Bu araştırma Health Canada Genomik Araştırma ve Geliştirme Girişimi (GRDI) ve Biyoteknoloji Kanada Yasal Stratejisi (CRSB) tarafından finanse edildi. Yazarlar herhangi bir çıkar çatışması var.

Emin olun tüm hayvancılık, konut, taşıma ve deney, yerel kurallara ve düzenlemelere uymak ve bu deney protokolleri bir çalışmaya başlamadan önce onaylanmıştır. Açıklanan deneyler için, hayvan bakımı, taşıma ve tedavi Health Canada Hayvan Bakım Komitesi tarafından onaylandı. Tedarikçilerin bilgi için &quot;Reaktifler tablosu&quot; na bakınız. 1. Biyolojik Örnekleri Toplama <ol><li> Hücreler ya Hayvansal Dokular <ol><li> % 10 fetal sığır serumu, penisilin, 100 ünite / ml ve streptomisin, 100 ug / ml ihtiva eden F12-K ortam, insan alveolar adenokarsinoma A549 hücreleri büyütün. </li><li> 10 cm&#39;lik bir levha başına yaklaşık 1.000.000 hücre tohum hücreleri. Her deney için, enzimatik sindirim ve HPLC analizi için, toplam 12 plakalar (bir biyolojik tekrarında x dört doz başına üç levha) kadar DNA (80 ug) temin etmek üzere bir dizi kullanımı. </li><li> Hücre yoğunluğu yaklaşık daha fazla olduğundaimately plaka yüzey alanının% 70, ortamını çıkarın ve fosfat-tamponlu tuzlu su içinde 4 ml (PBS), pH 7.4 ile iki kez yıkama hücreleri. </li><li> Kültürden geçirilmiş hayvan hücreleri için bir pozitif kontrol olarak KBrO 3 kullanın. Not: KBrO 3 konsantrasyon ve 8-okso-dGuo frekansı arasındaki pozitif doğrusal bir ilişki literatürde 9&#39;da rapor edilmiştir. </li><li> PBS içinde KBrO 3 eritin. Hücre kültürü ortamı içinde nihai konsantrasyon un maruz kalan hücrelerin 8-okso-dGuo nisbetle istatistiksel olarak önemli bir artış elde etmek için daha büyük 1mM olduğundan emin olun. Dizi (örneğin, 12, 10 cm&#39;lik bir levha) her bir plaka KBrO 3 aynı konsantrasyonda ekleyin. </li><li> 37 ° C&#39;de 3 saat boyunca inkübe edin. Ortamı çıkarın ve bir kez PBS ile yıkayın. </li><li> Tripsin çözeltisinin, 1 ml (stok konsantrasyonu 2.5 ug / ml) ilave edilir ve 37 ° C&#39;de 3 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Tek bir 50 ml konik polystyr içine koymak her birinden hücreleri toplamak, 4 ml PBS ile yıkayın4 ° C&#39;de 5 dakika boyunca 1000 x g&#39;de en santrifüj tüpü, ve santrifüjlenir. </li><li> PBS çıkarın ve daha fazla analiz zamanına kadar -80 ° C &#39;de hücre pelletini saklayın. Başka bir yerde, 10 tarif edildiği gibi yapay bir DNA oksidasyonu ayrıca nükleer izolasyonu ile en aza indirilebilir. </li></ol></li><li> Hayvansal Dokular <ol><li> Gerektiğinde hayvanlar doz. Bu protokol, yetişkin (yaş 9 haftalık) zeytinyağı içinde eritilmiş 20 mg DBC / kg vücut ağırlığı başına günde üç gün üst üste her gün ağızdan sonda ile erkek Muta Fare davranın. NOT: Bu transgenik hayvan limanlar işlenmiş E. λ-bakteriyofaj ve mutasyon raportör gen, lacZ E. coli 11 transjenik rodent mutasyon deneyleri 12 kullanılır. </li><li> Hayvan nekropsi örneğin gerçekleştirin, fareler izofluran kullanılarak ve daha sonra göğüs boşluğu açılması ardından servikal dislokasyon yoluyla ötenazi olabilir anestezi. Hemen sıvı azot içinde dondurularak dokuları yanıp söner. Analize kadar -80 ° C&#39;de saklayın dokular. Not: tedavi sonrası ötenazi zamanlaması diğer bir önemli değişken olabilir (örneğin, DNA, oksitleme, sıçan beyin ve karaciğer 13 gürültü maruz bırakıldıktan sonra 72 saat sonra maksimumdu). </li></ol></li></ol> 2. DNA Ekstraksiyon, Yağış ve Wash (Dokular 2.2 Doğrudan Devam için) <ol><li> Örneğin DNAzol DNA izole maddesinin 1 ml&#39;si ile, 50 ml konik polistiren santrifüj tüpü içinde toplanmıştır hücreleri homojenize edilir. Çözüm homojen olana kadar hücre pelletini dağıtmak için 1.000 ul pipet kullanın. Yeni 1.5 ml mikrosantrifüj tüp Homojenat aktarın. 10-20 dakika süreyle buz üzerinde inkübe edin. 2.3 geçin. </li><li> 500 ul DNA izole maddesi ihtiva eden 1 ml&#39;lik bir el yapışkan olmayan bir cam homojenizatör içinde doku, 15-20 mg homojenize edilir. Yavaşça yükseltmek ve yaklaşık 1 dakika boyunca düşük homojenleştirici; yumuşak dokuların daha az zaman gerektirir. Hafif bir tedavi az DNA kesme sağlar. 10-20 dakika boyunca buz üzerinde Homojenat saklayın. </li><li> Topak10,000 x g&#39;de 10 dakika ve 1.5 ml konik bir mikrosantrifüj tüpü içinde 4 ° C&#39;de santrifüje edilerek homojenat. </li><li> Dikkatle pelet temas önlemek için dikkat ederek, yeni bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüp içine sonuçlanan süpernatant aktarın. </li><li> Homojenat 1 ml başına 0.5 ml% 100 EtOH ilave edilerek homojenat DNA hızlandırabilir. Izole ayıraç sağlamak için boruları 10 kez ters çevirin ve EtOH yeterince karıştırılır. </li><li> Bu noktada DNA çökelti (200 ul maksimum tutma kapasitesi olan, örneğin), plastik bir pipet ucu üzerine bobin ve daha sonra yeni bir 1.5 ml konik mikrosantrifüj tüpüne aktarıldı, viskoz. Not: Kısa santrifüj izole DNA kalan lisat çıkarmak için de kullanılabilir. (DNA Yıkama ve Çözme) </li><li> Izole edilmiş DNA&#39;da% 75 EtOH 1 ml ilave edilir. Tüpleri 10 kez ters yüz edilerek iyice DNA pelet Askıya. </li><li> Dikkatle tüpten etanol süzün. O th olune DNA, tüpün yan çubukları pelet. 