Regis Mohawk Çevre Bölümü, Welaka National Fish Hatchery, ABD Balık ve Vahşi Yaşam Servisi Araştırmalar Birimi, Southern Illinois Üniversitesi, ABD Balık ve Vahşi Yaşam Servisi Kuzeydoğu Balıkçılık Merkezi, Sterling Caviar, California-Davis Üniversitesi, Garnizon Barajı Ulusal Fish Special thanks Bu proje için mersin balığı besleyen yardım ettikleri için kuluçka, ayılar Bluff National Fish Hatchery ve ABD Balık ve Vahşi Yaşam Servisi Panama Balıkçılık Kaynak Ofisi. Bu makalede, USGS Great Lakes Bilim Merkezinde Katkısı 2013 olduğunu.

Önemli Not: nedeniyle Amerika Birleşik Devletleri&#39;nde mersin balığı tüm türlerin korunması durumu, kazanmak ve balık laboratuvar prosedürü öncesinde elde edildi işlemek için izin verir. Tüm örnekler doğal nedenlerden dolayı post mortem kuluçkahane kaynaklardan edinilen ve standart prosedür takip bertaraf edildi. 1. Numune Hazırlama <ol><li> Herhangi bir insizyon mersin balığı yan karkas ve en yakın 1 mm kuyruk ucuna kadar burnu toplam uzunluğunu ölçmek için bir ölçüm bandı kullanarak yatıyordu önce. (Şekil 1A) </li><li> En yakın 1 g darası alınmış ölçekte Mersin balığı karkas tartılır. herhangi bir harici etiketleri veya işaretleri ve kayıt için karkas değerlendirin. </li></ol> 2. Otolith Ekstraksiyon <ol><li> Vücudun (Şekil 1B) kafasını ayırmak için vücutta kafatası tabanı ve birinci dorsal scute arasında büyük bir fileto bıçağı ile dikey bir kesi yapmak. kafa, tu çıkardıktan sonrabaş rn böylece ağız (Şekil 1C) yukarı bakacak. </li><li> Kafatası (Şekil 1D) ventral tarafı boyunca kesmek için fileto bıçağı kullanarak yumuşak ağız dokuları ve solungaçları çıkarın. Tamamen kafa (Şekil 1E) bisect kafatası tabanına burnu ucundan elektrik kemik testere ile bir kesi yapmak. Beyin boşluğu (Şekil 2A) maruz elle iki yarısı ayırın. </li><li> Çıkarın ve beyin boşluğuna (Şekil 2B) içinde yarım daire kanalları görüntülemek için forseps ile beyin meselesi (Kırmızı kutu sol) (Kırmızı kutusunu sağ) atın. </li><li> Forseps (Şekil 2C) ile beyin boşluğundan semisirküler kanal kıkırdak çıkarın. Dikkatle forseps ucu ile semisirküler kanal kıkırdak delinme ve (Şekil 2D) Otolith çıkarın. Semisirküler kanal kıkırdağından forseps ile Otolith (kıkırdak içindeki sert kemik yapısı) çıkarın (Şekil 2E) </stro&gt; Ng. </li><li> Kafatasının diğer yarısından Otolith çıkarmak için 2.4 - Tekrar 2.3 adımları. </li><li> Herhangi bir kıkırdak kaldırmak için 5 saniye boyunca% 92 Etanol otolit içermesi batırın. Açık bir 25 mL sintilasyon şişesine yer otolitler 24 saat boyunca kurumaya. </li></ol>

