipmanları bkz. Tablo) seçin. Bir analit tepe kütle spektrumu seçilmektedir ve iyon görsel özellikle doku bölümünde lokalize oluştuğunda bir analit, bir matris iyonu ayırt edilebilir. </li><li> Bunlar analit bir listesini oluşturmak ve MS / MS deneyler. Analit numune listeleri için Temsilcisi Sonuçları Tablo 1 ve Tablo 2 bakınız. </li><li> Doğru elde etmek için (varsa veya yüksek çözünürlükte MALDI-MS), bir yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi ile hedefli LC-MS analizi yapınkütle, ilgi konusu analitlerin ölçümleri ve ayrıca karakteristik parçalanma desenleri elde etmek için, hedef analitlerin LC-MS/MS gerçekleştirin. </li><li> Hedef analitler için varsayılan kimlik belirleme için arama veri tabanı yapın. Metabolit veri tabanları arasında şunlar vardır: METLIN, ChemSpider, PubChem, KEGG ve HMDB. </li><li> Doğru kitle veritabanı araştırma gelen varsayılan kimlik doğrulamak için, standartlar, edebiyat, ve / veya parçalanma tahmini yazılım MS / MS spektrumları için hedeflenen analitlerden MS / MS maç. </li></ol>

<ol>
	<li>Seeley, E. H., Schwamborn, K., Caprioli, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+of+Intact+Tissue+Sections:+Moving+beyond+the+Microscope.">Imaging of Intact Tissue Sections: Moving beyond the Microscope.</a> J. Biol. Chem. 286, 25459-25466 (2011).</li><li>van Hove, E. R. A., Smith, D. F., Heeren, R. M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+concise+review+of+mass+spectrometry+imaging.">A concise review of mass spectrometry imaging.</a> J. Chromatogr. A. 1217, 3946-3954 (2010).</li><li>Lietz, C. B., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Qualitative+and+quantitative+mass+spectrometry+imaging+of+drugs+and+metabolites.">Qualitative and quantitative mass spectrometry imaging of drugs and metabolites.</a> Adv. Drug Deliv. Rev. 65, 1074-1085 (2013).</li><li>Ye, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MALDI+mass+spectrometry-assisted+molecular+imaging+of+metabolites+during+nitrogen+fixation+in+the+Medicago+truncatula-Sinorhizobium+meliloti+symbiosis.">MALDI mass spectrometry-assisted molecular imaging of metabolites during nitrogen fixation in the Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti symbiosis.</a> Plant J. 75, 130-145 (2013).</li><li>Ye, H., Gemperline, E., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+vision+for+better+health:+mass+spectrometry+imaging+for+clinical+diagnostics.">A vision for better health: mass spectrometry imaging for clinical diagnostics.</a> Clin. Chim. Acta. 420, 11-22 (2013).</li><li>Wei, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolomics+and+Its+Practical+Value+in+Pharmaceutical+Industry.">Metabolomics and Its Practical Value in Pharmaceutical Industry.</a> Curr. Drug Metab. 12, 345-358 (2011).</li><li>Kobayashi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Novel+Serum+Metabolomics-Based+Diagnostic+Approach+to+Pancreatic+Cancer.">A Novel Serum Metabolomics-Based Diagnostic Approach to Pancreatic Cancer.</a> Cancer Epidem. Biomar. 22, 571-579 (2013).</li><li>West, P. R., Weir, A. M., Smith, A. M., Donley, E. L. R., Cezar, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+human+developmental+toxicity+of+pharmaceuticals+using+human+embryonic+stem+cells+and+metabolomics.">Predicting human developmental toxicity of pharmaceuticals using human embryonic stem cells and metabolomics.</a> Toxicol. Appl. Pharm. 247, 18-27 (2010).</li><li>Spegel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Time-resolved+metabolomics+analysis+of+beta-cells+implicates+the+pentose+phosphate+pathway+in+the+control+of+insulin+release.">Time-resolved metabolomics analysis of beta-cells implicates the pentose phosphate pathway in the control of insulin release.</a> Biochem. J. 450, 595-605 (2013).</li><li>Pendyala, G., Want, E. J., Webb, W., Siuzdak, G., Fox, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomarkers+for+neuroAIDS:+The+widening+scope+of+metabolomics.">Biomarkers for neuroAIDS: The widening scope of metabolomics.</a> J. Neuroimmune. Pharm. 2, 72-80 (2007).</li><li>Prell, J., Poole, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+changes+of+rhizobia+in+legume+nodules.">Metabolic changes of rhizobia in legume nodules.</a> Trends Microbiol. 14, 161-168 (2006).</li><li>Kutz, K. K., Schmidt, J. J., Li, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+tissue+analysis+of+neuropeptides+by+MALDI+FTMS+in-cell+accumulation.">In situ tissue analysis of neuropeptides by MALDI FTMS in-cell accumulation.</a> Anal. Chem. 76, 5630-5640 (1021).</li><li>Stemmler, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-mass-resolution+direct-tissue+MALDI-FTMS+reveals+broad+conservation+of+three+neuropeptides+(APSGFLGMRamide,+GYRKPPFNGSIFamide+and+pQDLDHVFLRFamide)+across+members+of+seven+decapod+crustaean+infraorders.">High-mass-resolution direct-tissue MALDI-FTMS reveals broad conservation of three neuropeptides (APSGFLGMRamide, GYRKPPFNGSIFamide and pQDLDHVFLRFamide) across members of seven decapod crustaean infraorders.</a> Peptides. 28, 2104-2115 (2007).</li><li>Rubakhin, S. S., Churchill, J. D., Greenough, W. T., Sweedler, J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+signaling+peptides+in+single+mammalian+cells+using+mass+spectrometry.">Profiling signaling peptides in single mammalian cells using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 78, 7267-7272 (1021).