1-2 dakika boyunca dikey tüpler saklayın ve borunun altından herhangi bir aşırı EtOH kaldırmak için bir pipet kullanın. </li><li> DNA bir kez daha yıkayın tekrarlayın ve (birkaç ay boyunca stabil) veya hemen sindirim devam -20 ° C&#39;de EtOH örnek saklamak ya. </li><li> Sindirim tamponu DNA (aşağıda tarif edilmiştir) içinde çözündürülür ve daha sonra (yani, 260 nm&#39;de emicilik NanoDrop spektrofotometre kullanılarak) standart spektroskopik yöntemler kullanılarak miktarı belirlenir. </li></ol> 3. Enzimatik Sindirim <ol><li> Uygun hacimleri birleştirerek &quot;sindirim tampon&quot; Hazırlama monobazik Na-fosfat 50 mM Na-fosfat, dibazik (2.0 mM KCI, 1.0 mM Desferal (DFO) ve 200 mM MgCI2 ihtiva eden), 50 mM (numune sayısına bağlı olarak sindirilmiş olan) (aynı zamanda 2.0 mM KCI, 1.0 mM DFO, 200 mM MgCI2 ihtiva eder). Her örnek monobazik 4,0 ul ve 17.0 ul dibazik fosfat çözeltisi gerektirir. </li> &lt;li&gt; yaklaşık 5 dakika boyunca boru ve hava-kuru numuneler altından kalan EtOH çıkarın. DNA, tamamen kurumasına değil emin olun. </li><li> Sindirim tamponu 21.0 ul 80 ug ekstre DNA çözülür I sindirimi tamponu 2.0 ul içinde çözülmüş DNase 1 birim ekleyin. </li><li> Vorteks hafifçe bir karışım elde etmek ve 37 ° C &#39;de 1.5 saat boyunca inkübasyona. </li><li> İnkübasyon süresinin sonunda, 2.0 mM KCI, 1.0 mM DFO, 200 mM MgCI2 ihtiva eden iki işlevli 50 mM Na fosfat solüsyonu 216.4 ul ekle. </li><li> Dibazik dokuz hacim, 50 mM Na-fosfat (2.0 mM KCI ile, 1.0 mM DFO ve 200 mM MgCI2) ile sindirim tamponu, bir hacim birleştirerek &quot;, sindirim tamponu-2&quot; hazırlayın. </li><li> Fosfodiesteraz 0.025 birim (PDE) I sindirimi tampon-2 16.3 ul enzim ekleyin. Pipet yukarı ve aşağı birkaç saniye, sonra hafifçe vorteks bir karışım elde etmek ve 37 ° C &#39;de 1.5 saat boyunca inkübasyona. </li><li> 0 ekleSindirim tamponu-2&#39;nin 8.0 ul alkalin fosfataz (AP) .4 birimleri. Pipet yukarı ve aşağı birkaç saniye, sonra hafifçe vorteks bir karışım elde etmek ve 37 ° C &#39;de 1.5 saat boyunca inkübasyona. 33.0 ul HPLC notu MeOH ekleyin. </li><li> Oksidasyonunu en aza indirgemek için kullanılana kadar -80 ° C &#39;de hemen, aşağıda tarif edilen ya da deposu olarak, HPLC ile sindirilmiş DNA örnekleri çalıştırın. NOT: Bu tür aralıklarla dayanmaktadır Burada önerilen 1.5 saat sindirim adımları benzer protokoller tam DNA sindirimi 9 başarmak başka bir yerde 9 ve bulgulara önerdi. Bu nedenle, sadece sınırlayıcı faktör tam sindirim süresi ve enzim inhibisyonu ve örnek homojensizlik önemsiz idi ulaşmak için varsayılmıştır. </li></ol> 4. HPLC Run: Mobil Faz, Enstrümantasyon Kur ve Bakım hazırlanması <ol><li> Tüm tampon çözümleri hazırlamak için ultra saf su kullanın ve yüksek yapışma gücü reçine (örneğin, Chelex 100 ile tedavi: stiren divinylbeiminodiasetat ile benzodioksan kopolimer yüksek afinite ile şelat geçiş metalleri) numune hazırlama sırasında metal kontaminasyonu ve DNA oksidasyonu en aza indirmek için bu iyonlar. </li><li> 250 mM Na fosfat tamponu, pH 6.2 hazırlanır. 1 bir oranı kullanarak: dibazik sodyum fosfat 3,6957 (FW = 177,99 g / mol), sodyum fosfat (FW = 119.98 g / mol) tek bazlı etmek. Örnek: Bu nedenle, 3 L stok çözümü için, monobazik ve 70,81 gr ve çift bazlı toz 28.43 gr birleştirmek örneğin kadar su ekleyin, 2.8 L ve çözeltinin pH değeri 6.2 olduğunu doğrulayın. Konsantre asitler veya bazlar ayrı ayrı değil, hazırlanan 250 mM mono veya dibazik sodyum fosfat çözümleri ile pH ayarlayın. 10 mM KCI bir konsantrasyon elde etmek için KCI 2.24 g ekleyin. </li><li> Ihtiva eden, en az bir 1 L&#39;lik, üç şişe, her mobil faz hazırlayın: solvent B - HPLC-dereceli metanol çözücü - Yatak ultra saf su ve çözücü C - adım 4.2 arasında fosfat tampon maddesi. Şişelere HPLC mobil faz besleme hortumunu takın; remaining tüpler de şişe birine (örneğin, çözelti, C) batırılmış ve karıştırılması için gerekli olmasa bile hazırlanması gerekmektedir. </li><li> Çalışma sırasında, 2.0 mM KCI, 50 mM sodyum fosfat tampon maddesi (pH 6.2) ve% 6 MeOH nihai çözelti elde etmek için% 6 çözücü A,% 74 çözücü B ve% 20 çözücü madde C olarak mobil faz çözüm karıştırın. </li><li> Elektrokimyasal dedektör elektrot ayırın onu ve elektrot temizleme solüsyonları ile temiz referans ve çalışma elektrotları ve üretici tarafından önerilen parlatma diskleri sökmeye. , Ultra saf su ile temizlenmelidir yüzeyleri durulayın nazikçe suyun silin ve dedektör sistemi açmadan önce kuru olduğundan emin olun. </li><li> Dedektörü monte edin ve elektrot mobil faz girişi bağlayın. Akış açın ve mobil faz çıkış mobil faz tüp takmadan önce elektrot doldurmak için izin verir. Optimizasyonu başlamadan önce yeni bir sütun takın. Emin olun kurulum doğru yönde ve f iseTüm üreticinin öneriler ollows. </li><li> Iyi öncesinde (örn 1 saat) numunenin HLPC enstrümantasyon açın dengeye izin ve bazal gürültüyü azaltmak için analiz eder. Önerilen ayarları için Tablo 1&#39;e bakınız; geri basınç sınırı sütun zarar görmemesi için 3000 psi ayarlanmış olmalıdır. Degazör açın. Pompalar emişli ve çözücü degrade kurma devam edin. </li><li> Kuru ana üreticinin talimatlarına uygun olarak pompalar. Mobil faz ikame edilmiş ya da hortumu giriş havasına maruz bırakıldığında hatları ıslak yapın. </li><li> Astar diski bulun ve orada 10-15 ml&#39;lik plastik şırınga yerleştirin. Şırınga tamamen çizgiyi açmadan önce takılı olduğundan emin olun. Açmak için çizgiler sadece bir tur için disk saat yönünün tersine çevirin. </li><li> Uygun HPLC arayüzü seçimi ile asal başlayın. Yavaşça çizgiler içine sıvıyı çekmek için şırınga çekin. Sıvı akan sonra asal tamamlandı; Programı izinrun bitirmek. Tüm hatlarda (enstrüman bağlı genellikle dört) için tekrarlayın. </li><li> Alternatif olarak, çizgiler zaten önceki bir kuru başbakan dan ıslanan ıslak asal (aşağıya bakınız). NOT: zaman büyük miktarda kullanır (örneğin, 2 hafta veya daha fazla) arasında geçen zaman, kuru bir asal tavsiye edilir. </li><li> % 25 HPLC kullanıcı arabirimini kullanarak her mobil faz çözücü bileşenlerinin kompozisyonu değiştirin. Arayüzünde, ardından &quot;Doğrudan Fonksiyonu&quot; seçeneğini &quot;Islak Başbakan&quot; seçeneğini seçin. Bu, aynı zamanda başbakan tüm satırları olacaktır. </li><li> Tüm hava atık konteyneri girerken ıslak asal çizgi gözlemleyerek sistemin dışında olduğundan emin olun. İyi bir asal sonra hiçbir kabarcıklar doğrultusunda kalmadığından emin olun. Kabarcıklar devam ederse, astar tekrarlayın. </li><li> Pompa dolana sonra, HPLC mobil faz hareket etmeye başlar. Elle% 6 metanol (çözücü A) ve% 94 oranında mobil faz kompozisyonu değiştirmek için HPLC arayüzü kullanınsu (Çözücü B) ve 0.9 ml / dk&#39;lık bir akış hızı seçin. 