We thank Dr. M. Rosenberg for her advice and help with anatomical sectioning. We also thank D. Eisler for his technical assistance. This research was supported by grants from FP7-PEOPLE-IRG-2008, Binational Agriculture research and Development (BARD; IS-4246-09), and Israel Science Foundation (ISF; 592/13).

1. Bitki Büyüme <ol><li> Yüzey tohumları sterilize edin. <ol><li> Islak ya da kuru bir yöntemle (30 mg kadar) tohum sterilize edin. Bir örnek olarak, kuru bir sterilizasyon yöntemi, en az 4 saat ve gece boyunca kadar kapalı bir kurutucuda bir cam beher içinde, 50 mi ağartıcı 1 ml buzlu HCI% 37 ekleyin. Bir kimyasal kaputu bu adımı gerçekleştirin. </li></ol></li><li> 0.5x Murashige &amp; Skoog (MS) ortamında% 0.8 bitki agar ile plakalar üzerinde steril tohumlarını yaymak. Parafilm veya gözenekli bantla plakaları sarın ve alüminyum folyo ile kapatın. </li><li> eşit bir şekilde çimlenmesine teşvik etmek için 4 gün 1 - 4 ° C&#39;de plakaları saklayın. </li><li> Arabidopsis fide yetiştirmek için uygun bir büyüme odasına plakaları aktarın. agar ortamı üstündeki kök büyümesini sürdürmek için ve penetrasyonu önlemek için dikey tabak yerleştirin. </li><li> Aktarım fidanları çimlenme (DAG) 7 gün sonra sabitleştirici için. </li></ol> 2. Sabitleme <ol><li> 50 mi Richardson Solutio hazırlanmasıiki kez damıtılmış su içinde% 1 boraks (tampon maddesi),% 1 metilen mavisi ve% 1 Azure (histolojik boyalar) eşit hacimlerde bir araya getirilmesiyle n. Kullanmadan önce 0.22 mikron PVDF Filtre Ünitesi Driven bir Şırınga süzülür. </li><li> 0.05 M Sodyum kakodilat (tamponlama ajanı)% 1.25 Glutaraldehyde: fiksatif 50 ml hazırlayın. Not: Bu malzemeler toksik olan ve kimyasal bir kaput ele alınması gerekir. </li><li> Nihai sabitleme bir çözüm elde etmek sabitleme çözeltisine Richardson çözeltisi 100 ul (2.1 bakınız) (2.2) ekleyin. </li><li> Marka, karşılık gelen Örnek adı, 6 gözlü bir plakanın her bir. </li><li> fide, bir kez transfer tamamen sıvı ele alınacaktır, böylece kuyulara (2.3 bakınız) 3 ml nihai tespit çözümü - 2 yerleştirin. </li><li> Dikkatle her kuyuya 10 fidan kadar, forseps kullanarak, aktarın. Parafilm kullanarak plakaları Seal. En az bir gece için, ve bir haftaya kadar karanlıkta 4 ° C&#39;de saklayın,. </li></ol> 3. Dehidrasyon <ol> &lt;li&gt; fidan kurutmak. Burada yer alan gibi, etanol artan konsantrasyonlarda içeren, yeni 6-delikli plakalara arasında transfer:% 10 etanol, 15 dakika boyunca; 15 dakika boyunca% 30 etanol; 15 dakika boyunca% 50 etanol; 15 dakika boyunca% 70 etanol; 15 dakika boyunca% 85 etanol; 15 dakika boyunca% 95 etanol; gece boyunca, en azından 4 ° C,% 95 etanol. dikkatle plastik forseps ile tercih onların kotiledon, onları tutarak fidan tutun. </li></ol> 4. Sızma <ol><li> infiltrasyon ortamı hazırlayın. Küçük bir cam şişeye 50 mi bazik reçine sıvı kiti ile historesin kiti aktivatör 1 torbanın içeriği karıştırın. 20 dakika için mıknatıslı karıştırın. Sızma ortamının bir kaç hafta boyunca 4 ° C&#39;de muhafaza edilebilir. </li><li> Mark her gelen numune adıyla yeni bir 6-plaka kuyu ve 2 ile doldurun - infiltrasyon orta 3 ml. </li><li> forseps kullanarak sızma ortamına% 95 etanol çözeltisinden fidan aktarın. fidan fu olduğundan emin olunLly ortam ile kaplı. </li><li> Bitki dokularının içine maksimum nüfuz sağlamak için, en az 4 gün süreyle 4 ° C&#39;de depolayın. </li></ol> 5. Blok Hazırlık <ol><li> küçük etiketler, kalıp gömme her bir kuyu içinde, örnek adıyla kalem işaretli yerleştirin. </li><li> 15 ml sızma orta (4.1) 1 ml sertleştirici ekleyerek orta gömme hazırlayın. Polimerizasyon sorunları önlemek için, bir sesini daha küçük 15 ml hazırlamak için çalışmayın. </li><li> de 200 ul gömme ortamı ile kalıp içinde, her yarım doldurmak ve kalıp şekline kesilmiş bir üst filmi parçası ile kapak ama her iki tarafta, 1 mm daha büyük bir boyuta. polimerizasyonun izin vermek için, en az 2 saat oda sıcaklığında inkübe edin. 5 saat aşmayın. </li><li> gömme orta ek bir toplu hazırlayın (5.2) ve kök uçları kalıp içinde düzenlenmiş edilirken polimerizasyonu önlemek için, buz üzerinde tutmak. </li><li> neşter kullanılarak bir diseksiyon kapsamında her kök ucu kesilmiş ve çok dikkatli bir i konumlandırmakT: dikey enine kesitler ya da yatay uzunlamasına kesit, yaklaşık 2 de - kalıp çeperine ile 3 mm. bir üst film ile çözelti ve kapağı bloke tamamen kalıp doldurun. o polimerize sonra engelleme çözümü biraz küçültmek unutmayın. </li><li> en azından 2 saat boyunca oda sıcaklığında saklayın. </li><li> blok kurutulması için, kuru silika jeli ile bir kutu içinde yer ve en azından, bir gece boyunca oda sıcaklığında bekletin. </li></ol> 6. Kesit <ol><li> Bir bıçak makinesi ile cam çubuklar cam bıçak hazırlayın. Doku kesit cam bıçak kullanın. Bir kare içine cam çubuk kesin ve sonra bir elmas puanlama aracını kullanarak, iki bıçak üretmek için çapraz kare kesti. </li><li> Bir kesit makine kullanarak 3 mikron genişlik dilimleri, - 2 içine Bölüm blokları. su buharlaşana kadar - (60 ° C 50), yer distile su damlacıklarının üstünde bir bardak slayt dilimleri ve düşük ısı için ayarlanmış bir ısı bloğu üzerine slayt yerleştirin. </li></ol><ol><li> Orijinal çözeltisi% 0.2 Richardson çözeltisi (2.1) ile seyreltilir ve dilimleri kapsayacak şekilde 1 ml kullanın. 