<ol><li>Auer, N. A. Conservation. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aAuer%2C+NA+%22Sturgeons+and+Paddlefish+of+North+America%22">Sturgeons and Paddlefish of North America</a>. LeBreton, G. T. O., Beamish, F. W. H., McKinley, R. S. 27, Kluwer Academic Publishers. 252-276 (2004).</li>
<li>Sturgeon Specialists Group, sturgeon conservation. IUCN (International Union for the Conservation of Nature). , Source: 
 <a target="_blank" href="www.iucn.org">www.iucn.org</a> (2008).</li>
<li>Campana, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accuracy%2C+precision+and+quality+control+in+age+determination%2C+including+a+review+of+the+use+and+abuse+of+age+validation+methods%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Fish+Biology%22%5BJournal%5D)">Accuracy, precision and quality control in age determination, including a review of the use and abuse of age validation methods).</a> Journal of Fish Biology. 59, 197-242 (2001).</li>
<li>Bruch, R. M., Campana, S. E., Davis-Foust, S. L., Hansen, M. J., Janssen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lake+Sturgeon+age+validation+using+bomb+radiocarbon+and+known-age+fish%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+American+Fisheries+Society%22%5BJournal%5D)">Lake Sturgeon age validation using bomb radiocarbon and known-age fish.</a> Transactions of the American Fisheries Society. 138, 361-372 (2009).</li>
<li>Baremore, I. E., Rosati, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+validated%2C+minimally+deleterious+method+for+ageing+sturgeon%5BTitle%5D)+AND+%22Fishery+Bulletin%22%5BJournal%5D)">A validated, minimally deleterious method for ageing sturgeon.</a> Fishery Bulletin. 112, 274-282 (2014).</li>
<li>Stevensen, J. T., Secor, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age+determination+and+growth+of+Hudson+River+Atlantic+sturgeon%2C+Acipenser+oxyrhynchus%5BTitle%5D)+AND+%22Fishery+Bulletin%22%5BJournal%5D)">Age determination and growth of Hudson River Atlantic sturgeon, Acipenser oxyrhynchus.</a> Fishery Bulletin. 97, 153-166 (1999).</li>
<li>Brennan, J. S., Cailliet, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+age-determination+techniques+for+white+sturgeon+in+California%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+American+Fishery+Society%22%5BJournal%5D)">Comparative age-determination techniques for white sturgeon in California.</a> Transactions of the American Fishery Society. 118, 296-310 (1989).</li>
<li>Rossiter, A., Noakes, D. L. G., Beamish, F. W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+age+estimation+for+the+lake+sturgeon%5BTitle%5D)+AND+%22Transactions+of+the+American+Fisheries+Society%22%5BJournal%5D)">Validation of age estimation for the lake sturgeon.</a> Transactions of the American Fisheries Society. 124, 777-781 (1995).</li>
<li>Chalupnicki, M. A., Dittman, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((North+American+Sturgeon+Otolith+Morphology%5BTitle%5D)+AND+%22Copeia%22%5BJournal%5D)">North American Sturgeon Otolith Morphology.</a> Copeia. , 260-266 (2016).</li>
<li>Secor, D. H., Dean, J. M., Laban, E. H. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSecor%2C+DH+%22Manual+for+otolith+removal+and+preparation+for+microstructural+examination%22">Manual for otolith removal and preparation for microstructural examination</a>. , Barach Press. Columbia, South Carolina. (1991).</li>
</ol>

Any use of trade, product, or firm names is for descriptive purposes only and does not imply endorsement by the U.S. Government.

mersin karkaslardan otolit açılan bir alternatif yöntem genel detaylı edilmiştir. Özel önem diseksiyonu sırasında otolitlerden hiçbir zararı sağlamak için eşit kafatası bisect için kafatasının orta hat üzerinde yan kesi yerleştirme için gerekli olduğuna dikkat etmek önemlidir. Kesi tamamen kafatası bisect için yeterince derin değilse otolitlerden yeri açıkça görülebilir olduğu beyin boşluğuna maruz çok zor olacaktır. tecrübesi ile, genel teknik oldukça basit ve bozulmamış bulundu varlık otolitlerden yüksek oranda yol açar. Bu yeni yöntem araştırmalar standart otolith çıkarma yöntemleri kullanarak zor olabilir mersin balığı dışındaki türler için otolit içermesi ayıklamak için alternatif bir yol sunar. Bu yöntemin sınırlamalar alan kullanımı için değil ayarı laboratuara uygulanabilirliği vardır. karkas hazırlanması için gereken zaman toplanan örneklerin elverişli değildirzamanında bu alanda. Başka bir endişe tipik olarak nüfus düşüşleri eyalet ya da federal yasa altında korunmakta olup mersin balığı türleri üzerinde kullanılmasıdır. Hayatta popülasyonları tutmak için gerekli olan bireyleri feda pahasına değerlendirmenin bu tür yapmak için izinleri almak için çok zordur. Ancak, ölü örnekleri doğal nedenlerden aracılığıyla kullanılabilir olduğunda bu tekniğin, aksi takdirde kullanılabilir olacağını daha fazla bilgi toplamak için kullanışlı bir yol sağlar. Başarılı bir şekilde bu alternatif bir yöntem kullanılarak mersin gelen otolit kaldırmak için bu tekniğin önemini belirtmek önemlidir. başın dorsal bölgesinden otolit içermesi kaldırarak mevcut teknikleri hala kullanışlı ve yararlı ama mersin balığı için geçerli değildir. Beyin boşluğu ortaya çıkarmak için bu yeni tekniği kullanarak diğer alanlarda da sinir fonksiyonu ve beyin morfolojisi erişim ve uygulanabilirliğini sağlar. Bu yeni teknik yararlı olabilirÇok kalın kafatası duvarları ya da nerede otolith çıkarılması için kullanmak üzere balık sınırlı miktarda var olan balık diğer türler üzerinde kullanın.