</li><li>Neupert, S., Predel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+analysis+of+single+identified+neurons+of+an+insect.">Mass spectrometric analysis of single identified neurons of an insect.</a> Biochem. Bioph. Res. Co. 327, 640-645 (2005).</li><li>Caprioli, R. M., Farmer, T. B., Gile, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+imaging+of+biological+samples:+localization+of+peptides+and+proteins+using.">Molecular imaging of biological samples: localization of peptides and proteins using.</a> MALDI-TOF MS. Anal. Chem. 69, 4751-4760 (1997).</li><li>Baluya, D. L., Garrett, T. J., Yost, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+MALDI+matrix+deposition+method+with+inkjet+printing+for+imaging+mass+spectrometry.">Automated MALDI matrix deposition method with inkjet printing for imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 79, 6862-6867 (2007).</li><li>Hankin, J. A., Barkley, R. M., Murphy, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+as+a+method+of+matrix+application+for+mass+spectrometric+imaging.">Sublimation as a method of matrix application for mass spectrometric imaging.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 18, 1646-1652 (2007).</li><li>Robichaud, G., Garrard, K. P., Barry, J. A., Muddiman, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MSiReader:+an+open-source+interface+to+view+and+analyze+high+resolving+power+MS+imaging+files+on+Matlab+platform.">MSiReader: an open-source interface to view and analyze high resolving power MS imaging files on Matlab platform.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 718-721 (2013).</li><li>Northen, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clathrate+nanostructures+for+mass+spectrometry.">Clathrate nanostructures for mass spectrometry.</a> Nature. 449, (2007).</li><li>Shrivas, K., Hayasaka, T., Sugiura, Y., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+for+simultaneous+imaging+of+endogenous+low+molecular+weight+metabolites+in+mouse+brain+using+TiO2+nanoparticles+in+nanoparticle-assisted+laser+desorption/ionization-imaging+mass+spectrometry.">Method for simultaneous imaging of endogenous low molecular weight metabolites in mouse brain using TiO2 nanoparticles in nanoparticle-assisted laser desorption/ionization-imaging mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 83, 7283-7289 (2011).</li><li>Thomas, A., Charbonneau, J. L., Fournaise, E., Chaurand, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sublimation+of+new+matrix+candidates+for+high+spatial+resolution+imaging+mass+spectrometry+of+lipids:+enhanced+information+in+both+positive+and+negative+polarities+after+1,5-diaminonapthalene+deposition.">Sublimation of new matrix candidates for high spatial resolution imaging mass spectrometry of lipids: enhanced information in both positive and negative polarities after 1,5-diaminonapthalene deposition.</a> Anal. Chem. 84, 2048-2054 (2012).</li><li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene:+a+new+matrix+for+the+selective+analysis+of+low+molecular+weight+amines+and+direct+determination+of+creatinine+in+urine+by+MALDI-TOF+MS.">2,3,4,5-Tetrakis(3',4'-dihydroxylphenyl)thiophene: a new matrix for the selective analysis of low molecular weight amines and direct determination of creatinine in urine by MALDI-TOF MS.</a> Anal. Chem. 84, 10291-10297 (2012).</li><li>Shroff, R., Rulisek, L., Doubsky, J., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acid-base-driven+matrix-assisted+mass+spectrometry+for+targeted+metabolomics.">Acid-base-driven matrix-assisted mass spectrometry for targeted metabolomics.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 106, 10092-10096 (2009).</li><li>Shroff, R., Svatos, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proton+sponge:+a+novel+and+versatile+MALDI+matrix+for+the+analysis+of+metabolites+using+mass+spectrometry.">Proton sponge: a novel and versatile MALDI matrix for the analysis of metabolites using mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 81, 7954-7959 (2009).</li><li>Shimma, S., Setou, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Microscopy+to+Reveal+Distinct+Localization+of+Heme+B+(m/z+616)+in+Colon+Cancer+Liver+Metastasis.">Mass Microscopy to Reveal Distinct Localization of Heme B (m/z 616) in Colon Cancer Liver Metastasis.</a> J. Mass Spectrom. Soc. Jpn. 55, 145-148 (2007).</li><li>Paschke, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mirion-A+Software+Package+for+Automatic+Processing+of+Mass+Spectrometric+Images.">Mirion-A Software Package for Automatic Processing of Mass Spectrometric Images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 1296-1306 (2013).</li><li>Parry, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=omniSpect:+an+open+MATLAB-based+tool+for+visualization+and+analysis+of+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+and+desorption+electrospray+ionization+mass+spectrometry+images.">omniSpect: an open MATLAB-based tool for visualization and analysis of matrix-assisted laser desorption/ionization and desorption electrospray ionization mass spectrometry images.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 24, 646-649 (2013).</li></ol>