5 dk kolon temizleme aşamasından herhangi metanol temizlemek için izin verin. </li><li> 5 dakika sonra,% 6 metanol (solvent A),% 74 su (solvent B),% 20 tampon (Çözücü C) bileşimi değiştirmek 1.0 ml / dak akış hızı artar. Tablo 1&#39;de özetlenmiştir ve sütun zarar görmemesi için 3000 psi geri basınç sınırı ayarlamak gibi diğer parametreleri ayarlayın. NOT: HPLC kurulumu ile potansiyel problemler sürüklenen taban çizgisini, split tepe ve azalmış sinyal yoğunluğu içerir. Bunlar genellikle her kullanımdan sık elektrot temizleme sonrası sütun temizlik ve tampon çözeltileri kontaminasyon serbest olmasını sağlamak aşılabilir (örneğin, partikül madde veya mikrobik büyüme). </li><li> Istikrarlı bir temel sinyalini elde etmek için yaklaşık 1-1.5 saat boyunca mobil faz çalıştırın. </li><li> Enstrüman yazılım arayüzü kullanarak, Tablo 1&#39;de belirtilen ve 15 dakika kadar çalışma süresi set olarak seçin parametreleri. Sam enjekteple. Karmaşık numuneler için artan çalışma sürelerini kullan (15 dk arayla ötesinde doruklarına varlığının veya yokluğunun gözlemleyerek ampirik Bunu belirlemek). NOT: Gösterge yazılım autosampling örnek çalışma koşullarının programlama ve kurulum sağlar. </li><li> Çalışır tamamlandıktan sonra, dedektörün arabirimini kullanarak dedektör hücresi kapatın. Bu yanlış kullanım olarak dedektörü kapatmadan ilgili üreticinin tavsiyelerini uygulayın ve enstrüman zarar verebilir aşağı kapatmaya önemlidir. Cihaza zarar verebilir, bu kadar dedektör arkasına geçerek hücreyi kapatmak ETMEYİN. </li><li> Elle% 6 metanol ve% 94 su mobil faz kompozisyonu değiştirmek. 5 dakika çalıştırın. </li><li> El ile hemen, 0.7 mL / dk akış hızı azaltmak% 50 MeOH ve% 50 su bileşimi değiştirin. En az 20 dakika boyunca çalıştırın. Arıza kolon ve dedektör zarar görmesine neden olabilir önerilen süre için bu adımı çalıştırmak için. , Akış kapatın birDaha sonra gaz giderici kapatmak d. </li></ol> Standartlar 5. hazırlanması <ol><li> Yukarıdaki adımlarda 4.1-4.3 belirtildiği gibi mobil faz tampon hazırlayın. Bu örnek, enjeksiyondan sonra farklı çözümler karıştırılmasından kaynaklanan pikler önlemek için standartlar hazırlanması için HPLC mobil faz kullanmak önemlidir. </li><li> Ultra saf su, kullanımdan önce, beş, bu çözelti, bir seyreltilir ve nihai çözelti,% 6 MeOH içermelidir. </li><li> dGuo Standart NOT: dGuo tespiti için gerekli olan yüksek oksitleme potansiyeli elektro bileşikler parazit ölçüm riskini arttırabilir. Bu durum, örneğin, doğrulanabilir, standart 260 nm&#39;de dGuo UV algılama eğrisi ve AT tespiti ile oluşturulan standart bir eğriye karşılaştırarak. Her ikisi de aynı hizaya (örneğin, Ek Şekil 1) ve örnek matris etkileri dikkate alınmıştır, tek yerine AK algılama daha 260 nm&#39;de UV ile dGuo algılama ile devam edebilir. <ol><li&gt; 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü içinde dGuo 1.0 mg ölçün. 1.0 ml HPLC dereceli MeOH ekleyin. </li><li> DGuo kadar yüksek hızda Vortex tamamen erir. Bu birincil stok; birkaç hafta boyunca -20 ° C&#39;de saklayın. </li><li> İkincil dGuo stoku (0.5 mM) oluşturmak için, HPLC mobil fazı 857 ul primer dGuo stokunun 143 ul seyreltilir. Kullanılana kadar buz üzerinde saklayın ve günlük taze hazırlayın. </li><li> Bir standart eğri oluşturmak için daha başka seyreltmeler yapmak (örneğin, Tablo 2). Buz üzerinde saklayın çözümleri ve günlük taze hazırlayın. Deneysel örnekleri ile seri olarak çalıştırın standartlar. </li><li> Çalıştırmak için önce uygun voltaj bulmak için stokunun en yüksek konsantrasyonu kullanılarak dedektör gerilimi değişir. </li></ol></li><li> 8-okso-dGuo Standart <ol><li> 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü içinde 8-okso-dGuo 1.0 mg ölçün. 0.1 ml HPLC dereceli MeOH ekleyin. 8-okso-dGuo kadar yüksek hızda Vorteks tamamen erir. Bu 8-okso-dGuo birincil stok. Sev -20 ° C&#39;de saklayıneral hafta. </li><li> Ayrı bir tüp içinde, ana stoklar 2.9 ul ve HPLC hareketli faz tamponu, girdap 997,1 ul birleştirir. Bu, ikincil hisse senedi (10,000 nM) &#39;dir. </li><li> Standart eğri (250 nM) için çalışan bir çözüm oluşturmak için, ikincil hisse senedi 24.4 ul ve mobil faz tampon 975,6 ul birleştirir. </li><li> Standart bir eğri oluşturmak için gerekli çözümler sunmak için daha fazla dilüsyonları gerçekleştirin (örneğin, Tablo 3). Buz üzerinde saklayın çözümleri ve günlük taze hazırlayın. Deneysel örnekler ile çalıştırın standartları. </li></ol></li><li> Niceleme <ol><li> Için eğrinin altında kalan alan entegre iki 8-okso-dGuo (HPLC-bilgisayar arayüzü bir parçası olarak, Ek Şekil 2A &#39;ya bakınız) standart yazılımlar kullanılarak ve dGuo. </li><li> Standart eğrinin denklemi kullanarak. Standart eğri (eğri (Ek Şekil 2B) altında kalan alan vs her bir analitin bilinen konsantrasyonunu Construct 8- için oranını hesaplamakokso-dGuo her numune için / dGuo. </li></ol></li></ol> 6. Agaroz Jel Elektroforezi Not: Agaroz jel elektroforez DNA parçalanması tamamlanmasını doğrulamak için gerçekleştirilebilir. <ol><li> 750 mi ultra saf su içinde 242 g Tris bazı (FW = 121.14) çözülmesiyle, 50x Tris-asetat-EDTA (TAE) tamponu hazırlayın. 57.1 ml buzlu asetik asit ve 0.5 M EDTA, 100 ml ilave edilir (pH 8.0 EDTA, tamamen çözelti pH, mesela 8.0 NaOH ayarlandı zaman eriyecektir) ve oda sıcaklığında 1 L deposu bir son hacme ultra saf su ekleyin, Kullanmadan önce bu çözüm 50x sulandırmak. </li><li> Agaroz, 1 g tartılır ve 1-2 dakika süreyle mikrodalgada 100 mi 1x TAE tamponunda, ısıtma içinde çözülür. Agaroz kaynar ile temasını engellemek için gözlük ve koruyucu ekipman kullanın. </li><li> (: Mutajen dikkat) ve agaroz jel çalışan aparat içine dökün, yaklaşık 50 ° C&#39;ye kadar çözüm soğutun, 5 ul etidyum bromür ekleyin. Tarağı yerleştirin.</li><li> (Hacim tarak boyutuna bağlıdır, tipik, DNA örneği 10-20 ul yüklenir, 6x çalışan boya ile karışık görselleştirmek ve yüklemeyi kolaylaştırmak için), çözüm katılaşır kadar bekleyin jel üzerinde TAE tamponu dökün ve örnekleri yükleyin. </li><li> Boya jel yaklaşık 2/3 uzunlukta geçirir kadar jel çalıştırın (örneğin, 45 dakika 150 V). UV ışığı altında, DNA bantları görselleştirmek. </li></ol>

