Bu çalışma Çek Bilim Vakfı tarafından sırasıyla K. Š. ve D. S.'ye verilen 13-00243S ve 19-16554S araştırma hibesi kapsamında desteklenmiştir. Bu makale aynı zamanda Avrupa Bölgesel Kalkınma Fonu tarafından finanse edilen "Baraj rezervuarlarının su kalitesini artırmak için bir araç olarak biyomanipülasyon" (No CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_025/0007417) projesi tarafından desteklenmiştir. ve Eğitim.

1. Örnek toplama
<ol><li>
Rezervuar su numunesi toplama: ilk vaka çalışması (Exp I; düşük doğal in situ yırtıcı ve av bolluk sistemi)<ol>
<li>Uygun bir derinlikte istenilen yerden su örnekleri toplayın. Numuneleri laboratuvara taşıma sırasında sıcaklık kontrollü bir soğutucuda yerinde sıcaklıkta (sıcaklık şokundan kaçınarak; protistlerin alım oranlarının ısıya bağlı olduğu unutulmamalıdır) olarak saklayın. NOT: Örneklememiz mezo-ötrofik kanyon şeklindeki Římov rezervuarında (Güney Bohemya, hacim 34.5 x 106 m3,maksimal derinlik 43 m, ortalama bekletme süresi 100 gün, dimiktik) yapılmıştır. Örnekleme alanı 30 m derinlikte, baraja yakın bir yerde bulunuyordu. 0,5 m derinlikte karışık bir numune 2-l Friedinger örnekleyici tarafından toplandı.</li>
		<li>Bölüm 1.2'ye mümkün olan en kısa sürede devam edin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Etobur Utricularia refleksa bitkilerin tuzaklarından sıvı toplama: ikinci vaka çalışması (Exp II; yüksek yırtıcı ve av bollukları, son derece küçük örnek hacmi ile bir sistem)<ol>
<li>Yavaşça su altında bitkiler sallamak, yetiştirme kabından kaldırmak ve aşırı su emmek için emici malzeme üzerine yerleştirin. Bitkilerin sağlamlığına ve tuzakların büyüklüğüne bağlı olarak, 8-10 bitki bireyleri seçin.</li>
		<li>Her çekimi, bindirme organlarını taşıyan yaprak düğümlerini sayarak kabaca eşit parçalara bölün. Her çekim segmenti genç, orta yaşlı ve eski tuzakları temsil eden karışık örnekleri toplamak için hizmet edecektir.</li>
		<li>Peristaltik bir pompaya numune almak için ince bir cam kılcal damar ve Eppendorf flakon takın. Kılcal damar ucunu kapan ın açılmasına takın. Vakum pompası kullanarak, her tuzak yaş kategorisi için 900 ± 100 μL tuzak sıvısı toplanana kadar her kapandaki tüm sıvıyı emdirin.</li>
		<li>Protistan otlatma deneyleri için havuzlu kapan sıvısının 200 μL'lik trilye alt örneklerini kullanın. Bunları bölüm 3'te ayrıntılı olarak belirtildiği şekilde hemen işle. Numunenin kalan ±300 μL'sini, aşağıda açıklandığı gibi, sıvıda yaşayan mikrobiyal bileşenlerin diğer tüm analizleri için saklar (bölüm 2).</li>
		<li>Hemen bölüm 2'ye gidin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. Toplanan numunelerin fiksasyonu
<ol><li>Exp I ve II: bakteriyel numaralandırma için su/tuzak sıvı alt numunelerini (sırasıyla bölüm 4; yaklaşık 20 mL ve 0,3 mL) formaldehit ile en az 1 saat boyunca düzelterek %2 nihai hacim elde edin: her numunede hacim konsantrasyonu. NOT: Formaldehiti sadece duman kaputunda kullanın ve numuneleri manipüle ederken her zaman eldiven takın.</li>
</ol>3. Numune filtrasyonu
<ol><li>Numune seyreltme (Exp I): rezervuar su numuneleri için seyreltme gerekmez. (Exp II): epifloresan mikroskopi ile sayma dan önce filtre yüzeylerinde hedef mikropların uygun bir dağılım elde etmek için parçacıksız MQ su ile tuzak sıvı örnek 10x-100x seyreltmek.</li>
	<li>Filtre 1-2 mL (Exp I) rezervuar su veya 10-30 μL (Exp II) siyah 0,2 μm gözenek boyutu filtreler üzerine bakteriyel sayma için tuzak sıvıalt örnek, bir filtrasyon hunisi (25 mm çapı) kullanarak.</li>
	<li>4 dakika boyunca DAPI (4',6-diamidino-2'-fenilindole dihidroklorür, %0.2 son konsantrasyon) ile filtreleri lekeleyin. NOT: Cilt ve çalışma yüzeyi kontaminasyonundan kaçının ve eldiven giyin.</li>
	<li>Mikroskop slaytÜzerinde bir damla daldırma yağı (floresan mikroskop için) üzerine konsantre mikroplar ile filtre yerleştirin. Filtrenin ortasına başka bir yağ damlası yerleştirin ve bir kapak ile kaplayın, yağ eşit olarak dağıtılır emin olun.</li>
	<li>Bu noktada, tercihen numuneleri hemen veya alternatif olarak, daha fazla analiz edilinceye kadar birkaç hafta ile aylarca dondurucuda (-20 °C) saklayın.</li>
</ol>4. Filtrelerde bakteri numaralarının numaralandırması
<ol><li>Slaytı epifloresan mikroskobun altına yerleştirin (florokrom DAPI'ye karşılık gelen filtre seti ile). Oküler birine 10 x 10 sayma ızgarası yerleştirin. Slaydını rasgele bir konuma taşıyın.</li>
	<li>Sayma ızgarası alanında bakteri hücrelerini (mavi floresan) ölçün (büyütme 1000x altında). Sayımlarda, sayma ızgarasının sol ve üst kenarlarından geçen hücreleri içerirken, sağ ve alt kenarlarda bulunanhücreleri hariç tkar.</li>
	<li>Başka bir rasgele konuma taşıyın ve toplam sayılan 500 hücretutarında en az 10-15 sayma ızgaraları üzerinde numaralandırmatekrarlayın.</li>
	<li>Belirli bir mikroskop ve büyütme için, bir ızgara alanının filtrenin toplam etkin filtrasyon alanına oranı bilgisine dayalı bir dönüşüm faktörü belirleyin. Daha sonra, sayılan şebeke sayısına göre sayılan toplam hücre sayısını bölün ve ızgara başına ortalama bakteri sayısı elde edin.</li>
	<li>İkinci parametreyi kurulan dönüşüm faktörüyle çarpın ve mL başına toplam bakteri bolluğunu elde etmek için bir numunenin mL başına elde edilen sayıyı (filtrelenen numunenin hacmine bağlı olarak) normalleştirin.</li>
</ol>5. Protistan bolluğunun belirlenmesi
<ol><li>Su örneğini (Exp I) veya trap sıvı (Exp II) alt numunelerini glutaraldehit (%1 nihai konsantrasyon, fiksasyondan haftalar sonra işlenecek parçacıklar içeren klorofil varlığı olan numuneler için daha uygun) veya formol-tiyosülfat decolorization tekniği aşağıda belirtilmiştir. NOT: Her iki koruma tekniği de protistlerin gıda vakuollerinden yutulan malzemenin egesini önler8.</li>
	<li>Formol-tiyosülfat renklendirme tekniği ile ilgili olarak, Lugol çözeltisinin 100 μL/1 μL'lik kısmını su/tuzak sıvı alt numunesinin 20 mL/200 μL'sine (Sırasıyla Exp I/Exp II) ekleyin.</li>
	<li>0.5 mL/50 μL borat tamponlu formalin ilavesi ile hemen takip edin ve sırasıyla %3 sodyum tiyosülfat (Exp I/Exp II) 20 μL/2l'yi takip edin. NOT: Sodyum tiyosülfat, lugol sarı rengini renkten arındırarak epifloresan mikroskobu altında hücrelerin gözlemlemesini sağlar8.</li>