Dünyada mersin (Acipenseridae) popülasyonları nedeniyle habitat kaybı, nüfus parçalanma dahil darbelere karşı bir yüzyılı aşkın bir süredir azalan ve birçok popülasyonları eyalet ve federal yasalar 1,2 ile korunur, aşırı avcılık edilmiştir. ABD ve dünya çapında yönetim kurumları restorasyonu ve kurtarma 1 için bir hedef tür olarak mersin belirledik. En mersin balığı popülasyonlarının Nüfus özellikleri (büyüme, istihdam, diyet) daha temel biyoloji ve yaşam öyküsü özellikleri 1 anlamak için çalışılmıştır. En mersin balığı popülasyonlarının koruma statüsü nedeniyle, yaş değerlendirme bireylere hiçbir fedakarlık veya zarar garanti edilir küçük tehdit toplumlarda zordur. Yaş tahmini ve büyüme analizi amacıyla kemiksi yapıların çıkarma Sturge yaşını belirlemek için yüzgeç ışın bölümlerinin ortak bir tekniktir 3 hayranlarıyla kullanımı olmuşturpratik bir ölümcül olmayan bir yöntem haline gelmiştir, ancak tekniğin doğrulama sınırlı kalmıştır ve yaş yaşlı bireylerde (&gt; 15 yaş) deşifre etmek çok zor olabilir 4.. Gulf Sturgeon (Acipenser oxyrinchus desoti) 5 Atlantic Sturgeon (A O. Oxyrinchus) 6, beyaz Sturgeon (A. transmontanus) 7 ve Lake Sturgeon&#39;da yaş doğrulama kullanımları için mersin birden fazla kemik yapılarının kullanımını değerlendirmek Araştırmacılar 8 ilk marjinal göğüs yüzgeci ışın en doğru yaşı sağlanan ancak büyük bireyler için zararlı olması için bu invaziv prosedürü sonucuna varmıştır (A. fluvescens). Şu anda, başarı 9. çok yüksek bir oranı ile Kuzey Amerika mersin türler arasında ayrım yapmak otolith şekil ölçümlerini kullanarak gelişimi bulunmuyor. Kafatasının dibinde dorsal enine kesi ile Otolith kaldırma işlemine ilişkin detaylar ortak otolith ekstraction yöntemi literatürde bulundu ve açıkça Secor ve arkadaşları tarafından ayrıntılı. (1991), 10. Ancak bu yöntem, küçük ve narin ve kırmak eğiliminde olacaktır otolitlerden ile çok kalın kafatasları var mersin balığı uygulamak zordur. Literatürde bir başka yorum mersin için otolith temizleme işleminin herhangi bir diğer ayrıntılı metodolojiyi gösterir. Bu makalenin amacı detaylara ventral tarafta beyin boşluğu girerek Mersin balığı gelen otolit içermesi ayıklanması için alternatif bir yöntem oldu.

