Bu çalışmada bölme, Intramural araştırmaya, Ulusal Enstitüsü Hemşirelik araştırma NIH, Bethesda, Maryland, tam olarak desteklenir.

Çalışmada (NCT00852111) Kurumsal İnceleme Kurulu (IRB tarafından) ulusal kurumları, sağlık (NIH), Bethesda, Maryland kabul edildi. Bu çalışmada kayıtlı katılımcılar ötimik adamları, 18 yaş yaş ve üstü, kim sigara metastatik prostat kanseri ile veya olmadan önceki prostatektomi tanısı konuldu ve vardı dış beam radyasyon terapisi (EBRT) almak üzere zamanlanmış. Potansiyel katılımcılar hariç onlar önemli yorgunluk, neden olabilir ilerleyici bir hastalık olsaydı, psikiyatrik hastalık son beş yıl içinde vardı düzeltilmeyen hipotiroidizm veya anemi, ya da ikinci bir malignite vardı. Sakinleştirici, steroidler veya non-steroid anti-enflamatuar ajanlar kullanılan bireyler de dışlandı. Sağlıklı kontrol kan örnekleri, NIH nakli bölümü tıp bir IRB tarafından onaylanan Protokolü (NCT00001846) altında sağlıklı bağışçılardan elde edilmiştir. Tüm katılımcılar NIH Magnuson klinik araştırma Merkezi'nde yaşında işe alınmış. İmzalı yazılı bilgilendirilmiş izinlerin çalışma katılım önce elde edilmiştir.
1. mitokondriyal işlev ölçüm hazırlık (1. gün deneme)
<ol><li>Sensör kartuş hidrat (süresi yaklaşık Malzemeler tablo; görmek: 5 dk).<ol>
<li>Sensör kartuşu paketinden çıkarın. Yardımcı program plaka her kuyuya 200 μL Calibrant çözüm ekleyin, sonra her hendek 400 μL Calibrant çözüm ile doldurun.</li>
		<li>Şimdi Calibrant çözüm var yardımcı programı plaka sensörü plaka dönün. Kartuş sigara-CO2 37 ° C kuluçka gecede hidrat. Not: Sensör kartuş 4 h en az ve en fazla 72 h için nemli gerekiyor.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. Klinik numune hazırlama (2. gün deneme)
<ol><li>Yorgunluk 13 maddelik işlevsel değerlendirme, kronik hastalık tedavisi - temel (önce EBRT başlatma), orta nokta ve tamamlanması EBRT ve 1 yıl sonrası-EBRT, yorgunluk (FACIT-K)2,23,24 kullanarak ölçmek.<ol>
<li>Kullanım a 0 - 4 ölçek nerede bir 0 "hiç de" temsil eder ve bir 4 davalı için karşılık gelen deyimi "çok fazla" ilgilidir her madde yanıt için Toplam puanları ile daha düşük Skorlar yüksek yorgunluk şiddeti yansıtan 16-53, mesafe.</li>
		<li>Yorgunluk bir FACIT-F 43 düşük puan ≥43 yokluğu veya klinik-rağmen anlamlı olmayan yorgunluk2gösteren FACIT-F puanı olarak tanımlayın. Not: 43 en iyi FACIT-F puan yorgunluk puanları kanser hastaları ve genel nüfus2böler.</li>
		<li>FACIT yorgunluk ölçeğinde aşağıdaki 13 bileşen içerir: 1) yorgun; hissediyorum 2) her yerde güçsüz hissediyorum; 3) Ben bitkin hissediyorum ("yıkanmış"); 4) kendimi yorgun hissediyorum; 5) ben yorgun olduğum için işler başladı sorun var; 6) ben yorgun olduğum için şeyler bitirme sorun var; 7) ben enerji var; 8) Ben her zamanki benim faaliyetleri yapmak am güçlü; 9) gündüz uyumak istiyorum; 10) yemek için çok yorgunum; 11) benim her zamanki faaliyetleri yaparken yardıma ihtiyacım var; 12) ben çok yapmak istediğim şeyleri yapmak için yorgun tarafından hayal kırıklığına; ve 13) yorgun olduğum için benim sosyal etkinlik sınırlamak zorunda.</li>
	</ol>
</li>
	<li>PBMC taze toplanan kan örneklerinden izole (yaklaşık süre: 1 h).<ol>
<li>8 mL kan mononükleer hücreler hazırlık tüp içine toplamak ( Tablo malzemelerigörmek). Not: Kan örnekleri içinde 2 h koleksiyonunun işlenmesi gerektiğini. Kan örnekleri daha 2 h örnek toplandıktan sonra işlenirse PBMCs kalitesini tehlikeye olabilir.</li>
		<li>1750 x g (18-25 ° C) Oda sıcaklığında 30 dakika, santrifüj kapasitesi. Bulutlu katman 15 mL konik tüp aktarın. PBS ilâ 15 mL ekleyin ve 5 kez tersine çevirin.</li>
		<li>300 x g de 4 ° C'de 15 dakika santrifüj kapasitesi Dikkatle kaldırmak ve süpernatant rahatsız edici Pelet olmadan. Pelet ilâ 10 mL PBS ekleyerek yeniden askıya alma ve 5 kez tersine çevirin.</li>
		<li>4 ° C'de 10 dakika için 300 x g, santrifüj Süpernatant sıvı atın ve 1 mL PBS hücrelerde yeniden askıya alma. PBMCs 1.5 mL microfuge tüp aktarın.</li>
		<li>610 x g de 10 dakika santrifüj kapasitesi. Dikkatle süpernatant kaldırmak ve Pelet tam RPMI-1640 yılında resuspend (RPMI-%1640 10 ile desteklenmiş FBS, 10 mM penisilin/streptomisin).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kat hücre plakaları yapışık olmayan hücreler için (yaklaşık süresi: 30 dk).<ol>
<li>Hücre ve doku yapıştırıcı çözüm hazırlamak ( Tablo malzemelerigörmek) 0.1 M sodyum bikarbonat pH 8.0 hisse senedi çözümde sulandrarak tarafından. Çalışma çözüm 3,5 μg/cm2 yüzey alanının adlı olmalıdır. Not: Bu çözüm deniz midyesi, Mytilus mantarı--dan hulâsa polifenolik proteinleri içerir. Bu proteinler kendisi yüzeylere tutturmak midye tarafından salgılanan tutkal anahtar bileşenleridir. Biz hücre-Tak PBMCs ile en uygun bulmak.</li>
		<li>Her şey için yapıştırıcı seyreltilmiş çözeltinin 100 μL ekleyin ve oda sıcaklığında en az 20 dk için kuluçkaya. Üç kez DI su ve hava ile kuru yıkayın.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. mitokondriyal işlev ölçüm