Yazarlar, hiçbir rakip mali çıkarlarını olmadığını beyan ederim.

Yukarıda tartışıldığı gibi, örnek hazırlama MSI akışı en kritik adımdır. Dengesiz doku gömme bazı durumlarda olası zor ya da olmamak Kesit neden olacaktır. Kesit boyutu ve yeterli dengeleme zamanı doku bütünlüğünün korunması ve katlama ve gözyaşları kaçınarak için çok önemlidir. Matris ve uygulama tekniği seçimi tespit edilecek analitlerin türlerini belirlenmesinde rol, uzamsal çözünürlük ve sonuçların tekrar elde edilebilirliğini oynayacaktır. Matrisler veya uygulama teknik...

Metabolitler ve büyüyen alan biyobelirtecin keşif, bitki ve diğer biyolojik sistemlerde metabolik yolları deşifre ve toksikoloji profil 4,6-10 dahil olmak üzere birçok önemli biyolojik uygulamalar vardır. Biyolojik sistemleri inceleyerek önemli teknik zorluk onlara 11 aksatmadan metabolomic yolları incelemektir. MALDI-MSI tek organlar 12,13 ve hatta tek hücre 14,15 analitlerin hassas algılama sağlar dokulara doğrudan analizi sağlar. Örnek hazırlama, güvenilir ve tekrarlanabilir kütle spektral görüntüler üretiminde çok önemli bir adımdır. Görüntülerin kalitesi büyük ölçüde, doku gömme ortamı, dilim kalınlığı, MALDI matris ve matris uygulama tekniği gibi faktörlere bağlıdır. Görüntüleme uygulamaları için ideal bir kesit kalınlığı bir hücre (numune tipine bağlı olarak 8-20 um) genişliğidir. MALDI bir organik, kristalinin birikimi gerektirene matris bileşimi, analit ablasyon ve iyonizasyon yardımcı olmak için numune üzerine tipik olarak bir zayıf asit,. 16 farklı matrisler farklı sinyal yoğunlukları, müdahale iyonları ve bileşikleri farklı sınıflarının iyonizasyon verimliliği sağlar. Matris aynı zamanda uygulama tekniği kütle spektrum görüntü ve farklı teknikler kalitesinde bir rol analitlerin farklı sınıflar için uygun oynar. Üç matris uygulama yöntemleri bu protokolü sunulmuştur: Pistole, otomatik püskürtücü, ve yüceltme. Airbrush matris uygulaması yaygın MALDI görüntülemede kullanılmıştır. Airbrush matris uygulamanın avantajı, nispeten hızlı ve kolay olmasıdır. Bununla birlikte, matris airbrush uygulamanın kalitesi büyük ölçüde kullanıcının beceri bağlıdır ve daha az tekrarlanabilir ve analitlerin difüzyon, özellikle de küçük moleküller 17 neden olma eğilimindedir. Otomatik püskürtücü sistemler ve matris uygulama airbrush benzer mekaniği var, ama have püskürtme daha tekrarlanabilir hale manuel pistole uygulamasıyla görülen farklılığı yok etmek için geliştirilmiştir. Bu yöntem bazen daha fazla zaman tüketen geleneksel airbrush matris uygulaması daha olabilir. Manuel airbrush ve otomatik püskürtücü sistemleri hem de solvent bazlı matris uygulaması yöntemlerdir. Ancak, özü ve yüksek kütle bileşikleri 18 gözlemlemek için çözücü gerekli yoksun; Sublime bu analit yayılmasını azaltır çünkü metabolitleri ve küçük moleküllerin kütle spektrum görüntüleme için daha popüler hale geliyor, kuru bir matris uygulaması tekniğidir. Metabolitleri Emin kimlik genellikle tandem kütle MS / MS spektrumları standartları, edebiyat, veya teorik spektrumları karşılaştırılır ile doğrulama için (MS / MS) deneyleri, ardından varsayılan kimlik elde etmek için doğru bir kitle ölçümler gerektirir. Bu protokol, yüksek çözünürlükte (kütle m / z 400 at 60.000 çözme gücü), sıvı kromatografisi (LC)-MS Medicago biyolojik sistem olarak kökler ve kök nodüller truncatula kullanarak uzamsal bilgiler ve endojen metabolitlerin emin kimlik elde etmek üzere her ikisi de MALDI-MSI kuple edilir. MS / MS deneyler MALDI-MSI veya LC-MS ile doku özleri ile ilgili doku üzerine direkt olarak gerçekleştirilen ve metabolit özdeşimlerin doğrulama için kullanılabilir. Bu protokol, M. endojen metabolitleri eşlemek için basit bir yöntem sağlar uyarlanmış ve çeşitli doku tipleri ve biyolojik sistemlerde küçük moleküllerin MSI uygulanabilir truncatula.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1270">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Gelatin</td>
			<td style="width:181px;">Difco</td>
