Bu çalışma kısmen aşağıdaki her birinden RAW için fon tarafından desteklenmiştir: NIH hibe K01 DK083512, DP2&#39;deki OD008470 ve R01 DK100237; 5-FY12-75 Dimes Basil O&#39;Connor Başlatan Akademik hibe # Mart; Bilim ve Biyolojik Bilimler Bölümü Notre Dame College Üniversitesi&#39;nden fonları başlar. Biz özellikle kök hücre araştırmaları teşvik etmek Notre Dame Üniversitesi cömert bir hediye kazandırdığı tüm Gallagher Ailesi ile birlikte, Elizabeth ve Michael Gallagher teşekkür etmek istiyorum. Maliyeciler çalışma tasarımı, veri toplama ve analizi, yayınlamak kararı, ya da yazının hazırlanmasında herhangi bir rolü vardı. Biz onların destek için Biyolojik Bilimler Bölümü kurmayları teşekkür ederiz ve bizim Zebra balığı koloni bakımı ve refahı onların üstün özveri için Notre Dame Zebra Araştırma Merkezi. Son olarak, biz, onların yorumları, tartışmaları ve bu iş hakkında anlayışlar bizim araştırma laboratuvarında üyelerine teşekkürde doğal olarak araştırma için en mükemmel kirpik araçlar yapmak için kedi bıyık döken sağlamak için Marigold (Maripooka) ve Zinnia Wingert gibi.