<ol><li>Tahlil medya hazırlanması (yaklaşık süre: 10 dk.). Not: Tahlil medya denemenin gün taze hazırlanmalıdır.<ol>
<li>L-glutamine, pyruvate ve glikoz medya (aynı bileşenlerin Dulbecco'nın modifiye kartal Orta (DMEM) olarak, ama sodyum bikarbonat, glikoz, glutamin veya sodyum pyruvate olmadan) üsse tahlil medya yapmak için ekleyin. Medya ısınmak için 37 ° C, sonra pH 7.4 için ayarlayın. Not: L-glutamine, pyruvate ve şekeri konsantrasyonları normal büyüme medya konsantrasyonlarda genellikle aynıdır, ancak üzerinde tahlil göre ayarlanabilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>PBMCs Mito stres test için hazırlamak (yaklaşık süre: 2 h).<ol>
<li>Adım 2 yeterli PBMCs % 80-90 confluency ulaşmak için her kuyuya plaka. Deneyim, 1.5 x 105 hücreleri/iyi en tutarlı sonuçlar vermiştir. Not: Kuyu A ve H arka plan kuyu vardır ve yalnızca tahlil medya ile hiçbir hücre içermelidir. Wells B G için en az 3-6 kuyu hasta örnek başına outliers için hesap için kaplama öneririz.</li>
		<li>Tabak iyi spin aşağı 200 x g hücreleri kuyu dibine bağlı kalmak izin vermek 2 min için de. Hücreleri bir kez tahlil medya ile yıkayın. Bu adımı serum ve sodyum bikarbonat büyüme medyasından kaldırır. Not: deneyim, çamaşır adım genellikle 20-%30 hücre kaldırır.</li>
		<li>Bir sigara-CO2 37 ° C kuluçka 45-60 dk için arka plan kuyu A ve H. Incubate dahil olmak üzere her kuyuya 180 μL tahlil medya ekleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Mito stres testi çalıştırma<ol>
<li>Uyuşturucu Mito stres seti tahlil medya ile aşağıdaki gibi yeniden oluşturma:<ol>
<li>Oligomycin: 252 μL tahlil medya 50 mikron hisse senedi bir çözüm üretmek için şişe içine ekleyin.</li>
			<li>FCCP: 288 μL tahlil medya 50 mikron hisse senedi bir çözüm üretmek için şişe içine ekleyin.</li>
			<li>Antimycin A / Rotenon: 216 eklemek μL tahlil medya 25 mikron hisse senedi bir çözüm üretmek için şişe içine.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Girdap uyuşturucu yaklaşık 1 dakika için yeniden düzenlendi. Çalışma çözümlerinizle sulandırmak. Not: Çalışma çözümleri konsantrasyonları titre ve önceden belirlenen hücre türüne bağlı olarak deney öncesinde gerekir. PBMCs için biz Oligomycin bu 1 mikron, 1 mikron FCCP ve 0.5 mikron antimycin A bulmak / Rotenon en iyi iş.</li>
		<li>Uyuşturucu her bağlantı noktasına sensör kartuşundaki pipette sırayla:<ol>
<li>Bağlantı noktası A: Pipet 20 μL 10 mikron, Oligomycin, 1 mikron her iyi son bir konsantrasyon için.</li>
			<li>Bağlantı noktası B: 10 mikron FCCP, 1 mikron her iyi son bir konsantrasyon pipet 22 μL.</li>
			<li>Bağlantı noktası C: Pipet 25 μL 5 mikron antimycin A, / Rotenon 0.5 mikron her iyi son bir konsantrasyon için.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>"Mito stres testi" hücre dışı akı enstrüman üzerinde seçin. Enstrüman istemi izleyin ve sensör kartuşu takın. Araç kalibrasyon etiket sensörü otomatik olarak gerçekleştirir. Kalibrasyon etiket sensörü ve enstrüman tahlil kalan bitirdikten sonra hücre montaj levhası. Oksijen dynamics 530 ölçülen nm (uyarma) / 650nm (emisyon), ve proton konsantrasyon 470 ölçülen nm (uyarma) / 530 nm (emisyon).</li>
</ol>4. mitokondriyal işlev veri normalleştirme
<ol><li>Hücre çoğalması tahlil çözüm hazırlamak (yaklaşık süresi: 5 dk).<ol>
<li>48 μL nükleik asit leke (500 x) ve 240 μL arka plan bastırıcı 11.7 mL PBS ekleyin (2 x). Nükleik asit leke bir hücre permeant DNA'ya bağlanıcı boya ve arka plan bastırıcı ölü hücreleri veya hücre lekeli üzerinden güvenliği aşılan hücre zarının bütünlüğü ile bloklar maskeleme boya. DNA'ya bağlanıcı boya ve arka plan bastırıcı yalnızca canlı hücreleri lekeli sağlar.</li>
		<li>Mito stres testi tamamlandıktan sonra her şey ortamda doğrudan çalışma çözüm (180 μL) x 2 eşit miktarda ekleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Hücreleri hücre proliferasyonu tahlil çözümü için 45-60 dk. miktarını canlı hücre (floresan) 508, plaka okuyucu sayısı 37 ° C kuluçka huzurunda kuluçkaya nm (uyarma) / 527 nm (emisyon) ve OCR verileri normalleştirmek (yaklaşık süre: 10 dk.) . Not: numara canlı hücreleri ek olarak, kullanıcılar aynı zamanda onların veri hücreleri toplam sayısı, nükleik asit, protein konsantrasyonları, vbmiktarı ile normalize etmek seçebilirsiniz.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Berger, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer-Related+Fatigue,+Version+2.2015.">Cancer-Related Fatigue, Version 2.2015.</a> Journal of the National Comprehensive Cancer Network. 13 (8), 1012-1039 (2015).</li><li>Feng, L. R., Dickinson, K., Kline, N., Saligan, L. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Different+phenotyping+approaches+lead+to+dissimilar+biologic+profiles+in+men+with+chronic+fatigue+following+radiation+therapy.">Different phenotyping approaches lead to dissimilar biologic profiles in men with chronic fatigue following radiation therapy.