JCM Unilever Plc (BB / L023040 / 1) ile BBSRC-IPA ödülü tarafından finanse edilmektedir. YY Yükseköğretim Doktora öğrencilik bir Suudi Arabistan Bakanlığı tarafından finanse edilmektedir.

Aşağıdaki yöntem önleyicisi üreten suşlar ile rakip suşları test etmek için 7,8 uyarlanmıştır. NOT: Bu protokol, bakteri kültürleri ile aerosol nesil içerir. Bu, sadece lokal onaylı güvenlik konuları uygulanması ile kapalı bir alanda gerçekleştirilebilir. Bir seviye 2 güvenlik kabini içinde agar plakaları üzerine kültür Püskürtme agar plakaları kirlenmesini ve çevresini en aza indirecektir. Bu aynı zamanda püskürtülen bakterilerin aerosol inhalasyon gelen araştırmacı koruyacak, bu araştırmacı çevreleme seviyesi 2 organizmaların kullanıldığı takdirde önemli bir husustur. Uygun kişisel koruyucu ekipman giyilmelidir. petri çevresi en atılabilir emici dokusu ile kaplıdır. UV ışığı kullanarak post-sprey dekontaminasyon tavsiye edilir. 1. Agar Plakaları hazırlanması <ol><li> manu uygun olarak beyin kalp infüzyon (BHI) agar hazırlayınfacturer talimatları. </li><li> sterilize etmek için, 121 ° C, otoklav, üreticinin tavsiyelerine uygun olarak 15 ila 20 dakika boyunca psi, ya da BHI agar otoklava. </li><li> Steril petri kutularının içine sterilize BHI agar 15 ml hacimde dökün ve ayarlamanızı sağlar. Not: Deney agar aynı stok kaynaklı olan her agar kullanılmak üzere olun ve her plaktaki agar aynı miktarda olduğu. Bu mevcut besin ve karşılaştırılabilirlik sağlayan plakalar arasındaki inhibitör difüzyon değişkenliği sınırlar. </li></ol> 2. Steril Broth hazırlanması <ol><li> Üreticinin talimatlarına uygun olarak, BHI suyu hazırlayın. </li><li> 28 ml&#39;lik bir cam şişe genel BHI 10 ml alikotları ekleyin. </li><li> sterilize etmek için, 15 psi, 20 dakika, ya da otoklav üreticinin tavsiyelerine göre 121 ° C&#39;de BHI suyu otoklav. NOT: suyu aut aynı partiden kaynaklanan deneyde kullanılan tüm suyu sağlayınsonuçlar varyasyonu neden olabilir besin varyasyonu sınırlamak için, aynı zamanda oclaved. </li></ol> 3. Hazırlanması Steril Vaporizer Şişe (ler) <ol><li> vapourizer şişe sökün. </li><li> Iç yabancı maddelerin temizlenmesi gece boyunca% 5 bir yüzey aktif temizleme ajanı vapourizer şişe kapağı ve vapourizer emmek için vapourizer ile% 5 yüzey aktif temizlik maddesi püskürtün. NOT: Yüzey aktif temizlik maddesi tutarken eldiven ve uygun kişisel koruyucu donanımlar kullanılmalıdır. </li><li> steril hava akış kaputun altında buharlaştırıcı, kapak ve şişe kurutun. </li><li> % 70 etanol ile şişeye doldurun, vapourizer yeniden takın ve vapourizer yoluyla etanol bazı sprey. </li><li> buharlaştırıcı kapağı koymak ve kullanıma kadar iç etanol ile saklayın. </li><li> aseptik olarak Steril BHI et suyu ile durulayın ve şişe vapourizer yoluyla suyu püskürtmek için hemen önce. NOT: Bu etanol aff önlerbölüm 6.3 şişeye ilave inokulum ecting. </li></ol> Bakteriyel Gece Kültür hazırlanması 4. (ler) <ol><li> Şerit yarışmacı ve suşlar önleyicisi steril BHI agar plakası üzerine yerleştirin ve yaklaşık 18 saat (bir gece) aerobik olarak 37 ° C&#39;de inkübe edin. NOT: Bu plaka, 4 ° C&#39;de depolandığında aynı hafta içinde birden çok kopya için kullanılabilen bakteri stok üretir. </li><li> 28 mi, evrensel şişe içinde gerekli rakip bakteri suşunun tek bir koloni ile steril BHI et suyu 10 ml inoküle. </li><li> orbital çalkalayıcı 250 rpm&#39;de çalkalanarak aerobik olarak gece boyunca 37 ° C de genel şişe inkübe edin. </li></ol> Önleyici üreten İzolatı 5. Nokta Kültürü <ol><li> 4. bölümde tarif edildiği gibi, gece boyunca kültürün (ler) hazırlayın. </li><li> Agar plakaları kapağındaki yoğunlaşma olmadan, tamamen kuru olduğundan emin olun, aşılamadan önce (pla kuluçka örneğin37 ° C&#39;de 60 dakika) için TE; Bu aşılama sitesinden plaka üzerinde yayılmasını inokulum engeller. </li><li> Pipet agar plakaları merkezi üzerine gece boyunca bir kültürü 25 ul. tamamen agar boyunca kültür sprey hava kabarcıklarını önlemek için pipet Medyumu kaçının. </li><li> kültür yayılmasını sınırlamak için kültür oda sıcaklığında kurumaya bırakın. aerobik bir gece boyunca 37 ° C &#39;de agar inkübe edin. </li></ol> 6. Hazırlama Testi Rakip Strain Sprey Aşı (lar) <ol><li> Yaklaşık 4 x 10 6 CFU ml -1 vermek üzere BHI suyu bölüm 4. SEYRELTİK gecede kültür 10 kat açıklandığı gibi gecede kültür hazırlayın ve OD 600 0.3 ± 0.05 süspansiyonu. NOT: 10 kat seyreltme, 4 x 10 6 CFU ml -1 tüm bakteri türlerinin vermek 1 x 10 arasında seri dilüsyonları kaplama yayılması gerekli seyreltme faktörünü hesaplamak olmaz <s&gt; -1 -1 x 10 -6 kadar. </li><li> steril plastik parfüm buharlaştırıcı şişeye seyreltilmiş kültür dökün. NOT: toplam hacim agar plakaları sayısı püskürtülen için gerekli olandan daha fazla olmalıdır. Yaklaşık plaka başına 250 ul 9 cm çaplı bir petri çanağı için uygundur. </li></ol> 7. Ertelenmiş büyüme inhibisyonu analizi <ol><li> Kültür önceden agar üzerine püskürtme için püskürtme mekanizması yerleştirildiğinden emin olmak için buharlaştırma şişelerin her birinden kültür püskürtülür. </li><li> agar üzerinde yaklaşık 15 cm&#39;lik bir mesafeden, tüm agar yüzeyi üzerine seyreltilmiş kültür yaklaşık 250 ul (tipik 50 mi buharlaştırıcı 3 spreyler) püskürtülür. aerobik bir gece boyunca 37 ° C &#39;de agar inkübe edin. spreyler aynı sayıda diğer plakaları için tekrarlayın. </li></ol> 8. Ertelenmiş Büyüme İnhibisyon Tahlili Sonuçları Yorumlama <ol><li> püskürtülen alanda ülkemizde büyüme inhibisyon zonu ölçüntor suşu (Şekil 1A - C, &quot;X&quot;, &quot;X&quot; için) (- C, &quot;Y&quot; ile &quot;Y&quot; Şekil 1A) inhibitörü yapımcısı merkez nokta çapı çıkarılarak milimetre. NOT: Şekil 1E bu veriler sunulabilir nasıl gösterir </li><li> inhibisyon bölgeleri için netlik puan kaydedin. Not: Bu görülen inhibisyon derecesi gösterir. Örnekler Şekil 1A gösterilmiştir - D, standardizasyon için kullanılabilir suşları temsilcisi sonuçları bölümünde önerilmektedir. Aşağıdaki ölçek, berraklığı puanlama için kullanılabilir: 0 bir berraklığı mı rakip suşun büyüme önlemesine bir bölge tanımlamak için. 1 puan temizleme bölümü içinde mevcut olan, sadece tek tek koloniler ile büyüme hemen hemen tam inhibisyon bölgesini tanımlamak için. 2 puan azaltılmış bir büyüme görülebilir bölge tanımlamak için, bu bölge içinde büyüme conakıcı veya yapışık yakın ama&gt;% 50 oranında yoğunluk azalır. 3 puan çok az büyüme azaltma açıklamak için, büyüme birleşen ve daha az% 50 oranında azaltılır, bir bölge hala görünür ve ölçülebilir. 4 puan, büyüme görünür bir inhibisyon ortaya koymaktır. 5 puan ise rakip suşunun büyüme testi önleyicisi üreten soyun yakın artış olduğunu ortaya koymaktır. Örnekler için Şekil 1&#39;e bakınız. Bu puanlar deneyci için subjektiftir. </li></ol> 9. çoğaltır <ol><li> Biyolojik en az üç kez tekrar deneyler elde edilen sonuçların tekrarlanabilirliğini belirlenmesi. NOT: çoğaltır farklı günlerde yapılması durumunda, ölçüm yapmak ve 4 ° C&#39;de, daha sonra inkübasyon çıkarıldıktan hemen sonra ya mağaza plakaları plakaları puan veya onları atmadan önce plakaların yüksek kaliteli fotoğraflar çekmek. Depolama veya plakaların fotoğrafları farklı günlerde arasındaki sonuçların kolay karşılaştırma sağlar, tonun gün / deneyler arasında tekrarlanabilir puanlama teyit için özellikle önemlidir. plakaların depolama sonuçlarını değiştirme potansiyeline sahip olduğunu unutmayın. NOT: net fotoğraflar yer plakaları için dik dağınık ışık bir alanda mat siyah arka plan üzerine kapaksız, yakın objektif (makro modu) nesneler üzerinde odaklama yeteneğine sahip yüksek çözünürlüklü bir kamera (≥8 MP) kullanın. Alternatif olarak, beyaz ışığa ayarlanır trans-ışığı ile bazı jel görüntüleme cihazları, yüksek kalite, yüksek tekrarlanabilir görüntüler üretebilir. </li></ol>