<ol><li>Laale, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+biology+and+use+of+zebrafish%2C+Brachydanio+rerio+in+fisheries+research.+A+literature+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+Fish+Biol%22%5BJournal%5D)">The biology and use of zebrafish, Brachydanio rerio in fisheries research. A literature review.</a> J Fish Biol. 10, 121-173 (1977).</li>
<li>Lieschke, G. J., Currie, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Animal+models+of+human+disease%3A+zebrafish+swim+into+view%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Animal models of human disease: zebrafish swim into view.</a> Nat Rev Genet. 8, 353-367 (2007).</li>
<li>Goldsmith, J. R., Jobin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Think+small%3A+zebrafish+as+a+model+system+of+human+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomed+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Think small: zebrafish as a model system of human pathology.</a> J Biomed Biotechnol. 2012, (2012).</li>
<li>Howe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496, 498-503 (2013).</li>
<li>Drummond, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kidney+development+and+disease+in+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Soc+Nephrol%22%5BJournal%5D)">Kidney development and disease in the zebrafish.</a> J Am Soc Nephrol. 16, 299-304 (2005).</li>
<li>Wingert, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+cdx+genes+and+retinoic+acid+control+the+positioning+and+segmentation+of+the+zebrafish+pronephros%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet+3%22%5BJournal%5D)">The cdx genes and retinoic acid control the positioning and segmentation of the zebrafish pronephros.</a> PLoS Genet 3. , (1922).</li>
<li>Wingert, R. A., Davidson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+nephrogenesis+involves+dynamic+spatiotemporal+expression+changes+in+renal+progenitors+and+essential+signals+form+retinoic+acid+and+irx3b%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Zebrafish nephrogenesis involves dynamic spatiotemporal expression changes in renal progenitors and essential signals form retinoic acid and irx3b.</a> Dev Dyn. 240, 2011-2027 (2011).</li>
<li>Santoriello, C., Zon, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hooked%21+Modeling+human+disease+in+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Invest%22%5BJournal%5D)">Hooked! Modeling human disease in zebrafish.</a> J Clin Invest. 122, 2337-2343 (2012).</li>
<li>Tamplin, O. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+molecule+screening+in+zebrafish%3A+swimming+in+potential+drug+therapies%5BTitle%5D)+AND+%22WIREs+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Small molecule screening in zebrafish: swimming in potential drug therapies.</a> WIREs Dev Biol. 1, 459-468 (2012).</li>
<li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aWesterfield%2C+M+%22The+Zebrafish+Book.+3rd+ed%22">The Zebrafish Book. 3rd ed</a>. , University of Oregon Press. Eugene. (2000).</li>
<li>Kimmel, C. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Dyn%22%5BJournal%5D)">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203, 253-310 (1995).</li>
<li>Thisse, C., Thisse, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-resolution+in+situ+hybridization+to+whole-mount+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">High-resolution in situ hybridization to whole-mount zebrafish embryos.</a> Nat Protoc. 3, 59-69 (2008).</li>
<li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos%3A+probe+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc.+3%2C+DOI%3A+10.1101%2Fpdb.prot5036%22%5BJournal%5D)">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: probe synthesis.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5036. , (2008).</li>
<li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos%3A+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc.+3%2C+DOI%3A+10.1101%2Fpdb.prot5037%22%5BJournal%5D)">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: hybridization.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5037. , (2008).</li>
<li>Moens, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole+mount+RNA+in+situ+hybridization+on+zebrafish+embryos%3A+mounting%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc.+3%2C+DOI%3A+10.1101%2Fpdb.prot5038%22%5BJournal%5D)">Whole mount RNA in situ hybridization on zebrafish embryos: mounting.</a> CSH Protoc. 3, DOI: 10.1101/pdb.prot5038. , (2008).</li>
<li>Machluf, Y., Levkowitz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+of+mRNA+expression+in+the+zebrafish+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Visualization of mRNA expression in the zebrafish embryo.</a> Methods Mol Biol. 714, 83-102 (2011).</li>
<li>Brend, T., Holley, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zebrafish+whole+mount+high-resolution+double+fluorescent+in+situ+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Zebrafish whole mount high-resolution double fluorescent in situ hybridization.</a> J Vis Exp. 25 (25), (2009).</li>
<li>Lauter, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-color+fluorescent+in+situ+hybridization+in+the+embryonic+zebrafish+brain+using+differential+detection+systems%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Two-color fluorescent in situ hybridization in the embryonic zebrafish brain using differential detection systems.</a> BMC Dev Biol. 11 (43), 1-11 (2011).</li>
<li>Lauter, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multicolor+fluorescent+in+situ+hybridization+to+define+abutting+and+overlapping+gene+expression+in+the+embryonic+zebrafish+brain%5BTitle%5D)+AND+%22Neural+Dev%22%5BJournal%5D)">Multicolor fluorescent in situ hybridization to define abutting and overlapping gene expression in the embryonic zebrafish brain.</a> Neural Dev. 6 (10), 1-13 (2011).</li>
<li>Lagendijk, A. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Revealing+details%3A+whole+mount+microRNA+in+situ+hybridization+protocol+for+zebrafish+embryos+and+adult+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+Open%22%5BJournal%5D)">Revealing details: whole mount microRNA in situ hybridization protocol for zebrafish embryos and adult tissues.</a> Biol Open. 1, 566-569 (2012).</li>
<li>Haffter, P., Nüsslein-Volhard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large+scale+genetics+in+a+small+vertebrate%2C+the+zebrafish%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Large scale genetics in a small vertebrate, the zebrafish.</a> Int J Dev Biol. 40, 221-227 (1996).</li>
<li>Galloway, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Loss+of+Gata1+but+not+Gata2+converts+erythropoiesis+to+myelopoiesis+in+zebrafish+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">Loss of Gata1 but not Gata2 converts erythropoiesis to myelopoiesis in zebrafish embryos.</a> Dev Cell. 8, 109-116 (2005).</li>
<li>Barrallo-Gimeno, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neural+crest+survival+and+differentiation+in+zebrafish+depends+on+mont+blanc%2Ftfap2a+gene+function%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Neural crest survival and differentiation in zebrafish depends on mont blanc/tfap2a gene function.</a> Development. 131, 1463-1477 (2003).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Zebra balığı son yıllarda araştırma toplum genelinde son derece değerli bir model organizma olduğu kanıtlanmıştır. Zebra balığı yüksek omurgalıların bu genetik koruma önemli bir derecesi sergileyen ve onların anatomi, üreme ve yaşam döngüsü ile ilgili avantajları deneysel analizler, bu türün çok müsait olun. Ayrıca, Zebra balığı için geçerli moleküler tekniklerin ilerlemesi daha fazla bilimsel araştırma, bu model organizmaların kullanımını teşvik etmiştir. Örneğin, transgenik zebrafish hatları büyük bir çeşitlilik hastalığın ilerlemesini incelemek ve organogenezis dahil gelişim kilit mekanizmaları altında yatan birçok temel soruları cevaplamak için oluşturulan edilmiştir. Buna göre, hastalık ve gelişim araştırma hem de zebrafish dinamik kullanımına dayalı, hücre etiketleme yöntemleri ve sinyal ölçümü veri analizleri önemli bir yönü vardır. Da floresan kullanılması yöntemleriantikorlarının verilmesinin transgenik Zebrafish protein ekspresyonunu tespit etmek için kullanılabilir, araştırmacılar, tipik olarak bir sabit, transgenik olmayan zebra balığı örnekteki gen transkriptlerinin uzaysal lokalizasyonu incelemek isteyen 12-16 gibi standart prosedürlere dayanır. Aslında, dilek biyoloji 16 en yaygın olarak kullanılan tekniklerden biri olan ve genetik mutasyonların, kimyasal ve genetik pertürbasyonların fenotipinin karakterize etmek için kullanılan önemli bir araçtır. Bununla birlikte, DİLERİZ potansiyel tuzaklar ve zorluklar bir dizi ile ilişkilidir. Antisens ribroprobe özgüllüğünü teyit etmek için, sens riboprobları antisens riboprob boyanma özgünlüğünü değerlendirmek için bir kontrol olarak kullanılabilir. 4 ve 5 bölümleri Etiketleme ve fluoresan etiketli prob, ardından bir dioksijenin-etiketli prob tespiti amacıyla sunulmuştur, ancak bu düzen tersine çevrilebilir. Tipik haliyle, daha zayıf sinyaller (daha düşük sentezleme seviyelerine sahip genler) en dioksijenin-etiketli problar ve bu leke ile tespit ediliralgılama ve kırmızı alt-tabaka kullanılarak güçlü bir sinyal (daha bol eksprese edilmiş gen) lekelenmesi ardından mor bir alt-tabaka, ilk geliştirdi. Iki renkli reaksiyonlar gerçekleştirilir olacak Ancak, bu etiket ve yüzeylerde çeşitli kombinasyonları veri toplama ve analiz için en uygun olan prosedürü bulmak için test edilmesi tavsiye edilir. Buna ek olarak, zaman, 4-5 24 saat sonra döllenme daha erken embriyolar için tasarlandı bölümlerde verilmektedir antikor inkübasyon ve yıkama bloke edilmesi için Resim; büyük embriyolar ile bu aynı adımların uzun aralıklarla numune üzerinde tuz birikimine yol açabilir. Standart Zebra balığı embriyo DİLERİZ sorun giderme için kapsamlı ipuçları zaten literatürde 12-16 belgelenmiştir. Muhtemelen en sık ikilem yüksek arka plan. Biz gerekirse gecede MABT &#39;süper-yıkama&#39; eklenmesi, bizim deneyim olsa da, Adım 4.7 15-20 yıkar MABT yıkar sayısının artırılması tavsiye4.8 Adım devam etmeden önce, 10 ya da daha fazla kısa MABT yıkama ile bağlantılı olarak kullanıldığında çok iyi sonuçlar verir. Başka bir örnek ikilem uzun riboprobes ile oluşabilir kötü prob infiltrasyon vardır. Alkali hidroliz yoluyla aşama 3.6 aşağıdaki Riboprobe Kırkım bu karşı olabilir. Genç örnekleri ile bizim deneyim, sonda kesme genellikle gerekli değildir. Ancak, bir bu bir DİLERİZ deney sonucuna ilişkin faktörler olabilir gibi parametreleri göz önünde tutmalı ve biz gerektiği gibi kendi içinde VVISH için deneysel parametreleri geliştirmek için toplumda zaten kamuya açık bu yararlı sorun giderme talimatları incelenmesini öneririz araştırma 12. Geleneksel DİLERİZ teknikleri 12-16 ek olarak, DİLERİZ metodolojileri ve formüle edilmiş alternatif protokoller gelişmeler sürekli bir çıkışı olmuştur. Bunlar örneğin, floresan kullanımıyla olarak sinyal tespiti için yeni yollar arasında,Cence 17-19 microRNA 20 lokalizasyonunu sağlayacak yöntemler ile ilgilidir. Leke (ler) kolayca istenen bir zaman noktasında ilgi örnek içinde görüntülendi olamaz eğer öyle olsa bile, geçerli hücre etiketleme yöntemleri yapılmış birçok gelişmelere rağmen, bu prosedürlerin etkinliği etkisiz. Bu sınırlama, potansiyel olarak bu zamanlarda ortaya çıkan çeşitli gelişimsel süreçlerin anlayışımıza boşluklar yol açabilecek, bu zebrabalıkları ontogenezimizin erken embriyonik aşamalarında ilgilidir, özellikle araştırmacılar için sorunludur. Normal Zebra balığı gelişimi sırasında, yumurta sarısı kesesi giderek embriyo yaş 11 olarak boyutu azalacak. Embriyo onun bitişiğindeki sarısı kesesinde kıyasla daha büyük olduğu için, bu nedenle, bu sonraki gelişim evreleri (&gt; 24 saat sonra döllenme) de, DİLERİZ boyama analiz etmek oldukça basittir. Bununla birlikte, bu (erken somitogenesis için kuyruk tomurcuk aşamasından durum olmadığında embriyonikopak sarısı kese bazen lekenin görselleştirme karanlık bir yere kütlesi) sarısı etrafında konumlandırılmıştır. Sonuç olarak, düz bir montaj metodu (Şekil 1 ve Şekil 2&#39;de gösterilmektedir), erken embriyo zebra balığı numunelerin karakterizasyonu ile ilgili görüntü ve veri analizi sorunları hafifletmeye yardımcı olmak için geliştirilmiştir ve genel olarak izole edilmiş genetik mutasyon sistematik fenotipleme beri kullanılmaktadır Büyük ölçekli ilk genetik ekranlarında 21. Düz montaj tekniğinin gelişiyle bu yana, erken gelişim evrelerinin analizi önemli ölçüde geliştirilmiştir. Sarısı embriyo kaldırılır sonra, görüntüleme için istenen yönde bir cam slayt embriyo düz koymak mümkündür. Bu iki boyutlu pozisyon örnek döndürmek için olan ihtiyacı ortadan kaldırır, aynı anda tüm embriyo görüş sağlar. Çok sayıda doku gibi embriyo geniş etki alanları bulunurkan ve böbrek oluşturan ön-maddeleri. Ayrıca, tek tek seferde birkaç farklı gelişen dokuları karşılaştırmak gerekebilir. Düz montaj aynı anda böyle hücre gruplarının tüm etki alanı görüntülemek için, ve böylece büyük ölçüde böyle bir doku veya hücre sayımları için bir alan ölçümü olarak quantifications yardımcı olabilir araştırmacı sağlar. Bu teknik sonuçta Hematopöz, nöron ve organogenezi altında yatan önemli gelişim çeşitli mekanizmalar ile ilgili birçok keşifler için kurşun yardımcı olmuştur. Böylece, bir zamanlar hakim, araştırmacılar için bu basit tekniği için uygulamalar çok önemli. Örneğin, hematopoez sırasında soy seçim inceleyen bir çalışmada, yassı hücre gruplarının 14 ve 18 aşamaları (ss) at zebra balığı embriyoların preparatlar monte arasındaki pu.1 çinko parmak transkripsiyon faktörünün ifadesi desen meydana gelen değişiklikleri göstermek için kullanılmıştır vahşi tip ve GATA1 morfolino embriyolar 22 enjekte edilir.Bu yöntem, GATA1 büyük olasılıkla bu zaman noktasında yaklaşık ara hücre kütlesinin (ICM) içinde pu.1 ekspresyonunu düzenleyen olduğunu gösteren, 18 ss bir genişletilmiş pu.1 etki saptanmasını sağlamıştır. - / - Gtpbp1 ve epsin dahil olmak üzere farklı genlerin eritroid için boyandı ilave sabit monte edilmiş embriyolar GATA1 edildi vlt mutantlar bu genlerin ekspresyonunda bir kayıp gösterdi. Ileri analizler biklf ve gata faaliyet bağımsız olduğu bilinen testhymin gibi erythoid genlerin ifadesinde hiçbir değişiklik gösterdi. Bu nedenle, bunların diğer deney sonuçları ile birlikte, bu GATA1 miyelo-eritroid soyu içinde hücrelerinin farklılaşmasının düzenlenmesinde gerekli olduğu ortaya çıkmıştır. Nöral krest gelişim çalışmada, düz bağlar bir çalışmada (mob m610) mutantlar mont blanc Crestin ifadesini incelemek için kullanılmıştırMont Blanc ve tfap2a gen fonksiyonu 23 rollerini inceleyerek. 10 ve 20 ss de, Crestin ifadesi tamamen kafasına iptal edildi ve sonuçta Mont Blanc önemi ve tfap2a düzenleme üzerinde sonuçlandırmak için bu grubu yardım, normal yabani tip ifadesine göre çete m610 mutantların gövde bölgesinde azaldı sinir ucu oluşumu esnasında. Buna ek olarak, organogenez bakımından, düz bağlar pronephros olarak bilinen Zebrafish embriyonik böbrek gelişimi esnasında erken projenitör renal alanında belirgin etki varlığı keşif, sağlamıştır. Zebra balığı embriyosu böbrek atalarıdır pronephros oluşturan nefron işlevsel birimler yol vermek nasıl çalışma korunmuş ve henüz anatomik basit sistemi, nefrogenezisi 6,7 olarak bilinen bir işlem (Şekil 4) sağlar. Düz montaj analizi yeniden belge alanları için yararlı olmuşturnal atalarıdır ve daha önce bilinmeyen idi (Şekil 5), 6,7 desenlendirme pronephros sırasında RA sinyal değişikliklerin sonuçlarını incelemek. Birlikte ele alındığında, bu örnekler bu düz normal gelişimi ve hastalıklı halleri sırasında meydana gelen çeşitli süreçlerin çalışmaya bağlama protokolünü için çok geniş bir uygulama gerçekten var olduğunu göstermektedir. Kavramsal olarak, bu düz montaj prosedürü genel olarak oldukça basittir. Ancak, bu yöntemi ana için gerekli incelik manipülasyonlar ve derecesi görsel gösteri yokluğunda efendisine oldukça zor olabilir. Dolayısıyla, bu protokol araştırmacılar, daha iyi bu tekniği gerçekleştirmek ve doku kullanımı optimize edebilirsiniz reaktifler bizim tavsiye paylaşmak için nasıl anlamak için fırsat Zebrafish modeline yeni özellikle, etkinleştirmek için derlendi. Biz bu protokol sonuçta toplumda diğerleri u olmak için en ideal örnek koşulları rafine izin umuyoruzsed prim görüntüleme, veri analizi ve yayınlarda sonuçlarının iletişim için. Sonuçta, bu deney sonuçlarının sunumu belirsiz, hangi erken embriyonik dönemde zebrafish anatomik engelleri aşmak için araştırmacılar etkinleştirmek ve bu basit ama önemli teknik kullanımı ile bu çözmelidir.