<ol>
	<li>Helbock, H. J., Beckman, K. B., Shigenaga, M. K., Walter, P. B., Woodall, A. A., Yeo, H. C., Ames, B. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+oxidation+matters:+The+HPLC-electrochemical+assay+of+8-oxo-deoxyguianosine+and+8-oxo-guanine.">DNA oxidation matters: The HPLC-electrochemical assay of 8-oxo-deoxyguianosine and 8-oxo-guanine.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 95 (1), 288-293 (1998).</li><li>Valavanidis, A., Vlachogianni, T., Fiotakis, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=8-hydroxy-2'+-deoxyguanosine+(8-OHdG):+A+critical+biomarker+of+oxidative+stress+and+carcinogenesis.">8-hydroxy-2' -deoxyguanosine (8-OHdG): A critical biomarker of oxidative stress and carcinogenesis.</a> J. Environ. Sci Health C Environ. Carcinog. Ecotoxicol. Rev. 27 (2), 120-139 (2009).</li><li>Cadet, J., Bellon, S., Douki, T., Frelon, S., Gasparutto, D., Muller, E., Pouget, J. P., Ravanat, J. L., Romieu, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Radiation-induced+DNA+damage:+formation,+measurement,+and+biochemical+features.">Radiation-induced DNA damage: formation, measurement, and biochemical features.</a> J Environ Pathol Toxicol Oncol. 23 (1), 23-23 (2004).</li><li>Weiss, J. M., Goode, E. L., Ladiges, W. C., Ulrich, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polymorphic+variation+in+hOGG1+and+risk+of+cancer:+a+review+of+the+functional+and+epidemiologic+literature.">Polymorphic variation in hOGG1 and risk of cancer: a review of the functional and epidemiologic literature.</a> Mol. Carcinog. 42 (3), 127-141 (2005).</li><li>Culp, S. J., Cho, B. P., Kadlubar, F. F., Evans, F. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+and+Conformational+Analyses+of+8-hydroxy-2'-deoxyguanosine.">Structural and Conformational Analyses of 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine.</a> Chem. Res. Toxicol. 2 (6), 416-422 (1989).</li><li>Cooke, M. S., Loft, S., Olinski, R., Evans, M. D., Bialkowski, K., Wagner, J. R., Dedon, P. C., M&#248;ller, P., Greenberg, M. M., Cadet, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+standardized+description+of+and+nomenclature+concerning+oxidatively+damaged+nucleobases+in+DNA.">Recommendations for standardized description of and nomenclature concerning oxidatively damaged nucleobases in DNA.</a> Chem. Res. Toxicol. 23 (4), 705-707 (2010).</li><li>Jang, Y. H., Goddard, W. A. 3. r. d., Noyes, K. T., Sowers, L. C., Hwang, S., Chung, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=First+principles+calculations+of+the+tautomers+and+pKa+values+of+8-oxoguanine:+implications+for+mutagenicity+and+repair.">First principles calculations of the tautomers and pKa values of 8-oxoguanine: implications for mutagenicity and repair.</a> Chem. Res. Toxicol. 15 (8), 1023-1035 (2002).</li><li>Park, J. -. H., Gopishetty, S., Szewczuk, L. M., Troxel, A. B., Harvey, R. G., Penning, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Formation+of+8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine+(8-oxo-dGuo)+by+PAH+o-quinones:+involvement+of+reactive+oxygen+species+and+copper(ii)/copper(i)+redox+cycling.">Formation of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxo-dGuo) by PAH o-quinones: involvement of reactive oxygen species and copper(ii)/copper(i) redox cycling.</a> Chem. Res. Toxicol. 18 (6), 1026-1037 (2005).</li><li>Mangal, D., Vudathala, D., Park, J. H., Lee, S. H., Penning, T. M., Blair, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+7,8-dihydro-8-oxo-2'-deoxyguanosine+in+cellular+DNA+during+oxidative+stress.">Analysis of 7,8-dihydro-8-oxo-2'-deoxyguanosine in cellular DNA during oxidative stress.</a> Chem. Res. Toxicol. 22 (5), 788-797 (2009).</li><li>Ravanat, J. L., Douki, T., Duez, P., Gremaud, E., Herbert, K., Hofer, T., Lasserre, L., Saint-Pierre, C., Favier, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+background+level+of+8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine:+an+isotope+based+method+to+evaluate+artefactual+oxidation+of+DNA+during+its+extraction+and+subsequent+work-up.">Cellular background level of 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine: an isotope based method to evaluate artefactual oxidation of DNA during its extraction and subsequent work-up.</a> Carcinogenesis. 23 (11), 1911-1918 (2002).</li><li>Gossen, J. A., De Leeuw, W. J. F., Tan, C. H. T., Zwarthoff, E. C., Berends, F., Lohman, P. H. M., Knook, D. L., Vijg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+rescue+of+integrated+shuttle+vectors+from+transgenic+mice:+A+model+for+studying+mutations+in+vivo.">Efficient rescue of integrated shuttle vectors from transgenic mice: A model for studying mutations in vivo.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 86 (20), 7971-7975 (1989).</li><li>Van Campen, L. E., Murphy, W. J., Franks, J. R., Mathias, P. I., Toraason, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+DNA+damage+is+associated+with+intense+noise+exposure+in+the+rat.">Oxidative DNA damage is associated with intense noise exposure in the rat.</a> Hear Res. 164 (1-2), 164-161 (2002).</li><li>European Standards Committee on Oxidative DNA Damage (ESCODD). <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+DNA+oxidation+in+human+cells+by+chromatographic+and+enzymic+methods.">Measurement of DNA oxidation in human cells by chromatographic and enzymic methods.</a> Free Radic. Biol. Med. 34 (8), 1089-1099 (2003).</li><li>Rebelo, I. A., Piedade, J. A., Oliveira-Brett, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+HPLC+method+with+electrochemical+detection+of+femtomoles+of+8-oxo-7,8-dihydroguanine+and+8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine+in+the+presence+of+uric+acid.">Development of an HPLC method with electrochemical detection of femtomoles of 8-oxo-7,8-dihydroguanine and 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine in the presence of uric acid.</a> Talanta. 63 (2), 323-331 (2004).</li><li>Ravanat, J. -. L., Turesky, R. J., Gremaud, E., Trudel, L. J., Stadler, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+8-oxoguanine+in+DNA+by+gas+chromatography-mass+spectrometry+and+HPLC-electrochemical+detection:+overestimation+of+the+background+level+of+the+oxidized+base+by+the+gas+chromatography-mass+spectrometry+assay.">Determination of 8-oxoguanine in DNA by gas chromatography-mass spectrometry and HPLC-electrochemical detection: overestimation of the background level of the oxidized base by the gas chromatography-mass spectrometry assay.</a> Chem. Res. Toxicol. 8 (8), 1039-1045 (1995).</li><li>Kawanishi, S., Murata, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+DNA+damage+induced+by+bromate+differs+from+general+types+of+oxidative+stress.">Mechanism of DNA damage induced by bromate differs from general types of oxidative stress.</a> Toxicology. 221 (2-3), 172-178 (2006).</li><li>Tahara, S., Kaneko, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibility+of+mouse+splenic+cells+to+oxidative+DNA+damage+by+x-ray+irradiation.">Susceptibility of mouse splenic cells to oxidative DNA damage by x-ray irradiation.</a> Biol. Pharm. Bull. 27 (1), 105-108 (2004).</li><li>Garratt, L. W., Mistry, V., Singh, R., Sandhu, J. K., Sheil, B., Cooke, M. S., Sly, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interpretation+of+urinary+8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine+is+adversely+affected+by+methodological+inaccuracies+when+using+a+commercial+ELISA.">Interpretation of urinary 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine is adversely affected by methodological inaccuracies when using a commercial ELISA.</a> Free Radic. Biol. Med. 48 (11), 1460-1464 (2012).</li><li>Cooke, M. S., Collins, A., Olinski, R., Rozalski, R., Loft, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harmonising+measurements+of+8-oxo-7,8-dihydro-2&#8242;-deoxyguanosine+in+cellular+DNA+and+urine.">Harmonising measurements of 8-oxo-7,8-dihydro-2&#8242;-deoxyguanosine in cellular DNA and urine.</a> Free Radic. Res. 46 (4), 541-553 (2012).</li><li>Cadet, J., Douki, T., Ravanat, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measurement+of+oxidatively+generated+base+damage+in+cellular+DNA.">Measurement of oxidatively generated base damage in cellular DNA.</a> Mutat Res. 711 (1-2), 3-12 (2011).</li><li>Chomczynski, P., Mackey, K., Drews, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNAzol:+a+reagent+for+the+rapid+isolation+of+genomic+DNA.">DNAzol: a reagent for the rapid isolation of genomic DNA.</a> Biotechniques. 22 (3), 550-553 (1997).</li><li>Collins, A. R., Cadet, J., M&#246;ller, L., Poulsen, H. E., Vi&#241;a, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Are+we+sure+we+know+how+to+measure+8-oxo-7,8-dihydroguanine+in+DNA+from+human+cells.">Are we sure we know how to measure 8-oxo-7,8-dihydroguanine in DNA from human cells.</a> Arch Biochem Biophys. 423 (1), 57-65 (2004).</li><li>Badouard, C., M&#233;n&#233;zo, Y., Panteix, G., Ravanat, J. L., Douki, T., Cadet, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+new+types+of+DNA+lesions+in+human+sperm.">Determination of new types of DNA lesions in human sperm.</a> Zygote. 16 (1), 9-13 (2008).</li><li>Cadet, J., Douki, T., Gasparutto, D., Ravanat, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oxidative+damage+to+DNA:+formation,+measurement+and+biochemical+features.">Oxidative damage to DNA: formation, measurement and biochemical features.</a> Mutat Res. 531 (1-2), 1-2 (2003).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Validation of analytical procedures: text and methodology Q2(R1). , (2015).</li></ol>