<ol>
	<li>Bolnick, D. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+intraspecific+trait+variation+matters+in+community+ecology.">Why intraspecific trait variation matters in community ecology.</a> Trends Ecol Evol. 26 (4), 183-192 (2011).</li><li>Christensen, G. J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antagonism+between+Staphylococcus+epidermidis+and+Propionibacterium+acnes+and+its+genomic+basis.">Antagonism between Staphylococcus epidermidis and Propionibacterium acnes and its genomic basis.</a> BMC Genomics. 17 (152), (2016).</li><li>Faust, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+co-occurrence+relationships+in+the+human+microbiome.">Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome.</a> PloS Comput Biol. 8 (7), (2012).</li><li>Frank, D. N., Feazel, L. M., Bessesen, M. T., Price, C. S., Janoff, E. N., Pace, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+nasal+microbiota+and+Staphylococcus+aureus+carriage.">The Human nasal microbiota and Staphylococcus aureus carriage.</a> PLoS One. 5 (5), e10598 (2010).</li><li>Fredheim, E. G., Flaegstad, T., Askarian, F., Klingenberg, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonisation+and+interaction+between+S.+epidermidis+and+S.+aureus+in+the+nose+and+throat+of+healthy+adolescents.">Colonisation and interaction between S. epidermidis and S. aureus in the nose and throat of healthy adolescents.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 34, 123-129 (2015).</li><li>Hibbing, M. E., Fuqua, C., Parsek, M. R., Peterson, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+competition:+surviving+and+thriving+in+the+microbial+jungle.">Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle.</a> Nat Rev Microbiol. 8, 15-25 (2010).</li><li>Libberton, B., Coates, R. E., Brockhurst, M. A., Horsburgh, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+that+intraspecific+trait+variation+among+nasal+bacteria+shapes+the+distribution+of+Staphylococcus+aureus.">Evidence that intraspecific trait variation among nasal bacteria shapes the distribution of Staphylococcus aureus.</a> Infect Immun. 82 (9), 3811-3815 (2014).</li><li>Libberton, B., Horsburgh, M. J., Brockhurst, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effects+of+spatial+structure,+frequency+dependence+and+resistance+evolution+on+the+dynamics+of+toxin-mediated+microbial+invasions.">The effects of spatial structure, frequency dependence and resistance evolution on the dynamics of toxin-mediated microbial invasions.</a> Evol appl. 8, 738-750 (2015).</li><li>Liu, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Staphylococcus+aureus+and+the+ecology+of+the+nasal+microbiome.">Staphylococcus aureus and the ecology of the nasal microbiome.</a> Sci Adv. 1, e1400216 (2015).</li><li>Nascimento, J. S., Ceotto, H., Nascimento, S. B., Giambiagi-deMarval, M., Santos, K. R., Bastos, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriocins+are+alternative+agents+for+control+of+multiresistant+staphylococcal+strains.">Bacteriocins are alternative agents for control of multiresistant staphylococcal strains.</a> Lett Appl Microbiol. 42, 215-221 (2006).</li><li>Park, B., Iwase, T., Liu, G. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intranasal+application+of+S.+epidermidis+prevents+colonization+by+methicillin-resistant+Staphylococcus+aureus+in+mice.">Intranasal application of S. epidermidis prevents colonization by methicillin-resistant Staphylococcus aureus in mice.</a> PLoS One. 6 (10), e25880 (2011).</li><li>Uehara, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+interference+among+nasal+inhabitants:+eradication+of+Staphylococcus+aureus+from+nasal+cavities+by+artificial+implantation+of+Corynebacterium+sp.">Bacterial interference among nasal inhabitants: eradication of Staphylococcus aureus from nasal cavities by artificial implantation of Corynebacterium sp.</a> J Hosp Infect. 44, 127-133 (2000).</li><li>Wos-Oxley, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+poke+into+the+diversity+and+associations+within+human+anterior+nare+microbial+communities.">A poke into the diversity and associations within human anterior nare microbial communities.</a> ISME J. 4, 839-851 (2010).