			<td style="width:163px;"><a href="http://catalog.bd.com/bdCat/viewProduct.doCustomer?productNumber=214340">214340</a></td>
			<td style="width:611px;">heat to dissolve</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cryostat- HM 550</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:163px;">956564A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">indium tin oxide (ITO)-coated glass slides&#160;</td>
			<td>Delta Technologies</td>
			<td>CB-90IN-S107</td>
			<td>25-75-0.8 mm (width-length-thickness)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) matrix&#160;</td>
			<td>ICN Biomedicals</td>
			<td><a href="http://www.labsource.com/Catalog/Item.aspx?ItemID=1787195">PI90033</a></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Airbrush</td>
			<td>Paasche Airbrush Company</td>
			<td>TG-100D</td>
			<td>coupled with 75 ml steel container</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">Automatic matrix sprayer system- TM-Sprayer</td>
			<td>HTX Technologies, LLC</td>
			<td style="width:163px;">HTX.TMSP.H021-U</td>
			<td>Specific start-up and shut-down instructions will be given when the instrument is installed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sublimation apparatus&#160;</td>
			<td>Chemglass Life Science</td>
			<td style="width:163px;"><a href="http://www.chemglass.com/product_view.asp?pnr=CG-3038">CG-3038-01</a></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">Vaccum pump- Alcatel 2008 A</td>
			<td>Ideal Vacuum Products</td>
			<td>P10976</td>
			<td>Ultimate Pressure = 1x10-4 Torr</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ultrafleXtreme MALDI-TOF/TOF</td>
			<td style="width:181px;">Bruker Daltonics</td>
			<td style="width:163px;">276601</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">FlexImaging</td>
			<td style="width:181px;">Bruker Daltonics</td>
			<td>269841</td>
			<td>One example of &#34;vender specific software&#34;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">MALDI LTQ Orbitrap</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFADBMASZ</td>
			<td>High resolution MALDI instrument for accurate mass measurements</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:316px;">Q Exactive</td>
			<td style="width:181px;">Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAEGAAPFALGMAZR</td>
			<td>High resolution LC-MS instrument for accurate mass measurements</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

maldi-mass spectrometric imaging for the investigation of metabolites in medicago truncatula root nodules

, Bu tür ilaçlar ya da endojen metabolit olarak küçük moleküller, çalışma potansiyel olarak 1 çalışılmaktadır metabolik yollar değişikliklere neden olabilir, ilgi konusu doku homojenizasyon gerektiren doku özleri istihdam için kullanılan çoğu teknikleri. Kitle spektometrik görüntüleme (MSI) biyolojik doku örneklerinin 1-5 bozulmamış dilimleri içinde Analitlerin mekansal bilgi verebilir güçlü bir analitik araçtır. Bu teknik, proteinler, peptitler, lipidler ve bu endojen metabolitler gibi küçük moleküller de dahil olmak üzere bileşiklerin çeşitli incelemek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Matris destekli lazer desorpsiyon / iyonizasyon (MALDI)-MSI ile, birden fazla metabolit uzaysal dağılımı, aynı anda tespit edilebilir. Burada, baklagil kök ve kök üzerindeki nodüllerde hedefsiz metabolomiks MSI deneyler için özel olarak geliştirilmiş bir yöntem gerçekleşen biyolojik süreçlerin içine anlayışlar ortaya koyabilir sunulmuştur.yöntem Burada sunulan numune hazırlama görüntü edinimi, tipik bir MSI iş akışını gösterir ve küçük molekülleri tespit için yararlı birçok matris uygulama tekniklerini gösteren, matris uygulama adım üzerinde duruluyor. MS görsel üretildikten sonra, ilgi konusu metabolitlerin analizi ve tanımlanması tartışılan ve gösterilmiştir. Burada sunulan standart iş akışı kolayca farklı doku tiplerinin moleküler türler ve enstrümantasyon için modifiye edilebilir.