	<li>1 μm gözenek boyutundaki siyah polikarbonat filtrelere bilinen bir numune hacmini (hedef protist sayısına bağlı olarak) filtreleyin.</li>
	<li>Protist türlerin sayısını tahmin etmek, sayma ızgarasını kullanarak büyütme 600x altında en az 200 hücre sayarak (yukarıya bakın).</li>
	<li>Filtreleme hunisindeki vakum altındaki numunenin hacmini düşük vakum la yaklaşık 2 mL'ye düşürün. Sonra, under-pressure bırakın ve DAPI florokrom ekleyin (4',6-diamidino-2-fenilindole dihidroklorür13, 0.2% son konsantrasyon) için 2 dakika.</li>
</ol>6. Plankton örneklerinde sitiatların topluluk yapısının belirlenmesi
NOT: Tatlı su habitatlarındaki ciliate toplulukları çok çeşitlidir14,15,16,18, ve mikroskobik tayinleri zordur. Silikat gruplarının fonksiyonel loncalar10,14,16,17 olarak sıralanması, pelajik bakterivorlar olarak farklı silikat gruplarının daha ayrıntılı analizini sağlar.
<ol><li>Aşağıdakileri birleştirerek toplumsal yapıyı değerlendirin:<ol>
<li>Epifloresan mikroskopisi DAPI lekeli örnekler (farklı boyutlarda ve morfolojide makro ve mikro çekirdeklerin parlak floresanile silyat hücreleri lokalize etmek için) floresan etiketli bakterilerin alımı ile birlikte (FLB8; ayrıntılar için, aşağıya bakınız), bakterilerle beslenme yeteneğini izleyin.</li>
		<li>Seçili vakalarda canlı örnek gözlem17,19. Yukarıdaki yaklaşımlar ve kriterler farklı taksonomik kategorilere siliates gruplandırma için kullanılan daha fazla bilgi için, önceki yayınlar16,17bakın. NOT: Atıf yapılan çalışmalar, stichotrichia (Halteria ve Pelagohalteriacinsi) ve Oligotrichia (yani Rimostrombidium spp.) gelen omnivor türler arasında en önemli pelajik tüketiciler olduğunu göstermiştir tatlı su habitatlarının büyük bir çoğunluğunda bacterioplankton10,17,18.</li>
	</ol>
</li>
</ol>7. Silikat otlatma oranlarının tahmin
<ol><li>Ortalama izleyici sayısındaki değişikliklere göre bakterilerüzerindeki siliatların alım oranlarını hesaplayın [yani, kuluçka süresine bağlı olarak flb8 (5-15 dakika)] ve toplam bakterilerin en fazla %5-15'ini oluşturan FLB'nin izleyici miktarı.</li>
	<li>Farklı protistan türleri arasında alım oranlarını karşılaştırmak için, gerçek kuluçka süresi ve tracer FLB oranına dayalı hesaplamalar ile, saatte siliat başına bakteri sayısı olarak alım oranlarını normalleştirmek ekledi. NOT: Doğal örneklerde hem hücre hem de türe özgü ve toplu bakterilasyon oranlarını tahmin etmek için FLB yöntemi uygulamasının genel şeması Şekil 1'degösterilmiştir.</li>
	<li>FlB'nin bakteriyel suşlardan tatlı su ortamına hazırlanması8<ol>
<li>Araştırılan su sistemindeki bakteriplankton/bakteri hücrelerinin tipik boyutlarını etkili bir şekilde taklit etmek için uygun bir boyut (ortalama hücre hacmi = MCV) ve bakterilerin morfolojisini seçin. NOT: Exp I için, cins Limnohabitans ve Polynucleobacter çalışma yerinden izole suşların bir karışımı kullanılmıştır (yani, göller ve göletlerde son derece bol bakteritoplankton)20. Morfoloji ve suşların boyutları hakkında ayrıntılı bilgi için, öncekiyayınlar3,17,18,21bakın .</li>
		<li>Erken sabit fazda 15 dakika boyunca kültürden bakteri hücrelerini (5.000 x g)hasat edin ve seçilen yerde tipik MCV bakteri mcv'sine karşılık gelen karışımdaki hücrelerin MCV ± SD'sini veren sayısal bir oranda karıştırın.</li>
		<li>10 mL fosfat tamponlu salin (PBS; pH = 9) peletleri askıya alın.</li>
		<li>Sarı-yeşil floresan boya 5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF, proteinlere bağlanır) fosfat-tuzlu tampon hücre süspansiyon ve 2 saat için 60 ° C su banyosu kuluçka 2 mg ekleyin.</li>
		<li>Kuluçkadan sonra hücreleri aşağı santrifüj edin, DTAF çözeltisini dekantın ve PBS ile 3x yıkayın ve santrifüj edin.</li>
		<li>Son yıkamadan sonra PPi-tuzlu arabelleğin 20 mL'lik hücrelerini yeniden askıya alın.</li>
		<li>FlB süspansiyon ve pipet 1,5 mL aliquots içine 2 mL kriyo-şişeler, sonra dondurulmuş tutmak (at -20 °C) PPi-tuzlu tampon kullanım akadar.</li>
		<li>Ön filtre PPi-tuzlu tampon bir sonraki adımda kullanılmak üzere 0,2 μm polikarbonat filtre ile.</li>
		<li>FLB konsantrasyonu belirlemek için, küçük bir aliquot (genellikle 20-40 μL) parçacıksız PPi-tuzlu tampon 2 mL, birkaç 2 s patlamalar için 30 W sonicate ve epifloresans yoluyla numaralandırma için 0,2 μm polikarbonat siyah filtre üzerine filtre aktarın mikroskopisi (1.000X büyütme) DTAF (448 nm/520-540 nm) için optik filtre ayarları altında.</li>
	</ol></li>
	<li>Siliate bakterisivory tahmini için tracer tekniği<ol>
<li>Doğal planktonik habitatlarda otlatma deneyleri için, 300 mL numuneyi iyi durulanmış 1 L şişeye dağıtın ve 15 dakika boyunca yerinde sıcaklıkta kuluçkaya yatırın (protistlerin taşıma şokundan kurtulmalarını sağlamak için).</li>
		<li>Toplam bakterilerin %5-15'ini oluşturmak için FLB izleyicileri ekleyin ve mevsime ve su sıcaklığına bağlı olarak eklenen miktarlar. NOT: Silyate türlerine özgü alım oranlarında çok geniş, mevsime bağlı bir spektrum vardır (örneğin, 101-104 bakteri siliat-1 saatte)10,16, 17,18,22,23,24.</li>
		<li>Yüksek alım oranları (genellikle yaz aylarında) ile siliates gelişmiş oluşum dönemlerinde, aynı zamanda çok düşük FLB eklemeler ile paralel bir kuluçka çalıştırmak, izleyici FLB tarafından siliate vakuollerin aşırı yüklenmesi önlemek için toplam bakterilerin sadece% 2-4 oluşturan (bkz. örnekler Şekil 2'de).</li>
		<li>5-15 dakika FLB ile inkübat silikate / plankton örnekleri.</li>
		<li>Protistlerin 8 gıda vakuollerinden yutulan malzemenin egestion önlemek için örnekfiksasyon için iki olasılık vardır. %1 glutaraldehit (yosun gibi klorofil içeren partiküllere sahip numuneler için daha uygun olan son konsantrasyon) ekleyerek kuluçkaları sonlandırın. Alternatif olarak, Lugol çözeltisinin 100 μL/10 μL'sini 20 mL/200 μL su/tuzak sıvıalt numunesine kullanın ve hemen ardından 0,5 mL/10 μL borat tamponlu formalin ilave edilir ve ardından %3 sodyum tiyosülfat (I/Exp II, sırasıyla).</li>
	</ol></li>
	<li>Fiksatif ekledikten sonra, silikat hücrelerinin tam olarak korunmasını sağlamak için numuneler 4 °C'de karanlıkta en az 1 saat dinlendirin.</li>
	<li>4-30 mL/10-30 μL (Exp I/Exp II, sırasıyla; hacim silikat bolluğuna bağlıdır) ve DAPI ile leke (son konsantrasyon% 0.2 wt/vol; ayrıntılar için, yukarıdaki adım 3.2 bakınız) doğal plankton alt örnekleri alın.</li>