Zebra balığı, Br.rerio, gelişimsel biyoloji çalışmada yaygın olarak kullanılan bir organizma haline gelmiştir. Zebra balığı ailesine Cyprinidae ait bir tropikal tatlı su omurgalı türler vardır. Kolayca elde edilebilen ucuz ve 1 bakımı kolay olduğu gibi Zebra başlangıçta, potansiyel su kirleticilerin tehlikeleri hakkında bilgi elde etmek için çevresel araştırma için kullanıldı. Son otuz yılda, Zebra balığı nedenlerle bir dizi için bir genetik uysal omurgalı model sistem olarak kabul haline gelmiştir. Zebra balığı memeliler 2,3 gibi yüksek omurgalılar ile anatomik ve fizyolojik koruma yüksek düzeyde göstermektedir. Yeni genom dizisi açıklama insan genlerinin yaklaşık% 70&#39;inin en az bir Zebrafish muadili 4 sahip olduğunu ortaya koymuştur. Örneğin, böbrek gelişimi esnasında önemli bir rol oynayan birçok ortolog genler bu türlerin 5-7 arasında tespit edilmiştir. Bu drahücresel ve moleküler biyoloji açısından koruma matik derecesi zebrabalıkları 8 insan hastalıkları geniş bir yelpazede için modeller oluşturmak için araştırmacılar sağladı ve Zebrafish kimyasal genetik ekranlarını 9 kullanarak potansiyel ilaç tedavileri tanımlamak için değerli bir araç haline gelmiştir. Ayrıca, Zebra balığı bir model değil, sadece karmaşık bir gelişimsel süreç ve insanlarda görülen hastalık durumlarında çeşitli özetlemek, ama birkaç ek özellikler de embriyolojik çalışmalar için bir model organizma olarak itiraz yükseltmek mümkün. Zebra balığı yumurtlayarak çoğalan ve gübreleme 10 başlangıcından embriyoların kolay erişim sağlayan araştırmacılar yayın yumurtlaması ile ürerler. Diğer avantajlar embriyo boyutu, şeffaflık ve hızlı, dış gelişme 10 içerir. Ayrıca, Zebra balığı yetişkin yüksek doğurganlığını sahip ve tipik 200-500 arasında değişir nispeten büyük debriyaj boyutlarda üretimhaftada, sonuçta kolaylıkla 9 ile böyle bir fenotip bazlı kimyasal ekranlar gibi yüksek verim deneyleri, gerçekleştirmek sağlayan araştırmacıların. Hatta bu yüzden, Zebra balığı modeli tarafından sergilenmektedir avantajları bolluk rağmen, analiz ve erken gelişim evrelerinde elde edilen deneysel sonuçların iletişim ilgilendirmeyen zorluklar vardır. Bazı durumlarda, Zebra balığı embriyo doğasında anatomisi kişinin verilerinin görselleştirme belirsiz olabilir. Geliştirme 11 ilerledikçe Döllenme sonrasında ilk hücre bölünmesi olayları çok maruz kalır. Gastrulasyon sonra, embriyonik aks bu sarısı 11 etrafında sarılır ve bu şekilde, tailbud aşama (10 HPF) ortaya çıkmaktadır. Daha sonraki gelişme bölütleme dönem boyunca ilerledikçe, gövde kütle yetişen ve aynı zamanda eksenel uzama ile uzatacaktır sarısı bir kısmı ile birlikte bir kuyruk kendi merkezi sarısı kese kütlesinden dışarı uzanan şekilde11.. Tailbud ve 20 somite aşamasında (19 hpf) arasında, örneğin VVISH gibi çeşitli boyama protokollerinin kullanımı sonra belirli gelişim özelliklerini gözlemlemek çalışır, hem de borçların embriyo ve donukluk geometri görselleştirmek ve fotoğraf için zor olabilir yolk kesesi. Bu sorunları ortadan kaldırmak için bir yol sarısı kaldırmak ve daha sonra, daha basit bir şekilde analiz edilebilir iki boyutlu bir numune içine embriyo düzleştirmek etmektir. Aşağıdaki protokol ve video kaynakları başarıyla deyolk ve düz bir veya iki-renkli DİLERİZ boyanma örneği kullanılarak, tespit ve boyama aşağıdaki bir embriyo monte etmek nasıl bir kılavuz sağlar. , WISH korunmuş örneklerinde spesifik nükleik asitlerin saptanmasını mümkün kılan ve böylece dokularda tespit edilecek gen ekspresyonunun yer (ler) için izin veren yaygın olarak kullanılan bir tekniktir. , WISH teknikler yaygın olarak tarif edilmiştir ve çeşitli renk alt-tabakalar aynı zamanda ile yapılabilir griporescent algılama sistemleri 12-20. Burada gelişme tailbud ve segmentasyon aşamaları arasında Zebra balığı embriyolarının için kullanılan bizim modifiye DİLERİZ protokol sağlar. Aşağıdaki protokol Başlangıçta belirtildiği gibi alternatif DİLERİZ protokolleri, ancak, burada anlatılan düz montaj prosedürü ile uyumludur. Buna ek olarak, düz bir montaj bu protokol açıklanmayan bütün montaj immünohistokimya veya hücre soyu izleme etiket gibi mevcut görselleştirme teknikleri, herhangi bir sayı ile bağlantılı olarak kullanılabilir. Genel olarak, düz montaj tekniği iyi zebrabalıkları embriyonik gelişimin erken safhalarında ile deneylerden elde edilen verilerin üstün analiz ve sunum etkinleştirebilirsiniz.