MSI Deneysel bir genel görünüşü Şekil 1&#39;de gösterilmiştir. Deneyin başında, numune hazırlama kritik bir adımdır. Nodüller bitki kökünden kesilmiş ve jelatin gömülür. Dondurulmuş edilirken doku, herhangi bir kabarcıkları ile, kriyostat fincan karşı bastırılmış olması gerekir, bu bölümlere edilirken bu doku daha kolay ve düzgün hizalama temin edecektir. Doku dilimlenmiş edilirken, bu, uygun kalınlıkta doku kesmek için önemli olan, çok kalın bölümden çıkarı...

Watch this Scientific Journal Video about MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules at JoVE.com

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Kitle spektometrik görüntüleme (MSI), biyolojik süreçler içine yeni anlayışlar sağlayabilir kendi doğal ortamlarında bileşikleri koruyarak, sağlam dokularda çeşitli kimyasal türler keşfetmek ve tanımlamak için kullanılan güçlü bir araçtır. Burada küçük moleküllerin analizi için geliştirilmiş bir MSI yöntem tarif edilmektedir.

Metabolitlerdeki Soruşturma MALDI-Kütle Spektrometrik Görüntüleme<em&gt; Medicago truncatula</em&gt; Kök Nodüller

Most techniques used to study small molecules, such as pharmaceutical drugs or endogenous metabolites, employ tissue extracts which require the ...

maldi-mass-spectrometric-imaging-for-investigation-metabolites

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

18.8K Görüntüleme.  University of Wisconsin- Madison.  Kitle spektometrik görüntüleme (MSI), biyolojik süreçler içine yeni anlayışlar sağlayabilir kendi doğal ortamlarında bileşikleri koruyarak, sağlam dokularda çeşitli kimyasal türler keşfetmek ve tanımlamak için kullanılan güçlü bir araçtır. Burada küçük moleküllerin analizi için geliştirilmiş bir MSI yöntem tarif edilmektedir. 

Video: MALDI-Mass Spectrometric Imaging for the Investigation of Metabolites in Medicago truncatula Root Nodules

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) plasmid. A. rhizogenes can cause hairy root formation on plant tissues and form composite plants after transformation. On these composite plants, some of the regenerated roots are transgenic, carrying the wild type T-DNA and the engineered binary vector; while the shoots are still non-transgenic, serving to provide energy and growth support. These hairy root composite plants will not produce transgenic seeds, but there are a number of important features that make these composite plants very useful in plant research. First, with a broad host range,A. rhizogenes can transform many plant species, especially dicots, allowing genetic engineering in a variety of species. Second, A. rhizogenes infect tissues and explants directly; no tissue cultures prior to transformation is necessary to obtain composite plants, making them ideal for transforming recalcitrant plant species. Moreover, transgenic root tissues can be generated in a matter of weeks. For Medicago truncatula, we can obtain transgenic roots in as short as three weeks, faster than normal floral dip Arabidopsis transformation. Overall, the hairy root composite plant technology is a versatile and useful tool to study gene functions and root related-phenotypes. Here we demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species M. truncatula.

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

We demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species Medicago truncatula.

Kompozit Bitkiler Üretimi Medicago truncatula Nodül Tahliller için kullanılan

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) ...

Biyoloji

The ex vivo Isolated Skeletal Microvessel Preparation for Investigation of Vascular Reactivity