	<li>1 μm siyah filtreler den geçirin ve siliates (600x büyütme) saymak ve önceki yayınlarda ayrıntılı olarak (çoğunlukla 1000x büyütme) yutulan FLB izleyicilerin sayısını numaralandırmak için epifloresan mikroskobu ile inceleyin2,17 . Numuneleri muhafazadan sonraki 7 gün içinde inceleyin.</li>
	<li>Toplam protozoon/türe özgü otlatma tahmin etmek için, tüm situ'ların ortalama alım oranlarını veya sadece situ bolluk tarafından tespit edilen situ türlerini çarpın.</li>
	<li>Římov su deposundan in situ verilerinden hücre başına alım oranlarının hesaplanmasına örnek olarak aşağıdaki gibi açıklanmıştır:<ol>
<li>Bakteri konsantrasyonunun 3.55 x 106 bakteri/mL ve tracer FLB'nin 0.25 x 106 FLB/mL olduğunu varsayalım, bu da toplam bakteri partiküllerinin toplamı olan 3.8 x 106 bakteri/mL'dir (doğal bakteri + FLB = av partiküllerinin %100'ü) doğal örnekte fagotrofik protistler için kullanılabilir. NOT: Böylece eklenen FLB izleyicileri toplam bakteri partiküllerinin %6,58'ini (0.25/0.038'lik bir proje) temsil eder. Halteria başına flb ortalama sayısı 5 dk kuluçka 6.2 FLB olduğunu.</li>
		<li>Saat başına alımı normalleştirmek için aşağıdaki hesaplamayı kullanın: (6,2 x 12)/(6,58/100) = Halteria hücre/saat başına 1131 bakteri. NOT: Değişken su sıcaklıkları altında tespit edilen Halteria sp. bireysel alım oranlarının dağılımları, flb'nin eklenen izleme miktarı (yüzde olarak) ve FLB ile farklı kuluçka süreleri için Şekil 3'ebakınız.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>Azam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ecological+role+of+water-column+microbes+in+the+sea.">The ecological role of water-column microbes in the sea.</a> Marine Ecology Progress Series. 10, 257-263 (1983).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+finely+tuned+symphony+of+factors+modulates+the+microbial+food+web+of+a+freshwater+reservoir+in+spring.">A finely tuned symphony of factors modulates the microbial food web of a freshwater reservoir in spring.</a> Limnology &amp; Oceanography. 59, 1477-1492 (2014).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+prey+food+characteristics+modulate+community+growth+response+of+freshwater+bacterivorous+flagellates.">Bacterial prey food characteristics modulate community growth response of freshwater bacterivorous flagellates.</a> Limnology &amp; Oceanography. 63, 484-502 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+bacterial+community+composition,+dynamics+and+viral+mortality+rates+associated+with+enhanced+flagellate+grazing+in+a+meso-eutrophic+reservoir.">Changes in bacterial community composition, dynamics and viral mortality rates associated with enhanced flagellate grazing in a meso-eutrophic reservoir.</a> Applied &amp; Environmental Microbiology. 67, 2723-2733 (2001).</li><li>J&#252;rgens, K., Matz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+as+a+shaping+force+for+the+phenotypic+and+genotypic+composition+of+planktonic+bacteria.">Predation as a shaping force for the phenotypic and genotypic composition of planktonic bacteria.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 81, 413-434 (2002).</li><li>Pernthaler, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predation+on+prokaryotes+in+the+water+column+and+its+ecological+implications.">Predation on prokaryotes in the water column and its ecological implications.</a> Nature Reviews Microbiology. 3, 537-546 (2005).</li><li>Berninger, U. B., Finlay, J., Kuuppo-Leinikki, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protozoan+control+of+bacterial+abundances+in+freshwaters.">Protozoan control of bacterial abundances in freshwaters.</a> Limnology and Oceanography. 36, 139-147 (1991).</li><li>Sherr, E. B., Sherr, B. F., Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protistan+grazing+rates+via+uptake+of+fluorescently+labeled+prey.">Protistan grazing rates via uptake of fluorescently labeled prey.</a> Handbook of Methods in Aquatic Microbial Ecology. , 695-701 (1993).</li><li>Vazquez-Dominguez, E., Peters, F., Gasol, J. M., Vaqu&#233;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+the+grazing+losses+of+picoplankton:+methodological+improvements+in+the+use+of+fluorescently+tracers+combined+with+flow+cytometry.">Measuring the grazing losses of picoplankton: methodological improvements in the use of fluorescently tracers combined with flow cytometry.</a> Aquatic Microbial Ecology. 20, 119-128 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+role+and+bacterial+grazing+of+Halteria+spp.:+Small+oligotrichs+as+dominant+pelagic+ciliate+bacterivores.">Ecological role and bacterial grazing of Halteria spp.: Small oligotrichs as dominant pelagic ciliate bacterivores.</a> Aquatic Microbial Ecology. 22, 43-56 (2000).</li><li>Montagnes, D. J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+feeding+behaviour+of+key+free-living+protists:+avenues+for+continued+study.">Selective feeding behaviour of key free-living protists: avenues for continued study.</a> Aquatic Microbial Ecology. 53, 83-98 (2008).</li><li>Kirchman, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Processes in Microbial Ecology. 2nd Edition. , (2018).</li><li>Porter, K. G., Feig, Y. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+DAPI+for+identifying+and+counting+aquatic+microflora.">The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora.</a> Limnology and Oceanography. 25, 943-948 (1980).</li><li>Foissner, W., Berger, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+user-friendly+guide+to+the+ciliates+(Protozoa,+Ciliophora)+commonly+used+by+hydrobiologists+as+bioindicators+in+rivers,+lakes,+and+waste+waters,+with+notes+on+their+ecology.">A user-friendly guide to the ciliates (Protozoa, Ciliophora) commonly used by hydrobiologists as bioindicators in rivers, lakes, and waste waters, with notes on their ecology.</a> Freshwater Biology. 35, 375-482 (1996).</li><li>Foissner, W., Berger, H., Schaumburg, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+ecology+of+limnetic+plankton+ciliates.">Identification and ecology of limnetic plankton ciliates.</a> Informationsberichte des Bayer Landesamtes f&#252;r Wasserwirtschaft Heft. , 3-99 (1999).