5 saniye için ısı bloğuna yerleştirilir ve daha sonra damıtılmış su ile yıkayın. </li><li> sıcak bir plaka üzerinde slayt kurutun. Ilgi dilimleri konumunu belirtmek için mikroskop altında daha sonraki kimlik kolaylaştırmak için, bir diseksiyon kapsamında gözlemleyin ve bir işaretleyici ile slayt arka işaretleyin. </li><li> örtücü bir kılıfla montaj orta ve kapak 100 ul ekle. </li></ol> 8. Görüntü Alma <ol><li> Geciktirici bilgi ve polarize / girişim optik filtresi (Şekil 1 AD) elde etmek için uygun Polscope sistemi ile donatılmış bir ışık mikroskobu altında kök bölümleri içeren kapalı slayt yerleştirin. </li><li> Numunenin tamamının açık görselleştirme sağlar seçin büyütme (örneğin, bu çalışmada 40X) ve mikroskop odakBlok bölümü ama hiçbir kök bölümü içeren boş bir alana e. Hiçbir lekeleri ile temiz bölge bulmaya çalışın. arka plan ayarlamak için bu bölgeyi kullanın. </li><li> görüntüleme sistemi ve yazılım parametreleri ayarlayın: Set aralığı 17 nm. (8.2) &quot;Otomatik Pozlama&quot; Uygula ve boş alandan arka plan görüntüsünü alın. Bir arka plan görüntüsü deney başına kullanılır. </li></ol> Selüloz Mikrofibril Oryantasyon 9. Polscope Analizi <ol><li> boyuna kesitlerin analizi. <ol><li> mikroskop altında boyuna kesitler içeren bir slayt yerleştirin ve bunun bir geciktirici görüntü elde. ilgi kök bölümünde mikroskop odaklanın. Yeni bir dosya adı sağlayın. </li><li> &quot;Canlı Abrio&quot; pencereden bir Abrio görüntüsü (retardasyon bilgilerle görüntü) yakalayın. Şekil 2C&#39;de gösterildiği gibi, hücre çevresi boyunca çalışan lekeli selüloz belirlenebilir hücre duvarı içeren bir bölümünü içine almak için edin.</li></ol></li><li> Görüntü analizi. <ol><li> görüntü yığını ilgili resmin üzerine çift tıklayın. &quot;Ekran Ayarları&quot; sekmesinde &quot;Oryantasyon Sözde rengi&quot; i seçin. </li><li> Selüloz mikrofibril açısını tahmin etmek için, renk çarkı bu hücre duvarının karşılık gelen gölge eşleşir. Not: Şekil 2C&#39;de renk çarkı mikrofibrillerin uzun ekseni boyunca yönünü gösterir mikrofibril boyunca uzanan ışık yavaş ekseni yansıtır. selüloz mikro-iplikçiklerinin açısı renk ve hücrenin uzun ekseni ile gösterilen açıdır. Örneğin, içerlek uzayan hücre hücrelerinin uzun eksenine yaklaşık 90 ° eğimli cam göbeği renkli gösterir. </li><li> Hücre duvarının ortalama mikrofibril açısını ölçmek için, yazılımın araç çubuğundan &quot;geciktirici ve Azimut Damgası&quot; aracını kullanın. aracı, noktayı seçerek ve süre elde edilen görüntüde ilgilenilen bölgeye tıklayın. NOT: Bu wilderece açı (azimut) (Şekil 2C) ekranında l sonucu. </li><li> eklenti menüsünden alternatif erişime açık polarize ışık görüntü analiz yazılımı, öğle yemeği &quot;Pol-Analyzer&quot; eklentisi. Yeni açılan pencerede, &quot;Birefringence&quot; sekmesini ve açık seçin ve ardından arka plan dosya ve resim dosyası kaydedin. </li><li> Görüntü penceresinde, &quot;Özellikleri&quot; i seçin. ve (bu çalışma için kullanılması 5 piksel) &#39;YG piksel boyutunu&#39; ayarlayın. &quot;Özelliklerin.&quot; Içinde pencere seçin &quot;Sonuç tablosunda göstermek değerler&quot;. </li><li> Görüntü penceresinde ilgi bölgeyi işaretlemek için Poligon aracını kullanın. selüloz mikrofibril yönünü elde etmek için &quot;Oryantasyon Lines&quot; seçeneğini seçin. Not: Bu derece açı (azimut) ekranında neden olur. NOT: Her iki yöntemden biri ile hesaplanan ortalama açısı daha sonra slayt üzerinde kök bölümünün konumlandırılması normalize edilmelidir. sapma düzeltmek içinslayt boyunca bütün kök bölümünün yatay konumlandırma, (o bölüme dik ve kök büyüme ekseni, Şekil 2C boyunca olduğu) uzun ekseni boyunca hücreyi kuşatan hücre duvarının ortalama mikrofibril açısını ölçmek. Kök bölümü doğru slayt boyunca yerleştirilmiş olduğunda bu açı 180 ° &#39;dir. mikrofibril açısını hesaplamak için, 180 ° &#39;den sınırdaş hücre duvarının ortalama ölçülen mikrofibril açısını çıkarın. slayt üzerine düz yatıyor hücre duvarının ortalama ölçülen mikrofibril açısına sonuçlandı farkı ekleyin. </li></ol></li></ol> Kristalin selüloz Birikimi 10. Polscope Analizi <ol><li> enine (çapraz) bölümleri kullanın. bunların selüloz mikrolitler benzer açıyla sıralanması durumunda (9 belirlenen) bu kristal selüloz birikim hücreler arasında karşılaştırılabilir okuyabilir. </li><li> görüntü yığını ilgili resmin üzerine çift tıklayın. Seç &quot;PEkran Ayarları &quot;sekmesinden&quot; in &quot;renk seudo. </li><li> geciktirici ölçmek için. Zoom-in resmin üzerine. &quot;Bölge&quot; i seçin ve ilgi tüm bölgeleri işaretleyin. Tüm değerleri &quot;Panoya kopyala&quot; &quot;ölçümleri&quot; sekmesine ve taşıyın. <ol><li> Excel&#39;e veri aktarımı ve gerekli bilgileri (geciktiricili bölgesini ortalama) ayıklayın. veri normalleştirmek. NOT: dilimler arasındaki kalınlık farklılıkları hesaba slayt belirli bir hücre duvarı kenarına göre değerlerini ifade etmek için. normalleştirmek için, aynı görüntüde farklı bir hücre duvarının ortalama geciktiricili tarafından ilgiyle hücre duvarına karşılık gelen ortalama geciktirici bölün. Örneğin dış epidermal hücre duvarı çalışmamızda iç kortikal hücre duvarı göre normalize edildi. </li></ol></li><li> Örnek başına 3 köklerinin en az, kök başına en az 3 bölümler için ölçümler tekrar edin. </li></ol>