The isolated microvessel preparation is an ex vivo preparation that allows for examination of the different contributions of factors that control vessel diameter, and thus, perfusion resistance1-5. This is a classic experimental preparation that was, in large measure, initially described by Uchida et al.15 several decades ago. This initial description provided the basis for the techniques that was extensively modified and enhanced, primarily in the laboratory of Dr. Brian Duling at the University of Virginia6-8, and we present a current approach in the following pages. This preparation will specifically refer to the gracilis arteriole in a rat as the microvessel of choice, but the basic preparation can readily be applied to vessels isolated from nearly any other tissue or organ across species9-13. Mechanical (i.e., dimensional) changes in the isolated microvessels can easily be evaluated in response to a broad array of physiological (e.g., hypoxia, intravascular pressure, or shear) or pharmacological challenges, and can provide insight into mechanistic elements comprising integrated responses in an intact, although ex vivo, tissue. The significance of this method is that it allows for facile manipulation of the influences on the integrated regulation of microvessel diameter, while also allowing for the control of many of the contributions from other sources, including intravascular pressure (myogenic), autonomic innervation, hemodynamic (e.g., shear stress), endothelial dependent or independent stimuli, hormonal, and parenchymal influences, to provide a partial list. Under appropriate experimental conditions and with appropriate goals, this can serve as an advantage over in vivo or in situ tissue/organ preparations, which do not readily allow for the facile control of broader systemic variables. 
The major limitation of this preparation is essentially the consequence of its strengths. By definition, the behavior of these vessels is being studied under conditions where many of the most significant contributors to the regulation of vascular resistance have been removed, including neural, humoral, metabolic, etc. As such, the investigator is cautioned to avoid over-interpretation and extrapolation of the data that are collected utilizing this preparation. The other significant area of concern with regard to this preparation is that it can be very easy to damage cellular components such as the endothelial lining or the vascular smooth muscle, such that variable source of error can be introduced. It is strongly recommended that the individual investigator utilize appropriate measurements to ensure the quality of the preparation, both at the initiation of the experiment and periodically throughout the course of a protocol.

The ex vivo Isolated Skeletal Microvessel Preparation for Investigation of Vascular Reactivity

An ex vivo preparation is described for isolation of the largest gracilis muscle resistance arterioles for interrogation of both vascular responses to vasoactive stimuli and the assessment of basic structural properties via passive wall mechanics.

Ex vivo</emVasküler Reaktivite incelenmesi için> İzole İskelet mikrodamar Hazırlık

The isolated  microvessel preparation is an ex vivo preparation that allows for examination of the different contributions of  factors that control vessel ...

Live Imaging of Apoptotic Cell Clearance during Drosophila Embryogenesis

The proper elimination of unwanted or aberrant cells through apoptosis and subsequent phagocytosis (apoptotic cell clearance) is crucial for normal development in all metazoan organisms. Apoptotic cell clearance is a highly dynamic process intimately associated with cell death; unengulfed apoptotic cells are barely seen in vivo under normal conditions. In order to understand the different steps of apoptotic cell clearance and to compare 'professional' phagocytes - macrophages and dendritic cells to 'non-professional' - tissue-resident neighboring cells, in vivo live imaging of the process is extremely valuable. Here we describe a protocol for studying apoptotic cell clearance in live Drosophila embryos. To follow the dynamics of different steps in phagocytosis we use specific markers for apoptotic cells and phagocytes. In addition, we can monitor two phagocyte systems in parallel: 'professional' macrophages and 'semi-professional' glia in the developing central nervous system (CNS). The method described here employs the Drosophila embryo as an excellent model for real time studies of apoptotic cell clearance.

Live Imaging of Apoptotic Cell Clearance during Drosophila Embryogenesis

Here we describe an effective method for studying dynamics of apoptotic cell clearance in vivo. This method employs live Drosophila embryos as a powerful model for monitoring phagocytosis of apoptotic cells using specific labeling of apoptotic cells and phagocytes.

Apoptotik hücresi Temizliği görüntülenmesi sırasında Canlı<em&gt; Drosophila</em&gt; Embriyo

The  proper elimination of unwanted or aberrant cells through apoptosis and  subsequent phagocytosis (apoptotic cell clearance) is crucial for normal  ...

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

For the last decade, we have tried to understand the molecular and cellular mechanisms of neuronal degeneration using Drosophila as a model organism. Although fruit flies provide obvious experimental advantages, research on neurodegenerative diseases has mostly relied on traditional techniques, including genetic interaction, histology, immunofluorescence, and protein biochemistry. These techniques are effective for mechanistic, hypothesis-driven studies, which lead to a detailed understanding of the role of single genes in well-defined biological problems. However, neurodegenerative diseases are highly complex and affect multiple cellular organelles and processes over time. The advent of new technologies and the omics age provides a unique opportunity to understand the global cellular perturbations underlying complex diseases. Flexible model organisms such as Drosophila are ideal for adapting these new technologies because of their strong annotation and high tractability. One challenge with these small animals, though, is the purification of enough informational molecules (DNA, mRNA, protein, metabolites) from highly relevant tissues such as fly brains. Other challenges consist of collecting large numbers of flies for experimental replicates (critical for statistical robustness) and developing consistent procedures for the purification of high-quality biological material. Here, we describe the procedures for collecting thousands of fly heads and the extraction of transcripts and metabolites to understand how global changes in gene expression and metabolism contribute to neurodegenerative diseases. These procedures are easily scalable and can be applied to the study of proteomic and epigenomic contributions to disease.