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+grazing+on+picoplankton+in+a+eutrophic+reservoir+during+the+summer+phytoplankton+maximum:+a+study+at+the+species+and+community+level.">Ciliate grazing on picoplankton in a eutrophic reservoir during the summer phytoplankton maximum: a study at the species and community level.</a> Limnology &amp; Oceanography. 40, 1077-1090 (1995).</li><li>Skibbe, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+quantitative+protargol+stain+for+ciliates+and+other+planktonic+protists.">An improved quantitative protargol stain for ciliates and other planktonic protists.</a> Archiv f&#252;r. Hydrobiolgie. 130, 339-347 (1994).</li><li>Macek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+rates+of+dominant+planktonic+ciliates+in+two+freshwater+bodies+of+different+trophic+degree.">Growth rates of dominant planktonic ciliates in two freshwater bodies of different trophic degree.</a> Journal of Plankton Research. 18, 463-481 (1996).</li><li>Šimek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+food+webs+in+hypertrophic+fishponds:+omnivorous+ciliate+taxa+are+major+protistan+bacterivores.">Microbial food webs in hypertrophic fishponds: omnivorous ciliate taxa are major protistan bacterivores.</a> Limnology &amp; Oceanography. , (2019).</li><li>Jezbera, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+freshwater+bacterioplankton+groups:+Contrasting+trends+in+distribution+of+Limnohabitans+and+Polynucleobacter+lineages+along+a+pH+gradient+of+72+habitats.">Major freshwater bacterioplankton groups: Contrasting trends in distribution of Limnohabitans and Polynucleobacter lineages along a pH gradient of 72 habitats.</a> FEMS Microbiology Ecology. 81, 467-479 (2012).</li><li>Kasalick&#253;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+diversity+of+the+Limnohabitans+genus,+an+important+group+of+freshwater+bacterioplankton,+by+characterization+of+35+isolated+strains.">The diversity of the Limnohabitans genus, an important group of freshwater bacterioplankton, by characterization of 35 isolated strains.</a> PLoS One. 8, 58209 (2013).</li><li>Stabell, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+bacterivory+in+epilimnetic+waters.">Ciliate bacterivory in epilimnetic waters.</a> Aquatic Microbial Ecology. 10, 265-272 (1996).</li><li>Zingel, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliates+are+the+dominant+grazers+on+pico-+and+nanoplankton+in+a+shallow,+naturally+highly+eutrophic+lake.">Ciliates are the dominant grazers on pico- and nanoplankton in a shallow, naturally highly eutrophic lake.</a> Microbial Ecology. 53, 134-142 (2007).</li><li>Bickel, S. L., Tang, K. W., Grossart, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliate+epibionts+associated+with+crustacean+zooplankton+in+german+lakes:+distribution,+motility,+and+bacterivory.">Ciliate epibionts associated with crustacean zooplankton in german lakes: distribution, motility, and bacterivory.</a> Frontiers in Microbiology. 3 (243), (2012).</li><li>Sirov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hunters+or+gardeners?+Linking+community+structure+and+function+of+trap-associated+microbes+to+the+nutrient+acquisition+strategy+of+a+carnivorous+plant.">Hunters or gardeners? Linking community structure and function of trap-associated microbes to the nutrient acquisition strategy of a carnivorous plant.</a> Microbiome. 6, 225 (2018).</li><li>&#352;imek, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecological+traits+of+a+zoochlorellae-bearing+Tetrahymena+sp.+(Ciliophora)+living+in+traps+of+the+carnivorous+aquatic+plant+Utricularia+reflexa.">Ecological traits of a zoochlorellae-bearing Tetrahymena sp. (Ciliophora) living in traps of the carnivorous aquatic plant Utricularia reflexa.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 336-348 (2017).</li><li>Pitsch, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+green+Tetrahymena+utriculariae+n.+sp.+(Ciliophora,+Oligohymenophorea)+with+its+endosymbiotic+algae+(Micractinium+sp.),+living+in+the+feeding+traps+of+a+carnivorous+aquatic+plant.">The green Tetrahymena utriculariae n. sp. (Ciliophora, Oligohymenophorea) with its endosymbiotic algae (Micractinium sp.), living in the feeding traps of a carnivorous aquatic plant.</a> Journal of Eukaryotic Microbiology. 64, 322-335 (2017).</li><li>Nielsen, J. M., Clare, E. L., Hayden, B., Brett, M. T., Kratina, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet+tracing+in+ecology:+Method+comparison+and+selection.">Diet tracing in ecology: Method comparison and selection.</a> Methods in Ecology and Evaluation. 9, 278-291 (2018).</li><li>Beisner, B. E., Grossart, H. P., Gasol, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+methods+for+estimating+phago-mixotrophy+in+nanophytoplankton.">A guide to methods for estimating phago-mixotrophy in nanophytoplankton.</a> Journal of Plankton Research. , 1-13 (2019).</li><li>Dolan, J. D., &#352;imek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+of+ingested+matter+in+Strombidium+sulcatum,+a+marine+ciliate+(Oligotrichida).">Processing of ingested matter in Strombidium sulcatum, a marine ciliate (Oligotrichida).</a> Limnology and Oceanography. 42, 393-397 (1997).</li><li>Massana, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Grazing+rates+and+functional+diversity+of+uncultured+heterotrophic+flagellates.">Grazing rates and functional diversity of uncultured heterotrophic flagellates.</a> The ISME Journal. 3, 588-596 (2009).</li><li>Gruj&#269;i&#263;, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryptophyta+as+major+freshwater+bacterivores+in+experiments+with+manipulated+bacterial+prey.">Cryptophyta as major freshwater bacterivores in experiments with manipulated bacterial prey.</a> The ISME Journal. 12, 1668-1681 (2018).</li></ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Sucul sistemlerde trofik etkileşimi çözmek her zaman zordur28, özellikle protistler ve av, bakterileriçeren nano-plankton ölçeklerde. Besin alımı yolları ve niceleme söz konusu olduğunda, biyotik etkileşimlerin yüksek karmaşıklığı nedeniyle, daha yüksek trofik seviyelerde başarıyla kullanılan yöntemlerin uygulanması daha az mümkündür. Bunlar, örneğin, kararlı izotop etiketleme yaklaşımları içerir. Bu protokol, karbon akışını izlemek ve yarı ölçmek/tahmin e...