No conflict of interest or competing financial interests declared.

8-okso-dGuo DNA oksidasyon yararlı bir belirteç olarak rapor edilmiş olmasına rağmen, bu güvenilir bir miktar bir sorun teşkil edebilir. Birkaç yayınlanan yöntemler bulunmasına rağmen, bunların laboratuarlarında yöntem dağıtmak için araştırmacılar izin protokol kapsamlı, açıklayıcı bakış için bir ihtiyaç vardır. Burada 8-okso-dGuo tespiti ve ölçümü için etkili bir yöntem kurmak için yeni kullanıcılar izin verir HPLC-tabanlı protokol ayrıntılı bir bakış sunuyoruz. <p clas...

Kimin kararlı durum düzeyleri çok patolojik durumlarda ve xenotoxic metabolizma sırasında artırabilir Reaktif oksijen türleri (ROS), oksidatif DNA hasarı artan sıklığı katkıda bulunur. Birkaç olası nükleobazlar oksidasyon ürünleri arasında, oksidatif DNA hasarı hali hazırda sabit bir işaretleyici kullanılarak ölçülebilir 8-okso-7,8-dihidro-2&#39;-deoksiganozin, 2 oksitlenmiş formlarından biridir (8-okso-dGuo), &#39; -deoxyguanosine (dGuo) 1. 8-okso-dGuo nedenle, birden fazla DNA oksidasyon ürünlerinin 3 varlığına rağmen, bir DNA oksidasyon biyomarker olarak daha ayrıntılı için çalışılmıştır, en bol bir DNA lezyon 2&#39;dir ve. İnsanlarda, bu hasar 8-OxoGuanine glikozilaz 1 (hOGG1) 4 baz eksizyon tamiri üzerinden tamir edilebilir. Unrepaired bırakılırsa, 8-okso-dGuo baz çifti ikame mutasyon oluşumu (yani, G çaprazlamalar T için) katkıda bulunabilir 4. Önemli olarak, 8-okso-dGuo bir belirteçtir fo olduğubaşlatılması ve karsinogenez 2 tanıtımına ilişkin r DNA hasarı. Bu nedenle, 8-okso-dGuo doğru ölçümü oksidatif DNA hasarı 5 faydalı ve istenen biyomarkerdir. Dahası, bileşik (ler) in doğru isim rutin oksidatif DNA hasarı 6 bir biyolojik belirteç olarak ölçülen oksidatif hasar görmüş 2-deoksiguanosin biçimleri ve doğru isimleri ile ilgili literatürde yaygın bir karışıklık vardır. 8-okso-dGuo (Şekil 1 &#39;de gösterildiği gibi) arasında 6,8-diketo ve 6-enol, 8-keto totomerik formları, literatürde 5,7 tartışılan iki önemli tautomerleri vardır. 6,8-diketo formu 7.4, fizyolojik pH&#39;da en önemli bir şekilde, ve en belirgin bir DNA oksidasyon ürünü 7&#39;dir. Bu nedenle, 8-okso-dGuo yerine 8-hidroksi-dGuo Bu oksidasyon ürünü 6 için en uygun adıdır. Oldukça nucleob daha, yani 2-deoksiganozin (dGuo) dikkat etmek de önemlidirase guanin (Gua) ya da ribonükleosit guanozin (Guo), sırasıyla, çoğu yöntemlerle 6 tarafından tespit edilir. Doğru algılama ve 8-okso-dGuo ölçümü nedeniyle zor: DNA numunesinin sindirimi i) değişkenlik, ii) tesadüfi numune hazırlama sırasında oluşabilir 8-okso-dGuo için dGuo oksidasyonu ve iii) ihtiyaç Analitik HPLC-ED yöntemi 8 etkin doğrulama için. Bu protokol, tam DNA sindirim için uygun, ve ii) dahil, metal kenetleyici ve kenetleme maddesi ile muamele edilmiş çözümler ve özel bir DNA izole reaktifi ile iii) sadece kısmen dahil edilmesi ile ele ise koşulları sağlayarak i) sağlamaya yönelik Pozitif kontrol eder ve böylece bir yöntem biyolojik örneklerde 8-okso-dGuo saptayabilen olması şartıyla. Daha fazla doğrulama bu yazının kapsamı dışındadır. Ancak, bu protokol prospektif yardımcı olacaktır eminizKullanıcıların oldukları resmen kendi amaçları bağlı protokol doğrulamak gerekir ölçüde belirler. Yöntemin resmi doğrulama için gerekli adımların bir listesini de sunulmaktadır. 8-okso-dGuo tespiti için bir yöntemin geliştirilmesi ve yerleştirilmesi sırasında, yayınlanmış yöntemler gözden geçirildi ve toplandı. Böylece, bu yöntem 8-okso-dGuo saptanması ve ölçülmesi için bir yöntem başarıyla kabul edilmiştir ise de test hızlı ve basit bir araç sunarken sık sık önemli deneysel ayrıntıları yoksun birkaç yayınlanmış kaynaklardan bilgi toplamak için gereğini ortadan kaldırır. Bu uyarlanmış yöntemi başarıyla kültüre hücreleri ve kemirgen dokudan DNA örnekleri analiz kullanılmıştır. Bu video makalede, HPLC-ED ile güvenilir algılama ve 8-okso-dGuo ölçümü için etkili bir yöntem kurulmasında diğer gruplara yardımcı olacaktır.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>8-oxo-dGuo standard</td>
			<td>Cayman Chemical Company</td>
			<td>89320</td>
			<td>Inappropriately referred to as &#34;8-hydroxy-2&#39;-deoxy Guanosine&#34; - see Fig. 1 and text for details</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alkaline phosphatase&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5931</td>
			<td>From E.coli</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chelex 100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C7901</td>
			<td>Chelates heavy metals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Desferoxamine mesylate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D9533</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dGuo standard</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D7145</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dibasic sodium phosphate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA from salmon sperm</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D1626</td>
			<td>Sodium salt</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNase I</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D4527</td>
			<td>TypeII, from bovine pancreas</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNAzol</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>10503-27</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate (EDTA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E4884</td>
			<td>The compound would not completely dissolve until solution pH is adjusted to 8.0 with e.g. NaOH</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F12-K media</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>30-2004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foetal bovine serum</td>
			<td>ATCC</td>
			<td>30-2020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Guard column</td>
			<td>Chromatographic Specialties</td>
			<td>YBA 99S03 0204GC</td>
			<td>Protects colum from contamination; may also lead to pressure build-up</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Monobasic sodium phosphate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9638</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-Streptomycin</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15140-122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate buffered saline</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15190-250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphodiesterase I enzyme&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P3243</td>
			<td>Type II from Crotalus adamaneus venom</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Teflon homogenizer</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>7724T-1 or 7724T-5 for 1 or 5 mL, respectively</td>
			<td>Volume (holding capacity) depends on the amount of sample to be processed.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15050-065</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>YMC-BASIC column with bonded spherical silica</td>
			<td>Chromatographic Specialties</td>
			<td>YBA 99S03 1546WT</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