</a> Journal of Pain and Symptom Management. 52 (6), 832-840 (2016).</li><li>Feng, L. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+Predictors+of+Fatigue+in+Men+With+Non-Metastatic+Prostate+Cancer+Receiving+External+Beam+Radiation+Therapy.">Clinical Predictors of Fatigue in Men With Non-Metastatic Prostate Cancer Receiving External Beam Radiation Therapy.</a> Clinical Journal of Oncology Nursing. 19 (6), 744-750 (2015).</li><li>Feng, L. R., Wolff, B. S., Lukkahatai, N., Espina, A., Saligan, L. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploratory+Investigation+of+Early+Biomarkers+for+Chronic+Fatigue+in+Prostate+Cancer+Patients+Following+Radiation+Therapy.">Exploratory Investigation of Early Biomarkers for Chronic Fatigue in Prostate Cancer Patients Following Radiation Therapy.</a> Cancer Nursing. 40 (3), 184-193 (2017).</li><li>Myhill, S., Booth, N. E., McLaren-Howard, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chronic+fatigue+syndrome+and+mitochondrial+dysfunction.">Chronic fatigue syndrome and mitochondrial dysfunction.</a> International Journal of Clinical and Experimental Medicine. 2 (1), 1-16 (2009).</li><li>Pernas, L., Scorrano, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mito-Morphosis:+Mitochondrial+Fusion,+Fission,+and+Cristae+Remodeling+as+Key+Mediators+of+Cellular+Function.">Mito-Morphosis: Mitochondrial Fusion, Fission, and Cristae Remodeling as Key Mediators of Cellular Function.</a> Annual Review of Physiology. 78 (1), 505-531 (2016).</li><li>Vecchiet, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensory+characterization+of+somatic+parietal+tissues+in+humans+with+chronic+fatigue+syndrome.">Sensory characterization of somatic parietal tissues in humans with chronic fatigue syndrome.</a> Neuroscience Letters. 208 (2), 117-120 (1996).</li><li>Jones, D. E. J., Hollingsworth, K. G., Taylor, R., Blamire, A. M., Newton, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abnormalities+in+pH+handling+by+peripheral+muscle+and+potential+regulation+by+the+autonomic+nervous+system+in+chronic+fatigue+syndrome.">Abnormalities in pH handling by peripheral muscle and potential regulation by the autonomic nervous system in chronic fatigue syndrome.</a> Journal of Internal Medicine. 267 (4), 394-401 (2010).</li><li>Feng, L. R., Suy, S., Collins, S. P., Saligan, L. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+TRAIL+in+fatigue+induced+by+repeated+stress+from+radiotherapy.">The role of TRAIL in fatigue induced by repeated stress from radiotherapy.</a> Journal of Psychiatric Research. 91, 130-138 (2017).</li><li>Karamercan, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Can+peripheral+blood+mononuclear+cells+be+used+as+a+proxy+for+mitochondrial+dysfunction+in+vital+organs+during+hemorrhagic+shock+and+resuscitation.">Can peripheral blood mononuclear cells be used as a proxy for mitochondrial dysfunction in vital organs during hemorrhagic shock and resuscitation.</a> Shock. 40 (6), (2013).</li><li>Ijsselmuiden, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circulating+white+blood+cells+and+platelets+amplify+oxidative+stress+in+heart+failure.">Circulating white blood cells and platelets amplify oxidative stress in heart failure.</a> Nature Clinical Practice Cardiovascular Medicine. 5, 811 (2008).</li><li>Kong, C. -. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Leukocyte+mitochondrial+alterations+after+cardiac+surgery+involving+cardiopulmonary+bypass:+Clinical+correlations.">Leukocyte mitochondrial alterations after cardiac surgery involving cardiopulmonary bypass: Clinical correlations.</a> Shock. 21 (4), 315-319 (2004).</li><li>Straub, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+brain+and+immune+system+prompt+energy+shortage+in+chronic+inflammation+and+ageing.">The brain and immune system prompt energy shortage in chronic inflammation and ageing.</a> Nature Reviews Rheumatology. 13, 743 (2017).</li><li>Kuhnke, A., Burmester, G., Krauss, S., Buttgereit, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioenergetics+of+immune+cells+to+assess+rheumatic+disease+activity+and+efficacy+of+glucocorticoid+treatment.">Bioenergetics of immune cells to assess rheumatic disease activity and efficacy of glucocorticoid treatment.</a> Annals of the Rheumatic Diseases. 62 (2), 133-139 (2003).</li><li>Kramer, P. A., Ravi, S., Chacko, B., Johnson, M. S., Darley-Usmar, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+the+mitochondrial+and+glycolytic+metabolism+in+human+platelets+and+leukocytes:+Implications+for+their+use+as+bioenergetic+biomarkers.">A review of the mitochondrial and glycolytic metabolism in human platelets and leukocytes: Implications for their use as bioenergetic biomarkers.</a> Redox Biology. 2, 206-210 (2014).</li><li>Garrabou, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Effects+of+Sepsis+on+Mitochondria.">The Effects of Sepsis on Mitochondria.