Heterotrofik prokaryotlar su sistemlerinde önemli bir biyolojik bileşendir ve planktonbiyokütlesininönemli bir kısmını 1,2,3. Onların bolluk, çeşitlilik ve aktivite kontrol faktörler biyojeokimyasal bisiklet rollerini anlamak için çok önemlidir (yani, organik karbon ve diğer besin ve prokaryotlardan daha yüksek trofik seviyelere enerji akışı kaderi). Protozoon otlatma bu önemli faktörlerden biridir. Heterotrofik nanoflagellates ve silyates Bacterivory prokaryotik bolluk üzerinde güçlü bir yukarıdan aşağıya kontrol empoze, toplum fonksiyonu, yapısı, çeşitlilik, ve hatta hücresel morfoloji ve belirli bakteri gruplarının büyüme hızı4, 5,6. Bazı sistemlerde, protistler bakteriyel mortalitenin başlıca nedeni olarak hizmet6,7.
Bir süredir kullanılan protozoan bakteritomutaminin değerlendirilmesinde kullanılan standart yaklaşım, floresan olarak etiketlenmiş bakterilerin (FLB) av analogları ve epifloresan mikroskopisi olarak kullanılmasını içerir. Hücreye özgü alım oranları, protistan gıda vakuollerinde etiketlenmiş av partiküllerinin sayısının seçili bir zaman rotası8üzerinden ölçülmesi ile belirlenebilir. Bu yaklaşımın çeşitli avantajları vardır. Tracer doğal yırtıcı ve av toplulukları ile doğal örneklere eklenir. Kuluçkadan önce minimum numune manipülasyonu, ilave FLB izleyicisi tarafından minimum numune değişimi vardır ve inkübasyon süreleri, yerinde koşullara yakın koşullarda elde edilen sağlam sonuçları sağlamak için kısadır. Alternatif olarak, düşük sayıda bakteriyvorous protistveya zooplankton (örneğin, offshore deniz sistemleri) olan ortamlarda, flb'nin kaybolma oranları düşük miktarlarda ki numunelere eklenebilir (%2-3 izleyici) uzun vadede akış sitometrisi ile tespit edilebilir (12-24 saat) kuluçka deneyleri. Daha sonra, başlangıç ve bitiş noktalarındaki FLB sayıları (tüm bakterivorların etkisini entegre etmek) akış sitometrisi ile ölçülür (ayrıntılar için, önceki yayına bakın9). Ancak, böyle bir parametre sadece doğrudan herhangi bir protistan ve zooplankton otlatma grupları veya türlerine atfedilemez toplam toplam bakteriyon oranları temsil eder.
Genel olarak, protistan türlerinin veya morfotipe özgü bakteriyel mortalite oranlarının doğru ve ekolojik anlamla ölçülmesi zor olabilir. Bazı protistler seçici otlatıcılar, ve boyutu ve eklenen FLB tracer hücre şekli av alım Doğal oranları bozabilir10,11. Ayrıca, protistan aktivitesi ve metabolizması yüksek ısıya duyarlı12; bu nedenle, eklenen FLB izleyici miktarı dikkatle her bir örnek türü için manipüle edilmesi gerekir (sadece doğal bolluk dayalı, boyut, ve bakteriroriorların morfolojisi ve bakterivores hakim türleri, ama aynı zamanda sıcaklık). Çoğu çalışma toplu protistan otlatma aktivitesi üzerinde duruluyor; ancak, belirli protistan türlerinin bakteriyonu genellikle çok daha yüksek bir bilgi değerine sahiptir ve tercih edilebilir. Bu durumda protist türlerin taksonomik bilgisine bir örnekte mevcut ve davranışlarının anlaşılması gerekmektedir. Bu nedenle, belirli bir protistan grubu veya türüne atfedilen türe özgü bakteriton oranları hakkında sağlam sonuçlar elde etmek için önemli miktarda zaman ve emek gereklidir.
Tüm bu zorluklara rağmen, bu yaklaşım doğal ortamlarda protistan bakteritoru değerlendirmek için mevcut en uygun araç olmaya devam etmektedir. Burada sunulan sumikrobiyal ekoloji çalışmalarında bir izleyici olarak FLB kullanmak için kapsamlı, kolay takip yöntemidir. Yaklaşımın bahsedilen tüm sorunlu yönleri hesaba katılır ve daha iyi bir iş akışı açıklanır, zıt ortamlardan iki deney ve karşıt silikat türleri örnek olarak tanımlanır.
İlk vaka çalışması, Çek Cumhuriyeti'ndeki mezotrofik Římov su rezervuarından epilimnetik bir ortamda yapılmıştır ve bu da çoğu yüzey tatlı su cismiyle karşılaştırılabilir otlatıcı ve bakteriyel bolluklar gösterir (cf.5,7). İkinci vaka çalışması sucul etobur bitki Utricularia reflexatuzakları içinde son derece özel bir ortamda yapılmıştır , her iki otlatma mikofrofik siliates son derece yüksek sayıda barındıran (Tetrahymena utriculariae) ve bakteri hücreleri. Her iki numune türünde hücreye özgü otlatma oranları ve bakteriyel duran stokların hesaplamaları gösterilmiştir. Sonuçların bir dizi ekolojik yorumu tartışılır ve olası takip çalışmalarının örnekleri nihayet önerilmektedir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1612px;" width="1611">
	<tbody>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;width:360px;">0.2-&#181;m pore-size filters&#160;</td>
			<td style="width:462px;">SPI supplies, https://www.2spi.com/</td>
			<td style="width:137px;">B0225-MB</td>
			<td style="width:654px;">Black, polycarbonate track etch membrane filters, diameter approprite for filtering apparatus used</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">5-(4,6-dichlorotriazin-2-yl) aminofluorescein (DTAF)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Automatic pipettes with adjustable volumes&#160;</td>
			<td>Any brand, various sizes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Centrifuge</td>
			<td>22 000 x g</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Cryovials</td>
			<td>Any brand, 2 mL size</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">DAPI (4&#180;,6-Diamidino-2&#180;-phenylindole dihydrochloride)</td>
			<td>Any brand&#160;</td>
			<td></td>
			<td>1 mg ml-1</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Epiflorescence microscope</td>
			<td>Magnification from 400 x up to 1000 x</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Filters appropriate for viewing in the DAPI and DTAF range</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;"></td>
			<td>Counting grid in one of the oculars</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Filtering apparatus</td>
			<td>Usually with a diameter of 25 mm&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Formaldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Glutaraldehyde</td>
			<td>A brand for microscopy</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Immersion oil for microscopy</td>
			<td>Specific oil with low fluorescence</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="58">
			<td height="58" style="height:58px;">Lugol&#180;s solution</td>
			<td>Any brand or see comment</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">Make an alkaline Lugol&#39; solution as follows: Solution 1 - dissolve&#160; 10 g of potassium iodide in 20 ml in MQ water, then add 5 g of iodine. Solution 2 - add 5 g of sodium acetate&#160; to 50 ml of MQ water. Add the solution 2 to the solution 1 and thoroughly mix</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Methanol stabilized formalin</td>
			<td>Any brand available for microscopy purposes</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Microscope slides and cover slips</td>
			<td>Any brand produced for microscopy purposes&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;">MQ water for diluting samples</td>
			<td style="width:462px;">Any brand 
			&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate-buffered saline (PBS; pH = 9)</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>0.05 M Na2HPO4-NaCl solution, adjusted to pH 9</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">PPi-saline buffer</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td style="width:654px;">0.02 M Na4P2O7-NaCl solution. Add 0.53 g Na4P2O7 to 100 ml of MQ water plus 0.85 g NaCl&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sampling device&#160;</td>
			<td>Appropriate for obtaining representative sample&#160;</td>
			<td></td>
			<td>e.g. Friedinger sampler for lake plankton</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sodium thiosulfate solution</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>3% solution is used in the protocol</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Sonicator</td>
			<td>Any brand</td>
			<td></td>
			<td>30 W</td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Vortex</td>
			<td>Any brand allowing&#160; thorough mixing of the solutes and samples</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:20px;">Water bath</td>
			<td>Any brand allowing temperature to be maintained at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fluorescently labeled bacteria as a tracer to reveal novel pathways of organic carbon flow in aquatic ecosystems