Purification of Transcripts and Metabolites from Drosophila Heads

We describe here the procedures for the extraction and purification of mRNA and metabolites from Drosophila heads. We are applying these techniques to better understand the cellular perturbations underlying neuronal degeneration. These methodologies can be easily scaled and adapted for other "omic" projects.

Transkript ve Metabolitler gelen saflaştırılması<em&gt; Drosophila</em&gt; Kafaları

For the last decade, we have tried to understand the molecular and cellular mechanisms of neuronal degeneration using Drosophila as a model organism. ...

In vitro Investigation of the MexAB Efflux Pump From Pseudomonas aeruginosa

There is an emerging scientific need for reliable tools for monitoring membrane protein transport. We present a methodology leading to the reconstitution of efflux pumps from the Gram-negative bacteria Pseudomonas aeruginosa in a biomimetic environment that allows for an accurate investigation of their activity of transport. Three prerequisites are fulfilled: compartmentation in a lipidic environment, use of a relevant index for transport, and generation of a proton gradient. The membrane protein transporter is reconstituted into liposomes together with bacteriorhodopsin, a light-activated proton pump that generates a proton gradient that is robust as well as reversible and tunable. The activity of the protein is deduced from the pH variations occurring within the liposome, using pyranin, a pH-dependent fluorescent probe. We describe a step-by-step procedure where membrane protein purification, liposome formation, protein reconstitution, and transport analysis are addressed. Although they were specifically designed for an RND transporter, the described methods could potentially be adapted for use with any other membrane protein transporter energized by a proton gradient.

In vitro Investigation of the MexAB Efflux Pump From Pseudomonas aeruginosa

We present a protocol for the in vitro investigation of efflux pumps from Pseudomonas aeruginosa. This protocol allows for the generation of a robust, reversible, and tunable proton gradient within the liposome membrane and hence should be adaptable to any membrane protein energized by the protomotive force.

Pseudomonas aeruginosa itibaren MexAB dışa atım pompa in vitro olarak incelenmesi

There is an emerging scientific need for reliable tools for monitoring membrane protein transport. We present a methodology leading to the reconstitution ...

Synchronization of Caulobacter Crescentus for Investigation of the Bacterial Cell Cycle

The cell cycle is important for growth, genome replication, and development in all cells. In bacteria, studies of the cell cycle have focused largely on unsynchronized cells making it difficult to order the temporal events required for cell cycle progression, genome replication, and division. Caulobacter crescentus provides an excellent model system for the bacterial cell cycle whereby cells can be rapidly synchronized in a G0 state by density centrifugation. Cell cycle synchronization experiments have been used to establish the molecular events governing chromosome replication and segregation, to map a genetic regulatory network controlling cell cycle progression, and to identify the establishment of polar signaling complexes required for asymmetric cell division. Here we provide a detailed protocol for the rapid synchronization of Caulobacter NA1000 cells. Synchronization can be performed in a large-scale format for gene expression profiling and western blot assays, as well as a small-scale format for microscopy or FACS assays. The rapid synchronizability and high cell yields of Caulobacter make this organism a powerful model system for studies of the bacterial cell cycle.

Synchronization of Caulobacter Crescentus for Investigation of the Bacterial Cell Cycle

Synchronization of bacterial cells is essential for studies of the bacterial cell cycle and development. Caulobacter crescentus is synchronizable through density centrifugation allowing a rapid and powerful tool for studies of the bacterial cell cycle. Here we provide a detailed protocol for the synchronization of Caulobacter cells.

Senkronizasyon<em&gt; Caulobacter crescentus</em&gt; Bakteriyel Hücre Döngüsü Soruşturma

The cell cycle is important for growth, genome replication, and development in all cells.  In bacteria, studies of the cell cycle have focused largely on ...

Contractility Measurements on Isolated Papillary Muscles for the Investigation of Cardiac Inotropy in Mice

Papillary muscle isolated from adult mouse hearts can be used to study cardiac contractility during different physiological/pathological conditions. The contractile characteristics can be evaluated independently of external influences such as vascular tonus or neurohumoral status. It depicts a scientific approach between single cell measurements with isolated cardiac myocytes and in vivo studies like echocardiography. Thus, papillary muscle preparations serve as an excellent model to study cardiac physiology/pathophysiology and can be used for investigations like the modulation by pharmacological agents or the exploration of transgenic animal models. Here, we describe a method of isolating the murine left anterior papillary muscle to investigate cardiac contractility in an organ bath setup. In contrast to a muscle strip preparation isolated from the ventricular wall, the papillary muscle can be prepared in toto without damaging the muscle tissue severely. The organ bath setup consists of several temperature-controlled, gassed and electrode-equipped organ bath chambers. The isolated papillary muscle is fixed in the organ bath chamber and electrically stimulated. The evoked twitch force is recorded using a pressure transducer and parameters such as twitch force amplitude and twitch kinetics are analyzed. Different experimental protocols can be performed to investigate the calcium- and frequency-dependent contractility as well as dose-response curves of contractile agents such as catecholamines or other pharmaceuticals. Additionally, pathologic conditions like acute ischemia can be simulated.