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Diğerlerinden ayıran, bu bakteri türleri rekabet protokolünün kritik bir safha, inhibitörün bir gece boyunca inkübasyon rakip izolatı eklenmesinden önce izole olduğu. Önleyicisi soyu önleyici bileşikleri üretmek için bu büyüme dönemi gerektirir. rakip suşu aynı ortamda üstüne bindirilmiş gibi, bu yöntem tam potansiyelini gözlemlemek için araştırmacı izin verir önleyicisi soyunun rakip suşunun büyüme müdahale etmek. Bunun bir sonucu olarak, bu deney, doğa ile ne yansıtmaktadır; bir izole tamamen niş yılında kurulmuş, ve diğer başarılı niş işgal edebilmek için herhangi bir inhibitör değişkenleri karşı gerekir. Yanlış yapıldığı takdirde hatalı sonuçlara neden büyük olasılıkla bu protokol iki bölümü vardır. Birincisi, buharlaştırıcı şişe eksik sterilizasyon tahlil içine bakteri kirlenmesine neden tanıtabilirsiniz. incusteril bir kap içinde aşama 3.6 buharlaştırıcı şişe yıkamak için kullanılan broth Bation tamamen sterilize edildi şişe teyit etmek için kullanılabilir. Ek sterilizasyon gerekli ise, örneğin, Virkon® dezenfekte edici çözeltiler Ek yıkama, aşama 3.2&#39;de tanımlanan yüzey etkili temizleme maddesinin yıkama, önce kullanılabilir. hatalı sonuçlara neden olabilir ikinci aşama rakip suşu (adım 6.1) seyreltme olduğunu. Seyreltme uygun değilse, inhibisyon net ölçümler kolayca tespit edilemez. Bu deney, önleyici üreten S. karşı Gram-pozitif ve Gram-negatif türler geniş bir yelpazesinde suşları gibi çeşitli nazal izolatları kullanılarak optimize edildi rakip suşu 7,8 olarak aureus SH1000. Bu daha sonra rakip ve inhibitörü üreten suşlar gibi çeşitli-koagülaz negatif ve koagulaz pozitif stafilokok kullanılarak test edilmiştir. rakip olarak yukarıda tarif edilenler dışındaki cins test ederkensuşu, inokulum için seyreltme bazı optimizasyon gerekli olabilir. berraklık puanları tekrarlar arasında anlamlı farklılık varsa, belirli bir optik yoğunluk olarak ayarlayarak rakip gerilme inokulum standardize etmek gerekli olabilir. Bununla birlikte, bu deney ayarlamak için gereken ve deney için işlem mümkündür suşları sayısının azaltılması olası zaman artar. Görme hızlı bir alternatif sağlayabilir bir McFarland standardı kullanılarak uygun bir OD kültürünü ayarlayarak. Bu tekniğin bir sınırlama sadece kültürlenebilir bakterilerin uygulanabilir bunun olmasıdır. Birçok çalışmada rekabet dışlama etkileşimleri 3,4,13 tahmin 16S rRNA sıralamasını kullanmak nedeni budur. Ancak, genetik ve metagenomic teknikler sadece tür düzeyinde topluluk üyelerini ayırt edebilir ve / veya belirli bir tür içi özellik varyasyonu için hesaba katmıyor. Bir özelde, dernek taranması mümkünBir bakteri türlerinin 5 varlığında ya da yokluğunda bir özelliği kodlamaktadır ar geni, ancak bu tür hariç ile bağlantılı olması muhtemel bir genin ön bilgi gerektirir. Bu tekniğin bir güvenlik dikkate bakterilerin aerosol üretimi nedeniyle, sadece bir seviye 2 güvenlik kabini ile laboratuarlarda kullanılan ya da benzer güvenlik önlemleri ile olabilir olmasıdır. intraspecific özellik değişimi için hesap ve bakteri aerosollerin üretemeyen izolatlar arasındaki rekabet test etmek için alternatif teknikler vardır. Böyle bir yöntem, aynı anda antagonizma deney 2 &#39;dir. Bu yöntemde, bir izolatın, bir aşı, bir agar plakası üzerine yayılır, ve birinci kuruduktan sonra, ikinci bir izole aşı En lekeli veya yaralanmıştır. Bu, hem inhibitör bileşikler üretirler ve ilk besin temizlemek için yarışan, suşlar doğrudan rekabet (eşzamanlı antagonizma) olarak bir ortam üretecektir. advantageşzamanlı antagonizma tahlil üzerinden ertelenmiş büyüme inhibisyonu testinin e inhibitörü izolatı her zaman tam rakip izolatı işgalinden önce kurulmakta olan rekabet avantajına sahip olmasıdır. Başka bir suş yerine iki izolat aynı anda 8 ilave olmaktan çok, ilave edilmeden önce, bir izolatın kurulacak çoğu niş olarak bu, çevrede ne olacağını daha yansıtıcı olduğunu. Başka bir alternatif döktü ziyade önleyici izolatı üzerinde püskürtülür olabilir üst agar izole rakibi eklemek olacaktır bakterilerin aerosol oluşumunu engellemek için. Bununla birlikte, üst agar eklenmiş hacmi plaka da kapsama sağlamak için yaklaşık olarak 3 ml olması gerekir. Bu hacim içinde, rakip izolat inhibitörü izolatı aynı ortam üzerinde büyüyen olmaz, bu yüzden azalmış besin muzdarip olmaz. Yarışmacı, aynı zamanda UNT bir önleyici bileşikler ile doğrudan temas halinde olmazil onlar üst agar içine yayılmış. Böyle bir deney, ertelenmiş inhibisyonu veya aynı anda antagonizmi olarak tarif edilememiştir. Benzer bir yöntem, daha önce klinik S. arasında basitrasin direnci düzeylerini değerlendirmek için kullanılmıştır aureus 10 ayırır. 10 tarif burada tarif edilen protokol ve arasındaki temel fark, duyarlı (0 puan inhibisyon netlik tamamlamak) ya da dirençli ikinci sadece gizli rakip suşları (hiçbir inhibisyon netlik kısmi skor 1-5). Ertelenmiş bir büyüme önleme deneyi Bu yüzden, aynı zamanda, çok ilaca dirençli patojenlere karşı aktif yeni antimikrobiyal aramak için daha özel bir antimikrobiyal, veya üretici direnç seviyeleri taranması için kullanılabilir. Ev sahibi mikroflora bakteriyel eden 9 istenmeyen temsilcilerinin ortadan kaldırmak için manipüle edilebilir olduğu ileri sürülmüştür. Corynebacterium türü ya Staph Uygulamaylococcus epidermidis önce S. ortadan kaldırmak için gösterilmiştir Nüfusun 11,12 önemli bir oranda burun içinde aureus kolonizasyonu. rekabetçi, burada anlatılan gibi teknikler vasıtasıyla ev sahibi bitki istenmeyen temsilcilerinin, dahil belirli suşlarından içine çalışmalar bu nedenle gelecekteki terapötik yol olabilir.