<table><tbody><tr><td>50 X E3</td><td></td><td></td><td>250 mM NaCl, 8.5 mM KCl, 16.5 mM CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, 16.5 mM MgSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt; in distilled water. Supplement with methylene blue (1 x 10&lt;sup&gt;-5&lt;/sup&gt; M) (Sigma M9140) to inhibit contamination.</td></tr><tr><td>1 X E3</td><td></td><td></td><td>Dilute 50 X E3 in distilled water.</td></tr><tr><td>Mesh tea strainer</td><td>English Tea Store</td><td>SKU #ASTR_KEN, MPN#1705</td><td></td></tr><tr><td>Embryo incubation dish</td><td>Falcon</td><td>35-1005</td><td></td></tr><tr><td>Transfer pipette</td><td>Samco</td><td>202, 204</td><td></td></tr><tr><td>Flat bottom microcentrifuge tube</td><td>VWR</td><td>87003-300; 87003-298</td><td></td></tr><tr><td>Glass vial</td><td>Wheaton</td><td>225012</td><td></td></tr><tr><td>1x PBST</td><td></td><td></td><td>0.1% Tween-20 detergent in 1x PBS, made by diluting 10x PBS in distilled water.</td></tr><tr><td>Tween-20 stock</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB02038</td><td></td></tr><tr><td>10x PBS</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB11072</td><td></td></tr><tr><td>Paraformaldehyde</td><td>Electron Microscopy Services</td><td>19210</td><td></td></tr><tr><td>4% PFA/1X PBS</td><td></td><td></td><td>Dissolve 4% PFA (w/v) in 1x PBS, bring to boil on a hot plate in a fume hood. Cool and freeze aliquots for storage at -20 &amp;deg;C. Thaw just before use and do not refreeze stocks.</td></tr><tr><td>Filter sterilization unit</td><td>Corning</td><td>430516</td><td>1 L filter system, 0.45 &amp;mu;m CA</td></tr><tr><td>MeOH</td><td>Sigma</td><td>34860-4L</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Roche</td><td>03-115-879-001</td><td>Dissolve in distilled water to make proteinase K stock (10 mg/ml) and store aliquots at -20 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>HYB+</td><td></td><td></td><td>50% formamide, 5x SSC, 0.1% Tween-20, 5 mg/ml yeast torula RNA, 50 &amp;mu;g/&amp;mu;l heparin</td></tr><tr><td>DIG/FLU labeled riboprobe &lt;em&gt;in vitro&lt;/em&gt; transcription reaction reagents</td><td>Roche</td><td>11175025910; 11685619910</td><td>Refer to manufacturer instructions.</td></tr><tr><td>SP6 RNA polymerase</td><td>Roche</td><td>11487671001</td><td></td></tr><tr><td>T7 RNA polymerase</td><td>Roche</td><td>10881775001</td><td></td></tr><tr><td>T3 RNA polymerase</td><td>Roche</td><td>11031171001</td><td></td></tr><tr><td>RNase 1 inhibitor</td><td>Roche</td><td>3335399001</td><td></td></tr><tr><td>DNase 1 inhibitor, 10x DNase 1 buffer</td><td>Roche</td><td>4716728001</td><td></td></tr><tr><td>Glycogen</td><td>Roche</td><td>10901393001</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol (EtOH)</td><td>Sigma</td><td>E7023</td><td>Aliquot 50 ml aliquots of 100% EtOH and 70% EtOH (diluted with molecular grade water) and store at -20 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>Molecular grade distilled water</td><td>Mediatech</td><td>25-055-CM</td><td></td></tr><tr><td>Waterbath</td><td>Thermo</td><td>51221073</td><td>Model 2831</td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>Thermo</td><td>ND-2000c</td><td></td></tr><tr><td>Formamide</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB00600</td><td>Store at -20 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>20x SSC</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB13156</td><td></td></tr><tr><td>MAB</td><td></td><td></td><td>2 L formula: Into 1.5 L of distilled water, mix 23.2 g maleic acid, 17.5 g NaCl, 55.0 g Trisma base, then add 8 ml of 1M Tris-HCl pH 9.5, and then fill to 2 L. Autoclave.</td></tr><tr><td>MABT</td><td></td><td></td><td>MAB + 0.1% (v/v) Tween-20</td></tr><tr><td>Block solution</td><td></td><td></td><td>We make in 50 ml fresh aliquots: 10 ml of BSA (from 10% lab stock), 5 ml of FCS (from stock), and 35 ml of MABT. Save unused block at 4 &amp;deg;C to use for antibody solution. Note: Thaw the BSA and FCS stocks at 37 &amp;deg;C&amp;ndash;if you thaw at a higher temperature they become a thick gel (do not use).</td></tr><tr><td>FCS (fetal calf serum) stock</td><td>Invitrogen</td><td>16140089</td><td>Aliquot in 5 or 10 ml portions and store at -20 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>BSA (bovine serum albumin) stock</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB00448</td><td>Make a 10% stock diluted in MAB by dissolving the BSA flakes at room temperature with rapid stirring, then store 10 ml aliquots at -20 &amp;deg;C. Store undissolved BSA flakes at 4 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>Anti-digoxigenin antibody</td><td>Roche</td><td>11-093-274-910</td><td>Store at 4 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>Anti-fluorescein antibody</td><td>Roche</td><td>11-426-338-910</td><td>Store at 4 &amp;deg;C.</td></tr><tr><td>12-well staining dish</td><td>BD-Falcon</td><td>35-3225</td><td></td></tr><tr><td>Pre-staining buffer</td><td></td><td></td><td>100 mM Tris pH 9.5, 50 mM MgCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;, 100 mM NaCl, 0.1% (v/v) Tween-20. Always make fresh: it will precipitate in the course of a few days.</td></tr><tr><td>Staining solution-purple</td><td></td><td></td><td>For every 10 ml needed: add 45 &amp;#956;l of NBT and 35 &amp;#956;l of BCIP to fresh pre-staining buffer (not used on embryo samples).</td></tr><tr><td>Staining solution-red</td><td></td><td></td><td>For every 10 ml needed: add 31.5 &amp;#956;l of INT and 35 &amp;#956;l of BCIP to fresh pre-staining buffer (not used on embryo samples).</td></tr><tr><td>NBT stock</td><td>Sigma</td><td>N6876</td><td>Stored at -20 &amp;deg;C; powder diluted 50 mg/ml in 70% DMF, 30% water.</td></tr><tr><td>INT stock</td><td>Sigma</td><td>I8377</td><td>Stored at -20 &amp;deg;C; powder diluted 55 mg/ml in 70% DMF, 35% water.</td></tr><tr><td>BCIP stock</td><td>Sigma</td><td>B8503</td><td>Stored at -20 &amp;deg;C; powder diluted 50 mg/ml in 100% DMF.</td></tr><tr><td>DMF (dimethylformaldehyde)</td><td>American Bioanalytical</td><td>AB00450</td><td></td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Sigma</td><td>G8898</td><td>0.1 M glycine, pH 2.2</td></tr><tr><td>Small plastic Petri dish</td><td>Corning</td><td>430589, 430588</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Sigma</td><td>G7893</td><td></td></tr><tr><td>Fine forceps</td><td>Roboz</td><td>RS-1050</td><td>Dumont Tweezers Pattern #55</td></tr><tr><td>Lash tool</td><td></td><td></td><td>Constructed by affixing a suitable lash to a pipette tip (sizes ranging from P10-P1000 can be used) using superglue. We use a naturally shed human eyelash, a naturally shed animal whisker or wiry fur coat hair, or a natural or synthetic lash purchased from the beauty department at a pharmaceutical or retail store (extra long lashes are most amenable to stable mounting on the pipette tip). The pipette tip is affixed onto a straight rod (8-10 cm in length) such as a needle holder (&lt;em&gt;e.g.&lt;/em&gt;, Fisher 08-965-A) for easy handling. See &lt;strong&gt;Figure 3&lt;/strong&gt; for images of these homemade tools.</td></tr><tr><td>Glass slide</td><td>Thermo-Fisher</td><td>4445</td><td>White Frost</td></tr><tr><td>Glass coverslip</td><td>Thermo-Fisher</td><td>12-540A</td><td>18 x 18 mm</td></tr><tr><td>Modeling clay</td><td>Hasbro</td><td>Playdoh</td><td>Other craft modeling clay products can be substituted.</td></tr><tr><td>Slide holder</td><td>Thermo-Fisher</td><td>12-587-10</td><td>Cardboard tray to store slides flat.</td></tr><tr><td>Stereomicroscope</td><td>Nikon</td><td>SMZ645, SMZ1000</td><td></td></tr><tr><td>Compound microscope</td><td>Nikon</td><td>80i, 90i</td><td></td></tr></tbody></table>