</a> The Journal of Infectious Diseases. 205 (3), 392-400 (2012).</li><li>Mittal, M., Siddiqui, M. R., Tran, K., Reddy, S. P., Malik, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactive+oxygen+species+in+inflammation+and+tissue+injury.">Reactive oxygen species in inflammation and tissue injury.</a> Antioxidants &amp; Redox Signaling. 20 (7), 1126-1167 (2014).</li><li>Adrie, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+Membrane+Potential+and+Apoptosis+Peripheral+Blood+Monocytes+in+Severe+Human+Sepsis.">Mitochondrial Membrane Potential and Apoptosis Peripheral Blood Monocytes in Severe Human Sepsis.</a> American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 164 (3), 389-395 (2001).</li><li>Traba, J., Miozzo, P., Akkaya, B., Pierce, S. K., Akkaya, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+protocol+to+analyze+glycolysis+and+mitochondrial+respiration+in+lymphocytes.">An optimized protocol to analyze glycolysis and mitochondrial respiration in lymphocytes.</a> Journal of Visualized Experiments. (117), e54918 (2016).</li><li>Nicholls, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioenergetic+profile+experiment+using+C2C12+myoblast+cells.">Bioenergetic profile experiment using C2C12 myoblast cells.</a> Journal of Visualized Experiments. (46), e2511 (2010).</li><li>Van den Bossche, J., Baardman, J., de Winther, M. P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+characterization+of+polarized+M1+and+M2+bone+marrow-derived+macrophages+using+real-time+extracellular+flux+analysis.">Metabolic characterization of polarized M1 and M2 bone marrow-derived macrophages using real-time extracellular flux analysis.</a> Journal of Visualized Experiments. (105), e53424 (2015).</li><li>Boutagy, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+isolated+mitochondria+from+minimal+quantities+of+mouse+skeletal+muscle+for+high+throughput+microplate+respiratory+measurements.">Using isolated mitochondria from minimal quantities of mouse skeletal muscle for high throughput microplate respiratory measurements.</a> Journal of Visualized Experiments. (104), e53216 (2015).</li><li>Yellen, S. B., Cella, D. F., Webster, K., Blendowski, C., Kaplan, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+fatigue+and+other+anemia-related+symptoms+with+the+Functional+Assessment+of+Cancer+Therapy+(FACT)+measurement+system.">Measuring fatigue and other anemia-related symptoms with the Functional Assessment of Cancer Therapy (FACT) measurement system.</a> Journal of Pain and Symptom Management. 13 (2), 63-74 (1997).</li><li>Yost, K. J., Eton, D. T., Garcia, S. F., Cella, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Minimally+important+differences+were+estimated+for+six+Patient-Reported+Outcomes+Measurement+Information+System-Cancer+scales+in+advanced-stage+cancer+patients.">Minimally important differences were estimated for six Patient-Reported Outcomes Measurement Information System-Cancer scales in advanced-stage cancer patients.</a> Journal of Clinical Epidemiology. 64 (5), 507-516 (2011).</li><li>Kang, J. -. G., Wang, P. -. y., Hwang, P. M., Galluzzi, L., Kroemer, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Methods in Enzymology. 542, 209-221 (2014).</li><li>Chacko, B. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+defining+distinct+bioenergetic+profiles+in+platelets,+lymphocytes,+monocytes,+and+neutrophils,+and+the+oxidative+burst+from+human+blood.">Methods for defining distinct bioenergetic profiles in platelets, lymphocytes, monocytes, and neutrophils, and the oxidative burst from human blood.</a> Laboratory Investigation. 93 (6), 690-700 (2013).</li><li>Jones, L. J., Gray, M., Yue, S. T., Haugland, R. P., Singer, V. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+determination+of+cell+number+using+the+CyQUANT&#174;+cell+proliferation+assay.">Sensitive determination of cell number using the CyQUANT&#174; cell proliferation assay.</a> Journal of Immunological Methods. 254 (1), 85-98 (2001).</li><li>Hartman, M. -. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relation+of+mitochondrial+oxygen+consumption+in+peripheral+blood+mononuclear+cells+to+vascular+function+in+type+2+diabetes+mellitus.">Relation of mitochondrial oxygen consumption in peripheral blood mononuclear cells to vascular function in type 2 diabetes mellitus.</a> Vascular Medicine. 19 (1), 67-74 (2014).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Yorgunluk kanser hastalarında iyi tanımlanmış değil veya1ile karakterize zayıflatıcı bir durumdur. Yorgunluk tanısında tamamen öznel raporlama kullanır ve hiçbir geçerli tanılama standart ya da tedavi için bu durum, büyük ölçüde onun pathobiology2anlayış eksikliği nedeniyle. Kanser hastalarında yorgunluk temel önerilen mekanizmaları, mitokondriyal işlev bozukluğu en tedavi amaçlı targetable yollar biridir. Bu nedenle, biz proaktif hasta yorgun...