<ol>
	<li>Cosgrove, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+of+the+plant+cell+wall.">Growth of the plant cell wall.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 6, 850-861 (2005).</li><li>Wolf, S., Hematy, K., Hofte, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+control+and+cell+wall+signaling+in+plants.">Growth control and cell wall signaling in plants.</a> Annu Rev Plant Biol. 63, 381-407 (2012).</li><li>Mazeau, K., Heux, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Dynamics+Simulations+of+Bulk+Native+Crystalline+and+Amorphous+Structures+of+Cellulose.">Molecular Dynamics Simulations of Bulk Native Crystalline and Amorphous Structures of Cellulose.</a> J. Phys. Chem. B. 107, 2394-2403 (2003).</li><li>Zhao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+cellulose+fiber+structure+by+SEM,+XRD,+NMR+and+acid+hydrolysis.">Studying cellulose fiber structure by SEM, XRD, NMR and acid hydrolysis.</a> Carbohydr Polym. 68, 235-241 (2007).</li><li>Fujita, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cortical+microtubules+optimize+cell-wall+crystallinity+to+drive+unidirectional+growth+in+Arabidopsis.">Cortical microtubules optimize cell-wall crystallinity to drive unidirectional growth in Arabidopsis.</a> Plant J. 66, 915-928 (2011).</li><li>Peng, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fractional+separation+and+structural+features+of+hemicelluloses+from+sweet+sorghum+leaves.">Fractional separation and structural features of hemicelluloses from sweet sorghum leaves.</a> Bioresources. 7, (2012).</li><li>Xu, S. L., Rahman, A., Baskin, T. I., Kieber, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+leucine-rich+repeat+receptor+kinases+mediate+signaling,+linking+cell+wall+biosynthesis+and+ACC+synthase+in+Arabidopsis.">Two leucine-rich repeat receptor kinases mediate signaling, linking cell wall biosynthesis and ACC synthase in Arabidopsis.</a> Plant Cell. 20, 3065-3079 (2008).</li><li>Anderson, C. T., Carroll, A., Akhmetova, L., Somerville, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-Time+Imaging+of+Cellulose+Reorientation+during+Cell+Wall+Expansion+in+Arabidopsis+Roots.">Real-Time Imaging of Cellulose Reorientation during Cell Wall Expansion in Arabidopsis Roots.</a> Plant Physiol. 152, 787-796 (2010).</li><li>Baskin, T. I., Beemster, G. T., Judy-March, J. E., Marga, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disorganization+of+cortical+microtubules+stimulates+tangential+expansion+and+reduces+the+uniformity+of+cellulose+microfibril+alignment+among+cells+in+the+root+of+Arabidopsis.">Disorganization of cortical microtubules stimulates tangential expansion and reduces the uniformity of cellulose microfibril alignment among cells in the root of Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 135, 2279-2290 (2004).</li><li>Iyer, K. R. K., Neelakantan, P., Radhakrishnan, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Birefringence+of+native+cellulosic+fibers.+I.+Untreated+cotton+and+ramie.">Birefringence of native cellulosic fibers. I. Untreated cotton and ramie.</a> J. Polym. Sci. A-2: Polymer Physics. 6, 1747-1758 (1968).</li><li>Abraham, Y., Elbaum, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+microfibril+angle+in+secondary+cell+walls+at+subcellular+resolution+by+means+of+polarized+light+microscopy.">Quantification of microfibril angle in secondary cell walls at subcellular resolution by means of polarized light microscopy.</a> New Phytol. 197, 1012-1019 (2013).</li><li>Petricka, J. J., Winter, C. M., Benfey, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+Arabidopsis+root+development.">Control of Arabidopsis root development.</a> Annu Rev Plant Biol. 63, 563-590 (2012).</li><li>Vanstraelen, M., Benkova, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormonal+Interactions+in+the+Regulation+of+Plant+Development.">Hormonal Interactions in the Regulation of Plant Development.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. , (2012).</li><li>Singh, A. P., Savaldi-Goldstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+control:+brassinosteroid+activity+gets+context.">Growth control: brassinosteroid activity gets context.</a> J Exp Bot. 66, 1123-1132 (2015).</li><li>Fridman, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+growth+is+modulated+by+differential+hormonal+sensitivity+in+neighboring+cells.">Root growth is modulated by differential hormonal sensitivity in neighboring cells.</a> Genes Dev. 28, 912-920 (2014).</li><li>Vragovic, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translatome+analyses+capture+of+opposing+tissue-specific+brassinosteroid+signals+orchestrating+root+meristem+differentiation.">Translatome analyses capture of opposing tissue-specific brassinosteroid signals orchestrating root meristem differentiation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112, 923-928 (2015).</li><li>Hacham, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brassinosteroid+perception+in+the+epidermis+controls+root+meristem+size.">Brassinosteroid perception in the epidermis controls root meristem size.</a> Development. 138, 839-848 (2011).</li><li>Gu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+cellulose+synthase-associated+protein+required+for+cellulose+biosynthesis.">Identification of a cellulose synthase-associated protein required for cellulose biosynthesis.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107, 12866-12871 (2010).</li><li>Fendrych, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Programmed+cell+death+controlled+by+ANAC033/SOMBRERO+determines+root+cap+organ+size+in+Arabidopsis.">Programmed cell death controlled by ANAC033/SOMBRERO determines root cap organ size in Arabidopsis.</a> Curr Biol. 24, 931-940 (2014).</li></ol>