<table><tbody><tr><td>Measuring Board</td><td></td><td></td><td>Metric meter stick is preferred</td></tr><tr><td>Weighing scale</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filleting Knife</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scalpel</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Forceps</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sample vials</td><td></td><td></td><td>25 ml scintillation vials work well</td></tr></tbody></table>

alternative method of removing otoliths from sturgeon

zor ve çok zaman alıcı olabilir çok kalın kafatasları var balıktan otolit içermesi (kulak kemikleri) ayıklanıyor. Doğru şekilde gerçekleştirilmemesi durumunda Otolith zarar verebilir bir el ya da elektrik testere ile kafatasının üst kısmında enine dikey kesi yapma yaygın uygulama. Mersin Balıkları (Acipenseridae) çok büyük ve kalın kafatası var özellikle bir aileyiz. otolit içermesi ortaya çıkarmak için balık ventral tarafında beyin boşluğu giren yeni laboratuar yöntemi literatürde bulunan diğer otolith ekstraksiyon yöntemleri daha kolay oldu. literatürde gözden yöntemler alanı için tasarlanmış ve hızlı bir şekilde balık büyük miktarlarda işlem daha verimli edilmiştir. Presleme süresi değildir ve her örnek başarılı ekstre önemlidir, ancak bu yeni teknik, bir laboratuvar ortamında için daha uygun olacak şekilde tasarlanmıştır. bulmak ve bu tekniği kullanarak otolit kaldırma başarısı çok yüksektir ve s ödün vermeyenherhangi bir şekilde tructure. Bu alternatif bir teknik otolit ayrılması için diğer benzer balık türleri için de geçerlidir.

dünya çapında Mersin balığı yetişkin boyutu büyük ölçüde değişir ama otolitlerden yeri tutarlıdır. Keskin bir fileto bıçağı kullanımı kolay Şekil 1D gösterilen ağız yumuşak doku kaldırmak bulunmuştur. Bir elektrikli kemik testere Şekil 1E beyin boşluğuna maruz lateral insizyon için tercih edilen bir araçtır. Ancak, kafatasının orta hat bisecting dikkat aksi otolitler Bu işlem sırasında ezilmiş olabilir ihtiyaç duyulmaktadır. Bu işlem, daha sonra doğru bir şekilde gerçekleştirilirse, beyin oyuğu Şekil 2A&#39;da gösterildiği gibi, otolitlerden zarar vermeden eşit maruz kalacaktır. Beynin kolayca Şekil 2B&#39;de ve Şekil 2C&#39;de gösterildiği gibi kolayca beyin boşluğunun tabanında bulunan Otolith içeren yarı dairesel kanal kıkırdak bulgu olarak forsepsin kaldırılır. semisirküler kanal bulunan kıkırdak EASily Şekil 2D&#39;de görüldüğü gibi forseps bir çift Otolith çıkarıldı. Bu prosedür başarıyla mersin balığı Otolith kaldırılmasını gösterir ve balığın yaşam tarihinin daha kantitatif analiz bir ön adımdır. Sonuç başarı yapısını bozmadan Otolith çıkarılmasıyla gauged olabilir. Yaş tayini ve büyüme oranları kaldırıldı otolitlerden kullanımı ile değerlendirilebilir iki ölçümlerdir. türler farklılaşması için şekil analizi otolitlerden geliştirilmiş olabilir başka ölçülebilir bir ölçümdür. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54316/54316fig1.jpg" /> Otolith Kaldırma için Sturgeon Karkas Şekil 1. Yerleştirme. Ölçülmesine ve Tartı (A) Mersin Karkas Yandan Görünüm, (B) Dikey Kesi Bo gelen Sturgeon Başkanı Ayrı etmek<html> dy, (C) Başkanı Ağız ve ventral Side, (D) Kafatası ventral Side, (E) burnu Kafatası Base Ucundan Lateral İnsizyon Açığa kaldırıldı Yumuşak Doku Görünüm Başkanı çevirin <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54316/54316fig1large.jpg" target="_blank">büyük halini görmek için tıklayınız bu rakamın.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54316/54316fig2.jpg" /> Baş sonra Exposed Beyin Kavitenin 2. Ara Sınav otolitler çıkarmak için Şekil. (A) Beyin Boşluk, (B) Beyin Madde, semisirküler kanallar Açığa kaldırıldı Ayrı (C) Yarımdaire Kanal Kıkırdak kaldırıldı, (D) Otolith Görüntülenen ve kaldırıldı Yarım daire Canal Kıkırdak, (E) Shortnose Sturgeon Otolith dan54316 / 54316fig2large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız.

Watch this Scientific Journal Video about Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon at JoVE.com

Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

The goal of the protocol is to show an effective method to extract the otoliths from sturgeon carcasses.