Yorgunluk, kanser hastaları1yaşam kalitesi üzerinde olumsuz bir etkisi vardır yaygın ve üzücü bir durumdur. Bu tarihe kanser yorgunluk kötü tanımlanmış kalır ve sadece öznel hastalar2tarafından raporlama üzerinde dayanır. Bu nedenle, yorgunluk klinik ayarı3,4objektif olarak niteleyen bir kolayca uyarlanabilir tanılama laboratuvar testi tanımlamak için acil bir ihtiyaç vardır.
Mitokondri disfonksiyon, dahil olmak üzere birden çok temel mekanizmaları yorgunluk5neden önerilen. Mitokondri hücresel enerji ihtiyacı ile Oksidatif fosforilasyon, % 95'i sağlayan elektrik santrali organelleri ve kalsiyum sinyal, apoptozis, bağışıklık sinyal ve diğer hücre içi sinyal olaylar6 düzenlenmesi önemli bir rol oynamak . Buna göre Engelli mitokondriyal bioenergetics ve enerji üretim hatalarını yorgunluk için katkıda bulunabilir. Bu hipotezi destekleyen, önceki çalışmalarda kronik yorgunluk sendromu7olan hastalarda mitokondriyal DNA'da mutasyonlar gözlemledim. Olup merkezi sinir sistemi veya iskelet kasları8,9gibi periferik doku içinde yorgunluk patofizyolojik kökeni yatıyor belirsiz kalırken işte şu anda doğru değerlendirmek için doğrudan Yöntem Mitokondrial disfonksiyon canlı, respiring hücrelerdeki yorgunluk ile ilgili.
Mitokondriyal işlev çalışmaya periferik kan mononükleer hücreler (PBMCs) kullanarak birçok avantaj sunar. İlk olarak, PBMCs standart flebotomi kullanarak klinik ortamda kullanılabilir ve hızlı bir şekilde temel laboratuvar teknikleri kullanarak ayrılmış olabilir. İkinci olarak, kan diğer dokulara kas biyopsisi gibi toplama daha az invaziv oluşur. Böylece, kan örnekleri aynı hastadan art arda tedavisinin etkileri boyuna değerlendirilmesi kolaylaştırır zaman içinde toplanabilir. İlginçtir, PBMCs mitokondriyal işlevde de bir hayvan modeli10böbrek mitokondrial durumu ile ilişkili olduğu ortaya çıktı. Ayrıca, bağışıklık hücre mitokondri farklı hastalık koşulları11,12altında sistemik değişiklikleri algılamak için bir proxy olarak kullanılmaya başlandı. Mitokondri bağışıklık hücreleri dolaşan içinde özellikle bağışıklık işlevlerindeki değişikliklere duyarlı ve bağışıklık sitokinler13,14,15gibi moleküller sinyal vardır. Örneğin, PBMCs hastalarda akut romatizmal inflamatuar hastalıklar ile yüksek temel oksijen tüketimi14sergi gözlenmiştir. Buna ek olarak, oksijen tüketimi sepsis16dahil olmak üzere sistemik inflamatuar koşullar ile hastalardan izole PBMCs düşürüldü. İnflamatuar koşullar altında serbest radikaller tarafından işlevsiz mitokondri üretilen daha fazla yüksek oksidatif stres ve uzun süreli iltihap17için katkıda bulunabilir. Mitokondri oksidatif stres gibi enerji üretiminde de merkezi rol yorgunluk kanser hastaların 13' te çalışmak için bir proxy olarak mitokondriyal işlev kullanarak potansiyel yardımcı programı öneriyor.
Mitokondriyal işlev inceleyerek önceki çalışmalarda kullanılan biyokimyasal teknikleri, mitokondrial membran potansiyeli ölçüm veya klinik ayarı5', kolayca adapte olmayabilir belirli hücre popülasyonlarının yalıtım 14,18. Son yıllarda, hücre dışı akı deneyleri gelişimi araştırmacılar için kolayca izin verdi ve doğru bir şekilde yanıt olarak solunum inhibitörleri19,20 otomatik enjeksiyon oksijen tüketim oranını (OCR) değişiklikleri incelemek , 21 , 22. ancak, bu çalışmaların en belirli hücre tipleri için tasarlanmıştır ve yüksek üretilen iş büyüklüğündeki bir klinik ortamda geçerli olmayabilir. Bu makale, klinik kullanım için mitokondriyal işlev incelenmesi için en iyi duruma getirilmiş bir protokol açıklar.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:876px;" width="875">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:331px;">CPT Mononuclear Cells Preparation Tube&#160;</td>
			<td style="width:123px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:165px;">362761</td>
			<td style="width:257px;">For isolating PBMCs following phlebotomy</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">RPMI-1640&#160;</td>
			<td>Corning</td>
			<td>10-040</td>
			<td>For making growth media for PBMCs</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Fetal bovine serum (FBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>35-010-CV</td>
			<td>For making growth media for PBMCs</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Penicillin/Streptomycin</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>15140122</td>
			<td>For making growth media for PBMCs</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Cell-Tak</td>
			<td>Corning</td>
			<td>354240</td>
			<td>Cell and Tissue adhesive solution; allows suspension cells to adhere to the surface</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Seahorse XF Calibrant Solution</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>103059-000</td>
			<td>For hydrating cartridges</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">XFp Fluxpak (miniplates and sensor cartridges)</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>103022-100</td>
			<td>Contains XFp cell culture miniplates and sensor cartridges</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">XF base media</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>103335-100</td>
			<td>For making XF assay media</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">45% cell culture D-(+)-Glucose solution</td>
			<td>Corning</td>
			<td>25-037-CI</td>
			<td>For making XF assay media</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Sodium pyruvate solution</td>
			<td>Corning&#160;</td>
			<td>25-000-CI</td>
			<td>For making XF assay media</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">L-glutamine solution</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>25030081</td>
			<td>For making XF assay media</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Seahorse XFp Mito Stress Test Kit</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>103010-100</td>
			<td>Contains oligomycin, FCCP, antimycin A/rotenone</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">CyQUANT Direct Cell Proliferation Assay</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>C35011</td>
			<td>For quantification of live cells and data normalization</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Seahorse XFp Analyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>S7802AEA</td>
			<td>For measuring mitochondrial function in live cells</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">Cytation 5 Cell Imaging Multi-Mode Reader (or any instrument that can quantify fluorescent cells in a plate)</td>
			<td>BioTek</td>
			<td>BTCYT5PV</td>
			<td>For quantification of live cells and data normalization</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