hplc measurement of the dna oxidation biomarker, 8-oxo-7,8-dihydro-2&#8217;-deoxyguanosine, in cultured cells and animal tissues

Oksidatif stres DNA dahil biomacromolecules oksidasyonu, yol, bir çok fizyolojik ve patolojik proses, hem de ksenobiyotik metabolizma ile ilişkilidir. Bu nedenle, DNA, oksidasyon etkin algılama tıp ve toksikoloji araştırması disiplinleri, çeşitli önemlidir. Oksidatif olarak hasar görmüş DNA ortak biyobelirteç 8-okso-7,8-dihidro-2&#39;-deoksiganozin (8-okso-dGuo olduğu; genellikle hatalı olarak adlandırılır 8-hidroksi-2&#39;-deoksiganozin (8-OH-dGuo ya da 8 -okso-dG)). Elektrokimyasal algılama (HPLC-ED), yüksek basınçlı sıvı kromatografisi ile 8-okso-dGuo ölçülmesi için bir çok protokol tarif edilmiştir. Bununla birlikte, bu temel pro-oksidanlar ile muamele saflaştırılmış DNA uygulanmıştır. Buna ek olarak, esas olarak analitik ekipman farklılıklara laboratuvarlar arasında metodolojik farklılıklar için, HPLC-ED 8-okso-dGuo tespiti için yayınlanan yöntemlerin benimsenmesi, her laboratuar tarafından dikkatli bir optimizasyon gerektirir. BirBöyle bir optimizasyon süreci anlatan kapsamlı protokol, eksiktir. Burada detaylı bir protokol, kültürlenmiş hücreler ya da hayvan dokularından DNA, HPLC ED ile 8-okso-dGuo tespiti için tarif edilmektedir. Bu DNA, örnek hazırlama, kolay ve hızlı bir şekilde numune hazırlama sırasında meydana gelebilecek istenmeyen bir DNA oksidasyonunu en aza indirmek için optimize edilebilir verilmektedir. Bu protokol, oksitleyici madde KBrO 3 ile muamele edilmiş kültürlenmiş insan alveolar adenokarsinoma hücreleri (örneğin, A549 hücreleri) &#39;de 8-okso-dGuo tespit ve polisiklik aromatik hidrokarbon dibenzo (def, s), krizen maruz kalan farelerin dalak gösterilmiştir (eski dibenzo (a, l) piren olarak bilinen DBC, DalP). Genel olarak, bu işlem, bir HPLC-ED metodolojisi kolaylıkla biyolojik örneklerde 8-okso-dGuo tespiti için optimize edilebilir verilmektedir.

dGuo 8-okso-dGuo yaklaşık 6.4 dakika boyunca (Şekil 2A ve B) bir tutma süresi ise 4.7 dakikalık bir tutma süresine sahip olduğu gözlenmiştir. Şekil 2C&#39;de görüldüğü gibi, iki analitler arasında pik yükseklikleri ile ilgili olarak 1000 misli bir fark vardır. 8-okso-dGuo ve dGuo için voltamogramalrı +1.1 V +0.2 arasında bir çalışma potansiyelinde çalışan standartlarına göre elde edilmiştir 8-okso-dGuo için optimum çalışma potansiyeli, ...

Watch this Scientific Journal Video about HPLC Measurement of the DNA Oxidation Biomarker, 8-oxo-7,8-dihydro-2Ã¢â‚¬â„¢-deoxyguanosine, in Cultured Cells and Animal Tissues at JoVE.com

HPLC Measurement of the DNA Oxidation Biomarker, 8-oxo-7,8-dihydro-2&#8217;-deoxyguanosine, in Cultured Cells and Animal Tissues

Bu protokolün amacı bir DNA oksidasyonu marker algılama, 8-okso-7,8-dihidro-2&#39;-deoksiganozin kültürlenmiş hücreler ya da hayvan dokularından DNA (8-okso-dGuo) olarak hazırlanmıştır HPLC-ED ile.

DNA, Oksidasyon Biomarker HPLC ölçümü, 8-okso-7,8-dihidro-2&#39;-deoksiganozin, Kültürlenmiş Hücrelerde ve hayvansal dokular

Oxidative stress is associated with many physiological and pathological processes, as well as xenobiotic metabolism, leading to the oxidation of ...

hplc-measurement-dna-oxidation-biomarker-8-oxo-78-dihydro-2

Research

JoVE Journal

Chemistry

26.2K Görüntüleme.  Health Canada.  Bu protokolün amacı bir DNA oksidasyonu marker algılama, 8-okso-7,8-dihidro-2'-deoksiganozin kültürlenmiş hücreler ya da hayvan dokularından DNA (8-okso-dGuo) olarak hazırlanmıştır HPLC-ED ile. 

Video: HPLC Measurement of the DNA Oxidation Biomarker, 8-oxo-7,8-dihydro-2’-deoxyguanosine, in Cultured Cells and Animal Tissues

Steady-state, Pre-steady-state, and Single-turnover Kinetic Measurement for DNA Glycosylase Activity

Human 8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1) excises the mutagenic oxidative DNA lesion 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoG) from DNA. Kinetic characterization of OGG1 is undertaken to measure the rates of 8-oxoG excision and product release. When the OGG1 concentration is lower than substrate DNA, time courses of product formation are biphasic; a rapid exponential phase (i.e. burst) of product formation is followed by a linear steady-state phase. The initial burst of product formation corresponds to the concentration of enzyme properly engaged on the substrate, and the burst amplitude depends on the concentration of enzyme. The first-order rate constant of the burst corresponds to the intrinsic rate of 8-oxoG excision and the slower steady-state rate measures the rate of product release (product DNA dissociation rate constant, koff). Here, we describe steady-state, pre-steady-state, and single-turnover approaches to isolate and measure specific steps during OGG1 catalytic cycling. A fluorescent labeled lesion-containing oligonucleotide and purified OGG1 are used to facilitate precise kinetic measurements. Since low enzyme concentrations are used to make steady-state measurements, manual mixing of reagents and quenching of the reaction can be performed to ascertain the steady-state rate (koff). Additionally, extrapolation of the steady-state rate to a point on the ordinate at zero time indicates that a burst of product formation occurred during the first turnover (i.e. y-intercept is positive). The first-order rate constant of the exponential burst phase can be measured using a rapid mixing and quenching technique that examines the amount of product formed at short time intervals (&lt;1 sec) before the steady-state phase and corresponds to the rate of 8-oxoG excision (i.e. chemistry). The chemical step can also be measured using a single-turnover approach where catalytic cycling is prevented by saturating substrate DNA with enzyme (E&gt;S). These approaches can measure elementary rate constants that influence the efficiency of removal of a DNA lesion.