Sturgeon gelen otolitler Çıkarma Alternatif Yöntem

Extracting the otoliths (ear bones) from fish that have very thick skulls can be difficult and very time consuming. The common practice of making a ...

alternative-method-of-removing-otoliths-from-sturgeon

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

8.4K Görüntüleme.  Great Lakes Science Center. The goal of the protocol is to show an effective method to extract the otoliths from sturgeon carcasses. 

Video: Alternative Method of Removing Otoliths from Sturgeon

A Time Differential Staining Technique Coupled with Full Bilateral Gill Denervation to Study Ionocytes in Fish

Branchial ionocytes (ICs) are the functional units for ionic regulation in fish. In adults, they are found on the filamental and lamellar epithelia of the gill where they transport ions such as Na+, Cl- and Ca2+ via a variety of ion channels, pumps and exchangers. The teleost gill is extrinsically innervated by the facial (VI), glossopharyngeal (IX) and vagus (X) nerves. The IX and X nerves are also the extrinsic source of branchial IC innervation. Here, two techniques used to study the innervation, proliferation and distribution of ICs are described: a time differential staining technique and a full bilateral gill denervation technique. Briefly, goldfish are exposed to a vital mitochondrion-specific dye (e.g., MitoTracker Red) which labels (red fluorescence) pre-existing ICs. Fish were either allowed to recover for 3 - 5 days or immediately underwent a full bilateral gill denervation. After 3 - 5 days of recovery, the gills are harvested and fixed for immunohistochemistry. The tissue is then stained with an &#945;-5 primary antibody (targets Na+/K+ ATPase containing cells) in conjunction with a secondary antibody that labels all (both new and pre-existing) ICs green. Using confocal imaging, it was demonstrated that pre-existing ICs appear yellow (labelled with both a viable mitochondrion-specific dye and &#945;-5) and new ICs appear green (labelled with &#945;-5 only). Both techniques used in tandem can be applied to study the innervation, proliferation and distribution of ICs on the gill filament when fish are exposed to environmental challenges.

This manuscript describes a protocol to track the re-distribution of branchial ionocytes and their innervation using a time differential staining technique coupled with full bilateral gill denervation.

Tam İkili Gill Denervasyonun ile birleştiğinde A Time Diferansiyel Boyama Tekniği Balık Ionocytes Eğitim için

Branchial ionocytes (ICs) are the functional units for ionic regulation in fish. In adults, they are found on the filamental and lamellar epithelia of the ...

Gelişim Biyolojisi

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory by using pumps and automating delivery of sediment and water to simulate suspension of sediment. FLEES data are used to develop exposure-response curves between the effects on aquatic organisms and suspended sediment concentrations at the desired exposure duration. The effects data are used to evaluate management practices used to reduce the interactions between aquatic organisms and anthropogenic causes of suspended sediments. The FLEES is capable of generating total suspended solids (TSS) concentrations as low as 30 to as high as 800 mg/L, making this system an ideal choice for evaluating the effects of TSS resulting from many activities including simulating low ambient levels of TSS to evaluating sources of suspended sediments from dredging operations, vessel traffic, freshets, and storms.

A robust and flexible flow-through exposure system designed to maintain sediment in suspension is presented. The system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory.

Sucul Life Asma değerlendirmek Sedimanlar Etkileri için Flow-through Pozlama Sistemi

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Çevre

Necropsy-based Wild Fish Health Assessment

Anthropogenic influences from increased nutrients and chemical contaminants, to habitat alterations and climate change, can have significant effects on fish populations. Adverse effects monitoring, utilizing biomarkers from the organismal to the molecular level, can be used to assess the cumulative effects on fishes and other organisms. Fish health has been used worldwide as an indicator of aquatic ecosystem health. The necropsy-based fish health assessment provides data on visible abnormalities and lesions, parasites, condition and organosomatic indices. These can be compared by site, season and sex, as well as temporally, to document change over time. Severity ratings can be assigned to various observations to calculate a fish health index for more quantitative assessment. A drawback of the necropsy-based assessment is that it is based on visual observations and condition factors, which are not as sensitive as tissue and subcellular biomarkers for sublethal effects. Additionally, it is rarely possible to identify causes or risk factors associated with observed abnormalities. So, for instance a raised lesion or "tumor" on the fins, lips or body surface may be a neoplasm. However, it could also be a response to a parasite, chronic inflammation or hyperplasia of normal cells in response to an irritant. Conversely, neoplasms, certain parasites, other infectious agents and many tissue changes are not visible and so may be underestimated. However, during the necropsy-based assessment, blood (plasma), tissues for histopathology (microscopic pathology), genomics and other molecular analyses, and otoliths for aging can be collected. These downstream analyses, together with geospatial analyses, habitat assessments, water quality and contaminant analyses can all be important in comprehensive ecosystem evaluations.