Predasyon ve etkileri gibi trofik etkileşimlerin aydınlatılması ekoloji alanında birçok araştırmacının sık rastlanan bir görevidir. Mikrobiyal toplulukların incelenmesi birçok sınırlamaları vardır ve bir yırtıcı, av ve yırtıcı oranları belirlemek genellikle zordur. Burada sunulan bir tracer olarak floresan etiketli av eklenmesine dayalı optimize edilmiş bir yöntemdir, hangi suda yırtıcı ökaryotlar da otlatma oranları güvenilir quantitation ve daha yüksek trofik seviyelere besin transferi tahmini sağlar.

Örnek deney Ben Římov su rezervuar (Güney Bohemya, CZ), hangi yerinde yırtıcı ve av bolluğu düşük doğal bir site çalıştırıldı. Temsili veriler omnivor siliate türleri Halteria grandinellaiçin rapor edilir , picoplankton bol ve verimli bir otlatma olduğunu (<2 μm) parçacıklar10,16,17,18 ,22. <strong class="xfig...

Watch this Scientific Journal Video about Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems at JoVE.com

Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Burada sunulan yüksek hassasiyet ve taksonomik çözünürlük ile sucul yırtıcı ökaryotlar otlatma oranları ölçmek için tek hücreli, epifloresan mikroskobik tabanlı teknik için bir protokoldür.

Floresan Etiketli Bakteriler Sucul Ekosistemlerde Organik Karbon Akışının Yeni Yollarını Ortaya Çıkaracak Bir İzleyici Olarak

Elucidating trophic interactions, such as predation and its effects, is a frequent task for many researchers in ecology. The study of microbial ...

Bu yaklaşım önemlidir, çünkü prokaryotlardan mikrobiyal gıda ağlarında karbon ve enerji akışlarını çok yüksek çözünürlükte görselleştirmemize ve tahmin etmemize olanak sağlar. Bu, şu anda hangi protist türlerin in situ bakteri tükettiğinizi belirlemek ve aynı zamanda bu sürecin hızını tek hücreli düzeyde ölçmek için mevcut olan tek tekniktir. Bakteriler çözünmüş organik karbonu organik karbonu partiküle değiştirmek için değişen tek önemli mikroplar olduğundan, ilgili oyuncuların bilgisi ve bunun meydana geldiği oranlar genel olarak sucul ekosistemlerin anlaşılmasıiçin temel oluşturur. Araştırmacıların herhangi bir otlatma deneyi yapmadan önce çalışma sistemlerine aşina olmalarını şiddetle tavsiye ediyoruz. Bu, numunelerin mikroskopi incelemesinin ışık ve epifloresansını, mevcut ana takson bilgisive mevsimsel dinamiklerini içerir. Prosedürü gösteren Jitka Jezberov olacak

fluorescently-labeled-bacteria-as-tracer-to-reveal-novel-pathways

Research

JoVE Journal

Environment

7.0K Görüntüleme.  Biology Centre CAS. Bu yaklaşım önemlidir, çünkü prokaryotlardan mikrobiyal gıda ağlarında karbon ve enerji akışlarını çok yüksek çözünürlükte görselleştirmemize ve tahmin etmemize olanak sağlar. Bu, şu anda hangi protist türlerin in situ bakteri tükettiğinizi belirlemek ve aynı zamanda bu sürecin hızını tek hücreli düzeyde ölçmek için mevcut olan tek tekniktir. Bakteriler çözünmüş organik karbonu organik karbonu partiküle değiştirmek için değişen tek önemli mikro...

Video: Fluorescently Labeled Bacteria as a Tracer to Reveal Novel Pathways of Organic Carbon Flow in Aquatic Ecosystems

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a transverse vertical incision on the top of the skull with a hand or electrical saw may damage the otolith if not performed correctly. Sturgeons (Acipenseridae) are one family in particular that have a very large and thick skull. A new laboratory method entering the brain cavity from the ventral side of the fish to expose the otoliths was easier than other otolith extraction methods found in the literature. Methods reviewed in the literature are designed for the field and are more efficient at processing large quantities of fish quickly. However, this new technique was designed to be more suited for a laboratory setting when time is not pressing and successful extraction from each specimen is critical. The success of finding and removing otoliths using this technique is very high and does not compromise the structure in any manner. This alternative technique is applicable to other similar fish species for extracting the otoliths.