Time courses for the glycosylase activity of 8-oxoguanine DNA glycosylase are biphasic exhibiting a burst of product formation and a linear steady-state phase. Utilizing quench-flow techniques, the burst and the steady-state rates can be measured, which correspond to excision of 8-oxoguanine and release of the glycosylase from the product DNA, respectively.

DNA glikosilaz Faaliyet için kararlı durum, Ön kararlı durum ve Tek cirosu Kinetik Ölçüm

Human 8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1) excises the mutagenic oxidative DNA lesion 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxoG) from DNA. Kinetic characterization ...

Kimya

Folding and Characterization of a Bio-responsive Robot from DNA Origami

The DNA nanorobot is a hollow hexagonal nanometric device, designed to open in response to specific stimuli and present cargo sequestered inside. Both stimuli and cargo can be tailored according to specific needs. Here we describe the DNA nanorobot fabrication protocol, with the use of the DNA origami technique. The procedure initiates by mixing short single-strand DNA staples into a stock mixture which is then added to a long, circular, single-strand DNA scaffold in presence of a folding buffer. A standard thermo cycler is programmed to gradually lower the mixing reaction temperature to facilitate the staples-to-scaffold annealing, which is the guiding force behind the folding of the nanorobot. Once the 60 hr folding reaction is complete, excess staples are discarded using a centrifugal filter, followed by visualization via agarose-gel electrophoresis (AGE). Finally, successful fabrication of the nanorobot is verified by transmission electron microscopy (TEM), with the use of uranyl-formate as negative stain.

DNA origami is a powerful method for fabricating precise nanoscale objects by programming the self-assembly of DNA molecules. Here we describe a protocol for the folding of a bio-responsive robot from DNA origami, its purification and negative staining for transmission electron microscopic imaging (TEM).

DNA Origami bir Bio-duyarlı Robot katlanması ve Karakterizasyonu

The DNA nanorobot is a hollow hexagonal nanometric device, designed to open in response to specific stimuli and present cargo sequestered inside. Both ...

Construction of Models for Nondestructive Prediction of Ingredient Contents in Blueberries by Near-infrared Spectroscopy Based on HPLC Measurements

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared spectroscopy is used to predict nondestructively total sugar, total organic acid, and total anthocyanin content in each blueberry. The technique is expected to enable the selection of only delicious blueberries from all harvested ones. The near-infrared absorption spectra of blueberries are measured with the diffuse reflectance mode at the positions not on the calyx. The ingredient contents of a blueberry determined by high-performance liquid chromatography are used to construct models to predict the ingredient contents from observed spectra. Partial least squares regression is used for the construction of the models. It is necessary to properly select the pretreatments for the observed spectra and the wavelength regions of the spectra used for analyses. Validations are necessary for the constructed models to confirm that the ingredient contents are predicted with practical accuracies. Here we present a protocol to construct and validate the models for nondestructive prediction of ingredient contents in blueberries by near-infrared spectroscopy.

We present here a protocol to construct and validate models for nondestructive prediction of total sugar, total organic acid, and total anthocyanin content in individual blueberries by near-infrared spectroscopy.

HPLC Ölçümleri dayanarak Yakın kızılötesi Spektroskopisi Yaban mersini içinde Hammadde İçeriği tahribatsız Tahmininde Modellerinin İnşaatı

Nondestructive prediction of ingredient contents of farm products is useful to ship and sell the products with guaranteed qualities. Here, near-infrared ...

HPLC-based Assay to Monitor Extracellular Nucleotide/Nucleoside Metabolism in Human Chronic Lymphocytic Leukemia Cells

This method describes a sensitive, specific, reliable and reproducible reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) assay developed and validated for the quantification of extracellular purine nucleotides and nucleosides produced by purified chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells under different culture conditions. The chromatographic separation of adenosine 5&#39;-monophosphate (AMP), adenosine (ADO) and inosine (INO) is performed at RT on a silica-based, reversed-phase column that is used for polar compound retention. The method includes a binary mobile phase, which consists of 7 mM ammonium acetate and acetonitrile with a flow rate of 1.00 ml/min. The eluates are monitored using a Photodiode Array UV detector set at 260 nm. A standard calibration curve is generated to calculate the equation for the analytical quantification of each purine compound. System control, data acquisition and analysis are then performed. Applying this protocol, AMP, INO and ADO elute at 7, 11 and 11.9 min, respectively, and the total run time for each sample is 20 min. This protocol may be applied to different cell types and cell lines (both suspension and adherent), using culture media as matrix. The advantages are easy and fast sample preparation and the requirement of a small amount of supernatant for analysis. Furthermore, the use of a serum-free medium allows skipping the protein precipitation step with acetonitrile that impacts the final concentration of purine compounds. One of the limitations of the method is the requirement of the equilibration column run before each single sample run, making the total run time of the experiment longer and preventing high throughput screening applications.

The protocol described here represents an easy and reproducible method that employs reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) to measure purine metabolism on chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells cultured under different conditions.

HPLC tabanlı Testi İnsan Kronik Lenfositik Lösemi Hücrelerinde Ekstraselüler Nükleotid / Nükleozid Metabolizması Monitör

This method describes a sensitive, specific, reliable and reproducible reverse phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) assay developed and ...

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the development of antibody drug conjugates (ADCs) and nanomedicine, fluorescent microscopy and systems chemistry. For many of these applications, specificity of the bioconjugation method used is of prime concern. The Michael addition of maleimides with cysteine(s) on the target proteins is highly selective and proceeds rapidly under mild conditions, making it one of the most popular methods for protein bioconjugation.
We demonstrate here the modification of the only surface-accessible cysteine residue on yeast cytochrome c with a ruthenium(II) bisterpyridine maleimide. The protein bioconjugation is verified by gel electrophoresis and purified by aqueous-based fast protein liquid chromatography in 27% yield of isolated protein material. Structural characterization with MALDI-TOF MS and UV-Vis is then used to verify that the bioconjugation is successful. The protocol shown here is easily applicable to other cysteine - maleimide coupling of proteins to other proteins, dyes, drugs or polymers.

Synthesis of Protein Bioconjugates via Cysteine-maleimide Chemistry

This protocol details the important steps required for the bioconjugation of a cysteine containing protein to a maleimide, including reagent purification, reaction conditions, bioconjugate purification and bioconjugate characterization.

Protein Bioconjugatlar sentezi<em&gt; yoluyla</em&gt; Sistein-maleimid Kimya

The chemical linking or bioconjugation of proteins to fluorescent dyes, drugs, polymers and other proteins has a broad range of applications, such as the ...