The authors have no conflicts of interest.

Anatomik bilgi korurken Burada, Arabidopsis kökleri oluşturan farklı dokularda kristalin selüloz birikmesine tayini için bir yöntem sunulmaktadır. Bu nedenle, bir selüler çözünürlükte bitki büyüme süreçlerinin anlaşılması yönünde bir adım içerir. Bu yöntem, aynı zamanda, ek bitki türleri ve organların çalışma için uygulanabilir. yöntemi uygulanırken noktalarının sayısı dikkate alınmalıdır. Belirli bir kök bölümü ilk, kristalin selüloz bi...

bitki hücre duvarı dinamik bir yapıdır. Büyüyen hücreleri hücreler genişletmek için izin veren kuruluş olan birincil hücre duvarı ile çevrilidir. depozito bitkinin mekanik destek geliştiren bir daha sert ikincil duvar büyümeye ateşkes Hücreler. Her iki hücre duvarları, farklı gelişim aşamasında arasında değişir ve 1,2 dokular farklı yapılarda (örneğin, hemiselüloz ve pektini) polisakaridlerinin bir matris içine gömülü, selüloz mikro-iplikçiklerinin oluşmaktadır. Selüloz sıkı bir kristalin yapısının mikrofibril oluşturulması için hizalanır (1,4) -β-D-glukan zincirleri olarak sentezlenir. Amorf selüloz glukan zincirleri daha sıralanır bölgeleri belirtir. Kristalin ve amorf alan arasındaki oran, mekanik mukavemet ve viskoelastik özelliklerini sırasıyla 3 sağlayarak hücre duvarının mekanik özelliklerini etkilediği düşünülen bir parametredir. Çeşitli yöntemler olmuşturX-ışını kırınımı ve çapraz polarizasyon / solid-state NMR 4 iplik sihirli açı algılamak ve aralarında selüloz düzenlemesinin iki formlarını ölçmek için geliştirdi. X-ışını difraksiyon numunesi 5 amorf selüloz etki karşı kristalin oranını belirlemek için kullanılabilir. Alternatif bir yöntem, sırasıyla, kristalin ve amorf selüloz ya da başka polimerler arasında ayrım, asit çözünmeyen ve asit çözünür malzeme içine hücre duvarı içeriği fraksiyonasyon kullanır. Bu yaklaşımda, işaretlenmiş glukoz ([14C] glukoz) eklenmesi, selüloz, 6,7 ölçmek için kullanılır. Bu yöntemler, en iyi tüm organ analizi için, bitki malzemesi, büyük hacimli gerektirir ve bu nedenle, hücre duvarı yapısına, doku spesifik varyasyona yetersiz duyarlıdır. Hücresel bir çözünürlükte selüloz mikro-iplikçiklerinin Görselleştirme değişiklikleri tespit olabilir, floresan boyalar ile birlikte 8,9 canlı görüntüleme çalışmaları elde edilebilirselüloz mikro-iplikçiklerinin yönelimi. Bununla birlikte, bu boyalar, miktar tayini için kullanılır, bu selüloz, kristal halindeki özgü değildir ve hücre duvarının 8 normal yapısına müdahale edebilir. Polscope ışık ışınlarını bölünmüş ve ışığı 10 bir kısmını geciktirmek için kristalli selüloz yeteneğine dayanan bir görüntüleme tekniğidir. Işık geriliği ışığı yayılma yönüne dik yalan mikrolitlerin en güçlü olduğu. Benzer bir yönlendirme ile mikro-iplikçikler, ışık geciktirici 11 daha büyük bir kristallik derecesi artar. Bu nedenle, polscope bağıl seviyelerde ve selüloz mikro-iplikçiklerinin yönünü hem de incelemek için kullanılır. Hızla 12 genişletmek önce kökleri, hücre bölünmeleri bir dizi geçmesi, hücreler kök ucunda, kök hücre niş de kaynaklanan sırasında doğrusal bir büyüme sergilemektedir. kök içeren hücreler, bir tek yönlü (anizotropik) genişletmekşekilde, hücre duvarının 13 özelliklerini etkileyen küçük molekül sinyal hormonlar tarafından dikte edildiği gibi. Hormonlar Diferansiyel yanıtları, zaman ve mekan içinde, dengeli bir organ büyümesi 14 sağlamanın bir araç sağlar. Bu nedenle, hücre duvarı yapısının yüksek çözünürlüklü analizi daha iyi tüm organ büyümesine hücre tipine spesifik yanıtlar arasındaki bağlantıyı anlamak için gerekli önemli bilgiler sağlayabilir. Burada, yüksek kaliteli, anatomik bölümlerde görüldüğü gibi Arabidopsis kökleri kristalli selüloz dokuya özel birikmesini çalışma polscope uygulanmasını rapor etmektedir. Bu yöntem, en son hormon aktivitesi 15 uzaysal pertürbasyon yanıt olarak kristalli selüloz hücre tipine spesifik birikimi ortaya çıkardı.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Murashige &#38; Skoog (MS)</td>
			<td>Duchefa</td>
			<td>M0221</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Borax</td>
			<td>LOBA CHEMIE&#160;</td>
			<td>6038</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methylene blue</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M-9140</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Azure</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>861065</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe Driven 0.22mm PVDF Filter&#160;</td>
			<td>MILLEX-GV</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde</td>
			<td>EMS</td>