evaluating the role of mitochondrial function in cancer-related fatigue

Yorgunluk bir ortak ve çoğu kanser hastaları etkileyen durum zayıflatıcı olduğunu. Bugüne kadar bu durumun şiddetini ölçmek için objektif yorgunluk kalır kötü hiçbir tanı ile karakterize sınayın. Burada PBMCs yorgun kanser hastalarına toplanan mitokondriyal işlev değerlendirmek için en iyi duruma getirilmiş bir yöntemi açıklanmaktadır. Bir kompakt ekstraselüler akı sistemi ve solunum inhibitörleri sıralı enjeksiyon kullanma, biz PBMC mitokondrial fonksiyonel durum bazal mitokondrial solunum, yedek solunum kapasitesi ve açıklar enerji fenotip ölçerek muayene strese yanıt vermek için tercih edilen enerji yolu. Taze PBMCs klinik ayarı standart flebotomi kullanarak kolayca kullanılabilir. Bu protokol için açıklanan tüm tahlil karmaşık biyokimyasal tekniklerin katılımı olmadan 4 saatten az bir süre içinde tamamlanabilir. Ayrıca, tekrarlanabilir veri almak için gerekli olan bir normalleştirme yöntemi açıklanmaktadır. Sunulan basit yordamı ve normalleştirme Yöntem aynı hasta ve potansiyel tedavisinin etkileri değerlendirmek için zaman puan arasında karşılaştırılabilir tekrarlanabilir veri nesil tekrarlanan örnek toplama için izin vermek.

Mito stres testi oksijen tüketim oranını (OCR) ölçme üzerinde tam bir mitokondri profil eşleştirmek için çeşitli solunum inhibitörleri sıralı enjeksiyon sonra dayanır. Her uyuşturucu enjekte aşağıdaki parametreleri hesaplamakta kullanılan sonra OCR ölçümleri ile ilgili mitokondrial sağlığına: Bazal OCR ilk düzey ATP talep dinlenme karşılamak için gerekli oksijen tüketimi değerlendirmek için herhangi bir uyuşturucu enjekte önce ölçüle...

Watch this Scientific Journal Video about Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue at JoVE.com

Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue

Amacımız mitokondrial disfonksiyon kanser hastalarında yorgunluk ile ilişkili değerlendirmek için pratik bir protokol geliştirmekti. Bu yenilikçi protokol döneminde klinik kullanımı içeren yalnızca standart flebotomi ve Temel Laboratuvar işlemleri için optimize edilmiştir.

Kanserle ilgili yorgunluk mitokondriyal işlev rolünün değerlendirilmesi

Fatigue is a common and debilitating condition that affects most cancer patients. To date, fatigue remains poorly characterized with no diagnostic test to ...

evaluating-role-mitochondrial-function-cancer-related

Research

JoVE Journal

Cancer Research

9.1K Görüntüleme.  National Institutes of Health. Amacımız mitokondrial disfonksiyon kanser hastalarında yorgunluk ile ilişkili değerlendirmek için pratik bir protokol geliştirmekti. Bu yenilikçi protokol döneminde klinik kullanımı içeren yalnızca standart flebotomi ve Temel Laboratuvar işlemleri için optimize edilmiştir.

Video: Evaluating the Role of Mitochondrial Function in Cancer-related Fatigue

Ultrasonographic Evaluation of Breast Cancer-related Lymphedema

Lymphedema is one of the most common complications after breast cancer surgery. There are many diagnostic tools for lymphedema, but no standard method yet exists. Progressive Resistance Exercise (PRE) is expected to improve lymphedema without additional swelling. This study showed the therapeutic effects of PRE on lymphedema by using ultrasonography to measure the change in thickness of the muscle and subcutaneous tissue. The thickness of subcutaneous tissue decreased more in the PRE group than in the non-PRE group. Ultrasonography is widely used in many clinics because of its easy accessibility, safety, and inexpensiveness. Ultrasound is one of the best tools for diagnosing and determining treatment efficacy on breast cancer-related lymphedema (BCRL).

This study utilized ultrasonography for diagnosis and follow-up tests to confirm treatment efficacy of Progressive Resistance Exercise (PRE) in breast cancer-related lymphedema (BCRL). Ultrasonography can be applied effectively to ensure diagnosis and treatment of lymphedema.

Meme Kanseri ile ilgili Lenfödem Ultrasonografik Olarak Değerlendirilmesi

Lymphedema is one of the most common complications after breast cancer surgery. There are many diagnostic tools for lymphedema, but no standard method yet ...

Kanser Araştırmaları

A Mouse Model of Fatigue Induced by Peripheral Irradiation

Cancer-related fatigue (CRF) is a distressing and costly condition that often affects patients receiving cancer treatments, including radiation therapy. Here we describe a method using targeted peripheral irradiation to induce fatigue-like behavior in mice. With appropriate shielding, the irradiation targets the lower abdominal/pelvic region of the mouse, sparing the brain, in an effort to model radiation treatment received by individuals with pelvic cancers. We deliver an irradiation dose that is sufficient to induce fatigue-like behavior in mice, measured by voluntary wheel-running activity (VWRA), without causing obvious morbidity. Since wheel running is a normal, voluntary behavior in mice, its use should have little confounding effect on other behavioral tests or biological measures. Hence, wheel running can be used as a feasible outcome measure in understanding the behavioral and biological correlates of fatigue. CRF is a complex condition with frequent comorbidities, and likely has causes related both to cancer and its various treatments. The methods described in this paper are useful for investigating radiation-induced changes that contribute to the development of CRF and, more generally, to explore the biological networks that can explain the development and persistence of a peripherally-triggered but centrally-driven behavior like fatigue.

We describe a method using targeted peripheral irradiation to induce fatigue-like behavior in mice. The selected non-lethal irradiation dose leads to a week-long reduction in voluntary wheel-running activity.

Periferik Radyasyonla Bağlı Yorgunluk A Fare Modeli

Cancer-related fatigue (CRF) is a distressing and costly condition that often affects patients receiving cancer treatments, including radiation therapy. ...