Bacteria living in communities compete at the interspecific and intraspecific level for space and nutrients 6. Competition between microbes can often lead to exclusion of particular species or strains within a community. Exclusion can be due to competition for a particular receptor or nutrient, or the production of an antimicrobial compound by a member of the community 6.
Studies investigating competitive exclusion frequently examine the presence and absence of species using 16S rRNA sequencing 3,4,13. However, intraspecific trait variation, for example the presence or absence of antimicrobial peptide production, can hugely impact the ability of one species to inhibit another 1. Since 16S rRNA sequencing cannot distinguish between strains of the same species, intraspecific trait variation cannot be assessed. The technique described here can be used to assess the potential of individual strains to exclude other bacteria. This method has previously been used to show a positive correlation between the presence of Staphylococcus aureus inhibitory bacteria and the absence of S. aureus in a nasal community 7.
The deferred growth inhibition (competition) assay can identify production of antimicrobial compounds or nutrient competition by the inhibitor strain. It can also detect positive interactions, whereby the presence of the inhibitor strain actually improves the growth of the competitor strain. This assay can be used to create quantitative data (zone of clearing size) and qualitative data (degree of inhibition), both of which can be overlaid onto data of the presence or absence of a species within a community to find correlations between phenotype (trait) and competitive exclusion 7.