			<td>16220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Cacodylate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C-0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica kit historesin&#160;</td>
			<td>Leica</td>
			<td>7022 18 500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>embedding molds</td>
			<td>Agar Scientific</td>
			<td>AGG3530</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>film 100&#181; P.P.C.&#160;</td>
			<td>www.Jolybar.com</td>
			<td></td>
			<td>overhead film</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Knivemaker</td>
			<td>LKB</td>
			<td>7800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultratome III</td>
			<td>LKB</td>
			<td>8800</td>
			<td>Ultratome</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shandon immumount&#160;</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>9990402</td>
			<td>mounting medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>light microscope</td>
			<td>Nikon</td>
			<td>Eclipse 80i</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Abrio imaging system</td>
			<td>CRI</td>
			<td>Abrio imaging system</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Abrio V2.2 software</td>
			<td>CRI</td>
			<td>Abrio V2.2 software</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Open access polarized light image analysis software &#160;</td>
			<td>OPS</td>
			<td>OpenPolScope</td>
			<td><a href="http://www.openpolscope.org/">http://www.openpolscope.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high resolution quantification of crystalline cellulose accumulation in arabidopsis roots to monitor tissue-specific cell wall modifications

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix containing polysaccharides that include cellulose microfibrils that form both crystalline structures and cellulose chains of amorphous organization. The orientation of the cellulose fibers and their concentrations dictate the mechanical properties of the cell. Several methods are used to determine the levels of crystalline cellulose, each bringing both advantages and limitations. Some can distinguish the proportion of crystalline regions within the total cellulose. However, they are limited to whole-organ analyses that are deficient in spatiotemporal information. Others relying on live imaging, are limited by the use of imprecise dyes. Here, we report a sensitive polarized light-based system for specific quantification of relative light retardance, representing crystalline cellulose accumulation in cross sections of Arabidopsis thaliana roots. In this method, the cellular resolution and anatomical data are maintained, enabling direct comparisons between the different tissues composing the growing root. This approach opens a new analytical dimension, shedding light on the link between cell wall composition, cellular behavior and whole-organ growth.

Bir model, bir organ 15-17 olarak Arabidopsis kök kullanılarak brassinosteroidlerin (BR) için hücre tipine spesifik yanıtların etkisini incelemek. BR reseptör BRI1 hedeflendiğinde, olmayan saç hücreleri olarak adlandırılan epidermal hücrelerin bir alt kümesi (Şekil 2A, B), bu tek yönlü bir komşu hücrelerin hücre genişlemesi ve bütün kök büyüme 15 inhibe etmek bri1 mutantının arka bölgesi. Polscope anali...

Watch this Scientific Journal Video about High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications at JoVE.com

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Crystalline cellulose is an important constituent of the plant cell wall. However, its quantification at a cellular resolution is technically challenging. Here, we report the use of polarized light technology and root cross sections to obtain information of cell wall composition at a spatiotemporal resolution.

Kristalin Selüloz Birikimin Yüksek Çözünürlüklü Niceleme<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Kökler Doku spesifik Hücre Duvarı Değişiklikler Monitör

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...

high-resolution-quantification-crystalline-cellulose-accumulation

Research

JoVE Journal

Biology

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

8.1K Görüntüleme.  Technion-Israel Institute of Technology. Crystalline cellulose is an important constituent of the plant cell wall. However, its quantification at a cellular resolution is technically challenging. Here, we report the use of polarized light technology and root cross sections to obtain information of cell wall composition at a spatiotemporal resolution.