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer therapies, such as radio- and chemotherapy, introduce enormous amount of additional DNA damage, leading to cell cycle arrest and apoptosis to limit cancer progression. Quantitative assessment of DNA damage during experimental cancer therapy is a key step to justify the effectiveness of a genotoxic agent. In this study, we focus on a single cell electrophoresis assay, also known as the comet assay, which can quantify single and double-strand DNA breaks in vitro. The comet assay is a DNA damage quantification method that is efficient and easy to perform, and has low time/budget demands and high reproducibility. Here, we highlight the utility of the comet assay for a preclinical study by evaluating the genotoxic effect of olaparib/temozolomide combination therapy to U251 glioma cells.

Evaluating In Vitro DNA Damage Using Comet Assay

The comet assay is an efficient method to detect DNA damage including single and double-stranded DNA breaks. We describe alkaline and neutral comet assays to measure DNA damage in cancer cells to evaluate the therapeutic effect of chemotherapy.

Vitro DNA hasarı kuyruklu yıldız tahlil kullanarak değerlendirmek

DNA damage is a common phenomenon for each cell during its lifespan, and is defined as an alteration of the chemical structure of genomic DNA. Cancer ...

Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, a small population of cells does not respond to TKI treatment, resulting in minimal residual disease (MRD); even the most potent TKIs fail to eradicate these cells. These MRD cells serve as a reservoir to develop resistance to therapy. Why TKI treatment is ineffective against MRD cells is not known. Growth factor signaling is implicated in supporting the survival of MRD cells during TKI treatment, but a mechanistic understanding is lacking. Recent studies demonstrated that an elevated c-Fos and Dusp1 expression as a result of convergent oncogenic and growth factor signaling in MRD cells mediate TKI resistance. The genetic and chemical inhibition of c-Fos and Dusp1 renders CML exquisitely sensitive to TKIs and cures CML in both genetic and humanized mouse models. We identified these target genes using multiple microarrays from TKI-sensitive and -resistant cells. Here, we provide methods for target validation using in vitro and in vivo mouse models. These methods can easily be applied to any target for genetic validation and therapeutic development.

Here, we describe protocols for the genetic and chemical validation of c-Fos and Dusp1 as a drug target in leukemia using in vitro and in vivo genetic and humanized mouse models. This method can be applied to any target for genetic validation and therapeutic development.

C-Fos rolü ve Dusp1 onkogen bağımlılığı değerlendirme yöntemleri

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, ...

Three-Dimensional Bone Extracellular Matrix Model for Osteosarcoma

Osteosarcoma (OS) is the most common and a highly aggressive primary bone tumor. It is characterized with anatomic and histologic variations along with diagnostic or prognostic difficulties. OS comprises genotypically and phenotypically heterogeneous cancer cells. Bone microenvironment elements are proved to account for tumor heterogeneity and disease progression. Bone extracellular matrix (BEM) retains the microstructural matrices and biochemical components of native extracellular matrix. This tissue-specific niche provides a favorable and long-term scaffold for OS cell seeding and proliferation. This article provides a protocol for the preparation of BEM model and its further experimental application. OS cells can grow and differentiate into multiple phenotypes consistent with the histopathological complexity of OS clinical specimens. The model also allows visualization of diverse morphologies and their association with genetic alterations and underlying regulatory mechanisms. As homologous to human OS, this BEM-OS model can be developed and applied to the pathology and clinical research of OS.

The bone extracellular matrix (BEM) model for osteosarcoma (OS) is well established and shown here. It can be used as a suitable scaffold for mimicking primary tumor growth in vitro and providing an ideal model for studying the histologic and cytogenic heterogeneity of OS.

Üç boyutlu kemik hücre dışı matriks modeli osteosarkom için

Osteosarcoma (OS) is the most common and a highly aggressive primary bone tumor. It is characterized with anatomic and histologic variations along with ...

Flow Cytometric Analysis of Mitochondrial Reactive Oxygen Species in Murine Hematopoietic Stem and Progenitor Cells and MLL-AF9 Driven Leukemia

We present a flow cytometric approach for analyzing mitochondrial ROS in various live bone marrow (BM)-derived stem and progenitor cell populations from healthy mice as well as mice with AML driven by MLL-AF9. Specifically, we describe a two-step cell staining process, whereby healthy or leukemia BM cells are first stained with a fluorogenic dye that detects mitochondrial superoxides, followed by staining with fluorochrome-linked monoclonal antibodies that are used to distinguish various healthy and malignant hematopoietic progenitor populations. We also provide a strategy for acquiring and analyzing the samples by flow cytometry. The entire protocol can be carried out in a timeframe as short as 3-4 h. We also highlight the key variables to consider as well as the advantages and limitations of monitoring ROS production in the mitochondrial compartment of live hematopoietic and leukemia stem and progenitor subpopulations using fluorogenic dyes by flow cytometry. Furthermore, we present data that mitochondrial ROS abundance varies among distinct healthy HSPC sub-populations and leukemia progenitors and discuss the possible applications of this technique in hematologic research.

We describe a method for using multiparameter flow cytometry to detect mitochondrial reactive oxygen species (ROS) in murine healthy hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) and leukemia cells from a mouse model of acute myeloid leukemia (AML) driven by MLL-AF9.

Murine Hematopoetik Kök ve Progenitor Hücrelerde Mitokondriyal Reaktif Oksijen Türlerinin Akış Sitometrik Analizi ve MLL-AF9 Tahrikli Lösemi

We present a flow cytometric approach for analyzing mitochondrial ROS in various live bone marrow (BM)-derived stem and progenitor cell populations from ...

