Füzyon yoluyla kimyasal türlerin reaksiyonunun hesaplamalı 3D Geometrik Modellemesi. dendritik omurganın içinde ve dışında reseptör ticareti mekanizmalarının incelenmesinde kullanılan yararlı bir yöntem olup sinaptik plastisite yapıyor. Bu teknik, çok sayıda değişkene sahip doğrusal olmayan sistemler hakkında hipotezler ve projeksiyonlar yapmak için zengin bir ortam yaratma avantajına sahiptir.
Değiştirilmiş bir küre kullanarak bir omurga kafası ve bir omurga boyun ile tek bir dendritik omurga bir örgü oluşturmak için. İlk blender'ı açın. Cell Blender zaten yüklü ve tuş takımı 5 tuşuna basın, ortogonal görünüm perspektifinden değiştirmek için.
Ön görünüme göre değiştirmek için 1'e basın ve imleci ortalamak için Shift C tuşuna basın. Omurga kafası oluşturmak için Mesh paletini açmak için Shift A tuşuna basın ve Kafes'i seçin. UV Küreseçin ve UV Küre eklemek, 0,25 ve 32 halkaları boyutunu ayarlayın.
Blender'ı Nesne modundan Edit moduna geçmek için kafanın üst kısmını düz yapmak için Sekme'ye basın. Kürenin ilk üç çeyreğini seçmek için B tuşuna basın ve Sil tuşuna basın, Vertices'i seçin ve vertices'i kaldırmak için Enter'u seçin. B tuşuna basın ve kürenin üst kısmını seçin.
E, S, 0 ve Enter tuşuna basın ve hala seçili olan tepe lerin üst kısmını mühürleyin. Ve mavi oku aşağı hareket ettirin ve omurga kafasının üst kısmına hizala. Omurganın üst kısmındaki kafes çözünürlüğünü artırmak için, Alet ve bıçak seçin ve üst merkezi etrafında bir daire kesmek için bıçak kullanın.
Ardından, üst merkezin etrafında dört eşmerkezli daire oluşturmak için Araç ve Döngü kesimini ve kaydırmasını seçin. Omurga boyun oluşturmak için B tuşuna basın ve örgü alt seçin. Vertices ve B tuşuna basın ve kafesin alt kısmını seçin.
E ve Z tuşuna basın ve eksi 0,45 mikro metrede Z ekseni konumuna bir ekstrüzyon oluşturmak için eksi 0,45'i seçin. Kafesi M-hücreli ile uyumlu hale getirmek için ctrl T tuşuna basın ve Alet ve Kaldır çiftlerini seçin. Birden fazla omurga Dendrite oluşturmak için Mesh paletini açmak ve Mesh ve Silindir'i seçmek için Shift A tuşuna basın.
Silindir Ekle menüsünde, yarıçapı 0,3 mikrometreye ve derinliği iki mikrometreye ayarlayın ve Enter tuşuna basın. Silindirin ön görünümünü elde etmek için 3 tuşuna basın ve kafesi saydam hale getirmek için Z tuşuna basın.
Silindirin iç omurga tabanını taşımak için mavi normal ok kullanın ve Dendrite seçmek için sağ tıklayın. Değiştirici ve Değiştirici Ekle'yi seçin ve Boolean, İşlem Birliği'ni seçin ve Nesne Omurgası'nı seçin. Dendrite ve omurga ortak bir örgü oluşturmak için Uygula'yı tıklatın.
Sonra yalıtılmış omurganın örgü seçmek için fareyi kullanın, fizyolojik bir pozisyonda her yeni omurga eklemek için pozisyon ve açı değiştirerek. AMPAR oluşturmak için Moleküller'i seçin ve yeni bir molekül ekleyin. Adını AMPAR olarak değiştirin ve molekül türünü Yüzey molekülü olarak değiştirin.
Daha sonra difüzyon sabitini 0,05 çarpı 10'u saniyede sekizinci santimetre kareye değiştirin. AMPAR'lara bağlı çapaları, bazal durum sırasında PSD1'de çizmek için Çizim Çıkış Ayarları'nı açın ve molekülleri tanımlamak için basın. Daha sonra Molekülü Anchor_AMPAR, Dendrite Nesnesi'ni ve Bölgeyi PSD1'e ayarlayın.
Bazal Durum simülasyonu çalıştırmak için Çalıştır simülasyonunu seçin. Ve yinelemeleri 30,000'e ve zaman adımını eksi üç saniyeye kadar 10'a ayarlayın. Dışa Aktar ve Çalıştır'ı tıklatın ve simülasyonun bitmesini bekleyin.
Simülasyonun sonunda, Görselleştirme Verilerini Yeniden Yükle, Animasyon oynat, Çıkış Ayarını Çiz ve mekansal zamansal sonuçları görselleştirmek için çizim i seçin. Homosinaptik potentiation koşulu çalıştırmak için Molekül Yerleştirme ve rel_anchorLTP_psd1 seçin. rel_anchorLTP_psd1 seçin ve Miktarı 200 olarak Sürüm olarak değiştirin.
Ardından Miktar'ı Serbest Bırakma olarak sıfıra değiştirin. rel_anchor_psd1'ı seçin. Miktarı sıfıra çıkarmak ve simülasyonu az gösterildiği gibi çalıştırmak için değiştirin.
Sinaptik plastisite kabaca her omurga da çapa bağlı AMPAR türlerinin sayısındaki değişiklikler ile doğrulanabilir. Sinaptik plastisite oluşumunun tam hesaplama için. Sinapsta demirlemiş ve serbest AMPA'ların toplam sayılarının değişiminin hesaplanması önerilir.
AMPAR homosinaptik potansiyasyon ve depresyon, bazal duruma göre çapalar tarafından AMPAR'ların yakınlığındaki değişikliklerden kaynaklanan, sırasıyla demirlemiş AMPA'ların sayısındaki artış ve azalmalarla doğrulanabilir. Örneğin tek bir omurgada homosinaptik uzun süreli potentiation indüksiyon, komşu dikenlerde heteroskopik uzun süreli depresyon etkisi oluşturur. Bu prosedürü takiben, model Dendritik dikenler ltp ve LTD indüksiyon sürecini araştırmak için genişletilebilir.
Bu yöntem, çok sayıda değişkenle karmaşık doğrusal olmayan sistemlerin işleyişi hakkında hipotezin test edilmesine olanak sağlar.