Video: High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Neuronal Cell Cultures from Aplysia for High-Resolution Imaging of Growth Cones

Neuronal growth cones are the highly motile structures at the tip of axons that can detect guidance cues in the environment and transduce this information into directional movement towards the appropriate target cell. To fully understand how guidance information is transmitted from the cell surface to the underlying dynamic cytoskeletal networks, one needs a model system suitable for live cell imaging of protein dynamics at high temporal and spatial resolution. Typical vertebrate growth cones are too small to quantitatively analyze F-actin and microtubule dynamics. Neurons from the sea hare Aplysia californica are 5-10 times larger than vertebrate neurons, can easily be kept at room temperature and are very robust cells for micromanipulation and biophysical measurements. Their growth cones have very defined cytoplasmic regions and a well-described cytoskeletal system. The neuronal cell bodies can be microinjected with a variety of probes for studying growth cone motility and guidance. In the present protocol we demonstrate a procedure for dissection of the abdominal ganglion, culture of bag cell neurons and setting up an imaging chamber for live cell imaging of growth cones.

Aplysia californica neurons develop large growth cones in culture that are excellent for high-resolution imaging of growth cone motility and guidance. Here, we present a protocol for dissection and plating of Aplysia bag cell neurons as well as for setting up a chamber for live cell imaging.

Büyüme Konileri Yüksek Çözünürlüklü Görüntüleme için Aplysia Nöronal Hücre Kültürleri

Neuronal growth cones are the highly motile structures at the tip of axons that can detect guidance cues in the environment and transduce this information ...

Biyoloji

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular biology assays such as synthesis and purification of DNA, diagnostic applications such as quantification of DNA amplification products, and detection of DNA molecules in drug preparations. During this video we will demonstrate the capability of the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer equipped with a Micro Plate Reader accessory to perform dsDNA quantification using Molecular Probes Quant-it PicoGreen dye reagent kit.
The F-7000 Fluorescence Spectrophotometer offers high sensitivity and high speed measurements. It is a highly flexible system capable of measuring fluorescence, luminescence, and phosphorescence. Several measuring modes are available, including wavelength scan, time scan, photometry and 3-D scan measurement. The spectrophotometer has sensitivity in the range of 50 picomoles of fluorescein when using a 300 &#956;L sample volume in the microplate, and is capable of measuring scan speeds of 60,000 nm/minute. It also has a wide dynamic range of up to 5 orders of magnitude which allows for the use of calibration curves over a wide range of concentrations. The optical system uses all reflective optics for maximum energy and sensitivity. The standard wavelength range is 200 to 750 nm, and can be extended to 900 nm when using one of the optional near infrared photomultipliers. The system allows optional temperature control for the plate reader from 5 to 60 degrees Celsius using an optional external temperature controlled liquid circulator. The microplate reader allows for the use of 96 well microplates, and the measuring speed for 96 wells is less than 60 seconds when using the kinetics mode.
Software controls for the F-7000 and Microplate Reader are also highly flexible. Samples may be set in either column or row formats, and any combination of wells may be chosen for sample measurements. This allows for optimal utilization of the microplate. Additionally, the software allows importing micro plate sample configurations created in Excel and saved in comma separated values, or "csv" format. Microplate measuring configurations can be saved and recalled by the software for convenience and increased productivity. Data results can be output to a standard report, to Excel, or to an optional Report Generator Program.

Demonstration of quantification of dsDNA using Molecular Probes PicoGreen dye and Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer equipped with a microplate reader accessory.

Hitachi F-7000 Floresans Spektrofotometre ve PicoGreen Boya kullanarak dsDNA Niceleme

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays

Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans which play an important role in the physiology and development of plants and provide the raw materials for human societies (e.g. wood, paper, textile and biofuel industries)1,2. However, understanding the biosynthesis and function of these components remains challenging.
Cell wall glycans are chemically and conformationally diverse due to the complexity of their building blocks, the glycosyl residues. These form linkages at multiple positions and differ in ring structure, isomeric or anomeric configuration, and in addition, are substituted with an array of non-sugar residues. Glycan composition varies in different cell and/or tissue types or even sub-domains of a single cell wall3. Furthermore, their composition is also modified during development1, or in response to environmental cues4.
In excess of 2,000 genes have Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans been predicted to be involved in cell wall glycan biosynthesis and modification in Arabidopsis5. However, relatively few of the biosynthetic genes have been functionally characterized 4,5. Reverse genetics approaches are difficult because the genes are often differentially expressed, often at low levels, between cell types6. Also, mutant studies are often hindered by gene redundancy or compensatory mechanisms to ensure appropriate cell wall function is maintained7. Thus novel approaches are needed to rapidly characterise the diverse range of glycan structures and to facilitate functional genomics approaches to understanding cell wall biosynthesis and modification.
Monoclonal antibodies (mAbs)8,9 have emerged as an important tool for determining glycan structure and distribution in plants. These recognise distinct epitopes present within major classes of plant cell wall glycans, including pectins, xyloglucans, xylans, mannans, glucans and arabinogalactans. Recently their use has been extended to large-scale screening experiments to determine the relative abundance of glycans in a broad range of plant and tissue types simultaneously9,10,11.
Here we present a microarray-based glycan screening method called Comprehensive Microarray Polymer Profiling (CoMPP) (Figures 1 &amp; 2)10,11 that enables multiple samples (100 sec) to be screened using a miniaturised microarray platform with reduced reagent and sample volumes. The spot signals on the microarray can be formally quantified to give semi-quantitative data about glycan epitope occurrence. This approach is well suited to tracking glycan changes in complex biological systems12 and providing a global overview of cell wall composition particularly when prior knowledge of this is unavailable.