<table><tbody><tr><td>Brain heart infusion broth</td><td>Lab M</td><td>lab049</td><td>rich general purpose media</td></tr><tr><td>agar-agar</td><td>Merck Milipore</td><td>101614</td><td></td></tr><tr><td>Petri dishes</td><td>Sarstedt</td><td>82.1473.001</td><td></td></tr><tr><td>Plastic perfume vaporizer</td><td>not known</td><td>-</td><td>10 cm high with 3.5 cm diameter clear plastic spray bottle with lid, purchased from the travel section of a supermarket</td></tr><tr><td>Universal bottles</td><td></td><td>no longer in production, alternative SLS BOT5006</td><td>28 ml glass cylindrical bottle (~280 mm diameter, 850 mm height), flat bottomed with plastic screw cap</td></tr><tr><td>Decon 90</td><td>Decon&amp;nbsp;</td><td></td><td>surface active cleaning agent&amp;nbsp;</td></tr></tbody></table>

deferred growth inhibition assay to quantify the effect of bacteria-derived antimicrobials on competition

Competitive exclusion can occur in microbial communities when, for example, an inhibitor-producing strain outcompetes its competitor for an essential nutrient or produces antimicrobial compounds that its competitor is not resistant to. Here we describe a deferred growth inhibition assay, a method for assessing the ability of one bacterium to inhibit the growth of another through the production of antimicrobial compounds or through competition for nutrients. This technique has been used to investigate the correlation of nasal isolates with the exclusion of particular species from a community. This technique can also be used to screen for lantibiotic producers or potentially novel antimicrobials. The assay is performed by first culturing the test inhibitor-producing strain overnight on an agar plate, then spraying over the test competitor strain and incubating again. After incubation, the extent of inhibition can be measured quantitatively, through the size of the zone of clearing around the inhibitor-producing strain, and qualitatively, by assessing the clarity of the inhibition zone. Here we present the protocol for the deferred inhibition assay, describe ways to minimize variation between experiments, and define a clarity scale that can be used to qualitatively assess the degree of inhibition.

Deney sonuçları, merkezi benekli önleyicisi üreten bir suş (Şekil 1) yakınındaki Kaplanmış rakip suşu bir fark olarak gözlemlenebilir olmalıdır. Bu farklılıklar, tam inhibisyon (Şekil 1A), kısmi inhibisyonu (Şekil 1B ve 1C), herhangi bir inhibisyonu (Şekil 1D) veya pozitif bir birlik olarak yorumlanabilir. Yaygın olarak kullanılan laboratuvar S. suşları epidermidis Tü3298 ve S. epidermidis Rp62A, ve S. epidermidis Rp62A ve S. aureus Newman sırasıyla Şekil 1b ve 1d kullanılmıştır. Biz bu suşlar bu protokolü test etmek için kullanılır olabileceğini düşündürmektedir. Test edilen türler bağlı olarak, tam inhibisyon ve kısmi inhibisyon muhtemelen antimikrobiyal peptitler, antibiyotiklere veya diğer yayılabilir bir büyüme inhibitör sonucudurinhibitör üreten bir suş tarafından üretilen rs. Kısmi inhibisyon da inhibitör suşu 6 ile rakip alımı nedeniyle gerginlik ya da besin ayrımı için azaltılmış besin durumu ile bağlantılı olmuştur. Aynı rakip suşuna karşı test edilen farklı inhibitör üreten suşlar arasında inhibisyon zonunun boyutu karşılaştırılması aşağıdakilerden herhangi farklılıkları gösterir: inhibitörü üreten bir suş tarafından üretilen antimikrobiyal miktarı; ortam içinden difüze inhibitörün özelliği; inhibitör tip üretilen ve inhibitörleri ile rakip suşu direnç seviyesi üretilmektedir. Aynı önleyicisi üreten suşuna karşı test edilen farklı rakip suşları arasında inhibisyon bölgesinin boyutu karşılaştırması önleyicisi üretilen için rakip karşı direnç seviyelerinin göstergesidir. <p class="jove_content" fo:keep-together.within-page = &quot;1&quot;&gt; Sonuçlar kullanılan inhibitör zorlanma ve kullanılan rakip gerginlik bağlı olarak değişecektir. Aynı inhibitör ve rakip suşu kullanılarak tekrarlar ideal aynı netlik puanı (bölüm 8.2&#39;de açıklanan) olması gerekir, bu iyi bir teknik boyunca kullanılan olmuştur gösterir. Bakterilerin eksik uygulanması oluştu plakları kullanılmamalıdır. Örneğin test rakip kültürden ise inhibisyon bölgesinin daha büyük görünür ve tipik olarak (Şekil 2A) görülmektedir daha az belirgin bir kenar olacak seyreltilmiş; Bu herhangi bir karşılaştırmalı bölge ölçümlerinin güvenilirliğini etkileyecektir. Inhibitör üreten suş nokta tam bir gecede inkübasyon önce kuru değil ise, inhibitör zorlanma yaymak ve tipik bölge ölçümleri etkiler ama aynı zamanda netlik puanlama etkileyebilir açıkça tanımlanmış nokta (Şekil 2B), oluşturmayacak muhtemeldir. rakip suşu iseeşit biçimde, bu bakterilerin düzgün olmayan bir yayılma (Şekil 2C) yol açabilir püskürtülür. Rakip suşu çok konsantre olursa bu rakip suşu inhibitörü suşu (Şekil 2C) üstünde büyümeye olasıdır, aşırı durumlarda bu yarışmacı / inhibitör gerilme rolleri bazı ters yol açabilir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54437/54437fig1.jpg" /> Şekil 1:. Büyüme inhibisyonuna ertelenmiş büyüme inhibisyonu analizi elde edilebilir niteliksel ve niceliksel sonuçların aralığı Sonuçlar (A) &#39;tam inhibisyon aralığında olabilir (0 puan), (B), kısmi inhibisyonu (1 puan) (D) hiçbir inhibisyon (4 puan) ile (C) kısmi engelleme (2 puan). Etiketler (Y) inhibitörü soylarının büyüme kenarları ve inhibisyon en dış kenarı gösterirbölgeleri (X). A fotoğraflandı levhalar için ölçümlerini göstermektedir, (E) &#39;de gösterildiği gibi 0 mm ilâ 10 mm&#39;den fazla inhibisyon aralığında alanın boyutu, A, B, C ve D Sonuçlar Son stafilokok izolatı (A ile gösterilmiştir C) ya da ortak laboratuar stafilokok S. izolatlarının epidermidis Tü3298 (önleyici) ve S. epidermidis Rp62A (rakip) (B), ve S. epidermidis Rp62A (önleyici) ve S. aureus Newman (rakip) (D). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54437/54437fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54437/54437fig2.jpg" /> Şekil 2: zayıf tekniğine tutarsız sonuçlar örnekleri Sonuçları eğer beklenenden farklı görünebilir (A. </strorakip zorlanma eşit püskürtülür değildi ve çok konsantre eğer ng&gt;) rakip suşu çok seyreltik olduğu, (B) inhibitörü suşu inkübasyon / plakaları önce tamamen kuru değildi kuru veya (C) değildi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54437/54437fig2large.jpg" target="_blank">büyük halini görmek için tıklayınız bu rakamın.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition at JoVE.com

Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition

The deferred growth inhibition assay can be used to assess the competition effect by one bacterial isolate on another. Inhibition is quantified by measuring the zone of clearing around the inhibitor-producing isolate, or qualitatively assessed by determining the visible extent of inhibition.

Ertelenmiş Büyüme İnhibisyon Tahlili Rekabet Bakteri kaynaklı Antimikrobiyal Etkisi belirlememize

Competitive exclusion can occur in microbial communities when, for example, an inhibitor-producing strain outcompetes its competitor for an essential ...

deferred-growth-inhibition-assay-to-quantify-effect-bacteria-derived

Research

JoVE Journal

Biology

14.5K Görüntüleme.  University of Liverpool. The deferred growth inhibition assay can be used to assess the competition effect by one bacterial isolate on another. Inhibition is quantified by measuring the zone of clearing around the inhibitor-producing isolate, or qualitatively assessed by determining the visible extent of inhibition.

Video: Deferred Growth Inhibition Assay to Quantify the Effect of Bacteria-derived Antimicrobials on Competition

A Visual Assay to Monitor T6SS-mediated Bacterial Competition

Type VI secretion systems (T6SSs) are molecular nanomachines allowing Gram-negative bacteria to transport and inject proteins into a wide variety of target cells1,2. The T6SS is composed of 13 core components and displays structural similarities with the tail-tube of bacteriophages3. The phage uses a tube and a puncturing device to penetrate the cell envelope of target bacteria and inject DNA. It is proposed that the T6SS is an inverted bacteriophage device creating a specific path in the bacterial cell envelope to drive effectors and toxins to the surface. The process could be taken further and the T6SS device could perforate other cells with which the bacterium is in contact, thus injecting the effectors into these targets. The tail tube and puncturing device parts of the T6SS are made with Hcp and VgrG proteins, respectively4,5.
The versatility of the T6SS has been demonstrated through studies using various bacterial pathogens. The Vibrio cholerae T6SS can remodel the cytoskeleton of eukaryotic host cells by injecting an "evolved" VgrG carrying a C-terminal actin cross-linking domain6,7. Another striking example was recently documented using Pseudomonas aeruginosa which is able to target and kill bacteria in a T6SS-dependent manner, therefore promoting the establishment of bacteria in specific microbial niches and competitive environment8,9,10.
In the latter case, three T6SS-secreted proteins, namely Tse1, Tse2 and Tse3 have been identified as the toxins injected in the target bacteria (Figure 1). The donor cell is protected from the deleterious effect of these effectors via an anti-toxin mechanism, mediated by the Tsi1, Tsi2 and Tsi3 immunity proteins8,9,10. This antimicrobial activity can be monitored when T6SS-proficient bacteria are co-cultivated on solid surfaces in competition with other bacterial species or with T6SS-inactive bacteria of the same species8,11,12,13.
The data available emphasized a numerical approach to the bacterial competition assay, including time-consuming CFU counting that depends greatly on antibiotic makers. In the case of antibiotic resistant strains like P. aeruginosa, these methods can be inappropriate. Moreover, with the identification of about 200 different T6SS loci in more than 100 bacterial genomes14, a convenient screening tool is highly desirable. We developed an assay that is easy to use and requires standard laboratory material and reagents. The method offers a rapid and qualitative technique to monitor the T6SS-dependent bactericidal/bacteriostasis activity by using a reporter strain as a prey (in this case Escherichia coli DH5&alpha;) allowing a-complementation of the lacZ gene. Overall, this method is graphic and allows rapid identification of T6SS-related phenotypes on agar plates. This experimental protocol may be adapted to other strains or bacterial species taking into account specific conditions such as growth media, temperature or time of contact.

We describe a qualitative assay to monitor bacterial competition mediated by the Pseudomonas aeruginosa type VI secretion system (T6SS). The assay relies on the survival/killing of Escherichia coli target cells carrying a lacZ-reporter. This technique is adjustable to assess the bactericidal/bacteriostasis activity of T6SS-proficient microorganisms.

T6SS aracılı Bakteriyel Rekabet Monitör A Görsel Assay

Type VI secretion systems (T6SSs) are molecular  nanomachines allowing Gram-negative bacteria to transport and inject proteins  into a wide variety of ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Biomimetic Materials to Characterize Bacteria-host Interactions

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The biochemical and functional characterization of adhesins mediating these initial bacteria-host interactions is often compromised by the presence of other bacterial factors, such as cell wall components or secreted molecules, which interfere with the analysis. This protocol describes the production and use of biomimetic materials, consisting of pure recombinant adhesins chemically coupled to commercially available, functionalized polystyrene beads, which have been used successfully to dissect the biochemical and functional interactions between individual bacterial adhesins and host cell receptors. Protocols for different coupling chemistries, allowing directional immobilization of recombinant adhesins on polymer scaffolds, and for assessment of the coupling efficiency of the resulting &#8220;bacteriomimetic&#8221; materials are also discussed. We further describe how these materials can be used as a tool to inhibit pathogen mediated cytotoxicity and discuss scope, limitations and further applications of this approach in studying bacterial - host interactions.