Murine left ventricular papillary muscle can be used to investigate cardiac contractility in vitro. This article describes in detail the isolation and experimental protocols to study cardiac contractile characteristics.

Farelerde Kardiyak inotropiyi Soruşturma İzole papiller Kaslar kontraktilite Ölçümleri

Papillary muscle isolated from adult mouse hearts can be used to study cardiac contractility during different physiological/pathological conditions. The ...

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological samples, designed for high-resolution magnetic resonance imaging (MRI), also referred to as MR microscopy (MRM). It may be used at pre-clinical MRI spectrometers, demonstrated on Medicago truncatula root samples. Microcoils increase sensitivity by matching the size of the RF resonator to the size of the sample of interest, thereby enabling higher image resolutions in a given data acquisition time. Due to the relatively simple design, solenoidal microcoils are straightforward and cheap to construct and can be easily adapted to the sample requirements. Systematically, we explain how to calibrate new or home-built microcoils, using a reference solution. The calibration steps include: pulse power determination using a nutation curve; estimation of RF-field homogeneity; and calculating a volume-normalized signal-to-noise ratio (SNR) using standard pulse sequences. Important steps in sample preparation for small biological samples are discussed, as well as possible mitigating factors such as magnetic susceptibility differences. The applications of an optimized solenoid coil are demonstrated by high-resolution (13 x 13 x 13 &#956;m3, 2.2 pL) 3D imaging of a root sample.

MRM Microcoil Performance Calibration and Usage Demonstrated on Medicago truncatula Roots at 22 T

A protocol to study biological tissue at high spatial resolution using ultra-high field magnetic resonance microscopy (MRM) using microcoils is presented. Step-by-step instructions are provided for characterizing the microcoils. Finally, optimization of imaging is demonstrated on plant roots.

MRM Microcoil Performans Kalibrasyonu ve Kullanımı Medicago truncatula Köklerinde 22 T'de GösterilmiştiR

This protocol describes a signal-to-noise ratio (SNR) calibration and sample preparation method for solenoidal microcoils combined with biological ...

Sample Preparation for Metabolic Profiling using MALDI Mass Spectrometry Imaging

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to investigate the biological activities during development and diseases. Metabolomics approaches&#160;are widely employed in the study of cancer, nutrition/diet, diabetes, and other physiological and pathological conditions involving metabolic processes. An advantageous tool that aids in metabolomic profiling advocated in this paper is matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI MSI). Its ability to detect metabolites in situ without labeling, structural modifications, or other specialized reagents, such as those used in immunostaining, makes MALDI MSI a unique tool in advancing methodologies relevant in the field of metabolomics. An appropriate sample preparation process is critical to yield optimal results and will be the focus of this paper.

The goal of this protocol is to provide detailed guidance on the sample preparation when planning for experiments using MALDI MSI to maximize metabolic and molecular detection in biological samples.

MALDI Kütle Spektrometresi Görüntüleme Kullanarak Metabolik Profilleme için Örnek Hazırlama

Metabolomics, the study to identify and quantify small molecules and metabolites present in an experimental sample, has emerged as an important tool to ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, which can effectively explore the interaction relationship or co-occurrence model of different microbial species in different environments. The purpose of this manuscript is to provide details on how to use the weighted correlation network algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in microbial communities due to different ecological environments. All analysis of the experiment is performed in the WGCNA package. WGCNA is an R package for weighted correlation network analysis. The experimental data used to demonstrate these methods were microbial community data from the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database for three niches of the rice (Oryza sativa) root system. We used the weighted correlation network algorithm to construct co-abundance networks of microbial community in each of the three niches. Then, differential co-abundance networks among endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil were identified. In addition, the core genera in network were obtained by the "WGCNA" package, which plays an important regulated role in network functions. These methods enable researchers to analyze the response of microbial network to environmental disturbance and verify different microbial ecological response theories. The results of these methods show that the significant differential microbial networks identified in the endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil of rice.

Network analysis was applied to evaluate the association of various ecological microbial communities, such as soil, water and rhizosphere. Presented here is a protocol on how to use the WGCNA algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in the microbial communities due to different ecological environments.

Ağırlıklı Korelasyon Ağlarına Dayalı Farklı Habitatlarda Kök Mikrobiyotasının Ayrışması

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...