flat mount preparation for observation and analysis of zebrafish embryo specimens stained by whole mount in situ hybridization

Zebra balığı embriyosu şimdi yaygın gelişimsel süreçlerinin genetik kontrolünü araştırmak ve konjenital anomaliler modellemek için temel ve biyomedikal araştırmalar için kullanılır. Yaşamın ilk gününde, Zebra balığı embriyo döllenme, bölünme, gastrulasyon, segmentasyon, ve bu tür böbrek, kalp ve merkezi sinir sistemi gibi yapıların anjiogenezis gibi pek çok gelişimsel aşamaları ilerledikçe. Embriyo yuvarlak sarısı kütle ile birlikte gelişir, çünkü küçük, zebra balığı embriyonun anatomisi bu olayların çoğu dahil dokuların görüntülenmesi ve analiz için çeşitli sorunlar ortaya koymaktadır. Böylece, doğru analiz ve tailbud ve 20 somite aşamada böyle kullanılarak boyandı gibi (sırasıyla 10 ve 19 saat sonra döllenme (hpf)) arasındaki sabit embriyonik örneklerde deneysel fenotipleri görüntüleme için bütün o, in situ hibridizasyon (DİLERİZ) monte sarısı b embriyo çıkarmak genellikle arzu edilirbütün ve bir cam slayt üzerine düz konumlandırmak için. Ancak, düz bir montaj prosedürü yerine sıkıcı olabilir. Bu nedenle, düz başarılı ve etkili bir şekilde hazırlanması çok diseksiyon tekniğin görsel gösterimi ile sağlanır almaktadır, ve aynı zamanda en uygun doku işleme yardımcı reaktifler kullanılarak yardımcı oldu. Burada, biz zebrafish embriyo gen ifadesinin bir ya da iki renk algılama için bizim DİLERİZ protokol sağlamak ve düz montaj prosedürü lekeli sabit numunenin bu örnekte yapılabilir nasıl göstermektedir. Bu, düz bir montaj protokol, zebra balığı erken gelişimi sırasında ortaya çıkan çok embriyonik yapıların çalışma geniş çapta uygulanabilir, ve sabit embriyo numuneler üzerinde yapılan diğer boyama yöntemleri ile bağlantılı olarak uygulanabilir.