The health of wild fishes can be used as an indicator of aquatic ecosystem health. Necropsy-based fish health assessments provide documentation of visible lesions or abnormalities, data used to calculate condition indices as well as the opportunity to collect tissues for microscopic evaluation, gene expression and other more in-depth analyses.

Vahşi balık Nekropsi tabanlı sağlık değerlendirmesi

Anthropogenic influences from increased nutrients and chemical contaminants, to habitat alterations and climate change, can have significant effects on ...

Modeling the Size Spectrum for Macroinvertebrates and Fishes in Stream Ecosystems

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological community or food web. Importantly, the size spectrum assumes that individual size, rather than species&#8217; behavioral or life history characteristics, is the primary determinant of abundance within an ecosystem. Thus, unlike traditional allometric relationships that focus on species-level data (e.g., mean species&#8217; body size vs. population density), size spectra analyses are &#8216;ataxic&#8217; &#8211; individual specimens are identified only by their size, without consideration of taxonomic identity. Size spectra models are efficient representations of traditional, complex food webs and can be used in descriptive as well as predictive contexts (e.g., predicting responses of large consumers to changes in basal resources). Empirical studies from diverse aquatic ecosystems have also reported moderate to high levels of similarity in size spectra slopes, suggesting that common processes may regulate the abundances of small and large organisms in very different settings. This is a protocol to model the community-level size spectrum in wadable streams. The protocol consists of three main steps. First, collect quantitative benthic fish and invertebrate samples that can be used to estimate local densities. Second, standardize the fish and invertebrate data by converting all individuals to ataxic units (i.e., individuals identified by size, irrespective of taxonomic identity), and summing individuals within log2 size bins. Third, use linear regression to model the relationship between ataxic M and D estimates. Detailed instructions are provided herein to complete each of these steps, including custom software to facilitate D estimation and size spectra modeling.

This is a protocol to model the size spectrum (scaling relationship between individual mass and population density) for combined fish and invertebrate data from wadable streams and rivers. Methods include: field techniques to collect quantitative fish and invertebrate samples; lab methods to standardize the field data; and statistical data analysis.

Akış ekosistemlerinde Makroomurgasızlar ve balıklar için boyut spektrumunu modelleme

The size spectrum is an inverse, allometric scaling relationship between average body mass (M) and the density (D) of individuals within an ecological ...

Cortisol Extraction from Sturgeon Fin and Jawbone Matrices

The aims of this study were to develop a technique for the extraction of cortisol from sturgeon fins using two washing solvents (water and isopropanol) and quantify any differences in fin cortisol levels among three main sturgeon species. Fins were harvested from 19 sacrificed sturgeons including seven beluga (Huso huso), seven Siberian (Acipenser baerii), and five sevruga (A. stellatus). The sturgeons were raised in Iranian farms for 2 years (2017-2018), and cortisol extraction analysis was conducted in South Korea (January-February 2019). Jawbones from five H. huso were also used for cortisol extraction. Data were analyzed using the general linear model (GLM) procedure in the SAS environment. The intra- and inter-assay coefficients of variation were 14.15 and 7.70, respectively. Briefly, the cortisol extraction technique involved washing the samples (300 &#177; 10 mg) with 3 mL of solvent (ultrapure water and isopropanol) twice, rotation at 80&#160;rpm for 2.5 min, air-drying the washed samples at room temperature (22-28 &#176;C) for 7 days, further drying the samples using a bead beater at 50 Hz for 32 min and grinding them into powder, applying 1.5 mL methanol to the dried powder (75 &#177; 5 mg), and slow rotation (40 rpm) for 18 h at room temperature with continuous mixing. Following extraction, samples were centrifuged (9,500 x g for 10 min), and 1 mL supernatant was transferred into a new microcentrifuge tube (1.5 mL), incubated at 38 &#176;C to evaporate the methanol, and analyzed via enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). No differences were observed in fin cortisol levels among species or in fin and jawbone cortisol levels between washing solvents. The results of this study demonstrate that the sturgeon jawbone matrix is a promising alternative stress indicator to solid matrices.