A technique called Comprehensive Microarray Polymer Profiling (CoMPP) for the characterisation of plant cell wall glycans is described. This method combines the specificity of monoclonal antibodies directed to defined glycan-epitopes with a miniature microarray analytical platform allowing screening of glycan occurrence in a broad range of biological contexts.

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans which play an important role in the physiology and development of plants and provide the ...

Long-term, High-resolution Confocal Time Lapse Imaging of Arabidopsis Cotyledon Epidermis during Germination

Imaging in vivo dynamics of cellular behavior throughout a developmental sequence can be a powerful technique for understanding the mechanics of tissue patterning. During animal development, key cell proliferation and patterning events occur very quickly. For instance, in Caenorhabditis elegans all cell divisions required for the larval body plan are completed within six hours after fertilization, with seven mitotic cycles1; the sixteen or more mitoses of Drosophila embryogenesis occur in less than 24 hr2. In contrast, cell divisions during plant development are slow, typically on the order of a day 3,4,5 . This imposes a unique challenge and a need for long-term live imaging for documenting dynamic behaviors of cell division and differentiation events during plant organogenesis. Arabidopsis epidermis is an excellent model system for investigating signaling, cell fate, and development in plants. In the cotyledon, this tissue consists of air- and water-resistant pavement cells interspersed with evenly distributed stomata, valves that open and close to control gas exchange and water loss. Proper spacing of these stomata is critical to their function, and their development follows a sequence of asymmetric division and cell differentiation steps to produce the organized epidermis (Fig. 1).
This protocol allows observation of cells and proteins in the epidermis over several days of development. This time frame enables precise documentation of stem-cell divisions and differentiation of epidermal cells, including stomata and epidermal pavement cells. Fluorescent proteins can be fused to proteins of interest to assess their dynamics during cell division and differentiation processes. This technique allows us to understand the localization of a novel protein, POLAR6, during the proliferation stage of stomatal-lineage cells in the Arabidopsis cotyledon epidermis, where it is expressed in cells preceding asymmetric division events and moves to a characteristic area of the cell cortex shortly before division occurs. Images can be registered and streamlined video easily produced using public domain software to visualize dynamic protein localization and cell types as they change over time.

Long-term, High-resolution Confocal Time Lapse Imaging of Arabidopsis Cotyledon Epidermis during Germination

We describe a protocol using chamber slides and media to immobilize plant cotyledons for confocal imaging of the epidermis over several days of development, documenting stomatal differentiation. Fluorophore-tagged proteins can be tracked dynamically by expression and subcellular localization, increasing understanding of their possible roles during cell division and cell-type differentiation.

Uzun süreli, yüksek çözünürlüklü Konfokal Time Lapse Görüntüleme<em&gt; Arabidopsis Kotiledon</emÇimlenme sırasında&gt; Epidermis

Imaging in vivo dynamics of cellular behavior throughout a developmental sequence can be a powerful technique for understanding the mechanics of tissue ...

Using Flatbed Scanners to Collect High-resolution Time-lapsed Images of the Arabidopsis Root Gravitropic Response

Research efforts in biology increasingly require use of methodologies that enable high-volume collection of high-resolution data. A challenge laboratories can face is the development and attainment of these methods. Observation of phenotypes in a process of interest is a typical objective of research labs studying gene function and this is often achieved through image capture. A particular process that is amenable to observation using imaging approaches is the corrective growth of a seedling root that has been displaced from alignment with the gravity vector. Imaging platforms used to measure the root gravitropic response can be expensive, relatively low in throughput, and/or labor intensive. These issues have been addressed by developing a high-throughput image capture method using inexpensive, yet high-resolution, flatbed scanners. Using this method, images can be captured every few minutes at 4,800 dpi. The current setup enables collection of 216 individual responses per day. The image data collected is of ample quality for image analysis applications.

This protocol describes a process for rapid collection of images of Arabidopsis seedlings responding to a gravity stimulus using commercially-available flatbed scanners. The method allows for inexpensive, high-volume capture of high-resolution images amenable for downstream analysis algorithms.

Arabidopsis Kök Gravitropic Müdahale Yüksek çözünürlüklü Zaman lapsed Resim Toplama Masaüstü Tarayıcılar kullanma

Research efforts in biology increasingly require use of methodologies that enable high-volume collection of high-resolution data. A challenge laboratories ...

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively in the study of secondary cell wall formation. Secondary cell wall deposition occurs after the primary cell wall is laid down, a process carried out exclusively by specialized cells such as those forming vessel and fiber tissues. Most secondary cell walls are composed of cellulose (40&#8211;50%), hemicellulose (25&#8211;30%), and lignin (20&#8211;30%). Several mutations affecting secondary cell wall biosynthesis have been isolated, and the corresponding mutants may or may not exhibit obvious biochemical composition changes or visual phenotypes since these mutations could be masked by compensatory responses. Staining procedures have historically been used to show differences on a cellular basis. These methods are exclusively visual means of analysis; nevertheless their role in rapid and critical analysis is of great importance. Congo red and calcofluor white are stains used to detect polysaccharides, whereas M&#228;ule and phloroglucinol are commonly used to determine differences in lignin, and toluidine blue O is used to differentially stain polysaccharides and lignin. The seemingly simple techniques of sectioning, staining, and imaging can be a challenge for beginners. Starting with sample preparation using the A. thaliana model, this study details the protocols of a variety of staining methodologies that can be easily implemented for observation of cell and tissue organization in secondary cell walls of plants.