Düz bir montaj protokol prosedür vücut ekseni iki boyutlu bir preparat (Şekil 1A) içine, merkezi bir yumurta sarısı oyunu sarılı olduğu normal anatomik gelen Zebrafish embriyonun dönüşümü içerir. Genç Zebrafish embriyo Tüm montaj görüntüleme embriyonik ekseni sarısı sarılı olduğu kadar doğası ile sınırlıdır. Bunun bir sonucu olarak, tam bir lateral ya da dorsal incelemeler lekeli embriyo numuneler yalnızca eksen veya belirsiz belirli dokular (Şekil 1 B) bir kısmını yakalayabilir monte edin. Buna karşılık, embriyo deyolking ve düzleşme bir kez (Şekil 1 B) görünür hale için tüm embriyonik eksen sağlar. Bu sınırlamalar bir etiket, WISH lekeli ile 13 arasındaki Somitlerin 7 bitişiğinde bulunan renal soylarının bir alt işaretleri (Mor) irx3b tespit etmek için antisens riboprobları ile etiketlenmiştir embriyo, ve myod1 (kırmızı) incelenerek gösterilmektedirSomitlerin (Şekil 1 B). Irx3b + renal progenitörlerinin alan irx3b transkriptleri yan açı ile kamera görselleştirmek için renal alan bir pratik olarak imkansız hale, merkezi sinir sistemi içinde bol olduğu için yan görünümü monte bütün olarak engellenmektedir; alan sarısı (Şekil 1 B) sarılı olduğu için embriyo bir dorsal kamera görüntüsü döndürüldüğü zaman, ayrıca irx3b + renal progenitörlerin alan sadece kısmen görülebilir. Bununla birlikte, düz bir montaj sonra aynı embriyo bir dorsal görünüşüdür irx3b + gövde ve diğer embriyonik yapılar (Şekil 1 B) boyunca Somitlerin bağlı olarak basit bir şekilde analiz edilmesi için renal progenitörlerin tüm alan sağlar. Böylece, ayrıntılı mekansal etki ideal bu yöntem ile belgelenmiş olabilir. Birkaç büyük adımlar düz montaj işleminin başarılı bir şekilde yürütülmesi olarak katılıyor. Bu techniqu gerçekleştirmek içine, sarısı topu ilk embriyo stereomikroskopta görüntülenmiştir ise böyle ince forseps bir çift ince aletler ile yapılabilir uygun embriyo (Şekil 2A), çıkartılması gerekmektedir. Sarısı topun ham ayrılmasından sonra, ince bir kirpik araç embriyo (Şekil 2B) bağlı kalmıştır sarısı granüller kazınması için kullanılmaktadır. Kalan yumurta sarısı granüllerin çıkarılması embriyonik dokuların görüntülenmesine kolaylaştırmak için yardımcı olur. Son olarak, deyolked embriyo gözlem ve yardımcıları görüntüleme yazılımı kullanılarak örnek belgeleri ve mikroskoba bağlı bir kamera sağlayan bir cam slayt (Şekil 2C), üzerinde stabil konumlandırmak için manipüle edilir. Kirpik araçları bir kolu istenirse (Şekil 3A, Malzeme masa) üzerine monte edilebilir superglue kullanarak bir pipet uygun bir kirpik birleştirilmek suretiyle inşa edilebilir ev yapımı cihazlar vardır. Farklı kirpik örnekleri üretmek için temin edilebiliruzunluğunda ve her kullanıcı düz montaj prosedürü ile deneme başlar kez farklı tercihlerini olabilir konik (Şekil 3B), açısından biraz farklı özelliklere sahip araçlar saldırmak. Kirpik numunelerinin örnekleri doğal olarak, insan kirpik döken doğal hayvan sırım gibi saç veya bıyık döken, ve nihayet piyasada mevcut kirpikler sentetik çeşitleri perakende kozmetik bölümlerinde bulunan içerir. Çevre ve bir cam slayt (Şekil 4A) üzerine yerleştirilmiş olan örnek (ler) ihtiva eden bir yerel yüksek çözünürlüklü analizi için görüntülenebilir. Prob bir arada iki renkli arzu ile erken gelişim aşamalarında yabani tip embriyo böbrek doğuran gelişmekte olan renal progenitörlerin etiket ve daha sonra düz preparasyonlar örnekleri (Şekil 4B, 4C görüntülemek üzere yapılmıştır monte etmek için kullanıldı .) Erken hücre gruplarının aşamalarında, renal progenitorlar th ile U-şeklindeki model içinde birbirinden ayrılıreşzamanlı delta C (dlc) (kırmızı) (sol sütun, Şekil 4B) 6,7 ifade paraksiyel mezoderm çevreleyen (mor) pax2a transkript eir ifadesi. DLC transkript mor bir alt-tabaka ile tespit edildi, ve arka beyin işaretleyici krox20 (kırmızı) ile bir arada etiketli zaman, daha önce de belirtildiği gibi karşılaştırıldığında, renal progenitörlerin bir rostral alt etki alanı, DLC (sağ sütun, Şekil 4B) ifade eden görselleştirilmiştir 6,7. Düz monte preparasyonlar daha sonra somitogenesis aşamaları incelemek için benzer şekilde kullanılabilir. 14 hücre gruplarının aşamada, renal belirteçler pax2a, slc4a4 ve Somitlerin (Şekil 4C) işaretleri smyhc1 (kırmızı) ile birlikte, (Mor) SLC12A3 ekspresyonunu analiz ettik. Açığa çıkarırken, bu kombinasyonlar, pax2a ile tüm renal progenitör etki eşleme sağlayacak bir alt etki alanı rostral İfade içindeki hücrelerinin bir altslc4a4a Essed ve SLC12A3 ifade böbrek atalarıdır örtüşmeyen kaudal subdomain tarafından ayırt edildi. Iki renkli DİLERİZ ve düz monte hazırlık da küçük moleküllerin 6,7 için çevresel maruziyet (Şekil 5), genetik mutasyonlar veya diğer tedirginlikler ile zebrabalıkları organogenezis sırasında hücresel etki çalışma için değerlidir. Zebra balığı NLS ve lib mutantlar aldehit dehidrojenaz 1a2 retinoik asit (RA) biyosentezi için gerekli olan bir enzimi kodlayan (eski raldh2 olarak da bilinir aldh1a2), mutasyonlar liman. RA glomerulus 6,7 olarak bilinen embriyonik böbrek kan filtre yapmak için katkı podosit hücrelerinin oluşumu da dahil olmak üzere pek çok renal hücre türlerine uygun gelişimi için gereklidir. DİLERİZ eşzamanlı t çizilmesi ile wt1a ile Podosit atalarıdır etiket yapıldıO vahşi tip embriyolarda krox20 ile smyhc1 ve arka beyin ile somitler geliştirme, mutant embriyolar, lib mutant embriyolar, ve ALDH enzim kimyasal inhibitörü, DEAB (Şekil 5) ile muamele embriyolar NLS. DEAB ile tedavi edilen embriyolar wt1a transkriptlerin bir ortadan kaldırma (Şekil 5, sağ kolon) gösterdi eksikliği aldh1a2 ifade ile Embriyolar, vahşi tip embriyolara kıyasla azaltılmış wt1a ekspresyonu gösterdi. Birlikte ele alındığında, bu temsili sonuçlar düz montaj tekniği analiz ve belge erken embriyo hassas anatomik farklılıklar, ve böylece değerli gelişim çalışmaları için uygulanacak nasıl kullanılabileceğini göstermektedir. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig1.jpg" /> Düz monte Prepa Şekil 1.. BakışZebra balığı embriyolarının için rasyon. Merkezi sarısı kütle düz bir yüzey üzerinde uzaklaştırıldı ve embriyo stabil bir şekilde yerleştirilmiş olduğu için A) düz bir montaj prosedür embriyonik ekseni boyunca dokuların eşzamanlı görünüm sağlar. Bir bütün montaj B) Görüntüler, lateral ve dorsal görünümlerinde lekeli embriyo WISH ve daha sonra düz bir montaj hazırlık yapıldı sonra. Embriyo irx3b (mor) ve myod1 (kırmızı) kodlayan gen transkript tespit etmek için antisens prob ile boyandı. <img alt="Şekil 2," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig2.jpg" /> Şekil 2.. Zebra balığı embriyolarının için düz montaj prosedürünün şematik. A) ilk olarak embriyo makroskopik olarak yumurta sarısı kütlesinin bir kısmı bertaraf deyolked, daha sonra (B) ventral yüzeyi ince kalan yumurta sarısı granüller kaldırmak deyolked, veembriyo yıkadıktan sonra (C) görsel analizi ve / veya fotoğraf görüntüleme için bir cam slayt dorsal yüzü yukarı monte edilir. <img alt="Şekil 3," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig3.jpg" /> Şekil 3. Örnek kirpik araçları fotoğrafları ince forseps göre. A) Ev yapımı kirpik araçları görünümünün üstündeki sağlanan milimetre referans ile, bir referans. B) ince forseps yanında kirpik araçları Büyütülmüş görünüm sağlamak için bir metrik cetvel bitişik yerleştirilmiş, ince forseps bir standart çift birlikte görüntülendi . İki farklı kirpik araçları elde kirpiklerinizin işaretlemek için kullanılan yıldız (*) ile gösterilir doğal insan kirpik döken, ve çift yıldız (**) doğal döken kedi bıyık elde edilen ve kesilmiş bir kirpiği işaretlemek için kullanılan biraz kör uç olun. Her case, kirpik pipet ucu ile dişli ve kademeli bir işleme cihazına bağlı pipet için kirpik çapa / stabilize etmek için güçlü bir mühür oluşturmak için superglue birkaç kat ile tutturulmuştur. <img alt="Şekil 4," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig4.jpg" /> Yabani tip zebrafish embriyo böbrek progenitör alanında gelişimsel değişiklikleri Şekil 4.. Karakterizasyonu. A) (B, C). B) Vahşi tip 1 embriyo, 3, 5 ve hücre gruplarının aşama verir renal progenitör alanının bileşiminin değerlendirmek için iki renkli WISH boyanarak analiz için görüntülenmiş bölgeyi gösteren şematik Slide embriyonik böbrek veya pronephros yükselir. (Mor boyanmış) transkripsiyon faktörü kodlayan pax2a (Sol sütun) Tutanaklar renal p dahil embriyo birkaç nüfusları, işaretlemekara mezodermden ortaya rogenitor alan. Çentik ligand DLC kodlayan transkript (kırmızı lekeli) paraksiyel mezodermden formu somitler işaretleyin. (Mor lekeli) dlc transkript ifadesi ve Beyin rhombomere işaretleyici krox20 (kırmızı lekeli) aynı embriyo incelendiğinde (Sağ sütun), dlc ifade Somitlerin bitişiğinde bulunan böbrek atalarıdır bir rostral alt etki görülebilir 14 hücre gruplarının aşamasında pax2a. C) Yabani tip embriyolar ile DLC birlikte boyanması sırasında obscured 1-5) ya da çift (mor bir renal işaretleyici bir kombinasyonu ile üçlü-lekeli, hücre gruplarının işaretleyici smyhc1 (kırmızı) ve Beyin rhombomere işaretleyici krox20 (ayrıca kırmızı). Bu aşamada (Üst panel), pax2a transkript böbrek atalarıdır ayırmak devam ediyor. (Orta, Alt paneller) böbrek progenitör topraklar içinde, bir rostral subdomain işaretlenmişslc4a4 ve SLC12A3 kodlayan transkript tarafından bir kuyruk alt etki alanı işaretleyin. <img alt="Şekil 5," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51604/51604fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51604/51604fig5.jpg" /> (Mor) wt1a ait 15 somite aşamada Şekil 5.. Genetik mutasyonlar veya retinoik asit sentezini modüle kimyasal genetik tedirginlikler nedeniyle fenotipleri karakterize düz monte preparatların kullanımı. DİLERİZ ifade desen ve smyhc1/krox20 (kırmızı) karşılaştırıldı retinoik asit (RA) üretim eksiklikleri ile yabani türleri ve embriyo arasındaki nedeniyle aldehit dehidrogenaz 1a2 (NLS ve lib mutasyonlar) veya dietilaminobenzaldehit (DEAB) ile retinaldehidin dehidrogenaz aktivitesinin kimyasal inhibe kusurlarından. Lib RA üretiminin azalması gibi, NLS biraz daha şiddetlidirlib embriyolar yabani türleri DEAB tedavi wt1a ifade komple kaldırılması ile ilişkili iken benzer şekilde, NLS mutant embriyolar sahnelenen daha wt1a transkript biraz azaltılmış boyanmasını ifade söyledi.

Watch this Scientific Journal Video about Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization at JoVE.com

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

Zebra balığı embriyo gelişim biyoloji araştırma için mükemmel bir model. Embriyogenez sırasında, zebra balığı örnek gözlem ve analiz için üç-boyutlu zorluklar sunuyor, bir yumurta sarısı kitle ile gelişir. Bu protokol situ (DİLERİZ) lekeli Zebra balığı embriyo örnekleri içinde bütün montaj iki-boyutlu düz monte hazırlıkları nasıl oluşturulacağı açıklanır.

Tüm Dağı ile Zebra balığı Embriyo örnekler Vitray gözlenmesi ve Analiz Daire Dağı Hazırlık<em&gt; In situ</em&gt; Melezleme

The zebrafish embryo is now commonly used for basic and biomedical research to investigate the genetic control of developmental processes and to model ...

flat-mount-preparation-for-observation-analysis-zebrafish-embryo

Research

JoVE Journal

Biology

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

24.4K Görüntüleme.  University of Notre Dame.  Zebra balığı embriyo gelişim biyoloji araştırma için mükemmel bir model. Embriyogenez sırasında, zebra balığı örnek gözlem ve analiz için üç-boyutlu zorluklar sunuyor, bir yumurta sarısı kitle ile gelişir. Bu protokol situ (DİLERİZ) lekeli Zebra balığı embriyo örnekleri içinde bütün montaj iki-boyutlu düz monte hazırlıkları nasıl oluşturulacağı açıklanır. 

Video: Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

Visualizing Multiciliated Cells in the Zebrafish Through a Combined Protocol of Whole Mount Fluorescent In Situ Hybridization and Immunofluorescence

In recent years, the zebrafish embryo has emerged as a popular model to study developmental biology due to traits such as ex utero embryo development and optical transparency. In particular, the zebrafish embryo has become an important organism to study vertebrate kidney organogenesis as well as multiciliated cell (MCC) development. To visualize MCCs in the embryonic zebrafish kidney, we have developed a combined protocol of whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) and whole mount immunofluorescence (IF) that enables high resolution imaging. This manuscript describes our technique for co-localizing RNA transcripts and protein as a tool to better understand the regulation of developmental programs through the expression of various lineage factors.

Visualizing Multiciliated Cells in the Zebrafish Through a Combined Protocol of Whole Mount Fluorescent In Situ Hybridization and Immunofluorescence

Cilia development is vital to proper organogenesis. This protocol describes an optimized method to label and visualize ciliated cells of the zebrafish.

Zebra balığı bütün Dağı Floresan Situ hibridizasyon ve ayirt kombine bir protokol aracılığıyla Multiciliated hücrelerde görüntülenmesi

In recent years, the zebrafish embryo has emerged as a popular model to study developmental biology due to traits such as ex utero embryo development and ...

Gelişim Biyolojisi

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. The protocol is a modified version of the standard in situ hybridization using alkaline phosphatase and substrates such as NBT/BCIP and Fast Red 1,2. This protocol utilizes standard digoxygenin and fluorescein labeled probes along with tyramide signal amplification (TSA) 3. The commercially available TSA kits allow flexible experimental design as fluorescence emission from green to far-red can be used in combination with various nuclear stains, such as propidium iodide, or fluorescence immunohistochemistry for proteins. TSA produces a reactive fluorescent substrate that quickly covalently binds to moieties, typically tyrosine residues, in the immediate vicinity of the labeled antisense riboprobe. The resulting staining patterns are high resolution in that subcellular localization of the mRNA can be observed using laser scanning confocal microscopy 3,4. One can observe nascent transcripts at the chromosomal loci, distinguish nuclear and cytoplasmic staining and visualize other patterns such as cortical localization of mRNA. Studies in Drosophila indicate that roughly 70% of mRNAs exhibit specific patterns of subcellular localization that frequently correlate with the function of the encoded protein 5. When combined with computer-aided reconstruction of 3D confocal datasets, our protocol allows the detailed analysis of mRNA distribution with sub-cellular resolution in whole vertebrate embryos.

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. We include a propidium iodide nuclear counter-stain to highlight tissue organization.

Zebra balığı Tüm Dağı Yüksek Çözünürlüklü Çift Floresan Yerinde Hibridizasyon

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Biyoloji

Dissection and Lateral Mounting of Zebrafish Embryos: Analysis of Spinal Cord Development

The zebrafish spinal cord is an effective investigative model for nervous system research for several reasons. First, genetic, transgenic and gene knockdown approaches can be utilized to examine the molecular mechanisms underlying nervous system development. Second, large clutches of developmentally synchronized embryos provide large experimental sample sizes. Third, the optical clarity of the zebrafish embryo permits researchers to visualize progenitor, glial, and neuronal populations. Although zebrafish embryos are transparent, specimen thickness can impede effective microscopic visualization. One reason for this is the tandem development of the spinal cord and overlying somite tissue. Another reason is the large yolk ball, which is still present during periods of early neurogenesis. In this article, we demonstrate microdissection and removal of the yolk in fixed embryos, which allows microscopic visualization while preserving surrounding somite tissue. We also demonstrate semipermanent mounting of zebrafish embryos. This permits observation of neurodevelopment in the dorso-ventral and anterior-posterior axes, as it preserves the three-dimensionality of the tissue.

Developmental processes such as proliferation, patterning, differentiation, and axon guidance can be readily modeled in the zebrafish spinal cord. In this article, we describe a mounting procedure for zebrafish embryos, which optimizes visualization of these events.

Diseksiyon ve Zebra balığı Embriyolar Yanal Montaj: Omurilik Kalkınma Analizi

The zebrafish spinal cord is an effective investigative model for nervous system research for several reasons. First, genetic, transgenic and gene ...

Nörobilim

A Layered Mounting Method for Extended Time-Lapse Confocal Microscopy of Whole Zebrafish Embryos

Dynamics of development can be followed by confocal time-lapse microscopy of live transgenic zebrafish embryos expressing fluorescence in specific tissues or cells. A difficulty with imaging whole embryo development is that zebrafish embryos grow substantially in length. When mounted as regularly done in 0.3-1% low melt agarose, the agarose imposes growth restriction, leading to distortions in the soft embryo body. Yet, to perform confocal time-lapse microscopy, the embryo must be immobilized. This article describes a layered mounting method for zebrafish embryos that restrict the motility of the embryos while allowing for the unrestricted growth. The mounting is performed in layers of agarose at different concentrations. To demonstrate the usability of this method, whole embryo vascular, neuronal and muscle development was imaged in transgenic fish for 55 consecutive hours. This mounting method can be used for easy, low-cost imaging of whole zebrafish embryos using inverted microscopes without requirements of molds or special equipment.

This article describes a method to mount fragile zebrafish embryos for extended time-lapse confocal microscopy. This low-cost method is easy to perform using regular glass-bottom microscopy dishes for imaging on any inverted microscope. The mounting is performed in layers of agarose at different concentrations.

Tüm Zebrabalığı Embriyolarının Uzun Zaman Atlamalı Konfokal Mikroskobu için Katmanlı Montaj Yöntemi

Dynamics of development can be followed by confocal time-lapse microscopy of live transgenic zebrafish embryos expressing fluorescence in specific tissues ...

Whole Mount Immunohistochemistry in Zebrafish Embryos and Larvae

Immunohistochemistry is a widely used technique to explore protein expression and localization during both normal developmental and disease states. Although many immunohistochemistry protocols have been optimized for mammalian tissue and tissue sections, these protocols often require modification and optimization for non-mammalian model organisms. Zebrafish are increasingly used as a model system in basic, biomedical, and translational research to investigate the molecular, genetic, and cell biological mechanisms of developmental processes. Zebrafish offer many advantages as a model system but also require modified techniques for optimal protein detection. Here, we provide our protocol for whole-mount fluorescence immunohistochemistry in zebrafish embryos and larvae. This protocol additionally describes several different mounting strategies that can be employed and an overview of the advantages and disadvantages each strategy provides. We also describe modifications to this protocol to allow detection of chromogenic substrates in whole mount tissue and fluorescence detection in sectioned larval tissue. This protocol is broadly applicable to the study of many developmental stages and embryonic structures.