The goal of the protocol is to show an effective method to extract the otoliths from sturgeon carcasses.

Sturgeon gelen otolitler Çıkarma Alternatif Yöntem

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

Çevre

Assessment of Labile Organic Carbon in Soil Using Sequential Fumigation Incubation Procedures

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is highly sensitive to disturbance. It is also the primary substrate for soil microorganisms, which is fundamental to nutrient cycling. Due to these attributes, labile organic carbon (LOC) has been identified as an indicator parameter for soil health. Quantifying the turnover rate of LOC also aids in understanding changes in soil nutrient cycling processes. A sequential fumigation incubation method has been developed to estimate soil LOC and potential C turnover rate. The method requires fumigating soil samples and quantifying CO2-C respired during a 10 day incubation period over a series of fumigation-incubation cycles. Labile organic C and potential C turnover rate are then extrapolated from accumulated CO2 with a negative exponential model. Procedures for conducting this method are described.

Labile organic carbon (LOC) and the potential carbon turnover rate are sensitive indicators of changes in soil nutrient cycling processes. Details are provided for a method based on fumigating and incubating soil in a series of cycles and using the CO2 accumulated during the incubation periods to estimate these parameters.

Sıralı Fumigasyon Kuluçka Prosedürleri kullanma Toprakta Dayanıksız Organik Karbon Değerlendirilmesi

Management practices and environmental changes can alter soil nutrient and carbon cycling. Soil labile organic carbon, a readily decomposable C pool, is ...

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. Yet the in situ study of DOM is difficult as the molecular complexity of the DOM pool cannot be easily reproduced for experimental purposes. Nutrient additions to streams however, have been shown to repeatedly alter the in situ and ambient DOM pool. Here we demonstrate an easily replicable field-based method for manipulating the ambient pool of DOM at the ecosystem scale. During nutrient pulse experiments changes in the concentration of both dissolved organic carbon and dissolved organic nitrogen can be examined across a wide-range of nutrient concentrations. This method allows researchers to examine the controls on the DOM pool and make inferences regarding the role and function that certain fractions of the DOM pool play within ecosystems. We advocate the use of this method as a technique to help develop a deeper understanding of DOM biogeochemistry and how it interacts with nutrients. With further development this method may help elucidate the dynamics of DOM in other ecosystems.

Understanding Dissolved Organic Matter Biogeochemistry Through In Situ Nutrient Manipulations in Stream Ecosystems

Dissolved organic matter provides an important source of energy and nutrients to stream ecosystems. Here we demonstrate a field-based method to manipulate the ambient pool of dissolved organic matter in situ through easily replicable nutrient pulses.

Sayesinde Organik Madde biyojeokimya Çözünmüş Anlamak<em&gt; In Situ</em&gt; Akış Ekosistemlerde Besin manipülasyonları

Dissolved organic matter (DOM) is a highly diverse mixture of molecules providing one of the largest sources of energy and nutrients to stream ecosystems. ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory by using pumps and automating delivery of sediment and water to simulate suspension of sediment. FLEES data are used to develop exposure-response curves between the effects on aquatic organisms and suspended sediment concentrations at the desired exposure duration. The effects data are used to evaluate management practices used to reduce the interactions between aquatic organisms and anthropogenic causes of suspended sediments. The FLEES is capable of generating total suspended solids (TSS) concentrations as low as 30 to as high as 800 mg/L, making this system an ideal choice for evaluating the effects of TSS resulting from many activities including simulating low ambient levels of TSS to evaluating sources of suspended sediments from dredging operations, vessel traffic, freshets, and storms.

A robust and flexible flow-through exposure system designed to maintain sediment in suspension is presented. The system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory.

Sucul Life Asma değerlendirmek Sedimanlar Etkileri için Flow-through Pozlama Sistemi

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in a Flow Tube Reactor

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the production of synthetic PM for laboratory studies have become a widespread necessity. Herein, experimental protocols demonstrate approaches to produce aerosolized organic PM by &#945;-pinene ozonolysis in a flow tube reactor. Methods are described for measuring the size distributions and morphology of the aerosol particles. The video demonstrates basic operations of the flow tube reactor and related instrumentation. The first part of the video shows the procedure for preparing gas-phase reactants, ozonolysis, and production of organic PM. The second part of the video shows the procedures for determining the properties of the produced particle population. The particle number-diameter distributions show different stages of particle growth, namely condensation, coagulation, or a combination of both, depending on reaction conditions. The particle morphology is characterized by an aerosol particle mass analyzer (APM) and a scanning electron microscope (SEM). The results confirm the existence of non-spherical particles that have grown from coagulation for specific reaction conditions. The experimental results also indicate that the flow tube reactor can be used to study the physical and chemical properties of organic PM for relatively high concentrations and short time frames.

This paper describes the operation procedure for the flow tube reactor and related data collection. It shows the protocols for setting the experiments, recording data and generating the number-diameter distribution as well as the particle mass information, which gives useful information about chemical and physical properties of the organic aerosols.

Üretim ve akış tüp reaktör organik partikül madde ölçümü

Organic particulate matter (PM) is increasingly recognized as important to the Earth's climate system as well as public health in urban regions, and the ...

Ecosystem Fabrication (EcoFAB) Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A better mechanistic understanding of these complex plant-microbe interactions will be crucial to improving plant production as well as performing basic ecological studies investigating plant-soil-microbe interactions. Here, a detailed description for ecosystem fabrication is presented, using widely available 3D printing technologies, to create controlled laboratory habitats (EcoFABs) for mechanistic studies of plant-microbe interactions within specific environmental conditions. Two sizes of EcoFABs are described that are suited for the investigation of microbial interactions with various plant species, including Arabidopsis thaliana, Brachypodium distachyon, and Panicum virgatum. These flow-through devices allow for controlled manipulation and sampling of root microbiomes, root chemistry as well as imaging of root morphology and microbial localization. This protocol includes the details for maintaining sterile conditions inside EcoFABs and mounting independent LED light systems onto EcoFABs. Detailed methods for addition of different forms of media, including soils, sand, and liquid growth media coupled to the characterization of these systems using imaging and metabolomics are described. Together, these systems enable dynamic and detailed investigation of plant and plant-microbial consortia including the manipulation of microbiome composition (including mutants), the monitoring of plant growth, root morphology, exudate composition, and microbial localization under controlled environmental conditions. We anticipate that these detailed protocols will serve as an important starting point for other researchers, ideally helping create standardized experimental systems for investigating plant-microbe interactions.

Ecosystem Fabrication EcoFAB Protocols for The Construction of Laboratory Ecosystems Designed to Study Plant-microbe Interactions

This article describes detailed protocols for ecosystem fabrication of devices (EcoFABs) that enable the studies of plants and plant-microbe interactions in highly controlled laboratory conditions.