Histochemical Staining of Arabidopsis thaliana Secondary Cell Wall Elements

Plant cell wall composition varies between tissue types and can include lignin, cellulose, hemicelluloses, and pectin. Various staining techniques have been developed to visualize differences at the cell-type level. This paper is a compilation of commonly used cell wall staining techniques.

Histokimyasal boyama<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Ortaöğretim Hücre Duvar Elemanları

Arabidopsis thaliana is a model organism commonly used to understand and manipulate various cellular processes in plants, and it has been used extensively ...

A High Resolution Method to Monitor Phosphorylation-dependent Activation of IRF3

The IRF3 transcription factor is critical for the first line of defense against pathogens mainly through interferon &#946; and antiviral gene expression. A detailed analysis of IRF3 activation is essential to understand how pathogens induce or evade the innate antiviral response. Distinct activated forms of IRF3 can be distinguished based on their phosphorylation and monomer vs dimer status. In vivo discrimination between the different activated species of IRF3 can be achieved through the separation of IRF3 phosphorylated forms based on their mobility shifts on SDS-PAGE. Additionally, the levels of IRF3 monomer and dimer can be monitored using non-denaturing electrophoresis. Here, we detail a procedure to reach the highest resolution to gain the most information regarding IRF3 activation status. This is achieved through the combination of a high resolution SDS-PAGE and a native-PAGE coupled to immunoblots using multiple total and phosphospecific antibodies. This experimental strategy constitutes an affordable and sensitive approach to acquire all the necessary information for a complete analysis of the phosphorylation-mediated activation of IRF3.

Here we describe a procedure allowing a detailed analysis of the phosphorylation-dependent activation of the IRF3 transcription factor. This is achieved through the combination of a high resolution SDS-PAGE and a native-PAGE coupled to immunoblots using multiple phosphospecific antibodies.

Bir Yüksek Çözünürlüklü Yöntem IRF3 fosforilasyonu bağımlı Aktivasyon Monitör

The IRF3 transcription factor is critical for the first line of defense against pathogens mainly through interferon &#946; and antiviral gene expression. ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for functional genomics studies. While most cloning strategies are simple to perform, they generally use multiple steps and can require several days to generate the ultimate constructs. The method presented here is based on DNA assembly and can produce fully functional CRISPR vectors in a single cloning reaction. Vector construction can also be pooled, further increasing the efficiency and utility of the process. A modification of the method is used to create CRISPR vectors with multiple gene targets. CRISPR vectors are then transformed into tomato hairy roots to generate transgenic materials with targeted DNA modifications. Hairy roots are a useful system for testing vector functionality as they are technically simple to generate and amenable to large-scale production. The methods presented here will have wide application as they can be used to generate a variety of CRISPR vectors and be used in a wide range of plant species.

Using DNA assembly, multiple CRISPR vectors can be constructed in parallel in a single cloning reaction, making the construction of large numbers of CRISPR vectors a simple task. Tomato hairy roots are an excellent model system to validate CRISPR vectors and generate mutant materials.

Domates Tüylü Roots Üretimi ile yüksek verim CRISPR Vektör İnşaat ve DNA Değişiklikler Karakterizasyonu

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

High-resolution Respirometry to Assess Mitochondrial Function in Permeabilized and Intact Cells

A high-resolution oxygraph is a device for measuring cellular oxygen consumption in a closed-chamber system with very high resolution and sensitivity in biological samples (intact and permeabilized cells, tissues or isolated mitochondria). The high-resolution oxygraph device is equipped with two chambers and uses polarographic oxygen sensors to measure oxygen concentration and calculate oxygen consumption within each chamber. Oxygen consumption rates are calculated using software and expressed as picomoles per second per number of cells. Each high-resolution oxygraph chamber contains a stopper with injection ports, which makes it ideal for substrate-uncoupler-inhibitor titrations or detergent titration protocols for determining effective and optimum concentrations for plasma membrane permeabilization. The technique can be applied to measure respiration in a wide range of cell types and also provides information on mitochondrial quality and integrity, and maximal mitochondrial respiratory electron transport system capacity.

High-resolution respirometry is used to determine mitochondrial oxygen consumption. This is a straightforward technique to determine mitochondrial respiratory chain complexes&#39; (I-IV) respiratory rates, maximal mitochondrial electron transport system capacity, and mitochondrial outer membrane integrity.

Yüksek çözünürlüklü Solunum permeabilize ve bozulmamış Hücreleri Mitokondrial fonksiyonu değerlendirmek için

A high-resolution oxygraph is a device for measuring cellular oxygen consumption in a closed-chamber system with very high resolution and sensitivity in ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm allows for the routine imaging of nanoscale biological complexes and processes. This increase in resolution also means that methods popular in electron microscopy, such as single-particle analysis, can readily be applied to super-resolution fluorescence microscopy. By combining this analytical approach with super-resolution optical imaging, it becomes possible to take advantage of the molecule-specific labeling capacity of fluorescence microscopy to generate structural maps of molecular elements within a metastable structure. To this end, we have developed a novel algorithm &#8212; VirusMapper &#8212; packaged as an easy-to-use, high-performance, and high-throughput ImageJ plugin. This article presents an in-depth guide to this software, showcasing its ability to uncover novel structural features in biological molecular complexes. Here, we present how to assemble compatible data and provide a step-by-step protocol on how to use this algorithm to apply single-particle analysis to super-resolution images.

This manuscript uses the Fiji-based open-source software package VirusMapper to apply single-particle analysis to super-resolution microscopy images in order to generate precise models of nanoscale structure.

VirusMapper Süper çözünürlüklü Mikroskopi Açık kaynak Tek parçacık Analizi

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...