Determining the Chemical Composition of Corrosion Inhibitor/Metal Interfaces with XPS: Minimizing Post Immersion Oxidation

An approach for acquiring more reliable X-ray photoelectron spectroscopy data from corrosion inhibitor/metal interfaces is described. More specifically, the focus is on metallic substrates immersed in acidic solutions containing organic corrosion inhibitors, as these systems can be particularly sensitive to oxidation following removal from solution. To minimize the likelihood of such degradation, samples are removed from solution within a glove box purged with inert gas, either N2 or Ar. The glove box is directly attached to the load-lock of the ultra-high vacuum X-ray photoelectron spectroscopy instrument, avoiding any exposure to the ambient laboratory atmosphere, and thus reducing the possibility of post immersion substrate oxidation. On this basis, one can be more certain that the X-ray photoelectron spectroscopy features observed are likely to be representative of the in situ submerged scenario, e.g. the oxidation state of the metal is not modified.

A protocol to avoid the oxidation of metallic substrates during sample transfer from an inhibited acidic solution to an X-ray photoelectron spectrometer is presented.

XPS ile Korozyon Önleyici / Metal Arayüz Kimyasal Bileşimi Belirlenmesi: En Aza İndirme Mesaj Daldırma oksidasyonu

An approach for acquiring more reliable X-ray photoelectron spectroscopy data from corrosion inhibitor/metal interfaces is described. More specifically, ...

Fabrication and Testing of Photonic Thermometers

In recent years, a push for developing novel silicon photonic devices for telecommunications has generated a vast knowledge base that is now being leveraged for developing sophisticated photonic sensors. Silicon photonic sensors seek to exploit the strong confinement of light in nano-waveguides to transduce changes in physical state to changes in resonance frequency. In the case of thermometry, the thermo-optic coefficient, i.e., changes in refractive index due to temperature, causes the resonant frequency of the photonic device such as a Bragg grating to drift with temperature. We are developing a suite of photonic devices that leverage recent advances in telecom compatible light sources to fabricate cost-effective photonic temperature sensors, which can be deployed in a wide variety of settings ranging from controlled laboratory conditions, to the noisy environment of a factory floor or a residence. In this manuscript, we detail our protocol for the fabrication and testing of photonic thermometers.

We describe the process of fabrication and testing of photonic thermometers.

İmalat ve fotonik termometreler test

In recent years, a push for developing novel silicon photonic devices for telecommunications has generated a vast knowledge base that is now being ...

Simultaneous Measurement of HDAC1 and HDAC6 Activity in HeLa Cells Using UHPLC-MS

The search for new histone deacetylase (HDAC) inhibitors is of increasing interest in drug discovery. Isoform selectivity has been in the spotlight since the approval of romidepsin, a class I HDAC inhibitor for cancer therapy, and the clinical investigation of HDAC6-specific inhibitors for multiple myeloma. The present method is used to determine the inhibitory activity of test compounds on HDAC1 and HDAC6 in cells. The isoform activity is measured using the ultra-high-performance liquid chromatography &#8211; mass spectrometry (UHPLC-MS) analysis of specific substrates incubated with treated and untreated HeLa cells. The method has the advantage of reflecting the endogenous HDAC activity within the cell environment, in contrast to cell-free biochemical assays conducted on isolated isoforms. Moreover, because it is based on the quantification of synthetic substrates, the method does not require the antibody recognition of endogenous acetylated proteins. It is easily adaptable to several cell lines and an automated process. The method has already proved useful in finding HDAC6-selective compounds in neuroblasts. Representative results are shown here with the standard HDAC inhibitors trichostatin A (non-specific), MS275 (HDAC1-specific), and tubastatin A (HDAC6-specific) using HeLa cells.

The present method serves to identify isoform-specific inhibitors of histone deacetylases (HDAC) in HeLa cells by the UHPLC-MS analysis of multiple substrates. This is an antibody-free method developed to reflect HDAC1 and HDAC6 activity in the living cell environment, in contrast to single-isoform cell-free assays.

Eş zamanlı ölçüm HDAC1 ve HDAC6 faaliyete HeLa hücreleri kullanarak UHPLC-MS

The search for new histone deacetylase (HDAC) inhibitors is of increasing interest in drug discovery. Isoform selectivity has been in the spotlight since ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the evaluation of DNA-magnetic particles binding via dynamic light scattering (DLS) and electrophoretic light scattering (ELS). Analysis by DLS provides valuable information on the physicochemical properties of particles including particle size, polydispersity, and zeta potential. The latter describes the surface charge of the particle which plays major role in electrostatic binding of materials such as DNA. Here, a comparative analysis exploits three chemical modifications of nanoparticles and microparticles and their effects on DNA binding and elution. Chemical modifications by branched polyethylenimine, tetraethyl orthosilicate and (3-aminopropyl)triethoxysilane are investigated. Since DNA exhibits a negative charge, it is expected that zeta potential of particle surface will decrease upon binding of DNA. Forming of clusters should also affect particle size. In order to investigate the efficiency of these particles in isolation and elution of DNA, the particles are mixed with DNA in low pH (~6), high ionic strength and dehydration environment. Particles are washed on magnet and then DNA is eluted by Tris-HCl buffer (pH = 8). DNA copy number is estimated using quantitative polymerase chain reaction (PCR). Zeta potential, particle size, polydispersity and quantitative PCR data are evaluated and compared. DLS is an insightful and supporting method of analysis that adds a new perspective to the process of screening of particles for DNA isolation.

This protocol describes the synthesis of magnetic particles and evaluation of their DNA-binding properties via dynamic and electrophoretic light scattering. This method focuses on monitoring changes in particle size, their polydispersity and zeta potential of particle surface which play major role in binding of materials such as DNA.

DNA Manyetik Parçacık dinamik ve elektroforetik ışık saçılma göre analiz bağlama

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Disentangling High Strength Copolymer Aramid Fibers to Enable the Determination of Their Mechanical Properties

Traditionally, soft body armor has been made from poly(p-phenylene terephthalamide) (PPTA) and ultra-high molecular weight polyethylene. However, to diversify the fiber choices in the United States body armor market, copolymer fibers based on the combination of 5-amino-2-(p-aminophenyl) benzimidazole (PBIA) and the more conventional PPTA were introduced. Little is known regarding the long-term stability of these fibers, but as condensation polymers, they are expected to have potential sensitivity to moisture and humidity. Therefore, characterizing the strength of the materials and understanding their vulnerability to environmental conditions is important for evaluating their use lifetime in safety applications. Ballistic resistance and other critical structural properties of these fibers are predicated on their strength. To accurately determine the strength of the individual fibers, it is necessary to disentangle them from the yarn without introducing any damage. Three aramid-based copolymer fibers were selected for the study. The fibers were washed with acetone followed by methanol to remove an organic coating that held the individual fibers in each yarn bundle together. This coating makes it difficult to separate single fibers from the yarn bundle for mechanical testing without damaging the fibers and affecting their strength. After washing, fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy was performed on both washed and unwashed samples and the results were compared. This experiment has shown that there are no significant variations in the spectra of poly(p-phenylene-benzimidazole-terephthalamide-co-p-phenylene terephthalamide) (PBIA-co-PPTA1) and PBIA-co-PPTA3 after washing, and only a small variation in intensity for PBIA. This indicates that the acetone and methanol rinses are not adversely affecting the fibers and causing chemical degradation. Additionally, single fiber tensile testing was performed on the washed fibers to characterize their initial tensile strength and strain to failure, and compare those to other reported values. Iterative procedural development was necessary to find a successful method for performing tensile testing on these fibers.

The primary goal of the study is to develop a protocol to prepare consistent specimens for accurate mechanical testing of high strength copolymer aramid fibers, by removing a coating and disentangling the individual fiber strands without introducing significant chemical or physical degradation.

Disentangling yüksek mukavemetli kopolimer Aramid Elyaf mekanik özelliklerinin belirlenmesi etkinleştirmek için

Traditionally, soft body armor has been made from poly(p-phenylene terephthalamide) (PPTA) and ultra-high molecular weight polyethylene. However, to ...