Evaluating the Differentiation Capacity of Mouse Prostate Epithelial Cells Using Organoid Culture

The prostate epithelium is comprised predominantly of basal and luminal cells. In vivo lineage tracing has been utilized to define the differentiation capacity of mouse prostate basal and luminal cells during development, tissue-regeneration and transformation. However, evaluating cell-intrinsic and extrinsic regulators of prostate epithelial differentiation capacity using a lineage tracing approach often requires extensive breeding and can be cost-prohibitive. In the prostate organoid assay, basal and luminal cells generate prostatic epithelium ex vivo. Importantly, primary epithelial cells can be isolated from mice of any genetic background or mice treated with any number of small molecules prior to, or after, plating into three-dimensional (3D) culture. Sufficient material for evaluation of differentiation capacity is generated after 7-10 days. Collection of basal-derived and luminal-derived organoids for (1) protein analysis by Western blot and (2) immunohistochemical analysis of intact organoids by whole-mount confocal microscopy enables researchers to evaluate the ex vivo differentiation capacity of prostate epithelial cells. When used in combination, these two approaches provide complementary information about the differentiation capacity of prostate basal and luminal cells in response to genetic or pharmacological manipulation.

Mouse prostate organoids represent a promising context to evaluate mechanisms that regulate differentiation. This paper describes an improved approach to establish prostate organoids, and introduces methods to (1) collect protein lysate from organoids, and (2) fix and stain organoids for whole-mount confocal microscopy.

Organoid Kültürü Kullanarak Fare Prostat Epitel Hücrelerinin Ayırt Etme Kapasitesinin Değerlendirilmesi

The prostate epithelium is comprised predominantly of basal and luminal cells. In vivo lineage tracing has been utilized to define the differentiation ...

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to interference with proper development and may even result in initiation or progression of cancers in certain cases. Because this pathway serves complex and versatile functions, it can be studied extensively through many different approaches. Of these, bioinformatics provides an undeniably cost-efficient, approachable, and user-friendly method of study. Bioinformatics is a useful way to extract smaller pieces of information from large-scale datasets. Through the implementation of various bioinformatics approaches, researchers can quickly, reliably, and efficiently interpret these large datasets, yielding insightful applications and scientific discoveries. Here, a protocol is presented for integration of bioinformatics approaches to investigate the role of Notch signaling in ovarian cancer. Furthermore, bioinformatics findings are validated through experimentation.

Bioinformatics is a useful way to process large-scale datasets. Through the implementation of bioinformatics approaches, researchers can quickly, reliably, and efficiently obtain insightful applications and scientific discoveries. This article demonstrates the utilization of bioinformatics in ovarian cancer research. It also successfully validates bioinformatics findings through experimentation.

Yumurtalık Kanserinde Çentik Sinyalizasyonunun Rolünü Anlamak İçin Biyoinformatik Yaklaşımların ve Deneysel Doğrulamaların Entegrasyonu

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Measuring the Motor Aspect of Cancer-Related Fatigue using a Handheld Dynamometer

Cancer-related fatigue (CRF) is commonly reported by patients both during and after receiving treatment for cancer. Current CRF diagnoses rely on self-report questionnaires which are subject to report and recall biases. Objective measurements using a handheld dynamometer, or handgrip device, have been shown in recent studies to correlate significantly with subjective self-reported fatigue scores. However, variations of both the handgrip fatigue test and fatigue index calculations exist in the literature. The lack of standardized methods limits the utilization of the handgrip fatigue test in the clinical and research settings. In this study, we provide detailed methods for administering the physical fatigue test and calculating the fatigue index. These methods should supplement existing self-reported fatigue questionnaires and help clinicians assess fatigue symptom severity in an objective and quantitative manner.

Simple and accessible methods were developed to measure the motor aspect of cancer-related fatigue objectively and quantitatively. We describe, in detail, ways to administer the physical fatigue test using a simple handgrip device as well as methods to calculate fatigue indices.

El Dinamometre si kullanarak Kansere Bağlı Yorgunluğun Motor Yönünün Ölçülmesi

Cancer-related fatigue (CRF) is commonly reported by patients both during and after receiving treatment for cancer. Current CRF diagnoses rely on ...

Mapping the Structure-Function Relationships of Disordered Oncogenic Transcription Factors Using Transcriptomic Analysis

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these proteins contain an intrinsically disordered domain (IDD) fused with the DNA-binding domain (DBD) of another protein and orchestrate widespread transcriptional changes to promote malignancy. These fusions are often the sole recurring genomic aberration in the cancers they cause, making them attractive therapeutic targets. However, targeting oncogenic transcription factors requires a better understanding of the mechanistic role that low-complexity, IDDs play in their function. The N-terminal domain of EWSR1 is an IDD involved in a variety of oncogenic fusion transcription factors, including EWS/FLI, EWS/ATF, and EWS/WT1. Here, we use RNA-sequencing to investigate the structural features of the EWS domain important for transcriptional function of EWS/FLI in Ewing sarcoma. First shRNA-mediated depletion of the endogenous fusion from Ewing sarcoma cells paired with ectopic expression of a variety of EWS-mutant constructs is performed. Then RNA-sequencing is used to analyze the transcriptomes of cells expressing these constructs to characterize the functional deficits associated with mutations in the EWS domain. By integrating the transcriptomic analyses with previously published information about EWS/FLI DNA binding motifs, and genomic localization, as well as functional assays for transforming ability, we were able to identify structural features of EWS/FLI important for oncogenesis and define a novel set of EWS/FLI target genes critical for Ewing sarcoma. This paper demonstrates the use of RNA-sequencing as a method to map the structure-function relationship of the intrinsically disordered domain of oncogenic transcription factors.

Intrinsically disordered domains are important for oncogenic fusion transcription factor function. To therapeutically target these proteins, a more detailed understanding of the regulatory mechanisms employed by these domains is required. Here, we use transcriptomics to map important structural features of the intrinsically disordered EWS domain in Ewing sarcoma.

Transcriptomik Analiz Kullanarak Düzensiz Onkojenik Transkripsiyon Faktörlerinin Yapı-fonksiyon İlişkilerinin Eşlenmesini

Many cancers are characterized by chromosomal translocations which result in the expression of oncogenic fusion transcription factors. Typically, these ...