Here, we present a protocol for fluorescent antibody-mediated detection of proteins in whole preparations of zebrafish embryos and larvae.

Zebrabalığı Embriyoları ve Larvalarında Tüm Mount Immunohistochemistry

Immunohistochemistry is a widely used technique to explore protein expression and localization during both normal developmental and disease states. ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of specific mRNA transcripts within whole mount specimen. This technique (adapted from Albertson and Yelick, 2005) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom at Syracuse University. The first two thirds of the Comparative Vertebrate Biology lab course gave students the opportunity to study the embryology and gross anatomy of several organisms representing various chordate taxa primarily via traditional dissections and the use of models. The final portion of the course involved an innovative approach to teaching anatomy through observation of vertebrate development employing molecular techniques in which WISH was performed on zebrafish embryos. A heterozygous fibroblast growth factor 8 a (fgf8a) mutant line, ace, was used. Due to Mendelian inheritance, ace intercrosses produced wild type, heterozygous, and homozygous ace/fgf8a mutants in a 1:2:1 ratio. RNA probes with known expression patterns in the midline and in developing anatomical structures such as the heart, somites, tailbud, myotome, and brain were used. WISH was performed using zebrafish at the 13 somite and prim-6 stages, with students performing the staining reaction in class. The study of zebrafish embryos at different stages of development gave students the ability to observe how these anatomical structures changed over ontogeny. In addition, some ace/fgf8a mutants displayed improper heart looping, and defects in somite and brain development. The students in this lab observed the normal development of various organ systems using both external anatomy as well as gene expression patterns. They also identified and described embryos displaying improper anatomical development and gene expression (i.e., putative mutants).
For instructors at institutions that do not already own the necessary equipment or where funds for lab and curricular innovation are limited, the financial cost of the reagents and apparatus may be a factor to consider, as will the time and effort required on the part of the instructor regardless of the setting. Nevertheless, we contend that the use of WISH in this type of classroom laboratory setting can provide an important link between developmental genetics and anatomy. As technology advances and the ability to study organismal development at the molecular level becomes easier, cheaper, and increasingly popular, many evolutionary biologists, ecologists, and physiologists are turning to research strategies in the field of molecular biology. Using WISH in a Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom is one example of how molecules and anatomy can converge within a single course. This gives upper level college students the opportunity to practice modern biological research techniques, leading to a more diversified education and the promotion of future interdisciplinary scientific research.

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology course in addition to vertebrate dissections. This gave students the opportunity to study gene expression patterns as well as gross anatomy, linking the study of molecular and organismal biology within one course.

Tüm Dağı In situ Moleküler Biyoloji ve organizma Biyoloji Link Hibridizasyon

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression both in terms of tissue distribution and developmental stage. Protocols are described for the use of WISH of zebrafish embryos using antisense RNA probes labeled with digoxigenin. Probes are generated by incorporating digoxigenin-linked nucleotides through in vitro transcription of gene templates that have been cloned and linearized. The chorions of embryos harvested at defined developmental stages are removed before incubation with specific probes. Following a washing procedure to remove excess probe, embryos are incubated with anti-digoxigenin antibody conjugated with alkaline phosphatase. By employing a chromogenic substrate for alkaline phosphatase, specific gene expression can be assessed. Depending on the level of gene expression the entire procedure can be completed within 2-3 days.

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

The zebrafish, a small tropical fish, has become a popular model for studying gene function during vertebrate development and disease. The temporal and spatial expression of target genes can be determined by in situ hybridization. Our improved protocol allows for the detection of low abundant transcripts with low non-specific background signal.

Yüksek Çözünürlüklü Tüm Dağı<em&gt; Yerinde</emGen İfade ve Fonksiyon Eğitim için Zebra balığı Embriyolar içinde&gt; Hibridizasyon

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis in zebrafish embryos. The whole-mount analysis provides spatial information in regard to tissue specificity of apoptosing cells, although sectioning and/or colabeling is ultimately required to pinpoint the exact cell types undergoing apoptosis. The whole-mount Casp3 assay is optimized for analysis of fixed embryos between the 4-cell stage and 32 hr-post-fertilization and is useful for a number of applications, including analysis of zebrafish mutants and morphants, overexpression of mutant and wild-type mRNAs, and exposure to chemicals. Compared to acridine orange staining, which can identify apoptotic cells in live embryos in a matter of hours, Casp3 and TUNEL assays take considerably longer to complete (2-4 days). However, because of the dynamic nature of apoptotic cell formation and clearance, analysis of fixed embryos ensures accurate comparison of apoptotic cells across multiple samples at specific time points. We have also found the Casp3 assay to be superior to analysis of apoptotic cells by the whole-mount TUNEL assay in regard to cost and reliability. Overall, the Casp3 assay represents a robust, highly reproducible assay in which to analyze apoptotic cells in early zebrafish embryos.

Certain genetic perturbations or exposure to toxins can disrupt normal developmental processes leading to death of specific cell types. The analysis of activated Caspase 3 by whole-mount immunofluorescence in zebrafish embryos reveals stage- and tissue-specific localization of cells specifically undergoing apoptosis.

Aktif Kaspaz 3 Algılama Tüm montaj immünofloresans tarafından Zebra balığı Embriyolar Apaptozun Analizi

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

Multilayer Mounting for Long-term Light Sheet Microscopy of Zebrafish

Light sheet microscopy is the ideal imaging technique to study zebrafish embryonic development. Due to minimal photo-toxicity and bleaching, it is particularly suited for long-term time-lapse imaging over many hours up to several days. However, an appropriate sample mounting strategy is needed that offers both confinement and normal development of the sample. Multilayer mounting, a new embedding technique using low-concentration agarose in optically clear tubes, now overcomes this limitation and unleashes the full potential of light sheet microscopy for real-time developmental biology.

The development of zebrafish can be followed over days with light sheet microscopy when embryos are embedded in optically clear polymer tubes with low-concentration agarose.

Çok katmanlı Zebra balığı uzun vadeli Işık Sayfalık Mikroskopi için Montaj

Light sheet microscopy is the ideal imaging technique to study zebrafish embryonic development. Due to minimal photo-toxicity and bleaching, it is ...

In Situ Hybridization Combined with Immunohistochemistry in Cryosectioned Zebrafish Embryos

As a vertebrate, the zebrafish has been widely used in biological studies. Zebrafish and humans share high genetic homology, which allows its use as a model for human diseases. Gene function study is based on the detection of gene expression patterns. Although immunohistochemistry offers a powerful way to assay protein expression, the limited number of commercially available antibodies in zebrafish restricts the application of costaining. In situ hybridization is widely used in zebrafish embryos to detect mRNA expression. This protocol describes how to obtain images by combining in situ hybridization and immunohistochemistry for zebrafish embryo sections. In situ hybridization was performed prior to cryosectioning, followed by antibody staining. Immunohistochemistry and the imaging of a single cryosection were performed after in situ hybridization. The protocol is helpful to unravel the expression pattern of two genes, first by in situ transcript detection and then by immunohistochemistry against a protein in the same section.

In Situ Hybridization Combined with Immunohistochemistry in Cryosectioned Zebrafish Embryos

This protocol describes how to obtain images by combining in situ hybridization and immunohistochemistry of zebrafish embryonic sections. In situ hybridization was performed prior to cryosectioning, followed by antibody staining. It is useful to detect the expression patterns of two genes in zebrafish if there is a paucity of antibodies.

In Situ Kriyokesitli Zebra Balığı Embriyolarında İmmünohistokimya ile Kombine Hibridizasyon

As a vertebrate, the zebrafish has been widely used in biological studies. Zebrafish and humans share high genetic homology, which allows its use as a ...

Tüm Dağı ile Zebra balığı Embriyo örnekler Vitray gözlenmesi ve Analiz Daire Dağı Hazırlık

Özet

Daha Fazla Video Keşfet