Ekosistem imalat (EcoFAB) protokolleri laboratuvar ekosistemlerinin bitki-mikrop etkileşimleri çalışma için tasarlanmış inşası için

Beneficial plant-microbe interactions offer a sustainable biological solution with the potential to boost low-input food and bioenergy production. A ...

Characterization of Aquatic Biofilms with Flow Cytometry

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond quickly to environmental changes and can be thus used as indicators of water quality. Currently, biofilm assessment is mostly based on integrative and functional endpoints, such as photosynthetic or respiratory activity, which do not provide information on the biofilm community structure. Flow cytometry and computational visualization offer an alternative, sensitive, and easy-to-use method for assessment of the community composition, particularly of the photoautotrophic part of freshwater biofilms. It requires only basic sample preparation, after which the entire sample is run through the flow cytometer. The single-cell optical and fluorescent information is used for computational visualization and biological interpretation. Its main advantages over other methods are the speed of analysis and the high-information-content nature. Flow cytometry provides information on several cellular and biofilm traits in a single measurement: particle size, density, pigment content, abiotic content in the biofilm, and coarse taxonomic information. However, it does not provide information on biofilm composition on the species level. We see high potential in the use of the method for environmental monitoring of aquatic ecosystems and as an initial biofilm evaluation step that informs downstream detailed investigations by complementary and more detailed methods.

Flow cytometry in combination with visual clustering offers an easy-to-use and fast method for studying aquatic biofilms. It can be used for biofilm characterization, detection of changes in biofilm community structure, and detection of abiotic particles embedded in the biofilm.

Akış sitometresi ile su biyofilmler karakterizasyonu

Biofilms are dynamic consortia of microorganism that play a key role in freshwater ecosystems. By changing their community structure, biofilms respond ...

Experimental Protocol for Examining Behavioral Response Profiles in Larval Fish: Application to the Neuro-stimulant Caffeine

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and toxicological studies. Using automated digital tracking platforms, recent efforts in neuropharmacology are leveraging larval fish locomotor behaviors to identify potential therapeutic targets for novel small molecules. Similar to these efforts, research in the environmental sciences and comparative pharmacology and toxicology is examining various behaviors of fish models as diagnostic tools in tiered evaluation of contaminants and real-time monitoring of surface waters for contaminant threats. Whereas the zebrafish is a popular larval fish model in the biomedical sciences, the fathead minnow is a common larval fish model in ecotoxicology. Unfortunately, fathead minnow larvae have received considerably less attention in behavioral studies. Here, we develop and demonstrate a behavioral profile protocol using caffeine as a model neurostimulant. Though photomotor responses of fathead minnows were occasionally affected by caffeine, zebrafish&#160;were markedly more sensitive for photomotor and locomotor endpoints, which responded at environmentally relevant levels. Future studies are needed to understand comparative behavioral sensitivity differences among fish with age and time of day, and to determine whether similar behavioral effects would occur in nature and be indicative of adverse outcomes at the individual or population levels of biological organization.

Here, we present a protocol to examine larval zebrafish and fathead minnow locomotor activities and photomotor responses (PMR) using an automated tracking software. When incorporated in common toxicology bioassays, analyses of these behaviors provide a diagnostic tool to examine chemical bioactivity. This protocol is described using caffeine, a model neurostimulant.

Davranışsal yanıt profilleri larva balık incelenmesi için deneysel protokol: nöro-uyarıcı kafein uygulamaya

Fish models and behaviors are increasingly used in the biomedical sciences; however, fish have long been the subject of ecological, physiological and ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it regulates the gravity-driven soil movement induced by runoff and tillage activities. The recent application of Light Detection and Ranging (LiDAR) data holds promise for generating high spatial resolution topographic metrics that can be used to investigate soil property variability. In this study, fifteen topographic metrics derived from LiDAR data were used to investigate topographic impacts on redistribution of soil and spatial distribution of soil organic carbon (SOC). Specifically, we explored the use of topographic principal components (TPCs) for characterizing topography metrics and stepwise principal component regression (SPCR) to develop topography-based soil erosion and SOC models at site and watershed scales. Performance of SPCR models was evaluated against stepwise ordinary least square regression (SOLSR) models. Results showed that SPCR models outperformed SOLSR models in predicting soil redistribution rates and SOC density at different spatial scales. Use of TPCs removes potential collinearity between individual input variables, and dimensionality reduction by principal component analysis (PCA) diminishes the risk of overfitting the prediction models. This study proposes a new approach for modeling soil redistribution across various spatial scales. For one application, access to private lands is often limited, and the need to extrapolate findings from representative study sites to larger settings that include private lands can be important.

Landscape processes are critical components of soil formation and play important roles in determining soil properties and spatial structure in landscapes. We propose a new approach using stepwise principal component regression to predict soil redistribution and soil organic carbon across various spatial scales.

Toprak yeniden dağıtım ve toprak organik karbon eşlemek için topografik modellerini ölçekleme için asıl bileşenlerinin kullanımı

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...

Split Point Analysis and Uncertainty Quantification of Thermal-Optical Organic/Elemental Carbon Measurements

Researchers from myriad fields frequently seek to quantify and classify concentrations of carbonaceous aerosols as organic carbon (OC) or elemental carbon (EC). This is commonly accomplished using thermal-optical OC/EC analyzers (TOAs), which enable measurement via controlled thermal pyrolysis and oxidation under specific temperature protocols and within constrained atmospheres. Several commercial TOAs exist, including a semi-continuous instrument that enables on-line analyses in the field. This instrument employs an in-test calibration procedure that requires relatively frequent calibration. This article details a calibration protocol for this semi-continuous TOA and presents an open-source software tool for data analysis and rigorous Monte Carlo quantification of uncertainties. Notably, the software tool includes novel means to correct for instrument drift and identify and quantify the uncertainty in the OC/EC split point. This is a significant improvement on the uncertainty estimation in the manufacturer&#8217;s software, which ignores split point uncertainty and otherwise uses fixed equations for relative and absolute errors (generally leading to under-estimated uncertainties and often yielding non-physical results as demonstrated in several example data sets). The demonstrated calibration protocol and new software tool enabling accurate quantification of combined uncertainties from calibration, repeatability, and OC/EC split point are shared with the intent of assisting other researchers in achieving better measurements of OC, EC, and total carbon mass in aerosol samples.

This article presents a protocol and software tool for the quantification of uncertainties in the calibration and data analysis of a semi-continuous thermal-optical organic/elemental carbon analyzer.

Termal-Optik Organik/Elemental Karbon Ölçümlerinin Split Nokta Analizi ve Belirsizlik Niceliği

Researchers from myriad fields frequently seek to quantify and classify concentrations of carbonaceous aerosols as organic carbon (OC) or elemental carbon ...