Bacterial attachment to host cells is a key step during host colonization and infection. This protocol describes the generation of polymer-coupled recombinant adhesins as biomimetic materials which allow analysis of the contribution of individual adhesins to these processes, independent of other bacterial factors.

Bakteri-konak Etkileşimleri karakterize etmek Biyomimetik Malzemeler

Bacterial attachment to host cells is one of the earliest events during bacterial colonization of host tissues and thus a key step during infection. The ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. Regulatory systems that utilize intracellular cyclic di-GMP (c-di-GMP) as a second messenger are one such class of target. c-di-GMP is a signaling molecule found in almost all bacteria that acts to regulate an extensive range of processes including antibiotic resistance, biofilm formation and virulence. The understanding of how c-di-GMP signaling controls aspects of antibiotic resistant biofilm development has suggested approaches whereby alteration of the cellular concentrations of the nucleotide or disruption of these signaling pathways may lead to reduced biofilm formation or increased susceptibility of the biofilms to antibiotics. We describe a simple high-throughput bioreporter protocol, based on green fluorescent protein (GFP), whose expression is under the control of the c-di-GMP responsive promoter cdrA, to rapidly screen for small molecules with the potential to modulate c-di-GMP cellular levels in Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa). This simple protocol can screen upwards of 3,500 compounds within 48 hours and has the ability to be adapted to multiple microorganisms.

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

This article describes the high-throughput assay that has been successfully established to screen large libraries of small molecules for their potential ability to manipulate cellular levels of cyclic di-GMP in Pseudomonas aeruginosa, providing a new powerful tool for antibacterial drug discovery and compound testing.

Modüle c-di-GMP sinyal İşte Küçük Moleküller Tarama için Yüksek verim Kur kurulması<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

High Throughput, Real-time, Dual-readout Testing of Intracellular Antimicrobial Activity and Eukaryotic Cell Cytotoxicity

Traditional measures of intracellular antimicrobial activity and eukaryotic cell cytotoxicity rely on endpoint assays. Such endpoint assays require several additional experimental steps prior to readout, such as cell lysis, colony forming unit determination, or reagent addition. When performing thousands of assays, for example, during high-throughput screening, the downstream effort required for these types of assays is considerable. Therefore, to facilitate high-throughput antimicrobial discovery, we developed a real-time assay to simultaneously identify inhibitors of intracellular bacterial growth and assess eukaryotic cell cytotoxicity. Specifically, real-time intracellular bacterial growth detection was enabled by marking bacterial screening strains with either a bacterial lux operon (1st generation assay) or fluorescent protein reporters (2nd generation, orthogonal assay). A non-toxic, cell membrane-impermeant, nucleic acid-binding dye was also added during initial infection of macrophages. These dyes are excluded from viable cells. However, non-viable host cells lose membrane integrity permitting entry and fluorescent labeling of nuclear DNA (deoxyribonucleic acid). Notably, DNA binding is associated with a large increase in fluorescent quantum yield that provides a solution-based readout of host cell death. We have used this combined assay to perform a high-throughput screen in microplate format, and to assess intracellular growth and cytotoxicity by microscopy. Notably, antimicrobials may demonstrate synergy in which the combined effect of two or more antimicrobials when applied together is greater than when applied separately. Testing for in vitro synergy against intracellular pathogens is normally a prodigious task as combinatorial permutations of antibiotics at different concentrations must be assessed. However, we found that our real-time assay combined with automated, digital dispensing technology permitted facile synergy testing. Using these approaches, we were able to systematically survey action of a large number of antimicrobials alone and in combination against the intracellular pathogen, Legionella pneumophila.

A high throughput, real-time assay was developed to simultaneously identify (1) eukaryotic cell-penetrant antimicrobials targeting an intracellular bacterial pathogen, and (2) assess eukaryotic cell cytotoxicity. A variation on the same technology was thereafter combined with digital dispensing technology to enable facile, high-resolution, dose-response, and two- and three-dimensional synergy studies.

Yüksek Verimli, gerçek zamanlı, Hücre içi Antimikrobiyal Aktiviteleri Çift okuma Test ve Ökaryotik Hücre Sitotoksisite

Traditional measures of intracellular antimicrobial activity and eukaryotic cell cytotoxicity rely on endpoint assays. Such endpoint assays require ...

Use of the Soft-agar Overlay Technique to Screen for Bacterially Produced Inhibitory Compounds

The soft-agar overlay technique was originally developed over 70 years ago and has been widely used in several areas of microbiological research, including work with bacteriophages and bacteriocins, proteinaceous antibacterial agents. This approach is relatively inexpensive, with minimal resource requirements. This technique consists of spotting supernatant from a donor strain (potentially harboring a toxic compound(s)) onto a solidified soft agar overlay that is seeded with a bacterial test strain (potentially sensitive to the toxic compound(s)). We utilized this technique to screen a library of Pseudomonas syringae strains for intraspecific killing. By combining this approach with a precipitation step and targeted gene deletions, multiple toxic compounds produced by the same strain can be differentiated. The two antagonistic agents commonly recovered using this technique are bacteriophages and bacteriocins. These two agents can be differentiated using two simple additional tests. Performing a serial dilution on a supernatant containing bacteriophage will result in individual plaques becoming less in number with greater dilution, whereas serial dilution of a supernatant containing bacteriocin will result a clearing zone that becomes uniformly more turbid with greater dilution. Additionally, a bacteriophage will produce a clearing zone when spotted onto a fresh soft agar overlay seeded with the same strain, whereas a bacteriocin will not produce a clearing zone when transferred to a fresh soft agar lawn, owing to the dilution of the bacteriocin.

We describe a simple method for screening bacterial cultures for the production of compounds inhibitory towards other bacteria.