In this study, we present a protocol for cortisol extraction from the fin and jawbone of sturgeon species. Fin and jawbone cortisol levels were further examined by comparing two washing solvents followed by ELISA assays. This study piloted the feasibility of jawbone cortisol as a novel stress indicator.

Mersin Balığı Fin ve Çene Kemiği Matrislerinden Kortizol Ekstraksiyonu

The aims of this study were to develop a technique for the extraction of cortisol from sturgeon fins using two washing solvents (water and isopropanol) ...

Streamlined Sampling and Cultivation of the Pelagic Cosmopolitan Larvacean, Oikopleura dioica

Oikopleura dioica is a planktonic chordate with exceptional filter-feeding ability, rapid generation time, conserved early development, and a compact genome. For these reasons, it is considered a useful model organism for marine ecological studies, evolutionary developmental biology, and genomics. As research often requires a steady supply of animal resources, it is useful to establish a reliable, low-maintenance culture system. Here we describe a step-by-step method for establishing an O. dioica culture. We describe how to select potential sampling sites, collection methods, target animal identification, and the set-up of the culturing system. We provide troubleshooting advice based on our own experiences. We also highlight critical factors that help sustain a robust culture system. Although the culture protocol provided here is optimized for O. dioica, we hope our sampling technique and culture setup will inspire new ideas for maintaining other fragile pelagic invertebrates.

Streamlined Sampling and Cultivation of the Pelagic Cosmopolitan Larvacean, Oikopleura dioica

Oikopleura dioica is a tunicate model organism in various fields of biology. We describe sampling methods, species identification, culturing setup, and culturing protocols for the animals and algal feed. We highlight key factors that helped strengthen the culture system and discuss the possible problems and resolutions.

Pelagic Cosmopolitan Larvacean, Oikopleura dioica'nın Kolay Örnekleme silikve ekimi

Oikopleura dioica is a planktonic chordate with exceptional filter-feeding ability, rapid generation time, conserved early development, and a compact ...

Patch Clamp Recordings in Inner Ear Hair Cells Isolated from Zebrafish

Patch clamp analyses of the voltage-gated channels in sensory hair cells isolated from a variety of species have been described previously1-4 but this video represents the first application of those techniques to hair cells from zebrafish. Here we demonstrate a method to isolate healthy, intact hair cells from all of the inner ear end-organs: saccule, lagena, utricle and semicircular canals. Further, we demonstrate the diversity in hair cell size and morphology and give an example of the kinds of patch clamp recordings that can be obtained. The advantage of the use of this zebrafish model system over others stems from the availability of zebrafish mutants that affect both hearing and balance. In combination with the use of transgenic lines and other techniques that utilize genetic analysis and manipulation, the cell isolation and electrophysiological methods introduced here should facilitate greater insight into the roles hair cells play in mediating these sensory modalities.

The purpose of this video is to demonstrate procedures for obtaining healthy, intact hair cells from the inner ear organs of adult zebrafish and then using them for patch clamp studies aimed at characterizing the biophysical properties of their voltage-gated channels.

İç Kulak Saç Hücreleri Patch Clamp Kayıtlar İzole Zebrafish gelen

Patch  clamp analyses of the voltage-gated channels in sensory hair cells isolated  from a variety of species have been described previously1-4 but this  ...

Nörobilim

Quantifying Fish Swimming Behavior in Response to Acute Exposure of Aqueous Copper Using Computer Assisted Video and Digital Image Analysis

Behavioral responses of aquatic organisms to environmental contaminants can be precursors of other effects such as survival, growth, or reproduction. However, these responses may be subtle, and measurement can be challenging. Using juvenile white sturgeon (Acipenser transmontanus) with copper exposures, this paper illustrates techniques used for quantifying behavioral responses using computer assisted video and digital image analysis. In previous studies severe impairments in swimming behavior were observed among early life stage white sturgeon during acute and chronic exposures to copper. Sturgeon behavior was rapidly impaired and to the extent that survival in the field would be jeopardized, as fish would be swept downstream, or readily captured by predators. The objectives of this investigation were to illustrate protocols to quantify swimming activity during a series of acute copper exposures to determine time to effect during early lifestage development, and to understand the significance of these responses relative to survival of these vulnerable early lifestage fish. With mortality being on a time continuum, determining when copper first affects swimming ability helps us to understand the implications for population level effects. The techniques used are readily adaptable to experimental designs with other organisms and stressors.

Measuring the impacts of environmental contaminants on fish behavior is often subjective and challenging particularly when dealing with sublethal endpoints. We describe methods including video technology to quantify swimming behavior of early life stage white sturgeon (Acipenser transmontanus) during and after 96 hr acute exposures to various concentrations of copper.

Bilgisayar Destekli Video ve Dijital Görüntü Analizi Sulu Bakır Akut Maruz Cevabı Balık Yüzme Davranışı nicel

Behavioral responses of aquatic organisms to environmental contaminants can be precursors of other effects such as survival, growth, or reproduction.  ...

Physiological Preparation of Hair Cells from the Sacculus of the American Bullfrog (Rana catesbeiana)

The study of hearing and balance rests upon insights drawn from biophysical studies of model systems. One such model, the sacculus of the American bullfrog, has become a mainstay of auditory and vestibular research. Studies of this organ have revealed how sensory cells hair can actively detect signals from the environment. Because of these studies, we now better understand the mechanical gating and localization of a hair cell&#39;s transduction channels, calcium&#39;s role in mechanical adaptation, and the identity of hair cell currents. This highly accessible organ continues to provide insight into the workings of hair cells. Here we describe the preparation of the bullfrog&#39;s sacculus for biophysical studies on its hair cells. We include the complete dissection procedure and provide specific protocols for the preparation of the sacculus in specific contexts. We additionally include representative results using this preparation, including the calculation of a hair bundle&#39;s instantaneous force-displacement relation and measurement of a bundle&#39;s spontaneous oscillation.

Physiological Preparation of Hair Cells from the Sacculus of the American Bullfrog Rana catesbeiana

The American bullfrog&#39;s (Rana catesbeiana) sacculus permits direct examination of hair-cell physiology. Here the dissection and preparation of the bullfrog&#39;s sacculus for biophysical studies is described. We show representative experiments from these hair cells, including the calculation of a bundle&#39;s force-displacement relation and measurement of its unforced motion.

Amerikan Bullfrog of sacculus (Saç Hücrelerinin fizyolojik hazırlanması<em&gt; Rana catesbeiana</em&gt;)

The study of hearing and balance rests upon insights drawn from biophysical studies of model systems. One such model, the sacculus of the American ...

Dissection and Flat-mounting of the Threespine Stickleback Branchial Skeleton

The posterior pharyngeal segments of the vertebrate head give rise to the branchial skeleton, the primary site of food processing in fish. The morphology of the fish branchial skeleton is matched to a species' diet. Threespine stickleback fish (Gasterosteus aculeatus) have emerged as a model system to study the genetic and developmental basis of evolved differences in a variety of traits. Marine populations of sticklebacks have repeatedly colonized countless new freshwater lakes and creeks. Adaptation to the new diet in these freshwater environments likely underlies a series of craniofacial changes that have evolved repeatedly in independently derived freshwater populations. These include three major patterning changes to the branchial skeleton: reductions in the number and length of gill raker bones, increases in pharyngeal tooth number, and increased branchial bone lengths. Here we describe a detailed protocol to dissect and flat-mount the internal branchial skeleton in threespine stickleback fish. Dissection of the entire three-dimensional branchial skeleton and mounting it flat into a largely two-dimensional prep allows for the easy visualization and quantification of branchial skeleton morphology. This dissection method is inexpensive, fast, relatively easy, and applicable to a wide variety of fish species. In sticklebacks, this efficient method allows the quantification of skeletal morphology in genetic crosses to map genomic regions controlling craniofacial patterning.

The branchial skeleton, including gill rakers, pharyngeal teeth, and branchial bones, serves as the primary site of food processing in most fish. Here we describe a protocol to dissect and flat-mount this internal skeleton in threespine sticklebacks. This method is also applicable to a variety of other fish species.

Diseksiyon ve Threespine Stickleback Brankial İskelet Düz montaj

The posterior pharyngeal segments of the vertebrate head give rise to the branchial skeleton, the primary site of food processing in fish. The morphology ...