Yumuşak agar üst tabaka tekniği kullanımı bakteriyel olarak üretilmiş önleyici bileşiklerin taranması için

The soft-agar overlay technique was originally developed over 70 years ago and has been widely used in several areas of microbiological research, ...

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. This method employs stable plasmids that allow each population to be differentially tagged with distinct antibiotic resistance capabilities and fluorescent proteins for selection and visual discrimination of each population, respectively. Here, we describe the preparation and coincubation of competing Vibrio fischeri strains, fluorescence microscopy imaging, and quantitative data analysis. This approach is simple, yields quick results, and can be used to determine whether one population kills or inhibits the growth of another population, and whether competition is mediated through a diffusible molecule or requires direct cell-cell contact. Because each bacterial population expresses a different fluorescent protein, the assay permits the spatial discrimination of competing populations within a mixed colony. Although the described methods are performed with the symbiotic bacterium V. fischeri using conditions optimized for this species, the protocol can be adapted for most culturable bacterial isolates.

Coincubation Assay for Quantifying Competitive Interactions between Vibrio fischeri Isolates

Bacteria encode diverse mechanisms for engaging in interbacterial competition. Here, we present a culture-based protocol for characterizing competitive interactions between bacterial isolates and how they impact the spatial structure of a mixed population.

Vibrio fischeri Izolatlar arasında rekabetçi etkileşimleri ölçmek için kokuluçak assay

This manuscript describes a culture-based, coincubation assay for detecting and characterizing competitive interactions between two bacterial populations. ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many approaches used for the study of microbial interactions require specialized equipment and are expensive and time intensive. This paper presents a protocol for co-culture interaction assays that are inexpensive, scalable to large sample numbers, and easily adaptable to numerous experimental designs. Microorganisms are cultured together, with each well representing one pairwise combination of microorganisms. A test organism is cultured on one side of each well and first incubated in monoculture. Subsequently, target organisms are simultaneously inoculated onto the opposite side of each well using a 3D-printed inoculation stamp. After co-culture, the completed assays are scored for visual phenotypes, such as growth or inhibition. These assays can be used to confirm phenotypes or identify patterns among isolates of interest. Using this simple and effective method, users can analyze combinations of microorganisms rapidly and efficiently. This co-culture approach is applicable to antibiotic discovery as well as culture-based microbiome research and has already been successfully applied to both applications.

The co-culture interaction assays presented in this protocol are inexpensive, high throughput, and simple. These assays can be used to observe microbial interactions in co-culture, identify interaction patterns, and characterize the inhibitory potential of a microbial strain of interest against human and environmental pathogens.

Mikrobiyal Etkileşimlerin İncelemi için Yüksek İş-İş Ortağı Tahlilleri

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Monitoring Intraspecies Competition in a Bacterial Cell Population by Cocultivation of Fluorescently Labelled Strains

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a population always have accumulated mutations that are either detrimental or beneficial for the cell. If the fitness effect of a mutation provides the subpopulation with a strong selective growth advantage, the individuals of this subpopulation may rapidly outcompete and even completely eliminate their immediate fellows. Thus, small genetic changes and selection-driven accumulation of cells that have acquired beneficial mutations may lead to a complete shift of the genotype of a cell population. Here we present a procedure to monitor the rapid clonal expansion and elimination of beneficial and detrimental mutations, respectively, in a bacterial cell population over time by cocultivation of fluorescently labeled individuals of the Gram-positive model bacterium Bacillus subtilis. The method is easy to perform and very illustrative to display intraspecies competition among the individuals in a bacterial cell population.

Bacteria may accumulate either detrimental or beneficial mutations during their lifetime. In a population of cells individuals that have accumulated beneficial mutations may rapidly outcompete their fellows. Here we present a simple procedure to visualize intraspecies competition in a bacterial cell population over time using fluorescently labeled individuals.&#160;

Floresan Etiketli Suşların Cocultivation'ı ile Bakteri Hücre Popülasyonunda İntraspecies Rekabetini İzleme

Many microorganisms such as bacteria proliferate extremely fast and the populations may reach high cell densities. Small fractions of cells in a ...

Biyoloji

Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging

Interbacterial competition can directly impact the structure and function of microbiomes. This work describes a fluorescence microscopy approach that can be used to visualize and quantify competitive interactions between different bacterial strains at the single-cell level. The protocol described here provides methods for advanced approaches in slide preparation on both upright and inverted epifluorescence microscopes, live-cell and time-lapse imaging techniques, and quantitative image analysis using the open-source software FIJI. The approach in this manuscript outlines the quantification of competitive interactions between symbiotic Vibrio fischeri populations by measuring the change in area over time for two coincubated strains that are expressing different fluorescent proteins from stable plasmids. Alternative methods are described for optimizing this protocol in bacterial model systems that require different growth conditions. Although the assay described here uses conditions optimized for V. fischeri, this approach is highly reproducible and can easily be adapted to study competition among culturable isolates from diverse microbiomes.

This manuscript describes a method for using single-cell fluorescence microscopy to visualize and quantify bacterial competition in coculture.

Tek Hücreli Floresan Görüntüleme Kullanılarak Interbakteriyel Rekabetin Nicelemesi

Interbacterial competition can directly impact the structure and function of microbiomes. This work describes a fluorescence microscopy approach that can ...

Bacterial Co-Incubation Assay: A Fluorescence Microscopy-Based Technique to Visualize Intraspecific Bacterial Competition at the Single-Cell Level

Source: Smith, S., et al., <a href="https://app.jove.com/v/62851">Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging.</a> J. Vis. Exp. (2021).
This video demonstrates a fluorescence microscopy-based method to study bacterial competition at the single-cell level. This method provides insights into the structure and function of bacterial communities.

Ertelenmiş Büyüme İnhibisyon Tahlili Rekabet Bakteri kaynaklı Antimikrobiyal Etkisi belirlememize

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler